2NVLA

Crystal structure of archaeal peroxiredoxin, thioredoxin peroxidase from aeropyrum pernix k1 (sulfonic acid form)
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
242
structure length
241
Chain Sequence
SIPLIGERFPEMEVTTDHGVIKLPDHYVSQGKWFVLFSHPADFTPVTTEFVSFARRYEDFQRLGVDLIGLSVDSVFSHIKWKEWIERHIGVRIPFPIIADPQGTVARRLGLLHAESATHTVRGVFIVDARGVIRTMLYYPMELGRLVDEILRIVKALKLGDSLKRAVPADWPNNEIIGEGLIVPPPTTEDQARARMESGQYRSLDWWFCWDTPASRDDVEEARRYLRRAAEKPAKLLYEEA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords Probable peroxiredoxin
publication title Oxidation of archaeal peroxiredoxin involves a hypervalent sulfur intermediate
pubmed doi rcsb
source organism Aeropyrum pernix
total genus 76
structure length 241
sequence length 242
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2006-11-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
A PF10417 1-cysPrx_C C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.1020.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2 Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2 2nvlA02
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2nvlA01
4V1Ag 3GX8A 5ECMB 1KTEA 1GSUA 2FA4A 3D6IA 2OBIA 1A2JA 5IPHA 2KP2A 2RLIA 3JCML 5GAND 2GS3A 4MMMA 4TR0A 2V41A 3KTLA 4ZL7A 4IQ1A 4BL7A 1F3BA 2V2GA 1ON4A 2JL4A 4KW6A 4HDEA 5ENUA 2ZNMA 1R7HA 4OD7A 5FT3A 1LBKA 3KMOA 2GSRA 1XBSA 1AUCA 2EIOA 3LQ7A 1BX9A 3I6AA 1GTAA 2N5BA 2L4QA 4YQUA 3KZQA 3MAKA 3HVSA 4XS4B 2IIYA 3F4SA 1AXDA 2I4AA 3QAGA 2TIRA 1W4VA 5IM9A 1LU4A 2H0HA 4DSQA 4ZL8A 1QFNA 2E2MA 4OCFA 4K6XA 2KP1A 4IW9A 3IAS2 4XRAA 3ZRDA 4TKYA 4WKWA 1ZZYA 3AY8A 4ACSA 4MF7A 3D21A 1NSWA 3TJJA 3VK9A 4Z7XA 1TW9A 3HJMA 1VF4A 3R2QA 1SK1A 3DIEA 2CZ2A 2OACA 2RM5A 4LMVA 4JEDA 4PUAA 4JR6A 5HFGA 2X8CA 