2YNXA

Crystal structure of ancestral thioredoxin relative to last archaea common ancestor (laca) from the precambrian period
Total Genus 29
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
29
sequence length
105
structure length
105
Chain Sequence
SVVQLNDENFDEVIKKNNKVVVVDFWAEWCGPCRMIAPIIEELAKEYAGKVVFGKLNVDENPEIAAKYGIMSIPTLLFFKNGKVVDQLVGAMPKEALKERIKKYL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Conservation of Protein Structure Over Four Billion Years
pubmed doi rcsb
molecule keywords LACA THIOREDOXIN
molecule tags Oxidoreductase
source organism Synthetic construct
total genus 29
structure length 105
sequence length 105
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.8.1.9: Thioredoxin-disulfide reductase.
pdb deposition date 2012-10-19
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2ynxA00
3DD3A 1URMA 2WZ9A 4ECBA 3GYKA 2OBKA 3KGKA 3EINA 4IP1A 4D73A 4ZBBA 5J4UA 4AJ7A 5JWRB 4WF5A 5G31A 3LWAA 1FOVA 1ZMAA 3UL3A 3M8NA 2AV4A 3APOA 2PVOC 4Q5QA 5IO0A 2C80A 4GQCA 2WFCA 1QFNA 3F4SA 4G2EA 3S9FA 1DE1A 4MABA 1WP0A 2C1YA 1K3LA 2HNLA 4HZ4A 3HVVA 1X9WB 5ELAA 3EVIA 4ZB6A 2AJQB 3O76A 5A5KA 3TOTA 3GKXA 2K8SA 4BWSA 2B7JA 1M9AA 2H6YA 4POMA 5J41A 2HRNA 1GSQA 1TOFA 4ZL7A 3M3MA 3D22A 3UBLA 1GWCA 5IMCA 1V58A 4PUAA 4GCIA 2VL2A 2MBTA 3VURA 2PBJA 3MDKA 5DQSA 3UVHA 1XWKA 1AAZA 3TGZA 4Q5NA 3KP9A 4OWYA 5EVOA 1SJZA 1WE0A 3FYGA 1MDKA 3M9JA 2JADA 1Y25A 3FZ4A 1T8EB 1F3BA 1TTZA 4WEYA 5KN3A 2DBCA 3FR3A 4RQRA 4BL7A 4EC0A 4L5OA 5HFKA 1X5EA 3LXZA 3TKSC 1FO5A 3HVSA 1MTCA 2DJKA 2NTOA 2OE1A 1YJ6A 1EV9A 5HFGA 5JCUA 1QMVA 2MMOA 3F3RA 1SK0A 4NV2A 1B48A 1MDIA 2LQOA 3CRTA 1GSEA 1ZL9A 3QPMA 2M80A 1XOAA 4ZILA 5IQYA 2ZNMA 5ECPB 1GNEA 2L57A 2YZHA 