2XPDA

Reduced thiol peroxidase (tpx) from yersinia pseudotuberculosis
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
166
structure length
166
Chain Sequence
TQTVHFQGNPVSVAGKLPQIGDKAKDFTLVAKDLSDVALSSFAGKRKVLNIFPSIDTGVCAASVRKFNQLAGELENTVVLCISSDLPFAQSRFCGAEGLSNVITLSTLRGADFKQAYGVAITEGPLAGLTARAVVVLDGQDNVIYSELVNEITTEPNYDAALAALK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Characterisation of Tpx from Yersinia Pseudotuberculosis Reveals Insights Into the Binding of Salicylidene Acylhydrazide Compounds.
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Yersinia pseudotuberculosis
molecule keywords THIOL PEROXIDASE
total genus 56
structure length 166
sequence length 166
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2010-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2xpdA00
5LNKe 1AQVA 1PKWA 2WFCA 3GV1A 4ACSA 1SKRB 1SENA 2AB6A 3CTGA 1XWKA 5IIZA 2HRFA 1WJKA 2LJAA 3L9VA 5IPGA 2C1YA 18GSA 1K0NA 5D9WA 3TDGA 5CAXA 3GTUB 3BD2A 2VAFA 19GSA 4CDOA 3MAKA 4ISDA 1OKDA 4XCSA 5CREA 3IPZA 4V2NA 5EL8A 2CVDA 1BYEA 1QFNA 1F9MA 2GTUA 1DUGA 4L0WA 3KD0A 3IRAA 5DCGA 2FNOA 3GH6A 3HKRA 3GL3A 3KMOA 2FGXA 5DQSA 3ZFLA 2FWFA 2M72A 5A5KA 2HSHA 3HVSA 3H93A 3M3MA 3H4KA 4KAEA 3IK7A 2WGRA 3H79A 4WBRD 4EF0A 1XWGA 4ML1A 2YJ7A 1GUMA 1TK0B 1B4PA 4EDYA 3MDKA 4MK3A 1USBA 3IDVA 2C3TA 3DXBA 5HR1A 5ECNB 1M9AA 3ZZXA 4DSSA 2HZEB 3LYKA 2JZRA 4OWYA 4I2UA 3C1RA 4HDEA 2PVOC 5CNWA 5LD0A 4IW9A 1ZCPA 4J57E 1TP9A 2K6VA 1U88A 3A3TA 4MF5A 4IJIA 4F0CA 4PXOA 1TTZA 1Z5YE 4GSNA 4HS1A 4XS4A 1KBNA 4XS1A 5IO2A 2PUKC 2C0GA 1ILOA 4N10A 2FA4A 2CX3A 2H66A 5ID2A 4OFMA 2VCXA 3LJRA 3GKKA 4V1Ag 1OKTA 4HZ4A 3FZ9A 4IGJA 3UVTA 2WZ9A 4ECJA 4NHZA 3G7IA 5ECHB 3UEMA 2JU5A 