The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
7
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sequence length |
74
|
structure length |
74
|
Chain Sequence |
MKRLGKVLHYAKQGFLIVRTNWVPSLNDRVVDKRLQFVGIVKDVFGPVKMPYVAIKPKVSNPEIYVGEVLYVDE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Substrate RNA positioning in the archaeal H/ACA ribonucleoprotein complex.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
guide RNA 1
|
| molecule tags |
Isomerase/rna
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| source organism |
Pyrococcus furiosus
|
| total genus |
7
|
| structure length |
74
|
| sequence length |
74
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-09-30 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Probable tRNA pseudouridine synthase domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2EY4 C; 2V3M A; 3UAI C; 2EQN A; 2HVY B; 2RFK C; 3MQK C; 3U28 C; #chains in the Genus database with same CATH topology 1O3C A; 1UTP A; 2BDA A; 3BTQ E; 2VWO A; 1S6H A; 3A84 A; 4NIW A; 4ZHA A; 3U8R H; 4A1X A; 1OWJ A; 5JDU B; 4HGC A; 2BY6 X; 1TE0 A; 4CH2 B; 1LCY A; 2OP9 A; 2VID A; 2A5K A; 1C5M D; 5A8X A; 2VIW A; 1C2K A; 5DGJ A; 1GMH G; 2YMS B; 3M7U A; 2IPQ X; 5FBE A; 1GJ4 H; 1GJC B; 1TX6 A; 1V2R T; 3PV2 A; 4DIH H; 1C1N A; 2ZA5 A; 1TNL A; 1GBE A; 2ILN A; 1ANE A; 4F55 A; 1GMH F; 1GI1 A; 4Y7B A; 1DXW A; 1WSS H; 5EXL A; 3ENS B; 4X6P A; 3TNS A; 3BIV H; 3M36 A; 3DHK H; 1JXP A; 2OC1 A; 4B71 A; 3UTU H; 1F5R A; 4E06 H; 2FM2 A; 4NA9 H; 2ODY B; 1ANB A; 2KZ4 A; 1MKX H; 1KXC A; 1JOU B; 2YMS D; 1KXE A; 3SUD A; 3MH5 A; 3P8O A; 1AIX H; 2BDC A; 3KYG A; 4OS1 A; 3SNB A; 1C1M A; 3S7H B; 2FTL E; 2GCT B; 1A5H A; 3S9C A; 4WMD A; 1VGC C; 1E1Q D; 4IC5 A; 2B9L A; 1A2C H; 1L1J A; 2OCV B; 1DY8 A; 3MNX A; 1T8M A; 4LZ4 B; 2XBX A; 3M3T A; 1AVX A; 1GJ7 B; 1YPG H; 1AND A; 2BD7 A; 1AB9 