2V2GA

Crystal structure of the c45s mutant of the peroxiredoxin 6 of arenicola marina. monoclinic form
Total Genus 71
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
71
sequence length
220
structure length
220
Chain Sequence
GITLGEVFPNFEADSTIGKLKFHDWLGNSWGVLFSHPRDFTPVSTTELGRVIQLEGDFKKRGVKLIALSCDNVADHKEWSEDVKCLSGVKGDMPYPIIADETRELAVKLGMVDPDERTSTGMPLTCRAVFIIGPDKKLKLSILYPATTGRNFSEILRVIDSLQLTAQKKVATPADWQPGDRCMVVPGVSAEEAKTLFPNMEVKAVPSGKGYLRYTPQPKS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords PEROXIREDOXIN 6
publication title The Crystal Structure of the C45S Mutant of Annelid Arenicola Marina Peroxiredoxin 6 Supports its Assignment to the Mechanistically Typical 2- Cys Subfamily without Any Formation of Toroid- Shaped Decamers.
pubmed doi rcsb
source organism Arenicola marina
total genus 71
structure length 220
sequence length 220
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2007-06-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
A PF10417 1-cysPrx_C C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.1020.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2 Antioxidant, Horf6; Chain A, domain2 2v2gA02
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2v2gA01
1YKCA 2E2GA 2B7JA 4EDZA 2XC2A 1TU7A 4LMVA 2QGVA 1Q98A 3BOAA 2HYXA 1I9DA 2VCTA 2A2SA 1U3AA 4GQCA 4GTUA 2JADA 1GLQA 3M1GA 2WS2A 3C1SA 5HFKA 3UBKA 1GSFA 3Q74A 2VLTA 1EGOA 1PMTA 4AJ7A 5LCZA 3EWLA 3KTLA 4EF0A 5DCGA 1VF4A 1Z9HA 3ZIJA 2RUFA 5AISA 3GL3A 1ILOA 2YJ7A 1F3BA 5EPFA 1SKSB 4MPFA 4GCIA 5IMCA 2C0FA 4MCUA 3KD0A 1WJKA 1QXHA 1QGVA 4FYBA 4RI7A 3I43A 1YF0A 2B3SA 2K8VA 1R5PA 4MDCA 4PQHA 2MBTA 4TW5A 1GLPA 3QR6A 10GSA 3QCPA 4ECIA 3SBCA 3HD5A 1XIYA 1MDIA 2VL9A 2VCZA 3MNGA 1GSUA 2HNLA 4ULXA 2EIOA 3UL3A 