2YP6A

Crystal structure of the pneumoccocal exposed lipoprotein thioredoxin sp_1000 (etrx2) from streptococcus pneumoniae strain tigr4 in complex with cyclofos 3 tm
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
143
structure length
143
Chain Sequence
IAVGKDAPDFTLQSMDGKEVKLSDFKGKKVYLKFWASWCGPCKKSMPELMELAAKPDRDFEILTVIAPGIQGEKTVEQFPQWFQEQGYKDIPVLYDTKATTFQAYQIRSIPTEYLIDSQGKIGKIQFGAISNADAEAAFKEMN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Molecular Architecture of Streptococcus Pneumoniae Surface Thioredoxin-Fold Lipoproteins Crucial for Extracellular Oxidative Stress Resistance and Maintenance of Virulence.
pubmed doi rcsb
molecule keywords THIOREDOXIN FAMILY PROTEIN
molecule tags Oxidoreductase
source organism Streptococcus pneumoniae tigr4
total genus 41
structure length 143
sequence length 143
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-10-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2yp6A00
6GSSA 3BD2A 1TW9A 2LUSA 5DDLA 2R37A 2XBQA 2JZTA 4L0UA 4KAEA 1KEBA 4TN8A 2ON5A 4AGSA 1TU8A 3C71A 1BAYA 4L0WA 3IDVA 2TRXA 3TCOA 3Q6OA 4V2MA 1QXHA 4DSSB 3RHCA 2MMOA 4BVYA 2C0FA 3EVIA 2JZSA 3GX8A 2HZFA 3F0IA 4BA7A 1GNWA 2RM5A 5D8IA 4YQUA 1EWXA 1ON4A 3I9V2 1K0BA 4MPGA 3P2AA 3TUEA 2PMTA 5EPFA 5ID2B 2TIRA 1ERTA 5CAXA 4TW5A 4BL7A 1R5PA 1F9MA 1A2MA 4KH7A 1AUCA 3G7YA 3VPQA 4CW9A 2VM1A 2OE3A 3TGZA 3KP9A 1XWCA 3TJKA 2IMKA 3DVXA 1XWAA 2OKAA 2GT5A 1Y6EA 4ECBA 1GSDA 1SENA 1XVQA 5A4WA 2LNTA 4GCIA 4RQRA 5DJMA 2YJHA 2PERA 1C72A 1TDIA 4JEDA 1T1VA 1QGVA 1GTUA 3TOUA 1FVJA 4JRRA 4GSTA 5F05A 2VAFA 2GSTA 3FR6A 5CRWA 3CRUA 2JL4A 3WD6A 3N9JA 2YV7A 5ELGA 1THXA 5HR1A 2M80A 3F4TA 3CBUA 1O85A 3WGEA 4KW6A 3C1RA 3GSTA 2GGTA 4HQSA 5HFIA 11GSA 3P8WA 