2XHFA

Crystal structure of peroxiredoxin 5 from alvinella pompejana
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
156
structure length
156
Chain Sequence
GSPIKVGDIIPDVLVYEDVPSKSFPIHDVFRGRKGILFSVVGAFVPGSNNHIPEYLSLYDKFKEEGYHTIACIAVNDPFVMAAWGKTVDPEHKIRMLADMHGEFTRALGTELDSSKMLGNNRSRRYAMLIDDNKIRSVSTEPDITGLACLLSIQRQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Peroxiredoxin 5 from Alvinella Pompejana
rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Alvinella pompejana
molecule keywords PEROXIREDOXIN 5
total genus 45
structure length 156
sequence length 156
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2010-06-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2xhfA00
1XW6A 2VL3A 2YV9A 3TKPA 4L5OA 2PVQA 4QQ7A 5IMCA 2H1GA 2V1MA 1DE2A 2PUKC 2OACA 4YQUA 1URMA 2HXKA 5IMZA 3QR6A 2RUFA 1GP1A 1TDIA 5CYYA 4WBJA 4KW6A 1PGTA 1K0CA 3TRPA 2AAWA 2ES7A 2P31A 1SL1B 3KMNA 2X99A 2FNOA 3FW2A 2YWOA 4N11A 1QK8A 2MMOA 1SYRA 4ML1A 1XCCA 1K0BA 2H01A 1MD3A 5HR0A 3HHVA 3W6GA 4EDYA 1T3BA 4FYUA 2LS5A 3FYGA 3H79A 3H4KA 1KBNA 2WRTA 4PX1A 4XRAA 1R5PA 3DD3A 5ECPB 5G31A 1RK4A 2GSSA 2HE3A 5CRGA 2PGTA 5KN3A 5ABRA 2WB9A 2GQKA 2O85A 3P7XA 4I2UA 5DALB 4EXJA 2MMNA 3F3RA 4OFTA 5ELAA 2PERA 2FWGA 5GAND 1F3AA 4PURA 5DQSA 2RM5A 5IMFA 8GSSA 4WETA 3KEBA 2N5BA 1PX6A 4JU5A 4XS1A 1F3BA 5DALA 3ZMKA 13GSA 1MD4A 2RLIA 5IO2A 4IP6A 2FUG2 5HR2A 4OCFA 3GSTA 4PUAA 5D9VA 2H72A 3IV4A 5GAPD 2BTOT 3PR8A 3CRUA 2J23A 1T00A 1GUHA 5COHA 1OVNA 4OO4A 3BCKA 5HR1A 4ZBBA 5J9CA 5CAXA 2H71A 1Z9HA 3IK9A 1S3DA 3QAWA 3D5JA 4JR4A 1GNEA 4HI7A 4I5QA 4K7NA 4OO5A 2IN3A 3C1RA 1SKWB 5LNKe 1B9YC 1OKDA 4KCAA 1OC9A 1RQMA 3G9BA 3HYPA 3L0HA 2H0IA 1CQGA 3VWVA 1PD21 3ME8A 2X8HA 3UOMA 1XPVA 3GKKA 4K7IA 1IYIA 2HFDA 1J9BA 1YKAA 2Z9SA 1T4YA 3APSA 2KLXA 4MH3A 2H6ZA 1ZYQB 1R7HA 3E0UA 2X8CA 1QGVA 3VFIA 5EPFA 4J56E 2TRXA 4JRRA 5C04A 1Z3EA 1TU8A 2VLVA 1KNGA 4ID0A 3Q19A 2JL4A 2GZYA 5JWRB 3DGQA 2XC2A 3BJ5A 2I3YA 4JE1A 4NMUA 2FLSA 4TR0A 4MJEA 1OAZA 4ML6A 3ERGA 6GSUA 4ECBA 5EY6A 6GSYA 1XVQA 4V2MA 