3TKPA 4K1FA 4RI7A 5IM9A 2PPTA 4MZCA 4J57E 4KA0A 4RUVA 5G1LA 4I5QA 2M72A 4XS4B 3HJOA 5IMFA 1SD9A 1QQ2A 2VCXA 4YAPA 5E59A 3W8SA 1OE8A 4XCSA 3APSA 5EY6A 1U6TA 1XW9A 1MD3A 4FYBA 4O7HA 1ILOA 2H76A 3NOFA 3LG6A 2R5GA 5DAKA 6GSYA 4IQ1A 4MJBA 5ECOB 4ZIJA 3A2WA 2XC2A 4ZB9A 2LV3A 3BJ5A 2GT6A 3UAPA 1TRUA 3PGTA 1EGRA 1X5DA 4ZBDA 2PGTA 2LKUA 1AQVA 5GSTA 2WCIA 2J23A 2J9HA 1FVKA 4ZBAA 3HJPA 5ENUA 5KN1A 5IIZA 1EV4A 4OO5A 5ECMB 3E3EA 2O87A 4PQ1A 1YQ1A 1SD8A 3IC4A 4JZQA 3GL3A 4TXOB 2C3NA 5CNWA 4PURA 1EP7A 2VM2A 3DYRA 3ERGA 3IPZA 5H5RA 1M2BA 1QK8A 3EU3A 2FUG2 3C1RA 5AISA 2F51A 4PXOA 3KMNA 3KTBA 4DSQA 4H86A 3L78A 2DIZA 5ECIB 2I3YA 3ZTLA 2VIMA 4YQVA 1GUKA 3GHAA 2LEGA 1YZXA 1S3DA 2X8HA 3Q74A 6GSVA 1GSSA 4V2NA 4DEJA 2GZYA 1MDJA 20GSA 4KDXA 2V6KA 3EWLA 2A2SA 1AW9A 1V98A 4XIHA 1Y6EA 3LSZA 1O73A 1K0DA 1GRXA 2YWOA 3WT1A 4LA1A 2HYXA 2VD0A 1A0RP 2OADA 1UA5A 5HR0A 4YH2A 4MJAA 2BTOT 2CX4A 5GAPD 2O85A 4JBBA 4JU5A 2JZSA 1ZYQB 3H4KA 2VL3A 3F63A 5G30A 4MF5A 3C1SA 1Z6NA 3H8QA 1TK8B 2H75A 1SKWB 2GQMA 2L6CA 1M99A 3QFBC 3RHBA 1A24A 2LRCA 3M9KA 1SL0B 4XS4A 3LYPA 3VPQA 3ZVJA 1A8YA 1FVJA 4OCEA 4GXZA 5FHIA 4WETA 3L9UA 4FIWA 4OFTA 3F6DA 2G0FA 4BA7A 1TK0B 2OBIA 2DMMA 4D73B 2RM5A 2XPEA 2OKAA 3DIEA 5C00A 4DSRA 2GTUA 3LXTA 3ZYWA 1GLQA 4LMWA 2NBSA 2CX3A 4ZB8A 3IOSA 2OE0A 3D4TA 2VCWA 1PRXA 2FWGA 4GF0A 1J0FA 2B3SA 1HNCA 3P2AA 6GSTA 2DC5A 2DLXA 5A4WA 4X0XA 1R26A 5ECNB 5LNKe 2JSYA 2C0DA 3KH7A 5D9WA 3VI7A 3CBUA 5ECLB 3ZL5A 2B5EA 2GT5A 5D73A 4G19A 4XRAA 1XBSA 1ERTA 3ME8A 2VL9A 4E8HA 2B5XA 2R37A 5EL8A 3GN3A 5D93A 4OMVA 4EF0A 17GSA 3ZIVA 1TW9A 5DCHA 5LD0A 3N9JA 2IIYA 2HRFA 2YNXA 3G7IA 3IAM2 4POLA 1B9XC 3QR6A 3GKNA 4ZXGA 3Q6OA 4ID0A 2YPMA 5JCWA 2CZ2A 2DJ0A 4QL7A 3TRQA 1DE2A 1OC9B 