2AJQB

Structure of replicative dna polymerase provides insigts into the mechanisms for processivity, frameshifting and editing
Total Genus 26
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
26
sequence length
105
structure length
105
Chain Sequence
KIIHLTDDSFDTDVLKADGAILVDFWAEWCGPCKMIAPILDEIADEYQGKLTVAKLNIDQNPGTAPKYGIRGIPTLLLFKNGEVAATKVGALSKGQLKEFLDANL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of replicative DNA polymerase provides insigts into the mechanisms for processivity, frameshifting and editing
rcsb
molecule keywords DNA Primer
molecule tags Transferase,transcription/dna
source organism Enterobacteria phage t7
total genus 26
structure length 105
sequence length 105
chains with identical sequence I
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-08-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2ajqB00
2JACA 3V1WA 4IJIA 3GUSA 1PD21 3P2AA 1ZMAA 4IS0A 1TOFA 4L5OA 2XHFA 4D73A 1Z3EA 2QC7A 1WP0A 4YAPA 2RM6A 2H1GA 5IMFA 3BBYA 4PQIA 3W8SA 2LTKA 3D4TA 1LJRA 4MP4A 2C3NA 4I2UA 1TP9A 1ABAA 3QFAC 3QDNA 5DALA 4F0BA 1OC8A 2B6MA 1OVNA 1A0RP 3QMXA 3JCML 4JR6A 3TRQA 3M3MA 1CQGA 4NV5A 1K3YA 4KAEA 1RQMA 2IL3A 2C3QA 2IMIA 3KJYA 3CTGA 1OYJA 4N11A 2O7KA 2RM5A 1ST9A 1TXXA 4TRXA 4Q5QA 2HI7A 10GSA 3R2QA 1TK8B 4OCEA 2HZEB 2BJXA 2TIRA 1LBKA 3RPPA 5CNWA 3GSSA 5D73A 1M2BA 3EU3A 3F3QA 1JZOA 2VO4A 1Z5YE 2DJKA 3GKNA 3RHCA 2GT5A 3N9JA 3M8NA 1XPVA 1USBA 4KDXA 1B8XA 4J56E 5DJMA 1KNGA 2AB6A 2B5YA 4HEA2 1OC9A 1SL1B 3KH7A 1BX9A 1HNCA 2H70A 3F6DA 1YJ6A 3MSZA 4GXZA 1A2JA 1PA3A 1XWAA 3WT2A 2F51A 3KD0A 4KX4A 1GTIA 3PGTA 1ZYEA 2QKEA 1PGTA 4BVYA 2TRXA 3IAM2 2LQQA 3GTUB 1J08A 1Q98A 1EEMA 1T3BA 2CT6A 2LJKA 5F06A 1M9BA 4WBJA 3QD9A 2FWEA 