The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
74
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structure length |
74
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Chain Sequence |
MKRLGKVLHYAKQGFLIVRTNWVPSLNDRVVDKRLQFVGIVKDVFGPVKMPYVAIKPKVSNPEIYVGEVLYVDE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of an H/ACA box ribonucleoprotein particle
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
H/ACA RNA
|
| molecule tags |
Isomerase/biosynthetic protein/rna
|
| source organism |
Pyrococcus furiosus
|
| total genus |
12
|
| structure length |
74
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| sequence length |
74
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-07-31 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF04410 | Gar1 | Gar1/Naf1 RNA binding region |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Probable tRNA pseudouridine synthase domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2EY4 C; 2HVY B; 2V3M A; 2EQN A; 3U28 C; 3UAI C; 2RFK C; 3MQK C; #chains in the Genus database with same CATH topology 3UQO A; 4KTS A; 4VGC C; 1UVO A; 5A0C A; 1YY3 A; 1YPG H; 1OYT H; 3RU4 T; 1DSU A; 3VXE H; 2NU4 E; 3U28 C; 1GJD B; 4YM9 A; 2AGE X; 3SNA A; 5FCR A; 1ELB A; 2CXV A; 1XVO A; 2GGV B; 1O2H A; 3TU7 H; 4ABG A; 1C5V A; 2WPD D; 5GWZ A; 2H1U A; 3UNS A; 1O2M A; 3OEE D; 5ABW A; 2PV9 B; 1O32 A; 3KNX A; 4X2X A; 3LJO A; 1ABI H; 1BTZ A; 1L1G A; 4ZKR U; 1GI7 B; 3NCL A; 2FI4 E; 4AGK A; 2HVX A; 2G5V A; 1NRN H; 3A7X A; 4KEL A; 3RXL A; 3OTJ E; 1FY1 A; 2OK5 A; 1ETT H; 3TIU A; 4Z6A H; 4AFZ A; 2VVC A; 1FAK H; 1FZZ A; 1O2J A; 1QFK H; 3WWB A; 2PR3 A; 1C5S A; 4RI0 A; 3SGA E; 1CBW C; 2BB4 A; 3MH5 A; 1TGS Z; 3RM2 H; 4ASH A; 2FOE A; 1K0H A; 1QBV H; 1BRU P; 4YOG A; 4Q2K A; 3BTE E; 3KYG A; 1IQH A; 2EI8 A; 2YMS B; 2BDG A; 2BLQ A; 3LT3 A; 4ABJ A; 1DXW A; 1FY3 A; 1HJA B; 