2VL3 | Genus

Total Genus 49

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	49
sequence length	162
structure length	162
Chain Sequence	SAPIKVGDAIPAVEVFEGEPGNKVNLAELFKGKKGVLFGVPGAFTPGCSKTHLPGFVEQAEALKAKGVQVVACLSVNDAFVTGEWGRAHKAEGKVRLLADPTGAFGKETDLLLDDSLVSIFGNRRLKRFSMVVQDGIVKALNVEPDGTGLTCSLAPNIISQL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	The Crystal Structures of Oxidized Forms of Human Peroxiredoxin 5 with an Intramolecular Disulfide Bond Confirm the Proposed Enzymatic Mechanism for Atypical 2-Cys Peroxiredoxins. pubmed doi rcsb
molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Homo sapiens
molecule keywords	PEROXIREDOXIN-5
total genus	49
structure length	162
sequence length	162
chains with identical sequence	B, C
ec nomenclature	ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date	2008-01-08

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF08534	Redoxin	Redoxin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	2vl3A00

2EIOA 2GZPA 1FO5A 1GUHA 2L6DA 2JU5A 4FH8A 2GTUA 4PXOA 2OA7A 2B6MA 4IW9A 4LMWA 2RUEA 5D9TA 2M46A 4IP6A 5ECOB 4XS4B 1W4VA 5B6MA 4ZXGA 3GSSA 4POBA 1QXHA 2A4VA 4GSSA 3F63A 4ML1A 5DDLA 1OE7A 4AF2A 4MJBA 2O7KA 3ME8A 3G7IA 4ZIJA 1A8LA 2VOCA 3H1NA 3I9V2 4KW6A 3HJMA 3WGEA 2X99A 2KP1A 3TKSE 2HZFA 4G19A 1XFLA 2C3QA 5KN3A 2CVBA 3FW2A 1VF3A 1X9MB 3L78A 2QGVA 1EP8A 4TR4A 1M7TA 3E3EA 2CX4A 1SK1A 3FHKA 4FYBA 4ZBDA 5JWOB 2H6XA 4YQMA 3HJPA 3HHVA 2CT6A 5J9BA 3UVTA 1M2BA 2IFQB 2HNLA 2RLIA 2CV4A 2D2ZA 5CRDA 4LL4B 1SK0A 2TRXA 4WXTA 3CTGA 1JZOA 5ECHB 2L5OA 4TVEA 1Y6EA 1LJRA 1DUGA 1BX9A 1UA5A 5D8IA 4POKA 5CRWA 3HVXA 5JWRB 4WF5A 4IELA 4YAPA 4RI7A 3TOUA 3J7Yk 1U6TA 5IPHA 3EMPA 1A23A 3TOTA 2E2GA 4ZL8A 4NAXA 3ZZXA 5B6NA 2C1YA 1V2AA 