The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
75
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structure length |
75
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Chain Sequence |
DTTPVVVNGVVFALAYNGNLTALDLRSGQIMWKRELGSVNDFIVDGNRIYLVDQNDRVMALTIDGGVTLWTQSDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Chaperone
|
| source organism |
Escherichia coli
|
| publication title |
Structure and Assembly of a B-Propeller with Nine Blades and a New Conserved Repetitive Sequence Motif
rcsb |
| molecule keywords |
OUTER MEMBRANE PROTEIN ASSEMBLY FACTOR BAMB
|
| total genus |
12
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| structure length |
75
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| sequence length |
75
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-10-10 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| C | PF01011 | PQQ | PQQ enzyme repeat |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Thrombin, subunit H |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2YMS B; 2YMS D; 2YMS C; #chains in the Genus database with same CATH topology 1GBT A; 1CT0 E; 1YPG H; 2OLG A; 4AB9 A; 3V7T A; 2PV9 B; 2FOH A; 4H6T A; 4IC5 A; 2ZDK A; 1QL7 A; 2ZGJ A; 3QZQ A; 4R8T B; 3O8R A; 2PKA B; 1V2L T; 2ZCH P; 2A5I A; 1CA0 C; 1A61 H; 2ANM H; 8KME 2; 1YLD A; 2O8W A; 3DFJ A; 2A4O A; 3GY4 A; 3MU4 A; 1TQ7 B; 2BB4 A; 2V3O H; 4AYV B; 2ZP0 H; 3V13 A; 3DA9 B; 4LXB H; 2BDB A; 1FI8 A; 3PV2 A; 4IMZ A; 4SGB E; 5HMA A; 3AAS A; 1FZZ A; 4BAO B; 1THS H; 1CU1 A; 1GCT B; 3U98 H; 1AHT H; 1F5K U; 2NU1 E; 1KLT A; 5FX6 A; 1EPT A; 3ZVC A; 3BTD E; 4GUX A; 3MYW A; 2ZQ1 A; 3TNT A; 3N7D A; 2PFE A; 1FQ3 A; 3NZI A; 4CH8 B; 1EAI A; 1UHB A; 1YGC H; 3P8N A; 3BF6 H; 1GI3 A; 5GND A; 1YC0 A; 4JZD H; 4AGJ A; 1BB0 B; 1TAB E; 4CBO A; 2UUF B; 1CO7 E; 1CVW H; 3DCL A; 2P95 A; 2YOL A; 2P93 A; 4ZKS U; 4H42 U; 4YLQ H; 1GDU A; 1O3N A; 3PV5 A; 2HVX A; 1SGP E; 3NXP A; 1DLK B; 1EP5 A; 1MTN B; 2OC7 A; 1YPM H; 1V3X A; 1O3H A; 3U69 H; 1F0R A; 1Z8J B; 1BDA A; 1EPT C; 1IOE A; 1MTW A; 3ZV9 A; 1TPP A; 