3CTGA 4AJ7A 1B4QA 1U87A 1K0NA 2XPDA 4NPBA 3DIEA 4IJ3A 4YAPA 3C1SA 1ZGNA 2EC4A 2PUKC 4J2FA 3F8UA 3FEUA 2KP1A 2LRCA 1K0DA 4EUYA 3KCMA 4P3YB 2FWGA 2C0DA 3K8NA 2I9HA 5H5RA 4LLRA 3Q74A 4EF0A 1LU4A 1X5CA 5A4VA 3PH9A 2VCTA 3HCZA 1A8LA 3FK8A 4QQ7A 3G7JA 4RQXA 1VRSD 3IXRA 1XOAA 1O6JA 3DGQA 3D21A 3U5RE 3LWAA 3NOFA 4AF2A 2IN3A 1SKWB 4ZB9A 4I2UA 2VCXA 2A4VA 1FHEA 2H19A 3TKSA 2YJ7A 4N0VA 4MABA 4O32A 2NPBA 4WXTA 1OC3A 1V2AA 2ZCTA 3RPPA 2GSRA 2K9FA 3VK9A 1TK8B 1FAAA 2E2GA 1V58A 1ERUA 4POLA 3HA9A 2DJ0A 4L5OA 2ON7A 1SK1A 2A2RA 3C73A 2VO4A 1ST9A 2TRCP 4XS6A 3ZRDA 2WS2A 1U3AA 3GIXA 4KGIA 1GNEA 4XRDA 3EU3A 3NIVA 1SL0B 4MJBA 2B1LA 2C0GA 3UVTA 2LNSA 3L0HA 4KCEA 4OMVA 5FT3A 5JCWA 1F2EA 1S3AA 1M99A 1TTZA 4MJEA 4IJIA 1H75A 3N5OA 1GTIA 1G6WA 12GSA 1T00A 2YOIA 2JACA 3QAWA 1TRUA 5G5EA 4BWSA 3GRXA 2H0GA 2YWNA 4G10A 1O73A 6GSXA 3PGTA 3KZQA 3CXGA 1QQ2A 4EE0A 1AQWA 1GUKA 2J9HA 2VCZA 3HVXA 4ACSA 3LXZA 4RI7A 1R5AA 1X9WB 2X8HA 2YZUA 4F0CA 5F0GA 3EU4A 2DLXA 1WP0A 1OKTA 2V6KA 3GKKA 1TRWA 4BWQA 4O5RA 2YCDA 2FUG2 3FZ9A 4MZCA 2L4QA 4KDXA 4N0ZA 4F9ZA 4GRFA 4IP6A 4Q5QA 5JWQB 5HFKA 2OBIA 5ECQB 2VUPA 5J3RA 1I9DA 3IE3A 4EDZA 2F8AA 3HJOA 4HQZA 3J7Yk 3ED3A 2YWIA 1ZYEA 2O89A 2GQLA 2YP6A 3KMNA 1BJXA 1SL1B 2H6YA 2GSQA 3KH7A 6GSUA 2NBSA 4K7IA 4E8EA 1QFNA 4NV2A 3S9FA 2RIIA 2H75A 8GSSA 14GSA 2M72A 5ECMB 3HY2A 2PPTA 2IMFA 5G30A 1GH2A 4DVCA 3QCPA 2JU5A 5GSSA 4JZQA 9GSSA 4KX4A 2OBKA 5GSTA 2KHPA 4TR4A 2RLIA 3AY8A 2P5QA 1A24A 3ME8A 3LYPA 1USBA 3ZIJA 2VD0A 4L8EA 3F4RA 3O76A 3TKQA 2C3TA 1PD21 3J7Yb 5J41A 4YAVA 3DVWA 2GZPA 3A2VA 5CREA 1O8XA 5CRDA 4PXOA 4D73B 2CT6A 3UAPA 1FOVA 3RAZA 5IM9A 2JSZA 5DJLA 2Z9SA 1ACVA 2OACA 3GTUA 2L5OA 3G9BA 5EVOA 5HR3A 1XPVA 3D5JA 4TVEA 1EP7A 1T4ZA 2KOKA 2H74A 5J9BA 4WF5A 