The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
74
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structure length |
74
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Chain Sequence |
MKRLGKVLHYAKQGFLIVRTNWVPSLNDRVVDKRLQFVGIVKDVFGPVKMPYVAIKPKVSNPEIYVGEVLYVDE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Isomerase/biosynthetic protein/rna
|
| molecule keywords |
H/ACA RNA
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| publication title |
Crystal structure of an H/ACA box ribonucleoprotein particle
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Pyrococcus furiosus
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| total genus |
12
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| structure length |
74
|
| sequence length |
74
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-07-31 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF04410 | Gar1 | Gar1/Naf1 RNA binding region |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Probable tRNA pseudouridine synthase domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2HVY B; 3UAI C; 2RFK C; 2EQN A; 2EY4 C; 3MQK C; 2V3M A; 3U28 C; #chains in the Genus database with same CATH topology 3CS0 A; 1DX5 M; 4KTC A; 1O2H A; 1D3Q B; 1SFQ B; 2OD3 B; 3SU4 A; 1XM1 A; 2PKA B; 1AY6 H; 1YPE H; 1P12 E; 4CRA A; 2WUC A; 1D6R A; 1LVO A; 2VWM A; 3H7O A; 1PPF E; 1QHR B; 1XKB C; 5TCA A; 3T27 A; 1C9T A; 2FMJ A; 2P3F H; 1O3I A; 1IQK A; 1KLJ H; 1H9L B; 1MKW H; 1ANB A; 3MOC A; 2ODQ A; 3E1X B; 1PQ7 A; 5DGJ A; 4Q7X A; 3SUG A; 1RD3 B; 1C2E A; 3OU0 A; 2FYR A; 1YPG H; 5F03 A; 2BQ6 B; 3WWB A; 3QTO H; 1PPE E; 1J9C H; 4A1X A; 2SFA A; 5F6M A; 4B6F A; 1O3K A; 1AQ7 A; 8KME 2; 1IQJ A; 1CHO F; 1W0J D; 5HMA A; 2JJ2 D; 2BZA A; 4D9R A; 3RXR A; 5DP7 A; 2EQN A; 1Z1I A; 1S0R A; 1JMO H; 2P93 A; 3VGC B; 1D3T B; 2ZU2 A; 5EXN A; 3N7E A; 4ACA A; 2QY0 B; 2WYJ A; 