2VL3A

Oxidized and reduced forms of human peroxiredoxin 5
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
SAPIKVGDAIPAVEVFEGEPGNKVNLAELFKGKKGVLFGVPGAFTPGCSKTHLPGFVEQAEALKAKGVQVVACLSVNDAFVTGEWGRAHKAEGKVRLLADPTGAFGKETDLLLDDSLVSIFGNRRLKRFSMVVQDGIVKALNVEPDGTGLTCSLAPNIISQL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Crystal Structures of Oxidized Forms of Human Peroxiredoxin 5 with an Intramolecular Disulfide Bond Confirm the Proposed Enzymatic Mechanism for Atypical 2-Cys Peroxiredoxins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PEROXIREDOXIN-5
molecule tags Oxidoreductase
source organism Homo sapiens
total genus 49
structure length 162
sequence length 162
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2008-01-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2vl3A00
2I81A 2LRCA 2V41A 1B4PA 3C8EA 2YPMA 1AXDA 2FWGA 1WWJA 5DQYA 1BYEA 2AJQB 2IN3A 3TGZA 5KEJA 2EC4A 3VWWA 2BMXA 1ST9A 2FWHA 2OJLA 1XWAA 1CQGA 4BA7A 6GSXA 3DMLA 2FD3A 3FEUA 1A8LA 6GSTA 5EPFA 2DMMA 14GSA 2O87A 3ZL5A 2L4CA 1TXXA 3LSZA 1SU9A 2GDRA 1GTAA 4AJ6A 2PMTA 1FVJA 4F0BA 1KTEA 5IMFA 5HFGA 1AW9A 3BCIA 2IFQA 3FR9A 5CRWA 3C1RA 3NZNA 4G2EA 1GH2A 4WETA 1V40A 3WGDA 4EF0A 4MF6A 1K0NA 2L5LA 4ECIA 10GSA 4IP6A 3VPQA 1PGTA 1Q98A 2PBJA 4IELA 2MMOA 2QKEA 1XVQA 3RHCA 3LQ7A 2C0FA 1F2EA 4OD7A 4WBRD 3RPPA 3O3TA 2GTUA 2LJAA 4FYUA 2X8CA 1J0FA 2YN1A 2YZHA 1RW1A 2A2RA 2FGXA 1A24A 2GT6A 3H79A 4TR1A 1VF3A 4J2FA 5IPHA 2DMLA 1ZL9A 3EMPA 3LEFA 4IQ1A 1F37A 16GSA 2V6KA 4XS4A 5DALA 3ZMKA 2B5YA 17GSA 2R2JA 5ID2B 3LYPA 2VM2A 1AQXA 3ZZXA 4Q5QA 2WJUA 1VF4A 2YWNA 3L78A 4TXOA 3VI7A 2QGVA 3F4RA 2F8AA 3L9UA 3L4NA 3HJPA 2CV4A 3ZITA 4P3YB 4JZQA 2OACA 9GSSA 3FW2A 1GNWA 