1ZGNA 5CYYA 1V40A 3TUEA 4MZWA 4WF5A 3TJKA 3BCIA 5KN0A 5INYA 2H72A 4NV2A 4F0BA 5L71A 1ERWA 4RQXA 1EP7A 5J9CA 5EL8A 2K9FA 4ULXA 4EL1A 3C1SA 2GQLA 4MABA 1Z9HA 5JWQB 2H1BA 3HHVA 2VD1A 1DUGA 5ELGA 2YANA 1XVQA 4PQIA 4XS6A 1ZYEA 1FHEA 5D73A 3IBHA 1SD8A 2GDRA 3HD5A 3IR4A 5D9TA 1B9YC 1FOVA 3ZIVA 2FNOA 2NPBA 1WIKA 1GTBA 4LL4B 2DIYA 1WRYA 1S3CA 4IKHA 1HNBA 2I81A 3SBCA 1WMJA 2FUG2 3LJRA 1GTIA 4G9HA 1ERTA 1R5PA 2DJJA 1ERVA 3FZ9A 4F82A 1O8WA 1RW1A 4IS0A 1YEXA 3DWVA 1LJRA 3QAVA 4MF5A 3ZTLA 2LS5A 3IE3A 2H6YA 2VL3A 3G7IA 2VCVA 4F03A 1SKRB 1B48A 2C80A 5D9VA 4G2EA 1Z3EA 3LORA 1A0FA 1OKTA 1TKDB 2FCHA 2E2GA 2JSYA 4DVCA 2C0GA 5IMZA 4L5LA 2H19A 2VL9A 3GFKA 5D93A 4IGJA 4O92A 4TR1A 2VAFA 1M9BA 3LGCA 3V1WA 1GUMA 3VWXA 2X99A 4Q5QA 4GSNA 1SJ6A 3M3MA 2ON7A 1X9WB 3GHAA 2HZEB 1XWKA 4TR3A 4IHUA 4NV5A 5HR2A 4MPGA 1M99A 5JCWA 5E4WA 2O7KA 1I5GA 4MZBA 2VUPA 5ID2A 4WEYA 2JZTA 1U3AA 3F63A 4O7HA 1ILOA 5B8AA 1TTZA 2QC7A 3GRXA 3LXZA 4I97A 5ECSA 1FO5A 2O8VB 4KH7A 4YQVA 3FK8A 1M2AA 1Q4JA 2NBSA 4NPBA 1V57A 3EINA 1XW5A 5ECOB 3KP8A 1PMTA 1AQVA 3IK7A 2HSHA 4JBBA 3U6VA 3DEXA 4EF0A 2DJKA 3US3A 5CRGA 4F0CA 2HT9A 2VCTA 3KGKA 2YWOA 1BYEA 2YJ7A 2HI7A 2VL2C 3ME7A 4HJ2A 2D2ZA 2G2QA 4K7NA 2A4VA 3D4TA 3DGQA 3WGEA 1V9WA 2V32A 3QAWA 6GSYA 4BVXA 3IPZA 3H8QA 1B8XA 5H5SA 4L0UA 2FWGA 1K0AA 1PL2A 4TOPA 1SL2B 5J5NA 1V58A 2BTOT 2H66A 2AUVA 3BBYA 3GNJA 4RI6A 2IFQB 4PUFC 3A5WA 2A2SA 4NXIA 5B8BA 1R5AA 2LSTA 2WJUA 4BVYA 5A5KA 2K8VA 2YN1A 2O87A 3H1NA 5DQSA 1YEPA 5DQYA 4N10A 4MF6A 5ECNB 3EYTA 4N0ZA 3O3TA 1DBYA 5H5RA 1XOAA 4GTUA 4E8HA 1GUKA 2B5EA 3EE2A 2N5FA 4OMVA 2CA8A 3KEBA 5HR1A 4WF4A 3GKMA 4TW5A 2I9HA 1GWCA 2VIMA 5KEJA 2FLSA 1T4ZA 2K18A 1AQXA 2C0EA 4WETA 3CXGA 2LRTA 1K0OA 3ERWA 4XCSA 1HYUA 3EURA 2VL2A 1PD21 2HFDA 3CBUA 3N5OA 3O6TA 1WWJA 