2E2MA

Crystal structure of archaeal peroxiredoxin, thioredoxin peroxidase from aeropyrum pernix k1 (sulfinic acid form)
Total Genus 71
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
71
sequence length
240
structure length
235
Chain Sequence
SIPLIGERFPEMEVTTDHGVIKLPDHYVSQGKWFVLFSHPADFTPVTTEFVSFARRYEDFQRLGVDLIGLSVDSVFSHIKWKEWIERHIGVRIPFPIIADPQGTVARRLGLLATHTVRGVFIVDARGVIRTMLYYPMELGRLVDEILRIVKALKLGDSLKRAVPADWPNNEIIGEGLIVPPPTTEDQARARMESGQYRSLDWWFCWDTPASRDDVEEARRYLRRAAEKPAKLLYE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Oxidation of archaeal peroxiredoxin involves a hypervalent sulfur intermediate
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Aeropyrum pernix
molecule keywords Probable peroxiredoxin
total genus 71
structure length 235
sequence length 240
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2006-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
A PF10417 1-cysPrx_C C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.1020.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2 Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2 2e2mA02
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2e2mA01
12GSA 1OC8A 3KZQA 1GLPA 2PN8A 2C8UA 4L5OA 4AJ6A 3ZMKA 2B6MA 1MDJA 2AV4A 4KNDA 4KE3A 4F2IA 3LSZA 3GKMA 3VWWA 1O73A 5IO2A 1TW9A 5CP1A 2LJKA 2OJLA 4MJAA 2CVKA 2VOCA 5IMCA 4O32A 5B8BA 4MF5A 3P8WA 5E59A 3ME7A 2HI7A 3F6FA 3LYPA 1WJKA 4KB3A 1XW9A 3FR3A 1WOUA 5A4VA 1X9WB 3DD3A 5DVBA 3MSZA 1TU8A 1TRWA 1EOHA 1FB6A 1O6JA 1PN9A 5J9CA 1ML6A 1HQOA 1O7UA 3L78A 5D9XA 1GTAA 1O8XA 2L4QA 3A2XA 4O7HA 4RI7A 5AISA 1EZKA 2L4CA 2L5LA 2VLVA 5H5SA 2VM2A 2GQKA 1TI1A 3RPPA 3CRTA 1AUCA 1FOVA 6GSXA 4QL7A 3QOUA 4HZ2A 3TJFA 2KUCA 2KP1A 4LL4B 4ULXA 1YJ6A 4AJ8A 4F0BA 13GSA 