2E2GA

Crystal structure of archaeal peroxiredoxin, thioredoxin peroxidase from aeropyrum pernix k1 (pre-oxidation form)
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
242
structure length
238
Chain Sequence
SIPLIGERFPEMEVTTDHGVIKLPDHYVSQGKWFVLFSHPADFTPVCTTEFVSFARRYEDFQRLGVDLIGLSVDSVFSHIKWKEWIERHIGVRIPFPIIADPQGTVARRLGLLATHTVRGVFIVDARGVIRTMLYYPMELGRLVDEILRIVKALKLGDSLKRAVPADWPNNEIIGEGLIVPPPTTEDQARARMESGQYRSLDWWFCWDTPASRDDVEEARRYLRRAAEKPAKLLYEEA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Oxidation of archaeal peroxiredoxin involves a hypervalent sulfur intermediate
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Aeropyrum pernix
molecule keywords Probable peroxiredoxin
total genus 76
structure length 238
sequence length 242
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2006-11-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
A PF10417 1-cysPrx_C C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.1020.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2 Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2 2e2gA02
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2e2gA01
1DE1A 4LL1B 2DJ1A 3IA1A 3UMAA 2AYTA 1USBA 4MJEA 16GSA 1XBSA 6GSUA 4ZILA 5G30A 3KZQA 3DIEA 5G1KA 3ME8A 3VI7A 1TI3A 4QL9A 4NPBA 1GH2A 1TK0B 2VCVA 2V6KA 2DSAA 5FWGA 1PL2A 6GSWA 1GSEA 5DAKA 1KBNA 4ZBBA 3UL3A 5ENUA 1NM3A 1GLPA 4YAPA 3UEMA 2N5AA 5CO3A 2QSIA 4L5OA 4OMVA 1EOGA 4ZXGA 2H6ZA 2CVDA 2MBSA 1MD4A 3HCZA 1GNWA 3TGZA 4GSNA 2L6CA 1XVQA 5D9TA 5FT3A 14GSA 4DEJA 2PBJA 2EIRA 5IO0A 4IS0A 3ZIJA 2GSRA 1ILOA 1BYEA 3EMPA 5IMVA 4KUNA 3VWUA 1A0FA 3WGXA 3HZ8A 5ID2A 1F3AA 5CRGA 5DJMA 3KD0A 4WKWA 4PQHA 1EV9A 1ML6A 4NAXA 3LWAA 3LQ7A 1G6WA 5HFIA 3L9UA 2CT6A 4EDYA 5IPGA 1AC1A 1E2YA 