1H75A 5G1LA 1JZRA 1PL1A 3VPQA 4GF0A 3QOUA 3Q18A 3EMXA 2LRNA 2WB9A 2HYXA 2KHPA 4POKA 5LD0A 3I9V2 2GT6A 1SK2A 3GTUA 4TXOB 1EGRA 3UJ1A 3ZMLA 3ERGA 2IJYA 3ZFBA 1G7EA 1JHBA 2P5RA 3SWLA 2YP6A 3E9JB 3CMIA 2DJ1A 5G5FA 1GULA 4LA1A 4RUVA 3N9JA 2ZCTA 2IN3A 1PGTA 1MTCA 4JE1A 1BQ7A 1J08A 1PKZA 3GH6A 1ZYQB 1O6JA 17GSA 3IAM2 1XW9A 1TI1A 2GT5A 4OCEA 1EV4A 3C1RA 2C3TA 2FY6A 6GSSA 4HI7A 3CTGA 3F8UA 4NHWA 5HR0A 1XPVA 11GSA 6GSWA 5HFKA 1MDIA 1B9XC 2P0GA 3GA4A 4D73B 2OA7A 4WBJA 5JCGA 4BA7A 5ECLB 1YKCA 2F9SA 1JLVA 4XS1A 3D22A 5CRWA 3HJPA 1SENA 5EY6A 1SKWB 4K2DA 5G5EA 3M0FA 1K0BA 2XC2A 2WDUA 2FGXA 3C71A 4V1Ap 1BG5A 2LJKA 4Q5FA 2YOIA 1Z6MA 3EMPA 2E7PA 3EC3A 2L5OA 3GL5A 2LRCA 10GSA 1HD2A 1PQNA 2YCDA 1I9DA 3P7XA 4MJCA 3TKSC 2MBSA 3L9SA 2AV4A 3FEUA 4XRDA 3ZYWA 1XWCA 4KE3A 2G0FA 3QCPA 1VF1A 2WS2A 1AC1A 1Y25A 2ALBA 3QDNA 4FH8A 4WR5A 2XPDA 2YWNA 5DALB 5AGYA 2IMIA 3IA1A 2CVBA 1XWGA 4IELA 2BMXA 1SKSB 1A2MA 2VCXA 3F4TA 2GSQA 4MCUA 5LNKe 2H0IA 3KJYA 5ECQB 1X0RA 1WPIA 2C3QA 2PU9C 2JZRA 1GNEA 1QUWA 3F6FA 3W6GA 1R4WA 4OO5A 2WCIA 1ZMAA 1NM3A 2GSTA 1N2AA 3TKQA 4F9ZA 2DMMA 2BJXA 2DMLA 2FWEA 4X0XA 1TXXA 1DE1A 1QMVA 3O76A 4GQFA 4OFMA 2GGTA 2DJ3A 2IPAA 2OADA 4EUYA 20GSA 5IMVA 4XS4A 5KN3A 5B7CA 5A4VA 2WGRA 2PWJA 1QK8A 5ECHB 4IJIA 1GSSA 1XW6A 3G7YA 2PMTA 3KMNA 3RHCA 1PX6A 4KSOA 2YV7A 2YZHA 3LXTA 3GUSA 1UN2A 3TJFA 1FB6A 2X8GA 5AISA 4I2UA 2J9HA 4PNFA 3ZFLA 1ERUA 3MSZA 4WXTA 1NW2A 2YNXA 3J7Yb 3TKSA 4MLYA 1DE2A 3F3RA 2GSSA 4AF2A 1B4QA 5ABRA 1EEMA 3FR6A 3HCZA 2DSAA 5GZZB 4MH2A 1OC8A 4K8MA 4ZBBA 3DKSA 1OAZA 4KA0A 3ZIJA 1J0FA 2YZUA 1TP9A 2M72A 1JFUA 4BWQA 5CP1A 2P31A 3M9KA 3GH9A 1XWBA 2GQMA 3WYWA 1M7TA 2XPEA 4PXOA 4J57E 5CNWA 2RM6A 2YV9A 4AJ7A 3PGTA 3K8NA 4HU7A 2CVDA 2RIIA 3TJGA 4ZXGA 4BPYA 5JWOB 3F6DA 2IL3A 4POMA 1GSYA 