2YWMA

Crystal structure of glutaredoxin-like protein from aquifex aeolicus
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
228
structure length
228
Chain Sequence
MLLNLDVRMQLKELAQKEFKEPVSIKLFSQAIGCESCQTAEELLKETVEVIGEAVGQDKIKLDIYSPFTHKEETEKYGVDRVPTIVIEGDKDYGIRYIGLPAGLEFTTLINGIFHVSQRKPQLSEKTLELLQVVDIPIEIWVFVTTSCGYCPSAAVMAWDFALANDYITSKVIDASENQDLAEQFQVVGVPKIVINKGVAEFVGAQPENAFLGYIMAVYEKLKREKEQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase
source organism Aquifex aeolicus
publication title Crystal structure of glutaredoxin-like protein from Aquifex aeolicus
rcsb
molecule keywords Glutaredoxin-like protein
total genus 76
structure length 228
sequence length 228
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13192 Thioredoxin_3 Thioredoxin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2ywmA01
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2ywmA02
4IN0A 1XW9A 3AY8A 1BG5A 1O8WA 2MMNA 3IV4A 3VLNA 5G31A 5D9XA 1V2AA 5IMCA 4XS4B 4V2LA 4TRXA 2WRTA 2L4CA 2FCHA 2JZTA 3LYPA 1CQGA 1ACVA 4MP4A 4IKHA 2G2QA 3VPTA 4FIWA 5CRDA 2IJYA 5J9CA 3KJYA 3HJOA 4K9ZA 3GL5A 4ECBA 2L6DA 2LQOA 3F6FA 1T3BA 2VCXA 2AJQB 1ST9A 3G9BA 1A0RP 1EOGA 2GQKA 1A23A 1GSUA 1ZYQB 3K8NA 1AXDA 4KDYA 3TKSC 5ECHB 2MBTA 2FWEA 1TU7A 3D21A 1BAYA 1GSEA 1WMJA 2HSYA 1PL2A 4GTUA 1EP8A 2NDOA 2P0GA 1URMA 3RBTA 2HZFA 1F3AA 2PVQA 3FEUA 5DJLA 4AGSA 3EMPA 3TOUA 3ED3A 1J08A 1UC7A 4FYUA 2WULA 4J57E 2FA8A 1B4QA 2MZCA 5J5NA 4ML6A 1G7EA 2VLTA 2JSZA 3EC3A 2H73A 3IC4A 1BJXA 2KP1A 2YZUA 4RI6A 1SL2B 3UAPA 1X5DA 4GSTA 2KP2A 5INYA 19GSA 2OE1A 3EWLA 2I4AA 3KMNA 4ZILA 3KH9A 1DE2A 5IOWA 4TR4A 22GSA 4XIHA 2MBSA 4O5RA 1VF3A 1OE8A 4KE3A 1TKDB 2MMOA 1UA5A 4ZL8A 3PGTA 5D73A 1E2YA 2V6KA 