1UK2 A; 4TT3 D; 2PTC E; 1TON A; 1UVP A; 3RC4 A; 1CT4 E; 3SU0 A; 1GHZ A; 4GCH G; 2A0Q B; 2VH6 A; 5A09 A; 4EST E; 2K1Q A; 3ZVC A; 4HTC H; 4OS5 A; 1GVL A; 2Z9K A; 3LGY A; 5JPM H; 2ZTZ A; 3R3G B; 1KXD A; 1TPA E; 1CGH A; 1UVS H; 3TNS A; 3U1J B; 1AND A; 1P2K A; 1TIO A; 2WYG A; 4NIX A; 1QBN A; 2GKV E; 2XND D; 1A0H B; 2TIO A; 2GT8 A; 3BV9 B; 2KCY A; 2B7D H; 1ZSK A; 5I25 A; 2ZCK P; 4Y7A A; 2P16 A; 2O8T A; 5F53 A; 3WWF A; 1RFN A; 1D3D B; 2QF5 A; 1TWX B; 4MVN A; 3NZI A; 3MNC A; 1ARC A; 4NSY A; 1S0Q A; 1NY2 2; 5EPN A; 2R0L A; 3SUD A; 2WPK S; 1UCY H; 2BOK A; 3HGP A; 2ZDN A; 1P03 A; 1GHY H; 3DSP A; 4JK6 A; 1DVA H; 1YP9 A; 1ZLR A; 3I29 A; 3RXS A; 4I31 A; 2WIN I; 2H6M A; 5T3H A; 4OS2 A; 3KYG A; 3SJ9 A; 1AO5 A; 1O2N A; 4X0W U; 3VB7 A; 1GVK B; 3OY6 U; 1P09 A; 3MH4 A; 1M9U A; 1GJ5 H; 1UTM A; 4GUX A; 1YYY 1; 5DN6 D; 5K7R A; 5EJ1 A; 1ZTL A; 1O2W A; 3PLB A; 4FUH A; 1YLC A; 4FUI A; 3EE7 A; 1EAT A; 1MCT A; 1W12 U; 1W0Z U; 1CHO G; 1SGP E; 1PPG E; 1QRX A; 4ZKN U; 4TWW A; 4K2Y A; 3T62 A; 2FYQ A; 4NIY A; 1HRT H; 4ABG A; 1V2N T; 2O9Q A; 1GL1 A; 1P3E A; 2FX6 A; 2R2W U; 1GBM A; 1QQU A; 4B2C A; 3NCL A; 1FY1 A; 4PRO A; 3RXU A; 1EAI A; 1V2W T; 1ABI H; 3A82 A; 1QTF A; 3P8O A; 1RTF B; 4UE7 H; 1LPK B; 1F0T A; 1YCP K; 2GX4 A; 2UUJ B; 1LHE H; 3RM2 H; 3PLK A; 4NFF A; 1C5X B; 4FVB A; 3GDV A; 2QGR A; 2BVR H; 1KXC A; 1MTN B; 3L33 A; 4MG3 A; 2K0Q A; 5T1V A; 1AMH A; 2GZ7 A; 1SOT A; 3OTP A; 4FUG A; 1COW D; 1O3J A; 1MQ6 A; 2UUK B; 4GSO A; 4WJG 2; 3MMG A; 3PWB A; 2C90 B; 4NWK A; 2L6O A; 5GJ4 B; 3V13 A; 1HIA A; 1TPO A; 5EGM A; 1BT7 A; 5JBT A; 1CU1 A; 4B6E A; 1EP6 A; 3E0P B; 3EAJ A; 5DP8 A; 1V2R T; 1MBQ A; 1C2L A; 4UFE H; 1WTH D; 2HNT C; 1A5I A; 1O5A B; 1V2L T; 1IQI A; 2ZFT A; 1XUJ A; 1DST A; 5BRR E; 5F8X A; 1YY3 A; 1SHH B; 2ZO3 H; 3LGU A; 1GJB B; 2P95 A; 2ZA5 A; 1DPO A; 4M9F A; 1ZR0 A; 2EEK A; 2FWW A; 2KM0 A; 2HPQ H; 2ZIQ H; 4ZHM U; 1HDT H; 1KXA A; 3ZZ9 A; 2HAL A; 