2YZUA

Crystal structure of oxidized thioredoxin from thermus thermophilus hb8
Total Genus 31
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
31
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
KPIEVTDQNFDETLGQHPLVLVDFWAEWCAPCRMIAPILEEIAKEYEGKLLVAKLDVDENPKTAMRYRVMSIPTVILFKDGQPVEVLVGAQPKRNYQAKIEKHL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of oxidized thioredoxin from Thermus thermophilus HB8
rcsb
molecule tags Electron transport
source organism Thermus thermophilus
molecule keywords Thioredoxin
total genus 31
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2yzuA00
2NTOA 3WT2A 1JFUA 1M9BA 1GNWA 2BJXA 4IGJA 3LYPA 5HFKA 1T3BA 2VL9A 3DIEA 3DVXA 5B7CA 3KCMA 2V32A 1FG4A 4RI6A 3HDCA 5DQSA 3SBCA 4KW6A 4XS1A 2TRXA 2AHEA 5DALA 3BBYA 1O6JA 3FZ4A 2DIZA 3EE2A 1JZWA 3HVVA 2A2SA 1XWAA 2QSIA 3BD2A 2CT6A 4WBRD 3UVHA 2K8VA 6GSUA 1X9SB 3UEMA 2VCXA 3WGDA 5A4WA 1EEMA 4V2LA 3U5RE 3DWVA 1Z7RA 2IIYA 4TRXA 3L9SA 4IVFA 1BJXA 1GUKA 1JZDA 1EOGA 1JZOA 3GMFA 3RHCA 5DBQA 2H1DA 4I5QA 3O76A 2B5YA 2EIRA 4NV2A 5EVOA 4HU7A 4O7HA 3GH9A 3M8NA 3EC3A 2RLIA 4MPFA 3IE3A 4BL7A 1GSYA 2H19A 2VD0A 2MMOA 5EPFA 5D73A 4I97A 1VRSD 3G7JA 3G7YA 1GULA 1TTZA 4NAXA 3HVXA 3VWVA 3LWAA 2L5OA 3TOTA 5H5SA 3A2VA 1S3DA 3EMPA 3FR6A 2C3QA 2NVLA 3UMAA 3P2AA 2RUEA 3EMXA 1FVKA 1TRVA 4HZ4A 4D73A 1TU8A 4EDYA 3KP9A 2H74A 4MJEA 2H1BA 2HYXA 4KCEA 1NHOA 1QQ2A 3F6DA 2O8VB 3APSA 5IOXA 1IYHA 1RQMA 2OE3A 4ZBDA 2CAIA 1K3LA 3VWWA 2E2MA 5ECIB 3WGEA 1XFLA 3GH6A 3QCPA 4DSQA 2IFQA 1PX7A 4JE1A 2WGRA 4Q5FA 3VLNA 2Z9SA 2A4VA 1YF1A 3H93A 3HJPA 1TXXA 5CYYA 2H30A 2EIQA 1XPVA 2H73A 3D4TA 1PA3A 3DEXA 3L9UA 2FNOA 4X1UA 1SK0A 4WF4A 2C1YA 2CVKA 1WP0A 1I9DA 2R2JA 4NWYA 3BCKA 4D73B 1VGLA 4K7OA 1QK8A 2B1KA 1TP9A 3IBHA 1YDKA 4TR0A 4AJ8A 1GP1A 3HA9A 1BAYA 4J57E 1ILOA 4EXJA 4FYBA 1B8XA 3KH7A 3IA1A 1XCCA 2F3MA 2YWNA 1GH2A 4KGIA 3NIVA 5G1KA 3FR9A 3H1NA 4I6XA 3CRUA 5AISA 2FY6A 1OAZA 4Q5NA 8GSSA 4NV5A 1G6WA 3CYNA 2L59A 2JZSA 2R37A 2L4QA 1K0DA 2WS2A 3J7Yb 2VLVA 1B9YC 3D4MA 2YP6A 