4ML6A 1FAAA 3I6AA 1B4QA 5D9XA 1SKWB 1AQXA 2WCIA 2DJ2A 4J56E 5ECIB 4LMWA 1SK1A 3LGCA 2VUPA 1Z9HA 1AAZA 2I81A 4POMA 1NHOA 2DJJA 5LCZA 2J23A 2VCQA 4XS6A 4WR5A 1VF1A 3L9VA 2LS5A 6GSVA 2LRNA 4Q5QA 3QDNA 1QK8A 4HU9A 5HR0A 1TK5B 2FCHA 1X5EA 1Z5YE 5AIXA 2FNOA 4XRAA 4L5LA 3Q6OA 1X9WB 4PURA 3A2XA 2YV7A 3HYPA 1GTUA 3F4SA 5D9WA 2FWEA 5IO2A 5L71A 1GWCA 4KSMA 4EF0A 1FG4A 4MABA 2MBTA 1GRXA 2VL9A 1SL2B 1ERUA 3G7IA 2NPBA 2LJKA 3ZVJD 2OADA 4IELA 4TR1A 1T7PB 4KB3A 2KOKA 1S3AA 1OKTA 2ZNMA 3TKPA 1GTIA 3P7XA 4KA0A 3WYWA 3EE2A 4HEA2 3APOA 2PN8A 3KEBA 2IMEA 2YP6A 4KX4A 2R3XA 1Z7RA 4KDYA 3TB2A 1TP9A 3HD5A 3FR3A 1ZOFA 3GH6A 1XFLA 1PMTA 3EWLA 4TXOB 3TRQA 4F82A 1PN9A 2NDOA 5CNWA 4HQSA 3Q19A 3QMXA 3FR9A 4NMUA 5A4WA 4HS1A 3PR8A 4IQ1A 2FWHA 3QAGA 1GL8A 3P2AA 1KTEA 2I9HA 4PQ1A 1J08A 2WFCA 2L59A 3FZAA 2C0FA 5JCUA 2ON5A 3DVWA 4I5QA 3O76A 4EE0A 4NHWA 4F0CA 4DSQA 3TKRA 2QC7A 4OD7A 4MJAA 3GMFA 5A4UA 5B7CA 3GA4A 2G2QA 2TRXA 5EVOA 4PX1A 1K0CA 4AGSA 3HA9A 2HNLA 2RLIA 1B8XA 3H8QA 4GRFA 3EYTA 4QL7A 2F51A 5CRDA 1XWBA 1M2AA 2JU5A 1IYIA 3GTUA 4MF7A 1BEDA 4MZBA 2L57A 3DXBA 2HXKA 5KN1A 3HDCA 6GSXA 1X5DA 3ME7A 4BVYA 5KN3A 1U6TA 4K7NA 3ERGA 1PKZA 1ZL9A 1F6MC 2H6XA 1GTBA 2VO4A 2JZSA 2HRFA 2IMFA 5IMFA 3TKSC 3UBKA 2X64A 2H75A 2XPDA 4Q5NA 3A2VA 2PWJA 5ECRB 4CHSA 1YQ1A 4FYUA 1GUHA 3IPZA 5CAXA 3DWVA 4I97A 3PH9A 2OE3A 3TRPA 2QKEA 2CZ3A 5ECPB 4MP4A 1B9XC 3RDWA 2GLRA 4RI7A 4BWQA 4MLYA 4WEYA 1F9MA 5HR1A 5G2ZA 3IRAA 2L5LA 1WE0A 3CMIA 1N2AA 1HQOA 1KNGA 1TRSA 1V57A 2DIZA 2X99A 3KGKA 4IGJA 5ECSA 3KJYA 5DALA 2LSTA 4EC0A 4GTUA 1V40A 5INYA 1GUKA 1GLQA 3VLNA 1X5CA 2JZTA 2M72A 4KGIA 3CTFA 1X9MB 4WBRD 2LTKA 5DCGA 2WZ9A 2BTOT 3US3A 4JR6A 4GQCA 3I43A 2VD1A 4X1UA 1EWXA 2E2MA 1KEBA 1JLVA 2B5YA 3H93A 3GHAA 2IFQB 2PPTA 3N5OA 3HKRA 4PGTA 5H5SA 3G9BA 