3IR4A 1JFUA 3ZITA 1GSYA 4V2NA 2WJUA 4QL7A 2HFDA 3UAPA 2GZPA 4IW9A 2C3NA 2LTKA 1LU4A 2GT6A 5ECMB 4ID0A 1ACVA 1TTZA 1UA5A 2HT9A 5F8BA 3EU4A 3HYPA 2FWHA 1HYUA 2VL3A 3IDVA 2DMMA 1BJXA 1R5AA 1MTCA 4G19A 2NBSA 3EVIA 3LFLA 3ED3A 4K0NA 3DWVA 1WWJA 3GTUA 2X8GA 2VLVA 2LEGA 3W6GA 5KEJA 1ERUA 1FW1A 2HZFA 3EU3A 4GWRA 1OKTA 2H70A 2WDUA 2H6XA 3QFBC 1BYEA 3Q19A 5A5KA 1Z3EA 2IMDA 3LGCA 4G9HA 3W8SA 1ERTA 2NTOA 2V32A 3HDCA 3MAKA 2ES7A 3KP8A 3VWUA 2VM1A 2YWOA 1GH2A 2LJKA 3GTUB 5DQYA 4Q5RA 1EGRA 3HJOA 2L5OA 3GX8A 1K0BA 3APSA 2NDOA 4GSSA 3FZ9A 4TR1B 4YAVA 2N5BA 2VIMA 5D9XA 2OE1A 5L71A 2VO4A 1JLWA 1SD8A 5IOXA 3VPTA 2DBCA 2VOCA 3DIEA 4IJ3A 4HI7A 1EV4A 1PL2A 1QQ2A 4EL1A 1AXDA 3EMPA 2GSTA 3G9BA 4RQXA 2IL3A 3BBYA 4ECBA 2RUEA 3VI7A 2ON7A 4I2TA 1IYHA 1V98A 2REMA 3O6TA 3IK9A 1ZOFA 4WETA 2LRNA 3EURA 4HS1A 3FR9A 4DSQA 1IYIA 3SWLA 3IC4A 2WULA 5F07A 2PMTA 4ZILA 1RW1A 3O76A 4I5QA 1SYRA 4Q5QA 3DKSA 1DBYA 1S3AA 5ECIB 2AYTA 3KJYA 2GTUA 5C04A 5IMDA 5IPGA 3UVTA 1H4OA 2H01A 3FZ5A 5IMVA 1FB0A 4LL4B 4OFTA 1K0OA 2JZSA 3TJJA 1ZMAA 3GV1A 2I81A 3VFIA 3F6DA 1GTBA 4POLA 4EE0A 2C0DA 4JR6A 3FHKA 1CQGA 2KP2A 2XPDA 1GSQA 1SJIA 4FIWA 3D6IA 3F63A 2O87A 1JZDA 4POBA 1U88A 3I9V2 1R26A 2L5LA 4WF5A 2DMLA 4WKWA 5D73A 4PXOA 2HRNA 3GNJA 1MEKA 4TR0A 2YWNA 4JRRA 2DJJA 1TXXA 1V40A 5A4VA 2L59A 2ZCTA 3W8JA 4EC0A 1HNCA 1OAZA 1XVWA 1SL0B 2HRFA 1YF1A 4F03A 3C71A 4RUVA 4PURA 2OBKA 1R4WA 5IMAA 2HE3A 2H1BA 1I5GA 5DVBA 4HUAA 2O85A 3OR5A 5D9TA 3EE2A 3TUEA 4TXOA 1RK4A 1Y6EA 4YQVA 4GF0A 1AQXA 2H0IA 4TN8A 2D2ZA 2H8LA 4BWQA 1YKAA 1A2JA 2DJ0A 2IIYA 2DLXA 4N0VA 2PERA 1XWBA 2F3MA 3UBLA 2VM2A 1A8LA 3WGDA 3IBHA 4BVYA 1BQ7A 5F06A 2I9HA 2JU5A 3GH9A 4IQAA 4EDYA 1ZCPA 1WE0A 4TXOB 2B1KA 4L8EA 1OYJA 2M72A 5ECPB 3L4NA 13GSA 2LS5A 1HNAA 3I6AA 5CP1A 2FUG2 2B1LA 3RPNA 5DJLA 5F0GA 