1XW5A 1DBYA 4HU7A 1GP1A 2VM1A 2IWTA 5E59A 3VK9A 1R7HA 3O3TA 1SKWB 1X5CA 1B4PA 3KTBA 3IAS2 1N8JA 2M72A 5G2ZA 3IRAA 1WRYA 2AYTA 4OMVA 2GSRA 1XWCA 3BCKA 2HE3A 2V41A 3HA9A 2VLTA 2H1DA 3U6VA 3WT1A 1XXUA 2A2SA 5J4UA 2H72A 2K9FA 2KP2A 2FHEA 2IMKA 1NM3A 1OE7A 3TJJA 4MF5A 2FWGA 3APQA 2LSTA 2I1UA 1U87A 2K8VA 4JEDA 3Q6OA 2MBSA 3EMXA 1S3DA 2DJ3A 2HZEA 1Z6MA 2R5GA 3GX8A 3ME7A 3GSTA 1AAZA 4MZBA 13GSA 1OE8A 5EPFA 4HOJA 3PR8A 3WGXA 1ZYQB 3DXBA 3QAVA 1VF3A 3HJOA 1BG5A 2L4QA 1TK5B 4FH8A 2MMNA 3KGKA 4K7IA 1AIUA 5LNKe 1EGRA 1K0CA 4ZB6A 3UBKA 1ERVA 3TKSE 2A2RA 2KHPA 2OBKA 3ZYWA 3TB2A 5AGYA 1JLVA 1AQVA 3ZFLA 2GTUA 1YY7A 4J57E 5IOXA 1JLWA 4ZBBA 3P90A 2C80A 2WFCA 2JSYA 4TOPA 3H1NA 3GTUA 3TOTA 1HQOA 1GUKA 3UBLA 2BTOT 2K18A 1SJ6A 2JZRA 2FWFA 4NMUA 4WR5A 2C0EA 3TJGA 1LU4A 4EE0A 5COHA 2RUFA 5HFGA 4OCFA 4I5QA 1NHYA 2G0FA 3A3TA 4XS6A 1V2AA 1MDIA 1HNBA 3F4TA 4V2LA 1BAYA 2PMTA 2AHEA 5D9VA 5GSSA 4X1UA 2DIZA 3O76A 5JWRB 2PUKC 3I9V2 1OKDA 5ECOB 3ZVJA 3H79A 2P31A 4HZ4A 1AC1A 2DMLA 2H19A 3ZMKA 1THOA 3TJBA 1JZDA 2H0IA 3OR5A 2GVPA 4DSRA 4G9HA 3TDGA 5CP1A 6GSUA 1MD3A 1B4QA 2LRTA 3IK9A 2VCTA 3F0IA 3IE3A 3ZIJA 5FHIA 3GYKA 1GL8A 3AY8A 2OA7A 4O7HA 2CA8A 1MTCA 4E8HA 1JZWA 5IMDA 18GSA 2IJYA 2QSIA 5HR0A 2X64A 4BA7A 1C72A 3ME8A 2I3YA 3FW2A 4TN8A 1SENA 1Z6NA 2OJLA 8GSSA 1EOGA 1HD2A 5F0GA 4V2MA 4F03A 2VIMA 3CRTA 4N0VA 4K9ZA 2L57A 1GTBA 1ERTA 4PX1A 2DJJA 5H5RA 4IJ3A 1O73A 2CVDA 3TGZA 5CAXA 1Y6EA 6GSWA 3ZREA 4L8EA 3LQ7A 4LLRA 1U3AA 1ML6A 1YKCA 1QMVA 4GRFA 1VF1A 2OADA 4HI7A 4EXJA 5KEJA 2QGVA 2HSYA 2XBIA 4KNDA 4O5RA 1W89A 3E9JB 1EZKA 4Q5FA 5GZZB 1TI1A 2K6VA 5G31A 2A4VA 1Y25A 4IN0A 4NXIA 1ZCPA 2RLIA 5JCGA 5LD0A 3KP8A 4PQHA 2V6KA 1SJIA 3M9KA 5B6MA 4ECJA 1I9DA 2VCZA 2H6YA 2MZCA 