3UVHA 1G7EA 1MEKA 2H72A 2V32A 3TOTA 5F05A 1FVKA 4KE3A 3DMLA 3TJFA 2PVOC 3GV1A 5A4VA 2LJAA 1VF4A 5G31A 1SKSB 3TKSA 4GLTA 4NV5A 2QGVA 4G2EA 4HZ4A 1BJXA 3TJBA 3C71A 3F3RA 4NHZA 3M9KA 1FVJA 1HYUA 4O92A 3D6IA 4MPFA 2DJKA 3C1SA 1GSFA 4WXTA 1K0MA 4MF5A 3IXRA 4WF4A 1EGOA 2YWOA 4P3YB 4OO5A 4ECIA 2G0FA 4KDXA 1O73A 4V1Ap 2MMNA 1SK0A 1OC3A 4FYCA 2CVKA 4JBBA 3M1GA 1BX9A 4AJ6A 1J0FA 4POBA 4XIHA 3GIXA 1TKDB 1GUMA 3W6GA 4N10A 3KH7A 1BAYA 3ZFBA 1K0NA 2GS3A 1AXDA 1OC8A 3TJKA 4G19A 2KP1A 3RPNA 4FH8A 3RHBA 5GSSA 4HJMA 5LNKe 2FHEA 5ECQB 2IMIA 4I2UA 3D22A 5ECOB 3GKXA 4XHMA 4KCAA 2MMZA 4XTSA 3IV4A 1MDIA 2AUVA 5ELAA 4MJCA 3ZLPA 1ERTA 3MSZA 1ERWA 3LYPA 1WIKA 2H1BA 2LEGA 1AW9A 3QCPA 1T4ZA 2YNXA 2M46A 1WWJA 4JU5A 1GSYA 2FD3A 2OJLA 4TR0A 2RIIA 3BCIA 1TU7A 2GQLA 5ELGA 2K8VA 1THXA 1TU8A 5EL8A 5J9BA 2GT5A 4KSOA 3KCMA 2FA8A 3F6DA 2A2SA 2GQMA 3HVXA 2F8FA 1U3IA 1OE8A 1U88A 2O85A 4EVMA 2NTOA 3F8UA 4OFTA 3DEXA 2FWGA 2KUCA 4LA1A 2F9SA 3F0IA 3IAM2 3VI5A 4WF5A 3GSTA 1GSSA 3SBCA 4N0VA 4AJ7A 1LU4A 3EU4A 4KH7A 4MK3A 4YH2A 1URMA 5IM9A 2IMDA 3DYRA 1IYHA 1ACVA 1TI1A 5E4WA 4L0WA 1OVNA 2PGTA 3QPMA 1ERVA 2LQQA 1TDIA 4K0GA 3DRNA 4LL4B 2IL3A 3ED3A 1JZDA 1N8JA 3IAS2 2LNTA 2H74A 2MMAA 4NV2A 3FZ9A 4ISDA 2C80A 1YEPA 2CX4A 2NBSA 3UIWA 4EO3A 3TCOA 1B48A 3KTLA 3GNJA 3F4RA 2FGXA 4ID0A 2VM1A 4MCUA 3CRTA 2HRNA 1PL1A 2KLXA 3LXZA 1K3OA 5DBQA 1QQ2A 1O8WA 3UARA 4D73A 2HYXA 2PU9C 2M80A 1A2LA 2H0GA 2C0EA 3UBLA 4IKHA 3HJOA 2OKAA 2VL3A 5F07A 1XPVA 4EKZA 5ECHB 5H5RA 5IMDA 2JSZA 2AJQB 3BBYA 3HJMA 1V98A 5GAPD 2GGTA 2EC4A 5CREA 3RPPA 2NVLA 2R37A 2YN1A 1U3AA 1MTCA 2VM2A 3A3TA 3FY7A 1GP1A 3TJJA 4HZ2A 1SJ6A 4JE1A 3JCML 1A8LA 1T4YA 3P8WA 5JWOB 1TTZA 1XWCA 3QAVA 3HY2A 2HLSA 5KN2A 5DVBA 3E3EA 1Q4JA 5ECMB 1QFNA 4PXOA 1TW9A 5CRWA 4X43A 3EURA 3KTBA 