The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
|
sequence length |
75
|
structure length |
75
|
Chain Sequence |
DTTPVVVNGVVFALAYNGNLTALDLRSGQIMWKRELGSVNDFIVDGNRIYLVDQNDRVMALTIDGGVTLWTQSDL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure and Assembly of a B-Propeller with Nine Blades and a New Conserved Repetitive Sequence Motif
rcsb |
| molecule tags |
Chaperone
|
| source organism |
Escherichia coli
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| molecule keywords |
OUTER MEMBRANE PROTEIN ASSEMBLY FACTOR BAMB
|
| total genus |
12
|
| structure length |
75
|
| sequence length |
75
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-10-10 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| C | PF01011 | PQQ | PQQ enzyme repeat |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Thrombin, subunit H |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2YMS D; 2YMS B; 2YMS C; #chains in the Genus database with same CATH topology 1O3D A; 2PV9 B; 3SUG A; 2ZGX H; 1C1T A; 2TGD A; 1BTY A; 1MZA A; 1YPL H; 3SND A; 1TNG A; 3KNX A; 1ZHP A; 2BY6 X; 4ACA A; 1N8O B; 2C8X B; 3NPS A; 3SV7 A; 1GI4 A; 1Y5A T; 2H9E H; 4CRE A; 2CGA A; 4CH8 B; 4GHQ A; 1LHG H; 3RC4 A; 1O2Z A; 3LGY A; 5EGM A; 2OC1 A; 5FPY A; 1VCP A; 1BTW A; 1V2O T; 2WIN I; 1IQL A; 3ZZ8 A; 1BTU A; 2A7J A; 4GCH F; 4AB8 A; 4MTB A; 2AFQ B; 1OP2 A; 3FKS D; 4RT1 A; 1AD8 H; 1EJA A; 1LKB A; 3RXM A; 2ZP0 H; 3SUD A; 1TWX B; 2V3O H; 3WW7 A; 3P92 A; 3SGQ E; 3GY3 A; 2BDG A; 1Y3V A; 4MNW A; 1QFK H; 1DY9 A; 1GI2 A; 3P8G A; 5T1V A; 2G51 A; 2C8Z B; 1CHO G; 1C4U 2; 3FOA A; 2OLG A; 4E7R G; 1KTS B; 4XSK U; 2QXI A; 3SJI A; 2VH0 A; 3SJ8 A; 2UWP A; 3QDZ B; 4O3U A; 2P8O B; 1IQN A; 4CHA B; 1F0U A; 2UWO A; 1ZHM A; 3P8F A; 3ZZC A; 1ELG A; 4FU9 A; 1DE7 H; 2PKS C; 1NFU A; 2Y81 A; 3PYH A; 2A45 B; 3HK3 B; 5EU8 A; 1KLT A; 4F49 A; 5HMA A; 1PPF