2VID A; 4QT8 C; 2A1D B; 1WV7 H; 3SOR A; 4DGJ A; 1QJ1 B; 1V6D A; 4K1S A; 3RXH A; 1O2O A; 1PQ8 A; 1MZA A; 4MNX A; 1F5K U; 1DST A; 2G51 A; 4CBN A; 1KXC A; 5A8Y A; 1GGD B; 2AGG X; 2FLB H; 2CJI A; 1P10 A; 1EX3 A; 1MTU A; 3BG4 C; 1AFQ B; 2BQW B; 1K1J A; 1FJS A; 2IJO B; 2F4L A; 2VIQ A; 4RKJ B; 2BOK A; 1TPS A; 4ZHA A; 4XOJ A; 1O2L A; 3HKJ B; 2A2Q H; 5G4B A; 1ORF A; 1CA8 B; 1Z1I A; 2JET B; 3SQH E; 5EW1 H; 4UFE H; 3C1K A; 2ANW A; 1ZHR A; 1O31 A; 1OWK A; 2GVF A; 1NBM E; 1C2M A; 1W10 U; 3A89 A; 2W3K A; 4FUF A; 2HLC A; 1FY4 A; 4AZ2 B; 1W2K H; 2G55 A; 1NFU A; 1GJB B; 1C5R A; 1G3D A; 3UIR A; 1C4Y 2; 3LPR A; 2C8X B; 3L33 A; 1DWC H; 3RXA A; 3O8D A; 4XE4 A; 4YLU A; 2WPH S; 5ETX A; 1O3J A; 1GL0 E; 2C8W B; 1C2J A; 1YLC A; 5GPI B; 2QF0 A; 1KLJ H; 2EY4 C; 4K8B A; 4FUB A; 2VIP A; 1H8I H; 3DHK H; 3SNC A; 4UFG H; 2WUC A; 1UVP A; 4GHT A; 4ZH8 A; 1O3O A; 4NIX A; 1RTK A; 3GCT G; 1C5T A; 1GBI A; 1NY2 2; 3SU3 A; 1SGP E; 2AGI X; 3EQ0 H; 5I46 H; 3BN9 A; 3F3B A; 1B0F A; 1GBM A; 2BY6 X; 2A5K A; 3Q77 A; 1G36 A; 3MFJ A; 3IWM A; 1CO7 E; 3B9F H; 1GBD A; 3A7V A; 1FI8 A; 5AFY H; 1TWX B; 3D65 E; 2ZPS A; 1YPJ H; 2FTM A; 4ZRO A; 2BY5 X; 3TGJ E; 2W7U A; 3K6Y A; 1F5L A; 2CGA A; 1GMD G; 3ODD A; 3GCO A; 3NZI A; 3ODF A; 1YP9 A; 1H9L B; 5EJZ A; 3M7U A; 4I8H A; 1UMA H; 4TT3 D; 1GI4 A; 1BMM H; 1UTO A; 4MTB A; 1ZGV A; 1VIT F; 3RXP A; 1TBZ H; 5B6L A; 3M5O A; 1IAU A; 4BAM B; 2OUA A; 2GZ9 A; 2ZPQ A; 3W95 A; 4TPI Z; 2GT7 A; 2G52 A; 1TBR H; 2HPQ H; 1N8O C; 3G01 A; 1ZOM A; 2QYI A; 3GY6 A; 6EST A; 4F55 A; 3AK5 A; 1GCT B; 1SR5 C; 2YMS C; 1Y3U A; 5TJX A; 1HJA C; 5L2Y H; 3QX5 H; 2HPP H; 3SV9 A; 2W5E A; 3BTM E; 2G4T A; 1AUT C; 5DK1 A; 2FDA A; 2ZGC A; 1S84 A; 1L0Z A; 1CT2 E; 1GGD C; 1Z6E A; 3BEU A; 3HPT B; 1PPG E; 2GZ7 A; 1TAB E; 2KAI A; 4AX9 H; 1O2V A; 6CHA B; 1SGQ E; 1EZQ A; 1O38 A; 2QAA A; 1VGC B; 3FKS D; 2BD3 A; 1QL9 A; 2ZFT A; 1SFI A; 3RXO A; 1FN6 A; 1QUR