2F51A 4KDYA 2H72A 2NPBA 3LXZA 5D9VA 3WGXA 4NV2A 3GSSA 1GTIA 1ZGNA 2V6KA 2EC4A 1GRXA 5G1LA 2AJQB 1C72A 2GGTA 1XBSA 4MLYA 2HXKA 4MH3A 3PGTA 4L0WA 3DEXA 4GLTA 1AC1A 4ZL8A 4ECJA 2L6DA 3APOA 4GXZA 5H5RA 2YANA 3M8NA 8GSSA 2IMFA 4TOPA 1AW9A 4IP1A 2DSAA 2L4CA 1VGLA 5ECQB 18GSA 4CW9A 2LRCA 1FB6A 1BEDA 3FKFA 1GUHA 2IMEA 3QPMA 2PBJA 3LG6A 1OC9A 3FRCA 1PN9A 3US3A 1K0CA 5ID2A 3PINA 4EUYA 1RQMA 4HJMA 3WT2A 1GUKA 3HVSA 1YQ1A 2YJHA 1O73A 2FD3A 2VAFA 2XHFA 5FT3A 4OCFA 1M99A 5B7CA 4ZB8A 3E0UA 1T3BA 1SU9A 1XWKA 3TOTA 3MDKA 1SL2B 1OC9B 1FVJA 5FHIA 5ID2B 1A0FA 1M2BA 4HQSA 4AJ6A 4IVFA 2J23A 1HQOA 3KMOA 3DYRA 5CNWA 2F8AA 3D22A 1WOUA 3QOUA 2G2QA 2X8CA 2H71A 1SKRB 3KEBA 1MDJA 1R7HA 3N9JA 1TRSA 1X9MB 3VPQA 3KH7A 5COHA 4ZL9A 1SKWB 1B9YC 4Q5NA 4O32A 3ZZXA 2JL4A 1X9WB 1TDIA 1WRYA 3GFKA 2IN3A 3ZFLA 16GSA 6GSYA 2AB6A 1UC7A 2K8SA 2N5FA 5KN0A 4XRDA 1OKDA 2FY6A 5E59A 2VL2A 4MZCA 6GSWA 3G7JA 4HU9A 1TRVA 4WR5A 1DSBA 1DUGA 3KP9A 3DGQA 1M7TA 1S3DA 1EEJA 4ZIJA 3TRQA 4TRXA 2MMNA 1VF2A 3VLNA 1NSWA 5CRWA 3TJFA 1F37A 5ECHB 1FO5A 2LSTA 11GSA 4OO4A 3P2AA 2C0EA 2I3YA 5LD0A 1TI3A 2I1UA 4WBJA 3IA1A 3D4TA 1XOBA 2HLSA 3H79A 4EXJA 1KNGA 2CVKA 1OC3A 3MSZA 2FWGA 1FOVA 17GSA 14GSA 1VF1A 3TOUA 5HR2A 4MK3A 3H4KA 1TK0B 5D93A 1XWGA 3HXSA 4I2UA 1A2MA 3GKXA 3TKPA 5CYYA 3UEMA 2IJYA 1WP0A 4DSSA 4NXIA 4Q5FA 1OE7A 1XFLA 2LJRA 2IPAA 2HSHA 3QAVA 4N30A 5IQYA 3VWWA 1UN2A 1ERVA 1X5DA 5CAXA 3F3RA 4XHMA 2M46A 2MMOA 3LEFA 4F0CA 4XS4A 5KN1A 1A2LA 3Q18A 4GRFA 5DBQA 4XIHA 1T8EB 2YCDA 1EZKA 2YZHA 2R6KA 5E4WA 5G31A 3BCIA 4DSSB 1ERWA 2PPTA 1TKDB 3ZIVA 1AUCA 3GKMA 1FAAA 3BCKA 2F8FA 1SYXA 2TIRA 2FA4A 3QAGA 2IMIA 4N0ZA 4XS4B 1GSSA 4KCEA 5CRDA 4IP6A 3S9FA 1MD4A 1V58A 1X5CA 3TKSA 1EP8A 4JBBA 5AN1A 2DJ3A 4OMVA 1EV9A 4HOJA 4KSMA 4TR1A 4LA1A 1K3OA 1JHBA 2VD0A 1DE1A 2GQMA 