2Z9SA

Crystal structure analysis of rat hbp23/peroxiredoxin i, cys52ser mutant
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
197
structure length
197
Chain Sequence
SGNAKIGHPAPSFKATAVMPDGQFKDISLSDYKGKYVVFFFYPLDFTFVSPTEIIAFSDRAEEFKKLNCQVIGASVDSHFCHLAWINTPKKQGGLGPMNIPLVSDPKRTIAQDYGVLKADEGISFRGLFIIDDKGILRQITINDLPVGRSVDEILRLVQAFQFTDKHGEVCPAGWKPGSDTIKPDVNKSKEYFSKQK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Dimer-Oligomer Interconversion of Wild-type and Mutant Rat 2-Cys Peroxiredoxin: DISULFIDE FORMATION AT DIMER-DIMER INTERFACES IS NOT ESSENTIAL FOR DECAMERIZATION
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords Peroxiredoxin-1
total genus 58
structure length 197
sequence length 197
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2007-09-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
A PF10417 1-cysPrx_C C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2z9sA00
5IPGA 1V58A 3IC4A 1QXHA 1GTIA 4V2NA 3FRCA 2VM1A 3L78A 2GSQA 2DJ1A 2HFDA 2H72A 4PX1A 3GSSA 2J9HA 2E2GA 1V40A 1F37A 2E0QA 3BCIA 4KW6A 4FYCA 1K0CA 2H0GA 1A2JA 3CSJA 4F0CA 2H66A 4GF0A 1S3CA 3WD6A 1K0OA 4POLA 1G7EA 2WB9A 1SK0A 4LA1A 1AXDA 1TJDA 1MD3A 1K0MA 1BEDA 5HFGA 1Q98A 4F03A 4MA9A 1LBKA 3OR5A 5IQYA 2YWNA 5C00A 4XTSA 2H6XA 3IHQA 4MZBA 3RHCA 1FVKA 3CRTA 4OD7A 1ST9A 2B7KA 4GCIA 4KAEA 2WZ9A 4HQZA 1SU9A 1GNWA 3KJYA 2L5OA 3HKRA 18GSA 5H5QA 1F9MA 1SJIA 2HLSA 5DCHA 4AJ8A 2PVOC 3G7YA 3DEXA 5KN0A 2YNXA 4MK3A 2OJLA 3C1SA 3ERFA 3L0HA 2OKAA 4MABA 1JFUA 4POKA 2ZUPA 2L5LA 5HR0A 4WR4A 1AQXA 3GMFA 1ZYEA 4PQ1A 4WBRD 1TK0B 1B4QA 2A2SA 4IGJA 3FW2A 3ZFLA 2KUCA 4EF0A 4TN8A 5EPFA 1E6BA 3GH9A 4ZB9A 4BWQA 1HQOA 4EDZA 3WT1A 2KP2A 1EEJA 1TTZA 1WJKA 3ZTLA 2FNOA 5F0GA 