3J7Yk 2M80A 4ECJA 3LXTA 2DBCA 1TW9A 4TR4A 1TP9A 4BPYA 4I97A 4MPFA 2LQOA 4XHMA 3EU4A 1A2MA 4L8EA 1TI3A 5D93A 4TR3A 4X0XA 1GNEA 4K2DA 5IMVA 4RQXA 4PX1A 1JZRA 4GLTA 2G2QA 3D22A 2H6ZA 3GKXA 4HDEA 2HXKA 4G19A 4JEDA 19GSA 4ULXA 1GUKA 4NV5A 1GSDA 2TIRA 2JL4A 1XWBA 3DKSA 1K0AA 1X5DA 1A8YA 1E6BA 4LA1A 4WBJA 4K9ZA 2J23A 4F0CA 4MF7A 4V1Ap 5F06A 3IC4A 5B7CA 4HS1A 3APSA 5ECLB 2VLVA 2VCVA 1ACVA 3UMAA 2IFQB 1GL8A 2GGTA 2M72A 4N0VA 2B7JA 3G9BA 1RQMA 2YV7A 3LJRA 3GH9A 1JZWA 2H1AA 5J9CA 1A23A 3QCPA 1X5EA 2MZCA 3UJ1A 2R3XA 2WFCA 5ECQB 5JWQB 1K0OA 3F4TA 1AIUA 4OMVA 3TKPA 4PQ1A 3TRPA 2B1KA 3D4MA 1YF1A 1MDJA 1LBKA 3HJOA 5COHA 4IVFA 4IW9A 3CTFA 5IQYA 1SD8A 5L71A 5DCHA 3ERFA 4WXTA 4TR1B 2X8HA 4AJ7A 3P8WA 1DE1A 1PKWA 1GSQA 1EGRA 3ERWA 11GSA 4K6XA 3RBTA 1MDKA 2H19A 1UC7A 4XS4B 2O89A 4EE0A 3CSHA 2B5XA 5DALB 5ELGA 4EVMA 1X9WB 3WGXA 1K3LA 5HFIA 4TXOB 3GX8A 5G5FA 18GSA 3L9SA 5D96A 1URMA 1W89A 5DVBA 3EWLA 3GV1A 3G7YA 2HE3A 4D73A 2LNSA 2GVPA 2H01A 3E9JB 3U5RE 1ERUA 2C0GA 5DQSA 2XPEA 4IN0A 5IM9A 4NPBA 2YWOA 4IJ3A 2H70A 3VURA 1PN9A 4HQZA 1QUWA 4YQMA 3FR3A 4LL4B 3I6AA 3F9UA 4MJBA 1ERVA 3TDGA 1R26A 1WRYA 3APOA 3GX0A 4IP1A 3WT1A 1WPIA 2RUEA 4EUYA 2PERA 3HD5A 5CRHA 5KN3A 2R4VA 1OYJA 1O6JA 2IMDA 2DIYA 4WEYA 1BG5A 5IPGA 4K1FA 1F3BA 4V2LA 1J08A 1U88A 1OE7A 1M99A 5H5SA 1Y25A 2JSYA 2GQKA 1XZOA 3GYKA 2ZUPA 1FVKA 1ZYEA 2FNOA 4RI7A 1GULA 2HRNA 4JR4A 3FZAA 4EO3A 4JU5A 4MMMA 3IDVA 4NAXA 3TJFA 3HHVA 2XBIA 4MH2A 3Q74A 1QGVA 2JZTA 3IXRA 4PGTA 4EXJA 3ZMLA 2IL3A 5CNWA 1Q4JA 2CAIA 4ZBDA 2KUCA 3GSSA 2GLRA 1HNCA 4N0ZA 1SYXA 4PURA 4JR6A 4KE3A 2ON7A 3BJ5A 3KGKA 4WR5A 3IK7A 2E7PA 1XWKA 20GSA 1QXHA 3D0ZA 4PUFC 1A0RP 2H72A 2C3TA 3LFLA 3CSJA 1FB6A 1XXUA 2DJ3A 1YQ1A 3DEXA 3ZVJD 