H; 2AIP A; 3RLY H; 2PSY A; 4KTU A; 1JIR A; 2JET C; 2QV1 A; 4YOJ A; 3V13 A; 2WPJ S; 3DCL A; 4A1V A; 5F03 A; 2AIQ A; 1P2Q A; 3H09 A; 1SGI B; 4O3U A; 4DVA U; 2ZPR A; 4IW4 E; 1QB9 A; 2ZGJ A; 1EP6 A; 2FXR A; 1H9I E; 4DG4 A; 4XBD A; 4XFQ A; 4MPV A; 2WIN I; 2FZZ A; 1FY5 A; 1C1T A; 4NZQ A; 4P00 A; 5GDS H; 3SGQ E; 3UR9 A; 5T6G A; 2J97 A; 3ZZB A; 1BBR K; 3V0X A; 2WUB A; 1UK3 A; 4CRC A; 2ZDV H; 3KQE A; 3LC5 A; 3KID U; 3PWB A; 1C2E A; 5BPE A; 2NU1 E; 1SG8 B; 2ZHD A; 1TRM A; 3M61 U; 1ELV A; 1O37 A; 2C8Y B; 1TA2 A; 3WY8 A; 1DIC A; 4NFE A; 1HUT H; 1QY6 A; 3ZZ8 A; 4KKD A; 1J9C H; 2SGA A; 1PQ7 A; 2RDE A; 2VWO A; 2DUC A; 2WV4 A; 2JH5 D; 2QCY A; 3SQE E; 5EQS A; 1S6H A; 3I29 A; 5EG4 A; 1SQR A; 1EB1 H; 1LHE H; 3M5N A; 1AWF H; 2KR7 A; 1O3L A; 2Z94 A; 3V12 A; 2JJ2 D; 4B75 A; 1BRA A; 3L3T A; 1PFX C; 1MBQ A; 3N7E A; 2ZCK P; 5JB9 S; 3KEE A; 1KLT A; 1C1O A; 2KFW A; 1GJ6 A; 2NU2 E; 1ELC A; 2AMQ A; 2D2D A; 1NU9 A; 5HKK D; 2B9L A; 3OX7 U; 4FUE A; 2JIZ D; 4JZ1 A; 1GCT C; 4DY7 B; 1RTL A; 1JMO H; 1HAI H; 2CF9 H; 2FOA A; 1EP5 A; 1O3D A; 5L6N H; 1AWH B; 2EI6 A; 2P93 A; 1WXR A; 1T32 A; 3A82 A; 4MG3 A; 1H8E D; 1OWH A; 1SL3 A; 2Y6T A; 2CHA B; 1HAY B; 4D7G A; 3QUM P; 2W6J D; 1T4V H; 3M35 A; 3EST A; 1AQ7 A; 2NWN A; 3RXR A; 2OLG A; 1FXY A; 5FXL A; 4FOU C; 4INK A; 6CHA C; 1KIG H; 3GIS B; 5C5O A; 1GJ9 B; 3SU4 A; 1LKA A; 4B6E A; 1CSO E; 5JBC S; 4O03 A; 1BIO A; 1W8B H; 3TJV A; 3PRO A; 1J15 A; 3ZVG A; 2GTB A; 2R9P A; 4JYT A; 4GCH F; 1HRT H; 5HIY A; 4BAH B; 2XW9 A; 3ZIA D; 1VCP A; 1O2T A; 1HJ8 A; 1BRB E; 3ATI A; 4ACB A; 1UW7 A; 3ATL A; 4TWY A; 3KF2 A; 4I33 A; 5H4I B; 1TON A; 2H9T H; 1EKB B; 2Z6B D; 1L2E A; 3SU0 A; 3H7T A; 1DUA A; 3RXD A; 1IHT H; 3ZZD A; 4BAO B; 2CMY A; 2UUJ B; 1UCY H; 3E1X B; 1QR3 E; 2BX3 A; 4Z1M D; 1AND A; 1O2X A; 3HGN A; 3Q76 A; 1GVZ A; 1ELA A; 1SGD E; 2ALV A; 1QRW A; 3VB3 A; 1JIM A; 4JYV H; 1ESA A; 3RXB A; 2P3T B; 1HAO H; 