3ZYE A; 1LPZ B; 1O32 A; 1MKX K; 1SR5 C; 2IOT A; 2CMY A; 2ZFP H; 1HPG A; 4WMF A; 3RMO H; 1TB6 H; 4AB8 A; 5EQS A; 3OSY A; 1NFU A; 1N1L A; 1GHW H; 4MPW A; 2ALV A; 4YOI A; 1TMT H; 3ATM A; 5LPE A; 2OC1 A; 1ZHP A; 1BUI A; 4IMZ A; 3SUF A; 3F0O A; 2YNA A; 5KEC A; 1PYT D; 1E36 B; 3GCT F; 1UTO A; 1C2M A; 4OS7 A; 2FOE A; 1KYN A; 1O3C A; 2BLQ A; 1QGF A; 3LDX H; 4K1T A; 4YLU A; 1LO6 A; 1DXP A; 1HAP H; 4WF8 A; 3QN7 A; 1K21 H; 1LVB A; 1S85 A; 1P0S H; 3A88 A; 1O33 A; 1QL8 A; 3BG8 A; 1QJ7 B; 1BMF D; 1GL0 E; 1DE7 H; 3P95 A; 1ETR H; 8GCH F; 2A1D B; 1A7S A; 3VB3 A; 1JXP A; 2ZGC A; 3RML H; 4LOY H; 5L2Z H; 5EOK A; 3SGA E; 1T32 A; 2IN2 A; 3BSQ A; 3BTG E; 1N6X A; 4ISH H; 1TGC A; 1VIT F; 4CBN A; 1NU9 A; 1WTG H; 3S69 A; 1HIA B; 3W95 A; 1C5N H; 3ZVA A; 5IK2 D; 3VB4 A; 1AZZ A; 4U01 A; 3LH1 A; 1W13 U; 4I86 A; 4K3J A; 2QXJ A; 5EST E; 3VGC C; 3UQV A; 2W7S A; 2PUQ H; 4Y0Y E; 4OS1 A; 4Q63 A; 4CH2 B; 3RXJ A; 2ZFR H; 1G36 A; 2STB E; 2VH0 A; 4CHA B; 1GJ6 A; 1L1N A; 1AFQ B; 3RXH A; 1GJ8 B; 1ANC A; 1GBB A; 3GIS B; 3S9C A; 1O3E A; 5HIZ A; 2H9E H; 1P57 B; 1QJ1 B; 1CGI E; 1MUE B; 1F2S E; 1VJ9 U; 1HFD A; 2GMT B; 1ETS H; 1OHH D; 2OUA A; 3FP8 E; 4AG2 A; 3VEQ B; 1H4W A; 2CJI A; 2FLB H; 2Y7Z A; 3QZQ A; 4Y11 E; 3RXD A; 1E38 B; 1Q3X A; 3RXF A; 3RXK A; 5C94 A; 5EW2 H; 3WY8 A; 2P59 A; 2XBW A; 1MU6 B; 3N99 A; 1GJ7 B; 1LPG B; 4IBL H; 3UIR A; 2BDG A; 2LNC A; 4FVD A; 1MTS A; 4JYU H; 4F48 B; 3RXQ A; 5E0J A; 3QO6 A; 1BRC E; 2GD4 B; 1K0H A; 3GCT G; 3SU1 A; 2IPQ X; 2A7H A; 1AVX A; 4NSV A; 1PPB H; 2XYA A; 1W14 U; 1C2D A; 1SHY A; 5LPR A; 4XFQ A; 2OCV B; 4TSF D; 3M7T A; 5C67 A; 2XC4 A; 3U28 C; 1V3X A; 2BY7 X; 4IW4 E; 1VGC B; 1UK4 A; 3FKS D; 1GHX H; 2F91 A; 2GV7 A; 1RRK A; 8GCH G; 1RIW B; 3T29 A; 4B2A A; 5JBC S; 4FUF A; 1BMA A; 1L4Z A; 3K2U A; 3RXL A; 2B9L A; 2R2M B; 3JZ1 B; 1GI0 A; 4X1P U; 1VIT G; 2NU0 E; 2F83 A; 1DUE A; 2VWL A; 4FU9 A; 3TVJ B; 3BIV H; 1Z8R A; 4ASH A; 4X8U H; 4H4F