2VM2A 4E8EA 1GTUA 3EMXA 3EWLA 1R5AA 4ILFA 4EDYA 3VI5A 3W8SA 1XPVA 2XC2A 1QK8A 2G2QA 3QR6A 1KNGA 1UN2A 1O73A 4XS4B 3VWXA 5ECSA 3MNGA 4MP4A 1Q4JA 3A2VA 3NOFA 1V98A 2RM6A 1F2EA 4X43A 2L59A 2GQMA 3IR4A 2MYGA 4IS0A 3G9BA 5JWRB 3FR3A 1IYIA 2NPBA 3HA9A 5G5EA 5B8AA 2ZCTA 5B6MA 3HVSA 1DE2A 3D4MA 4ZL9A 4MJBA 1Y6EA 3HJPA 1FO5A 1FVJA 2MZCA 1U6TA 2HNLA 1X9MB 1A24A 3LWAA 1O6JA 5DJMA 2K18A 2PUKC 1HNBA 2F51A 4HU9A 2GSSA 4EO3A 1WOUA 3G7IA 1OE7A 5IO2A 20GSA 3LORA 4NPBA 1N8JA 3F63A 3ZZXA 1EOHA 2B5XA 3FKFA 1FW1A 1MTCA 3TJJA 2IMFA 2CVKA 1UC7A 1GULA 2DIZA 1UA5A 2GLRA 4GXZA 4I6XA 5G1KA 5JCUA 4EL1A 2LUSA 3QAVA 1MD4A 1GSFA 1TP9A 5D9TA 4JRRA 4BVXA 2J23A 4K8MA 3TKPA 1OAZA 2V6KA 2P0GA 1BJXA 2ES7A 5D93A 1T4ZA 1AUCA 4I97A 4MH3A 3UARA 4MJCA 4EC0A 4MPGA 2IFQA 4TOPA 3QAWA 4ULXA 2JADA 5IMCA 3FR6A 2CZ3A 4O7HA 2LS5A 2L6DA 3VWUA 4IHUA 1NM3A 4FYUA 5KN1A 2H0HA 4LMWA 2YJHA 1YKAA 3N9JA 4TKYA 1SL2B 4GRFA 2E2MA 4TRXA 5CNWA 4NXIA 3ZIJA 3BOAA 4HI7A 1K0NA 3UMAA 4BL7A 3RBTA 5KN3A 4WR5A 4JU5A 2K6VA 2V1MA 4IQ1A 3F8UA 2LJKA 2CA8A 2B3SA 5DAKA 1AAZA 2VCXA 1HNAA 1XIYA 3E0UA 2C0FA 3QAGA 1GP1A 4KSOA 2CQ9A 4I8BA 2F9SA 4MH2A 2FWGA 1G6WA 3DXBA 1YQ1A 1TKDB 3H8QA 5IO0A 5IPHA 1SL1B 2BTOT 4YAVA 3DIEA 3HHVA 5COHA 2MBTA 3D6IA 3N5OA 1YF1A 3ED3A 1OVNA 4J57E 3M8NA 1A0RP 2WCIA 1WMJA 1ZL9A 1GWCA 3TOTA 3QD9A 3M3MA 2P5RA 3M9KA 2JSZA 4HJ2A 1V9WA 1DE1A 4PURA 1DBYA 7GSSA 2HRFA 3ERGA 4X0XA 2HI7A 4HUAA 1NW2A 8GSSA 2LJRA 2IMKA 3F6DA 4KCAA 3WGXA 2B5EA 2JZTA 3LXTA 3LG6A 4E8HA 17GSA 3GSTA 5LCZA 2LNTA 5CREA 4TR3A 2CX3A 3TB2A 2H1BA 3IK9A 1GNEA 1YEPA 4MJAA 1FB6A 1GUHA 6GSVA 4KDUA 1ZMAA 3QOUA 5IM9A 3FZ5A 1USBA 5FWGA 2YCDA 13GSA 3DWVA 4KGIA 5ECRB 1OC9B 5EVOA 5CRHA 4P3YB 2L4QA 5ID2B 2L4CA 5FT3A 3PH9A 2FCHA 3I9V2 5H5RA 