2C3TA 3F6DA 5KN0A 2I1UA 3IRAA 1TRUA 1XWBA 4ZB9A 5L71A 2GQLA 2YWNA 4MPGA 1SK1A 1BAYA 2P5QA 3TCOA 5DBQA 1YF0A 4ZXGA 3TGZA 3UMAA 3LJRA 2DMMA 4ZB6A 4MA9A 4FIWA 2YZUA 3ZL5A 2R6KA 4YAVA 3BD2A 3KZQA 1M9BA 4NV5A 4WKWA 3GUSA 3VURA 4MZBA 3G7YA 3GX8A 2ON5A 1GNWA 3E9JB 4WXTA 1WP0A 2EC4A 2V6OA 4DSSB 5A4VA 1Z7PA 1N8JA 2FWEA 1VF1A 3UVHA 1GSFA 1O6JA 4AJ6A 1X9WB 4OFNA 2LKUA 1I9DA 1FO5A 5IMVA 1EGOA 4DSSA 4TVEA 3BOAA 19GSA 1V2AA 4H86A 1V40A 2PU9C 1M2DA 2LTKA 4HJ2A 2L6DA 2CV4A 2H6XA 4MMMA 3EURA 2REMA 1KTEA 4EVMA 2L5OA 3NIVA 3VI5A 3Q18A 5IO0A 2EIOA 1AQWA 5LCZA 3UL3A 2CVDA 1VF3A 3Q6OA 1PX7A 3GL3A 5J3RA 1B4QA 2DJJA 4EO3A 1ZCPA 4KCEA 4BL7A 1WPIA 2CT6A 1K0DA 3I43A 3L4NA 2X64A 4OMVA 2YWIA 4MK3A 2N5FA 1H4OA 1AIUA 3FEUA 1G7EA 5DQYA 5CO3A 3KP8A 2AHEA 1OYJA 4PNFA 4YH2A 3TOUA 2E0QA 1GLPA 2RUEA 2JZTA 2LJAA 3GNJA 3DKSA 5ECRB 3ZZXA 1F2EA 4DEJA 3TB2A 4F9ZA 1R4WA 2C0EA 3VI7A 2GZZA 2O87A 3QOUA 2OJLA 3UARA 1K3OA 5AISA 1V58A 3TKSE 2LRTA 3F6FA 1A2LA 1AUCA 2GSTA 5AN1A 2F3MA 4PQ1A 2KP2A 5GZZB 1M9AA 1ON4A 1SKSB 3SBCA 5G1KA 4I6XA 4N0ZA 4ZL9A 3H8QA 1EOHA 1WWJA 5KN2A 3TKSA 2LQQA 1ERVA 4IN0A 3RHBA 1O7UA 5J9BA 3W8SA 2AYTA 3G7IA 4JEDA 2MMAA 5ECNB 1H75A 4NHWA 2YJHA 1ZOFA 1TK0B 4G9HA 3HZ4A 1ERWA 1A2MA 1JLWA 3N5OA 5DJMA 1ERTA 3VPQA 4AJ8A 4XIHA 4IQAA 3DEXA 4RQXA 5G2ZA 2B7JA 3EU4A 2MBSA 4XCSA 1U88A 4TXVA 5ECHB 3D4MA 3J7Yb 3D0ZA 2YN1A 1AW9A 1J08A 4OFMA 5CREA 2OE1A 2C0GA 2M80A 2VM2A 2WJUA 4NHZA 4CHSA 2CX4A 4F0BA 4AF2A 2VL2C 2IL3A 4IQ1A 3VPTA 1THXA 5D9XA 3LQ7A 5A5KA 2GZPA 3ME7A 4HU9A 2OKAA 2FY6A 1QXHA 3DYRA 3S9FA 3ERFA 1ZGNA 1QFNA 11GSA 2DJ3A 1HNAA 3HA9A 1DE1A 3QAGA 3HVVA 4HUAA 2C1YA 4XRDA 1TKDB 2HZEB 3KIJA 4KSOA 3HKRA 4LLRA 2L4CA 2LUSA 1X9SB 3WYWA 2DJ1A 5DAKB 2YANA 1N2AA 3R2QA 3RPPA 1B4PA 3ZITA 4E8EA 4LL1B 2WS2A 4DSRA 1Y25A 3KM6A 2HZEA 2B6MA 3LEFA 4WEYA 4L8EA 3RAZA 4MPFA 4Z7XA 3F0IA 5DAKA 4ZL8A 1BG5A 3QFAC 1MDIA 2DJKA 2PVOC 2GVPA 3TOTA 3FY7A 4PXOA 1FW1A 3KXOA 2WDUA 1PL1A 4CDOA 2NVLA 2IMEA 3APOA 3OR5A 2K8SA 3A5WA 2DIYA 2OBKA 3PH9A 3GKMA 4Q5RA 1GSQA 1SK0A 4F2IA 1PL2A 1T8EB 3GN3A 