2YZUA

Crystal structure of oxidized thioredoxin from thermus thermophilus hb8
Total Genus 31
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
31
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
KPIEVTDQNFDETLGQHPLVLVDFWAEWCAPCRMIAPILEEIAKEYEGKLLVAKLDVDENPKTAMRYRVMSIPTVILFKDGQPVEVLVGAQPKRNYQAKIEKHL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of oxidized thioredoxin from Thermus thermophilus HB8
rcsb
molecule tags Electron transport
source organism Thermus thermophilus
molecule keywords Thioredoxin
total genus 31
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2yzuA00
1OC3A 1OAZA 3RBTA 3KIJA 2FY6A 4EDZA 3HY2A 4NWYA 2MYGA 4F0CA 2H0GA 1K3LA 2LJKA 4Q5NA 2YWOA 1OYJA 3BJ5A 4OO4A 2C80A 2C0FA 5IPGA 2GZYA 3TKRA 4AJ8A 4PNGA 1KTEA 1SD9A 1X9MB 3KH9A 1V40A 3IHQA 4XRAA 1GUHA 1K0CA 5DALB 2KUCA 3LSZA 3ZIJA 1AXDA 1W4VA 1OC9B 1QMVA 2H74A 5ECMB 1FO5A 5ECKB 2FWHA 1YY7A 2LRTA 2DIZA 5AIVA 4EVMA 2ON5A 1DE1A 2VO4A 1X9WB 1SL2B 1CQGA 1VF3A 2PU9C 1SK2A 1MDJA 4WEYA 3E0UA 3H4KA 3C1RA 2FHEA 1AC1A 1ERUA 1GTBA 3HYPA 3A3TA 2MZCA 3EE2A 1J08A 1DUGA 2TIRA 2X64A 3TJKA 3E3EA 4POLA 1Z6NA 2R4VA 3I69A 2QKEA 4YQMA 1NW2A 4XTSA 1VF2A 2PVOC 2TRXA 1O6JA 3GTUA 2ZNMA 1XFLA 2VL2A 4BVYA 3QFAC 2CAIA 4G19A 1XVQA 1EP7A 2IMDA 3RDWA 2N5FA 4DVCA 2N5AA 5CRDA 1YKCA 3HHVA 1EOGA 1TW9A 2KP2A 4ZIJA 4N0ZA 3FY7A 3D0ZA 4JEDA 4NHZA 3ZVJA 4G9HA 3BCIA 2YN1A 1WWJA 5ID2A 1EOHA 2GVPA 4PNFA 5CYYA 4N30A 4IS0A 3GMFA 3GSTA 5KEJA 1ABAA 2CAQA 3ED3A 4PURA 1ZGNA 2REMA 2B6MA 1ERWA 4MJEA 4O32A 2H19A 3GURA 1TK0B 1K0OA 5DALA 3F4TA 3M9KA 2DMMA 3FZ4A 2V41A 4PX1A 3ZRDA 3GN3A 3NZNA 1SYRA 1OC9A 3GKNA 5D9WA 1EEMA 1XBSA 4CDOA 2F9SA 3TDGA 3P90A 2OE3A 3VPTA 1XW9A 1FVJA 1F9MA 2B3SA 4BWQA 5CAXA 3LJRA 4IW9A 4HU9A 4NPBA 1FB6A 1E2YA 2H01A 4K9ZA 1Z7PA 5IO2A 1Z3EA 5EPFA 5JCGA 2DJKA 4TW5A 1WE0A 4G2EA 3EURA 3CRUA 1PX7A 2DC5A 4Z7XA 1KBNA 3LG6A 2AHEA 5B7CA 4ZL9A 2IMFA 1YF1A 22GSA 4ZB8A 1H75A 1U3IA 1MTCA 4EF0A 4MPFA 4IN0A 4AJ7A 3G9BA 1YF0A 2P5QA 5LNKe 1RK4A 3L4NA 1THXA 1PSQA 4MA9A 