3GNJA 1NM3A 2IIYA 2WJUA 1PSQA 2NVLA 4D73A 2L57A 4GQFA 4G2EA 3ZFLA 2K6VA 5D73A 2HNLA 2LSTA 5G1LA 3GHAA 13GSA 2HYXA 5D9WA 1GP1A 4Q5RA 4F2IA 4IBPA 4ZL9A 3MSZA 4J56E 4TXOA 3VURA 2C4JA 3UBKA 4PNGA 2LRNA 2B7JA 4MH3A 1X5DA 5L71A 1OC8A 5ECKB 1SL2B 18GSA 3GURA 5ECLB 1K0AA 4HZ4A 2O87A 2J23A 4K8MA 5G2ZA 4JR4A 3BCKA 4K0GA 1PMTA 1LJRA 1THOA 2IFQB 2IMIA 1XBSA 1Z5YE 1A23A 4FYUA 3ZL5A 4PQ1A 4OWYA 1PKZA 1R4WA 2C8UA 2VL2A 1GLPA 2LRTA 3WT1A 1B4PA 4IN0A 1SKSB 3UMAA 3KGKA 4ECJA 2MMNA 1XW5A 1OKDA 1SJIA 5IMAA 2WCIA 3KTLA 1PX6A 1XIYA 4TRXA 3A3TA 2WB9A 2B5YA 5IMCA 3F6DA 3UL3A 3L9UA 2LKUA 4K9ZA 1Z7RA 1XOBA 1PGTA 2G0FA 5B8BA 3ZMKA 5B8AA 5D9TA 4ID0A 1HQOA 2C0EA 4MF5A 2PVOC 2LV3A 1PQNA 2I3YA 3D0ZA 2B7KA 1DSBA 3TJGA 5IMVA 2MMAA 1UA5A 4ILFA 1RK4A 2E0QA 2H1GA 1F37A 3F3QA 3Q18A 3M9KA 2EIOA 2NTOA 2DJJA 1YKAA 1K0MA 5JCUA 2LJRA 3P7XA 4ECIA 3QDNA 4EVMA 1SKRB 3TKPA 2ES7A 2VD1A 3EYTA 5IQYA 2VL9A 5DAKA 1BX9A 3U6VA 4F03A 2VLUA 2V6OA 4ZL7A 2LQOA 1GUMA 3D4MA 2C1YA 2IMDA 2WGRA 3HZ4A 4ZBDA 4KSOA 5FHIA 5IOWA 4HEA2 5LNKe 3V1WA 3UEMA 4EO3A 4JBBA 2E2MA 2YZHA 2DJKA 4GSNA 2CQ9A 2H6ZA 3FRCA 4DEJA 2R6KA 1A2JA 1PX7A 2GT6A 2VCWA 4AJ8A 4PUAA 1Q98A 5DALA 5IMZA 5G31A 1TRSA 2V2GA 2H72A 4EL1A 2EIRA 4GF0A 5ELAA 5JWRB 3VFIA 4BPYA 3RPNA 4HS1A 3GYKA 4N11A 2N5BA 1TU7A 2B3SA 3L4NA 1A0FA 4MA9A 3APSA 3TDGA 3I43A 5CRGA 2L4CA 5EY6A 1CQHA 1V40A 1M9BA 1X0RA 2XPEA 5IO0A 3VLNA 2D2ZA 3UVHA 2DC5A 1Z3EA 4KE3A 5FWGA 1GSUA 4OCFA 5GAND 1W4VA 2GVPA 6GSYA 3H8QA 2H1AA 3A2WA 4IQAA 1N8JA 2HRNA 3TJFA 4EDYA 1J9BA 4GTUA 3VWUA 1QK8A 1ILOA 4HU9A 3ZYWA 3BCIA 1NHYA 4XIHA 1AQVA 1OAZA 2KLXA 2DMMA 2DMLA 5DQYA 3A5WA 2IWTA 3US3A 1PRXA 3F4SA 4OO5A 1XVWA 1IYIA 3CTFA 1SU9A 5D9VA 1UN2A 2H0HA 6GSVA 3HHVA 1OE8A 2YWOA 2VCVA 2MYGA 1XCCA 2L6DA 