3ERWA 9GSSA 3BCIA 3DWVA 5C04A 3TUEA 2L59A 2PN8A 2GQLA 2GSQA 4WEYA 5B8AA 1SL0B 3TKQA 2YJ7A 3KM6A 1X9SB 4V2NA 4XTSA 1TDIA 2DMMA 1S3CA 1AW9A 4PQ1A 1TRWA 7GSSA 1GSUA 5J5NA 1XWBA 3L9VA 1T00A 2MYGA 2EIQA 20GSA 2PBJA 3DGQA 1M9AA 1NW2A 2DJ2A 3H4KA 1GNWA 2FD3A 4HJ2A 2MMAA 4FIWA 4MLYA 1TKDB 5B7CA 1GRXA 2YZUA 4POMA 3ED3A 4EVMA 2L6CA 3GKMA 3HVVA 5E4WA 1WE0A 4BWQA 2KLXA 1F6MC 4L0WA 4CHSA 3IXRA 5D8IA 1MDJA 3UL3A 5JWQB 1IYHA 5GSTA 5A4VA 1DE2A 1YQ1A 2DSAA 1AQXA 4XCSA 1M0UA 2YNXA 3HVSA 4GSSA 1E2YA 4ZILA 1FO5A 5G30A 3MWHA 2AJQB 1IYIA 3KCMA 2E2GA 4GQCA 4TVEA 2LRCA 5LCZA 3EC3A 4ZBAA 5CRDA 3VPQA 4HDEA 2WCIA 2IN3A 5F05A 2N5BA 5CRHA 1JZRA 2P0GA 4LMVA 2YZHA 1FVJA 4XS4B 4IP6A 3NZNA 5DQYA 1GUMA 2H30A 2YV7A 5D93A 2ES7A 4RQXA 2JZSA 2NTOA 2IFQB 3VLNA 1SU9A 4MMMA 1SD8A 3GV1A 1G0TA 1VRSD 3BJ5A 4YQUA 1BJXA 2H8LA 3GIXA 2H0HA 3ZVJD 4EDZA 3GKKA 1ACVA 3IC4A 2GLRA 3M9JA 4DVCA 4X43A 4MJEA 3VWXA 3CTFA 4OFNA 2CQ9A 5HR3A 3HCZA 2GSTA 4RI6A 4OD7A 3GKXA 4MJAA 2CZ3A 4K0NA 5HFKA 2C1YA 2J23A 5J9BA 2IPAA 2LJAA 3UVTA 3KTLA 2E2MA 1PKZA 1WJKA 2PVQA 2H76A 3QAWA 5G5FA 2L5OA 3FZ5A 3DVWA 5IMZA 5ABRA 5ENUA 2B5XA 2WGRA 5KN0A 5JCWA 5D96A 2REMA 4MCUA 1TK0B 1X5DA 3LEFA 2FUG2 3UJ1A 3DIEA 2VCQA 2H01A 2LS5A 4DSQA 1M99A 1G7OA 5ECRB 2PVOC 5IMCA 1XFLA 3ZRDA 2E7PA 3A5WA 2Z9SA 4ID0A 4ECBA 1EV9A 2R37A 3LSZA 1MDKA 3VI5A 2VL3A 2F8FA 5A4WA 1VF2A 3GURA 4H86A 3E3EA 3CYNA 4XS4A 5KN3A 1HNAA 3GL3A 5CRGA 5FWGA 2FGXA 4FYBA 2DJ0A 2PERA 3L0HA 5A5KA 1SL2B 2IFQA 1FOVA 4KW6A 4KCEA 4DEJA 5J3RA 1V58A 4HQZA 3N5OA 4K8MA 2F9SA 3IA1A 2HT9A 3I69A 3WYWA 1V9WA 4TR3A 1XZOA 2YOIA 4KE3A 1B48A 1KEBA 3Q18A 2HSHA 2YWIA 2GZPA 2X8GA 5JCUA 3PH9A 3UVHA 1V98A 4I8BA 4GSNA 1AUCA 1UVZA 4PUAA 3RAZA 3VURA 3GN3A 3TCOA 1SYXA 5KN2A 2R3XA 