1DUGA 1TRSA 5H5RA 1YY7A 4IQAA 1B8XA 1BAYA 2H0HA 2A2SA 4HJ2A 5ECOB 4KNDA 2H66A 3KCMA 4LMWA 4JBBA 1O81A 3CRUA 1I5GA 4QL7A 1ZCPA 2R37A 4YQUA 2C0DA 8GSSA 3F63A 2HZEA 2IMIA 2GSQA 4CHSA 3KIJA 3M9KA 3GL5A 1JLVA 2QSIA 3IHQA 4HU7A 2CX4A 3P7XA 3FKFA 5AISA 4D73B 5EY6A 4ILFA 2O7KA 4EC0A 2V1MA 4ACSA 4OCFA 4POBA 3WT2A 4POLA 1K3YA 3KZQA 3QFAC 3ERGA 5GAND 1ZGNA 4KDYA 5ECHB 3DVXA 2E2MA 2YNXA 3P2AA 3MWHA 3TJJA 3FR6A 5HR2A 4MJAA 2XHFA 2K9FA 2IMKA 3TCOA 1NSWA 1YJ6A 2ES7A 2DLXA 3ZIVA 5CAXA 2VL2A 5JCGA 3LYKA 3KMNA 1JLWA 1FOVA 1GUMA 4KW6A 3LXZA 1EGOA 2F3MA 2NTOA 3US3A 1AUCA 2I3YA 2JSZA 4AF2A 1ZOFA 3IR4A 2FCHA 3KXOA 3DD3A 5JCWA 2JACA 3GURA 1GTBA 1PL1A 1H4OA 3MSZA 3EU3A 4IBPA 2X99A 1X0RA 2GSTA 3ED3A 1Z7PA 2CA8A 4PQHA 5DJMA 2CVKA 4JRRA 1ABAA 1VRSD 1T8EB 2VL2C 2VAFA 2MBTA 2PWJA 1M2DA 4RQRA 2LJRA 4MLYA 5J5NA 3TKRA 2HFDA 1X5CA 4BWQA 3I43A 2LRTA 2O85A 1TU8A 2TRXA 3TKQA 1S3CA 4ML1A 2P5QA 3HVSA 1CQHA 3DVWA 2H0IA 4OO5A 1SL2B 3Q19A 2VCTA 2DJ1A 1TTZA 4E8EA 4TRXA 1TU7A 1WE0A 3D5JA 1JHBA 4GRFA 1V9WA 3ZFLA 3WYWA 4L5LA 1YF0A 2YJ7A 3IV4A 4GSTA 1M9BA 4YAVA 1SD9A 1ILOA 4KCEA 2H73A 4TR0A 1ZZYA 2LRNA 3GKNA 2YZUA 3HXSA 5AN1A 2FA4A 3SWLA 3RPNA 2HZEB 2N5BA 3ZVJA 2VIMA 4OFTA 4GWRA 4E8HA 3KD0A 2AUVA 5G1KA 2B6MA 2H76A 4BL7A 1BJXA 2V6OA 2R5GA 5G1LA 1SK0A 2X64A 2N5FA 4IKHA 3CYNA 1PA3A 3FHKA 2B5EA 4MJCA 2D2ZA 2LS5A 1WP0A 3DRNA 5G30A 4OO4A 4X43A 5H5QA 4TW5A 5F8BA 3CXGA 2FWEA 2PU9C 1BQ7A 3IAS2 3IPZA 4G10A 1X9SB 2JZSA 5ECKB 4K8MA 1DE2A 1VF1A 3HVXA 5IMCA 1IYHA 1XWGA 2K6VA 2XC2A 3IE3A 4F2IA 2BTOT 4GSSA 2V32A 5IMDA 1S3AA 4ZBBA 5G31A 1XW6A 2ON5A 1GSYA 5EVOA 4J56E 3M0FA 1OE8A 3CSIA 2WZ9A 4ZXGA 2RM5A 2HLSA 4ZB8A 5D9WA 2XBQA 1THXA 5ELAA 1MD3A 4GF0A 4QQ7A 2L6DA 3F6DA 6GSYA 1T00A 