2F51A 3IK7A 1TRWA 3KD0A 4TKYA 4K1FA 3D4TA 3KCMA 1LBKA 2C3QA 4ILFA 2IMDA 2LSTA 2HT9A 3L9UA 4OCEA 3L9SA 4F0CA 1W4VA 4RUVA 3GKNA 3EWLA 2CZ3A 3IOSA 1GSDA 1Q98A 3J7Yk 2A2RA 2DJ0A 3KGKA 4EKZA 3CRTA 3MSZA 3P90A 3QFBC 1K3YA 3GKXA 2M72A 1A0RP 3I6AA 5A4UA 3KTBA 3Q74A 3GTUB 5F0GA 1G6YA 4XHMA 1MTCA 4BWSA 1OC8A 1FOVA 1FG4A 3ZMLA 3TJGA 3APQA 3CTFA 2K8VA 1K0OA 2HI7A 5HFIA 2LRNA 1M2BA 3F3QA 5DCHA 3GL5A 5HQPA 1A8LA 5CRHA 1JZWA 2C0DA 3C8EA 2MMZA 4NAXA 2H6YA 1GUMA 3GTUA 4ECJA 4ISDA 2PBJA 3IA1A 1SK2A 1W89A 1FB6A 3D6IA 2C0FA 3C1SA 1B8XA 2H76A 3G7JA 4YQMA 1O81A 2VD0A 4MJAA 2H74A 1O8WA 4Q5FA 2LNTA 3CSJA 3TUEA 3GH6A 3IHQA 4EDZA 4IS0A 3TKRA 5JCGA 5G5FA 2GTUA 2I4AA 2OADA 2HNLA 2E2GA 4MZCA 3CSHA 3QPMA 2DIZA 1OKTA 3DRNA 4WR4A 2VLTA 1MDJA 1TU7A 2DC5A 1XIYA 1R5AA 3WT1A 2GGTA 3HY2A 1SENA 2YV7A 3LXTA 1X5CA 2WGRA 4J57E 3EU3A 3SWLA 1PA3A 1I5GA 3NZNA 3HJPA 4RQRA 5JCWA 4D73B 4GF0A 2GT5A 2CX3A 4IKHA 4EC0A 3D22A 4OWYA 3WGDA 4PGTA 1TW9A 1SYXA 4K9ZA 4I8BA 3HVSA 4GSTA 5F06A 2JZSA 5B8AA 5A4WA 4D73A 2VCXA 4PNGA 1G0TA 5AGYA 5GSSA 3DMLA 6GSTA 5CRWA 2VM1A 4KDYA 2J9HA 4P3YB 3ZREA 1A8YA 2F9SA 1V57A 20GSA 4GQCA 4EUYA 3UIWA 1XFLA 3ZYWA 3GA4A 1Q4JA 1JLVA 1M0UA 3NOFA 1E6BA 1NHOA 1HQOA 1ST9A 4KSMA 3LYPA 5D73A 5B6NA 2L5LA 3DXBA 2VOCA 3TDGA 4FYCA 4X0XA 2TRCP 3KTLA 3GX0A 2QSIA 3ZFLA 1X0RA 4KDUA 2E7PA 1A24A 3WD6A 1WMJA 2R3XA 3F4TA 1MDKA 2GS3A 1SD9A 4FH8A 4FO5A 2YCDA 4JR6A 16GSA 2IIYA 4TRXA 1A23A 4K2DA 2KP1A 3P8WA 4XS6A 1FAAA 10GSA 4HQZA 1BX9A 5ECKB 3MNGA 2EIQA 2LNSA 1X9MB 3TKQA 5ID2B 3IAS2 4K0GA 2AV4A 2VCWA 3IAM2 1X5DA 2A4VA 5J4UA 1PMTA 2YNXA 3LXZA 4N0VA 1G6WA 3WGEA 5HR3A 1YJ6A 2OBIA 2KOKA 5C00A 5IM9A 4TR3A 2CQ9A 1JFUA 5ID2A 4J2FA 2O89A 3VLNA 1HNBA 4MP4A 3K8NA 1TI1A 2E2MA 4KA0A 4YAPA 1Z7RA 5FHIA 2R4VA 4WF4A 3V1WA 4YQVA 1YZXA 4MJBA 2N5AA 2G2QA 2C4JA 3FZ5A 5JCUA 4O32A 2KHPA 3HVXA 4XTSA 1UC7A 1WJKA 2LRCA 1ZMAA 1Z6NA 3JCML 1TK5B 5IIZA 2P0GA 2OE3A 4POLA 2C3NA 4IW9A 1FVKA 4ULXA 3DVXA 2CVBA 2F8FA 2HRNA 2VLUA 2WZ9A 5FWGA 4KUNA 3C71A 1R26A 1DBYA 2V2GA 4RI7A 2ZNMA 2V6KA 6GSXA 3A2XA 