3A3TA

The oxidoreductase nmdsba1 from n. meningitidis
Total Genus 73
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
73
sequence length
193
structure length
193
Chain Sequence
DDDKAGLVEGQNYTVLANPIPQQQAGKVEVLEFFGYFCPHCAHLEPVLSKHAKSFKDDMYLRTEHVVWQKEMLTLARLAAAVDMAAADSKDVANSHIFDAMVNQKIKLQNPEVLKKWLGEQTAFDGKKVLAAYESPESQARADKMQELTETFQIDGTPTVIVGGKYKVEFADWESGMNTIDLLADKVREEQKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structure and function of the oxidoreductase DsbA1 from Neisseria meningitidis
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Neisseria meningitidis serogroup b
molecule keywords Thiol:disulfide interchange protein DsbA
total genus 73
structure length 193
sequence length 193
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 5.3.4.1: Protein disulfide-isomerase.
pdb deposition date 2009-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13462 Thioredoxin_4 Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3a3tA00
3IE3A 1Z7PA 4KAEA 5J5NA 3FY7A 4YQMA 4BVYA 1TI3A 2CX4A 1FW1A 1ERUA 2IL3A 3FZ5A 5B8BA 3UAPA 4OCFA 3NOFA 3TKSC 1UC7A 1FHEA 1A2JA 3E9JB 1B9YC 2IWTA 1F9MA 2CZ3A 4GCIA 4GWRA 2H73A 5JWRB 3TOUA 2N5BA 4FH8A 4GSNA 1UN2A 1QMVA 2XHFA 2FLSA 2CZ2A 1Z6NA 3G7JA 3TRXA 5DALA 2DMMA 4CHSA 3GSTA 4XS1A 5KN1A 5G1KA 1W4VA 3E0UA 3HVSA 4KX4A 17GSA 3TCOA 3EINA 2IFQA 5G5EA 4MF7A 3QAWA 2YJ7A 2H6YA 1EEJA 2IPAA 2VM2A 1EOHA 3FKFA 1O73A 2DJJA 3KTBA 4IQAA 1TK8B 1SK0A 3QFAC 4IP6A 1TXXA 3EE2A 2BTOT 3O3TA 4MJAA 4MJEA 6GSWA 1GLPA 1E6BA 1URMA 7GSSA 1M2AA 3GH9A 4MPFA 5FHIA 1NHYA 3J7Yk 4F2IA 3WGDA 4MPGA 1VF4A 4G10A 1OVNA 5J4UA 3L78A 3P7XA 1S3CA 2B3SA 1B48A 2HYXA 2TRCP 5L71A 2YPMA 3IC4A 1R5AA 3IR4A 4RUVA 1THXA 1GSYA 1YKCA 4PX1A 1BYEA 4YQVA 4WXTA 1ZMAA 1B4QA 4NWYA 1I9DA 2OJLA 4IELA 3ME8A 3ZL5A 1TP9A 1SKSB 2I1UA 2DSAA 5IOXA 1JZWA 9GSSA 1JHBA 5C04A 2LRCA 3HKRA 4IJIA 5IO0A 2H30A 4F03A 4XRDA 2FGXA 2XC2A 2DJ0A 4XS6A 5JCGA 3GUSA 2NBSA 4K9ZA 2VL3A 3G9BA 2B5XA 4I5QA 3HJMA 3MAKA 1GLQA 1MDIA 4LA1A 4IKHA 1O7UA 4KDXA 4ID0A 1XVWA 3PGTA 4JE1A 3VI7A 1PQNA 2HI7A 