3NZNA 1YF1A 2E2GA 3DXBA 1YF0A 1UN2A 5EL8A 5B8AA 4IS0A 2PWJA 1PQNA 2GT6A 1U88A 1LBKA 2CX3A 1B9XC 5ELAA 1QUWA 3JCML 2P0GA 2FWGA 4ACSA 4F82A 2XC2A 4MJBA 5DBQA 3ZLPA 1X9SB 2LJAA 2IPAA 2H6ZA 1GH2A 1JLWA 4E8HA 1H4OA 3EMXA 2FHEA 5HR0A 3FK8A 5E4WA 3H4KA 2H8LA 4ZB8A 2L57A 4KCAA 3IDVA 3MDKA 3W8SA 2H73A 5F06A 2GSTA 5H5RA 3TRXA 1OAZA 3ZITA 3HJOA 1WPIA 1K0BA 2CVBA 2KP2A 2VAFA 3IPZA 4MLYA 3CYNA 2LNTA 2OA7A 5CYYA 4ZBBA 2YJ7A 2FCHA 2GQLA 2O89A 4TR0A 1Q98A 2B1LA 1B48A 2DJJA 3G7IA 5EVOA 1GUMA 3LWAA 1AQWA 2N5AA 1OYJA 1TTZA 4PUFC 2H74A 5HR3A 1ZZYA 3HJMA 4XRDA 2A4VA 1ZL9A 3MAKA 3UMAA 4EDYA 1EP8A 4TKYA 3VI5A 4XCSA 1Z3EA 4FH8A 3H79A 1OKTA 2M72A 2YV9A 3W8JA 3ZIJA 1TRVA 2FD3A 4PX1A 4D73B 3TJKA 1SJIA 4D73A 1ILOA 3F3QA 3TRQA 2REMA 2B7JA 1FVJA 4KCEA 5G1KA 3HY2A 5JWOB 4CDOA 1QFNA 1K0DA 3GSTA 5DJLA 2O85A 2FUG2 3ED3A 4BL7A 4ID0A 3I6AA 3GFKA 2RIIA 1JFUA 2BMXA 3DVWA 1VF2A 3DEXA 3LEFA 1JHBA 2WGRA 2YWOA 3VWXA 3ZRDA 3ZL5A 1A24A 5A5KA 2B5EA 3GSSA 3CMIA 3FZ9A 1A2JA 3CSHA 3RPNA 1FB0A 2DJ1A 3DKSA 2FLSA 3KP9A 1TRSA 3BCIA 5HFIA 3NIVA 4TR3A 3ZFBA 1TK0B 4OO5A 1HYUA 1BQ7A 1ABAA 2HNLA 1S3CA 3GYKA 1OE8A 2F9SA 1RK4A 4IGJA 5C04A 2E0QA 2RUFA 4I2TA 1V2AA 2R4VA 4ZL8A 1A23A 2CX4A 3A5WA 3LQ7A 4ECJA 2DLXA 2IIYA 1A8LA 2I4AA 3KMNA 4I5QA 4WKWA 3P90A 1RW1A 2H30A 1X9MB 3HXSA 1C72A 4V1Ag 3EURA 4Q5FA 4ISDA 4KA0A 4NHZA 4F9ZA 2D2ZA 4ILFA 4IVFA 2HZEB 1KNGA 2ES7A 4K1FA 2HZEA 1TJDA 1GWCA 2KHPA 1ZYQB 3FR9A 1F2EA 3DIEA 1S3AA 4KH7A 3PH9A 4IW9A 1TXXA 2CAIA 1YEXA 4GF0A 3FW2A 3WGXA 4GQFA 2LRNA 4F0CA 1KTEA 2B7KA 3CTGA 2NVLA 1NW2A 3KJYA 5C00A 6GSUA 1PX6A 4P3YB 5GAPD 3BOAA 2VCWA 5D8IA 2IN3A 2YZUA 4MDCA 3WYWA 4JR4A 1TI3A 2G2QA 2AJQB 5DCHA 4TR1B 2I81A 4MP4A 1A2LA 5CREA 1U3AA 1EGOA 5ID2A 2X99A 5IPHA 3Q74A 3P7XA 1VGLA 1HNBA 3HVXA 4NXIA 4GCIA 1V9WA 2LQQA 