C; 2XBV A; 5DP4 A; 2QXH A; 1O5A B; 2J98 B; 3P8N A; 2FI4 E; 2HGT H; 1TON A; 3C1K A; 3OFN D; 1TGB A; 2O8T A; 3EST A; 4RSP A; 1BQY A; 3M7Q A; 1MZD A; 5T6G A; 2TGA A; 3PLK A; 1AWF H; 2JET B; 3HK3 B; 1EAW A; 4CRD A; 1P9S A; 4JZF H; 4IS5 A; 3RLW H; 1HAV A; 2FS8 A; 1GDN A; 1NBM E; 1S81 A; 3PRD A; 1JRT A; 4BTU B; 4FUC A; 3SU5 A; 2OD3 B; 4I8L A; 4AGJ A; 3Q3K A; 4UEH H; 1SG8 B; 1BZX E; 1O2Y A; 3BG8 A; 1ELT A; 3MI4 A; 3Q77 A; 3QX5 H; 3QZQ A; 3A81 A; 4YXW D; 2UWO A; 1DLE A; 1UK4 A; 5EQS A; 2AIQ A; 4YT7 H; 3E90 B; 1IQJ A; 2J92 A; 5C94 A; 1RFN A; 2BVS H; 1BMA A; 1LHD H; 1TGN A; 4MPX A; 2TRM A; 1SGC A; 1PQA A; 4O3T A; 1O33 A; 1K9O E; 1C5X B; 3MFJ A; 3KQD A; 1MD8 A; 4HFP B; 4MPU A; 1LPG B; 4XE4 A; 1TRN A; 1GBT A; 1QNJ A; 1P0S H; 5DK1 A; 1QY6 A; 1E1R D; 2BLV A; 3NRL A; 2AH4 X; 5HM2 A; 3BEI B; 3SI3 H; 1O38 A; 3HGP A; 3E0P B; 2P8O C; 1IQI A; 2IJO B; 1ZGV A; 3QGJ A; 1S0R A; 3TGJ E; 1SMF E; 2A2X H; 2STB E; 3ZZB A; 1UVT H; 3LU9 B; 3SOS A; 1ZSL A; 1Y3V A; 2VVU A; 1K1J A; 3ZVC A; 4INH A; 1ZGI A; 3T5F H; 3RXR A; 1EAT A; 1C9P A; 4IN1 A; 3TIU A; 2WPD D; 1GBH A; 2Z6B D; 3M61 U; 8KME 2; 1P03 A; 1BIT A; 1HRT H; 2ZGH A; 2XC5 A; 1OP0 A; 2UUY A; 4YOG A; 5C0U A; 3BV9 B; 2CHA B; 3RXB A; 4KKD A; 3GYM A; 3TJV A; 1XUH A; 1CBW C; 3FP7 E; 4ZKO U; 4B2C A; 3T28 A; 3PMB B; 3KQE A; 1VCQ A; 2F83 A; 1YCP M; 4UFF H; 2ZP0 H; 1OOK B; 1TQ0 B; 5JBC S; 1MTN C; 3S7K B; 4Y10 E; 1W11 U; 1GJ5 H; 2H1U A; 2NU1 E; 2KFW A; 4E7R G; 1A0H B; 1G36 A; 1W13 U; 1NC6 A; 2QF5 A; 2WV9 A; 1CO7 E; 1MTS A; 1O35 A; 3ZZ4 A; 5ABW A; 3O8B A; 4GLY A; 1WXR A; 1GJB B; 3QLP H; 3OTJ E; 1W0Z U; 2ZQ1 A; 1NTP A; 2BDH A; 1O2N A; 4X1N U; 3W94 A; 2KCY A; 1A46 H; 4IMZ A; 2W5E A; 2ZGB H; 1YPK H; 3KN2 A; 3F9G A; 4AB9 A; 1THP B; 2VIP A; 5FX5 A; 2KR7 A; 1C2E A; 3VXE H; 1O2M A; 1C1Q A; 3RMO H; 2SGE E; 1FY3 A; 1QBN A; 1AFE H; 1ESA A; 1YYY 1; 1ZMJ A; 1QRX A; 1MCV A; 1K1O