2WJUA 5GSTA 3BCIA 4K2DA 5HQPA 2JZTA 3CSHA 4OD7A 3RPNA 3WYWA 1FO5A 1G6WA 2K8VA 5A4UA 3ISOA 3VK9A 1AXDA 3VLNA 3QOUA 4HU9A 2LRTA 4E8HA 2PMTA 1OYJA 4WEYA 1O81A 1QK8A 1AQWA 5DAKA 1TU7A 2QC7A 5IPGA 20GSA 3D22A 3LXTA 4IGJA 3A5WA 4ZB6A 5HR3A 4FO5A 4ML6A 3F6FA 2B7KA 1VF1A 1M9BA 4GSSA 1MTCA 3O6TA 1O6JA 4HU7A 3R2QA 3LG6A 1YF1A 5HR1A 3W8JA 2YZHA 5G2ZA 4GQFA 2OE0A 2HZEB 2VCZA 1O85A 5G30A 3RBTA 2M46A 5ECQB 1MEKA 3KJYA 1F3BA 3GX8A 4AJ8A 4IP1A 2LNSA 3QPMA 1X5DA 1H4OA 2DLXA 3ERGA 5ECKB 3LYKA 2DMLA 3TJGA 2VLUA 1OC9A 1XIYA 3L9SA 3KZQA 4TR1B 4QL9A 4EXJA 4JR6A 1M2BA 1ACVA 2CT6A 3GMFA 3KMOA 1GRXA 2IMIA 3ZFLA 5KN2A 4KNDA 4YQUA 5EY6A 2M72A 4GSTA 2XBQA 5INYA 2EIOA 4BL7A 1CQGA 1G0TA 1T4YA 1ZZYA 1J0FA 4O7HA 2ES7A 4V1Ag 4IBPA 3VURA 1ZL9A 3H8QA 4K8MA 3HJOA 3FR6A 1YF0A 1OC8A 1LJRA 3HVVA 5CRHA 1EP7A 1A2LA 2VAFA 2JU5A 3DVXA 4H86A 1WMJA 3CTGA 5C00A 2F8FA 8GSSA 2V41A 3D0ZA 4EDYA 3GKNA 4X43A 2H1AA 3EC3A 2C0FA 2IMDA 1T7PB 4KGIA 3A2WA 3IPZA 5ECLB 2MZCA 4EE0A 2IIYA 4WR4A 2AUVA 3F3RA 1EGRA 4ECCA 3IK9A 2J23A 3EU3A 1EV4A 4K1FA 2LKUA 1VF3A 4TOPA 1K0CA 3AY8A 3I9V2 2TRXA 2MMNA 3KM6A 3L0HA 3IBHA 5IMZA 1Y6EA 4V2MA 1JFUA 1TRVA 1EEMA 5EL8A 2TIRA 3F4RA 2X8CA 2YNXA 1SYRA 4BVXA 1THOA 4TXOB 4O5RA 4PNFA 5B6NA 3QCPA 4TR1A 5DDLA 5A5KA 3M8NA 2PU9C 5AGYA 2HT9A 5J9CA 2H72A 3KH7A 2GZYA 3APOA 2H0HA 1PD21 1FB6A 3MDKA 1EOGA 4AJ6A 2PERA 4L0WA 2H71A 1XZOA 2CVDA 2HSYA 1OC3A 1M2DA 5D9TA 2GSRA 2I4AA 2OADA 6GSSA 4Q5FA 2N5AA 2GS3A 4HOJA 3GHAA 2L57A 2LEGA 4FYCA 3FR9A 4N10A 4MDCA 2HRNA 2L6CA 5JWQB 4X1UA 1EZKA 4DSRA 11GSA 3TKQA 2YWOA 3GSSA 3BOAA 5J41A 2REMA 1DE1A 3F0IA 2YJHA 2H6ZA 2WULA 1K0DA 1B8XA 1ZOFA 2B1LA 4KB3A 4POLA 2YOIA 5COHA 3S9FA 2YCDA 5ABRA 2YV7A 4BA7A 1U3IA 4XIHA 1USBA 2H8LA 2CAIA 1PL2A 3U5RE 2QSIA 1AQVA 1XW6A 2HE3A 1KBNA 5KEJA 3UVTA 2R4VA 2V2GA 4XS4B 2KHPA 2C3QA 2V1MA 2LV3A 1U88A 5IM9A 4F9ZA 5AIVA 1CQHA 1FVKA 2N5FA 2JL4A 1VF2A 3LQ7A 1FG4A 3KTLA 2GT6A 4TXOA 4TVEA 1OKDA 1QGVA 3PR8A 4AJ7A 1PL1A 1GUKA 4POBA 3GN3A 4KA0A 2VCVA 3UL3A 4Q5RA 2ZCTA 4HZ4A 1V57A 2NVLA 4MLYA 2X8HA 1TI1A 2MBSA 3KXOA 3FZ4A 5HFIA 1TK0B 