2VL9A

Oxidized form of human peroxiredoxin 5
Total Genus 23
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
23
sequence length
161
structure length
161
Chain Sequence
APIKVGDAIPAVEVFEGEPGNKVNLAELFKGKKGVLFGVPGAFTPGCSKTHLPGFVEQAEALKAKGVQVVASLSVNDAFVTGEWGRAHKAEGKVRLLADPTGAFGKETDLLLDDSLVSIFGNRRLKRFSMVVQDGIVKALNVEPDGTGLTCSLAPNIISQL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Crystal Structures of Oxidized Forms of Human Peroxiredoxin 5 with an Intramolecular Disulfide Bond Confirm the Proposed Enzymatic Mechanism for Atypical 2-Cys Peroxiredoxins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PEROXIREDOXIN-5
molecule tags Oxidoreductase
source organism Homo sapiens
total genus 23
structure length 161
sequence length 161
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2008-01-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2vl9A00
4O5RA 5ID2A 2FUG2 1GUHA 4K1FA 2RUFA 1XWCA 22GSA 2M80A 3LFLA 2X8CA 2C0FA 1PQNA 2IWTA 3DRNA 4IQ1A 5C00A 4JR4A 3RAZA 1FOVA 5H5QA 3A2WA 2YCDA 1XOAA 5ECKB 4TR1A 4BWQA 3GKNA 1YF1A 1TRWA 4X0XA 2E2GA 3D6IA 1EEMA 4I2UA 2LTKA 3ZITA 4WKWA 3FRCA 5ID2B 3ZFBA 2XC2A 3IPZA 3UMAA 2F8AA 4ZL7A 4ID0A 1K3LA 5DAKA 2OE3A 1ZGNA 3FHKA 3FKFA 4EL1A 4ZL9A 2PGTA 1WMJA 1X5EA 1EOGA 4HDEA 4O32A 1XWGA 2KP1A 3ERFA 2GQKA 3IOSA 1BAYA 4TR1B 4MZWA 2YWMA 1QMVA 1Z7RA 5GZZB 3ZREA 3HA9A 3QOUA 1YEXA 3GH6A 1R5AA 2DMMA 2OADA 1T8EB 5ABRA 1S3DA 4G19A 4OFTA 5CREA 5DAKB 1Z7PA 1SK2A 3FZ4A 3BCIA 1SU9A 5HR2A 4J2FA 3ZL5A 3G9BA 1C72A 2K18A 3L0HA 1MEKA 4MPGA 2AJQB 2B5XA 2YJHA 4YQVA 4MA9A 3APQA 1EEJA 1Z3EA 4MJBA 1V57A 4TXVA 2TIRA 1AXDA 2X64A 2A2RA 1GSDA 5KN0A 2HYXA 1NHYA 2EC4A 1TU7A 1G6WA 3ZTLA 2ES7A 1YZXA 3GA4A 1PX7A 1X9WB 1DE1A 