1GSFA 1Z3EA 3ZZXA 3DIEA 1R5AA 3APQA 1FG4A 4PUAA 3RDWA 3HY2A 3D0ZA 1A2JA 4IP6A 1FB0A 3ZYWA 3E9JB 2GQLA 4K8MA 2OJLA 4I2TA 5ECPB 4EC0A 3D22A 3M0FA 4GXZA 4DSRA 1BQ7A 4XS4A 4G2EA 2M46A 5KN3A 2O89A 3EYTA 1GWCA 4BWQA 3DEXA 1ZCPA 4PXOA 3Q18A 5IMFA 3O76A 4OWYA 4YH2A 5B6NA 2H74A 2LJAA 2B5XA 4MZCA 1ILOA 3LXTA 5B8BA 3KM6A 3UVHA 2YCDA 1VF1A 3KP8A 2GZZA 5D9VA 2LSTA 2ES7A 3D6IA 5AIVA 3MWHA 2HFDA 4POBA 5A4UA 2CT6A 1FVJA 2XPDA 3LQ7A 4EL1A 1SKWB 1TRSA 2X8HA 3ISOA 16GSA 1USBA 2IWTA 5AN1A 2R37A 4OO5A 1O8XA 4V1Ap 4ISDA 1R5PA 1OAZA 4MJEA 2HLSA 2E2GA 3GSSA 3NOFA 1JLVA 2CZ3A 1U3IA 1GUKA 1AQWA 3DXBA 4BL7A 3GSTA 1HNBA 1XVQA 2H66A 2J9HA 2VCQA 1V57A 2B5YA 3ME7A 1YEPA 3OR5A 1XWGA 4HEA2 4KX4A 2YV9A 2B5EA 2F9SA 8GSSA 2V32A 4JZQA 1GTBA 3PINA 1SYXA 4DVCA 3C7MA 4F03A 3SWLA 3Q19A 2O8VB 3F63A 5G30A 5D8IA 4N30A 3KXOA 1G6WA 2F51A 2H0GA 2LJKA 3F8UA 5CP1A 2LTKA 5DBQA 3ERGA 4MF5A 3G7JA 5GZZB 1RK4A 2EIOA 2C3NA 2QGVA 1UVZA 1O81A 1XZOA 5KN0A 4EDZA 1U87A 1SKRB 3FKFA 3ZVJD 4KCEA 1MDIA 2MMZA 1TK8B 4IP1A 1B9YC 1ZL9A 1GTIA 1WRYA 1A0FA 3JCML 1GNWA 3UJ1A 2YNXA 2OE0A 2X99A 1EGOA 3TKSE 1Q4JA 1KTEA 2EC4A 4XRDA 3BD2A 5D96A 2WGRA 4WBRD 3GA4A 5LCZA 4V2MA 1XVWA 1KBNA 2R4VA 3HDCA 4WXTA 1K3OA 2GZYA 3ZVJA 2IMDA 1F9MA 2R2JA 1EV9A 1NHYA 2R6KA 4KAEA 2XBIA 4I8BA 3HJMA 2HRNA 2GSTA 4OFMA 1G0TA 3ERWA 3IHQA 1K0CA 2CZ2A 3I69A 5ID2B 2F8AA 4NHZA 3O3TA 1PQNA 1B9XC 4E8EA 3E0UA 4KA0A 5EVOA 1FB6A 2RIIA 4Q5NA 5C00A 4IVFA 5IIZA 3IXRA 4GLTA 1QK8A 20GSA 2I1UA 3KMOA 1SYRA 1J0FA 2JADA 4KW6A 3F4SA 5LNKe 3GYKA 3DWVA 3GH9A 4BWSA 3APOA 2XC2A 2GSQA 1ZZYA 3IRAA 2KUCA 3CTFA 1J9BA 5J9BA 3QOUA 1ZGNA 3ZL5A 4JBBA 3APSA 4HS1A 5IOXA 2E0QA 2X8GA 3FZ9A 3KIJA 4POMA 3GN3A 4P3YB 1GH2A 4BA7A 4CHSA 2GSRA 2QSIA 4YAPA 1ERTA 2KHPA 