2C8UA 5H5QA 3ZREA 1WOUA 4IQAA 4IVFA 2LNSA 1XIYA 5IMDA 2C0DA 4POLA 1X5DA 1T4YA 2OE1A 3QMXA 3A2XA 3Q6OA 1TK5B 5DAKB 1ZL9A 2H6XA 3EWLA 1VF3A 3IXRA 2LTKA 3S9FA 5IMAA 3KIJA 4MJBA 1YKAA 4KCEA 3DRNA 1XZOA 2JU5A 3M1GA 1Q98A 7GSSA 2TRXA 4IBPA 2DJ2A 4ECJA 1O8XA 4J2FA 4LLRA 3BCKA 4EXJA 1EOHA 1OKDA 1U87A 2HNLA 1UA5A 5B6NA 3GSSA 3HDCA 1GSFA 1TRWA 5ECKB 5IOWA 4I2TA 3EU4A 3P8WA 4KX4A 3LYPA 3F0IA 2IMEA 2IMKA 2EIQA 2MYGA 2CV4A 1KBNA 2YWMA 3NIVA 3GMFA 4K9ZA 2HZEA 2FWHA 2PVOC 4LMWA 3MWHA 2E0QA 1GSEA 4FYUA 2NVLA 1Z7RA 3DVWA 4ZL9A 2REMA 3CSHA 4JRRA 2JZSA 2VCWA 1F6MC 1MDJA 2O89A 2F3MA 2C3NA 5IMFA 1PKWA 2OKAA 1VF2A 5CO3A 6GSUA 16GSA 2XHFA 2LV3A 3KXOA 1G6YA 1OYJA 3D4MA 4GLTA 3TB2A 1EZKA 1T8EB 1THOA 1SD9A 1M2BA 2HZFA 1QGVA 3Q74A 2CQ9A 4OO4A 4EC0A 4GSSA 1DSBA 3IDVA 3UARA 2L5LA 3LEFA 2MMZA 1GUHA 3UEMA 1XOBA 3U5RE 3H93A 2YWIA 3APQA 3FW2A 1MD3A 1OVNA 4H86A 1AAZA 5F05A 2K6VA 1JLWA 2H1AA 3ERFA 3GKKA 4HZ2A 1H4OA 3TKSE 2V1MA 3VWWA 6GSXA 1WP0A 2A2RA 3HXSA 5DDLA 4MK3A 5AN1A 1UVZA 3GN3A 2H75A 4V2NA 2ZUPA 4OFNA 2PPTA 4J56E 3M9JA 4DSSB 1M9AA 1SU9A 4NAXA 3VI7A 1FVJA 2R37A 5CAXA 3D5JA 5FWGA 2EIRA 3L9UA 5JWRB 4PQ1A 3P90A 1OC9B 3ZLPA 1A2LA 4EO3A 4MA9A 3I43A 3FR9A 1SYRA 1EP8A 2R6KA 4HOJA 4OFTA 1V2AA 4AGSA 3RAZA 1GLQA 5G1KA 1TU7A 13GSA 3DXBA 1CQHA 4EDZA 3GV1A 1NHYA 5CREA 4ZBAA 1HQOA 3MNGA 5JCUA 2B1LA 4L0WA 3TDGA 1F2EA 2J23A 3C7MA 1V98A 1BJXA 3KCMA 2DJ0A 2PUKC 4HEA2 1BEDA 3UBLA 2TRCP 2LQOA 1JZWA 4HQSA 1TK0B 1F9MA 3VI5A 1ACVA 2DC5A 3TOTA 1AQWA 2FWFA 2YJHA 4XTSA 1VGLA 2QKEA 4HJMA 1URMA 3HZ4A 3APOA 4JZQA 4TR4A 5DVBA 3UVTA 1VRSD 3NOFA 2X64A 2FHEA 1S3AA 2AJQB 3FYGA 4AJ6A 2KLXA 2VCZA 1XCCA 1A0RP 1WJKA 2MMNA 3WT1A 2B7JA 1TJDA 1G6WA 2MMAA 4ML1A 1TRUA 4TXOA 5B6MA 1U88A 1U3IA 3G9BA 4EKZA 5ECRB 4FYCA 3IK9A 2QGVA 2H70A 3GKXA 