1WTG H; 1F0T A; 4B76 A; 1O0D H; 2OXS A; 1NRS H; 1C5Y B; 1TPP A; 3BF6 H; 4J2Y B; 1CVW H; 1KDQ A; 1TOM H; 4YT6 H; 5GCH G; 1GJ8 B; 1QA0 A; 1YPM H; 4WY3 A; 4YLQ H; 1ZPZ A; 3F6U H; 1GCD A; 1YLN A; 1K1P A; 2VWN A; 3E91 A; 4DT7 B; 1GBJ A; 1EZS C; 3UWI A; 2C4F H; 1O2U A; 1UVT H; 1O3G A; 2WYJ A; 1Z71 A; 1O5G H; 3BIV H; 2ZDL A; 3SND A; 1C5U A; 4D9R A; 4X1N U; 1GBB A; 1HIA A; 3LU9 B; 1ARC A; 4BAN B; 1C9T A; 1UTN A; 5E0H A; 4R8T B; 1ZLR A; 2EA3 A; 3FP8 E; 1EAT A; 1QHR B; 4ISO A; 1P3E A; 2ZA5 A; 2CK3 D; 3LDX H; 1NM6 A; 1Z6J H; 3K2U A; 3IG6 B; 3D49 H; 1NRP H; 1GVL A; 3SO3 A; 5EJ1 A; 2B8O H; 4I8L A; 4OS5 A; 3BEI B; 1DIT H; 2OCV B; 3SHC H; 1QRZ A; 2XYA A; 4HTC H; 2ANM H; 2BD9 A; 5F8T A; 2CHA C; 2QF3 A; 3PRD A; 3LH3 A; 3RDZ A; 4ZKN U; 3LH1 A; 1M9U A; 2PGB B; 2FES H; 1GG6 B; 1EB2 A; 4FVB A; 3RUO A; 2ZFP H; 1MU6 B; 4H6S B; 1PQ5 A; 1O36 A; 3PV2 A; 1HAV B; 2Q6F A; 3SGB E; 4O97 A; 1C1S A; 1DDJ A; 3F9F A; 3Q3K A; 2BM2 A; 2JDI D; 4Q80 A; 3TVJ B; 2TRM A; 1TLD A; 3O8C A; 1DY8 A; 1LPG B; 4LOY H; 1Z7K A; 3A8C A; 2FS8 A; 3FFG A; 3SZE A; 4Y8Z A; 4AG1 A; 3BTW E; 2V3M A; 1T8L A; 4MNY A; 1O3A A; 1GI8 B; 2ALP A; 2XRC A; 2Y7X A; 3PM3 A; 1TNL A; 3PMH B; 1KTS B; 4MPU A; 4BNR A; 1IOE A; 2H9E H; 1C1Q A; 3DA9 B; 2YNA A; 1CHO F; 1QZ8 A; 5TCA A; 1MTN B; 4J1Y A; 5E0G A; 1IQK A; 4ACA A; 1EJA A; 5KED A; 1BIT A; 1HV7 A; 1KXD A; 4GSO A; 1MBM A; 3SUE A; 3VXF H; 5L30 H; 1N1L A; 1E1R D; 2C93 B; 3RMM H; 2HVY B; 1TNK A; 2M2A A; 1RJX B; 1K1O A; 2D8W A; 3MH7 A; 2LEL A; 1J8A A; 3OY6 U; 1C1N A; 1DVA H; 4U32 A; 5C1Y A; 3A8A A; 3M5L A; 4DIH H; 4XBB A; 1GHA G; 4ZKS U; 1FN8 A; 1W0Y H; 1V2S T; 2G00 A; 4JMY A; 3F2F A; 3MWI U; 2XBY A; 4WMF A; 4Y71 A; 1CHG A; 1KXB A; 4Q4L A; 4B74 A; 2YMS D; 1MCV A; 4E7R G; 4ABE A; 3BTD E; 1MTS A; 3FAN A; 1X7A C; 1IQM A; 1W0K D; 2FS9 A; 2SGQ E; 3BG4 B; 2J2U A; 5HIZ A; 1P2M A; 1L4D A; 1DS2 E; 2V7Q D; 1WOF A; 1TIO A; 1PPE E; 1QTF