5EOD A; 1C1O A; 1ELA A; 1T8L A; 1OX1 A; 2H2Z A; 4I31 A; 2GV7 A; 1ZSJ A; 4ZKN U; 4X0W U; 3SU4 A; 2ZHW H; 3OAA D; 1QZ8 A; 1HAO H; 4FU9 A; 4KEL A; 8LPR A; 2UUY A; 2ODP A; 1O2I A; 4YZU A; 1W7G H; 1PQA A; 2SNW A; 3MH5 A; 3RXK A; 1O5G H; 3E8L A; 3S69 A; 2A0Q B; 3S7H B; 2TGD A; 1MU8 B; 2F9V A; 3KNX A; 4DG4 A; 1ZRK A; 2F91 A; 3NWU A; 2FPZ A; 4WVP E; 3SV8 A; 1P03 A; 1ELE E; 1HAP H; 3UQV A; 1JBU H; 4LK4 A; 3Q3X A; 3GDS A; 1O34 A; 4FUE A; 3SJO A; 2O9Q A; 2JDI D; 5IDK A; 4VGC B; 2G81 E; 1SMF E; 2BDC A; 1TPO A; 1SGT A; 2W3I A; 3IWM A; 3D49 H; 4BNR A; 3UPE A; 5GJ4 B; 4DT7 B; 3U8R H; 3TJO A; 1KIG H; 2ZU3 A; 5FHT A; 2GT8 A; 2W7S A; 1E1R D; 1K1I A; 2SNV A; 1O2L A; 2ULL A; 3F1S B; 4DII H; 1MTU A; 1EOJ A; 1Z8I B; 3SJK A; 1C2L A; 1MQ5 A; 1P05 A; 1GBJ A; 4CRG A; 4IC6 A; 1ARB A; 4YOJ A; 1A7S A; 5DP9 A; 1EQ9 A; 1AU8 A; 1NFW A; 3FP8 E; 3E91 A; 4I8L A; 5DP4 A; 1Y3X A; 2KAI A; 3P8G A; 1HCG A; 1MTS A; 1N6Y A; 5DGJ A; 3GCN A; 1PQ7 A; 2BDA A; 2EC9 H; 4X6M A; 3BEU A; 2R2M B; 1O32 A; 1Z71 A; 1PYT D; 2QC2 A; 1O5F H; 1FPC H; 4JCN A; 1JXP A; 3PYH A; 3LT3 A; 2TGP Z; 1FY3 A; 4K3J A; 4A7I B; 1UTO A; 3H7O A; 1OWJ A; 4CR5 A; 1GI5 A; 5C5N A; 3AAV A; 3SI3 H; 4MDS A; 2ZTY A; 4NG9 H; 3WWB A; 4Y8Z A; 1DUA A; 1KLI H; 2RDE A; 1A0H B; 3D65 E; 1D3P B; 1HAZ B; 2ZPR A; 2P94 A; 1V2R T; 3JZ1 B; 2QGR A; 1Y5B T; 4J2Y B; 2ZPQ A; 4MNW A; 1GBK A; 2FLR H; 2TBS A; 4Q80 A; 3ZVB A; 4FET A; 4I33 A; 4X8V H; 1EP6 A; 1MAX A; 4AB8 A; 1IHT H; 1TON A; 5C5O A; 5B6O A; 1GJ9 B; 2BD3 A; 1MKW H; 1P3C A; 1HBT H; 2Z9J A; 2A4R A; 3F9H A; 5H4I B; 2PSX A; 1O3J A; 3RU4 E; 2P3U B; 1HAI H; 1AO5 A; 2XCF A; 1P06 A; 4KKD A; 4XSK U; 2Z3D A; 5IYT A; 4Q4L A; 3F6U H; 4TWY A; 2J5U A; 3PMA B; 4D8N A; 3R0F A; 2HVY B; 2G52 A; 5JPM H; 2ZC9 H; 3M61 U; 1GI9 B; 2GGV B; 1P12 E; 1LHC H; 2GT7 A; 4IN2 A; 3RDZ A; 2PTC E; 4BAH B; 1C4U 2; 2NWN A; 1FIZ A; 4X2Y A; 2W7U A; 3MNC A; 1L0Z A; 1SQA A; 3SUF A; 2Z9I A; 5JBT A; 1MCT A; 4FOU C; 2GTB A; 2QXJ A; 3BTW E; 1Q31 A; 1EAX A; 3UR6 A; 2FS8 A; 3HGN A; 3UOP A; 5GCH G; 2SGE E; 2RFK C; 6GCH G; 2FP7 B; 3ZYD A; 3Q76 A; 2EQN A; 1UTP A; 1QL8 A; 5JBB