4LL4B 4PQIA 4RI6A 1ZL9A 4ZBAA 2VCQA 4N10A 3RBTA 3IDVA 2HSHA 4POBA 1TOFA 3RPNA 4O7HA 1B48A 2F8AA 2L57A 4JZQA 1QQ2A 2XBIA 1JZDA 2AJQB 4TXOB 2VL9A 4MLYA 1EV4A 2HYXA 2WCIA 3HCZA 1VRSD 4LMVA 3KH7A 2GQMA 4HQSA 2C8UA 2H8LA 2FWFA 2CVKA 2H75A 3P2AA 5JWOB 3LFLA 3HXSA 3VWWA 1NM3A 1E2YA 4ECIA 1T4ZA 4V2NA 4TXOA 2JACA 4LMWA 5B8BA 4BPYA 4E8HA 1MEKA 1EZKA 4TOPA 4HEA2 1O73A 1TI3A 3L78A 2CAIA 3KH9A 3C7MA 3BCIA 3M0FA 2HLSA 1GWCA 4EF0A 1T7PB 2QKEA 2IMKA 4KGIA 1GSEA 3U5RE 5IPGA 5IMDA 4GSSA 5IPHA 3ERWA 1T1VA 1QUWA 3N9JA 3TJKA 1GTBA 17GSA 5HFKA 1VF2A 1PN9A 3RDWA 3GURA 1GH2A 3GSSA 3EMPA 3C73A 2LJKA 2JSYA 5J5NA 1Y6EA 1S3CA 5IQYA 1NW2A 3UBLA 1XWGA 4HDEA 3ZVJD 2NTOA 4IJ3A 2YWMA 4MJCA 1WIKA 1J0FA 2JSZA 3FKFA 3A2WA 5H5RA 5D96A 2LEGA 5ECOB 1XW9A 4KE3A 3IXRA 3M9KA 3EE2A 3IPZA 3KMOA 4ECCA 1VGLA 3W8JA 4KNDA 4MCUA 2TIRA 4G2EA 1ZZYA 2FA4A 2XBQA 3QD9A 1AC1A 3RHCA 5ELGA 5LD0A 1YDKA 5FT3A 3PGTA 4DVCA 6GSVA 4NWYA 2DMLA 1SKRB 1AQVA 2LV3A 2I81A 1GL8A 1TRVA 2VL2A 1IYHA 3QCPA 1U3IA 2H66A 3MAKA 2XPDA 3DVWA 4O5RA 2YPMA 3UBKA 2O7KA 1AXDA 2DLXA 1EV9A 1WRYA 1WOUA 2WULA 1JZRA 3M3MA 4IELA 1NSWA 3EC3A 1TJDA 3GYKA 2RIIA 2IFQB 4TR4A 1XWKA 5INYA 3AY8A 4IBPA 1USBA 1F6MC 3WT2A 4TW5A 1EEMA 2QC7A 3GV1A 2LJRA 3FZ9A 3M1GA 1SU9A 1XOBA 2YZHA 3ZRDA 5EL8A 1FHEA 2G0FA 2KUCA 1GUKA 1SJZA 4IHUA 3FRCA 5KN1A 7GSSA 1YKCA 2IFQA 3EYTA 4XS4B 4OD7A 2LQOA 1B9XC 1A2JA 3O76A 2R5GA 2O8VB 4GTUA 4L0UA 2VIMA 2ZCTA 3HJOA 5AIVA 4BWQA 4I97A 3ED3A 5CNWA 2GSRA 2NBSA 5AIXA 2B5XA 3KJYA 1K3LA 1U3AA 4V1Ag 4HJMA 4IJIA 3O3TA 5H5QA 4KAEA 3ZLPA 1DSBA 4XS4A 1TRSA 2VO4A 3CSIA 1GULA 2DJ2A 2MYGA 1ZYEA 3ZFBA 2VCTA 3F63A 1SL2B 2V41A 1OC9B 3FK8A 5CP1A 1ERUA 1Z5YE 3VWUA 1GRXA 1TXXA 1RW1A 1THOA 22GSA 3HD5A 3TJJA 1XBSA 5F8BA 3GIXA 1SD8A 1M7TA 2R2JA 4ACSA 1S3AA 2QGVA 2JU5A 1PQNA 3GHAA 3LORA 4NV2A 1K0NA 3TJBA 2FHEA 3LG6A 1EEJA 3FR6A 1PKWA 5D8IA 5ECLB 3H93A 4MF6A 4K8MA 5GSTA 1LU4A 5D9WA 4HZ2A 1AQXA 2L59A 3EMXA 1OC3A 5H5SA 5CRDA 2FWHA 4DSQA 2B1KA 4FYBA 2R37A 1ACVA 2HSYA 4V2LA 1GLQA 2M46A 1OE7A 1XOAA 4KB3A 1M99A 3ZTLA 2H0HA 1AAZA 