A; 1UCY K; 1LCY A; 1FMG A; 1O3F A; 4RT0 A; 2GJG A; 1F0R A; 1SGF G; 1O2N A; 3KQC A; 1BMF D; 1GHX H; 1COW D; 2Z9G A; 3MNC A; 4FUH A; 1UTP A; 1ARB A; 2ZGB H; 1OP0 A; 3E16 B; 1G3E A; 3M3V A; 1K28 D; 3ITI A; 1F7Z A; 2F3C E; 3RXF A; 1QQ4 A; 1XUH A; 1SLX B; 2R0L A; 1KXE A; 2CN0 H; 1SOZ A; 2ODY B; 1P8V C; 1T8O A; 4CR9 A; 4EST E; 3QGJ A; 1AE8 H; 2QXH A; 3E3T A; 2GCH F; 1HDT H; 4IN1 A; 5KGO A; 1O5A B; 1SGR E; 1GG6 C; 1ANC A; 2PLX A; 5IYT A; 1O3P B; 2VVV A; 3FN8 A; 2GZ8 A; 2GV7 A; 3PV4 A; 1GVK B; 3FO8 D; 4CH8 B; 2P94 A; 3OFN D; 3A7W A; 4KGA A; 1K1L A; 1KSN A; 4ASU D; 1S0Q A; 2ZG0 H; 4B6F A; 2FOC A; 2B5T B; 3FOA A; 1DX5 M; 2ZU1 A; 2IPH A; 4D9Q A; 4CRE A; 3PLK A; 4AN7 A; 1C4U 2; 1HBT H; 2VIO A; 5GIB A; 5DP9 A; 3BTH E; 7EST E; 1AU8 A; 1SSX A; 3OTP A; 5HMA A; 3P8G A; 5HGG A; 2GDE H; 7GCH F; 1TX6 A; 1ZHM A; 2WV5 A; 4KTC A; 3A7T A; 3MH6 A; 1DWE H; 3SUF A; 4AB9 A; 2K1Q A; 3BEF B; 1SHY A; 1MTN C; 3F0P A; 4CRD A; 1TGB A; 5FX5 A; 1LPK B; 2VGC B; 1BUI A; 1SB1 H; 3BG8 A; 2ZFF H; 4OGY A; 1FIZ A; 1T8N A; 1TX8 A; 4Z0K A; 4I8K A; 1N8O B; 2ZDM A; 4Y11 E; 4INL A; 3DUX H; 5T1V A; 1AVG H; 2EI7 A; 1B5G H; 2A0Q B; 1C5N H; 3Q00 A; 3UNR A; 2BDH A; 3GY7 A; 3LOX A; 4MLF B; 2VNT A; 3SZN A; 4AGJ A; 2PKS B; 1C5X B; 4MPW A; 2RCE A; 3AW0 A; 1GL1 A; 1BZX E; 2PWX A; 1A5I A; 1Q31 A; 4FU8 A; 2M5T A; 1L1N A; 1OHH D; 4X0W U; 4FVD A; 4AOQ A; 1UTJ A; 3E0P B; 3KHV A; 4D76 A; 2ZQ2 A; 1SQO A; 1AKS B; 3NPS A; 1H8H D; 2A7H A; 4AYV B; 4AYY B; 3VFE A; 1EAX A; 1P12 E; 1SKY E; 3P92 A; 1ELE E; 4MDS A; 1BJV A; 3MHW U; 3SU5 A; 3BTQ E; 4OS7 A; 1XVM A; 1XKA C; 1TMT H; 1B7X B; 4JK6 A; 3UAI C; 3Q3Y A; 1XUK A; 3P8N A; 2BD7 A; 1BTP A; 1K1M A; 2G5N A; 1SGC A; 3M37 A; 1DUE A; 2Z3E A; 1Y3V A; 2VH0 A; 4ABI A; 4OS1 A; 1O35 A; 1QB6 A; 1PPB H; 3RXV A; 1HAG E; 3GDV A; 2BVS H; 2ZTX A; 4TY7 A; 1GBH A; 5HM2 A; 2B0F A; 2VIV A; 6GCH G; 4ZCN A; 5JB8 S; 3BV9 B; 1TAL A; 1GDU A; 