1XW5A 1KTEA 12GSA 3GX0A 1BG5A 2IMKA 1AQXA 4HZ2A 2H6YA 3GSSA 3BD2A 2VCZA 3MWHA 2Z9SA 4AJ8A 1K3YA 1OYJA 1R7HA 5KEJA 2V2GA 3VWVA 1XPVA 3HZ4A 3ERWA 1B4PA 3IK7A 3ME8A 3NOFA 1SKRB 3HZ8A 5D9TA 4K6XA 2HSHA 2PBJA 3HDCA 3G7JA 17GSA 2MMNA 1JZOA 4BA7A 4PQHA 3LYKA 3LORA 4XS4A 2NPBA 4LL4B 3IV4A 1X9MB 5A5KA 2BMXA 4WXTA 2VLTA 3FW2A 4HQSA 3E9JB 1Y6EA 2YV9A 4IELA 4V1Ag 3PR8A 4WBRD 5GAPD 1QFNA 1BEDA 3KP8A 1SKWB 4FYBA 3HJPA 4XRAA 2LQQA 2JACA 4ZIJA 3F3RA 3WGXA 4CW9A 1YY7A 3G7IA 3UEMA 2HRNA 2VL2A 2L5LA 1QK8A 2E7PA 2DIZA 2H71A 2LRNA 1DSBA 2XPEA 1T7PB 1K0MA 5JWRB 4NPBA 1THOA 1UVZA 4XS4B 3LWAA 2VO4A 1VRSD 4L5LA 1TK5B 5IPGA 2GZZA 2JSYA 1GTUA 5E4WA 5EPFA 10GSA 3W8SA 2A2SA 2KUCA 2R3XA 2VCWA 5DCGA 1R26A 3GH9A 4KCAA 4JBBA 3VFIA 4AGSA 2B7KA 4RQXA 2R4VA 3ERGA 2FLSA 2L57A 3PINA 3MDKA 3E3EA 4ZXGA 3CRTA 3TKRA 1W4VA 4IN0A 5AIVA 5KN1A 20GSA 4ZL8A 3N5OA 2HT9A 5AGYA 2TRXA 1M2AA 2X8GA 3NZNA 4NV2A 1A23A 3LQ7A 3DGQA 4MJEA 3UL3A 4FIWA 4YQUA 1WOUA 3HHVA 3M3MA 2C80A 2YANA 1FO5A 1H4OA 2VUPA 1GSQA 3P8WA 5IQYA 2DJKA 3C1SA 3QFAC 2CQ9A 3KZQA 1WIKA 1HQOA 1T4ZA 2AAWA 3J7Yk 5GSSA 4EDYA 3UIWA 2VL9A 2MMAA 1XVWA 2CZ2A 5EL8A 1TOFA 4WEYA 4N0VA 5A4WA 1XW9A 2DIYA 5IO0A 5L71A 3UVTA 3W8JA 3WGEA 2C3NA 4TKYA 1XWBA 3M9JA 3GURA 4I5QA 3LXTA 4ZILA 2C3QA 5C04A 1JZRA 1NSWA 1AC1A 4EO3A 2RIIA 4JU5A 4EKZA 4IVFA 2P5RA 4F0CA 1Z6MA 4K8MA 2H0IA 3QPMA 1YEPA 3LXZA 2FWGA 2DJJA 4YH2A 2OBKA 1EP7A 4Q5NA 1O8XA 3F4SA 2RUEA 3ME7A 3IHQA 1GNEA 3C8EA 3APOA 2YWOA 1VF2A 2EIOA 4PUFC 1M2BA 2RM6A 5D9VA 4TVEA 2PUKC 1J08A 3KCMA 3EU3A 1A0RP 2HZEA 4TXOA 3GNJA 2ZNMA 2ALBA 5JCUA 3D21A 1TK0B 4GSTA 4WF4A 3EE2A 1HNBA 1XOBA 6GSYA 6GSXA 4NHWA 1BQ7A 2YP6A 1EWXA 1V98A 2E0QA 2FGXA 4OWYA 2C4JA 3TOUA 3ISOA 4N10A 2CV4A 3QR6A 1A8LA 4HQZA 