2MZCA 2JL4A 5AIXA 2JADA 2YV7A 1WMJA 4K9ZA 4L8EA 1J08A 2CA8A 4HU7A 3EU3A 2JACA 3FRCA 2O7KA 5G31A 1YF0A 1AQWA 4JR4A 4TR1B 2QKEA 2EIOA 3Q18A 5COHA 4MF7A 1URMA 2K8SA 3J7Yk 3FZ5A 2KP2A 1UVZA 4L5LA 3MWHA 5LCZA 3FZAA 1EP8A 2H70A 5ECRB 2A2RA 3DMLA 4AF2A 1TKDB 4I6XA 2K8VA 5IMCA 1BEDA 3ZVJA 1G7OA 4LL1B 4LLRA 4OFNA 3TJKA 5H5SA 1B9XC 1BJXA 4O32A 4IP6A 3TUEA 1GSDA 5IMDA 4FH8A 1Q98A 3U6VA 2BJXA 1QMVA 4RI7A 1PN9A 3BCIA 4BVXA 1SD9A 2H1AA 1JFUA 5IMFA 4K1FA 1XCCA 2O87A 2V32A 3I6AA 4NXIA 5E59A 2VOCA 2ES7A 3ED3A 2CQ9A 4N0VA 3TRXA 1M2DA 3D4MA 4F0BA 1PX6A 3TCOA 2WULA 5C00A 3P90A 3C73A 3QCPA 4MABA 5CYYA 4KDXA 1RW1A 1QQ2A 4KB3A 4OO5A 3IHQA 2R37A 3E3EA 1HNCA 4KE3A 4WF5A 1JZDA 4POKA 3GYKA 3HJPA 5F0GA 2LQQA 1XZOA 3GIXA 2C8UA 4PUAA 5D9TA 1GLPA 5F8BA 3C8EA 3JCML 2R3XA 1W89A 2RUEA 5D96A 1GSEA 4MZWA 3GA4A 2C0DA 2YNXA 3WT2A 3DYRA 4NV2A 1T4ZA 2BMXA 3BBYA 2LS5A 2VIMA 3HHVA 4TXVA 1ON4A 1A23A 2O89A 3PH9A 3TJGA 3O6TA 1A2MA 3LYPA 5ECOB 1M2AA 4OD7A 2X99A 2B5EA 2ZUPA 1YKCA 1M99A 3VWWA 1OC8A 3L0HA 2DBCA 4JEDA 2IN3A 5B8BA 2VUPA 2H8LA 4FYBA 2R5GA 3L78A 1B8XA 4TXOA 3QDNA 2PGTA 2EIRA 2TRCP 3IK9A 4K0NA 14GSA 2CVBA 1O81A 3GSTA 4HJMA 5A4VA 2VO4A 4ZL9A 5D8IA 1GSSA 4KA0A 2IMIA 5ABRA 2C0EA 3HDCA 1SK2A 1EOGA 5ECMB 2H1DA 2PERA 4I97A 4NV5A 2LV3A 2GSSA 4MP4A 5FWGA 3DKSA 5DDLA 4NPBA 2IFQA 4G19A 3DVWA 4TW5A 1O85A 3ERFA 2H0GA 3UMAA 2DIYA 2N5AA 4HJ2A 4FYUA 3VPTA 2VLVA 1THOA 1T3BA 2IJYA 4ZXGA 3F8UA 1YEPA 1ML6A 1V40A 3FR3A 1NW2A 2B7KA 4GQFA 4MDCA 1SL2B 5E4WA 1A24A 1F37A 3KZQA 3WYWA 3CRUA 3FR6A 4IVFA 4Z7XA 2CVKA 1SL1B 2F51A 4Q5QA 4KSMA 1N2AA 3M1GA 4WF4A 2GQMA 1QGVA 4XIHA 1VRSD 3GL5A 4ID0A 3ISOA 1AXDA 3UOMA 5J5NA 3O76A 2DJKA 4KGIA 4EDZA 2P0GA 1ACVA 4IN0A 2JZSA 1FVKA 3FR9A 1G0TA 