3UVTA 1YEXA 5ECIB 2C0DA 4GXZA 2AJQB 1GTUA 1T4YA 5GZZB 1FHEA 4GF0A 4MF5A 3VFIA 4IQ1A 2K18A 4KB3A 4AJ6A 3D4TA 4XCSA 2F3MA 3GX8A 1SENA 5J9BA 2A2RA 2L4QA 5H5SA 4Q5RA 2IJYA 4F0BA 4IVFA 1JLWA 5AGYA 3GSSA 2BMXA 3ZZXA 3KMOA 2ON7A 4ZBBA 3G7IA 5GSSA 3O6TA 1THOA 2XHFA 1G6WA 5A4WA 4K1FA 4MZCA 2MMNA 2H1AA 5IO0A 2IWTA 4LMVA 5HFIA 4OFNA 5CNWA 1X0RA 2DJ3A 1OKTA 5IMZA 1XW5A 4EL1A 5D9XA 3TJBA 3HDCA 4MABA 2RUEA 4KDXA 1QUWA 3O3TA 1G0TA 1Z6MA 5HFGA 5B8AA 2VCZA 1BG5A 1FOVA 1F37A 3KGKA 1ZMAA 5JWQB 1TXXA 4BA7A 1FW1A 3TKQA 5DDLA 2B5YA 2VM2A 1O85A 4HJMA 3WT1A 2G2QA 2H72A 2EIQA 1QGVA 5INYA 3IK9A 4HOJA 2WULA 3QOUA 2Z9SA 5D93A 1N8JA 2VLUA 3J7Yk 3QAWA 3TJGA 3TJFA 4KCAA 3U6VA 1K0AA 2VCXA 2WDUA 1V2AA 2WS2A 5DCHA 4MPGA 2AV4A 4ECJA 5CRWA 2K8SA 5JWOB 3LYKA 3UARA 10GSA 1QK8A 2CVBA 1GP1A 1YDKA 3MNGA 5J5NA 2O8VB 3F3QA 4GTUA 5G2ZA 3KD0A 2CV4A 3Q74A 4ZBDA 2GLRA 5DJLA 2M72A 2C1YA 3QFBC 1UVZA 2FWEA 3P2AA 3TUEA 4BVXA 1A2MA 2ALBA 2F8AA 1R26A 2KOKA 4EXJA 4Q5QA 1XWBA 3D6IA 2FGXA 1HD2A 3VI5A 1EEJA 3QMXA 2YNXA 5ENUA 2GS3A 1S3AA 2KLXA 1TRUA 2O85A 4FYBA 2H6XA 3IE3A 2FWGA 5AIXA 2C3TA 1T00A 3ISOA 5DAKB 2E2MA 1GSSA 4XIHA 1NHYA 2O87A 1TDIA 5JWRB 2AYTA 3G7YA 3TRPA 5D9VA 2JSZA 1PL2A 2WB9A 5C04A 4XHMA 3BOAA 1GUMA 3KTBA 4EDYA 1KEBA 1HQOA 5CRGA 1PRXA 1RW1A 5A4VA 2J23A 1JHBA 1G6YA 4IP1A 2HSHA 5EVOA 2G0FA 4KX4A 4XRDA 5L71A 1TU7A 4KAEA 5IMCA 2HZFA 5E4WA 2H1BA 4LL4B 2IMEA 2D2ZA 3N5OA 4ZB6A 3CBUA 1A2JA 4GSTA 2C0GA 1V58A 2RM5A 1T3BA 1AUCA 3SWLA 4LL1B 4TXVA 1AQVA 5CO3A 2YZUA 3VWXA 2PERA 1AIUA 2GDRA 3IRAA 3GKKA 1R5AA 2IPAA 2NDOA 3SBCA 3KEBA 2M80A 3TOTA 1OC8A 3QD9A 1VRSD 18GSA 4ZB9A 5F05A 5GAPD 3F3RA 1ST9A 2VOCA 4DSSA 1W89A 6GSYA 4FIWA 1K0DA 1NM3A 2DIYA 2AAWA 2H66A 4WBRD 1JLVA 4N10A 1B9XC 1B9YC 3A2XA 8GSSA 3UIWA 1O8XA 3VWVA 5F0GA 5ID2B 3RPNA 4EUYA 5G1KA 4IJIA 3FYGA 1X5EA 1M2AA 4HDEA 4TR1B 1O73A 4K7OA 2J9HA 3V1WA 2XBQA 1LU4A 3CYNA 4XS4B 3K8NA 1DSBA 3TRXA 3EMPA 2L5OA 3GH6A 5DAKA 3RHCA 3VLNA 2HE3A 3UEMA 1OE8A 5ABRA 2OBIA 5DVBA 2GGTA 1PMTA 4TXOB 1MEKA 2HYXA 1TJDA 4DEJA 