1EEMA 2JL4A 2CAQA 2MMAA 5ABRA 3FRCA 2OKAA 3L0HA 3GKKA 2M80A 3U6VA 4POKA 3IBHA 5FWGA 4OCFA 3UEMA 4KDUA 4K8MA 1XWAA 2TRXA 6GSWA 3ME8A 2DJ2A 2XBIA 3HVSA 2L6DA 3HJPA 1NM3A 3ISOA 2VCZA 1B8XA 3F63A 2VUPA 3EE2A 1GSEA 4K7IA 4GSTA 4N30A 5D9WA 1KBNA 5DALA 2KLXA 3UBKA 3KD0A 2H0HA 2LSTA 2X8GA 3ZZXA 6GSVA 3MWHA 3HVVA 5GSTA 1J08A 2K8SA 4O5RA 5F0GA 3D6IA 5G5FA 2F8AA 4F03A 2VL9A 3F9UA 4MABA 1M9BA 4ZBAA 3E9JB 4FIWA 4YH2A 2I3YA 4O92A 2L6CA 2LNSA 2QC7A 4IP1A 2IJYA 5HFGA 1UC7A 2YJHA 3GV1A 5KN1A 2WDUA 3WT2A 1T4ZA 3W6GA 4PUAA 4ZL9A 2JACA 1O81A 2C3NA 2IMIA 2XBQA 1SL1B 3R2QA 3C73A 3I9V2 3KCMA 5AN1A 4ZB9A 5HQPA 2WB9A 4K0GA 5KN0A 1N8JA 2B3SA 3RHBA 3V1WA 3TJBA 19GSA 2GGTA 5G31A 2VL3A 3O6TA 2NPBA 2DC5A 4X43A 3M0FA 4PNGA 3GX8A 4GTUA 4FYUA 2EC4A 1AIUA 5FT3A 2L59A 2YV7A 3VWUA 5IOXA 1QXHA 4YQUA 1XOAA 3LXTA 4EUYA 3IAM2 1X0RA 5JCUA 2N5BA 3KH9A 4BPYA 4HEA2 2JSYA 1ERTA 3KGKA 1JLVA 3US3A 4OD7A 1SYXA 2C3QA 4XS6A 2R6KA 5LCZA 2PU9C 1SD8A 5IQYA 2HT9A 1AW9A 5F07A 5J3RA 2J9HA 1T1VA 4X1UA 2PMTA 1DE1A 4ZL7A 3ZIVA 2B5XA 1CQHA 3BJ5A 3DYRA 3UOMA 1BX9A 5ECMB 5CO3A 4E8EA 4EF0A 1M7TA 1VF1A 1V58A 4ECIA 4DSRA 3ZVJA 4J2FA 2YPMA 4XIHA 1XCCA 2CA8A 4CW9A 1QK8A 2K9FA 4L0UA 4KDXA 2FNOA 4H86A 3EMPA 1BG5A 2C3TA 4I8BA 1Z6MA 3D22A 5LD0A 1XBSA 1MDKA 3M3MA 1EV4A 2H1GA 1XIYA 3DRNA 3APSA 2JSZA 3RHCA 1GTUA 4K7OA 1OC3A 1FHEA 2C0FA 1PMTA 2BTOT 2OACA 3J7Yk 3A2WA 2X8CA 1GRXA 4TXOB 1ON4A 1F3BA 4TXOA 2RUEA 2JZSA 2NBSA 3ERWA 3HDCA 3TDGA 4KW6A 3IHQA 4J56E 1K3LA 4IP6A 2N5FA 1PL1A 5AGYA 2YANA 1K3YA 3QAVA 3GIXA 3J7Yb 3VFIA 4WETA 3TKSE 2C0GA 4IQAA 3ERFA 1IYHA 1E2YA 2H70A 2MMZA 1G7OA 5G1LA 2A2RA 5IOWA 4ZIJA 2E2MA 1K0NA 3TB2A 1T8EB 3KTBA 1FAAA 2GLRA 3O76A 3QAGA 4KDYA 2GZYA 1OKDA 3F4RA 2H0GA 3G7JA 2VCVA 3APOA 4MF6A 1M2DA 2H72A 3UAPA 3TJJA 4Q5NA 2VCTA 2LV3A 