4KCAA 1SL0B 4YQUA 5HFGA 3EU4A 1WP0A 1WE0A 1IYHA 1SJZA 3TKPA 1XW6A 4O7HA 5JCGA 3HHVA 2TRXA 6GSWA 4KGIA 2PVOC 3VFIA 2H1AA 1OVNA 5FT3A 4V2NA 2V41A 2JZSA 1M9AA 4MZWA 2VCTA 3A2XA 2PUKC 3ZFLA 2H71A 4LA1A 1GNEA 1OYJA 2VCWA 2VUPA 2M72A 1JHBA 1XBSA 4KDUA 2FWGA 4EF0A 6GSUA 4NV2A 2OA7A 2KLXA 1DUGA 2E2MA 2C0FA 1F2EA 4MH2A 3IOSA 5ID2A 2IMKA 2C0EA 1X9WB 1FAAA 1M9BA 3EINA 3GKXA 1MD4A 4BVYA 2DJ1A 2OADA 4ML1A 1TU8A 1LJRA 1W4VA 3C71A 5DAKB 5DDLA 5IO2A 3L9SA 2GGTA 4POLA 3EE2A 3O6TA 4QL7A 2B6MA 5GSTA 3F6DA 2C8UA 4ZBBA 3TJBA 5A4VA 3IAS2 4HQZA 1WPIA 5KN2A 3ERFA 3A3TA 1BYEA 3HD5A 3QFAC 4KNDA 1JLWA 3PH9A 2BJXA 1R26A 4DSQA 1GLPA 4F9ZA 1U88A 3I9V2 5JWOB 10GSA 1NW2A 3GV1A 2F8FA 3M9KA 5FHIA 1X9MB 3UMAA 2QC7A 1H75A 5IPGA 2PERA 1YY7A 4DSSB 5HQPA 5IMVA 3RPNA 1A2LA 2WCIA 4ZBDA 1QXHA 1Z6MA 3E3EA 3LEFA 3RAZA 3TKRA 4Q5FA 5GSSA 4YQMA 1TK0B 2ZUPA 2IFQB 3IDVA 4MH3A 2A2RA 1I5GA 3PR8A 3VK9A 3VI7A 4AF2A 3L9UA 3ZIVA 2A4VA 3W6GA 4N0ZA 3GKKA 5JCWA 1Q98A 1WIKA 3D5JA 2ZNMA 4KDXA 1GSDA 4IS0A 1N8JA 2FA4A 3F4RA 2PWJA 3F4TA 1ERVA 1TTZA 1XWBA 1BEDA 1WOUA 2OBKA 3KD0A 2IMEA 1Y6EA 3C73A 3DGQA 3FR3A 1THOA 2FHEA 2LJRA 1TRVA 4QQ7A 4L0UA 4PNFA 1SK2A 3I43A 1GSSA 4NHWA 4WKWA 4X43A 4HZ4A 1YZXA 4H86A 2P5QA 3KCMA 5ECNB 5DAKA 4ECIA 3NIVA 1VGLA 2H75A 4FH8A 5EPFA 5DQYA 5H5QA 5G1KA 3CSJA 3BCKA 1E6BA 2JZRA 6GSSA 2FLSA 3J7Yb 1XOBA 3IAM2 2EIQA 3MAKA 3LORA 3TJKA 2HI7A 2VD1A 2JL4A 3Q74A 3U6VA 5B8AA 2GZPA 3WD6A 2LNSA 3M1GA 5GAND 5ECKB 3KTBA 3VWVA 4OO4A 1BX9A 3BBYA 2YOIA 4DSSA 2CVKA 4RQRA 4ZXGA 3GKNA 1U3AA 2CAIA 4D73B 1A24A 3L78A 4OCEA 3CRTA 1QQ2A 2HZEB 3DRNA 1GTUA 4MPFA 1M7TA 2YZHA 3KEBA 2IFQA 2H0HA 1F3BA 1Y25A 1PKWA 2VM2A 4EUYA 4BPYA 3GKMA 1QMVA 3GX0A 1JZRA 3GNJA 2FUG2 1MEKA 18GSA 1M0UA 1GP1A 4HU7A 2IMIA 