A; 1UCY K; 1XVM A; 3SO3 A; 3A8A A; 3RXT A; 1V2S T; 2ZHE H; 3E6P H; 4XDE A; 1UMA H; 1V2W T; 1QR3 E; 4Q63 A; 1A61 H; 3FP6 E; 5E2P A; 4AGK A; 3KHV A; 1FLE E; 1AU8 A; 5PTP A; 2BZ6 H; 3ZZD A; 1PPE E; 1Z8R A; 2OC0 A; 5E8E H; 4TY6 A; 1Z7K A; 1PPF E; 2C4F H; 1Y59 T; 2AMQ A; 1MMJ N; 1SFI A; 1W14 U; 3MH7 A; 4X1R U; 1W0K D; 1K0H A; 1CA0 C; 1EFR D; 3PO1 C; 5FHT A; 2TGT A; 1GI4 A; 1CGI E; 3T25 A; 1OP8 A; 5HIY A; 5TCC A; 5A09 A; 2FS9 A; 3SU0 A; 4DJZ B; 3SU6 A; 1QB1 A; 1B7X B; 2FDA A; 4I33 A; 3UAI C; 1ZJK A; 1ZTK A; 3TJN A; 3QGN B; 1FPC H; 1UCY E; 3M35 A; 1QB6 A; 1OX1 A; 2O9Q A; 1P9U A; 1C2J A; 1QIX B; 1QBV H; 5L6N H; 4LZ1 H; 1E0F D; 1V3X A; 1MKX K; 3VPK A; 2ZI2 H; 3F6U H; 2ZFP H; 3MYW A; 1K28 D; 2AYW A; 1ELF A; 2VIN A; 1XX9 A; 2A5I A; 3N99 A; 3RXS A; 2ALV A; 1D9I A; 1EP5 A; 4DVA U; 2IJD 1; 2SGA A; 4U30 A; 7KME H; 1A3E H; 1YM0 A; 5GPI B; 1LVM A; 1AI8 H; 2XC0 A; 3V3M A; 4NFF A; 4IGD A; 1C2I A; 1OWH A; 3SUE A; 1LHG H; 1CGJ E; 3VGC B; 1KDQ B; 2W7U A; 1O3J A; 2J2U A; 1U6Q A; 3FN8 A; 1GG6 C; 2Z94 A; 2M5T A; 2OUA A; 2D1J A; 2FPZ A; 1O2R A; 2G55 A; 1CT0 E; 3LDX H; 4OS4 A; 4NG9 H; 3UNQ A; 2ASU B; 1O2U A; 3UR6 A; 2A4Q A; 2ZHW H; 1BHX B; 2F4L A; 5T6F A; 3R0F A; 3SHA H; 1O36 A; 3DSP A; 4UE7 H; 1QQU A; 2V3M A; 4CRA A; 1TX7 A; 4CR9 A; 1GHY H; 5C3N A; 1VJ9 U; 2Y5G A; 1HJA C; 3MQK C; 1HIA A; 2ZQ2 A; 1AKS B; 4IN2 A; 1P2Q A; 1BHX F; 2CMY A; 4DT7 B; 2Y7Z A; 1VKY A; 4U2W A; 4ZKR U; 4OGX A; 5JBB S; 4K3J A; 1DT2 A; 1MQ6 A; 1ZRB A; 5AHG H; 1WQS A; 1WYK A; 3F2F A; 3A8D A; 1WBG B; 2M2A A; 4NWK A; 2QF4 A; 3LON A; 1ETT H; 4Y8X A; 3E1X B; 1EJA A; 1GI2 A; 1HBT H; 2DUC A; 3TGK E; 1BJU A; 2ZWL H; 3NKK A; 3T27 A; 4HG6 A; 3CNR A; 4J1Y A; 3Q00 A; 5A8Y A; 1P2M A; 1EUF A; 1NFU A; 2HNT C; 1SBW A; 5JB8 S; 1QQ4 A; 4D9Q A; 4AC9 A; 2PUX B; 4ZHM U; 1O3N A; 2EEK A; 1J17 T; 1HDT H; 2Y5H A; 1ESB A; 1CU1 A; 3QDZ B; 2GDD A; 1GCT C; 4R0I