5HQPA 3ZIVA 3ERFA 1T4ZA 1YKAA 4LL1B 3F8UA 4EKZA 3NIVA 3CXGA 1MD4A 3VFIA 5DCGA 2O8VB 1Q4JA 1YDKA 1TRVA 2DBCA 3GMFA 3W8JA 2PWJA 4NHZA 2GQKA 1QK8A 3K8NA 6GSTA 3FZAA 3TOUA 1BYEA 3FZ4A 4IQAA 3J7Yk 3QR6A 5ELAA 1K0DA 4BPYA 2X8CA 2CX4A 4FO5A 2LEGA 2ZUPA 4PGTA 3DEXA 2C8UA 2G2QA 4MZWA 3GH6A 1PQNA 4MK3A 1FG4A 4G2EA 4K2DA 6GSSA 5IOWA 2OACA 1XW6A 5IM9A 1J9BA 3C1RA 3CRUA 4ML1A 4ML6A 1O6JA 3A2VA 3G7JA 4AJ6A 1GTAA 1R26A 1WMJA 1A23A 4IGJA 3MDKA 4ZB9A 2LNSA 4HQSA 1BEDA 3GHAA 2NVLA 2ZNMA 1B9XC 4ZXGA 1EV4A 4K0GA 4I2TA 4GSTA 5DJLA 3LWAA 2CV4A 5ECQB 1YEXA 2YCDA 3LFLA 2F8AA 1THXA 2GZYA 5J41A 1EGOA 1QGVA 4MF6A 4YAVA 3F63A 1FAAA 3TJFA 2YANA 2RIIA 2PU9C 4WF4A 3IOSA 4AF2A 4LL4B 5DAKB 1FW1A 3RBTA 2WDUA 4QQ7A 3HD5A 3TKSC 3O6TA 2WULA 2VCXA 2YPMA 4IBPA 3QOUA 2HRNA 1V40A 2MMZA 2LRNA 4P3YB 2FA4A 1T4YA 5ECSA 1FB0A 3W6GA 3A2XA 3ERGA 1KBNA 5AIVA 1TJDA 2CAIA 4HZ2A 3HVXA 5ECHB 4MPGA 4LMWA 5GAND 3UOMA 1QQ2A 3UMAA 2VUPA 3MAKA 5AIXA 1TU7A 5IMAA 1TU8A 4KDYA 3HYPA 5EVOA 4ILFA 4EUYA 2HXKA 1EP8A 2B7JA 2R6KA 4KGIA 3L9SA 1GTUA 1E6BA 4NHWA 1FHEA 22GSA 1ZZYA 4X0XA 4LA1A 3KH9A 1ERUA 1TTZA 2IIYA 2L4CA 2WJUA 17GSA 1PKWA 2CAQA 1KTEA 3HJMA 2WS2A 4MJBA 5ECKB 1F2EA 2WZ9A 5ECMB 1QUWA 2IMDA 1G6WA 1GWCA 3I43A 1UC7A 3ISOA 4F9ZA 2C0FA 1XOAA 3VPTA 5CO3A 3FHKA 4EL1A 4WETA 4NV2A 5DAKA 1V57A 4JU5A 1XWKA 5G5EA 3S9FA 1X9WB 1PX7A 5JWOB 5C00A 1GUHA 5L71A 2VLVA 1GLQA 4MH3A 5IO0A 1ON4A 3FR6A 1XVQA 2NPBA 3HKRA 4JBBA 2J9HA 4RI7A 3NOFA 19GSA 4G19A 1TW9A 1A8YA 1YZXA 3F4SA 2OE3A 4N30A 2DLXA 3C73A 1K0MA 2R2JA 1SKRB 2EIRA 4PXOA 11GSA 3LG6A 1PX6A 1R5PA 4DSSB 4WBRD 1FB6A 3KXOA 4XRDA 2E0QA 2FNOA 3G9BA 1X0RA 2VD1A 3KIJA 3KEBA 3BOAA 5ECLB 2K8SA 3BD2A 3HY2A 2M46A 2XC2A 2ON5A 4GTUA 1GNEA 1GSYA 2F3MA 2FY6A 