4OFTA 3L9UA 2H8LA 3H79A 3C7MA 3VWUA 3F4RA 3QCPA 4HZ2A 1GSFA 3EVIA 4BL7A 5HR3A 1PKZA 3L9VA 1ERTA 1O7UA 1IYHA 2VIMA 1GULA 1R7HA 2HNLA 1PD21 4RI7A 4J56E 2IMKA 3F6DA 4AF2A 5JCWA 1MDIA 2R6KA 4V2NA 4IQAA 2IIYA 1GWCA 4YQVA 4K8MA 2FUG2 3QDNA 1ZYEA 2B5EA 2BJXA 5D73A 3FRCA 4MZBA 3I6AA 2I4AA 4MH2A 2CVDA 3F4SA 5COHA 5FHIA 3EINA 4CHSA 1TKDB 4ZBAA 1LBKA 1ACVA 3GKXA 3FZ9A 4KGIA 3GL5A 2H70A 3P8WA 3TCOA 5KN2A 3M3MA 5IIZA 3NOFA 5G5EA 2P0GA 4RQRA 2PBJA 4IHUA 1Y6EA 2YV9A 4MLYA 2R5GA 2HT9A 3NIVA 2LRCA 14GSA 4F03A 1WOUA 4TR1A 2I81A 3TGZA 1TK8B 1K0MA 2I3YA 4RQXA 2OE1A 4K0NA 2GSRA 1IYIA 1V57A 1SJIA 4XS4A 4F2IA 1BJXA 4NV2A 2VD0A 3L78A 2FWFA 3IXRA 2LRNA 5J3RA 3M9JA 4K2DA 4ML1A 3FEUA 2H1DA 2B1LA 2H0IA 2LKUA 4TXOA 4IELA 4MZWA 2DJ2A 5ECLB 2YWIA 4MCUA 2GSQA 3KJYA 3TJJA 2I9HA 2OADA 5ELAA 3KXOA 2LSTA 3BBYA 2YCDA 1G7EA 2GSSA 4HU7A 5ECQB 4YAPA 4KNDA 4ECCA 6GSUA 1ZL9A 5HR1A 3U5RE 1F6MC 2H71A 5KN0A 2RUFA 3IA1A 2C3QA 2YV7A 1I5GA 5CRHA 1M9AA 4N11A 2WGRA 1S3CA 1BAYA 1M7TA 1V9WA 2H75A 3D5JA 3VURA 9GSSA 1WPIA 3FR3A 4V2LA 2H6ZA 4RUVA 4EKZA 3FW2A 3GFKA 2FD3A 3GL3A 3CSJA 5F07A 1TP9A 3H8QA 4PGTA 5CP1A 3HVSA 3GYKA 5HQPA 4PXOA 4YQUA 2CX3A 2IFQB 2E0QA 1XOBA 4X0XA 3H93A 4POMA 3RPPA 1J9BA 4EO3A 1BQ7A 5DQYA 2DJJA 3E9JB 2E2GA 4POKA 4HUAA 3DIEA 1GH2A 2AUVA 4ULXA 2P31A 5HR0A 1XWAA 4TOPA 3HKRA 1HNBA 4KUNA 1TRVA 1FAAA 2FCHA 3O76A 3UBKA 1PQNA 2B7KA 3BD2A 16GSA 2X8CA 4GWRA 2VCQA 2XC2A 4JRRA 1H4OA 3A2VA 3ZREA 3TKPA 1JZRA 1WP0A 3GV1A 1GL8A 4KE3A 3C73A 3CXGA 4OO5A 3TOUA 2F51A 2RLIA 1RQMA 3HZ8A 5G5FA 3GNJA 3EMXA 1M2DA 1B4QA 1GSEA 2XPDA 2B1KA 1B8XA 1N2AA 2LNSA 2VCTA 4WF4A 3CTGA 4OD7A 1A23A 2H0HA 1GUKA 4OWYA 4HJ2A 1SKWB 2FNOA 3EU3A 5A4UA 3ZMLA 4JR6A 3ZL5A 4RI6A 2WZ9A 3PINA 4MK3A 4XS6A 2JL4A 3TKSE 4MJBA 1X5CA 5D96A 4D73B 3C8EA 1AAZA 1HNAA 2LNTA 2QGVA 5JCUA 4MJCA 3LXTA 2ZCTA 1GLPA 3UJ1A 3WGDA 4DSSB 4ZL8A 3ZITA 4HQSA 5J4UA 2IFQA 3ZFBA 3ZFLA 1SJ6A 1G7OA 5FT3A 4HEA2 1ON4A 2L6DA 1YKAA 3APOA 1TRSA 1PGTA 4P3YB 1E6BA 1TI3A 2CZ2A 4WBJA 2YZHA 2MMAA 1V98A 2LQQA 3HJMA 4GSSA 