3C73A 1O81A 2H8LA 3A3TA 1X9MB 3TCOA 3QPMA 4K7IA 4PGTA 3IV4A 4QQ7A 4CDOA 2WRTA 2WZ9A 3WD6A 2H0GA 4EVMA 2LJRA 1T7PB 3QFAC 3WT2A 2DBCA 1M0UA 2H01A 2KOKA 2M46A 4I6XA 4YAPA 2PERA 1SL1B 1FVKA 4FYBA 2VO4A 5DJLA 4L8EA 1BAYA 4D73A 1Z5YE 3LG6A 4V2LA 1EOGA 4HZ4A 1EV9A 3L0HA 4I8BA 3QR6A 2GLRA 9GSSA 1ZCPA 5IO0A 3KD0A 3TOUA 1OC3A 3UVHA 5D8IA 4O32A 2CAQA 4HQZA 2OE3A 4XHMA 4PX1A 3FZ5A 3A2VA 3FY7A 1PRXA 4ZBDA 1FG4A 2HSYA 3PINA 1HNAA 4MJAA 4KDYA 1ML6A 5EVOA 1MD4A 2B6MA 1THXA 4V2MA 1CQGA 1JZOA 3NZNA 3HVVA 5G2ZA 2H71A 4X43A 5GSSA 5AIXA 2XBIA 3E0UA 3MDKA 4O5RA 3TKRA 3KH7A 4ECBA 3PH9A 1XVWA 5DALA 1G7OA 3UIWA 6GSTA 4X1UA 3RDWA 1EGOA 5COHA 12GSA 5ECPB 2O85A 3VWVA 1C72A 1K0NA 3L78A 1USBA 2B1KA 2MMOA 2L4CA 4KDUA 3EU3A 3GURA 5F07A 5IMCA 2B5YA 1E2YA 3RPNA 4PNGA 1RK4A 5CRDA 3DYRA 4E8EA 3J7Yk 5D9XA 4EDYA 4MH3A 2L57A 1QXHA 1F37A 4TN8A 1ZOFA 5C04A 6GSVA 3DVXA 3GIXA 3UAPA 1TI3A 3APSA 4IJ3A 1U6TA 4ISDA 4KSMA 1PSQA 3GYKA 1YF1A 4WR4A 2F8FA 1JZDA 2AB6A 1K0MA 2FD3A 2LKUA 3HJOA 4JR4A 1GH2A 4N0VA 3DMLA 4DEJA 5C00A 1A23A 3G7JA 5F0GA 3ZVJD 2C0FA 1YF0A 4CHSA 1PA3A 1X9SB 5DCHA 4GWRA 4KGIA 3VWUA 2C1YA 4KCAA 1UC7A 2CT6A 1YJ6A 5HFIA 1MEKA 3KH9A 4ML6A 3VURA 1PN9A 3CRUA 14GSA 2HE3A 2RUEA 1T1VA 3GX0A 2CVKA 3TKPA 5F06A 2GZPA 3HZ8A 2AAWA 1SYXA 1OE7A 2LUSA 5D96A 4ZB6A 1RQMA 1TU8A 2PVQA 1FW1A 3ZITA 1FB0A 2FA8A 1N8JA 1K0DA 4TR1B 3GSTA 5D9WA 4EE0A 1Z7PA 2M80A 1S3DA 2EC4A 1XFLA 1A24A 5J4UA 1WE0A 4FO5A 4G19A 5IPGA 3FRCA 3CSJA 3EVIA 3ZZXA 5IOXA 5CRHA 3TJBA 3FHKA 1K0CA 2CZ3A 4GSTA 2VLVA 5ELAA 5DCGA 2HXKA 4MPFA 2L6DA 2OE0A 2R3XA 5J41A 3ED3A 1W89A 4NWYA 5GSTA 4KAEA 1FAAA 3RHBA 4POBA 2ES7A 3L9VA 1GTUA 1K3OA 1HNCA 4MJEA 1A8LA 4K0GA 3BOAA 2CX3A 2X8HA 5ID2B 1SK0A 3ISOA 4ECIA 2NDOA 3F4RA 1TDIA 2VCQA 1YZXA 2I1UA 1GSDA 4BWSA 2MBTA 4QL7A 