3VFIA 5J9BA 1YY7A 1SK2A 2B6MA 3RBTA 1GSUA 3P90A 1N8JA 2O87A 2VLUA 1GTIA 4KSMA 3EWLA 5J9CA 3LJRA 4RI7A 5DDLA 2KP2A 3WT1A 5G5FA 3A2XA 4GRFA 3HJMA 4V1Ap 3RHBA 2LS5A 2OJLA 1M2DA 1BYEA 19GSA 1S3CA 1Z7PA 4FYUA 4EC0A 1HYUA 4RUVA 3HJOA 2GVPA 4V2NA 3ERWA 1K0BA 2VCWA 4OFTA 1GUHA 1ZL9A 2I4AA 1TI1A 5CO3A 2O7KA 3QAWA 1MDKA 3TKSE 3G9BA 2OBIA 1YZXA 4JU5A 1SYRA 1LJRA 2C0FA 2IMDA 3UOMA 2EC4A 5IMAA 3TCOA 3LFLA 4ML1A 5D9WA 2X8HA 2WULA 1TU7A 5CNWA 1T1VA 1EOHA 3TKPA 4GQFA 4AJ7A 3TKQA 2C0EA 5IMVA 5GZZB 2GSQA 4MF7A 4HOJA 2HZEA 1Z5YE 4GQCA 2YCDA 4K7NA 1GUMA 3MSZA 4OFNA 2BMXA 1AQXA 20GSA 2LSTA 2F8FA 1JLWA 1SENA 2FCHA 4AF2A 2VOCA 1NSWA 2LRTA 1EZKA 3KIJA 4GLTA 3E0UA 3LQ7A 3C1SA 2YZHA 3HHVA 4YAVA 4GF0A 2HXKA 4V2MA 1Q4JA 3MNGA 4PNGA 4LL4B 4TR4A 6GSXA 2ZCTA 4HZ2A 2GSSA 3U6VA 4ZXGA 2LJAA 4LLRA 2CVBA 2GT6A 1AW9A 1BEDA 4KAEA 1YKAA 2DIYA 18GSA 1M7TA 1B4PA 3TGZA 1QUWA 4P3YB 3ZMLA 4IQ1A 2PBJA 4EDZA 3FZAA 1ZYQB 2YANA 4ZBBA 4Z7XA 3IK9A 1WJKA 2GZZA 1J08A 1UA5A 1GTBA 1SL1B 3GSTA 1O81A 1UN2A 2GZYA 2O89A 1PGTA 1UC7A 4J2FA 2PUKC 3CTFA 4OCFA 3Q6OA 4F0BA 6GSWA 4PUFC 5ENUA 1A0FA 1SD9A 2IMFA 5ECPB 2PPTA 3GRXA 1XW5A 2B5EA 3GA4A 4PX1A 4PURA 3VPTA 2LKUA 1N2AA 5D9XA 2H0GA 2WFCA 2E2GA 3GKNA 1AQWA 2GSTA 3D6IA 3UBKA 9GSSA 2V2GA 2RM6A 3PR8A 2VM1A 1XWBA 2IWTA 3ED3A 5EY6A 4GSTA 6GSYA 5ELAA 3ZITA 2VL2A 2LTKA 3F3QA 1PN9A 2NBSA 2D2ZA 3TKSC 1F3BA 4H86A 4RQXA 1GNEA 2AV4A 2AYTA 4BA7A 2KHPA 3GYKA 2VM2A 3F4SA 4MF6A 3FYGA 1SD8A 3TKRA 4MP4A 4MZCA 4EF0A 3FRCA 2GS3A 3FW2A 3GTUA 3F6FA 2C3NA 4PNFA 3CRTA 3Q74A 2DMLA 1X5EA 3NOFA 4ZL9A 3QOUA 4MH2A 2LQOA 2JACA 1GTUA 4OD7A 1WMJA 1OC9B 3QR6A 2DLXA 2G0FA 7GSSA 3LEFA 2AB6A 3GV1A 3APQA 4K1FA 3GX0A 4IP1A 4IKHA 2AJQB 1XOAA 3CBUA 4L8EA 3DVWA 3J7Yk 3KTLA 1OE7A 5DQYA 4ZB6A 2NDOA 2P5RA 4ACSA 1TRUA 1KNGA 4L5LA 1F3AA 4MPGA 3VWXA 4MF5A 1K3OA 2H6XA 5D9VA 3V1WA 1G7EA 5CREA 5FHIA 4PUAA 4N0VA 2GQLA 3GX8A 5CRHA 1DE1A 1VF4A 4ZB9A 2HI7A 1TI3A 3GTUB 2WB9A 4IELA 3LGCA 4XTSA 3TB2A 2L57A 5D8IA 1OE8A 2VCVA 3H4KA 5G31A 3I43A 2PMTA 4F2IA 2XC2A 4MK3A 