4THN H; 2XC0 A; 3L6P A; 3GYL B; 4JZF H; 1SGN E; 1NRO H; 1YYY 1; 3SI4 H; 3F2H A; 1AIX H; 1S6F A; 1G2M A; 1IQG A; 2FOG A; 2ZO3 H; 4BTT B; 3OE7 D; 1V3X A; 3ATK A; 2H6M A; 1GJA B; 1C5W B; 1ZSL A; 2SNW A; 1HAZ B; 1P02 A; 1YBW A; 2A31 A; 2GT8 A; 1GMC G; 3PO1 B; 2OC8 A; 5A0B A; 2YNB A; 1AVW A; 1H8D H; 3TPI Z; 1O2R A; 2UWO A; 2BVX H; 1S82 A; 2OP9 A; 2J9N A; 1UO6 A; 1AUJ A; 5FPS A; 1TQ7 B; 2ZCH P; 1MU8 B; 1A46 H; 2FMJ A; 2J98 B; 1TOC B; 2L6O A; 2J4I A; 3LJJ A; 3DFJ A; 4X6N A; 4CRG A; 2P3F H; 1OS8 A; 1IQJ A; 1GBA A; 2GD4 B; 1TGN A; 3QLP H; 3EAJ A; 3U8T H; 2ZEB A; 3ZVC A; 1THP B; 1P2N A; 2F9N A; 2QE7 D; 1O34 A; 2ZGH A; 4K1E A; 1DT2 A; 3LGU A; 1A3B H; 2KCY A; 3E8L A; 3SHA H; 3V7T A; 1GJ4 H; 1QA7 A; 2ZHE H; 2JKH A; 2VGC C; 3PLB A; 3UNQ A; 1FNI A; 3TK6 A; 4X6M A; 2V35 A; 3ATM A; 4TPY A; 4ZUH A; 3GCT F; 3UUZ A; 5E8E H; 1EPT C; 2Y5F A; 2A7J A; 5EPN A; 1DLK B; 1PYT C; 2WPL S; 3RXU A; 2C3S A; 2PTC E; 4K1T A; 3S9C A; 3CS0 A; 1Z8I B; 2BDA A; 1Y3Y A; 3ZZ4 A; 1LVO A; 1BOQ A; 2AMD A; 2ILN A; 3EDX B; 4LK4 A; 1QL7 A; 1GBL A; 2J34 A; 3NK8 A; 3HGP A; 2W26 A; 1EQ9 A; 2PKS C; 5EOD A; 3UB0 A; 4BAK B; 1XX9 A; 1YC0 A; 4WXV A; 1TBQ H; 1EUF A; 3TJU A; 3OYP A; 4GVU A; 3H7O A; 2ZFR H; 1Y5U T; 1RGQ A; 4X1R U; 3O8R A; 2FYQ A; 2VIW A; 2AYW A; 3P95 A; 3M3T A; 2OC7 A; 2QXJ A; 1G3B A; 4UFF H; 1GMD F; 2XC4 A; 2Y5H A; 2F9P A; 4A6L A; 1FX0 B; 3MNX A; 2AFQ B; 3T26 A; 1B0E A; 3K9X B; 2K8I A; 3U8R H; 1A4W H; 3GY4 A; 3NXP A; 3FP6 E; 1BTH H; 3HAT H; 4WMD A; 2C8Z B; 3URE A; 2W3I A; 3KL6 A; 3VB6 A; 1F92 A; 1FLE E; 2ZEC A; 1RRK A; 1ELF A; 2SGD E; 1C1P A; 4CRB A; 3E6P H; 2AMP A; 2W6I D; 4E06 H; 3T29 A; 1WQV H; 1OXG A; 3PYH A; 4IN2 A; 1NES E; 4F49 A; 2Q1J A; 3K65 B; 2TPI Z; 4OGX A; 2ANY A; 2UWL A; 1MTW A; 2P8O B; 3S0N A; 4U2W A; 3DFL A; 3PTB A; 1TGT A; 4FXG H; 1K1I A; 4UD9 H; 1YPH E; 5E0J A; 3GIC B; 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