5D96A 3H4KA 2HZEB 3M9KA 4TXOB 1SL0B 1OE8A 2C3TA 1FHEA 1F6MC 1UA5A 4Q5RA 2IMFA 1A2LA 2LRCA 3TGZA 4MPFA 9GSSA 4L5OA 4F0BA 1SD8A 4RUVA 2AUVA 3FY7A 1TW9A 2H72A 2V41A 3F8UA 1ZYQB 16GSA 4HU9A 2IMEA 2NVLA 1MTCA 2H0HA 1EOHA 1GP1A 3TRXA 3F3QA 4P3YB 1OKDA 2FA8A 4PNFA 4ECJA 2OA7A 2VOCA 3IXRA 2H75A 2DC5A 3EURA 4PQIA 1TP9A 4PNGA 1M7TA 5G31A 1QQ2A 3GIXA 1R4WA 3JCML 4IHUA 4CDOA 3P2AA 3FEUA 3DD3A 3IR4A 1XXUA 4KDUA 1NHOA 2OJLA 3QD9A 5A4VA 1JHBA 2K6VA 2K8VA 5IMZA 1EGRA 1GL8A 1YDKA 3G7YA 3GKMA 4H86A 3GSTA 3LSZA 3ZFLA 1K0NA 3PGTA 5ECSA 3DVWA 1AQWA 4KNDA 2LJRA 4X1UA 5DVBA 5LNKe 3VI5A 1OAZA 1B8XA 4WF5A 1ZL9A 4Z7XA 2DJ0A 4KCEA 1JFUA 2BTOT 3A3TA 1Q4JA 2LSTA 2XBQA 2O7KA 3GV1A 2CX4A 2B5EA 2XHFA 3CSIA 4D73A 3M8NA 3RDWA 4NAXA 2PU9C 1MDJA 5HR0A 2G2QA 2KP2A 3GUSA 1MD4A 2K9FA 1KNGA 2LRTA 1FVJA 1M2DA 3GX8A 3L9VA 4ECBA 2NTOA 2H76A 1SJ6A 4I6XA 4WR5A 1GRXA 2GSRA 5B6MA 3FZ5A 1XZOA 4HEA2 1YKCA 2GZPA 1O73A 3I69A 4BL7A 2IJYA 2IMDA 4NXIA 3TJFA 2CVBA 2AHEA 3DVXA 3RBTA 2JZTA 5GSTA 4ILFA 4D73B 4ZBBA 1B48A 1EZKA 4N30A 1JLWA 3D4MA 4IP6A 3O3TA 5D8IA 5D9XA 2HE3A 4GSNA 2O87A 2DJ3A 4PX1A 2WS2A 4V2NA 5B6NA 3TKSE 4EC0A 2VLUA 1OC8A 2LEGA 4I2TA 4K7OA 2IMIA 2I3YA 1TK8B 3C73A 5ECHB 4E8EA 4F82A 4KAEA 5F07A 1TRVA 2PWJA 3O6TA 3CXGA 1LU4A 2V1MA 4TW5A 4JRRA 2WZ9A 2FNOA 3WD6A 2YWIA 3CTGA 5D9WA 3DMLA 2WDUA 4Q5QA 3HVSA 3ZIVA 5ECOB 5G1LA 2CAQA 2N5FA 1MDIA 1PRXA 2FD3A 3TCOA 1SK1A 3TKQA 4GLTA 2IL3A 3P7XA 1ERWA 2N5BA 1QUWA 1U3IA 1Z6NA 1E2YA 4XRDA 2L5OA 2O8VB 1XVQA 4EUYA 5IMAA 3VPQA 5JWQB 1H75A 1EP8A 5J3RA 1ZCPA 5LD0A 1ILOA 4IKHA 1F3BA 3HXSA 1GUKA 1FW1A 4ECIA 4G9HA 1JZWA 2J9HA 2QSIA 1T1VA 1X9SB 1GSSA 1QGVA 3SWLA 4XIHA 2H0GA 4MABA 4Q5FA 3WGDA 1SENA 2V32A 3F4RA 3QFBC 4XS1A 1U3AA 1QXHA 3BOAA 4MJAA 