4TKYA 4EF0A 12GSA 1WWJA 4NPBA 1EP7A 2RUEA 3APSA 1XCCA 2LJRA 3VWWA 4KUNA 3VI7A 3FR3A 4EC0A 4ZL7A 1K0OA 4ZIJA 2H1AA 1U6TA 3EINA 4YQVA 3MNGA 3HHVA 4N10A 3DRNA 2O89A 2H6ZA 2VM2A 4IHUA 4KA0A 3WGDA 1WIKA 3ZFBA 4NAXA 1A8LA 5HFIA 1JFUA 2H1BA 2JL4A 1GSSA 3H93A 3D6IA 3G7IA 1M2AA 2IMFA 2X8HA 5F07A 5IO2A 4XHMA 4OFMA 2C4JA 3GH9A 2EIOA 2VOCA 2OKAA 2HLSA 3LXZA 1EEJA 3H8QA 2H71A 1F9MA 3GFKA 2JU5A 2VL2C 2MMOA 4N0ZA 2OBIA 2TRCP 1MEKA 3ZMLA 2H75A 2KP1A 2HRFA 1GH2A 1XWGA 2B1LA 3D5JA 1Z9HA 1URMA 3FK8A 4FYUA 4HS1A 6GSVA 3IBHA 4RUVA 5KN1A 3UAPA 2OE1A 2O87A 3Q19A 4DSSA 4AJ8A 2C0DA 2CZ2A 4MJCA 2C0GA 1UA5A 4GCIA 4TW5A 4NWYA 5DBQA 2CVKA 2FWHA 3C71A 1DE1A 1RK4A 1ZL9A 4JRRA 3KMNA 2GDRA 4MABA 2ZCTA 4TR1B 2GS3A 3IK7A 3RPNA 2XPDA 3C7MA 5IIZA 14GSA 3EYTA 3G7YA 1M2DA 3PINA 1SK2A 3M1GA 5FT3A 3EWLA 1O7UA 2HFDA 5AN1A 3D4MA 3SWLA 1ERWA 2I81A 4IELA 4RQRA 1WOUA 2HYXA 4WR4A 2B3SA 2V32A 3EVIA 5CREA 3TRXA 5B8BA 2YP6A 2V1MA 2JSZA 2JZTA 4MA9A 1K0AA 3IHQA 6GSYA 3RDWA 1SJZA 1VF4A 1F37A 2VCVA 4OFTA 2H66A 2LUSA 5HR2A 2YWOA 2ON7A 3A2WA 3VWVA 5INYA 3ZTLA 4MPFA 3FR9A 4Q5NA 3C1SA 1J0FA 3DMLA 3FEUA 3KP9A 1GLPA 3EMPA 3C8EA 3FY7A 3M0FA 2H0GA 2PGTA 1SKSB 3HZ4A 1R5AA 5A4UA 3IV4A 1T1VA 3APOA 4TXOB 3DKSA 4L0UA 4K7NA 3LYKA 2OE0A 1K0BA 2VAFA 4GLTA 2B7KA 1BQ7A 4TR0A 4GF0A 4KDUA 5D9WA 2DIYA 2YN1A 4TR1A 3CBUA 5ELGA 2NBSA 2P5RA 4YQMA 3LJRA 4O32A 1HYUA 1M7TA 3LYPA 4POKA 4BL7A 3TRPA 3TKSA 1R4WA 4KSMA 2YJHA 1XBSA 1PL1A 3ZZXA 3EE2A 1DSBA 3HXSA 3SBCA 2LNTA 4F2IA 4YH2A 3EU4A 3IR4A 4WF5A 2V2GA 1OKTA 3FKFA 3EURA 1K3LA 3FZ9A 3F9UA 4I97A 2KOKA 4E8EA 1CQHA 4QL7A 3CSHA 1A0FA 4QL9A 2B1KA 3CMIA 2GZZA 4BVXA 1WPIA 5IQYA 5DVBA 1TRSA 4PURA 5GAPD 3IDVA 1GSDA 2I9HA 4ZBDA 2KUCA 4IW9A 4OO4A 2VD0A 3D0ZA 1OAZA 5DQSA 