E; 1TMT H; 1O5C B; 1ETR H; 1TRM A; 4NSV A; 3TGK E; 1KTT B; 4WF8 A; 3V3M A; 2KR7 A; 4IN2 A; 3MU8 A; 4A92 A; 3SV9 A; 1GWA A; 3O8B A; 1GHB G; 4MG3 A; 2ZU2 A; 1C5Y B; 1XM1 A; 4CRD A; 1GJ5 H; 1O5F H; 2BX4 A; 3PRD A; 3WY8 A; 2ZDV H; 4KTS A; 3HKI B; 5FBI A; 3RMM H; 1RFN A; 3RXS A; 3JZ2 B; 2EEK A; 1FY5 A; 1SOT A; 1NPM A; 2FOB A; 1C5W B; 1MTS A; 4K3J A; 4FUI A; 4U30 A; 1K0H A; 1IHT H; 3GDS A; 3RXV A; 1UTJ A; 1E36 B; 1AZ8 A; 2OQU A; 4YZU A; 2YMS B; 1O3N A; 4I8L A; 1C5X B; 2R3Y A; 1HFD A; 3K9X B; 5TCA A; 4NIW A; 1T4U H; 4TWW A; 1NRO H; 4M9F A; 1MTV A; 3M37 A; 4MNX A; 2Q6G A; 1LPK B; 2GD4 B; 3UPE A; 1HB0 B; 1AFQ B; 1COW D; 4B6F A; 2VWO A; 1S6L A; 2XWB I; 2GCH G; 2FDA A; 4XFQ A; 3BTQ E; 1GBK A; 1THP B; 1HJA C; 2D1J A; 2FTM A; 4FUD A; 4RI0 A; 1CO7 E; 1AVG H; 2GP9 B; 1TAW A; 3VXE H; 1CHG A; 1GBJ A; 1GL0 E; 4D9Q A; 2ZU4 A; 2VIP A; 1YF4 A; 3PTN A; 3M3S A; 5EIY A; 1Z7K A; 1P10 A; 3BTG E; 2F9O A; 4NWK A; 3ITI A; 4CRG A; 2B5T B; 4JMY A; 1O2G H; 2DE8 A; 1HGT H; 4RN6 A; 2BDY A; 1HUT H; 1GI8 B; 2BZA A; 2FWW A; 2P59 A; 3BIU H; 3FZD A; 8EST E; 2AMQ A; 1P2O A; 3E1X B; 4Y0Z E; 2V35 A; 3LC5 A; 2BLQ A; 1LHE H; 3ZZ4 A; 2O8M A; 1FPH H; 1SL3 A; 3BF6 H; 3PWC A; 3DFL A; 2BVX H; 1WCZ A; 3A8A A; 4MVN A; 1C5P A; 1C2M A; 1H8D H; 1MU8 B; 3TNT A; 2FPZ A; 3GY2 A; 2ZKS A; 1FV9 A; 2AH4 X; 1NT1 A; 2XXL A; 1O33 A; 3F2F A; 2BVR H; 3S9B A; 1YPG H; 1CSO E; 1RTK A; 3V0X A; 3KN2 A; 1J9C H; 1GGD B; 4CRC A; 5EW1 H; 2THF B; 1DIT H; 3FN8 A; 1AZZ A; 2FI5 E; 1CBW B; 1QIX B; 1V2N T; 6CHA B; 1TNH A; 3EA9 A; 1NFY A; 4BAK B; 1C1Q A; 1UMA H; 1GJD B; 4Q7Z A; 1SQR A; 4Q2K A; 4X2Y A; 1C1W H; 3E3T A; 3F2G A; 1OX1 A; 3GCT F; 2ZDL A; 5C2Z A; 4ZKN U; 2UUF B; 1C1V H; 1P05 A; 1UO6 A; 1V3X A; 2QCY A; 4RT0 A; 1IQF A; 3ZZA A; 2XW9 A; 3F9E A; 5EOK A; 2UUK B; 1EXF A; 4HFP B; 3SU6 A; 3GYL B; 4LXB H; 1C1N A; 3LPR A; 4X1S U; 2F4L A; 2WYG A; 2PKA B; 1CE5 A; 3RXH