1G6YA 3V1WA 4GSSA 2VL2C 4GQFA 4RQRA 3EYTA 5F0GA 3D5JA 4KSMA 2O89A 1WWJA 4MLYA 3GKXA 3HKRA 1Z5YE 1GTAA 2L6CA 1YKAA 4V1Ap 3C1RA 3HD5A 2TRCP 2PERA 5ECMB 4LA1A 3GYKA 4HJ2A 3CBUA 2JADA 1U88A 4K7NA 4L0UA 3CMIA 4ZB9A 19GSA 5HR3A 5CRWA 4OD7A 2GTUA 4JR6A 2H66A 3SBCA 2P31A 3TRPA 3TUEA 3MNGA 4GTUA 2LS5A 2REMA 5KN2A 2FHEA 2QC7A 3KGKA 5IPHA 2B1KA 1T4YA 2C0EA 3Q18A 2IN3A 4RI7A 5CRGA 3DXBA 3F9UA 3F0IA 4ZBAA 3GHAA 2YNXA 2VCXA 2L6DA 2H74A 3F6FA 4V2MA 1IYHA 4EF0A 4BPYA 4HJMA 3DKSA 3DYRA 4BVYA 4NWYA 4POLA 2RM5A 2VM2A 5DDLA 3L9SA 3HJMA 1V9WA 18GSA 2X99A 3ZMLA 4WETA 4PURA 1LBKA 1F9MA 3TJKA 1PSQA 1ZOFA 3U6VA 4KW6A 2MBSA 4KDXA 3D22A 5J5NA 5CYYA 4PGTA 2C1YA 5IMDA 2FWEA 3BJ5A 3QMXA 5F05A 4BWSA 2WFCA 4I97A 5AN1A 2R2JA 2H1BA 3D4TA 2B6MA 1XWKA 2FY6A 5KN3A 3KTLA 3ZZXA 4IJIA 4ACSA 2R5GA 3IE3A 5J9BA 4FH8A 4NHZA 2DJ2A 3I6AA 5HQPA 3ZYWA 1ABAA 3LYPA 1EV4A 4KH7A 4MMMA 2OE1A 4EDZA 4E8HA 2J23A 3WT1A 4TOPA 4ISDA 1EV9A 3GRXA 2MBTA 3H93A 1GLPA 2R6KA 1SYRA 1O81A 3H1NA 3KM6A 4ZB6A 1YQ1A 2VAFA 3UJ1A 2YOIA 5CAXA 5EVOA 1SD9A 3F63A 1J9BA 1TI1A 4OCEA 2HNLA 2DBCA 2RLIA 1HYUA 1OVNA 4GXZA 2C0DA 5DJMA 1XBSA 2F8FA 3HVXA 3FR3A 2F51A 4QL9A 4MCUA 1RW1A 2D2ZA 1OKTA 6GSTA 2MMOA 3UAPA 3KP9A 4O7HA 2GQLA 3IA1A 2CVDA 3UOMA 4OFNA 2CX3A 3KIJA 3GN3A 1TTZA 5IO2A 1TKDB 3EWLA 4KUNA 5H5SA 2HSYA 2H6ZA 2GLRA 4IW9A 4LMVA 1EGOA 2A4VA 2I1UA 4DEJA 1SJZA 4OCFA 3Q74A 1SL1B 5ELGA 5DQSA 2LNSA 1PMTA 1URMA 4AF2A 3VPTA 4MH3A 3APSA 2OKAA 5ECNB 2M72A 4KX4A 3TKPA 3QAGA 1T3BA 2LV3A 1A24A 2HLSA 4I8BA 1YJ6A 2GS3A 1DE2A 2H1AA 1PX6A 3GMFA 4XCSA 3U5RE 3ZMKA 2PVQA 3QDNA 4G2EA 5J41A 1PL1A 4K0GA 2VLVA 1KEBA 3GTUA 3BCKA 5DQYA 2IIYA 4GF0A 2DJ1A 2L4CA 2CAIA 1A0FA 2ZCTA 2L4QA 4PQ1A 5FWGA 2YZHA 2GT6A 1ERUA 5DJLA 4RI6A 2KLXA 