2GDRA 3VPTA 1MD4A 1F3AA 4OFNA 5J9CA 1TJDA 1N8JA 3P90A 1TRSA 1S3AA 4EDZA 3LQ7A 6GSXA 1PQNA 3VWVA 1DBYA 5FT3A 4NV5A 5CP1A 2IPAA 1CQGA 1B4PA 2LJRA 3GNJA 1EWXA 1X9SB 3LYKA 1TKDB 3VWUA 4TR1B 3CSHA 2IJYA 5DQYA 2GVPA 2PVQA 2PU9C 3UOMA 3V1WA 1EOGA 1K0MA 4ECJA 4HDEA 1GSDA 1PKWA 4G9HA 2NDOA 1ZYEA 1MEKA 3C8EA 2EIOA 3Q18A 4GSTA 1GSUA 2DJJA 3ZZXA 1B9YC 2F9SA 3DVWA 3QMXA 3TJKA 3EU4A 3FZAA 4KX4A 1Z7PA 2L5OA 1A2LA 7GSSA 4KE3A 4MP4A 4ZL9A 4O5RA 1NW2A 3A2VA 1AIUA 1SL2B 3UARA 3TKQA 2JACA 3APQA 1ZZYA 4CHSA 1X0RA 3GL5A 4V2MA 1SENA 4ML6A 5F8BA 2DIYA 1F2EA 3O6TA 2X99A 3FEUA 2H1AA 4HUAA 1O85A 11GSA 3HKRA 1YF1A 4NAXA 4WBJA 4CDOA 3GKMA 4F0BA 2YWIA 3DGQA 3FR6A 1CQHA 1H75A 3EC3A 3F3QA 4ACSA 2HE3A 4IJ3A 3RBTA 5IMAA 3KTLA 1PX6A 5IMDA 5J3RA 3WGXA 3EE2A 1JZRA 4IS0A 1O81A 3HZ8A 2P0GA 1GSYA 4XHMA 1JLWA 2H71A 2EIRA 3IAS2 2H30A 3U6VA 2AB6A 4FYCA 1ERWA 5ECSA 1ERUA 4TVEA 5COHA 2JZTA 1YKCA 1E6BA 3BCKA 1XVQA 4IHUA 2LS5A 4OFMA 1VF2A 3PR8A 4N0VA 3GTUB 2GSRA 4WF4A 5HR2A 2PERA 5F05A 1C72A 2HSHA 4X43A 1GP1A 1TP9A 1TRVA 4L0UA 1PGTA 2V41A 1M2DA 1OC9A 3I9V2 3HA9A 2Z9SA 5IPHA 1YKAA 1XWGA 3QAVA 3J7Yb 1O6JA 1F37A 1M2AA 1JZWA 3HXSA 2IMDA 3EMPA 2V32A 3UMAA 3RHCA 1U3IA 4E8EA 1OKDA 2WJUA 1LJRA 3I43A 4WBRD 1GTIA 4O92A 2P31A 1YEXA 4TR1A 1XCCA 3FY7A 3WYWA 4TR4A 1YDKA 4N10A 3G7YA 3GSSA 4JE1A 2H70A 2YJ7A 2YZUA 4PQHA 4HJMA 1AUCA 4TXVA 2LQQA 5CRWA 5JWQB 2OE3A 2R4VA 4I2UA 4ECCA 1PA3A 2G2QA 3FK8A 2VLUA 3LGCA 3LJRA 4YAVA 5DVBA 4K0NA 4YQMA 2C0EA 3DKSA 3W6GA 3L9SA 3GX0A 2E0QA 3EYTA 5C04A 4EUYA 4NHZA 3GIXA 1EZKA 3UJ1A 2MYGA 1XZOA 1FW1A 2AUVA 3QAGA 3RPPA 4I97A 2VLTA 2B7KA 1T7PB 5ECRB 3A2XA 3CSIA 2GSSA 4JEDA 1OYJA 1U3AA 4TR0A 4Z7XA 3F4TA 2REMA 2F8AA 4LL4B 3DRNA 5G2ZA 2YCDA 5HR3A 1PD21 2VAFA 