1DBYA 2OKAA 4Q5FA 4OWYA 4POKA 1NM3A 1XWCA 4H86A 4Q5RA 2C80A 1SL0B 5KN2A 2P5RA 4I8BA 2YJHA 2OADA 5IOWA 4K0NA 2H1BA 1AQWA 1M2AA 3I9V2 2VCXA 3IOSA 5DJLA 5EL8A 1OC8A 4G9HA 3F8UA 3PH9A 1ERWA 3QD9A 2LUSA 5ENUA 3GKKA 1FW1A 3L0HA 3L9VA 3HCZA 3LWAA 2LNTA 1G6WA 1PX6A 4XS1A 2KP1A 3H93A 4ZL7A 3BD2A 2WRTA 2L5OA 5D9VA 2AAWA 1N2AA 2QC7A 1SL1B 4KSMA 2IPAA 1V2AA 3D4TA 2OE1A 2ALBA 2C0EA 3PR8A 3CTGA 1TK5B 3VFIA 2ZCTA 1LJRA 3UARA 3C71A 4MZCA 4I6XA 1YDKA 2JU5A 1B9YC 3DGQA 3H8QA 3UVHA 1OKDA 1YEXA 5CO3A 2M46A 1GWCA 1M2BA 3GIXA 5KN1A 2CVDA 1GTUA 1G7OA 1K0CA 1XOAA 3QAGA 3UBLA 3CRTA 5B8BA 4LLRA 2CZ2A 4ZILA 5HR3A 5A5KA 1F6MC 2A4VA 2JZRA 4V2MA 5JCUA 2DJKA 2GZZA 1AC1A 3EVIA 1F3AA 3GTUA 2IJYA 4POMA 4NXIA 1PL2A 1V98A 3O76A 1XFLA 3DIEA 4YQVA 3HKRA 3LG6A 2DJ0A 4N11A 3GMFA 1EV4A 4HZ4A 1A0FA 3W8JA 4LL1B 4HQSA 4BVXA 1SYRA 4HUAA 4ML6A 5J9BA 2NPBA 2KHPA 1GLQA 1UA5A 1ZMAA 2VCZA 2WGRA 3UL3A 1EP7A 2P31A 3QDNA 3IK9A 1O8WA 3TOUA 3FZ4A 2JADA 2B1LA 1J9BA 3G7JA 5AIXA 3TRQA 1EZKA 1B9XC 1SJZA 1EV9A 1FG4A 1YZXA 4ZBAA 3BCKA 4I2TA 4KUNA 1T7PB 4MPGA 4TXVA 1XW9A 2L6CA 1PQNA 1S3DA 2VL9A 2MMNA 1O73A 3ZIJA 2CAQA 3H4KA 4EL1A 3KH9A 2YCDA 3GL3A 3NIVA 3ZREA 3D21A 4RUVA 2DIZA 4N30A 3HVVA 1YKAA 2LJKA 2H8LA 2L59A 4DVCA 1QFNA 3KMOA 1LU4A 3Q18A 2AYTA 1R5AA 5B6NA 3QPMA 2O8VB 4ZIJA 2NVLA 4KAEA 4V2NA 1I9DA 2C3QA 2H71A 3BOAA 5CRDA 3GFKA 2NBSA 2OE3A 4N10A 4GQFA 3TKSA 4ECBA 2HSYA 4L0WA 1XVWA 2FLSA 5J4UA 5LNKe 5B6MA 5CRGA 3V1WA 3M3MA 4TVEA 3KH7A 5C04A 5A4VA 3TJBA 4DSQA 3E0UA 5INYA 3RDWA 1M0UA 4EDYA 3C7MA 4PNFA 2LKUA 5F0GA 1M9AA 2IMEA 1T4YA 4KSOA 2MMAA 2OA7A 13GSA 4ZB6A 2F8FA 3I69A 4MK3A 4O5RA 4ZL9A 2CQ9A 2VCWA 2C3NA 4XTSA 1TDIA 3N9JA 5DDLA 2YWIA 3TKSC 1PSQA 1HNBA 1SENA 4IS0A 1PD21 3KTLA 2PVQA 