4OCFA 4EE0A 2C8UA 2QC7A 1FVKA 3HZ4A 4AGSA 4WETA 3W8JA 4OFMA 1TK5B 1TU8A 3KP8A 1XIYA 2YPMA 3JCML 2DBCA 2X8GA 2EIRA 3IPZA 2CQ9A 1YZXA 4FH8A 2KHPA 3ZMKA 1QXHA 1AQWA 2JZRA 1WIKA 4H86A 3F6FA 4I8BA 2OBKA 2JADA 3LEFA 5ECRB 1XXUA 3HJPA 1Q98A 3EWLA 3CMIA 2L5LA 2YANA 1PX6A 3IDVA 5EY6A 2P5RA 3G7JA 4KSOA 3LWAA 4ZILA 1GTIA 2MMOA 2DLXA 17GSA 2LTKA 3IAS2 1R5PA 4MH3A 4L5LA 2H1GA 3TKSC 5D9TA 3W6GA 1M9BA 4L8EA 3GUSA 3TB2A 2DJ0A 1R4WA 3F63A 1BEDA 4D73A 2VCVA 2V6OA 3HVXA 5IOXA 3FHKA 1SKRB 3KP9A 1GLQA 3F8UA 5G30A 1BX9A 1PKWA 3IC4A 4V1Ag 4KH7A 4LMWA 4IKHA 4KCEA 2GT6A 3ME8A 1K0NA 1VF1A 4OCEA 3M1GA 2CZ3A 2IL3A 3APQA 3RHBA 3UOMA 2YWMA 1XWCA 2PUKC 3A5WA 4IBPA 1JZOA 2RIIA 3DD3A 1HYUA 4TR0A 2LS5A 3LQ7A 2VLVA 4QL9A 1Z5YE 5IPHA 5IMDA 1F2EA 1EP8A 4WR5A 4PQHA 3RAZA 3L0HA 4BWSA 3EC3A 4BPYA 4GQFA 6GSXA 4K0GA 4HS1A 5DQSA 3DVXA 1YJ6A 1GSDA 3PH9A 2WJUA 3KM6A 2FLSA 3DKSA 4K7IA 4J57E 1U88A 2H30A 4WF5A 5J9CA 1U6TA 1K0BA 2I1UA 5ECPB 3UAPA 1EV9A 5B6NA 2PVQA 4JZQA 1PN9A 2HZEA 3DGQA 4E8EA 5ECNB 1Z9HA 4KSMA 3EU4A 2GSTA 3C1SA 2O89A 3QAGA 1K3YA 1A24A 3GH9A 4O7HA 2OA7A 1ZZYA 3PGTA 2GQKA 3H1NA 5KN1A 3ZLPA 3D21A 1A0FA 4POBA 1GTAA 4GLTA 1ZCPA 3QR6A 2YP6A 4PQ1A 1XCCA 4MP4A 3FKFA 2DMLA 5FWGA 2VL9A 4WXTA 3MSZA 3WT2A 5H5QA 3I43A 4JU5A 2IN3A 1USBA 4L0UA 5ECSA 4HZ4A 4WR4A 3CRTA 4X43A 6GSTA 4MF7A 4E8HA 3ERGA 4GCIA 3KTLA 3GIXA 2WRTA 5F06A 1JZWA 11GSA 4MMMA 2H76A 4IP6A 1A0RP 4XS1A 1SL0B 3ZVJD 1ILOA 3Q6OA 3DMLA 5AN1A 1XVWA 4QQ7A 3LFLA 3UVHA 3A2WA 1XW6A 4ECBA 3DRNA 3CSIA 4L5OA 3WD6A 4NV5A 4TN8A 5CREA 1SJZA 2GQMA 3M8NA 2EC4A 3UL3A 2V6KA 2PGTA 5E59A 5HFKA 3L9SA 3TKSA 2LJRA 1EGRA 1DE2A 5G31A 3HCZA 1EGOA 2L4CA 2GZPA 1AQXA 5J41A 2GZZA 5B6MA 2MBSA 3ZIVA 2PN8A 2VUPA 1HNCA 5LCZA 3N9JA 1Y25A 4L0WA 3KH7A 3IBHA 1TI1A 1UC7A 3LXZA 5IMAA 4TKYA 2C0EA 1ERVA 2CA8A 12GSA 1PA3A 4FO5A 1GSUA 3D4MA 2BTOT 1SK0A 4ML6A 4KA0A 5IMVA 3LYPA 2R3XA 3HJOA 4GSNA 4IJ3A 3MAKA 3DXBA 3IOSA 2E7PA 1VF4A 2C4JA 3VPQA 1EZKA 5D8IA 1CQHA 1FG4A 5AISA 3QPMA 2F8FA 2QSIA 19GSA 3FR9A 3BCKA 1SD8A 1FB0A 3VI7A 