2IL3A 3HD5A 4DEJA 1PL1A 2VO4A 3O6TA 3UL3A 3EURA 4AJ6A 3SBCA 4K0NA 4JE1A 3DMLA 5GAPD 2VCTA 3FZAA 4OCEA 2WRTA 5CAXA 3DD3A 6GSYA 3FYGA 4O92A 3IRAA 1PN9A 1WRYA 1PSQA 2NBSA 2FUG2 4LL1B 10GSA 3TJGA 2DIYA 4EXJA 2LSTA 1JZRA 2OE1A 2HYXA 3HJMA 3H93A 1EP7A 3ZREA 2F3MA 2H6ZA 3KZQA 2VAFA 4KSMA 1QMVA 2JSYA 1YZXA 1UVZA 2GGTA 1S3AA 2DLXA 2R37A 4JEDA 3L9SA 4OCFA 4PQIA 1K3YA 2GZZA 5ELAA 2VL2A 1T3BA 1MDJA 1X0RA 4ZL8A 5DJLA 4XIHA 1THXA 3GTUA 1JZOA 2G0FA 1PD21 9GSSA 3LEFA 4Q5QA 2QGVA 14GSA 1PQNA 1O81A 1OE8A 4IP6A 4N30A 4IKHA 4POBA 1ERWA 1K3OA 1DUGA 1SKSB 1B8XA 4WXTA 3FK8A 4WKWA 3RHBA 1H75A 5H5SA 1F3AA 4MF7A 4EUYA 6GSWA 5DDLA 3GFKA 4DSQA 1G0TA 4GSNA 1T7PB 1WWJA 1S3DA 1Z7RA 2YWIA 3CRUA 3VPTA 2EIOA 3GX0A 4F2IA 4OWYA 3A2WA 1GLPA 2OE3A 1PRXA 4MLYA 4XHMA 3TJKA 4NV5A 5IOWA 1SYXA 2XHFA 3GURA 3KGKA 4Z7XA 4J56E 4AGSA 2F8FA 2YOIA 4JR6A 1VF4A 1GSUA 2F8AA 2CVDA 4NHWA 3GKXA 2OE0A 1YKCA 2O87A 5J3RA 5DQYA 1A0FA 2LV3A 3EU3A 2AYTA 3JCML 2FA8A 1SKRB 4WF5A 3IAS2 4XS1A 1SD9A 4L0WA 3QPMA 4JBBA 3KIJA 1PL2A 1AQWA 1EV4A 5IMFA 3VURA 1GTBA 4TXVA 5CRGA 3KXOA 3BBYA 2YWMA 2H8LA 3ME7A 2JACA 5A4UA 3KMNA 2LQOA 2ALBA 2H19A 2PMTA 2I4AA 4PUAA 4WF4A 5AIVA 3C7MA 3GKKA 1KEBA 4Q5NA 3TUEA 4NMUA 2HSHA 3ZMLA 1EGOA 2MBSA 3W8JA 2KLXA 1QQ2A 2MMOA 4ZBAA 1ZYQB 1JZDA 16GSA 1YDKA 2OACA 4KB3A 1LJRA 4XS4A 1SJZA 4KX4A 1SK2A 2H1AA 5HR3A 2H1DA 4ML1A 2ON5A 4L0UA 4KCEA 2AJQB 3CTFA 2B7JA 1GSDA 1MEKA 3DKSA 5ECKB 3GX8A 4EE0A 1X5CA 4LL4B 2D2ZA 2LEGA 3CSHA 2DMMA 3UIWA 3ZIVA 1GTAA 1SD8A 5IIZA 4PUFC 1M99A 2H1GA 5ECQB 3D0ZA 1R7HA 3PR8A 3VI7A 5DVBA 4KE3A 2VCZA 4GQFA 4EKZA 1X9WB 5CO3A 5GAND 3G7JA 1SK1A 2IMDA 2H01A 1J9BA 1ERUA 4OMVA 2VD0A 4POMA 2IPAA 4YQMA 2JL4A 3WGDA 4I2TA 3P8WA 4MMMA 3NZNA 3ME8A 1M9AA 2AUVA 2GQKA 1XBSA 4N0ZA 