2CAIA 4I5QA 5DAKA 2OJLA 2VM1A 5FHIA 3E3EA 4P3YB 2GQKA 4IP6A 18GSA 3HKRA 5AIVA 3TRQA 2F8AA 1O73A 2HRFA 4CW9A 2R2JA 2PN8A 2WFCA 4K7OA 2H30A 3ME8A 3LSZA 2H1GA 1QQ2A 3TRXA 3A2WA 2B7KA 2LNTA 1GRXA 4KUNA 4G10A 1T00A 1GNWA 2JACA 2K8SA 3HY2A 3TGZA 3CRTA 3CSIA 2I3YA 1SL0B 5A4UA 5KN1A 1A8YA 4YQMA 3UMAA 3DD3A 2AYTA 3UL3A 3QFBC 4ZIJA 1Z6NA 3WGXA 2JSZA 1PX7A 3D0ZA 2IMFA 3HYPA 2LJAA 1XWAA 2YPMA 4DSRA 1O85A 1GSQA 4FIWA 5EPFA 4AJ8A 4OWYA 3FKFA 3IC4A 4IN0A 4TXVA 4WBRD 4QL9A 2N5AA 4GQCA 4ZB9A 8GSSA 2P5QA 3BJ5A 4N30A 2H74A 3LWAA 5IQYA 4YH2A 3C8EA 1AW9A 4RI7A 3HVXA 3RBTA 5A4WA 3VFIA 1YQ1A 3LFLA 19GSA 4L5OA 3UOMA 1GLPA 2C4JA 4K0NA 1GP1A 3F9UA 1ABAA 3RPPA 1ST9A 1X5EA 5DBQA 1E6BA 1K3LA 2H1DA 1NHOA 2R5GA 2VOCA 2V6KA 3ZVJA 2VLUA 4GRFA 2WULA 1B4PA 4GCIA 1O7UA 4ILFA 5F8BA 2IFQA 2PGTA 3F3QA 1F3AA 2KUCA 1SJZA 1TOFA 2JADA 2PBJA 2GVPA 3FR3A 5G30A 3ZMKA 1Y6EA 2B3SA 1MDKA 2F51A 4ECCA 3FZ4A 2H76A 4TRXA 4KDXA 1TRSA 2GTUA 3LYKA 5KN2A 3VPTA 3GKNA 2H73A 5HR3A 2AHEA 3KTBA 2HLSA 3GTUB 3TRPA 4DSSA 4PQHA 1YDKA 3VLNA 1OE8A 1T3BA 5HQPA 1TK8B 4LL1B 4TVEA 3W8JA 2LQQA 4NMUA 4MDCA 1M2DA 1XXUA 2XBQA 1KNGA 3M8NA 4HS1A 2R4VA 1OC9A 2VM2A 4XIHA 2VD0A 3UBKA 2HRNA 4HU9A 1EWXA 2NTOA 1AIUA 1KEBA 4N11A 3H4KA 5IIZA 2IWTA 4ID0A 3CYNA 3W8SA 5LCZA 2L6CA 3Q19A 2V6OA 3PR8A 4F2IA 2ON5A 3I69A 4KB3A 3CTFA 1K3YA 2VLTA 3HA9A 4IP1A 1X5CA 2MZCA 4NHZA 2QSIA 3GL3A 3BD2A 4YAVA 4Q5NA 3ZL5A 3H79A 3IRAA 3IHQA 1YY7A 4JU5A 4Q5RA 2B5XA 5ECIB 2DLXA 4ZILA 4K1FA 3QD9A 4ZB8A 1EEJA 1G0TA 2L59A 5GAPD 2GZZA 5J9BA 2GZYA 4MP4A 1R26A 3WGDA 4HUAA 2H6ZA 2LEGA 1J9BA 4MZCA 3P2AA 1IYHA 3KM6A 2OBKA 4KNDA 3L4NA 5E59A 3OR5A 2Z9SA 5DJMA 2IMDA 4GXZA 2CX4A 4RQRA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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