A; 1TNK A; 1F92 A; 2XBV A; 4OS7 A; 3A82 A; 3QX5 H; 4Q80 A; 4A5T S; 1DX5 M; 1TGT A; 1MUE B; 3ZZ7 A; 1HAY B; 1Z8R A; 1O3P B; 1C1S A; 2PSY A; 2ZDK A; 2VID A; 3TJV A; 3MNX A; 3DHK H; 1GPZ A; 2FX4 A; 2Y5G A; 4X6P A; 1DWD H; 1Z8I B; 1SGC A; 1H9L B; 1OP0 A; 3QZQ A; 1Y5B T; 4D9R A; 3RXF A; 5A8Z A; 2PFE A; 2C8W B; 5ESB A; 4TT3 D; 3MTY A; 4B1T A; 4AB9 A; 2ZGB H; 1T8N A; 1QHR B; 2Z9L A; 1W12 U; 2FOA A; 1IQH A; 1S0Q A; 1MU6 B; 4ISI H; 1GBD A; 2FMJ A; 3BTE E; 5C20 A; 2SNW A; 2ZIQ H; 1TGS Z; 2R0K A; 3KQC A; 3VPK A; 3TIU A; 4EST E; 1NRN H; 2ZFR H; 5HIY A; 3FO8 D; 1O2H A; 1ZJK A; 1ZYO A; 1W14 U; 1GI1 A; 3KQD A; 1D9I A; 4X1N U; 1A1R A; 1SQT A; 1Z1J A; 2A2Q H; 2H9T H; 3P8O A; 3OTJ E; 2J98 B; 1A0H B; 3AW1 A; 2Y7X A; 5FCR A; 3AK5 A; 4GHT A; 4FUH A; 4MNY A; 1TNL A; 1FXY A; 5DG6 A; 4KP0 A; 4XD7 D; 2CV3 A; 1S81 A; 2HNT E; 3SV8 A; 2H1U A; 3H7O A; 3C27 B; 5GWZ A; 4K8Y A; 1GI5 A; 1O2T A; 1V2L T; 2F9B H; 4B75 A; 1ARB A; 1MD8 A; 3V13 A; 2SGD E; 3EST A; 3QTO H; 4A1X A; 2VH6 A; 1C9T A; 1YPH E; 3A7W A; 1FY4 A; 1TFX A; 4FU8 A; 1BJV A; 1MZD A; 1SSX A; 2V3H H; 3SNE A; 1GHA F; 3QTV H; 3BEU A; 1P57 B; 3SV6 A; 2OC0 A; 2ASU B; 2LNC A; 5EQS A; 2VIO A; 2XBY A; 1VZQ H; 1TBZ H; 2H9H A; 2J95 A; 4D8N A; 2BY9 X; 1EKB B; 1FLE E; 1PPZ A; 4WJG 2; 4Y0Y E; 3PLB A; 1TOM H; 4MPX A; 4WXV A; 1RGQ A; 1MD7 A; 3URE A; 1ZTJ A; 1FQ3 A; 1TQ0 B; 5CDF E; 1A5H A; 5DJ7 A; 5L2Z H; 3VEQ B; 1A46 H; 4FUC A; 3U28 C; 2SGP E; 1EZU C; 1V2S T; 5JBA S; 4X1P U; 3NKK A; 1CGI E; 2BYA X; 1FI8 A; 4AG1 A; 3M35 A; 1NFW A; 1BB0 B; 3S9A A; 2HVX A; 2ALP A; 2W7U A; 1GCD A; 2ZFP H; 1K28 D; 4DGJ A; 5EW2 H; 2D8W A; 1BBR E; 4ZHA A; 2A4G A; 2RFK C; 1HJA B; 3FP8 E; 5CHA C; 5HIZ A; 1H9H E; 1SGI B; 1P3E A; 3MFJ A; 1GBB A; 2VB0 A; 2ZTY A; 1HAH H; 4ABI A; 5I46 H; 4YT6 H; 1ELD E; 1H8I H; 4ZKO U; 1TPO A; 4IW4 E; 2ZQ2 A; 1A7S A; 3URD A; 5F8Z A; 3EQ0 H; 1NBM D; 3PRO A; 1GBM A; 1WOF