3F4SA 2KUCA 5IO0A 4F2IA 5ENUA 2IWTA 4ISDA 2VCXA 3LQ7A 3UIWA 2ON5A 1GSDA 3AY8A 2GDRA 2DC5A 3A2VA 5A4WA 2DIZA 4K9ZA 4V2LA 3ERFA 3K8NA 4TR3A 1EOHA 12GSA 6GSUA 4XRAA 4K1FA 2O89A 3M3MA 3HZ8A 3WGEA 2DJKA 3LJRA 1SJZA 4MF7A 3NOFA 3F6FA 4YAPA 3ZREA 2K18A 5GSTA 4K7IA 1XWCA 4QL9A 2CVBA 3HJPA 2PWJA 5EVOA 2EIRA 4ZBDA 1B9XC 1URMA 6GSTA 4F9ZA 2GQLA 2DJ1A 3P8WA 1U87A 4K7OA 4FYUA 1O8WA 5CREA 1W4VA 3ZVJD 3L0HA 3CSIA 2B5XA 4FYCA 5ECOB 2FWFA 3HVVA 4ML1A 2LQOA 1HD2A 3L9VA 4XS1A 5HR0A 3J7Yk 1H75A 4PX1A 1TRWA 3FR3A 4IJIA 2AAWA 1G6YA 4IN0A 1XOAA 2OBIA 2XPEA 5GAPD 3M9JA 1J9BA 3CRUA 1OVNA 1O7UA 2PGTA 3DXBA 5HFGA 4TR4A 2H30A 4HU7A 1VF3A 3CMIA 4OWYA 3TJGA 3DVXA 2YZUA 4NWYA 3D0ZA 3LSZA 3TJKA 2YWMA 2XBQA 3M9KA 1GL8A 1O85A 2GT5A 1GSEA 2MBSA 4OCEA 2AHEA 2VL2C 5B8AA 5HR1A 4YQUA 1NW2A 2X64A 1OE8A 4XS6A 3DRNA 3C1RA 1B48A 2L6CA 3WD6A 4V1Ap 4KX4A 2B6MA 5IMFA 4TXVA 2H73A 1A23A 4ILFA 1Z6NA 3TKQA 2KHPA 3RHCA 3HZ4A 2VCVA 3GN3A 3ME8A 1TOFA 3C73A 3RBTA 3HKRA 3RPPA 2DIYA 1GTAA 5ABRA 3CTGA 4KH7A 4TVEA 4EVMA 1EP7A 4XCSA 2A2RA 3QFAC 5B6NA 5JWOB 4POKA 2GSSA 3ZTLA 3HCZA 1UVZA 4DEJA 3G7YA 2GSRA 2PVQA 2RLIA 2OJLA 1AQWA 2WB9A 22GSA 1SK2A 3KXOA 5H5SA 4AF2A 1LBKA 2HI7A 1E6BA 4J57E 5KN2A 4OFMA 4E8EA 3A3TA 1KEBA 2E2MA 4F82A 3KMNA 4ECCA 2CVDA 4XTSA 3LXTA 4BA7A 2CT6A 1YEXA 4QQ7A 4O7HA 2VCWA 3U6VA 2PUKC 3CBUA 2OADA 1YY7A 2H75A 4FO5A 1PGTA 1ST9A 2CZ2A 2YWIA 2A4VA 2CQ9A 4DSRA 1YDKA 3IK7A 2QSIA 5DALA 3QD9A 2H1DA 4BWSA 1Y25A 4NPBA 1N2AA 3TDGA 3F0IA 1A24A 6GSVA 4NMUA 5ECLB 2X8HA 5DAKA 3GA4A 2WGRA 1XZOA 2LUSA 4HZ4A 3F4RA 3TKSC 3O3TA 3HHVA 1K0AA 2CZ3A 1PRXA 3GH6A 3ERGA 2LQQA 1USBA 5DALB 3C7MA 4GQFA 1TK8B 1QK8A 3DMLA 5G30A 4ZB9A 1U6TA 2O8VB 2PU9C 2V1MA 5DAKB 5J3RA 1Z7RA 4NAXA 4KNDA 4KGIA 3V1WA 3ZLPA 1W89A 2PVOC 4MF5A 4NHWA 1QUWA 2CA8A 3KIJA 2L4QA 