4MZWA 1XW9A 1YEXA 1FB6A 4NXIA 2JL4A 1HNBA 3US3A 5KEJA 1K0OA 3DYRA 5AIXA 2OBKA 3H8QA 2V6KA 2GQMA 3QDNA 1XOBA 2P31A 5JWRB 2H70A 5INYA 2EIOA 2CVDA 2K6VA 5CRWA 3GKKA 1PX6A 1V57A 5DCGA 2YZUA 5F8BA 3FK8A 2CQ9A 5B6NA 2VL3A 1GSQA 3DKSA 4G19A 2JZRA 3KTBA 2GT5A 1WOUA 2GSRA 5FWGA 1U3IA 4WKWA 3A3TA 3CSHA 2RM5A 4CHSA 1R5AA 2H1GA 4FO5A 1H75A 3FZ5A 3FZ9A 6GSTA 3EYTA 1GWCA 3GURA 3O6TA 1FHEA 4ML6A 4ECBA 2YV9A 2B7KA 2CZ3A 2HFDA 10GSA 1Z3EA 4TXVA 3ZRDA 3ZVJD 1PD21 3L78A 2K9FA 3ZIJA 2VCQA 4IBPA 3M0FA 5FT3A 3TJGA 1M99A 2PWJA 1XWGA 3LG6A 3IR4A 2H01A 3R2QA 1GLPA 2I3YA 2L6DA 2LJRA 2H72A 3DD3A 3PH9A 4MZBA 1FOVA 1AQVA 3DXBA 1OC3A 2FWGA 2L6CA 2VCZA 4QL9A 3E3EA 5J5NA 5HFIA 2YPMA 5HR2A 1A2JA 2VO4A 3C7MA 2FHEA 1JHBA 1GLQA 4PQHA 2GTUA 2V41A 1JZRA 3M3MA 3TRQA 3A5WA 1T8EB 2C80A 4F82A 3I9V2 1E6BA 4Q5QA 3FEUA 4MLYA 2OACA 5DCHA 3TUEA 2B5XA 1QXHA 4HEA2 4IJIA 2PGTA 1ZMAA 3N9JA 2IMIA 1Z6MA 4KA0A 4KUNA 2IJYA 4KH7A 4TW5A 3ZFLA 2H75A 2FLSA 3VK9A 2ALBA 2C0DA 3F0IA 3UJ1A 1Y25A 4MMMA 4N0ZA 2A2RA 4WEYA 2WZ9A 3EINA 3ZMKA 2P0GA 3IV4A 1F2EA 3IAM2 1GRXA 2YV7A 1ERTA 3KGKA 5DAKA 2GGTA 2JADA 3MAKA 2ON5A 3AY8A 4BVXA 1A8LA 4I2TA 5ID2A 2O85A 3GNJA 1PKWA 5JWQB 1PSQA 2ON7A 2LUSA 2X8CA 4ILFA 1H4OA 3TRXA 3A2WA 4HI7A 5AIVA 5D96A 4QL7A 2ES7A 2YN1A 3C73A 3W6GA 4HQSA 2DJJA 4LL1B 4HS1A 4F9ZA 5AN1A 5F05A 1VF1A 14GSA 1NHYA 3ZYWA 4GWRA 5F06A 4L5OA 4ZILA 1PMTA 2OE1A 3IPZA 1PL1A 2I81A 3VWUA 2LQQA 1ERUA 3FY7A 4HUAA 1F6MC 4OCEA 4AJ6A 2CX3A 4XIHA 1M2BA 1O7UA 2AUVA 3LYKA 1OC8A 4TR1A 16GSA 1SJ6A 4POMA 5J41A 2YNXA 3ME7A 4DSSA 1AIUA 1K0CA 3S9FA 1RW1A 3QAGA 4ZIJA 5DAKB 3F9UA 4TVEA 4L0WA 3CSJA 2GLRA 3QD9A 4GSNA 5ID2B 2ZNMA 1SJZA 4XRDA 4QQ7A 4OMVA 2N5BA 5G30A 5F07A 4K0GA 5H5QA 2HRFA 1EWXA 1VF3A 3C71A 5J3RA 2C8UA 1A23A 4K7IA 4N30A 3D22A 2VD1A 1E2YA 1X5CA 1ST9A 3ZIVA 1XW6A 2H6ZA 3F4TA 3C1RA 2ZUPA 3GIXA 5H5RA 5HFGA 3UL3A 2AAWA 4EO3A 4PXOA 5KN3A 3HY2A 3L9VA 2KOKA 3IOSA 4IQAA 3IDVA 4ECCA 2E0QA 1V58A 2FA8A 4PGTA 2F51A 2HLSA 4BVYA 1BG5A 4TN8A 1O8WA 5ECNB 4TR1B 5KN1A 1TRWA 2R3XA 1SU9A 