A; 1ZMN A; 2ZGC A; 3M3V A; 1NFX A; 3A80 A; 2SGA A; 1BMN H; 1EOJ A; 3A7Y A; 1X7A C; 1TYN A; 5EJL A; 3V7T A; 3A86 A; 1C5R A; 2PUX B; 2LP6 A; 1LTO A; 4NIX A; 3RXB A; 4ZAE A; 1TE0 A; 2FOH A; 3TPI Z; 1QZ8 A; 4KGA A; 1SGT A; 3AAS A; 2AGG X; 4OGX A; 1YGC H; 4FUE A; 1HRT H; 1TA6 A; 2YOL A; 2PGB B; 4UFE H; 1P0S H; 3TNS A; 3A85 A; 5FAH A; 2AMD A; 1UTN A; 3MI4 A; 2W5E A; 3ODF A; 2P8O C; 3RXR A; 4CHA C; 1EB1 H; 2VWL A; 1GI3 A; 1A2C H; 5C17 A; 3U8R H; 1EZS C; 4I8H A; 2ODY B; 4DT4 A; 1P2I A; 3OYP A; 4AOQ A; 4BTT B; 1S83 A; 4Z0K A; 1IAU A; 1WQV H; 4UFF H; 1SQA A; 4CBO A; 4J1Y A; 2G5N A; 1QL8 A; 2W3K A; 1LCY A; 5HGG A; 2FYQ A; 3LGU A; 4X6M A; 1SGE E; 5LH8 A; 3SQE E; 6GCH F; 2FEQ H; 1TMB H; 2OC7 A; 2QF5 A; 1KXA A; 2BQ7 B; 3TGJ E; 3M5N A; 4BXW A; 1TX6 A; 1GJB B; 1K1I A; 4LK4 A; 1SQO A; 3TK5 A; 2QE7 D; 3ATI A; 3MNB A; 2ZA5 A; 3O8R A; 1SVP A; 2FOD A; 3NXP A; 3SUE A; 3ATW A; 3K6Y A; 3T27 A; 1E37 B; 2YMS C; 1O3A A; 2XC4 A; 1TGN A; 4A1V A; 1AND A; 5DP3 A; 2VJ1 A; 2BM2 A; 1LPG B; 4MPW A; 1CQQ A; 1PPH E; 4A1T A; 1TGC A; 1S5S A; 3MNS A; 3SHC H; 2ZHW H; 1BIO A; 1AFQ C; 4IGD A; 1YWU A; 4OGY A; 2V3M A; 3SJ9 A; 3FP6 E; 4IC6 A; 4OS4 A; 3F3B A; 1Y3U A; 4IN1 A; 4Y10 E; 1V2Q T; 3D23 A; 2KM0 A; 1O3I A; 3UNR A; 1XVM A; 1O3M A; 3ZIA D; 3KL6 A; 2EI6 A; 1GDQ A; 2C93 B; 3MO9 A; 1XVO A; 1YCP K; 4UON A; 4WXI A; 3M5L A; 1UCY E; 1GI9 B; 2QY0 B; 1GCT B; 1O3K A; 1NRQ H; 2W6J D; 2M5T A; 2A7C A; 4ABE A; 2VIV A; 3PM3 A; 3Q00 A; 3AAV A; 1A61 H; 1L1N A; 2EI7 A; 8LPR A; 2BY5 X; 5GCH F; 3IIT A; 7LPR A; 1YKT A; 1ID5 H; 4ZXX H; 1KXD A; 1E1R D; 1GHZ A; 3SBK A; 1XX9 A; 2FOM B; 3DT0 H; 2BY8 X; 4JZ1 A; 5DSF A; 1W0J D; 2IJD 1; 2IN2 A; 1LQE A; 3FVF B; 1PJP A; 2ILN A; 3SNB A; 7KME H; 2VVV A; 2ZWL H; 1FUJ A; 2BDH A; 2BHG A; 1KDQ B; 4SGB E; 3GCH B; 2FYR A; 1UK3 A; 3BTH E; 1SGD E; 3GIS B; 2O8W A; 2C8Y B; 3PRB A; 5A09 A; 1NRP H; 1AQ7 A; 1VIT H; 2ANM