1GULA 1G7OA 5GZZB 3KGKA 1M2DA 4KB3A 3I69A 4MJEA 4IKHA 3GIXA 3M0FA 3A2WA 2TRCP 1GP1A 3CYNA 1K0DA 5DJMA 3TGZA 5FWGA 1SL1B 2RM6A 3TKRA 5IOWA 3GKNA 1SJ6A 1GWCA 4K6XA 5D96A 1AQVA 4MABA 4PQIA 1V9WA 3GSTA 1TI1A 1X0RA 3GMFA 4YQMA 1T7PB 4MZBA 6GSSA 4MJBA 3IPZA 3FZ4A 1KTEA 3ZMLA 1S3CA 5J9CA 1K3YA 2JSYA 3F3QA 4JZQA 4PUAA 1M0UA 1FG4A 2C8UA 2C80A 1F3AA 1NM3A 2VLUA 1THXA 1G6WA 2C3QA 2OE0A 3RDWA 3IE3A 3UJ1A 1MD3A 5EL8A 4ZB6A 4I8BA 4MJCA 3ZYWA 1O8XA 4PNFA 2AUVA 2CX3A 3F4TA 3FY7A 3WT1A 1PA3A 5G5FA 3P7XA 1ZZYA 2CV4A 4KA0A 4V1Ag 2AV4A 2FHEA 2FGXA 2LNTA 2QKEA 4NV5A 2GZYA 5C00A 3TCOA 2DJ2A 4KE3A 1PL1A 1A0RP 4MP4A 4OO5A 2ZNMA 1VRSD 2BMXA 3HY2A 5HR3A 4N11A 4POMA 1TRUA 4MPGA 5JWQB 3N5OA 4OD7A 1QFNA 4TKYA 4F0BA 5HQPA 3U5RE 3R2QA 4JR4A 5CO3A 1DE2A 4NHZA 5IM9A 4IS0A 1V2AA 5AGYA 3C8EA 3FZAA 2IFQA 3HA9A 4KDXA 5J5NA 3H8QA 5G5EA 1JLVA 4X1UA 3CXGA 2WRTA 1F6MC 4CHSA 1NHOA 2R5GA 4MJAA 2C4JA 4KCAA 1SK1A 3KZQA 5ELGA 2IFQB 3L9UA 3LYKA 3ME7A 4J2FA 3QAWA 1O81A 2PN8A 4HZ2A 4MMMA 3HJMA 3KTBA 5IO2A 1J0FA 2E7PA 1U3IA 1WPIA 4BL7A 5ELAA 3HVXA 1EOGA 2B7KA 3FW2A 3UVHA 2YP6A 2ALBA 3DD3A 4K0GA 4MA9A 1OC8A 1ON4A 2TRXA 4LMWA 3DVWA 3ZRDA 1FVKA 2OKAA 2GSQA 4WXTA 2GVPA 1TK5B 1T00A 2KP1A 1BG5A 3APQA 1TP9A 2IMKA 4BVXA 1YZXA 1EWXA 4L5OA 3ISOA 3VWXA 1EEMA 3IOSA 3GL5A 3GUSA 2YV7A 1XW9A 1TW9A 3RAZA 6GSXA 2H66A 5J9BA 5CRHA 2B5EA 5AIVA 2I4AA 3ZFBA 4ZXGA 5IMZA 2OACA 2GS3A 4DVCA 4AJ8A 7GSSA 1SK0A 3JCML 2MYGA 2NVLA 1J08A 1V57A 2HZEA 1GNEA 1XWAA 3TKSE 1XW5A 4Z7XA 4GSTA 2H74A 2B5YA 1XCCA 1BX9A 2VD1A 3IXRA 1B8XA 1M2AA 1N8JA 5D9WA 4K2DA 3Q6OA 2F9SA 4P3YB 3RHBA 5JCWA 9GSSA 2YV9A 2YNXA 1FHEA 2HZEB 4D73A 2YN1A 4KDUA 2JACA 3GX0A 3KM6A 3FR6A 5LNKe 1T4YA 2FWEA 2H6ZA 3GKKA 3EC3A 2VUPA 1NHYA 1PX7A 2JZTA 4IBPA 3CSJA 1XPVA 5ECSA 2MMZA 1E2YA 1M9BA 5IIZA 3E3EA 3IHQA 