A; 3T2N A; 1C1V H; 1GHX H; 1RIW C; 4MVN A; 3B9F H; 2VU8 E; 7LPR A; 1GI0 A; 3LGT A; 3RXP A; 3OEH D; 1V2T T; 2XXL A; 1S6F A; 3AAV A; 3EA9 A; 1S83 A; 5ETX A; 4TT3 D; 4ISN A; 4I7Y H; 5EJL A; 4ZXY H; 2G4T A; 1A3B H; 5EST E; 3DFL A; 1SGY E; 2FEQ H; 1A5G H; 3MH4 A; 5FPY A; 3SV6 A; 1LDT T; 1ETS H; 3BTT E; 3E3T A; 1QL9 A; 2WUB A; 3UR9 A; 4ABJ A; 4ACB A; 1GBD A; 2GTB A; 2BDG A; 2ZU5 A; 1NRO H; 4UFE H; 2R0K A; 3URE A; 1T32 A; 3DCL A; 1SSX A; 3SU3 A; 3BG4 C; 1FIZ A; 9LPR A; 5DN6 D; 1GGD C; 1PJP A; 3TK6 A; 4AFS A; 1NFX A; 1V6D A; 3BTW E; 3EAJ A; 5JB9 S; 5A0A E; 2FLB H; 1IQM A; 4UFD H; 3M37 A; 4ISH H; 4AB8 A; 1G2M A; 1SHY A; 4AYV B; 2F9O A; 5G4B A; 2GV6 A; 1AVG H; 4SGA E; 2BHG A; 5CDF E; 3EGK H; 5DSF A; 4X8V H; 4FUG A; 2C8X B; 4EST E; 1D6W A; 1H4W A; 4JMY A; 4NGA H; 2GKV E; 1GBF A; 5A8Z A; 3MOC A; 3RXG A; 5DPA A; 2A4O A; 2GMT B; 1SB1 H; 2PP6 A; 3QK1 A; 5IYT A; 2ZTY A; 4DCD A; 4B74 A; 3MHW U; 5CMX H; 3ATI A; 4A1T A; 4ZHL U; 4FET A; 4JYT A; 4VGC C; 5C20 A; 1ZPB A; 1P2I A; 2A31 A; 5K0H A; 3RXF A; 2D2D A; 5K7R A; 1EP6 A; 1TMU H; 4DG4 A; 1C5L H; 1EAU A; 3HKJ B; 1FI8 A; 2ZCH P; 4YES B; 2GT8 A; 2FMJ A; 4ACA A; 1ZTJ A; 2ALP A; 1BBR H; 2K8I A; 1EAI A; 2OIN A; 1B0E A; 5F8T A; 3K6Y A; 1HLT H; 1RTK A; 1CSO E; 1FJS A; 5GND A; 2STA E; 3ZV9 A; 4ZKS U; 1QBO A; 1TQ7 B; 1TGT A; 2WSS D; 2WHX A; 4Q7X A; 1AE8 H; 1IHS H; 2KX4 A; 3FOA A; 2P59 A; 4CBN A; 2QXJ A; 3RU4 D; 1D3P B; 4JZE H; 1NFY A; 4O97 A; 2FOC A; 3I77 A; 4D9R A; 1BB0 B; 3Q3Y A; 2CJI A; 3TNT A; 1TAB E; 1ZHM A; 3AAU A; 5DKM A; 4CHA B; 3AW0 A; 4BTI B; 4DII H; 1O3L A; 1Q31 A; 4Y6D A; 1YPH E; 5L2Z H; 1M9U A; 1ETR H; 2OXS A; 1O2L A; 2JIZ D; 5GIB A; 4I8H A; 2B5T B; 2Z9K A; 1W7X H; 3GOV B; 3V0X A; 4XBB A; 4JYU H; 5GXP A; 1N1L A; 5DP3 A; 1P2J A; 1UVP A; 1Z8J B; 1UK3 A; 3OTP A; 1SKY E; 4GUX A; 1LMW B; 1P01 A; 4XRN A; 2ZG0 H; 4JZI A; 2EY4 C; 1GVL A; 1BA8 B; 1HFD