2E7PA 2O89A 3TKSA 2QGVA 4HS1A 2VD1A 4ZIJA 5CRWA 2B6MA 3FZAA 4KH7A 1F6MC 4HJ2A 3SBCA 4TXVA 1XWAA 1GUHA 1M0UA 5G5FA 4LMVA 2H70A 2NDOA 1Z3EA 1GH2A 1MDKA 1TKDB 3HCZA 1WP0A 1T00A 1ML6A 3DXBA 4AGSA 2X64A 1RQMA 3V1WA 1EV9A 4J57E 2B1KA 1PKZA 3DEXA 5F0GA 3GNJA 2C1YA 1S3DA 4RQXA 4NV5A 3TJFA 1FB0A 2VL9A 3LWAA 5CP1A 1QXHA 2WB9A 3ZZXA 2FA8A 3EMPA 3HDCA 5CAXA 2FD3A 3IAS2 4MMMA 2HNLA 1X9SB 4BWSA 1X5EA 1SD8A 1BG5A 3QR6A 2CV4A 3ZREA 1QUWA 3CRUA 5ECSA 1Q4JA 1M9AA 1PA3A 1ZGNA 2DJKA 5IO2A 1TW9A 1OE8A 2CQ9A 4N0VA 2PWJA 4ECBA 5LD0A 4XS4A 3TKSE 1HNAA 3VPTA 4ZL7A 1HQOA 1HNBA 2GTUA 1N8JA 4WR5A 3QMXA 16GSA 5J3RA 2JZRA 1ERTA 3DKSA 1K3LA 4OFNA 4OMVA 3WGEA 2I9HA 2CA8A 4L8EA 4HI7A 1YY7A 1NSWA 2KP2A 2JSYA 5GAPD 5DAKB 3MNGA 4OO5A 3F9UA 4HJMA 2K8SA 1A2MA 4EO3A 1GNEA 5F8BA 2PVQA 3EMXA 2J9HA 2O87A 1C72A 3I6AA 3DRNA 2PUKC 3D21A 2EIRA 4PUFC 2H0IA 4PGTA 1SU9A 1YEPA 2VO4A 2FUG2 3CMIA 5J9BA 1Y25A 5CYYA 3FW2A 3PH9A 1GTIA 5ELAA 4MZCA 1PX7A 1R4WA 2AB6A 1OAZA 4TR0A 2EIQA 2JZSA 4F82A 5HFGA 2M80A 4X0XA 4ZB9A 5FT3A 1OC9B 4FYUA 2R5GA 2LS5A 1JLVA 4WKWA 2KUCA 2OE3A 4KUNA 3JCML 2RM5A 2KLXA 5AISA 2I3YA 4IW9A 2PGTA 2LJAA 1OKTA 3TDGA 1UVZA 2WFCA 1ERWA 3KCMA 1O8WA 2FNOA 1AUCA 2WRTA 2FWGA 4LL4B 2RIIA 1TTZA 2R3XA 5CO3A 4ZBBA 2JSZA 5IMVA 3G7IA 2LTKA 1BAYA 4LMWA 3HYPA 4EKZA 1XVQA 5B8AA 3GTUB 5ECPB 3GURA 1PRXA 3UBLA 5JWOB 3C1SA 1BX9A 3TUEA 1Z5YE 4KW6A 4MH2A 1WPIA 4HZ2A 5E4WA 2GGTA 3RDWA 3UJ1A 1SJZA 3M9KA 1SK2A 2FA4A 3QD9A 2C3NA 3QDNA 2YN1A 1GP1A 3G7YA 5KN0A 4DSSB 3WT1A 2VUPA 1J9BA 4IJ3A 5ECNB 1GSSA 4ACSA 2GSSA 2R2JA 1SD9A 2C0DA 2YANA 1XW5A 2ZUPA 4TR3A 5IMCA 3BBYA 3M0FA 1RK4A 2L59A 4EL1A 1XOAA 3N9JA 3QAGA 1V9WA 5DJMA 5F05A 1A0FA 1XBSA 3VWWA 3EWLA 3HXSA 4F0BA 3W8SA 2LUSA 3L4NA 2VL2C 4N30A 1R5PA 3GL5A 3F4TA 1ZYEA 3HVXA 3IRAA 1B9XC 2OA7A 4EVMA 2HSHA 1H75A 3DWVA 3VWVA 3GYKA 3KP8A 1YJ6A 1SKWB 2H75A 2FHEA 4K7IA 4HQZA 5D8IA 1K0BA 6GSVA 4OWYA 2RM6A 1FVJA 3RPPA 4I2UA 3D4MA 1NM3A 4JR4A 2K6VA 3GTUA 5A4VA 2AV4A 3CBUA 3Q74A 1NHOA 1PN9A 1GSQA 1WE0A 3BD2A 3IA1A 3WT2A 1TRSA 4PQ1A 2DJ3A 3GKKA 4ISDA 3WD6A 4JZQA 1GNWA 1GTAA 1T1VA 