4D73B 4V2MA 4KAEA 5ECKB 2LNSA 2R37A 1QMVA 2CX4A 1K0NA 2RIIA 4WEYA 1YJ6A 4JU5A 1ML6A 1X9SB 2GLRA 4IGJA 4K7NA 1AIUA 4MF6A 4WR4A 2GZZA 1PSQA 1TJDA 2V41A 2C1YA 1PKZA 2R2JA 3L9SA 3L78A 3QDNA 4PQ1A 4O92A 4WBRD 2C0GA 5F05A 1T4ZA 1MDKA 3ZVJA 5DQSA 3ZMKA 4KUNA 2KOKA 4KSOA 2H6YA 1ZYEA 2R3XA 2V6OA 5B8BA 1F9MA 2P5RA 4ACSA 4BPYA 1K3LA 3E9JB 2LRTA 2KLXA 4E8HA 5G2ZA 3G7IA 3UOMA 3IRAA 4L0UA 1PD21 1Q4JA 2OE3A 2EIQA 1F2EA 5ECRB 3VURA 1X5EA 4IHUA 3J7Yb 2M80A 2H1GA 1A8YA 3D21A 4WF4A 3UMAA 5DDLA 3VI5A 2Z9SA 1O6JA 1AAZA 3A5WA 3F9UA 1PX6A 5ECNB 1GUMA 5JCUA 1XXUA 2LJAA 4HEA2 1G0TA 3GRXA 3H93A 3NIVA 2P5QA 4HQZA 3PR8A 2CAIA 4PUFC 3CSHA 1B4QA 1ABAA 3H1NA 2O7KA 1Z5YE 4J56E 2P0GA 1CQHA 1GNWA 5JWRB 2YPMA 4FH8A 4LL1B 1GTUA 5J41A 5D8IA 2E0QA 1Z7PA 2FA8A 1SD9A 1THOA 4N10A 5IPHA 5EY6A 1HNBA 2JZRA 1TU8A 2WCIA 4GSNA 3FEUA 3IV4A 4PGTA 3MWHA 3D5JA 4KW6A 2VCQA 3LORA 2BJXA 2MMAA 3LYPA 3VWVA 3KCMA 4IELA 2FLSA 1ZYQB 3BD2A 2XBIA 4O5RA 2K6VA 2LV3A 5CRGA 2G0FA 4RI6A 4K8MA 3UARA 3D4MA 2N5AA 4RQRA 5A4UA 4JE1A 20GSA 4HJ2A 4AGSA 1B4PA 5JCGA 3A2XA 4ML6A 5G1KA 4EO3A 3TRXA 2C3TA 2X99A 3WYWA 3GURA 1ZL9A 5KN3A 2OA7A 2FCHA 3IAS2 5HFIA 2V2GA 4MZWA 2WZ9A 5GAND 1T1VA 2H76A 3GHAA 3IAM2 4OFNA 2MZCA 1KBNA 5AIXA 3ZL5A 1JZRA 1JZOA 2BTOT 5J4UA 5B6MA 2YOIA 2L57A 3GYKA 4X0XA 3CTFA 3CRTA 4ZBBA 4L5LA 5INYA 2K9FA 4PNGA 2LKUA 3PH9A 2RM5A 2H19A 2HSYA 2GQKA 3EYTA 1K0MA 3EINA 1XVQA 3FK8A 3FYGA 4ZBAA 5H5QA 3ERWA 3QMXA 3P90A 4G10A 4CDOA 1WIKA 3NZNA 4I97A 2P31A 5DCHA 4ZL7A 2JSZA 4MH2A 2WFCA 3KH9A 4HDEA 19GSA 2FNOA 2H0GA 2R4VA 1XW6A 3VK9A 2J9HA 3TB2A 1JZWA 2H0HA 2QC7A 4IQ1A 4X43A 2CAQA 1BAYA 3F8UA 4LLRA 3TJBA 4YH2A 1PKWA 2H1AA 1SENA 1WMJA 3LWAA 4G2EA 5GSSA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
...loading similar chains, please wait...
How to cite