1S3AA 3SWLA 4DSSB 3VURA 2V6OA 4WR4A 3E9JB 1EGRA 2DJ3A 3LXTA 4ZB8A 3ME8A 3HXSA 5AGYA 1GL8A 2B1LA 11GSA 5CAXA 1M0UA 2HSHA 1ERWA 3ZVJA 3GN3A 2JSZA 3VI5A 1SL0B 3W8JA 1Z6NA 2H8LA 2MBSA 5EL8A 3WD6A 1A2MA 2PU9C 3TRPA 1T4YA 1PL2A 2MMNA 1Y6EA 1OKDA 2NPBA 3P8WA 4OO4A 1TK0B 2FA4A 4XCSA 2L4CA 1PRXA 1OC9A 2DJ1A 2DJ2A 5GSTA 3OR5A 3TJBA 2HSYA 2YWIA 1U88A 4O5RA 2XBIA 2FWHA 1A8YA 4MCUA 4K0NA 1XVWA 5HR0A 3PINA 2IMKA 1DSBA 1MDJA 5IMFA 1XBSA 2G2QA 2L5LA 4MA9A 1XWKA 2PVOC 4G2EA 2GDRA 3F3RA 5IPHA 4XS4A 1WWJA 2N5AA 3D5JA 1GSDA 2YWMA 1U87A 4POKA 3GL3A 1T7PB 1O73A 1K0MA 1TK5B 2R6KA 3HVSA 3DMLA 2F8AA 3IC4A 1SKWB 1JLVA 5B6MA 1URMA 1J0FA 1AC1A 1U6TA 4HJMA 5IO2A 3KXOA 2H76A 4GSSA 4N11A 5IMCA 4DEJA 4HJ2A 1V98A 3EU4A 1XIYA 2PVQA 4POBA 3UAPA 1B48A 4IN0A 4WXTA 4RQRA 1R5PA 4GTUA 2RIIA 1THXA 5F0GA 2YOIA 1HD2A 4I8BA 2BTOT 1XXUA 4O32A 3IRAA 1FAAA 4PQIA 1KEBA 2HE3A 2WCIA 2C4JA 3M1GA 3QPMA 4DVCA 1G0TA 4L0UA 5IQYA 4MJAA 4K6XA 3D21A 3UBLA 1KBNA 4JRRA 4XS4B 1DUGA 1TOFA 1HNCA 2OA7A 5ECKB 5GAPD 3LSZA 5LD0A 3GFKA 5JWOB 2MMAA 3WGXA 3BCIA 4F0CA 2QKEA 1QGVA 2XBQA 5C00A 3FR3A 1K3YA 4IP6A 1YKCA 3TDGA 3TKSA 4OFMA 5COHA 4KDXA 1HNAA 3ZFBA 3HD5A 1MEKA 2PN8A 5HR1A 3GL5A 2B7JA 2LEGA 2LJKA 3EU3A 1C72A 4XS6A 4KE3A 5HQPA 1IYIA 2KLXA 1DBYA 1EV9A 2B3SA 4EVMA 4JBBA 5DALB 1YEPA 3EVIA 3GKXA 4EKZA 1XZOA 4NHZA 1OVNA 4BPYA 1T4ZA 1AUCA 3K8NA 3ISOA 3O3TA 4O92A 2VIMA 3HCZA 2YWOA 2WJUA 3Q19A 3CXGA 4IJ3A 1R7HA 3UARA 3UIWA 2J9HA 2FWEA 4LMWA 1YJ6A 3GUSA 3CSIA 3F8UA 3RPNA 1BX9A 4KSOA 2VLTA 4JR4A 4EL1A 4X43A 3BJ5A 2TIRA 5GAND 4XRAA 3KM6A 4KX4A 1FO5A 5DJMA 3L0HA 2CAQA 3WYWA 4K9ZA 4ZL7A 2LNSA 2MMZA 2JSYA 3QMXA 5CP1A 1O85A 1OKTA 2K8SA 2KUCA 4ID0A 1RK4A 4ISDA 3G7IA 4K2DA 3ZL5A 4TXOA 1LBKA 2WDUA 1WE0A 4WF5A 5JCWA 2IL3A 2VUPA 3VPQA 2J23A 1LU4A 3TJKA 5GSSA 3L4NA 1YF0A 2DJ0A 2HZFA 4KB3A 5IIZA 5JCUA 5A4UA 1HQOA 4TKYA 4ECJA 4KCAA 3QFBC 2DC5A 2GQKA 4FIWA 3W8SA 4IW9A 5ELGA 1QMVA 4ECIA 1CQHA 5LNKe 3EURA 1CQGA 3ZTLA 4KNDA 1SK1A 4HDEA 4NMUA 2FWFA 1ON4A 2CV4A 1UVZA 2V1MA 4JZQA 3IK7A 4F03A 