2HZFA 4IP1A 4ECCA 2LKUA 4XS1A 3P7XA 1G7EA 2IMEA 1VGLA 4WKWA 4IKHA 3UARA 2H6XA 1A2LA 1O8XA 3DYRA 3QPMA 5ECNB 1EWXA 1T8EB 6GSXA 4I6XA 2H73A 1GSFA 4ZB8A 4GQFA 1DUGA 5CRWA 1PRXA 4TXOA 1XVWA 3GX0A 1F3AA 2PPTA 2BMXA 3CSJA 2M80A 5H5QA 1YF0A 2AV4A 4ULXA 3ZLPA 4MZCA 3P8WA 3DD3A 2R4VA 4PNGA 3U5RE 2LV3A 4HU9A 3L4NA 4CW9A 3KMOA 1SYRA 4XIHA 3RHBA 2JADA 16GSA 4MH2A 2HNLA 2MBTA 1ILOA 1T7PB 4ZL9A 1U88A 4HUAA 1OC3A 2B5EA 1I5GA 4BWSA 4OWYA 2CVBA 1GULA 4PUFC 2DJ1A 3HDCA 5IPGA 2YWMA 4PNFA 4AGSA 4K7OA 4KSOA 3L78A 1JHBA 1SK1A 3HZ8A 5IMVA 1A24A 4KCAA 4JE1A 5DCHA 2VL9A 3FRCA 1FVKA 3L9UA 3US3A 2CX3A 5D9TA 1AXDA 4J2FA 2XBQA 4F82A 3D21A 1QFNA 2YV9A 4EDYA 1K3OA 1XIYA 1GSQA 3GL5A 2P5QA 4XRAA 4TR4A 3I6AA 4OO5A 1F3BA 4ZL8A 2ALBA 3TKRA 4Q5RA 2C3TA 1H4OA 3QCPA 5H5SA 2FLSA 2GQMA 2I4AA 1H75A 2AAWA 1X9MB 2VLUA 4V1Ap 4O92A 3J7Yb 4FYCA 2VCWA 3WGEA 2EC4A 2X99A 5ID2B 1SK0A 3UEMA 1PMTA 1PN9A 2XPEA 1O81A 1Z7PA 1S3AA 1AQWA 5F8BA 4MF7A 4IQ1A 3GNJA 2YWNA 3LGCA 1SD9A 3VWUA 2LQOA 5DDLA 5G1LA 4KB3A 1Z7RA 5ECPB 5EL8A 1X5EA 4D73B 3ZITA 5AISA 2V6OA 3DVXA 1ZOFA 3GA4A 4WXTA 2FA8A 3QFBC 4L5LA 5IPHA 3GRXA 1NHOA 1G6YA 3F6FA 1QXHA 1TI3A 3LORA 3WD6A 2VL2A 4JZQA 2D2ZA 5DALB 3FYGA 4K6XA 1YF1A 4AJ7A 3KZQA 5B6NA 2FCHA 1GSEA 5D9XA 3UIWA 4F0CA 4ISDA 2NDOA 3TJKA 1PSQA 1RW1A 1W4VA 1O8WA 3Q74A 1TRUA 4EO3A 1A2MA 3HJPA 1N2AA 4POLA 3F4RA 4IVFA 1O85A 1YEPA 2GSSA 5HR1A 2AUVA 2N5FA 3CSIA 2GT6A 1ZGNA 4K1FA 4Z7XA 3TKPA 3D22A 3F3RA 5CYYA 5G1KA 2WB9A 1PL2A 4POBA 3QAGA 3IPZA 4JR4A 1U3IA 4GWRA 2H74A 2GGTA 4KH7A 1EOHA 4TXVA 1UN2A 4HJMA 2DC5A 2N5AA 1XW9A 4MDCA 4ACSA 4ECIA 4V1Ag 5EY6A 2L5LA 1OC9B 2WRTA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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