4F9ZA 2XPDA 4G9HA 20GSA 4BA7A 1YDKA 1OC9B 1ZYEA 4I8BA 4D73B 4TR4A 3ZIJA 2EIQA 4FO5A 5IPHA 2DJ0A 5CRDA 3ZIVA 2WS2A 2CX4A 2GT5A 4WR5A 1T7PB 4MZBA 5J4UA 3QOUA 4X43A 4IBPA 2B1LA 3TKRA 3GX8A 3CSJA 4JZQA 3TRPA 2GZZA 4F03A 2L5OA 5F06A 3KGKA 5IMZA 2M46A 3I9V2 4OFTA 2CZ2A 2VM2A 2HXKA 4MPGA 2K18A 1XVWA 1KNGA 1EV4A 1A8YA 1TRVA 4GSSA 1FAAA 5ECSA 1ERTA 1JZWA 2VCWA 3OR5A 1X5CA 4K8MA 22GSA 2H73A 4X0XA 1K0CA 1LU4A 3RPPA 2GLRA 2O8VB 4I2TA 3GRXA 4MJAA 4PQ1A 1ZZYA 4WBJA 3TB2A 4BWSA 1GSUA 1ZL9A 3CTFA 2P31A 2YWIA 3P7XA 4TN8A 2VLTA 2RM6A 1CQHA 1A8LA 1JZRA 4MA9A 2AV4A 3LEFA 4K7OA 4H86A 1WP0A 3LXTA 2TIRA 4AGSA 2CAQA 4IJ3A 4RQRA 1YEXA 2GSRA 4L0UA 4DVCA 3HJOA 2RM5A 2OACA 2F3MA 1DE2A 1O7UA 1X5DA 1DBYA 4JE1A 4MF6A 5DAKB 1THXA 2PPTA 5J3RA 3HVXA 4HU9A 5HR2A 4ZBAA 3APSA 5G5EA 4MH3A 6GSVA 3HXSA 3UJ1A 3QR6A 5B7CA 4K7NA 5FT3A 1BX9A 4PNFA 4MCUA 1E6BA 1DE1A 4HI7A 3EWLA 4MJBA 1TRWA 3DIEA 6GSTA 3GHAA 4CHSA 1GUHA 1DSBA 4J56E 2H6XA 3DEXA 2GS3A 3CMIA 5D73A 2XHFA 1SL0B 2FWGA 1FW1A 1KTEA 1S3AA 1T1VA 4GQCA 5EY6A 3IBHA 1VF1A 2L4CA 4V2MA 2JSZA 5DCHA 1X9WB 3ZL5A 4RI6A 1SYRA 3APOA 5ELAA 2VCQA 2ZCTA 1M2BA 3GUSA 2FA8A 3EC3A 5ELGA 5AIVA 1YJ6A 1TOFA 1VF4A 2VD1A 1G6WA 1X5EA 4MLYA 4DSQA 1MD3A 3KJYA 2H71A 3W6GA 4HEA2 3LG6A 3KP9A 2ALBA 5IO0A 2WDUA 2H0IA 4G2EA 2R6KA 4LA1A 3HZ8A 3KEBA 2OE1A 4PQIA 3EE2A 5JCGA 4XRAA 3TKSE 6GSXA 1MD4A 3H8QA 4EVMA 2NDOA 5DQYA 5AISA 2L6CA 1HYUA 3K8NA 1XPVA 3C7MA 3PGTA 1Z7PA 4BWQA 3KTBA 1NM3A 2RIIA 3F4SA 4N0ZA 1BQ7A 1F3BA 4FIWA 3D6IA 5A4UA 3ZYWA 3L4NA 5B8AA 3CXGA 4TVEA 5C04A 4ZB9A 1V57A 2LJRA 1TK5B 4GSTA 3DWVA 5J9CA 1XXUA 2LUSA 1X9SB 5IOWA 3G7YA 3EYTA 4KCAA 4MJCA 3IR4A 1XW6A 1H4OA 1OAZA 3KH7A 2IIYA 2KLXA 5L71A 1W4VA 2KUCA 3GFKA 3UBKA 5DALB 3HA9A 