3DXBA 1JHBA 3MWHA 1BJXA 1QGVA 1JLVA 2C4JA 1EEMA 4V1Ag 2BMXA 3I69A 1SU9A 3L9VA 2FGXA 3HZ4A 2B1LA 4TW5A 1GTBA 1Z9HA 3GA4A 4K0GA 5B8AA 3ISOA 2XHFA 4IGJA 2EIQA 5JWOB 3A5WA 5KN0A 2QSIA 1TXXA 3TKSA 5D96A 2HI7A 4F0CA 1XXUA 1X5CA 3C71A 4N30A 4PUFC 1ERVA 1O8WA 2VD1A 5B8BA 3DWVA 5ECKB 2H0HA 3GTUA 5CO3A 2C8UA 3F9UA 2DJ2A 3LORA 1T00A 1Q98A 3TJGA 2XPDA 3ZVJD 4K7NA 1N2AA 3E0UA 10GSA 1R7HA 2AAWA 1BX9A 14GSA 4I8BA 5D9XA 5JCGA 1TU7A 2P5RA 5A4VA 1I9DA 2FWFA 2GSQA 3VWXA 6GSSA 4KCEA 2FNOA 1NSWA 2V6OA 2C3QA 4P3YB 5KEJA 1WMJA 1V9WA 1HNBA 2H1BA 1VF4A 3UBKA 1RK4A 2H19A 2M46A 3KIJA 4LL1B 2RLIA 2C3TA 4KAEA 1Z5YE 1ZGNA 4MJCA 5IMZA 3I6AA 3UEMA 1YY7A 2H8LA 4KGIA 4MCUA 4EVMA 3WT2A 4I6XA 2DSAA 5E4WA 4MJEA 5FWGA 1O7UA 2HT9A 2HZFA 1OVNA 2MMAA 3GUSA 1AXDA 5DBQA 3UVTA 1T4YA 4KDYA 4CW9A 2H73A 3LFLA 3HY2A 1GH2A 5EPFA 1NM3A 3TKRA 2ES7A 3FZ5A 2YN1A 1R5AA 2BJXA 1UN2A 13GSA 4NMUA 4AJ8A 3DVXA 2FLSA 2LSTA 2RUEA 2TIRA 4DSSB 1K0AA 5B7CA 1Z6MA 8GSSA 1H4OA 1SKRB 2K6VA 4POBA 2GSTA 4J56E 5CREA 4XS1A 2DMLA 5F0GA 2L6DA 2H1DA 4NHWA 2CVKA 3K8NA 2RIIA 1K0BA 1SK1A 4MZWA 2MMZA 1PX7A 5ECQB 2VM1A 1GL8A 4DVCA 2KLXA 2RUFA 3UIWA 3ZIJA 1XW6A 4GLTA 12GSA 3VI5A 2QC7A 1GULA 1J08A 1GNWA 1TU8A 1T4ZA 4QQ7A 3TUEA 2XBQA 3GRXA 4KSMA 3N5OA 3O3TA 1SJIA 4GSNA 5D9VA 3F4RA 5DJLA 1UVZA 1XVWA 2R2JA 4WR4A 1Z7RA 3JCML 5H5QA 1FAAA 4KCAA 2P5QA 3IA1A 1XWCA 1XWAA 1GUMA 4GTUA 3US3A 1K0CA 1QUWA 4N0ZA 4GQFA 3MSZA 1WJKA 1LU4A 2CAIA 2HZEA 3HD5A 3KH9A 2B5YA 4ISDA 4ML1A 5CRHA 2VL2C 3LEFA 2LNTA 2I81A 1A0FA 3SWLA 2IMIA 5CYYA 2H74A 1DUGA 1THOA 1GUHA 1OC3A 2KHPA 2GS3A 4FO5A 2A2RA 4MH3A 3ZFLA 4JR4A 4MK3A 5CRDA 3F0IA 3IK7A 4KSOA 4NXIA 3OR5A 1XOBA 1JFUA 4JRRA 1WIKA 2MBSA 2B1KA 3CTFA 1RQMA 1UC7A 1Q4JA 3F6FA 3R2QA 2QGVA 