A; 1BIO A; 4IBL H; 1S82 A; 2ZFS A; 1MTN B; 2BMG B; 3NWU A; 1Y3X A; 2A7C A; 2TGP Z; 3U28 C; 3RM0 H; 2PKA A; 2QYI A; 3URD A; 1O2V A; 1TX8 A; 1T4V H; 1MH0 A; 2B0F A; 5FXL A; 2XC4 A; 4OS5 A; 5FX6 A; 4ZMA H; 1F0R A; 4M9F A; 1KLI H; 1T4U H; 4WF8 A; 2P93 A; 2G52 A; 1TRY A; 2QXG A; 4ABH A; 5EW1 H; 3G01 A; 1A5I A; 3BEU A; 5F8X A; 4ABA A; 4HTC H; 3SQH E; 3T62 A; 1TNI A; 1OYQ A; 2ZO3 H; 2ZPQ A; 3MU4 A; 3O8R A; 1TNG A; 2BLW A; 1Q2W A; 1C2M A; 2C8W B; 2QE7 D; 2TGD A; 4AFQ A; 1O2H A; 2PKS C; 3VG8 A; 1C2L A; 2SNV A; 1Z1J A; 1MBM A; 2Q6F A; 1HJ9 A; 2WYJ A; 2QF3 A; 5AVD A; 3QWC H; 4NZL A; 1ZR0 A; 3C27 B; 2YNB A; 1O37 A; 5IDK A; 2G4U A; 1O3H A; 4ZUH A; 1IQL A; 1YBW A; 1TB6 H; 1DUA A; 2F3C E; 3SJK A; 1J8A A; 2BQ7 B; 1W7G H; 1UTQ A; 1XUK A; 2OC8 A; 6CHA B; 1A0L A; 4MNX A; 1P2N A; 4B75 A; 1GJ6 A; 2Z7F E; 3OAA D; 1OPH B; 3PWC A; 5C17 A; 1O2K A; 1AY6 H; 2O8W A; 3T29 A; 1JIR A; 3SN8 A; 4KP0 A; 2JJ1 D; 1EPT A; 1BT7 A; 1N8O C; 1Y5A T; 2ANM H; 1BMM H; 2C90 B; 2V7Q D; 2BD9 A; 4X2V A; 2BY9 X; 1D4P B; 4WVP E; 5DP8 A; 2A32 A; 3GY4 A; 3ODD A; 6GCH G; 2H5C A; 1TGC A; 1GVZ A; 1T8O A; 4ABI A; 3GY3 A; 4NCY A; 3RP2 A; 2UUJ B; 1NPM A; 3IG6 B; 3GCO A; 5KED A; 4RN6 A; 2WIN I; 3OY6 U; 1WU1 A; 6GCH F; 1BTU A; 2H6M A; 4Q2K A; 4UFG H; 2G8T A; 1LPZ B; 2XW9 A; 1RD3 B; 4R8T B; 1P2K A; 1NRN H; 4GSO A; 2OBO A; 1AFQ B; 3A7W A; 4XBD A; 8GCH G; 1TMT H; 1FY5 A; 4NIV A; 5SGA E; 5C1Y A; 1RGQ A; 2VIQ A; 5FL7 D; 3KQ5 A; 1W2K H; 1CT4 E; 4Q7Y A; 4ABE A; 3S0N A; 2JH0 D; 3MNC A; 1SGI B; 3UQV A; 1ABJ H; 1DDJ A; 2Z9G A; 3BTH E; 4AFU A; 8GCH F; 1RTF B; 1GI7 B; 2H9H A; 3A82 A; 4Y79 A; 1IOE A; 4AG1 A; 1ZTL A; 1SLU B; 4A7I B; 3ZZ7 A; 2Q6G A; 3A7T A; 1OSS A; 1FNI A; 2ZGX H; 1DUE A; 1J16 A; 4MLF B; 1N6X A; 1O3F A; 4OGY A; 4TY7 A; 2A7H A; 1SQR A; 2ZZU H; 2PLX A; 3TK9 A; 2WPK S; 1W0Y H; 4WWY A; 1BTW A; 3RU4 T; 1V2O T; 3BF6 H; 2ANY A; 1C1O A; 1ABI