1EGRA 2JADA 2YOIA 2A2SA 3UJ1A 2NPBA 1BJXA 2RM6A 1HD2A 4IP1A 2ZUPA 3KP9A 1YF1A 2H0GA 1HNCA 2H73A 4F03A 2H30A 5J41A 5E4WA 4TR1B 1A0FA 1O85A 1U87A 3LWAA 4CW9A 1FB0A 1K0MA 2FD3A 18GSA 1VF4A 4TN8A 3GFKA 2WFCA 3ZIJA 1JZOA 2VAFA 5ECIB 3UAPA 1GTUA 2B7KA 4ZL7A 4NPBA 1LJRA 3QDNA 3VK9A 9GSSA 4NXIA 4V1Ap 4TR1A 4X43A 1DUGA 4L5LA 2AUVA 5DDLA 5ECMB 2IMIA 3UEMA 2IPAA 5F05A 3LGCA 4KX4A 1XWCA 3CMIA 2D2ZA 3IE3A 3IR4A 3UVTA 1XVWA 2VUPA 4K0NA 1WE0A 5KEJA 3TRXA 4MF7A 4MZWA 1BEDA 4Q5NA 1YY7A 4KDXA 2K6VA 3FR9A 3FZAA 4PUFC 5DJLA 3VWXA 3TKSC 3FR3A 2H70A 4POKA 4Q5QA 1PKZA 3M8NA 2L4QA 2IMFA 3TRQA 1V98A 1U6TA 1KEBA 1GSYA 4K6XA 3L9VA 2VD1A 3U6VA 1FVJA 4BVXA 4PQHA 4EL1A 5DVBA 12GSA 4ZB8A 2EIRA 1YEPA 2GT6A 2OA7A 4I2TA 1YEXA 2OE0A 2CZ2A 2PPTA 3IC4A 4MDCA 4ZILA 1Z6MA 3ISOA 4BA7A 1GTIA 3CBUA 3I69A 6GSSA 2VCZA 3O6TA 4G19A 5F07A 3QAVA 3TJFA 2CA8A 1M2AA 3H1NA 4WBRD 2XHFA 2X8GA 5E59A 4HS1A 2DBCA 5D9TA 5IOWA 3E3EA 3QMXA 4MF5A 3BBYA 2K18A 1OE8A 1XW5A 2IWTA 4POMA 4GWRA 2BMXA 4IGJA 1CQHA 1XZOA 3WGXA 1EWXA 4AJ7A 3US3A 2VCVA 3GH9A 2FGXA 2GSQA 1EP7A 4WR5A 3I9V2 5B6MA 4K7OA 3F9UA 1BQ7A 4HOJA 2B5EA 3F8UA 4HZ4A 4BVYA 4GXZA 4KH7A 1YQ1A 2MZCA 2MBTA 1ML6A 3PINA 4HU7A 5B7CA 2PN8A 3A2VA 2CAQA 2AB6A 4GSNA 4GRFA 4F82A 3M9JA 1SJ6A 1UN2A 4MH2A 14GSA 1G7OA 1TK8B 4N30A 2HZFA 4MABA 2PMTA 4EE0A 2IJYA 1SL0B 4IVFA 1UA5A 3DWVA 6GSWA 2FA8A 5IOXA 2PWJA 1PSQA 1ILOA 2XPEA 3F4SA 2I9HA 2FCHA 1F37A 3MWHA 5D93A 4GQFA 2L6CA 1JHBA 2BJXA 5ENUA 4O92A 1GSSA 2H19A 4QL9A 3GMFA 3HJMA 5IMAA 5G5EA 4LA1A 2YP6A 4WF5A 4QL7A 1UVZA 2GDRA 3HDCA 2HRFA 1EOGA 2C80A 1QMVA 1X5EA 1HYUA 5ECQB 3A3TA 2B3SA 2H1DA 1XWAA 2ON7A 1SJIA 2YJ7A 4ZBDA 1TTZA 4GLTA 1BYEA 4JBBA 1TP9A 1GTAA 4GCIA 1C72A 2GLRA 2ALBA 2P5RA 5HFGA 1GSUA 2H1BA 2NDOA 5DCGA 4AGSA 1O8XA 5G1LA 3DIEA 3IBHA 1XXUA 3FHKA 1EP8A 3D21A 5JWQB 3HZ8A 4G10A 3LYKA 1NHYA 1K0AA 2B5YA 3F4RA 3EVIA 3ZVJA 5G30A 2K9FA 1V9WA 3EINA 3FZ4A 2V32A 3CTGA 2B1LA 3CYNA 4L0WA 3LSZA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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