S; 2C3S A; 1NES E; 1O38 A; 1YBW A; 3RU4 T; 1ZJD A; 3VGC C; 2GDE H; 1V2P T; 2J9N A; 2A2X H; 1ZTK A; 2Z3E A; 1PPZ A; 2F3C E; 3BV9 B; 1C2M A; 1V2U T; 5SGA E; 1D3D B; 1DE7 H; 2XC5 A; 4YT7 H; 1KXE A; 1Y8T A; 2B7D H; 3BTK E; 2XW9 A; 5FCR A; 1GGD C; 5AFY H; 4Y8X A; 1U6Q A; 1ELD E; 5EJZ A; 1GDQ A; 1XM1 A; 3RC6 A; 3GYL B; 4F49 A; 3ODF A; 3UNQ A; 2F9U A; 3ZVA A; 4IGD A; 3SYJ A; 1TGN A; 3MH6 A; 3MFJ A; 2PKS B; 1NRQ H; 1CT4 E; 4CR9 A; 4JZE H; 2AIP A; 2A31 A; 1O2S A; 3PWC A; 1ZGI A; 1SLX B; 2OBO A; 5ESB A; 4J1Y A; 2QF4 A; 2WIN I; 2BY5 X; 2WYG A; 5DP7 A; 3SW2 B; 3RXO A; 1O3A A; 1QQU A; 1EPT B; 6CHA B; 4F4O C; 3KF2 A; 1BIT A; 3A8B A; 1WBG B; 1G3E A; 1ZPB A; 1UHB B; 1DIC A; 4F48 B; 1TWX B; 1FXY A; 2ZDL A; 4JYU H; 4X2W A; 5DKM A; 5E0G A; 4XRN A; 5E0J A; 3KQC A; 2VIO A; 2PP6 A; 3M7U A; 1SPJ A; 1V2O T; 2PKA A; 4H6S B; 5KGO A; 3U1J B; 1UMA H; 1LMW B; 1LVM A; 3MNB A; 3TIT A; 2BHG A; 1C2D A; 2V6N A; 1P8V C; 3CS0 A; 5GCH F; 2AEI H; 6GCH F; 4ISL A; 1BIO A; 5FX5 A; 3OSY A; 1DUE A; 1GI7 B; 1O3O A; 5JBC S; 1P2K A; 3K9X B; 3T5F H; 2VJ1 A; 3ODD A; 3MWI U; 2Z9G A; 2Z9L A; 1GJC B; 1F0T A; 3M5L A; 4IW4 E; 2ZGH A; 1BMF D; 4I8G A; 1HB0 B; 1DDJ A; 2VVV A; 2FOF A; 1S6F A; 1HNE E; 2IPH A; 1KXC A; 2AMP A; 1FN8 A; 1KXF A; 2K1Q A; 4B75 A; 2R9P A; 1GJ7 B; 1TOM H; 3KN2 A; 3UOU A; 2BXU H; 1TBR H; 2KFW A; 4XDE A; 1YKT A; 4B74 A; 3ZIA D; 3F9G A; 1ZTL A; 2XCN A; 3LGW A; 3HK6 B; 3SGA E; 2QF5 A; 3FKS D; 5G4B A; 1ZSL A; 4KTU A; 5EJL A; 2A7J A; 2THF B; 2J95 A; 1V2K T; 2RA0 A; 1Z6E A; 3BIU H; 1TNJ A; 5F8X A; 3F9E A; 2Y6T A; 3E6P H; 2BD8 A; 3LU9 B; 3SBK A; 2BD9 A; 3SU3 A; 1S6H A; 1GCT C; 2B9L A; 1C5L H; 3Q3K A; 1OPH B; 1X7A C; 1J16 A; 4Y79 A; 3LC3 A; 1C2I A; 1QR3 E; 3UFA A; 1FIW A; 1TGB A; 1O5B B; 3ATM A; 5GPI B; 2QY0 B; 5A8X A; 4YLU A; 2ZFR H; 4B76 A; 1NRR H; 3H09 A; 3DD2 H; 4A92 A; 1SQO A; 1G3D A; 1HAV A; 3I29 A; 1C5T A; 1QRW A; 3FAN A; 4NZL A; 8GCH G; 1GBH A; 1TNG A; 2IJO B; 3WWF A; 4NCY A; 4KP0 A; 4XBD A; 4BXW A; 3ELA H; 4XOJ A; 5EOK A; 1MKX K; 2R2W U; 3F2H A; 2WZQ A; 4NSV A; 1TX6 A; 2OBQ A; 1GHY H; 2KCA A; 1C1R A; 1F0U A; 1AVG