H; 2ZFQ H; 1GMC F; 2JH6 D; 3GY5 A; 1HCG A; 1GGD C; 1EQ9 A; 1S0R A; 1S85 A; 2R0L A; 3OU0 A; 1AN1 E; 1UW7 A; 3P6Z B; 1CBW C; 3R0F A; 1GJ6 A; 3RXI A; 6CHA C; 1EFR D; 4RKO B; 4X8U H; 2ZQ1 A; 2ZDM A; 1AVW A; 2Z3E A; 4X8S H; 1MKW K; 5AVD A; 4DII H; 1XMN B; 5DK1 A; 3STJ A; 2ZGH A; 3RXG A; 1Y59 T; 2ZFS A; 1NU9 A; 2VIQ A; 1C2G A; 1A0L A; 1W13 U; 3EDX B; 4ZRO A; 2TIO A; 1GJ4 H; 3NWU A; 1AI8 H; 3WWF A; 3CNR A; 2GJG A; 3UR6 A; 1YP9 A; 4M7G A; 4ABH A; 5LPE A; 2G81 E; 4JZI A; 1GJ7 B; 1GL1 A; 2OD3 B; 5J4S A; 1EAT A; 2AER H; 3M36 A; 2PGQ B; 2WV9 A; 1T8M A; 3SHA H; 4Q63 A; 4TY7 A; 1C2H A; 2PTN A; 2QXJ A; 3ZVC A; 1O2Y A; 1SGF A; 2C4F H; 1GVK B; 1QGF A; 2BY7 X; 3MO3 A; 2OBQ A; 1SLV B; 1TRY A; 3GIC B; 1GHW H; 2Y7Z A; 1L4Z A; 1CHO F; 1OWI A; 1FY8 E; 1K2I 1; 1O2X A; 1C1M A; 3FFG A; 1HYL A; 2VWN A; 2IPQ X; 4K5Z A; 2FZZ A; 4ABD A; 1BUI A; 1QUR H; 4OM9 A; 1HXF H; 4Y71 A; 4X2V A; 1RXP A; 3A8C A; 3ODD A; 4A6L A; 3HGN A; 1OSS A; 3KQB A; 1S6H A; 2F9V A; 2ZHD A; 3N7D A; 1TA2 A; 1BJU A; 1VKY A; 1B0E A; 3T5F H; 5EJ1 A; 3UNQ A; 3UFA A; 2CJI A; 4ABB A; 1O36 A; 1HJ8 A; 1V2J T; 2HOB A; 1ZHR A; 2W6I D; 4NA9 H; 2BLW A; 2ZCL P; 3W1E A; 9LPR A; 3SI3 H; 1O0D H; 1VR1 H; 4WVP E; 3RU4 E; 3RM2 H; 2A5K A; 1SR5 C; 4NZL A; 2CF8 H; 2R3U A; 1GHB F; 3E90 B; 1V2U T; 4SGA E; 3SW2 B; 2XWA A; 3DSO A; 1TPP A; 2AHM E; 3TJU A; 1P2J A; 4HGC A; 2ZHQ H; 1SI5 H; 3MNC A; 4NFF A; 1BOQ A; 3F0P A; 3PV5 A; 4LZ1 H; 1OWK A; 1G2M A; 1YBW A; 4P00 A; 2KCP A; 5DGJ A; 4JCN A; 1O3C A; 3RXE A; 1K1N A; 2GX4 A; 1LHF H; 4JK5 A; 2HPQ H; 2W3I A; 3KHV A; 4K1S A; 3OY6 U; 2ZDA H; 1QQ4 A; 1GBI A; 3U1J B; 4BNR A; 3B8J A; 3RXO A; 6LPR A; 2KCA A; 4GCH G; 4LOY H; 2GCH F; 1EOL A; 1DM4 B; 1B0F A; 1HV7 A; 3B23 B; 1L1G A; 3I29 A; 1QRW A; 3VXF H; 5JPM H; 2GMT B; 2ZHE H; 2J4I A; 1SG8 B; 2GT7 A; 1NES E; 2B8O H; 1N6Y A; 5L30 H; 1AIX H; 3I78 A; 3F9H A; 4X0W U; 4CRF A; 1CT0 E; 1MKX