5CRGA 2HYXA 2X8HA 4Q5QA 2B5YA 1G6YA 5B6NA 3UVTA 1VF4A 3C8EA 3DMLA 4MH3A 5F05A 2HE3A 3GKXA 4GSNA 1Q4JA 5EPFA 3KMOA 4XTSA 2CQ9A 3UJ1A 1MD3A 2ON7A 1T3BA 1PX7A 2VM1A 4JE1A 2PGTA 3FZAA 5J5NA 5CRDA 2I9HA 3DGQA 5IPGA 3IRAA 3FZ4A 5D9TA 1HD2A 2PBJA 1R26A 2OBKA 20GSA 4JZQA 5ECPB 2PVOC 4DEJA 2GTUA 2X64A 2QSIA 3BBYA 1EP7A 3KM6A 1R7HA 3HA9A 5IMZA 1QQ2A 1K0MA 1UVZA 1WE0A 3GURA 3FZ5A 3KEBA 4LLRA 5JCGA 1G6WA 1Y25A 4LA1A 2VIMA 3CTFA 1LU4A 1XFLA 2MBSA 1JZDA 2C0EA 2H6YA 3LYKA 2WJUA 5G30A 2J23A 2R3XA 3UVHA 2NDOA 4KX4A 4Q5RA 3TRPA 4JEDA 3M9KA 3I43A 5EY6A 4POBA 2LS5A 1R5PA 3CBUA 2B1KA 5KEJA 3TGZA 4GLTA 3F3RA 4G10A 3IV4A 1SKSB 4JBBA 2OBIA 1V57A 3GKNA 2V1MA 1DBYA 2WS2A 3NOFA 4I6XA 1B4PA 4WBRD 4DVCA 3GL5A 1YKAA 4JRRA 2I1UA 4HQZA 6GSTA 2H6XA 1ZYEA 2YWNA 2IMEA 5IO0A 2AB6A 1EV9A 4PURA 11GSA 4EE0A 5CNWA 3FEUA 2FGXA 3I69A 3F4TA 2G0FA 1AC1A 1G0TA 4DSQA 4HI7A 4WR5A 1SENA 3LGCA 4BWQA 2K18A 2NTOA 4WBJA 4IQ1A 5IIZA 3UL3A 2DBCA 2VCQA 1TOFA 1GSSA 2ON5A 2V6OA 1T00A 3AY8A 3WT1A 1EGRA 2GZPA 4BWSA 3N9JA 2C80A 2F3MA 16GSA 1MEKA 3LG6A 5HR2A 1JZRA 4ML1A 4AF2A 2MBTA 3GN3A 4TR1A 4TN8A 5JCWA 3GMFA 4AJ7A 5J41A 1XVQA 2O7KA 1NSWA 2P5RA 17GSA 1GL8A 3TKQA 4MZCA 4NAXA 5G2ZA 3OR5A 2YP6A 4IBPA 2OE3A 3Q18A 1ZMAA 5CRHA 3D4TA 5JWRB 3KTLA 3GH6A 2OADA 4MPFA 1F9MA 1K0CA 4NMUA 3N5OA 3L9VA 2ALBA 1XWGA 1CQGA 4WF5A 1EEJA 4NWYA 3QFBC 3GTUB 1Y6EA 1TK5B 1GTBA 4TW5A 3KIJA 2E7PA 2WZ9A 4KSOA 2V32A 3FY7A 2DJ3A 2OE0A 1O8WA 5COHA 1TRUA 4RQRA 1GP1A 1PSQA 1F6MC 3PINA 2VCXA 3K8NA 1Z9HA 2QGVA 3VWVA 3H93A 5ECNB 3APQA 2RLIA 4RUVA 2R5GA 2DSAA 4XS4B 4HJ2A 4XS4A 1PRXA 1V40A 4GWRA 2HXKA 4LL1B 4HJMA 4K6XA 3GL3A 4FYCA 2FWFA 4MF7A 4FO5A 2VL2A 1UA5A 3EU4A 2XHFA 1WIKA 3UARA 1A0FA 3QCPA 3LORA 4GQCA 18GSA 2HRNA 3GHAA 2VD0A 4OWYA 4K7NA 4OFMA 1PKZA 4TR4A 2GVPA 2FA4A 