2H73A 6GSVA 1X9SB 2VM1A 5H5RA 4ACSA 1SK1A 2VD1A 4NMUA 1XPVA 3GHAA 5IM9A 2VCWA 4J2FA 5DBQA 1EWXA 1ML6A 4LLRA 2KP1A 2K6VA 2HSYA 2YJ7A 2JSYA 1VGLA 1QQ2A 1YQ1A 4TVEA 2AB6A 2MBTA 1M2BA 2M46A 3FZAA 4V1Ap 1T1VA 3Q18A 1GRXA 2VL3A 4DSRA 4TR4A 2JU5A 4F82A 3D22A 1SYXA 1MDKA 2OKAA 2V2GA 1NSWA 3WGXA 1OVNA 3GRXA 3QAVA 2A2SA 1M0UA 3KZQA 4MJAA 2FA4A 1JFUA 2CX4A 2TRCP 1AW9A 3IK7A 3W8SA 1OKDA 1UN2A 2FA8A 2DSAA 1SKSB 4YAVA 3OR5A 3MDKA 2JACA 4OMVA 2B5XA 4ISDA 2CVKA 3ERFA 4TR3A 2JZTA 5HR2A 1YEPA 5F8BA 3P7XA 5G1LA 1Z7RA 4LA1A 2R37A 2A4VA 3HXSA 4I6XA 4MF6A 4NAXA 2ZUPA 5DCGA 4K6XA 1SU9A 1X5DA 5DJMA 13GSA 4KDYA 2NPBA 1T4ZA 1WJKA 1U3AA 4I97A 3WGEA 5GSTA 3DEXA 4NHWA 2R2JA 1QFNA 2L59A 3GX0A 1UA5A 2EIOA 4HI7A 2N5BA 3KMNA 1TRWA 4N0VA 3F0IA 2CT6A 4PUFC 2ES7A 1XWGA 3APSA 2YJHA 3ERWA 1XZOA 2NTOA 1ZOFA 2X99A 5IOWA 4Q5FA 3GKMA 4EC0A 4IGJA 2MMZA 4G10A 2LUSA 1GNEA 4F9ZA 3TRQA 1A2LA 3WYWA 1MD3A 4CW9A 3CTFA 4QL7A 2WFCA 5KN3A 3DWVA 2V1MA 3FK8A 2OACA 1BYEA 20GSA 3ME7A 3AY8A 2YWNA 1NHOA 4TRXA 5ELGA 1I9DA 1WRYA 2HRFA 5EL8A 4ID0A 5C00A 4FYUA 5LD0A 3UMAA 2XBIA 3HA9A 4GRFA 2HRNA 1GSYA 3IV4A 2HI7A 3PR8A 3UBLA 6GSWA 2IMIA 4X1UA 2JZSA 4ZXGA 2L57A 2LV3A 2PMTA 1LJRA 1XWKA 1F3BA 2NBSA 1KNGA 3ZYWA 2H6YA 2LJAA 3LORA 4MDCA 2L6CA 1O8WA 2LEGA 4I2TA 2K9FA 2K8VA 3VWWA 2GQLA 3R2QA 5A5KA 2YOIA 3US3A 3IAM2 3MWHA 4I2UA 3C71A 1MD4A 1WMJA 3IR4A 2VLTA 1B4PA 2LQOA 3F9UA 1PL1A 1TTZA 3GA4A 2GTUA 2DJ1A 3CSHA 3LGCA 3VK9A 2RM6A 5IMFA 1OE7A 2HZEB 2V32A 2VL2C 3DVWA 3FZ5A 1SL1B 3M0FA 3S9FA 3I9V2 2WCIA 4O5RA 4YH2A 4HQZA 4ZL7A 5IQYA 4FYCA 4NXIA 2HLSA 1O81A 3J7Yb 5ECOB 1Q4JA 2OE0A 2GT5A 4ILFA 1EV4A 4ECIA 4KW6A 1XOAA 4I5QA 4DSQA 1S3DA 1URMA 2B7JA 2HFDA 2PWJA 1GNWA 2C3NA 4WKWA 3HVVA 4KDUA 4V2MA 1T8EB 1TOFA 1DBYA 4JR4A 4K7NA 2NVLA 1C72A 2HXKA 2VAFA 4GQCA 3Q19A 3ZTLA 1M99A 1GSQA 7GSSA 4PQIA 2XPEA 1ZYQB 3KCMA 1K3OA 1U87A 1F3AA 1A8LA 4O92A 4PUAA 3FR6A 3EYTA 1JZDA 2OJLA 5GAND 3HD5A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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