H; 2F91 A; 3EE0 B; 5A0B A; 3BTK E; 1C2G A; 3MO3 A; 3QTV H; 5HIZ A; 1ELD E; 1TNH A; 2VNT A; 2BD4 A; 1MUE B; 1MAB B; 3RML H; 1O5B B; 3RXA A; 3LPR A; 2H2Z A; 1BBR K; 2KAI A; 2OC7 A; 3PLP A; 3EE7 A; 3MNS A; 3Q3X A; 2W3K A; 4AFZ A; 3VFE A; 3RXK A; 1SQO A; 4DW2 U; 3D65 E; 2ULL A; 4K2Y A; 3RXL A; 1P12 E; 1UTO A; 1NRP H; 5BRR E; 3I78 A; 3MMG A; 4JZ1 A; 1GCT B; 2PFE A; 1RIW B; 1GHZ A; 4ZAE A; 2A4R A; 2HLD D; 1MKW H; 3A7X A; 5FCR A; 3H09 A; 1GL1 A; 2FX4 A; 3LGI A; 2J97 A; 1QCP A; 2HNT F; 1C5Y B; 1FN6 A; 1GBI A; 2ZPR A; 1DS2 E; 1GI8 B; 4ISL A; 2C8Y B; 1SQT A; 3RDZ A; 3MU8 A; 3ITI A; 1AHT H; 1LHC H; 2NU2 E; 1WV7 H; 3S9A A; 3SGA E; 1EPT C; 1K1I A; 3PB1 E; 2BX4 A; 1LVY A; 1AMH A; 1FY4 A; 5EOK A; 2ZU3 A; 2GD4 B; 4I8G A; 3SI4 H; 1BBR E; 4FUI A; 1BOQ A; 1MU8 B; 2VWN A; 5FPS A; 1O3M A; 2CF9 H; 2LEL A; 1DWE H; 5CE1 A; 1EST A; 2VIO A; 3ZVD A; 1KXD A; 3MO9 A; 1QA0 A; 4X2W A; 1XM1 A; 3F2H A; 1K1L A; 1THR H; 3U8O H; 2Z3D A; 2C8Z B; 1C4V 2; 1EB2 A; 3BG4 B; 3M5N A; 1H1B A; 3A87 A; 5EXM A; 6LPR A; 1GGD B; 4ZRO A; 5T6D A; 1TOM H; 1ZLR A; 5CHA C; 2RA3 A; 4FUD A; 2VBC A; 3SJ8 A; 1TMB H; 4BAQ B; 1IQH A; 1MQ5 A; 1SGR E; 4CRE A; 1B0F A; 1GCD A; 4AOR A; 1UTM A; 2V35 A; 3P92 A; 1VJA U; 1DLK B; 5GDS H; 3H5C B; 4INL A; 5E0G A; 1D3T B; 1HAH H; 4FU9 A; 2A45 B; 1SLV B; 1O30 A; 1P05 A; 2GT7 A; 3D23 A; 2YOL A; 2CF8 H; 2YNA A; 3PV5 A; 2A4G A; 2BDB A; 3GCH B; 1ACB E; 1C5Q A; 4X8T H; 1O2I A; 4ABF A; 5EPY A; 3RXO A; 4AN7 A; 1MCT A; 4Y71 A; 4TPY A; 3PTN A; 1O5C B; 1YPM H; 1W0J D; 2V3H H; 4D76 A; 3QZR A; 2AGG X; 1P3C A; 1SPJ A; 2P95 A; 3SGQ E; 3RLY H; 1PPG E; 1F0T A; 3ZYD A; 5AF9 H; 4Z6A H; 3UY9 A; 1QTF A; 1O3A A; 1CHO G; 3MWI U; 3O8D A; 1BRU P; 1MZA A; 1O3K A; 1UVS H; 1C1W H; 2G00 A; 4TSF D; 1GJ8 B; 2BDI A; 2RFK C; 1EQ9 A; 2FOM B; 3N7E A; 1FIW A; 2P3U B; 1NZQ H; 1P8V C; 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