1KBNA 3EC3A 4F9ZA 5DALB 2WJUA 2DJ2A 3C71A 6GSTA 2H71A 3D21A 4GWRA 4QL9A 2QC7A 5ECIB 5LNKe 1XWGA 2PWJA 2L6CA 2I3YA 5HR2A 4DSSB 5G30A 3UBKA 3DRNA 1I9DA 2DJJA 4XRDA 3EYTA 1EV9A 1PX7A 3H4KA 5B7CA 2YN1A 3S9FA 3GHAA 1M0UA 5J4UA 4OFMA 1O8WA 3IXRA 5JWQB 4N10A 4IBPA 3TDGA 5KEJA 2H6YA 3TRPA 1SYRA 3IE3A 3ERWA 1J0FA 5D8IA 4RQRA 2GQLA 4CDOA 4BVYA 5ECMB 2RIIA 1ZGNA 1TXXA 3RPPA 1B9YC 4CHSA 4K2DA 2R5GA 3L9VA 3GV1A 1PA3A 1ZZYA 3U5RE 1TU8A 4K6XA 4KA0A 2K8SA 1YF0A 1BX9A 2O7KA 2X8GA 1VGLA 3WGEA 2LNSA 2VOCA 1W89A 1AIUA 1GUMA 1GH2A 4KDYA 3BJ5A 3LSZA 1O85A 1OKDA 3TKSA 2DJ0A 1XWAA 3HCZA 2OBIA 3LYKA 1T1VA 2EIQA 3KM6A 4TR0A 1XWBA 2C80A 4O5RA 3VK9A 1TU7A 5FHIA 2YP6A 1O8XA 1K0DA 3TJBA 5G1LA 1WP0A 2MMNA 1TI1A 2LJAA 3CBUA 3R2QA 1ERVA 2PERA 3IDVA 1ILOA 3P2AA 2EIRA 4ZXGA 2V32A 2C3TA 5INYA 3EINA 4HZ4A 2VL9A 2IWTA 1BAYA 1THOA 3H1NA 3O3TA 4WEYA 1A8YA 3CXGA 3FR9A 1XW9A 4OO5A 4PXOA 2HE3A 2CZ2A 11GSA 3MDKA 3I69A 2N5BA 4OFTA 1CQHA 1Z5YE 2NVLA 4GSTA 1TRUA 2M72A 3M0FA 1ZCPA 5D9WA 1X5EA 4N0VA 3KD0A 6GSSA 3FZ4A 4V1Ag 2GSTA 4AF2A 5KN2A 3FEUA 1OC8A 2IIYA 2YPMA 5F06A 6GSUA 2H0IA 1E2YA 4YAPA 2DMLA 5J5NA 1OC9A 3HDCA 5ID2A 2WDUA 2REMA 5EY6A 2WS2A 4MDCA 3WYWA 2R4VA 4ID0A 3LJRA 5CRWA 3ZMKA 3VLNA 3KTBA 2E7PA 4IJ3A 1XOAA 4NWYA 4OO4A 1DSBA 1VF1A 2YV7A 3IBHA 4L5LA 2VLVA 1TRWA 4GLTA 3APQA 1FAAA 2X8HA 5IMDA 3HXSA 5HFKA 2FY6A 4TR4A 2B1KA 1C72A 5A5KA 1JZWA 1TK5B 2V2GA 3F4RA 2PU9C 3A5WA 1TOFA 4OFNA 1KTEA 2I1UA 3GH6A 5ENUA 2FWEA 5IOXA 1QGVA 3Q18A 2CAIA 2VCVA 1A2LA 4X1UA 3UVTA 3GKNA 1HNCA 2O89A 4PGTA 5CYYA 1WE0A 2O85A 3L4NA 4GTUA 4DSRA 1EGRA 4D73B 3A2XA 4H86A 5GSSA 3VPQA 2AHEA 4YQUA 5B8BA 1G6YA 1Z6MA 5IMVA 3TJFA 4XS6A 2ON7A 3KH9A 3F4TA 4HZ2A 4YH2A 1BYEA 3IV4A 2YZHA 1K0BA 3U6VA 3GUSA 1XW6A 3MSZA 