3TKRA 4G9HA 3LFLA 4TOPA 1FW1A 6GSSA 3PGTA 2PERA 2LRTA 1TK8B 3CRUA 3E0UA 1SL0B 1XWKA 5ECOB 1EOGA 2H1AA 2FA8A 4TRXA 3G9BA 4EVMA 2WRTA 3TUEA 2FWEA 3U5RE 4HS1A 1U87A 2IFQB 3ZYWA 3GUSA 2OE1A 2IFQA 1SJZA 4EC0A 1SKWB 4K2DA 5D9VA 4YQVA 4MJCA 2WCIA 2WULA 2Z9SA 2YZHA 5A4UA 3IXRA 3O3TA 1ERWA 4IELA 3VI7A 5ELGA 1GTIA 3IR4A 2H1BA 1PD21 1PGTA 2WFCA 2F8FA 2CVDA 1ERUA 4IJIA 3RBTA 1XWCA 4XRAA 5J9BA 2P5QA 1THOA 3F4SA 4KAEA 4PQHA 14GSA 1QMVA 3GRXA 1K3OA 1A8YA 5B6MA 1XZOA 1ACVA 2YNXA 4K0NA 2IMDA 1PA3A 3F6DA 2H76A 1SKRB 1RQMA 2ZNMA 2JZTA 3CSJA 4OFNA 3QD9A 4ECCA 3RAZA 1R5AA 2LUSA 2LRCA 1FG4A 3C71A 3HD5A 3SBCA 1I9DA 4LMWA 3TKSA 2GDRA 4EXJA 1THXA 4YQMA 4XS1A 4TVEA 3QAWA 3KH7A 5GZZB 4G2EA 2RM6A 1GUHA 4N10A 1GSDA 4IJ3A 1WWJA 1MDIA 1BAYA 4WEYA 2AAWA 5ECSA 4HZ4A 2DMLA 5ECKB 3ZFLA 3VPQA 1M2AA 4MJEA 1AQVA 4L0WA 2RM5A 2HZFA 4MZWA 1IYIA 1A0RP 2MMNA 1XW5A 1TKDB 1X5DA 2DIZA 2FWHA 3E3EA 5INYA 5GAND 4KGIA 3WD6A 2LQOA 1B4QA 2ZUPA 1GNEA 2GT5A 4L8EA 5ECLB 3RDWA 3BCKA 1MD4A 4RQXA 3H8QA 2LJRA 4OFTA 2GQMA 5G5EA 5HR1A 3TKSC 2YWIA 1TDIA 3HCZA 4YAPA 3TCOA 1DE2A 1W4VA 3HHVA 1SD9A 4BVXA 5AIXA 2YCDA 2HSYA 4PXOA 1Z7PA 2VLTA 2LEGA 4IKHA 2IMFA 4PNFA 3UBLA 2V41A 1E6BA 1SYRA 2H01A 1GSYA 3QFAC 3MNGA 3QMXA 5D96A 1OE7A 3IK7A 1XW6A 1GSUA 3TOUA 1NHYA 2MZCA 2LTKA 4JU5A 1FO5A 4X0XA 4PQ1A 1BYEA 22GSA 4GXZA 4HOJA 3HYPA 2AHEA 2K8VA 4HU7A 3UIWA 1XPVA 1W89A 2DIYA 2HLSA 4GRFA 1TP9A 3EVIA 10GSA 2IL3A 3LXZA 5AIVA 1M99A 1YEPA 1XOBA 1ST9A 2H19A 3IAS2 4MK3A 1U6TA 2GS3A 8GSSA 2YN1A 3IOSA 5B7CA 7GSSA 4OMVA 4PGTA 1B9YC 4N0VA 1WMJA 1R4WA 1X5EA 4OCEA 5DDLA 4NV5A 2EIRA 3GA4A 1Z5YE 1M0UA 3FHKA 2XPDA 1JZWA 5CAXA 2LKUA 5D73A 1XXUA 2QKEA 3LJRA 2HRFA 1K0OA 1JZOA 1YDKA 4K9ZA 1FVKA 2GSRA 3FR6A 4V2MA 4EL1A 2PPTA 4IN0A 2CV4A 2IMKA 1GSQA 2V6KA 4MH2A 5L71A 1V98A 