4I5QA 3APQA 3CMIA 4JE1A 4MCUA 1JLWA 3FEUA 4X1UA 3GA4A 3PR8A 1ZMAA 2AAWA 4JU5A 1QGVA 5HR3A 1XWGA 3DEXA 3ZFLA 1IYIA 5H5RA 3QR6A 2KP2A 4WR5A 2LJAA 1FOVA 2OBIA 1ON4A 2JADA 4EUYA 5IQYA 3F6FA 3L9SA 1OC3A 1PRXA 4NHWA 2YWMA 4HDEA 13GSA 1NHYA 5DQYA 1O8XA 3H4KA 5AGYA 3GKMA 4KSOA 5IOWA 2LRNA 3IBHA 2ALBA 3PGTA 3P7XA 2JZSA 1PSQA 4O5RA 1LU4A 5H5SA 5CYYA 4DSRA 3KD0A 1TI3A 3DKSA 2MYGA 2IPAA 2YWIA 2JSZA 4QL7A 5ECQB 2LQQA 4F2IA 3EVIA 1KBNA 4PGTA 1PL2A 3TRQA 2K8VA 2FY6A 2TRCP 3GL5A 2AHEA 3EINA 2H76A 1SYXA 1M2DA 2X8CA 3OR5A 1Z6MA 1XCCA 2FGXA 3ZLPA 4TKYA 1X9SB 2LEGA 1SKWB 2O8VB 1Z7RA 3F0IA 1VF1A 2L57A 5ID2B 2C0EA 2WGRA 3LXZA 3GH9A 2B3SA 3GSTA 4WR4A 1QK8A 5EY6A 1E6BA 3ZTLA 1JFUA 3CRTA 4MLYA 2CA8A 2PVOC 2KHPA 4TRXA 3QDNA 2PGTA 4I97A 3P8WA 5DBQA 4GSTA 1XIYA 4K0GA 1O81A 1TU7A 1O7UA 4ZL7A 3M9KA 4G2EA 2R37A 2YPMA 4BL7A 3HY2A 2KUCA 1W89A 1R5AA 1K0CA 2YV7A 2LJRA 3L4NA 4WEYA 1BJXA 4IJIA 4IBPA 2N5BA 3KIJA 4BVYA 5AN1A 2H71A 5J41A 3RPNA 2DIZA 1O6JA 2WB9A 1H4OA 2IIYA 1WE0A 1A0RP 2GSSA 3F6DA 2P5RA 4ECJA 5COHA 1S3DA 3EU3A 2VIMA 3A5WA 5GSSA 2DMMA 3BD2A 3TRXA 2K18A 5F8BA 3KMOA 3LORA 2DBCA 3QAVA 1ZOFA 2YWOA 1XPVA 4HEA2 2P0GA 2WCIA 3RBTA 2LV3A 1R4WA 4MZBA 5B7CA 1THXA 5IMVA 5KN0A 2YNXA 1K0DA 2GVPA 4BA7A 4PQ1A 3IAS2 3ZFBA 3IA1A 3FR9A 1YEXA 16GSA 1TK8B 4NMUA 2DC5A 4JBBA 3UMAA 2EIRA 4HU7A 1XWBA 3QD9A 1F3BA 2F8FA 2H6YA 2EC4A 4TR0A 3TB2A 3FRCA 3HDCA 5B8AA 2HXKA 4WKWA 3FKFA 3TCOA 3J7Yb 1SD9A 1OE8A 3EYTA 2DJJA 2WS2A 5D96A 3LFLA 3TKPA 4V1Ap 3GKKA 1JZWA 4DEJA 1ZGNA 4O7HA 5IMZA 5D9WA 2VCQA 1GSSA 4KDUA 4Z7XA 2OE1A 2VM1A 2KLXA 4CW9A 3UBKA 5DAKA 3NZNA 3F9UA 5DAKB 5AIXA 2J23A 4RQXA 1ABAA 4OCEA 3P2AA 4Q5FA 5JCWA 4YQUA 4L0UA 2R5GA 1M9BA 2NDOA 3ZREA 2AV4A 3D22A 5LCZA 4X0XA 3GX0A 4K7NA 2OKAA 2GT5A 4MF6A 2A2RA 5HFIA 