4HQZA 2VLVA 3CXGA 1PN9A 3E9JB 2ON7A 3GH9A 3M0FA 1FG4A 2V2GA 1SJ6A 2CV4A 2JL4A 2CZ3A 3D4MA 5DJMA 1SKSB 2JU5A 2YV7A 2NPBA 3CRUA 1EEJA 2H66A 4BVXA 1HD2A 3RDWA 5AIVA 3HCZA 4HI7A 1EP8A 2MZCA 9GSSA 2O8VB 1W89A 2B6MA 3WGDA 4DSSA 5ID2A 3ZRDA 1NHOA 4MF6A 1U88A 4EDYA 3FHKA 2TRCP 1KNGA 1YF0A 2PN8A 4IJIA 4ULXA 5D8IA 2XBIA 5B6NA 4HEA2 2F8FA 1XFLA 4IQAA 3ERFA 5HFIA 5LCZA 5IO2A 4YQUA 2IWTA 4PGTA 1M9BA 3F8UA 1QXHA 4IW9A 3IBHA 1PL2A 2K8VA 2KOKA 5D9TA 2GZZA 2E2MA 2LJKA 4GSSA 3D21A 3EURA 1XWBA 4MZBA 3IRAA 4O32A 1FB6A 1G6WA 1ACVA 2OACA 2L4CA 2EC4A 2TRXA 22GSA 4AJ6A 2H6XA 4MMMA 2H72A 4G10A 3A3TA 2IN3A 2YP6A 4HOJA 4EO3A 2H6ZA 4ZL8A 1AC1A 4K8MA 4L8EA 1BQ7A 4EXJA 2WS2A 1IYIA 5INYA 2FCHA 1O8XA 5G1KA 4EKZA 4HU7A 4FYUA 2VCZA 5HQPA 2FA4A 5A4UA 1G0TA 4EE0A 1VF3A 2AHEA 3WGEA 3QOUA 2I4AA 4AF2A 4TR3A 1F6MC 4NPBA 1HNAA 2CQ9A 1EGOA 2I1UA 2LRNA 3NIVA 4MPFA 3DEXA 3MAKA 2KP1A 4BPYA 1Z3EA 4Q5RA 1OKTA 3WD6A 2X8GA 1M0UA 2FY6A 4OO4A 1K3YA 3KCMA 1OC8A 2N5BA 2N5FA 2ZUPA 4EL1A 1GLPA 2IMKA 5HR1A 4I2TA 4BWQA 4F82A 2VCQA 5DALB 3GV1A 1WWJA 4PX1A 1G7OA 1BG5A 3CTGA 3RPNA 1BYEA 19GSA 1DSBA 2X64A 2LTKA 2PUKC 2YOIA 3D5JA 5ABRA 4K6XA 1TRWA 2N5AA 2GGTA 1AQXA 2FA8A 3HYPA 3QFAC 4OCFA 4J2FA 4K2DA 1A23A 4WR5A 1J9BA 2VO4A 4POKA 1ON4A 3TJBA 3ZLPA 2ALBA 3TRXA 2FD3A 3KJYA 2LNSA 1K0OA 1SL1B 3HJMA 3KXOA 3ZFBA 1ZOFA 2WULA 1R5PA 4RI6A 3GH6A 3BBYA 5L71A 4PNGA 1PL1A 2V1MA 3H79A 2IMEA 1JZDA 4XS6A 2O7KA 2I9HA 4MDCA 2YV9A 3ZREA 2HSYA 1OE7A 1TI3A 3FKFA 3RAZA 1USBA 3GMFA 4QL9A 4MLYA 2IL3A 3KEBA 4V2LA 5AGYA 5B6MA 4LLRA 3G9BA 4TRXA 1E2YA 2R6KA 3D6IA 3CSJA 4MPGA 1VF1A 5J9BA 1ABAA 1FB0A 1B4QA 2C0GA 1G7EA 3VLNA 4HJ2A 2OA7A 4X1UA 2FWHA 1GSFA 4IBPA 4F2IA 3HVXA 1SK2A 3FRCA 2RM6A 3FZ9A 3P7XA 1A8LA 