2C0DA 2H0IA 5DJMA 4IHUA 1MTCA 2AUVA 5CRWA 1TU7A 3EU3A 4JR6A 1USBA 3DWVA 3L9UA 4POLA 3HZ8A 1SK0A 4OO4A 4QL9A 1SU9A 2H1DA 2V2GA 4EDZA 3ZTLA 5IMAA 4G19A 2TIRA 1GSFA 2VD1A 2VLUA 1S3DA 3KP8A 3F0IA 2YWMA 1WRYA 5GSSA 4I97A 1DSBA 1J9BA 3ZVJD 1NHOA 2TRCP 1SL2B 2VO4A 2R2JA 3WGDA 1KEBA 3A2VA 5IM9A 1O85A 3FYGA 3GNJA 2GSSA 2KOKA 3D21A 2EIQA 3PR8A 1K0AA 3D0ZA 2O87A 2PVQA 1OVNA 1LJRA 1T4YA 3GX0A 1Z7RA 3TOTA 3TKPA 4WXTA 3EC3A 5DQYA 5ECQB 4ZXGA 4MCUA 9GSSA 1VF3A 4V2LA 4ML6A 4N0ZA 4MMMA 5KN2A 2O8VB 2P31A 5IMFA 4BA7A 3WGEA 2PUKC 2YOIA 3P2AA 4QQ7A 1ZGNA 2CZ3A 1GLQA 1X5CA 4KSMA 3VURA 3IA1A 4V2NA 2C4JA 5ID2B 5ENUA 1HNAA 5IMDA 1PL2A 1YY7A 3Q19A 1N2AA 5ECRB 4ZBDA 5D93A 4AGSA 1G7EA 5H5QA 2MYGA 3BD2A 4CHSA 2EIOA 1WP0A 3C1RA 6GSYA 2K6VA 2A2SA 3L4NA 5KN3A 4XHMA 1H75A 3EINA 5ECHB 2M46A 3GTUA 1SK2A 1GNWA 2H75A 2JZRA 1ERVA 1T7PB 3TJGA 1AQXA 4J57E 2R37A 3EYTA 3FKFA 2CZ2A 3D4MA 3C1SA 4NHWA 3L9SA 1U3IA 3GH9A 4LMVA 3G7YA 2H71A 5IMVA 3M1GA 3M9JA 3S9FA 3IC4A 2MMOA 5ECIB 3QPMA 1QGVA 1YKCA 3A3TA 3VK9A 3VLNA 4HDEA 2C1YA 4ECBA 3M8NA 1A2MA 2DJ0A 3F8UA 1XVWA 2L5OA 4NPBA 5F8BA 3DVXA 1XWBA 5DALB 1BEDA 4BVYA 2HSHA 1M2BA 4V1Ap 1OC9B 4N11A 4PQIA 5DAKB 3C7MA 4YAVA 1OC9A 5DAKA 1YZXA 3HKRA 1AAZA 1I5GA 5JWQB 4MA9A 3ZREA 5LNKe 3D5JA 4EKZA 4TXVA 1HNCA 3HZ4A 1F3AA 3Q6OA 4MZBA 1SK1A 1PKWA 1AXDA 4WR4A 2H66A 3CXGA 2GSQA 4MPGA 2JU5A 3KXOA 4WF4A 2FY6A 2ZCTA 1YQ1A 4ZB6A 2XPEA 3ERGA 4NV2A 1GULA 2F51A 4EO3A 3QDNA 4HU9A 2JADA 1ZCPA 1VRSD 1Z6NA 2CT6A 3ZMLA 4ZILA 1F37A 3CSIA 4FYBA 4POMA 5DCGA 1ZOFA 4HQSA 2IWTA 1EWXA 2VL2C 2AYTA 2DJKA 4L5LA 1SJ6A 3IE3A 4DSSB 3VPTA 3QR6A 1J0FA 4DSSA 3H1NA 3EWLA 4GSSA 1DUGA 5HFKA 1GUKA 5DQSA 5J4UA 3SWLA 1BJXA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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