2C1YA 4EXJA 4MZWA 2JSYA 3ZMKA 2MYGA 9GSSA 3D4TA 2AAWA 3CSIA 5AIVA 1BG5A 2K6VA 2LRTA 1E6BA 4RQXA 3J7Yk 1EEMA 2YJ7A 4L8EA 3ZRDA 5JWQB 4ZL9A 5D96A 2R5GA 5B8BA 4PUFC 4K7IA 5GAND 3GKMA 1OC9B 3RHCA 4I2TA 2VIMA 2N5BA 4LMVA 4QQ7A 4J57E 1XOAA 3MNGA 3FRCA 4K8MA 2OE1A 4MDCA 2H01A 1Z3EA 4OCFA 5D9VA 1PQNA 1AQVA 1RW1A 2C0DA 2YV9A 3HXSA 4N0ZA 3GKNA 2IWTA 3FYGA 3KP8A 1EOHA 4K0NA 4F2IA 2HSYA 3ERFA 1FHEA 3GX8A 3LG6A 2DJ0A 3L9SA 4POLA 1I9DA 2J9HA 5ECLB 1AQWA 4CDOA 4TOPA 3M9JA 2O8VB 3TRXA 4YQMA 3FW2A 3IR4A 3VK9A 1XCCA 3IBHA 3LFLA 3G7YA 4EDZA 1HNBA 4JEDA 2E0QA 2B7KA 4PNFA 3IHQA 3FR6A 5JWRB 3G7JA 5EY6A 4GF0A 2LV3A 1X9SB 5IOWA 3TDGA 1A23A 5ECKB 1GSUA 1OAZA 1JHBA 4I8BA 4O32A 5C04A 5HFKA 5JCGA 2DLXA 3TUEA 2V1MA 4KCEA 1H4OA 5CRHA 4MA9A 2FA4A 2LJRA 4GCIA 3NOFA 1FOVA 1YZXA 3F9UA 1M99A 2C4JA 5IPHA 4IQAA 10GSA 3AY8A 1RK4A 4V2MA 1T00A 4F9ZA 3ZVJA 3APSA 1MD3A 2FLSA 3ZFLA 2V2GA 4ML1A 2V6OA 2FUG2 3I9V2 1WRYA 2YZUA 2H0HA 1FB0A 3GUSA 2OBKA 2WDUA 4KNDA 3H4KA 5DAKB 4OO4A 2H71A 3C73A 1JFUA 1JZRA 1W89A 3VURA 2YOIA 1JZWA 2ES7A 3TKSE 1Z6NA 5AISA 3UJ1A 4LLRA 3LYKA 1R4WA 1VF2A 3UAPA 3FKFA 4OWYA 3GRXA 4K2DA 2DMMA 1EP8A 1XWKA 1QMVA 3RBTA 3C7MA 5DQSA 5C00A 1RQMA 4MJBA 2YCDA 3L78A 2YZHA 4PNGA 3N9JA 5GSTA 1Q98A 1WPIA 2BJXA 2ALBA 2H19A 5AGYA 4CW9A 2H66A 1BQ7A 2KHPA 3CYNA 5J3RA 3HZ4A 1MDKA 4ZB6A 4TKYA 3EINA 5ID2B 4V1Ag 3KM6A 2BMXA 12GSA 5D73A 4I6XA 3IK9A 3VPQA 1V58A 3GL3A 2VCXA 2LUSA 3KXOA 4BL7A 2F8AA 5J41A 1FB6A 3DKSA 4GXZA 5DDLA 1O7UA 3E9JB 22GSA 2VCTA 1UN2A 4BVXA 2X8HA 3H1NA 5E59A 2N5FA 4E8EA 3ZIVA 5KEJA 1SU9A 2LKUA 4ULXA 5F06A 4FO5A 4ZL8A 1VGLA 4K1FA 4IN0A 3LXTA 2XHFA 2EIOA 2I3YA 4TRXA 1VF3A 4AJ8A 2ZCTA 4WBJA 5B8AA 4EL1A 4Z7XA 5B6NA 2OA7A 4JRRA 3VPTA 5IIZA 3L4NA 5D8IA 3M3MA 4GSSA 3BJ5A 5HQPA 5JCWA 1R5AA 4Q5RA 1MDJA 