3H4KA 4JE1A 3QAGA 4K6XA 1F6MC 3DRNA 1WMJA 3FZ5A 2A2SA 1SJ6A 2BTOT 2LTKA 2DJ3A 5HR0A 4GSSA 4POKA 3APQA 2FWHA 4ZBBA 3Q19A 5HFGA 3TJJA 4RI6A 3D4TA 4ZL8A 2HZEA 2GS3A 5KN3A 4GWRA 2MZCA 3HDCA 1SD8A 2HSHA 5EL8A 3SBCA 2F8FA 1WOUA 4MF7A 1XFLA 4FIWA 4OCEA 3LG6A 4PUFC 4LL1B 4ZXGA 3OR5A 2O8VB 10GSA 1Z6NA 2QSIA 19GSA 2CA8A 2FA4A 4Q5FA 1T3BA 3HD5A 5DBQA 3VI5A 2H0IA 4XRAA 4LL4B 1F3BA 2VLTA 1OVNA 4HU7A 5IPGA 5F07A 5INYA 2CX4A 2WZ9A 3IR4A 4X1UA 2X99A 2C80A 4YH2A 1R7HA 1EEJA 2L6CA 1TXXA 4MP4A 1J0FA 3W8SA 1PKWA 4NMUA 1GSFA 2QGVA 5J4UA 2PGTA 1GUHA 5D9XA 3ZFBA 1XZOA 1ERWA 4I97A 1B48A 2GQMA 1VF1A 3GA4A 2GSSA 4IVFA 2H8LA 4NXIA 1E6BA 4CHSA 3IV4A 3QMXA 3ISOA 3KMOA 1RQMA 1MD4A 3HZ8A 3ME7A 5H5QA 2RUFA 3CYNA 5HR2A 3EMPA 1XW9A 3A2XA 4HUAA 3IK7A 1YJ6A 4EXJA 2PVQA 3HVSA 4MZWA 1EZKA 3GMFA 4Q5NA 3E0UA 5JCGA 5ECSA 1TRVA 3FR9A 4QL7A 3QFAC 6GSTA 3GFKA 2CX3A 2H1BA 5CO3A 2IMEA 4WR5A 3KP8A 4CDOA 3VWWA 4POBA 2ALBA 1EOGA 1AIUA 3MWHA 2OA7A 2CAQA 3D6IA 2NDOA 3F9UA 4ML6A 1JFUA 3C7MA 1AXDA 3H93A 4JR6A 2RM6A 2LJAA 2HRFA 1YY7A 3VWVA 3WGXA 2FCHA 4N30A 3M0FA 1MDIA 1DUGA 2K8VA 3TKSC 1EP8A 1ERVA 1JLWA 1TK0B 5GAPD 1E2YA 4OO4A 3GTUB 3DEXA 1WRYA 5E4WA 2H1DA 1ZMAA 3HXSA 4F0BA 2XBIA 4KNDA 4EKZA 1T7PB 2YV9A 1XWKA 4V2NA 7GSSA 2X8CA 1JZOA 1FVKA 4QL9A 3GH6A 2CAIA 3FY7A 4XS4B 4IGJA 1RW1A 1EGRA 2K18A 3IAS2 2AUVA 2FWEA 4LA1A 4IKHA 1T4YA 3KXOA 2FA8A 3ZREA 2FHEA 4ULXA 5DQSA 1Z6MA 2MBSA 1YEPA 1U6TA 1MDJA 4TXOB 1ZYQB 4KB3A 2HXKA 2B5XA 5F8BA 3EINA 1Z9HA 4MPFA 1NHOA 3RDWA 2HE3A 1B8XA 4XHMA 1TI1A 4HZ2A 1VF3A 4ZB6A 4XS4A 1JLVA 5A5KA 2O85A 1YKCA 3BJ5A 3TKRA 2VOCA 2AB6A 4MJAA 3TJBA 2P5RA 4POMA 1TJDA 1BYEA 6GSWA 1FB0A 3KTBA 2PN8A 1A0RP 3GUSA 1QMVA 1K3YA 1TK5B 1V98A 3GKMA 3GSSA 2X8GA 2X64A 4X43A 4ML1A 4L5LA 3QFBC 