A; 1GCT B; 2A4G A; 3S0N A; 3TJV A; 3A7Y A; 3RDZ A; 1Q2W A; 5A0B A; 3AK5 A; 3E0N B; 2V35 A; 3K6Z A; 1TRM A; 1ZRB A; 2ANM H; 3P8F A; 2GGV B; 1WYK A; 2GTB A; 3MTY A; 2RDE A; 1QFK H; 1SGR E; 1W3C A; 3UWJ H; 1BTY A; 1FPH H; 1Z7K A; 2AHM E; 2OP9 A; 3NWU A; 4BXW A; 1BQY A; 3E91 A; 2JDI D; 3IG6 B; 3MO6 A; 1TA6 A; 1C5S A; 1PPZ A; 4INK A; 4K60 A; 2SGF E; 1EOJ A; 4MNW A; 1KDQ A; 2SGD E; 4ISL A; 5EQR A; 3PYH A; 2PHB A; 2H1U A; 2I6S A; 3IIT A; 4X8V H; 1QA0 A; 3AAV A; 1O2U A; 1ETT H; 1HAZ B; 4AGJ A; 3ZZ3 A; 1G32 B; 2ANY A; 3ZIA D; 1SG8 B; 1C5Y B; 2LPR A; 4X1Q U; 3C27 B; 4CBO A; 1FPC H; 2ZU1 A; 1V2S T; 3BTK E; 3M5M A; 4DJZ B; 3KF2 A; 2RCE A; 1FAK H; 4ABB A; 2WPH S; 1XX9 A; 1N8O C; 1UJ1 A; 2Y5F A; 3M5O A; 1ZGV A; 1THR H; 2GP9 B; 3RLW H; 4F4O C; 2UUY A; 2F9B H; 1Z1J A; 4ZXY H; 1Y8T A; 2PLX A; 1EAU A; 2ZDL A; 3KYF A; 1SSX A; 4XDE A; 1QCP A; 2STA E; 4IS5 A; 1V2M T; 1GBD A; 2BY6 X; 1JWT A; 1DLK B; 3MHW U; 5HM9 A; 1OX1 A; 1D6W A; 2V3H H; 1T8M A; 3M3S A; 3STI A; 1NM6 A; 2CHA B; 1F5R A; 4NIV A; 1FAX A; 2OBQ A; 3VG8 A; 3ZZ7 A; 2A7C A; 2FOM B; 2BOH B; 2JH5 D; 4B1T A; 3SJI A; 4JK5 A; 2ZTX A; 2ZFF H; 2FM2 A; 5H4I B; 2Z3C A; 1FX0 B; 3ZV8 A; 1EZS C; 4Q80 A; 1DWD H; 3F6U H; 2H9T H; 2XBY A; 2ZGJ A; 3SHA H; 1SQR A; 9EST A; 1BTU A; 2ZPR A; 1NRR H; 3DT0 H; 2PSX A; 3OEH D; 1B0E A; 1C5R A; 3ZVB A; 3GY6 A; 1MD8 A; 1YBW A; 1KTT B; 2J4I A; 3M61 U; 3SNB A; 3HGN A; 3SU3 A; 4AGK A; 1TMB H; 3H09 A; 3F0P A; 5A8X A; 2ZHQ H; 6EST A; 1RTL A; 2XBV A; 3D62 A; 3P17 H; 3PTB A; 3K6Y A; 3PLP A; 3A7V A; 3UR9 A; 2AMD A; 1Z8G A; 4ZUH A; 1FNI A; 3A7Z A; 4Z0K A; 1EPT A; 1CA0 B; 1ESB A; 4GAW A; 5DO4 H; 4VGC C; 1DM4 B; 1TBR H; 2A31 A; 3A8C A; 4FUC A; 1OSS A; 5C1Y A; 2BDC A; 1NPM A; 1VCQ A; 3KQE A; 1G3E A; 3M35 A; 1BBR E; 1O36 A; 1OS8 A; 4ZH8 A; 2OQU A; 3U8T H; 2OC0 A; 1EKB B; 1ACB E; 1N6Y A; 4X2W A; 4CHA C; 1ESA A; 2J94 A; 4IMQ A; 2J97 A; 1AFQ C; 2VB0 A; 2GCT B; 3TK9 A; 3FZD