1TI1A 1PD21 4HQSA 3WGXA 2K9FA 3ZRDA 2R3XA 2V1MA 3TJFA 5ECRB 4PQIA 2ZCTA 5EY6A 3UOMA 2DJKA 2HT9A 2VL2C 3TB2A 2LV3A 1R4WA 4XCSA 1YF0A 3HXSA 1S3CA 1YEXA 3VURA 3S9FA 2O85A 2FWFA 1EWXA 1O6JA 1O73A 1O85A 5HFIA 1A2MA 1Z7RA 3A5WA 2YWOA 3EMXA 4Q5QA 2GT6A 2GSSA 5JWQB 3M3MA 1B8XA 2LEGA 3IBHA 4K7IA 3N9JA 3TGZA 5CRHA 2OBIA 5AIXA 2YJ7A 4TN8A 2AV4A 1B48A 4HDEA 3EU3A 4MF7A 3GIXA 4RI7A 4GF0A 2NPBA 3U5RE 3WYWA 4IJ3A 4K7OA 4MZBA 4MMMA 4I2UA 5G5EA 4WF4A 1Z6NA 3UARA 4PNGA 3I6AA 13GSA 3KP9A 5J41A 2YN1A 1SKSB 3DVXA 5ECMB 5JCUA 1NM3A 4KH7A 2N5FA 3ZMKA 5F06A 3H1NA 2PMTA 4D73A 1O7UA 3A2VA 1XWCA 2TRCP 5ENUA 2Z9SA 3GL3A 3QPMA 1CQHA 2H0IA 1X5EA 1YKCA 4I5QA 4MLYA 2HZEA 3QAGA 1GUMA 11GSA 4G9HA 2L57A 5F8BA 2HYXA 3VWXA 4NMUA 4F0CA 4NV5A 4F82A 2DBCA 2RUEA 2XPEA 1QUWA 2H8LA 1TI3A 2AUVA 2QKEA 4XS6A 3RHBA 3P2AA 2H1DA 1QFNA 4MK3A 2LNTA 3M8NA 2JU5A 3P8WA 2MYGA 2IN3A 3D4MA 1YQ1A 3TKSA 3N5OA 2FGXA 2M80A 5DCHA 1HQOA 3ZREA 2B1KA 1QGVA 2C0GA 1OKDA 2B7JA 4K2DA 4POKA 3C1SA 5IMZA 1SD9A 4IHUA 1DSBA 3TCOA 4LMVA 2PN8A 3RPPA 2H6YA 1AAZA 4OMVA 1PN9A 4IQAA 4PGTA 1MD3A 1EOHA 4MJCA 5HR1A 3L4NA 1LU4A 3IK7A 5HFKA 4TKYA 3LGCA 3H79A 5ECIB 1YF1A 4OCFA 2YJHA 1OC3A 2V2GA 2VL3A 1ML6A 1SL1B 1A8LA 1W89A 2C3TA 3D4TA 3G7YA 4MF6A 3HZ8A 1K0DA 1ZMAA 4MJBA 3CSIA 2YWNA 1SK1A 4IQ1A 4QL9A 3GX8A 2VO4A 2L4QA 4K6XA 3UVTA 3QAVA 3GTUB 4FYCA 5DALB 1JFUA 1NHOA 4O92A 4IBPA 4HJMA 3Q6OA 3MNGA 2DJ0A 4PURA 5GAPD 1GRXA 3QCPA 3CYNA 4CDOA 1K0OA 3FR6A 5G1LA 2WDUA 4FO5A 1DBYA 3F3RA 1TK5B 2K6VA 3UIWA 5D93A 3HZ4A 1TRUA 2NBSA 2VCZA 1PMTA 1YJ6A 2WFCA 2C4JA 4K0NA 4LMWA 1T8EB 2P31A 4KSMA 4CW9A 4JRRA 1XXUA 4Q5RA 3TRQA 2B1LA 3A2WA 1GSYA 2OACA 3EURA 2YV7A 4WBJA 1X0RA 1YKAA 3QFBC 3HKRA 5CNWA 4J56E 3FHKA 4GCIA 2LRCA 2AAWA 1FVKA 