4MK3A 3M3MA 3FKFA 3WT2A 1CQGA 5KN0A 5AISA 5AIXA 3H79A 2QC7A 4ZB8A 4ZILA 1G7OA 3FR3A 3E9JB 3CRTA 2N5FA 5ECNB 4PQIA 2G2QA 3KIJA 2M46A 2F3MA 4TKYA 1GSYA 1PL2A 3M8NA 2HFDA 1GSQA 3MAKA 3GX0A 2B5EA 1ZL9A 3FW2A 1UVZA 2AHEA 5CNWA 3GKXA 3L9SA 3GL3A 4K7NA 1Z7PA 3TKSE 2N5AA 3ZIVA 3I6AA 4DSRA 5IMFA 2JSYA 5ECIB 3TB2A 4K7OA 2B1KA 2LS5A 4K2DA 5COHA 1AC1A 3F63A 1EEMA 4GQCA 1SD9A 1MEKA 2DSAA 1EGOA 4MMMA 4IQ1A 1J08A 5CYYA 1KTEA 3CSIA 5F06A 1SJZA 4H86A 2GZZA 2H66A 5IMDA 4PQHA 1WJKA 4MLYA 4WBRD 2OE0A 1HNAA 1I5GA 4K0NA 1N2AA 2AV4A 1KNGA 3ZVJD 5DAKB 3IOSA 2P0GA 4FH8A 4IP1A 1OC9A 4WBJA 1G7EA 5DCHA 3FZAA 1TP9A 4O7HA 1U88A 2FY6A 2YNXA 4Z7XA 5AGYA 3F6FA 1A8YA 2GLRA 1GTBA 3UBLA 2V32A 2VM2A 2VLVA 1MDKA 3HYPA 1GRXA 3VWXA 3GN3A 2PWJA 3LXTA 4N10A 5DALB 1V57A 4WR4A 2CZ2A 1DE2A 3BOAA 4ECCA 1O7UA 1T8EB 2JADA 4DSSA 4ZIJA 2LQQA 3GH9A 4PNFA 3E3EA 2WULA 5G1KA 5ECOB 2FGXA 4OFNA 2YANA 1GULA 3LYKA 4AJ6A 5ID2A 3MDKA 4OD7A 3QAVA 1LBKA 3PINA 5ECRB 3TOTA 1IYHA 1EOHA 2DIYA 3IK9A 3SWLA 5AIVA 4TR1B 2L5LA 1Y25A 3GL5A 2H6XA 4FO5A 3IHQA 3TRPA 4J57E 1OYJA 3IAM2 1BEDA 4HI7A 3H1NA 1JZRA 4XCSA 5D93A 5AN1A 5LCZA 4MZBA 2CVKA 4FYBA 3KD0A 1H4OA 1ABAA 3HJPA 4TR1A 1K0OA 3L9VA 4HDEA 4PX1A 1EV9A 3VI7A 1FB6A 4RUVA 3KH9A 1WIKA 3ZLPA 3KJYA 4I8BA 3DXBA 2YPMA 1X9SB 2VIMA 1W89A 4KSMA 2YN1A 2VL2C 2AAWA 1AAZA 2PU9C 3IC4A 2MBTA 1ZOFA 1A2LA 2DJ2A 1OE7A 2MMZA 3LQ7A 1BG5A 4LMVA 2P31A 2FNOA 4KDYA 1FG4A 4IELA 1YZXA 4KCAA 1K3LA 2WDUA 2GDRA 4WEYA 1MD3A 5ABRA 3RHBA 1WPIA 1M9AA 3IPZA 1K0CA 4IS0A 2HZEB 1VF4A 5C04A 2HSYA 2F9SA 1AQXA 4OFMA 3ZVJA 2R2JA 3ERGA 2REMA 2IJYA 1YDKA 1PA3A 4KA0A 4HJMA 3UJ1A 4WETA 3ERFA 1JZDA 2CV4A 3APOA 5B6NA 2I81A 1AW9A 3C8EA 5CP1A 5JWOB 3BBYA 3GV1A 3DMLA 1GSEA 1TI3A 2EIQA 2GZYA 4GLTA 4TR3A 3LGCA 