4J2FA 2RIIA 3U6VA 1K0BA 1SL1B 2GSQA 5EPFA 3MDKA 4K8MA 2VO4A 2R2JA 5CNWA 1AC1A 1XW6A 2H0IA 3FZ9A 3GUSA 3HJOA 1ACVA 4POMA 2HLSA 3DXBA 2F9SA 3FZ5A 4MPGA 2NPBA 4O32A 3W8JA 3PH9A 3IRAA 5ECPB 4FYUA 3ERFA 2JZRA 3KP8A 5G2ZA 2LS5A 3PINA 5G30A 4DVCA 4RI6A 1URMA 1B48A 1HD2A 5HFKA 1AQVA 5ECIB 5ECSA 4K7OA 1GP1A 2B7JA 3HKRA 1TP9A 1FVKA 3LG6A 1RW1A 5FT3A 2LKUA 5DJMA 3GV1A 2LNTA 3TKSC 2HYXA 1MD3A 3LWAA 4K9ZA 3TGZA 2IL3A 4POLA 1EV4A 3WYWA 2GQMA 11GSA 2C0DA 2JACA 3ZRDA 3LQ7A 4EVMA 3MAKA 4KDYA 17GSA 2YP6A 2WDUA 4KUNA 1V98A 5F07A 3ZVJD 9GSSA 1VF4A 4ZB6A 1Z3EA 3APSA 1AAZA 4FIWA 4XHMA 3DIEA 3IHQA 3G9BA 1S3CA 1A0FA 3KZQA 4N11A 4XS4A 5D93A 4X43A 5D73A 2C3TA 2GT6A 4P3YB 3WGXA 4I6XA 4IHUA 2HT9A 3HVVA 2LJKA 1EWXA 1EZKA 4BWSA 4WETA 4E8HA 2DJ3A 4KX4A 3HCZA 1GWCA 3CSHA 2IMKA 4KDXA 3FK8A 3APOA 1EGOA 5LNKe 2OE0A 4MJCA 3GNJA 1UN2A 4IS0A 5LD0A 1G6WA 4TOPA 4PNFA 1PL1A 1G0TA 4ZILA 3IXRA 3VPQA 4F0CA 2MMOA 2XBIA 1TK0B 4MF7A 2B1LA 2YJ7A 5JCGA 3DYRA 4PNGA 4K1FA 4NV2A 6GSSA 2H73A 1PKWA 1VF2A 2IFQA 2MBTA 2FHEA 1WMJA 2CX3A 2GLRA 2A2SA 5JCUA 5ENUA 4PURA 3IC4A 4HZ4A 2HE3A 1U3IA 2C0GA 1GSFA 1XW9A 3UEMA 3DVWA 3Q74A 1UVZA 5J9CA 2CVDA 1T4ZA 4GF0A 2YANA 5ELGA 4V2MA 4K2DA 3I6AA 1ST9A 4MABA 3TUEA 2K8SA 1YQ1A 4N30A 3WGDA 1BAYA 2X8GA 10GSA 1GUMA 2FNOA 6GSUA 2H0HA 5FHIA 3TRPA 4L0WA 5ELAA 2QC7A 19GSA 5DALB 3C7MA 1WRYA 1A24A 5IMAA 2H0GA 2XBQA 1JZRA 3GMFA 2FWEA 3VWWA 3BBYA 3F3RA 3FZ4A 4E8EA 3GTUB 3GHAA 4DSQA 2CVKA 4NXIA 4IJ3A 3WT2A 2VLUA 1Z9HA 1XOBA 1TOFA 2GS3A 1WOUA 2CAQA 2PMTA 3L9VA 2RM5A 4I8BA 2KOKA 3ERWA 3RPPA 4ZL9A 2N5AA 1U3AA 1X5CA 2H6ZA 5HQPA 2R3XA 2H19A 3EMXA 4LL1B 5IM9A 4OMVA 1Z6NA 1GTIA 5G1LA 4WBRD 2VD1A 2LQOA 1T1VA 1WP0A 2VL2C 2V32A 1GULA 2HSHA 2AYTA 1NSWA 3LGCA 1GNEA 1QFNA 1YF1A 2E2MA 1THOA 4XRDA 1M2AA 4MZCA 