1BG5A 2WULA 3KTLA 2WFCA 3FHKA 2WGRA 3LGCA 1SL0B 3HY2A 4TVEA 3FY7A 4XCSA 1B9XC 5D9VA 3TKRA 1XCCA 4EVMA 4ZB8A 4IQAA 2R6KA 1OKTA 2H76A 3KEBA 2HXKA 2V41A 2A4VA 5DQSA 3J7Yb 5G2ZA 2XPDA 1N2AA 5CRDA 5F8BA 4TXOB 3L9UA 4HEA2 2XBIA 4ZILA 2VLUA 1AQVA 3EE2A 4YQVA 2CVBA 3I43A 4L5OA 2HZEB 5ECPB 5JCWA 2RUEA 1V57A 5B6NA 3QMXA 2KHPA 1FHEA 1X5DA 1XW5A 2AAWA 2PGTA 3GRXA 4WETA 2M80A 1TW9A 1EWXA 4FO5A 1TDIA 2GS3A 1PX6A 5AGYA 5F05A 4QL7A 3LQ7A 3BCKA 3K8NA 2C0GA 2BMXA 1ERTA 1GUKA 2GVPA 1U3IA 3HZ4A 3DYRA 5IMZA 1GRXA 4HU7A 4IELA 3FZ9A 2OA7A 3IOSA 1X9SB 3UEMA 3F9UA 4ZIJA 2GT5A 3PGTA 1G7OA 3GL5A 2LTKA 5E4WA 2GT6A 1GSSA 4J2FA 3TOUA 1GSQA 3TRXA 4QQ7A 2OADA 2GDRA 2R3XA 1A8LA 2IJYA 1OYJA 5D9XA 1XWKA 1VRSD 4G19A 5J9BA 2PVQA 4ML6A 4BWSA 12GSA 2DC5A 2C1YA 3EU4A 2TRXA 2I9HA 2QKEA 3E3EA 3P7XA 2BJXA 4PQHA 2JU5A 4MJEA 1T00A 2VL2C 3ZL5A 5ECLB 1JLVA 3TCOA 4G10A 1JHBA 3GIXA 3ZFBA 5DCGA 2IN3A 6GSXA 3J7Yk 5J41A 1PKZA 4IW9A 4JZQA 1NSWA 2YWOA 3GKMA 2MMAA 1WPIA 2H75A 1R26A 1ON4A 4ECCA 5CP1A 4IP1A 1I5GA 2XBQA 2DSAA 4AJ7A 2C0DA 3IK7A 3MWHA 4WBJA 3ZITA 2YV9A 5ABRA 3Q6OA 1XXUA 3TRQA 2DJ3A 3WT2A 2L57A 3E9JB 2FLSA 5AIXA 1HD2A 1GL8A 2A2RA 2H73A 4FYBA 4MCUA 4ZBDA 1PMTA 3VWVA 1HYUA 3EVIA 5HQPA 3LXZA 2R2JA 2M46A 1A2MA 1ML6A 3HZ8A 4Q5RA 5E59A 2EC4A 2VIMA 5ECNB 1K3LA 5D73A 5D96A 1Z6NA 5DALA 4RI7A 3TKQA 3US3A 22GSA 3D5JA 3CSIA 1SJ6A 2LKUA 1V2AA 2C3NA 4DSSA 5GSTA 3DVWA 4MF5A 1XVQA 3W6GA 3KP9A 5DBQA 3AY8A 3APOA 5AISA 3KMOA 2Z9SA 4ZBBA 3RPNA 3CMIA 3UJ1A 2H70A 2JZSA 1O7UA 2P31A 2P5QA 3LFLA 2PBJA 4K0GA 3ZVJD 2B5YA 2FD3A 1CQGA 1EOGA 3GYKA 3IAM2 1AC1A 4F82A 3GNJA 2X64A 1R5PA 3QDNA 5A4WA 4PNGA 4RQXA 3BD2A 3RDWA 4FH8A 1TI3A 1BQ7A 1K0AA 4ECIA 1M2DA 1TRSA 3TKSE 1YJ6A 2CX4A 2IMIA 4KNDA 2X99A 1YY7A 1QUWA 