3UOMA 4NHWA 3MNGA 4BVXA 1G0TA 1ML6A 1UC7A 2I1UA 3IRAA 3WYWA 4XTSA 3KEBA 5IOXA 3PR8A 1M0UA 2CVDA 3TRQA 3HKRA 2CZ3A 2DBCA 1SYRA 4PURA 1K3OA 3TRXA 4KUNA 2GTUA 2BMXA 5KEJA 4GXZA 4MH2A 4V1Ap 3DYRA 3QOUA 4MJCA 5H5SA 1DBYA 5ECPB 2CVBA 4TXVA 3WGDA 1O8WA 1GL8A 1TKDB 2RUEA 3I69A 3IA1A 2XHFA 3EMXA 1FO5A 1B9YC 2AYTA 4KDUA 1HYUA 1X5EA 3ZTLA 1XWGA 5IPHA 1V9WA 5ECHB 1GTAA 2I4AA 4V1Ag 1ZZYA 3UIWA 2LEGA 4DSQA 3R2QA 3LJRA 5DVBA 1ZCPA 16GSA 3M9JA 4LMWA 2V1MA 4WKWA 2C3QA 4MF6A 4OFTA 3IBHA 1GLQA 5IO2A 1VF2A 2OE1A 1YQ1A 2VL3A 4WF4A 5G5FA 2H01A 2H30A 2IL3A 1EV4A 5KN2A 3EE2A 20GSA 3FYGA 3W6GA 5B6MA 1PL1A 3ZITA 3LEFA 5IIZA 4XS1A 3CSHA 3UARA 1VGLA 2ZNMA 1BQ7A 4YQVA 3D22A 1X9MB 5CRHA 2BJXA 1YEXA 2R5GA 3G7IA 2WFCA 2O7KA 4X0XA 3LORA 1M7TA 3RBTA 4NHZA 2GQKA 17GSA 2FLSA 3FZ4A 2DJ1A 5HQPA 3DD3A 1YF0A 2C3NA 5GZZB 3EC3A 2H76A 3EWLA 3P90A 3O6TA 3W8JA 2KUCA 3ERWA 1NW2A 4F82A 4EC0A 3QR6A 2F51A 3VPTA 4ISDA 1U3IA 3CSJA 1SYXA 2HI7A 2AJQB 1HNCA 2R3XA 1JHBA 1PN9A 1Q4JA 1QUWA 2V41A 4HJ2A 4TR0A 4O92A 1R26A 2JZRA 1NSWA 2OADA 4FYCA 4V2LA 1URMA 2VCQA 2FWFA 2HLSA 3ZMLA 1XXUA 1GWCA 2DIZA 4PGTA 1F3AA 4TOPA 4HOJA 2H70A 4NV5A 3HVVA 4G9HA 1WE0A 2OJLA 5LD0A 3GKNA 2KP2A 4IW9A 1MTCA 5E59A 3QD9A 1JZWA 3KM6A 1HD2A 5J5NA 4I6XA 1SK2A 1TOFA 2L59A 4I2TA 3JCML 4K1FA 3ZZXA 2R4VA 1DE1A 3HJMA 2H73A 1M2BA 1S3DA 4MDCA 1FW1A 2XC2A 1SK0A 1M2DA 3LFLA 5KN1A 4JU5A 5A4UA 2B6MA 4IHUA 4MCUA 3O3TA 3L78A 2E7PA 3DWVA 4YQMA 1S3CA 4NAXA 2WRTA 1O81A 1XWBA 3LSZA 4ZBAA 2YWMA 3QPMA 1HNBA 1B9XC 5B7CA 5C00A 5ENUA 2HT9A 3M1GA 5DCGA 1YF1A 5J9CA 3FHKA 4G19A 1WWJA 4NWYA 2QKEA 2H71A 3F3RA 1GSSA 2ZUPA 2K8SA 2IPAA 1M2AA 5D96A 3NZNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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