4L0UA 5GAPD 3KEBA 4XS6A 3GTUB 3GRXA 3APQA 1TOFA 4O92A 1UN2A 1VF2A 1O8XA 4J57E 3GUSA 2E0QA 4XRDA 2YOIA 3GKMA 2KLXA 3VWVA 2H75A 3HDCA 3O6TA 4GTUA 3ME8A 4WF5A 2DJJA 1Z5YE 3ME7A 3EINA 1U3AA 3QFBC 5ABRA 3LGCA 1QQ2A 1FHEA 1GTIA 1QK8A 1R4WA 3U6VA 2FWFA 4PNGA 1GRXA 5DAKA 6GSVA 3VPTA 2MBSA 1T4ZA 2GSSA 2Z9SA 2K8VA 5A4WA 4BWSA 1FAAA 2C4JA 2YV9A 2L4QA 1EOHA 1EEJA 1A2JA 4NHWA 2G0FA 2HNLA 4PXOA 2MYGA 4KB3A 4HJMA 1OVNA 3KTBA 2OBIA 3HY2A 1G7EA 4MJEA 1HQOA 3ZLPA 2V2GA 3W6GA 1MD4A 5AGYA 3NOFA 3MDKA 5G5EA 1A2LA 1ERTA 3ZFBA 5IMZA 2PGTA 3HZ4A 1YEPA 3TKSE 3F3QA 2B3SA 3A2XA 3FRCA 4WKWA 3WD6A 2DJ2A 4KDUA 3J7Yb 2YWMA 1KBNA 1USBA 3QMXA 4GXZA 4ISDA 5D8IA 2CVBA 5GSTA 1GSSA 1XPVA 1T1VA 3IRAA 4F82A 4Q5NA 4JE1A 1E2YA 4K0GA 2BJXA 3GN3A 1H75A 1AQVA 2CX3A 1OC9A 2IIYA 5G2ZA 4FO5A 3CBUA 1R5PA 3TB2A 5LD0A 4ID0A 3IBHA 3F0IA 4FH8A 1MTCA 5FWGA 5D73A 4XRAA 4KCAA 4O32A 4RI6A 3LORA 5KN0A 1IYIA 1V58A 5ECSA 5E4WA 3HYPA 3FZ9A 3EC3A 1B4QA 4F9ZA 4XCSA 2J9HA 1VGLA 2EIRA 2FHEA 1WOUA 4IJIA 5J41A 5IOXA 4BVYA 1W4VA 4KDXA 1V57A 2CZ3A 1OKTA 5E59A 4IGJA 2VLUA 5FT3A 5GSSA 4ZB9A 4KX4A 1AAZA 1K0DA 1G6YA 4AGSA 7GSSA 1XW5A 2PVOC 5IIZA 3M8NA 1GLPA 1TJDA 5HQPA 5HFKA 3A5WA 1U6TA 4MA9A 1O85A 2VM1A 3QR6A 4K7OA 1O7UA 1ON4A 4L5OA 2YP6A 2HSHA 2FA8A 1Z9HA 2X8GA 3FZ5A 5DAKB 3HA9A 2VD1A 4MDCA 1K0BA 5ECPB 3EE2A 1NHYA 5CP1A 4ECCA 4MZBA 2B7KA 3G7IA 4MCUA 3UOMA 1JZOA 1XOBA 4TOPA 4WR4A 4DSSA 1K0MA 5JWOB 3DYRA 2GSRA 3TUEA 3VWXA 3MAKA 3KP8A 5J3RA 1X9MB 5ECRB 2HZFA 6GSUA 3TJGA 2H6XA 3QAVA 3VK9A 2HT9A 2DSAA 3HJMA 2PUKC 5HR1A 4OFMA 1ML6A 1K3OA 5A4UA 3K8NA 3E3EA 1NW2A 2XPDA 4X1UA 1EWXA 2KOKA 3JCML 2WB9A 3PINA 1PKZA 3UBKA 3GH6A 5F05A 2AB6A 3DWVA 2R6KA 1TRUA 4XIHA 2IMFA 3FK8A 1OAZA 1GSUA 4KGIA 3EURA 