K; 2Q1J A; 1F2S E; 1KXC A; 1UHB B; 2GZ8 A; 2LPR A; 2FI4 E; 4ACB A; 1WUN H; 1GJ9 B; 2I6Q A; 4UFG H; 2EY4 C; 3BG4 B; 3SUF A; 1TON A; 3WWB A; 1HAG E; 1GBT A; 2OK5 A; 2BLV A; 2Y82 A; 3HGP A; 1OP8 A; 5FPS A; 4ISN A; 4IMZ A; 5C1Y A; 4K2Y A; 1QBN A; 1B5G H; 2G5V A; 3ZZ6 A; 1FY1 A; 5I25 A; 5IDK A; 1BRB E; 3MH6 A; 1IQE A; 4XDE A; 3OFN D; 5T3H A; 1OYQ A; 5HKK D; 3SU0 A; 3CS0 A; 4AFQ A; 3UNS A; 1MQ6 A; 4YTA A; 1ZLR A; 2PKA A; 3U8O H; 2PP6 A; 5JBB S; 1ETT H; 1QCP A; 2Y5F A; 1AE5 A; 2OUA A; 1DXW A; 3OAA D; 3MU4 A; 2PLX A; 2SGF E; 3LH1 A; 4GLY A; 2OQ5 A; 3FAN A; 2EA3 A; 1EB2 A; 1C5T A; 1P2M A; 2BD8 A; 2QF0 A; 1AFE H; 3EAJ A; 1O37 A; 3LIW A; 2A5I A; 4ABG A; 3LJO A; 2NWN A; 1O2Q A; 1QRZ A; 1OKX A; 1UK4 A; 2G8T A; 2XBX A; 2OCV B; 4VGC C; 4ZMA H; 4WME A; 2BDA A; 5HXF A; 1NU7 B; 5C1X A; 2ZU5 A; 1PQ8 A; 4BXS A; 2A4O A; 4CR9 A; 2NU1 E; 1JIR A; 1QJ7 B; 2QF3 A; 2JH5 D; 4WY3 A; 1YLD A; 2VWM A; 4GAW A; 1SGF G; 4Z6A H; 3K6Z A; 1H9I E; 4DCD A; 1G9I E; 1SFQ B; 1H8E D; 4B74 A; 3AVZ A; 5JB8 S; 3GYM A; 2GV7 A; 2G4T A; 1TOC B; 2PWX A; 2V0B A; 3LJJ A; 2I6S A; 1NO9 H; 1NY2 2; 1HAI H; 2RA3 A; 4Y79 A; 1K1L A; 2A4Q A; 1F7Z A; 2BD2 A; 4CH2 B; 5PTP A; 3EE0 B; 3LGI A; 1Z6E A; 3ZVA A; 4X8V H; 3SJK A; 2AGE X; 5ABW A; 3Q77 A; 4INL A; 2J98 A; 4AYY B; 1O39 A; 3SU1 A; 4YLQ H; 2ZCK P; 4AG2 A; 1J8A A; 1ANB A; 3MH7 A; 1BMF D; 1IQG A; 1BML A; 4KTU A; 1XKA C; 1O2K A; 1T4V H; 1G2L A; 3PMB B; 1O5E H; 3F9F A; 3ZVB A; 1FMG A; 2O8U A; 3CS7 A; 2WHX A; 1BTH H; 1P9U A; 2F83 A; 2R2M B; 3H7T A; 1QQU A; 5E0G A; 4B6E A; 4Z1M D; 2R2W U; 2H2Z A; 1GDN A; 1LO6 A; 3UOP A; 2QN5 T; 3SV2 H; 1HNE E; 3Q76 A; 4WMF A; 1DAN H; 1SFI A; 1Y5U T; 5EPN A; 2Z9K A; 1ELA A; 4D7G A; 1C5N H; 2BD5 A; 1GVL A; 1GBL A; 2PUQ H; 3NRL A; 3GY4 A; 1GCT C; 4J2Y B; 1MCV A; 5DP8 A; 1C4V 2; 1HJ9 A; 2IJO B; 2VBC A; 3ATL A; 3UY9 A; 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