5F06A 3KD0A 2DJ1A 3TJJA 4HQSA 2H0GA 1A2JA 1THXA 4KNDA 1V40A 1HYUA 2L4QA 3ERWA 2IFQB 3GX8A 2CA8A 4JR6A 2PWJA 4IVFA 1FHEA 3GURA 2YWNA 2CAQA 3ME7A 2F3MA 3HHVA 4IKHA 2H01A 4ILFA 2HXKA 5DDLA 4TN8A 2HZEB 3H1NA 1WPIA 1XPVA 3IR4A 6GSUA 4N11A 1SYXA 3TB2A 4PQIA 1A2MA 5IPGA 2L5LA 4IELA 3TKSE 2ZCTA 4KDUA 3BD2A 4V1Ap 2CVDA 5ECHB 5H5SA 1RW1A 2C0FA 2QKEA 2CVBA 3G7JA 3VWWA 3C7MA 4PNFA 3TRPA 1WRYA 4XTSA 5GSSA 1KEBA 4XRDA 1TI1A 1V57A 3FW2A 1YEPA 2A4VA 3P8WA 3QDNA 5J5NA 5G5FA 5DALA 3Q19A 2KP2A 4HS1A 3PH9A 3NZNA 4KW6A 1G6YA 1B8XA 5CRGA 1X9MB 3HDCA 3GFKA 3TOUA 1V2AA 2ON5A 18GSA 2WGRA 4K7OA 3TJFA 3IE3A 4KH7A 4RQXA 2GLRA 2VOCA 1SYRA 3CYNA 4K7IA 3EMXA 5AIXA 3IDVA 4K9ZA 4F03A 3IK9A 3IV4A 1PMTA 3FR9A 3MNGA 3QCPA 2WB9A 5ID2B 1ST9A 3DMLA 3CMIA 1IYHA 2L59A 6GSWA 4F9ZA 3VFIA 4L0WA 1HQOA 3GSTA 3H93A 4KUNA 3TDGA 1PSQA 3ZITA 1M7TA 3GKKA 1K3OA 4WXTA 2FHEA 1LBKA 2E2GA 4MF7A 2YANA 2HFDA 3ZMLA 5KN2A 2D2ZA 2LRTA 2VUPA 2O89A 1AQWA 2H0IA 1GTAA 1T3BA 2CT6A 2K18A 1OAZA 3BOAA 3L0HA 2YJHA 3J7Yk 4HZ2A 16GSA 1BAYA 2H1GA 1PKZA 3IXRA 2NVLA 4IP6A 4TOPA 5F07A 1JZOA 2PMTA 4ECIA 2K9FA 4TXOA 3KZQA 5IOXA 1XIYA 1I5GA 3M1GA 3AY8A 2JZRA 2KUCA 3IHQA 3KMOA 3KP8A 4GRFA 4WKWA 4AGSA 1ZCPA 3ED3A 1XW5A 2HLSA 3QAWA 4BVYA 4FH8A 2LUSA 3U5RE 4TKYA 2YWMA 3BCIA 4KB3A 1KBNA 1R4WA 2X8CA 1KTEA 4MH2A 5G5EA 2IFQA 4IN0A 1VGLA 4NWYA 4L5LA 2IMFA 2OJLA 2DJ3A 2VCTA 2GQKA 3C73A 1WOUA 5DCGA 5GAND 3W8JA 3PINA 3VK9A 2GQLA 4OD7A 1T1VA 3QD9A 1U87A 1S3CA 5CAXA 1TK5B 2WDUA 1K0NA 2E7PA 3ZMKA 2R3XA 1ML6A 4LMVA 3SBCA 5ELGA 1F9MA 4Q5FA 5IOWA 2LJAA 2GZPA 1W4VA 1NHYA 2AYTA 4MA9A 3L4NA 1GTUA 5GZZB 4GWRA 5AN1A 2VCVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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