3PGTA 3R2QA 4WR4A 2IPAA 5CP1A 3QD9A 3FZ4A 4TR1B 3CBUA 3W8SA 2IIYA 4MH2A 1PRXA 3LORA 4JZQA 1A2MA 2HSHA 3V1WA 3D5JA 4ECCA 2JL4A 2WULA 2ON7A 2CQ9A 3D0ZA 1TOFA 4N11A 4HU7A 3APQA 1GSDA 1GNEA 5F0GA 4NXIA 3KMNA 1K0DA 3MAKA 3VWWA 1EGRA 4POKA 1EZKA 3GYKA 2GSTA 3FEUA 4MMMA 4KW6A 2MMOA 1SL0B 1F3BA 4PQIA 2DIYA 2L5OA 3LSZA 3WT2A 3ZZXA 20GSA 2XBIA 4XS1A 1T3BA 4YQVA 2OE0A 2H1DA 4ECJA 2DC5A 1ZYQB 2O87A 1V2AA 2H76A 2AV4A 1YF0A 1YF1A 3VWVA 5HR3A 4KDUA 1NW2A 3UOMA 4HI7A 3ZL5A 2F3MA 1K0AA 2B5EA 4MH3A 1ZZYA 2HZFA 5DCHA 5IQYA 4AF2A 3GL5A 3ISOA 2VLVA 2LQOA 4IHUA 1R26A 2HT9A 1G6YA 1TRUA 4V2NA 2HE3A 2E2GA 2GQKA 1SD9A 1GTAA 1ST9A 3BD2A 1O81A 2FWFA 3ZMLA 1X0RA 1ZYEA 4YAVA 3F63A 3GKKA 1YY7A 2IN3A 3WT1A 5DJLA 3GTUB 2A4VA 3O6TA 1YKCA 1R7HA 1SYXA 2GSQA 1WMJA 2DMLA 1PGTA 2YWIA 2V41A 6GSTA 1PA3A 1FO5A 3LEFA 1LBKA 4ZL7A 2P5RA 4TXVA 1K0BA 5LD0A 1EEJA 1M9BA 4BA7A 1HNCA 4XRDA 2DJ3A 4ZIJA 1SL1B 1A2JA 3M0FA 2H6YA 2B5XA 1SJZA 2B1LA 1OYJA 1T8EB 1Z7PA 2AHEA 4IJ3A 2L4QA 4GSTA 1PKWA 1U87A 3LJRA 2X8CA 2IFQA 1XW6A 1QXHA 3QR6A 5KN0A 4OFMA 1DUGA 3EMXA 1QGVA 4IP1A 3GSSA 1XZOA 2DBCA 3IK7A 2JADA 4DSSA 4OCEA 1XW9A 1TXXA 1DBYA 5FHIA 5GZZB 2GZYA 4MZCA 4HQZA 4IJIA 2OACA 1PD21 3F4TA 1M2DA 1SK2A 1DSBA 2WJUA 4TR4A 2CA8A 2YANA 3RAZA 2GTUA 4FIWA 3FK8A 3ZYWA 3EU3A 5DALB 6GSSA 1ZCPA 3E0UA 1ABAA 3A5WA 2XBQA 4IBPA 3KMOA 1M0UA 4HUAA 2B3SA 2XC2A 4FYBA 2ZUPA 1O6JA 4XS4A 5COHA 2PUKC 2GSSA 1C72A 1K3LA 5ABRA 2CX3A 3F6FA 1AIUA 3A2WA 5IOXA 2HZEA 1YJ6A 4F03A 1K3YA 2CAQA 1CQGA 4HDEA 3WD6A 5G5EA 1UA5A 2PVQA 3P90A 1G7OA 1V9WA 1VRSD 3WGEA 1S3DA 3TKQA 3ERWA 19GSA 2YPMA 3Q74A 2TIRA 1TRVA 2PERA 1UVZA 4K9ZA 2REMA 3HVVA 4ACSA 1Y6EA 4IP6A 4L0UA 3FZ5A 3GFKA 3MDKA 2B6MA 4E8HA 3K8NA 2VD0A 5J5NA 2YWNA 2VLTA 3TJGA 1B4PA 4WETA 4N30A 1O8XA 2X8GA 2I4AA 3F3QA 