5GAND 2H6XA 2VD0A 3VLNA 1WRYA 3VURA 2QGVA 4OO5A 1TJDA 5LCZA 3GTUB 3IBHA 4MDCA 5ECLB 4MP4A 1NM3A 3NIVA 5J4UA 1TDIA 4J56E 3KMNA 3WT2A 1GNWA 5IMFA 2B1LA 4AJ7A 1NW2A 3IDVA 2GZYA 5IIZA 5B8BA 1UN2A 3D0ZA 2PPTA 2H1GA 1YF0A 1M9BA 2GSTA 2VIMA 4PXOA 1FVKA 2H70A 4QL7A 1PKWA 4KGIA 3ZVJA 4DSQA 1RQMA 3K8NA 3ZIJA 1GULA 4TR0A 2GT5A 2GSSA 2CVKA 1AW9A 2DMLA 5CRHA 5E59A 1R5PA 2XBIA 1SL2B 3VWXA 3KXOA 2F9SA 5D93A 2OACA 4PUAA 4F9ZA 4KE3A 1V58A 1G0TA 5CP1A 5ECRB 5G30A 1FB6A 2KHPA 1Q98A 4DSSA 1VF3A 5JCGA 1E6BA 3KMOA 1B9XC 3E0UA 4GCIA 3TOTA 1PN9A 3UVHA 5HR1A 3TKSA 2IPAA 3FR6A 14GSA 4XTSA 1M9AA 3TJBA 2VM1A 4POBA 4MJCA 3EVIA 1A8YA 1A2MA 2H1DA 5IMVA 3HYPA 4TR4A 4EVMA 3DIEA 2WULA 5ECQB 3LJRA 2AB6A 2H8LA 1O7UA 2FWFA 2H19A 4DSSB 1ACVA 2H30A 4L0WA 4TN8A 1PL2A 2YWNA 4ML1A 3LGCA 2O85A 1GSEA 3O76A 2CA8A 3CRUA 1B4QA 1U6TA 4K9ZA 2H01A 3UBKA 3KD0A 3CSJA 4CHSA 2QKEA 3C71A 3IRAA 2H73A 2WJUA 2X8HA 2G0FA 3DEXA 2PN8A 2LKUA 3Q19A 2YZUA 1Y25A 5AIXA 1BYEA 4TRXA 4OFMA 4K7IA 3GKKA 2AV4A 2GVPA 1JZDA 3A2XA 5IOWA 1K0DA 1ZYEA 1K0BA 4HU7A 4MZCA 1O8WA 3HJOA 3I9V2 4MF7A 2N5AA 3HCZA 2FWHA 1ERVA 4ULXA 2LUSA 3J7Yb 1U87A 3EINA 1F2EA 2B5YA 1GSYA 4G10A 1T00A 4EE0A 2ON7A 1B9YC 2R37A 4YAVA 4GRFA 3VI7A 4AJ6A 2K8SA 3L9UA 4JZQA 5FHIA 2PVOC 3L4NA 1V2AA 2ZUPA 1GLQA 5G1KA 1FB0A 2YN1A 1K0CA 1BX9A 1V40A 4EXJA 1G7EA 3KEBA 2GSQA 3CYNA 4IS0A 3UARA 1UC7A 1VF4A 1ON4A 2LNTA 2HRFA 2VCVA 5AISA 5ENUA 4JE1A 3VWUA 1AUCA 1HNCA 4QQ7A 1X5DA 4HUAA 3EMPA 5ECPB 2WCIA 4J57E 1SJIA 1PA3A 2VCTA 5D73A 1AIUA 3S9FA 4O92A 1RK4A 3EMXA 3N9JA 3W6GA 3LEFA 2I81A 2I4AA 5JCWA 4IGJA 1XWAA 4GWRA 1W89A 5ECIB 5G2ZA 4MH2A 2VL3A 3TJJA 1WPIA 4POMA 4WR4A 13GSA 1ZZYA 1M99A 1XFLA 1LJRA 2MYGA 1OE7A 3C7MA 1XIYA 2HFDA 5IM9A 4HZ4A 3IK9A 4WBJA 