2VOCA 3ZTLA 1SK2A 1HYUA 2ZNMA 2FY6A 2LTKA 4KA0A 1M7TA 5HR0A 2VL3A 5JWRB 3VLNA 1OC9B 3EYTA 4Z7XA 6GSWA 4TKYA 3RHBA 2AHEA 4MP4A 5CYYA 3Q6OA 5B8AA 3EMXA 2EIQA 4HU9A 3ZRDA 1NHOA 1Z6NA 3TRXA 1TK0B 1WIKA 3IAM2 1Z7RA 2H1DA 2VCQA 1SJ6A 22GSA 3VI5A 2VLTA 4EKZA 1DSBA 1MDIA 1TRVA 3C73A 1KEBA 1SK1A 2I1UA 2L57A 5D9XA 3AY8A 3W8SA 6GSSA 4OCEA 3GA4A 4PUAA 2OBKA 4NHZA 5DBQA 2HI7A 3A2VA 5GZZB 3F6FA 4V1Ag 2LQQA 3F3RA 3D6IA 1EEMA 1TRWA 4MH3A 3ZYWA 3SBCA 2K8SA 1BEDA 1HNAA 4HI7A 2KP2A 2HRFA 2VD0A 1BX9A 1JFUA 5IMAA 3VWUA 1MEKA 5ECMB 2GZYA 4DEJA 1N8JA 1YKCA 4DSRA 4KH7A 4NWYA 4ZL8A 5ECNB 2EIOA 2HYXA 1F9MA 4GCIA 3QOUA 2K18A 2N5AA 2C8UA 4DSSB 1QMVA 1EOGA 2GS3A 2IWTA 3KP9A 1KNGA 5F07A 1UVZA 3IA1A 4K7IA 5IO2A 3H1NA 1OC3A 1PMTA 3ISOA 4HEA2 2PPTA 4IHUA 4NV2A 2H1GA 3BBYA 3UEMA 4F03A 3UVTA 4FYBA 3GSTA 3RAZA 4CDOA 4PQIA 12GSA 4EDZA 1TK8B 3DXBA 2F9SA 2H0GA 4LMVA 3TOTA 5FHIA 4NMUA 3N5OA 5C00A 4GQCA 1THOA 5CREA 4YAPA 1R7HA 4YH2A 2H74A 2RM6A 1GP1A 3HZ8A 1XIYA 2GQMA 4MABA 4TN8A 2GQLA 3A3TA 4K7NA 5ECIB 4HZ2A 5DCGA 3MNGA 4GSNA 4I2UA 4HOJA 1Z6MA 2NDOA 5LCZA 3P90A 1SJIA 2RIIA 1XBSA 2TRCP 2H30A 3WGEA 3CMIA 3M9JA 2WDUA 2I4AA 2MMZA 1B48A 2GT5A 1HD2A 2OE0A 4O7HA 4CW9A 2H6YA 1XCCA 1U87A 1TI1A 1TKDB 2PN8A 1GSFA 2VO4A 2WCIA 5AIVA 1FO5A 3FY7A 1C72A 1U3IA 3A2WA 1FB0A 3R2QA 1PX7A 3C1SA 2VUPA 2RLIA 1EP8A 2C1YA 2F51A 1Z3EA 1SKWB 3M1GA 4FIWA 1SKRB 3GHAA 3KJYA 1GUHA 5ID2A 3S9FA 1G0TA 2LSTA 2WS2A 4FYCA 1T3BA 3F4SA 5D9TA 2CT6A 2FUG2 2E2GA 4I5QA 1ZYQB 1GSEA 2LV3A 1SKSB 2GZPA 1WMJA 4WF4A 4AJ8A 3OR5A 2REMA 2WULA 4MF5A 1RK4A 3UAPA 2DC5A 3GNJA 1WJKA 3QAWA 3UIWA 4QL9A 1Y6EA 2RUFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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