5CREA 5L71A 1CQHA 1LBKA 1EV9A 4KSMA 4EXJA 3O6TA 5E59A 1SJZA 2P31A 2FCHA 1OAZA 3EURA 1FVJA 1QUWA 2F8AA 1TRUA 2I3YA 3D0ZA 3D21A 1FB0A 2F3MA 2G2QA 3BOAA 3KXOA 2OBKA 4JR6A 1ZL9A 3G7YA 1HNBA 1KEBA 1OVNA 1OC8A 2XPEA 2XC2A 3F8UA 4RUVA 5CRHA 4F03A 3RHCA 2H1GA 4F82A 5ID2A 5C00A 3HD5A 2OE3A 4Q5NA 1ERUA 5DQSA 1XW5A 3GKXA 3WD6A 3O3TA 3GRXA 1QMVA 1SL0B 1A2LA 2PWJA 2GQKA 3CXGA 2CZ3A 3FY7A 5GAPD 3JCML 2MZCA 2NTOA 2JSYA 4K7IA 3ZVJA 3I69A 1TDIA 1X5EA 2GSTA 1YDKA 3KJYA 1XVWA 4PUAA 5G5FA 4MZWA 3VWVA 1GSEA 1C72A 2HZEA 5G31A 3SBCA 1F6MC 3CYNA 2H30A 2LRTA 2R4VA 4DSSA 1OYJA 2JZTA 4EF0A 2HZEB 1MTCA 4DSSB 1USBA 4OWYA 4KE3A 3NIVA 4JR4A 4HS1A 3MWHA 1ZYQB 5F05A 4IVFA 3TDGA 1OKDA 8GSSA 2AB6A 1KNGA 5IMCA 1ZCPA 4JRRA 3IE3A 2VL2A 3D4MA 3LJRA 4WF4A 2MMNA 2O89A 3IV4A 3VK9A 2K6VA 3W6GA 5EVOA 3GYKA 3ERGA 1GLPA 4NWYA 3V1WA 3WT1A 3C1SA 5KN2A 3EU4A 1TU8A 4ECCA 2YN1A 2VCWA 2YJHA 4G9HA 3GFKA 4FYCA 3H93A 1U87A 2FWFA 2H66A 3VPTA 3CSIA 1DBYA 1TKDB 1FB6A 1TXXA 4F9ZA 1ML6A 3TJGA 2H72A 3ZMLA 3UVHA 5CP1A 1E2YA 3KCMA 5KEJA 4JEDA 2YCDA 2AJQB 2YZUA 3K8NA 1O8WA 4EO3A 2PUKC 1TRVA 3M3MA 3HZ4A 3C1RA 4V1Ag 3TKRA 4YQVA 1OC9A 2C80A 3E0UA 4N0ZA 4HJMA 7GSSA 2WRTA 3HZ8A 1DE2A 2I9HA 1OC9B 2L4CA 2BJXA 2NVLA 2B1KA 5DVBA 2GZZA 3F4RA 1WIKA 5HR2A 1XZOA 3DD3A 1NW2A 3M9JA 3A2WA 3M1GA 1K0OA 2DJ2A 5G1KA 1T3BA 4L5LA 4ACSA 2BTOT 2IJYA 1I9DA 4IP1A 4OFNA 4HQSA 1PMTA 3KTBA 3ME7A 4EC0A 1K3YA 3QMXA 1HYUA 2B5XA 2H1BA 2M72A 2VD0A 4QL9A 3D6IA 4MH2A 3US3A 3LYKA 1O73A 4GQCA 4MJAA 2B5EA 5IIZA 1R7HA 3F4TA 3Q6OA 4MDCA 1AUCA 1AQWA 2JL4A 1F3AA 5ECKB 1X5DA 2DIYA 4K6XA 2REMA 2CZ2A 4NPBA 1X0RA 5AISA 3BJ5A 2HI7A 1XBSA 4D73B 4GLTA 2YWNA 4MMMA 1QQ2A 1HNCA 3MSZA 3UOMA 1NHOA 3F3QA 4F0BA 2IMDA 4OFTA 4L8EA 1T00A 2IMFA 1AIUA 4KH7A 1R26A 1IYHA 1B4QA 4PX1A 