1RK4A 2FWHA 3ZYWA 1U3AA 3C8EA 1Y25A 5A4VA 3APSA 4KDXA 1XZOA 2GZPA 5ELGA 1WIKA 1PKWA 4RUVA 4IVFA 3TGZA 4NAXA 2TRCP 2ZNMA 3ZLPA 2FA4A 4MZCA 3QFAC 3VFIA 4HJMA 1YEXA 3C1RA 1GLQA 4K7OA 4G9HA 1QFNA 2PN8A 1T4YA 4JR4A 2NDOA 3V1WA 3Q74A 4KUNA 4PNFA 5IMAA 3O76A 4GQCA 2GZYA 3M1GA 2C8UA 2YJ7A 1A23A 4NHZA 3IA1A 3F0IA 4ZB6A 2IFQB 4G2EA 1ABAA 4K7NA 1VF2A 5JWOB 1PGTA 4XRAA 2MMZA 3M9JA 4BA7A 3C73A 4ECJA 3UOMA 2OBKA 4NV2A 3CTGA 1SENA 1XOBA 1FOVA 1TRVA 3F4SA 2PPTA 2VLTA 1Z9HA 2LRTA 3F3QA 1W4VA 2H74A 4KH7A 2V6OA 4LLRA 3UAPA 1IYHA 4F0BA 2KP1A 3F3RA 1M2AA 4BPYA 3QCPA 2YANA 3EMPA 1U88A 4ISDA 5DAKB 3RAZA 3DVXA 1M9BA 3UVHA 3CYNA 5G31A 3IPZA 5GZZB 3GL3A 2H30A 4L8EA 1OC3A 2C3QA 3NIVA 2TIRA 1B4PA 19GSA 5C04A 2K8VA 3HYPA 1NHYA 3DGQA 2VCWA 1NHOA 2RUFA 2KOKA 2CAQA 5G5FA 4K1FA 1H4OA 2DJKA 3QFBC 4HDEA 4ZL7A 2K9FA 3A3TA 1R4WA 2FGXA 1MDIA 4K7IA 4TW5A 4MPFA 3LYPA 5LD0A 4TR1A 1EP8A 4CW9A 1SKWB 4ACSA 4N11A 1F6MC 1RQMA 2VD1A 3KP8A 1RW1A 5AN1A 1XFLA 4FIWA 3HVVA 3UBLA 4K9ZA 5EL8A 1U87A 2FHEA 3D22A 3HVXA 3TKSC 3VWWA 4D73A 4TR1B 3I6AA 2O8VB 3GN3A 2VL3A 2HZFA 2X8CA 1VF3A 3H79A 1FG4A 2QSIA 4O32A 4RI6A 3ZRDA 1MDKA 2JZRA 5ECHB 4LMVA 1XVWA 4V1Ap 5L71A 2LRCA 3ISOA 3GA4A 5F07A 5ECOB 2RM5A 3Q19A 2FWFA 2IMEA 2XPEA 5J9CA 4HQSA 2DBCA 1Z3EA 2HRNA 4V2MA 3D4TA 5HFIA 4IJIA 2GSRA 3PINA 3SWLA 1ZOFA 2HT9A 4MF6A 1JLWA 3ZVJA 2CT6A 1T8EB 4IN0A 4Q5FA 3KH7A 1B48A 5HR1A 1GSEA 2HSYA 2NTOA 1F3BA 1M7TA 3KCMA 5JCGA 1FB0A 1TK8B 3HJOA 2GTUA 2AV4A 2B6MA 2C4JA 1Z7PA 2VCQA 2VUPA 4TXOA 2C0EA 2I81A 1EEMA 2LQQA 4V2LA 1ACVA 2N5AA 1AW9A 2LRNA 1LU4A 4HS1A 4I2UA 2HZEA 1EZKA 4HOJA 4MZWA 4GSSA 4DVCA 1J08A 1URMA 2N5FA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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