3A2VA 4LMWA 3F6DA 1SK0A 2HI7A 4K2DA 2FCHA 2L59A 2NBSA 1FG4A 4K0NA 3FYGA 2DSAA 3QAWA 3RPPA 3M1GA 1K3OA 4L8EA 3EU4A 2ON5A 2GQMA 2LJAA 8GSSA 3Q6OA 1DBYA 1M0UA 6GSSA 4HOJA 3KTBA 5JWOB 2LQOA 1THXA 3R2QA 3RHCA 2NDOA 2AYTA 1HD2A 1DUGA 4OMVA 4IP1A 2EIRA 2VD1A 3PH9A 3KJYA 3IAS2 3UBLA 1GTBA 2E2MA 3FR9A 4DVCA 2YPMA 1OC9A 2LJKA 5CNWA 2B7JA 3H79A 3P90A 4XHMA 1TI3A 1N8JA 3GL3A 4TR3A 1PGTA 1Z9HA 2GDRA 1VGLA 4IQAA 3IC4A 1GSUA 5B8AA 2WGRA 1PKZA 1X0RA 1IYIA 2VCQA 3FZAA 5DALA 2WRTA 1XCCA 6GSVA 4POKA 4OO4A 1OC9B 2F3MA 2P0GA 3ZLPA 3TB2A 1SKSB 5FT3A 2P5QA 5IMCA 3BBYA 2C0GA 3I43A 1ML6A 5EY6A 2V6KA 1SYXA 1PD21 4IBPA 2CT6A 5HFGA 3MAKA 3HVVA 3QCPA 3LG6A 3FK8A 5DALB 1O85A 6GSUA 5IOXA 1J0FA 2HZFA 4NV5A 1JLVA 5J9CA 3H8QA 7GSSA 2XPDA 5COHA 4KSOA 4DSRA 2DLXA 1AAZA 1BJXA 4LL1B 2M46A 1S3AA 2BJXA 1F3AA 2JZSA 5ELAA 1GTIA 2WB9A 3IAM2 3F4TA 1G7OA 2MMZA 4HI7A 1I9DA 3WYWA 3RHBA 4X43A 5G5EA 3DWVA 3RPNA 4ZB8A 2JZRA 4N11A 4XS6A 6GSWA 2IFQA 1GWCA 1HNAA 3VK9A 3TJGA 3CSHA 4F2IA 2FA4A 1FAAA 3KH9A 1CQHA 1K0AA 1S3CA 3ED3A 5HFIA 3L78A 5B7CA 3US3A 1A2JA 5F8BA 3MSZA 1F37A 5CO3A 4IJ3A 3CTFA 1GH2A 5F06A 1I5GA 4MZBA 1OC3A 1GUMA 3GL5A 4HS1A 1MD3A 3OR5A 1USBA 5DBQA 5A4UA 1X5CA 4F03A 2OBIA 2IFQB 4MF6A 1ST9A 1ZMAA 3ZVJD 3FZ9A 4FYCA 3EC3A 1WJKA 3A5WA 2KOKA 3QAVA 2C8UA 1MDKA 2JL4A 1WP0A 1TRUA 1N2AA 4JEDA 4N0ZA 1O6JA 2B3SA 2GGTA 4ML6A 4KA0A 5INYA 1WE0A 3VWWA 1CQGA 4ZBDA 4V2LA 4BVXA 4MK3A 1ERTA 4YAPA 2JSZA 2EIQA 2JU5A 4NMUA 1KBNA 5CRDA 4LLRA 3GFKA 5H5RA 4ECCA 1K0OA 3M0FA 5HFKA 2I9HA 4GQCA 3AY8A 2OE0A 2YJ7A 4YQMA 1AQVA 1TRSA 2MZCA 2YV7A 3TDGA 3HY2A 4KDYA 1VF1A 4FO5A 2CZ3A 3TKSC 1TXXA 4MF5A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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