4XS1A 1TTZA 1GH2A 3UJ1A 4FO5A 5GZZB 1Q4JA 4O92A 1V57A 4PQHA 2HRNA 4OO4A 3VFIA 1YEPA 5IPGA 3FR3A 2X8HA 3N5OA 3FZAA 1SD8A 5C04A 1AXDA 3KTLA 1FG4A 3QCPA 2WULA 2XHFA 1PX6A 2I1UA 2IMEA 3G7JA 2ZUPA 5H5QA 4EL1A 2QKEA 4AJ6A 1V40A 2V6KA 2VCZA 5ECNB 1ZYEA 3HVSA 5J3RA 3UBLA 4IN0A 2WJUA 2FWGA 2OJLA 2VM2A 4Q5RA 3IK9A 4ML6A 5B8BA 2K9FA 1GNWA 5IOXA 3MNGA 3FYGA 1PGTA 3UL3A 3EE2A 2G0FA 3KEBA 2O85A 1TK5B 3EWLA 4N0VA 3GIXA 4KB3A 2L6CA 3KMNA 4I2TA 1YJ6A 4NHZA 3UIWA 1PA3A 2E7PA 1PKZA 2H70A 1F9MA 2DLXA 4GQFA 1GTUA 3HA9A 4TXVA 2GGTA 5CRGA 2IWTA 1KTEA 3C71A 5IMFA 3Q19A 6GSYA 4HZ2A 18GSA 2PN8A 1V9WA 2C3NA 3EC3A 2IN3A 3Q18A 5KN1A 4EDYA 4J56E 4HQZA 4KGIA 1BEDA 1XVQA 4ZBAA 3ZMKA 5D9XA 3QAGA 1H75A 3QFAC 1UC7A 5DCGA 2DJ1A 2VUPA 3GX8A 4OO5A 4J57E 6GSVA 2OACA 3BCKA 3ZYWA 1PQNA 2WZ9A 1A2MA 5F0GA 1J08A 3TKSA 1YF0A 4LLRA 4TR1A 4TR3A 1PX7A 5ECRB 5A4WA 4BWQA 2IMIA 4ZB8A 4GTUA 4KNDA 1M99A 4ULXA 1SKSB 4TR1B 2LTKA 1EEJA 1TRSA 5ECMB 1X9WB 2FA4A 2FLSA 4XS6A 4I2UA 2H75A 1OKTA 1TRWA 3HYPA 3N9JA 3TKQA 4MJEA 4GCIA 4ECBA 1BG5A 3S9FA 5J5NA 1GSDA 1SYRA 2B7KA 5DALA 1A8YA 4CHSA 3W8SA 1YY7A 1YKCA 1O85A 3GTUA 3LYPA 1Q98A 4YH2A 12GSA 4MH3A 1XOAA 1T8EB 3D4TA 1MD4A 4RQRA 2VL3A 4LMVA 3L9UA 1Z7PA 5IO0A 3IAM2 2EIQA 3KH7A 1J9BA 2L4QA 3GKNA 4Q5QA 4OD7A 4GSNA 3QAWA 3CTFA 2GZYA 1SJ6A 1SK2A 1K0NA 1GTBA 1JZDA 1XWKA 3QPMA 4GWRA 1N8JA 3R2QA 4CDOA 3CSJA 5DCHA 3KP9A 5HR1A 4IQAA 4EDZA 4K0NA 4IQ1A 1B9XC 6GSTA 1SU9A 3LEFA 5GSTA 3A2VA 2PU9C 3VI5A 1XWCA 2GQLA 2RM6A 3U5RE 4XRAA 2BMXA 5G5EA 2YV9A 1V58A 1J0FA 3VWXA 4EE0A 1T4YA 2L59A 4JZQA 2ON5A 4V2NA 1ERTA 5INYA 1F2EA 2CQ9A 3FR6A 5A4VA 2V41A 2FWHA 1VRSD 5HFGA 1EEMA 5CAXA 5A4UA 1HQOA 3AY8A 4GRFA 1TI1A 3E9JB 1VGLA 2HSYA 4HI7A 1YZXA 1GUKA 1B8XA 2L5LA 3QOUA 5D9VA 3C8EA 2LUSA 1XWAA 4GXZA 