2N5BA 3M8NA 3KTLA 2H75A 2LSTA 1Z7RA 2R2JA 4TOPA 3DRNA 2H1BA 2F9SA 2GVPA 5EPFA 2EC4A 1MEKA 1EWXA 3GTUA 3HCZA 1C72A 1JZOA 4EE0A 1YKAA 5ECIB 3L9SA 4IELA 1TI1A 2A2SA 4HQSA 1FB0A 5G30A 2RLIA 2FCHA 1Q4JA 3FKFA 1XVQA 1T8EB 4PURA 2YWMA 3VWVA 1G7EA 1H75A 1R5AA 2D2ZA 2VCZA 5D9VA 2XBQA 1TJDA 3KMNA 3A2VA 4WETA 1ZYQB 5KEJA 1JLVA 1V9WA 3D5JA 1A0RP 4XRDA 3TKPA 1G6YA 3KH9A 1YZXA 4O5RA 2H0HA 1GLQA 2GQKA 2LNTA 3MSZA 3ZREA 3KM6A 3SWLA 2IMDA 2HZEA 2WB9A 1OE7A 4JBBA 2GSQA 2AYTA 3ZITA 1R7HA 2I9HA 2IL3A 2GQLA 2LRTA 5ECKB 4BL7A 1NHYA 4MPFA 1N8JA 1FOVA 5IQYA 2IPAA 2H72A 1UN2A 3IA1A 2JSYA 2MMNA 1TU7A 4MJEA 5ECQB 2K9FA 2F8FA 1K0OA 2GT6A 3GH9A 3HVVA 3EMXA 3KIJA 4JR6A 3TJFA 5EVOA 5INYA 2IMEA 4V2LA 1UA5A 1SJ6A 1XOBA 1AIUA 4KNDA 1ERVA 1GL8A 4F82A 3QFAC 5F05A 1OYJA 2ZNMA 1PKZA 1Y25A 4GRFA 5HR0A 5H5QA 3WGEA 3IV4A 4YAPA 3TKSA 1SJIA 4NMUA 5D9XA 3ZRDA 2WCIA 3APQA 1JLWA 2DMMA 4QL7A 3F4TA 4DSRA 4TR1A 3LQ7A 5H5RA 2YP6A 5JCUA 1Z6NA 5G1LA 4JRRA 4TR3A 5GAPD 1OC3A 2H1GA 3GNJA 2GSTA 3BJ5A 3HJMA 1HD2A 3F3RA 3G7JA 1XBSA 3DVXA 3QPMA 4Q5RA 1VF2A 4EUYA 3ERGA 4XTSA 5CP1A 3F9UA 3AY8A 3VPQA 2FLSA 4OCFA 4HOJA 4KCEA 2XBIA 1GSQA 3DD3A 2B1KA 5FHIA 2DJ3A 3I43A 1PL2A 5CRWA 1AQXA 1WOUA 3I69A 2LRCA 2N5FA 4YH2A 1EEJA 2GDRA 1U87A 1R26A 1RQMA 2ON7A 1WE0A 1PRXA 1SD8A 2HZFA 1TRUA 3VURA 3IAS2 4IP1A 1TW9A 3GKNA 3NOFA 2J23A 3BCKA 1OVNA 3U5RE 2OADA 4NWYA 1TDIA 5IM9A 3GSSA 1IYHA 2HYXA 2B5YA 4JU5A 2P5QA 4F2IA 1GUKA 2GZYA 1WPIA 1IYIA 2L57A 4TRXA 1K0AA 1EV9A 4EC0A 2WJUA 1MDIA 2MBSA 1TK8B 2C3QA 2H01A 1PQNA 5DJLA 4XS6A 1FG4A 1B4QA 3A2XA 2QSIA 4HQZA 4E8HA 3O3TA 1NHOA 1SU9A 1XWBA 4WKWA 4Q5NA 1CQGA 4DSSB 4P3YB 4POLA 2DJJA 4X1UA 2X8GA 3IOSA 4YQUA 2X8CA 3LGCA 3TOTA 4POMA 5CRGA 3ZMLA 4ML6A 4XS4B 1S3CA 