H; 1UJ1 A; 2KAI B; 3UWI A; 2BLW A; 1S5S A; 5GDS H; 1DX5 M; 5J4Q A; 1MTN C; 4P02 A; 1MAB B; 2A4Q A; 3AAU A; 1HUT H; 4DW2 U; 3NKK A; 4B73 A; 1H9L B; 1TX7 A; 3FAO A; 1NRN H; 2OIN A; 2FX4 A; 1Y5U T; 3OFN D; 4IBL H; 3UIR A; 5C0T A; 2AGE X; 5DP5 A; 1BBR K; 3AW1 A; 3P70 B; 4K8Y A; 1C1Q A; 1O3F A; 3EQ0 H; 3QLP H; 3A8A A; 5DSF A; 2WHX A; 1O2G H; 1O2N A; 1T8M A; 5GWZ A; 3DSP A; 3RXR A; 1P11 E; 1HAX B; 1A5H A; 1Z6J H; 1VCP A; 2VH6 A; 1EOL A; 2ANY A; 2HAL A; 1V2N T; 4Y8Y A; 1G9I E; 1BJV A; 1BJU A; 1ZLR A; 1YPJ H; 3SV7 A; 1KLJ H; 1CGJ E; 2A45 B; 4CRC A; 2H6M A; 1EB1 H; 1UK3 A; 1LHD H; 1GI2 A; 5ABW A; 5FPY A; 1JIM A; 1UCY K; 2WPK S; 3TGI E; 4B6E A; 4THN H; 1Q3X A; 3VB5 A; 3RUO A; 1NT1 A; 1PFX C; 1XUG A; 4YO9 A; 1P0S H; 2C4F H; 3ZVD A; 3P8F A; 2HRV A; 3KQD A; 5FCK A; 1ELV A; 1S82 A; 1LPZ B; 1GBB A; 1XKA C; 1V2Q T; 8GCH F; 3SOR A; 1AQ7 A; 1YM0 A; 1LKB A; 2OTV A; 1EZU C; 3AW0 A; 1GGD B; 3KQE A; 4ISI H; 1ACB E; 1PPC E; 3KYF A; 1CGH A; 1IQG A; 2J4I A; 1CSO E; 4E7N A; 1PQ5 A; 9EST A; 1VCW A; 4GPG A; 1K9O E; 1GG6 C; 2YNB A; 2ZGC A; 3A7V A; 2ZU5 A; 1V2M T; 3A8C A; 2KX4 A; 1E0F D; 1IHS H; 3DSO A; 1ESA A; 3LOX A; 1MQ6 A; 4QT8 C; 1C4V 2; 1D3T B; 1NRO H; 2AGI X; 2Z7F E; 1LHE H; 4BAM B; 1AVW A; 3H7T A; 4TPY A; 2BX3 A; 3PMH B; 1AFQ B; 1SOT A; 2ZDN A; 1TNL A; 2XTT B; 4BTT B; 4MNX A; 3TU7 H; 3BTM E; 3SV6 A; 1YP9 A; 1O35 A; 1UVU H; 4WXV A; 2EA3 A; 1Y3U A; 1DY8 A; 3N7O A; 1ANC A; 2GV6 A; 3LGV A; 1QTF A; 2JIZ D; 1THP B; 4AFQ A; 1GMD G; 3RXB A; 1HYL A; 3C1K A; 2AHM E; 2J98 A; 3SGB E; 1ZHR A; 2O8L A; 2OQU A; 1K2I 1; 2J34 A; 2WPH S; 2TGT A; 2P8O B; 4X1R U; 1DY9 A; 3FFG A; 1GI0 A; 4Q7X A; 3NK8 A; 1W11 U; 1FY5 A; 2QN5 T; 5EST E; 3SJ9 A; 1RXP A; 1C5S A; 1ELT A; 3LIW A; 2FWW A; 3EA9 A; 4K5Z A; 1O2T A; 3FP6 E; 1COW D; 1LQD B; 9LPR A; 5CHB A; 3A85 A; 7EST E; 1J17 T; 2ZU1 A; 2NU0 E; 5T6G A; 2FX6 A; 4TWW A; 2H9H A; 4YXW D; 3SO3 A; 2BDG A; 2K8I A; 4GLY A; 4K2Y A; 3T29 A; 1ABI H; 1LHF H; 4NWL A; 4AG2 A; 1SLW B; 3SJI A; 1HLT H; 4DY7 B; 5IK2 D; 2VBC A; 3FOA A; 3MHW U; 1YCP K; 4RKO B; 2FI4 E; 3RU4 D; 2STB E; 1ZMN A; 3OU0 A; 4AG1 A; 