1K3OA 4NV5A 2V6OA 1SENA 4AJ8A 4WBJA 3RDWA 2O87A 3M0FA 1GTAA 3UAPA 3A2XA 3LXTA 2PBJA 1ZZYA 2DJKA 3GL3A 3VURA 2H1DA 2DJ0A 2NBSA 3QFBC 1RK4A 4XIHA 5ABRA 4BPYA 2DSAA 2VL9A 2OADA 1R5PA 2FD3A 5FWGA 1DE1A 5ECLB 1GRXA 1NM3A 4L5OA 1PN9A 1G6YA 3TJFA 3TJKA 4OFMA 3DWVA 3C73A 3VWUA 2ES7A 6GSXA 2H8LA 1FW1A 4ISDA 1JHBA 4EKZA 3LSZA 1I5GA 1N2AA 3DVXA 2FUG2 3DRNA 1M0UA 2H1AA 4XCSA 5HR0A 3GN3A 4HU9A 3KM6A 1GLQA 2C4JA 4G10A 2C8UA 3KGKA 3TJBA 5F06A 1DSBA 1B9YC 3NOFA 4MK3A 2LSTA 1T7PB 3ZITA 2XPDA 2PPTA 2HFDA 2VCXA 1BQ7A 4TW5A 2V1MA 1HNAA 1SJIA 3VI7A 2CAIA 2RUFA 3L0HA 3DGQA 1M9AA 22GSA 3GH6A 2VAFA 3H79A 2X64A 4AJ7A 4ID0A 2ZNMA 4MPFA 3VLNA 4TXOA 1K0AA 5A5KA 5DJLA 2F51A 1EOHA 1A2JA 2TIRA 2P5QA 2N5FA 4TXOB 3ZL5A 4IGJA 3O76A 5AIVA 1K3LA 1WWJA 3GURA 1ILOA 4ZB9A 1ERVA 1EOGA 5E4WA 2LRCA 3IDVA 3IOSA 3RAZA 1WPIA 2VLVA 4H86A 4AGSA 4KCEA 2ON7A 3HXSA 2GDRA 2ZCTA 5J4UA 1U88A 4MP4A 1AW9A 1Z5YE 3UARA 1XXUA 4ECIA 2VLTA 3ZIVA 2E0QA 2I81A 5IO2A 4KCAA 3A3TA 1EP7A 2C0FA 4QQ7A 4IKHA 2DMLA 4HJ2A 1EGRA 4PQIA 2WFCA 4D73A 4XTSA 4TN8A 6GSWA 1B4PA 1MDKA 3DMLA 4MA9A 4HUAA 1GSYA 3ED3A 1G7OA 4MF5A 2Z9SA 2YOIA 2YZHA 1TJDA 1FHEA 2GSRA 2MBSA 1GSUA 1RQMA 4HOJA 4ZBBA 2MMZA 1F37A 3IPZA 2R6KA 4N10A 4PUFC 1SKRB 2MMAA 3RHBA 2AUVA 1GSQA 3I43A 2V2GA 3IR4A 20GSA 2FA8A 5GAND 5EL8A 1AQXA 2QSIA 3ISOA 14GSA 1CQGA 1MDJA 3SWLA 4KAEA 1MDIA 3IK7A 2I4AA 2PVQA 1SL2B 3H8QA 4LA1A 5JWQB 4ILFA 2PERA 1S3AA 1FAAA 1TW9A 2VCTA 3BCIA 3ZIJA 4KA0A 3M8NA 4YAVA 2H01A 4OCFA 1PD21 2M80A 1Y25A 2LNSA 4BVXA 1K0MA 2HRFA 1GL8A 5CO3A 1G7EA 2J9HA 3P90A 2VCVA 1MEKA 3KH9A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2VL3A

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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pfam database annotations