4ZB6A 1AIUA 2YANA 2FD3A 3F0IA 3GUSA 3GH6A 4ZBAA 3IE3A 4ZL9A 2HXKA 1EGRA 3FZ5A 1NSWA 1OC8A 2K18A 1VF4A 3CRUA 2C80A 3F3QA 4NWYA 2WZ9A 2NTOA 4PUFC 2PPTA 2J23A 2GS3A 2PBJA 4ECJA 1HD2A 1Z5YE 2IL3A 2DMMA 1SJ6A 3TJJA 3TUEA 1T00A 2MMAA 4TR3A 1XFLA 4LLRA 5CYYA 4F2IA 4E8HA 2HNLA 4HOJA 1FO5A 2NVLA 5CO3A 4TR0A 3FRCA 4HJ2A 4K1FA 2WB9A 5F07A 1T7PB 3C1RA 3GTUA 5D9TA 5DALA 3TRXA 3VPQA 6GSTA 4AJ6A 1XPVA 4PQHA 1XW5A 5B7CA 4N11A 2ON7A 3FZ4A 4IW9A 5EL8A 1T1VA 3DVWA 3IPZA 5ELGA 2X64A 4RQXA 3KZQA 2C1YA 2LUSA 9GSSA 4OFTA 3CSHA 5CRWA 4OFNA 4TXOB 4L8EA 3KH7A 1ZOFA 2LQQA 1Z9HA 5J4UA 2D2ZA 2WJUA 3P7XA 2FNOA 2L5OA 4OD7A 1HNAA 1OE7A 1THXA 4IGJA 5DCGA 3R2QA 1UN2A 3GRXA 2VAFA 4EVMA 4EKZA 2DJJA 2DJ2A 2JACA 4L0WA 5ECSA 1M2BA 2VCVA 3HVSA 3GHAA 2H6ZA 4PQ1A 1FOVA 3SBCA 1ERUA 5G2ZA 2H76A 3VWWA 4KB3A 1V58A 1TXXA 4MCUA 4ILFA 5HR2A 4FYBA 1T4ZA 3HVVA 3C8EA 4L5OA 1XCCA 3MDKA 3M9JA 1PGTA 4HI7A 5CRGA 1PRXA 1XOAA 1HNCA 3TKQA 2XBQA 3P90A 3GURA 4NPBA 2X8CA 5COHA 2C0DA 1ON4A 2LRNA 4J2FA 1TJDA 3ME8A 1K0NA 2L6CA 2E7PA 1S3AA 3QMXA 4WETA 4TVEA 1M2AA 1XIYA 1V9WA 4X0XA 1SJIA 2ON5A 4MA9A 4RUVA 1XWAA 2H01A 2YPMA 3GMFA 2OE3A 3IA1A 5D9WA 1XWKA 2AYTA 3LYKA 2HSHA 2IPAA 4ACSA 2YWIA 3IK9A 5JWRB 5IMDA 5ABRA 2DLXA 2LKUA 4KSOA 1MTCA 2VLUA 4GQFA 4EO3A 4YQVA 5CAXA 1F37A 2H19A 5J3RA 1X5CA 1K0BA 1RW1A 2BMXA 3FYGA 4WR5A 5IMAA 3HCZA 3LG6A 1FW1A 3HVXA 4TXOA 1RQMA 6GSYA 3L0HA 1AQXA 6GSVA 4O32A 4IJIA 4WR4A 4Z7XA 3ZTLA 5HR3A 1TOFA 5IO0A 4LL4B 1K3LA 4V1Ag 1WWJA 2CQ9A 2H6XA 5LD0A 1YDKA 1HYUA 3FR9A 4ZIJA 4XS1A 5A4WA 4ZL7A 1WJKA 2GLRA 1EEJA 1EZKA 3QAWA 3L9VA 2JSYA 4GQCA 5A5KA 5ELAA 4XTSA 1G6YA 1K0AA 3F9UA 3LXZA 2CA8A 5AGYA 3EVIA 3KGKA 1ABAA 4TR1B 3ZMLA 1K0MA 2DIYA 2H1BA 5ECLB 5DJMA 4F0BA 4WEYA 1PX6A 5KEJA 3FY7A 