4XHMA 1XVQA 4FYCA 5IMDA 3D0ZA 1DE2A 3ZLPA 3GHAA 1NM3A 5E59A 3KEBA 4NPBA 5HR3A 1MD4A 1B4QA 1TDIA 3F4RA 12GSA 2KP1A 1NW2A 3ZREA 5B8BA 2DSAA 4Q5RA 3I6AA 4LMVA 3BOAA 5L71A 1ZCPA 3TOUA 1SJIA 3KH9A 3H79A 2DBCA 3F63A 2P5QA 2CA8A 4OWYA 4TXOB 3ERFA 1AXDA 5ECRB 3TJFA 3RDWA 2M80A 3CTGA 17GSA 1GSSA 2IFQB 1GTAA 5ECSA 2VCTA 3C8EA 1THOA 3ERGA 3GSSA 4K8MA 1X0RA 4N10A 1TW9A 4EE0A 4YH2A 2QGVA 2H66A 1R4WA 4BWSA 2XPEA 4J56E 1ACVA 1VF2A 2GZPA 1A24A 1MDIA 5E4WA 2H1AA 3IXRA 3HKRA 1EP8A 1G6YA 2X99A 2CX4A 2VAFA 4MDCA 2X64A 3M9KA 1X5DA 5ECQB 1K0NA 3HZ4A 3KJYA 1TRSA 2MBTA 2F9SA 2HRNA 5ECMB 5J4UA 5JCGA 4EUYA 4CW9A 1U3AA 4G10A 4GCIA 1T00A 1MTCA 5G2ZA 5IO0A 2C3TA 3FKFA 2FUG2 2REMA 2H71A 4V1Ag 4YQVA 4YQUA 5D93A 4TR3A 4KDYA 1X9WB 4MABA 4HU9A 4IHUA 3IAS2 2OKAA 2IPAA 4JEDA 1PQNA 1J9BA 2XHFA 3N5OA 3DRNA 5IPGA 1QFNA 1TKDB 2OADA 4ULXA 3PGTA 5G5EA 2IN3A 3I69A 1MD3A 3CMIA 2CZ2A 1ZOFA 2M72A 3KMOA 4WR5A 2R5GA 3KMNA 2HT9A 2DMMA 2I1UA 2E7PA 1KTEA 5DVBA 5IOWA 1M2AA 5A4VA 4LA1A 2I9HA 3DGQA 2MZCA 3UVTA 3MWHA 1TK8B 2LRCA 1WRYA 1XWCA 5IM9A 2H0IA 5KN2A 1TJDA 3APOA 1V2AA 1OYJA 2LV3A 2HNLA 2PERA 2VL2C 2WRTA 3KP8A 3LXZA 1SYXA 2H6YA 2XPDA 2FGXA 4KDUA 4E8HA 1Z9HA 1PKZA 3VI7A 1SKSB 1F37A 2IMEA 5ABRA 1AAZA 2JU5A 1BQ7A 2M46A 2LRNA 4CDOA 4E8EA 5DJLA 1X9MB 5ECLB 3HZ8A 5C04A 1W4VA 4WBJA 5ECHB 1EV4A 3KD0A 1G7OA 5LCZA 3QAVA 1M9AA 4ZBAA 1A2LA 4JR6A 1WPIA 1I5GA 13GSA 1SKRB 4DSRA 2TRCP 3JCML 4ZL8A 1FVJA 2LNTA 3HYPA 3M9JA 1ML6A 1FW1A 22GSA 1EP7A 3NZNA 5CRDA 4BWQA 2HZEB 3RAZA 2X8GA 2N5FA 1SL2B 2YJHA 1EGOA 5IMZA 4I2UA 1WIKA 4MH3A 1GSEA 5B8AA 4GXZA 1W89A 2R4VA 3RPPA 3QFAC 1ABAA 4MJCA 2H0HA 2YJ7A 2RUFA 1F9MA 1YQ1A 3P7XA 2OE0A 4YAPA 1ZZYA 4IS0A 3FHKA 4PQ1A 4POLA 1V9WA 2JZTA 5A5KA 4G9HA 4FH8A 3IHQA 2DJKA 1K0AA 4TOPA 1USBA 3GKMA 3Q18A 4MJBA 1GSFA 4X0XA 2C0GA 3LORA 4OO5A 4NHWA 1R26A 1ZYEA 4HQZA 1V40A 5ECOB 4WETA 3ZZXA 3KZQA 2MYGA 1EEJA 2QC7A 2FD3A 1B9XC 2K18A 1Q98A 1A0RP 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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