1ZGNA 2FY6A 4ZB8A 3KP9A 2EIQA 1WOUA 1SJIA 7GSSA 2LNSA 2CVBA 1XOBA 3GH9A 1TJDA 2VAFA 4TN8A 3CSJA 2KP2A 3GURA 3W8JA 4O5RA 1XWAA 2O89A 2P5QA 5HR2A 2K9FA 2P0GA 1UC7A 4RUVA 3MWHA 3QAWA 1LJRA 5IMAA 2GVPA 5EPFA 2CAIA 3NIVA 1F2EA 5J4UA 3CRUA 4K6XA 4XCSA 3VFIA 2GZZA 3ZITA 2HI7A 2L6DA 2A2RA 3HJPA 3SWLA 4JR4A 4F0BA 4ZBDA 1SD8A 1PX7A 1XIYA 2WGRA 2VCWA 6GSYA 4NWYA 2R6KA 1FW1A 3QFAC 3ZTLA 1A24A 11GSA 4O7HA 2H70A 3CSHA 1XXUA 4YQUA 1GULA 3IE3A 5J9CA 1O85A 2H73A 3QFBC 1M9AA 1NHYA 1PX6A 2YJHA 2B7JA 4GWRA 4PUAA 1XWGA 2WRTA 1CQHA 3M8NA 2K8SA 3HVSA 1HD2A 2XPEA 5ECNB 2VCZA 3J7Yb 3H79A 3IOSA 4BWSA 2I1UA 2WB9A 1XVWA 3TOUA 4IW9A 4GQFA 2P31A 3IC4A 4ZBAA 2IMKA 2OBIA 4HJ2A 1QUWA 3D21A 2IJYA 4KAEA 2VOCA 2VL2C 3EVIA 3GX0A 3GN3A 3CXGA 1Z6MA 3DD3A 2JZRA 17GSA 5B6MA 4EUYA 4ZB9A 4J2FA 1G0TA 18GSA 2C3QA 2HFDA 2RUFA 3C8EA 5DQYA 1S3CA 5H5QA 4BPYA 1A0RP 3BOAA 4RI6A 2H1AA 4H86A 1A8YA 3BCKA 5IMZA 1R5PA 4TVEA 4HOJA 2E7PA 2C8UA 2O7KA 2K18A 1WP0A 3KH9A 3DVXA 1HNAA 2CV4A 3CTGA 2D2ZA 3EC3A 5HFGA 2WS2A 3PINA 1SENA 3D4MA 8GSSA 4D73B 5AN1A 3QOUA 3VWXA 1OKDA 4G9HA 2VLUA 4V2LA 2C3NA 3O3TA 3FHKA 5D93A 1F37A 5G5FA 2YWMA 1JLWA 3Q18A 4DVCA 4DSSB 4TXOA 4MPGA 3KIJA 2CZ2A 2RM6A 3HHVA 1OC9A 4ILFA 4Q5FA 3IDVA 2GT6A 4IVFA 2PMTA 2JACA 1K0OA 3OR5A 2RUEA 4ECBA 1W4VA 3U6VA 1SYRA 1YDKA 3S9FA 1M2BA 1EV4A 2L4CA 1ON4A 1WJKA 1I5GA 3U5RE 1ZMAA 1PSQA 2RM5A 2MZCA 1DE2A 13GSA 1YEXA 2VL2A 1H75A 1Y25A 2GZPA 4XS4B 3DGQA 4RQRA 3NZNA 3L0HA 1TK8B 2R4VA 2C0GA 2H30A 5F8BA 4G10A 3ZREA 3WGDA 2HZEB 1J9BA 2H0IA 1EP7A 1AUCA 4DSRA 1XW5A 1B9YC 2R2JA 5CYYA 1TRWA 4OFNA 2C3TA 2GDRA 2B1KA 2Z9SA 5IMCA 4K7OA 1OE7A 3I69A 4X0XA 1JZOA 1YKAA 1GSQA 2TRCP 4TW5A 2LRCA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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