2VD0A 5IPHA 1SD8A 3VWUA 4I97A 3DD3A 2LRTA 3GFKA 1SENA 2C3QA 3BCIA 4HZ2A 2TIRA 4MJAA 2K8SA 2DJ3A 3ZIJA 3TOTA 1PX7A 4JE1A 1KEBA 5AISA 4TW5A 2CX4A 3J7Yk 1GULA 2K8VA 3LJRA 4DEJA 4ECCA 2N5BA 2YP6A 1M99A 4G19A 4JEDA 1AQVA 2CAQA 2YWMA 3TRPA 5CREA 5HR0A 2RM5A 4EDYA 1OC9B 4EE0A 2DSAA 3H4KA 2GTUA 3UL3A 2HRFA 2H30A 3QD9A 4GWRA 2AB6A 5DVBA 4XHMA 3IR4A 1AUCA 4ZB9A 4PX1A 2XHFA 1EEMA 3ZFBA 1MDJA 2CVDA 3TDGA 4K7NA 4MABA 1G7OA 4NXIA 5C04A 7GSSA 3FK8A 3DMLA 4KUNA 4ZB8A 5ECQB 3W8JA 2CV4A 3DYRA 2DC5A 2IMFA 1AW9A 3CBUA 1F6MC 1KNGA 4L5LA 2L5LA 2RM6A 2VM1A 4N10A 4YAVA 1IYIA 1LBKA 3BOAA 2GT5A 5DQSA 4GSSA 2I3YA 3DKSA 2RUFA 1JZDA 1B4PA 2F3MA 1X9SB 4LL1B 2L59A 4AJ7A 3QR6A 3UBLA 5H5RA 1U6TA 4MDCA 17GSA 1GLQA 4ULXA 4TR1A 4JU5A 3ZITA 2R5GA 2O87A 1C72A 2VLVA 3H8QA 2FWHA 4ID0A 5FWGA 5KN1A 2AHEA 4MPGA 4TOPA 5B6MA 3WGDA 4K0GA 3QDNA 4BVXA 3ZLPA 1TDIA 4EXJA 1PL1A 3UEMA 2LS5A 4I6XA 2H72A 2VL9A 2GQMA 3LSZA 1ERWA 3W8SA 4GSNA 1SU9A 1SK0A 2BTOT 1MDKA 2CX3A 3UBKA 1EV4A 1TP9A 3FW2A 1ZYEA 3WT2A 1OC9A 1V98A 3CXGA 1H4OA 2O7KA 3MSZA 1K3YA 4X1UA 3CMIA 1PA3A 4JR4A 5H5SA 1JZOA 3VI5A 3CTGA 3HYPA 5F0GA 1I9DA 1N2AA 2OKAA 4NAXA 2H70A 4WF5A 5F05A 1TRWA 2KOKA 1GTAA 4IELA 4N0VA 3WGEA 12GSA 3H93A 3V1WA 2GVPA 14GSA 1TW9A 2RLIA 4HU9A 2G0FA 2B3SA 1VRSD 3FZAA 2VOCA 2N5AA 1A8YA 2A2SA 2H1GA 5ECOB 1GUHA 1Z7PA 5G5FA 2DIZA 2REMA 2CVBA 1R7HA 5IM9A 1PSQA 5E59A 5E4WA 3HA9A 3RHCA 2PU9C 4G10A 6GSXA 4GRFA 2VL2A 4XRAA 4AJ8A 1GL8A 2VIMA 2IIYA 3G7IA 2V6OA 1GSQA 5L71A 2EIRA 1JZWA 1PKZA 2WS2A 4HUAA 1V40A 2ALBA 2I81A 3HJPA 3LWAA 1AC1A 3BJ5A 4JR6A 3KTLA 2PGTA 3US3A 1EP7A 3WT1A 1S3DA 2GDRA 3NZNA 1T4YA 1OKTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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