A; 2BD4 A; 1E35 B; 2ZQ1 A; 4Z1M D; 3SND A; 4ZMA H; 1EZQ A; 1BBR H; 1C2G A; 1MU8 B; 1OYQ A; 1OYT H; 3SQE E; 1PFX C; 3U1I B; 5JBB S; 3RXE A; 3L3T A; 4AYV B; 1NN6 A; 3HKI B; 1BOQ A; 1QL7 A; 3URC A; 4XBD A; 3KGP A; 3UR6 A; 1MAX A; 2Z3D A; 3Q76 A; 1O3O A; 3GOV B; 3QDZ B; 2EI8 A; 5T6D A; 1O3P B; 3MU0 A; 3SOR A; 3PO1 B; 1W10 U; 3ATI A; 3TK5 A; 2DE9 A; 2H2Z A; 3RXB A; 2L74 A; 5FPS A; 5CE1 A; 5FBE A; 4AZ2 B; 3Q3K A; 4I8G A; 3BEI B; 2Q6D A; 3VB6 A; 4AOR A; 3MH7 A; 1SVP A; 1TNG A; 1QQ4 A; 2KFW A; 5FCR A; 1B7X B; 1RTK A; 4YOG A; 1HJA B; 1XUF A; 3TK6 A; 2F9O A; 3U98 H; 3JZ2 B; 1VGC C; 4IGD A; 1P9U A; 2BYA X; 1P2M A; 3C1K A; 3GCN A; 1TAL A; 5JB9 S; 1DLE A; 1V2O T; 2NU4 E; 2BD5 A; 2BTC E; 2ILN A; 4IC6 A; 1EPT B; 1T7C A; 4B2B A; 1AE8 H; 2Y7X A; 1A5G H; 3FN8 A; 3ZVD A; 1TX6 A; 2AS9 A; 3LJJ A; 5AF9 H; 3TH4 H; 1ZGI A; 1YF4 A; 1Y3V A; 3DCL A; 1FV9 A; 2G55 A; 1NRQ H; 4IN2 A; 1SLU B; 1JBU H; 5BPE A; 2BDI A; 1DT2 A; 3ENS B; 1GBI A; 4X1S U; 3Q3Y A; 3H5C B; 3SV2 H; 4XBC A; 1O5C B; 2AGI X; 2A4O A; 2VWO A; 1WQS A; 3RMM H; 1W2K H; 1KLT A; 2J2U A; 4Q7Z A; 1MH0 A; 2CGA A; 3KID U; 4A7I B; 3N7D A; 4YT6 H; 1THS H; 1ZZZ A; 1IAU A; 1VCW A; 2QAA A; 3MO3 A; 3SNC A; 3AVZ A; 4DUR A; 1JIR A; 1S6F A; 1SLW B; 1JIM A; 3D65 E; 3SJ8 A; 1AGJ A; 2QIQ A; 4ZAE A; 2EST E; 1RGQ A; 3T26 A; 2ZHW H; 1GHA F; 2GCH F; 5FAH A; 2W7U A; 2OLG A; 1C4U 2; 1SGY E; 3RC6 A; 1YGC H; 4TPY A; 4U30 A; 1C5P A; 3SOS A; 2ZU4 A; 2UWP A; 4Y8Z A; 3A83 A; 5AHG H; 3GYM A; 3MNX A; 1HJ8 A; 1NZQ H; 4U32 A; 1OWI A; 3HPT B; 4R8T B; 3SQH E; 1Y5B T; 1K1L A; 3DFL A; 2PW8 H; 1NO9 H; 3BG4 C; 1IHT H; 3SV8 A; 1GCD A; 2Y82 A; 5HYO A; 1ZSJ A; 1ELF A; 2PSY A; 2ZHE H; 2LP6 A; 4IN1 A; 4WVP E; 4XE4 A; 1ZPB A; 1LMW B; 4AG1 A; 2OC7 A; 1VIT H; 4RI0 A; 2ODP A; 1A3B H; 3BEF B; 2FTM A; 2C8Y B; 2ANW A; 3IWM A; 2AER H; 2F4L A; 1ZYO A; 1E37 B; 2JET B; 3M36 A; 1LHF H; 5E8E H; 1LTO A; 1SL3 A; 4THN H; 3OAA D; 2W26 A; 3NRL