3TGZA 5G5FA 1Y6EA 4EXJA 2OBIA 1PX7A 3QFBC 3IAM2 2DSAA 3RHBA 3V1WA 4GWRA 3WGDA 1J9BA 1XWCA 3TKSC 5ID2B 3MNGA 3RPNA 4KDUA 2QGVA 2RUFA 1ERWA 4EKZA 1FHEA 2FUG2 1RK4A 2DLXA 4ECCA 1K0MA 3FW2A 3IC4A 2OKAA 3Q19A 4FYCA 4KW6A 3ZMKA 1TXXA 1A2JA 1AAZA 9GSSA 2B7JA 1U3IA 2AJQB 3L9UA 4YAVA 5IOXA 2J9HA 3ZFBA 1QXHA 1XIYA 1KEBA 2V1MA 16GSA 1PL1A 4KDYA 2DJ1A 3D21A 3RDWA 2REMA 2H19A 4MMMA 1ABAA 5J41A 1O8WA 5HR3A 1EEMA 1V2AA 4ZB8A 4KH7A 2F8AA 4ZIJA 4AJ8A 5DJMA 1GSFA 2YANA 4ZBDA 2OE0A 5DVBA 4WXTA 3KP8A 2E0QA 1EP7A 4ZB6A 4IQAA 3FHKA 2I81A 2G0FA 2NVLA 3LFLA 2C4JA 1ERUA 6GSSA 4K2DA 1V98A 1EGOA 4HZ2A 3HYPA 3D4TA 4NHWA 1K0BA 5GZZB 1TU8A 3E0UA 1T00A 3F0IA 1MTCA 3E9JB 1GNEA 2KOKA 3W8SA 5B6MA 3P2AA 3FY7A 3VI5A 4ULXA 3KCMA 2X64A 4OO4A 3EVIA 1BAYA 3A5WA 2MMAA 1U3AA 2O85A 2E2GA 2L5LA 4E8EA 2H76A 1PGTA 3IXRA 3Q6OA 3M0FA 4DEJA 2PN8A 2L59A 3GURA 4K7IA 3TRQA 1VGLA 2AAWA 2CZ3A 4GCIA 2KP1A 1J0FA 1M0UA 4EL1A 3S9FA 6GSYA 1WRYA 2E2MA 2YZUA 2X8HA 1X0RA 1OC9A 2B3SA 4D73A 1E2YA 2HRNA 3SBCA 3Q74A 4ZL7A 3PINA 4WR4A 2L6DA 7GSSA 4IS0A 1EGRA 1Z9HA 4QL9A 2C3NA 2LKUA 2VCVA 2HLSA 1AC1A 1F6MC 1QUWA 4PUFC 1YF1A 1FB6A 5A4WA 3NIVA 4GXZA 2CAIA 2CT6A 3LSZA 3GMFA 2R4VA 3EURA 4K6XA 5JCWA 5HFGA 3CBUA 3DGQA 5KN0A 2YCDA 2C80A 1PA3A 4O92A 3IE3A 3VWXA 1JHBA 1F2EA 3EMPA 3UAPA 2LNSA 1LJRA 3D0ZA 1XW9A 3QAVA 1WWJA 1XFLA 2XC2A 5ECPB 2TRXA 3FK8A 1Z6MA 3UARA 1GSYA 3EU4A 2HE3A 3HD5A 4OMVA 4TXOB 4ZBBA 4PNGA 2GZPA 2B5XA 1UC7A 1XW5A 2YWOA 2VL2A 2VCTA 1O6JA 5GSSA 2YPMA 3LORA 1X9MB 3WT1A 3UVHA 2DC5A 3CYNA 1VF3A 5J9BA 2HT9A 2FHEA 1FVJA 3VFIA 1ZGNA 1ST9A 3F6FA 1B9YC 4G10A 3GX0A 1FO5A 5AN1A 2OE3A 3PR8A 1SK1A 1BG5A 2LJKA 1MDKA 4LMWA 3GKMA 2PVQA 2V2GA 1Z3EA 2I3YA 4NAXA 2IFQB 2OBKA 2XPEA 3NZNA 4K0GA 