3MI4 A; 1GL1 A; 1O3M A; 1XVM A; 1LVB A; 5C67 A; 5ETX A; 1DLE A; 1LPG B; 1RGQ A; 1ZHM A; 2ALP A; 4KGA A; 3C27 B; 1GVZ A; 1HPG A; 1F2S E; 2ZZU H; 2Q6G A; 2BVS H; 5L30 H; 1O2J A; 2ANW A; 4Y7A A; 1RIW C; 1EB2 A; 1SG8 B; 1A3E H; 1ZOM A; 1LVO A; 1GMD F; 2UUJ B; 1BTW A; 1YPL H; 4DCD A; 1XMN B; 2PHB A; 3DUX H; 4ZXY H; 1ID5 H; 1QUR H; 5HM9 A; 3MQK C; 1DOJ A; 2V0B A; 1RD3 B; 4OS1 A; 3ZZB A; 2VNT A; 3EE7 A; 3SU0 A; 1TNK A; 1NY2 2; 1C1T A; 1TGT A; 1KXA A; 3ZV8 A; 4DJZ B; 1K1O A; 3SU6 A; 2PKS C; 3U28 C; 3UR9 A; 2ZG0 H; 2FYR A; 3RC5 A; 4FUD A; 5I46 H; 1P2M A; 1OWH A; 1BCU H; 1BHX B; 4HFP B; 5JB8 S; 2QV1 A; 3B8J A; 5EW1 H; 2XC4 A; 3BG4 C; 1C5Y B; 1ELG A; 3BEF B; 5HGG A; 5E0H A; 5EGM A; 3URC A; 1V2T T; 2OUA A; 5DP3 A; 6CHA C; 2P3F H; 1OP8 A; 3SNE A; 5A0C A; 5L6N H; 4MNV A; 1DWD H; 3UNS A; 8EST E; 1TE0 A; 3NPS A; 5GXP A; 3KGP A; 3V3M A; 4X1S U; 2CN0 H; 3QTO H; 3TJN A; 3UWJ H; 1LPK B; 1VR1 H; 1HAV B; 1C5W B; 3RXA A; 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2AIQ A; 1QCP A; 3FN8 A; 4UFF H; 3VB4 A; 2GZ8 A; 1DM4 B; 1DXP A; 3GDU A; 1S85 A; 3RXF A; 1MU6 B; 1HAY B; 5EQQ A; 5JYI A; 2QXH A; 4FUC A; 3PLK A; 4JZF H; 1NBM E; 1O3B A; 2ANK H; 1O2O A; 1SGF A; 1E79 D; 2ZKS A; 1ZTJ A; 1PPH E; 1RS0 A; 3KQB A; 2AFQ B; 2CGA A; 2JKH A; 2HLD D; 1OKX A; 4NFF A; 1OYT H; 2BZ6 H; 3PM3 A; 1P01 A; 1C4Y 2; 2Y7X A; 3LGU A; 1SQT A; 3QN7 A; 3RM2 H; 4I8K A; 5BPE A; 1O2K A; 2Y7Z A; 4FUF A; 3BG8 A; 3LON A; 5C0U A; 3KCG H; 4I8J A; 1T31 A; 2BQ6 B; 3TVJ B; 3RMN H; 5A0A E; 1C1P A; 1B5G H; 4WMF A; 1BMM H; 5HM2 A; 2J98 B; 4X2X A; 1AMH A; 1NFY A; 2G4U A; 1N8O B; 4MPU A; 2VIP A; 5JDU B; 3BTE E; 1XVO A; 3A81 A; 1DWC H; 3EAJ A; 2IOT A; 1UVS H; 4B1T A; 1TPS A; 2GCH G; 2PWX A; 4K69 A; 3RXM A; 5EXN A; 2GDD A; 4MG3 A; 1GHB F; 1VIT F; 1HAH H; 3SNA A; 1IQL A; 5FPT A; 2G55 A; 2GX4 A; 1C5N H; 4X2V A; 2H5C A; 2KZ4 A; 1ANB A; 1OXG A; 1ZMJ A; 1O2R A; 2P16 A; 1QGF A; 3F2G A; 1S81 A; 2HLC A; 2A7H A; 1BTP A; 3PLP A; 4ZKR U; 2BM2 A; 4I8H A; 3TK6 A; 1T4V H; 2CF9 H; 4E7R G; 1W3C A; 5E8E H; 1JRT A; 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