A; 1YCP M; 1BTZ A; 3VB5 A; 4Q2K A; 4YT7 H; 2V3O H; 1SQO A; 2RA0 A; 3ZZ6 A; 1XUI A; 1WSS H; 2FI4 E; 1T31 A; 3MU5 A; 4CRD A; 4MQA A; 5FXL A; 2SNV A; 2HGT H; 1WUN H; 1NT1 A; 3F1S B; 2W6I D; 1TNL A; 4IC5 A; 4K8B A; 3CS7 A; 5G4B A; 4FOU C; 5FBI A; 1O34 A; 1SGC A; 4MPV A; 4ZHA A; 1ORF A; 1CA0 C; 1O2K A; 2D1J A; 1HAO H; 1FY3 A; 2YOL A; 1GHA G; 2GCH G; 3M5N A; 1LQD B; 1Z6J H; 2PFE A; 1O5D H; 1TE0 A; 3M37 A; 1V2V T; 4RT0 A; 2H9H A; 3SJO A; 4K1E A; 4YM9 A; 7LPR A; 4E7R G; 8LPR A; 1P3C A; 1NRP H; 1K1J A; 2AIQ A; 3TJN A; 3KNX A; 3EST A; 5CHA B; 1AD8 H; 2VVV A; 1P01 A; 4LZ1 H; 4JZF H; 1O2T A; 5PTP A; 3FAN A; 1BZX E; 2V3M A; 4I33 A; 3EGK H; 1D9I A; 1T4V H; 2Q1J A; 4D8N A; 1A0J A; 4D9Q A; 1BML A; 3F68 H; 4X6N A; 2YNB A; 1TNI A; 1UVT H; 2AGG X; 2O8M A; 3HAT H; 1TMU H; 2ZTY A; 5EPY A; 4B74 A; 1SBW A; 1HUT H; 3MNS A; 1BB0 B; 4TY6 A; 2ZHD A; 1BRU P; 1NRO H; 4DW2 U; 3S7K B; 5HIY A; 3K65 B; 3D23 A; 1UK3 A; 1O31 A; 2TGP Z; 1K1M A; 3MU8 A; 1GBE A; 3PO1 C; 1HYL A; 1ZJK A; 3LGW A; 5GPI B; 4Y76 A; 1BA8 B; 3ZZ8 A; 3PTN A; 2BVS H; 2C8Z B; 4A5T S; 1YM0 A; 3A7W A; 3FOA A; 2Q6F A; 4HI3 A; 1XUK A; 2OTV A; 1T4U H; 7GCH F; 2BD3 A; 3Q3X A; 1FIZ A; 1Z71 A; 1KMH B; 2HRV A; 3FP7 E; 1HJA C; 5CHB A; 4XD7 D; 1BRB E; 3ZZ5 A; 4I8H A; 2BY5 X; 2ZNK H; 2CF9 H; 2YMS C; 3ZZA A; 2P3T B; 4WME A; 4ASU D; 1L2E A; 1GI9 B; 1SC8 U; 3M5L A; 2JJ1 D; 1K1P A; 1LHG H; 3RU4 D; 1QJ6 B; 4KKD A; 1DY9 A; 2ZCH P; 3SJK A; 2GZ8 A; 3GDU A; 3RXA A; 3GY2 A; 2A5K A; 1OKX A; 2BHG A; 2G4T A; 2V6N A; 2QV1 A; 4GLY A; 3NUM A; 4ABD A; 2VVU A; 4XRN A; 4ZHL U; 1YC0 A; 1CBW B; 2WHX A; 4OS4 A; 2M5T A; 5KED A; 1FUJ A; 2Z9L A; 1F0R A; 5DP6 A; 4D7G A; 4E05 H; 3GYL B; 1OWE A; 1TFX A; 2BZ6 H; 3T2N A; 4ISO A; 4NWL A; 2DE8 A; 2ZWL H; 1V2P T; 2KCP A; 3M3V A; 5JYI A; 3TH2 H; 2VU8 E; 2BY8 X; 1GGD B; 2WSS D; 2UUF B; 3G01 A; 2WPJ S; 2R3Y A; 3SBK A; 1OWK A; 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