4PQHA 4N11A 4BPYA 3FZ4A 4RQXA 4KSOA 2CV4A 2LTKA 5DAKA 1V58A 2MBTA 3R2QA 3UBLA 3ME7A 12GSA 2BTOT 2YWNA 1SKSB 4ECIA 2DIZA 2YV9A 2FD3A 2HNLA 2IMFA 5HFIA 8GSSA 5HFKA 1M9BA 3WD6A 1TI3A 4BVYA 1LBKA 1U6TA 1R5PA 4MZCA 2VLUA 1OE8A 3WGXA 1PD21 3D22A 4TKYA 1SJZA 5ECLB 2VL9A 1PMTA 4ECBA 5KN1A 5F07A 2HI7A 2YJHA 3EINA 3LWAA 3GN3A 3C1SA 3TJJA 2G2QA 3F6DA 3FYGA 5KN3A 2NBSA 2DMLA 1MDJA 3C71A 3QMXA 5GAND 3BOAA 1GTBA 5JWOB 3ME8A 13GSA 1O73A 3RHCA 1GWCA 2C0FA 1B48A 1HNAA 5JWQB 1GRXA 2LQOA 1AUCA 5AGYA 4L5OA 5CO3A 2DJ2A 3W8JA 4IKHA 2H74A 2Z9SA 2VM1A 1I9DA 3TJBA 1K3YA 2MMOA 3QAGA 4OCEA 3UIWA 1TRSA 5CRHA 5B6NA 4IHUA 5DBQA 2VL2C 3F4RA 3VI7A 1YQ1A 2MMZA 2I1UA 3HZ4A 11GSA 2PBJA 3QD9A 4EO3A 3UL3A 2FWEA 1ZMAA 3RBTA 1GTIA 1GH2A 4GLTA 2HSYA 5DALA 2B6MA 2YN1A 4MH2A 2JZTA 3ZLPA 4TR0A 2HFDA 4HUAA 3VWUA 4XHMA 6GSUA 3H1NA 1EZKA 2M80A 2QC7A 3F3QA 1O8XA 1WIKA 2IMKA 3TKQA 3HY2A 1A0FA 4CW9A 5G2ZA 3J7Yb 1F3AA 2AUVA 4J2FA 5JWRB 2AHEA 3RAZA 1S3DA 2LRNA 2H6ZA 4LL4B 1K3LA 5KN2A 5HQPA 2PMTA 1GNWA 1T4YA 4PGTA 4ILFA 3ZVJD 5IMVA 3QAWA 3F63A 3LXZA 2IWTA 4Q5FA 1XOAA 4YQVA 3FEUA 3N5OA 4V1Ap 2V41A 4KX4A 4WEYA 6GSWA 1YY7A 2PU9C 2VL3A 3VLNA 2FWHA 3CSIA 3ERWA 5ENUA 4GF0A 17GSA 3M9KA 1PSQA 5D93A 3M9JA 2LEGA 4ZL8A 4AJ7A 2VD0A 4IQ1A 4QQ7A 1I5GA 2NTOA 1SKWB 5G1KA 3ZTLA 2YZHA 2YOIA 10GSA 2H30A 1HQOA 3G9BA 2E7PA 2OA7A 1A2LA 4YQMA 1GTUA 3VK9A 2WRTA 3TOUA 1R4WA 3CRTA 4RUVA 3N9JA 2NPBA 4LMVA 2ON5A 1AW9A 4I5QA 1ZOFA 3A2WA 3P8WA 2GGTA 3CSHA 2I4AA 2MYGA 2PWJA 4POBA 2P5RA 1EOHA 1GULA 4GTUA 2FY6A 1GP1A 4AJ6A 1SK0A 2V6OA 4ZILA 1HNBA 2KHPA 1K3OA 2OJLA 3KXOA 2A4VA 1GTAA 5GSTA 5IMAA 4O7HA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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