3LFLA 3ZRDA 4MF6A 3TKRA 5F06A 3GRXA 4WBRD 5E59A 1F3AA 2I81A 4JEDA 3A2VA 4YAVA 1IYHA 3IK7A 3ZVJA 4EC0A 1XW9A 2GVPA 2GDRA 2IJYA 4DSSA 4POKA 1TU8A 1XCCA 4PNGA 3MWHA 1MDJA 1OE7A 1I5GA 5EVOA 1NW2A 2IMEA 4GXZA 3H93A 1VGLA 2GQMA 1F37A 4FIWA 2QKEA 3APSA 6GSXA 4TKYA 1YKAA 1T3BA 4GQCA 1W89A 1XFLA 1ABAA 2OKAA 2GT5A 4N11A 1ZYQB 3ZFBA 5ECOB 3APQA 4DVCA 5ELGA 3TOTA 5HR2A 1TDIA 1GSFA 4P3YB 2XPEA 3QAVA 4WF5A 5IMDA 3WGXA 4TN8A 1EP8A 2ALBA 2H0GA 2F3MA 3IAM2 2LJKA 3RHBA 2LRNA 1R26A 4Q5QA 5LCZA 2B5EA 2MYGA 1T8EB 3UOMA 1UA5A 2C4JA 1FOVA 5LNKe 10GSA 3TGZA 5DVBA 3EYTA 12GSA 1XWKA 1A24A 5CNWA 2AHEA 1X9WB 2VD0A 3F63A 2F51A 4DEJA 2DIYA 4V2NA 4AF2A 4ULXA 2E2GA 5F07A 5D96A 1JZOA 4YAPA 4KSOA 2MMZA 2XPDA 1B4PA 2H1GA 3LYPA 4I6XA 5H5SA 1RW1A 3VWXA 2VIMA 1DUGA 3GKXA 4MZBA 4OCEA 1IYIA 4POMA 2H1BA 3Q6OA 4PURA 2G2QA 3PINA 4Q5NA 3FHKA 4GLTA 2YWNA 2L5LA 2YV9A 4V2LA 5ECMB 4XRAA 3ERWA 2L5OA 4MP4A 1N2AA 1SL1B 3U6VA 1BEDA 5D9XA 2LJRA 2WDUA 2F9SA 1X5CA 3IXRA 4MH3A 4I8BA 22GSA 2MBTA 3K8NA 4GTUA 3HJPA 1YDKA 2GQKA 2JACA 3NZNA 2KOKA 3CSIA 1K0AA 1X0RA 4IQ1A 4OO4A 3ZMKA 1V58A 3F4SA 1A8LA 4QQ7A 2RLIA 1KTEA 2HZFA 2L4QA 1K3OA 4IS0A 1Z9HA 2A2SA 1JZRA 1HD2A 2PPTA 5IMAA 2B7JA 1SKRB 1XWCA 3LSZA 3TJJA 3LORA 2VM1A 4PQIA 3FZ9A 19GSA 4D73B 2ON5A 1A8YA 2LQOA 13GSA 1A23A 1GL8A 4K7OA 2NPBA 3Q18A 4GF0A 1AW9A 4XHMA 5AN1A 1YEXA 3BJ5A 4BPYA 1LU4A 4TRXA 4N0ZA 4CDOA 2FWEA 1XPVA 2H01A 1TRWA 2JADA 2L6DA 3IDVA 1TJDA 2GLRA 5IOWA 4YH2A 3TJBA 3M1GA 1U6TA 4ILFA 4KDYA 2H76A 3O76A 3A2XA 3LJRA 3FRCA 3F6DA 2P31A 5DCGA 3NIVA 3UEMA 3BCKA 4WBJA 4MABA 2HXKA 1TOFA 2LQQA 2AYTA 6GSTA 3EURA 1V2AA 1WOUA 4MA9A 1K0MA 2EC4A 3KEBA 4NV2A 3ME7A 1K0OA 1PX6A 2P5RA 3TJKA 2PVOC 1DE2A 3P2AA 3ZIVA 3VWUA 2IN3A 4O32A 1YZXA 5HR0A 2F8AA 4K7NA 4NAXA 1GSUA 2O8VB 3P90A 1Z6MA 3UMAA 3L9UA 4MF5A 5A4WA 2B5YA 4EDZA 1K0NA 5B6MA 3GA4A 3A3TA 2BJXA 2V32A 5DCHA 3UBKA 5FWGA 4OFMA 2L4CA 3ERFA 3W6GA 5ID2B 1SL2B 4D73A 5IQYA 3TB2A 3CXGA 1K3YA 3HA9A 3M9JA 4FYBA 1PKWA 3HZ4A 2VLVA 4KCEA 2VCQA 5AIXA 3KP9A 4PXOA 3OR5A 4MJBA 2A4VA 4KCAA 2WCIA 2VCTA 2C80A 3KIJA 2GQLA 3FR3A 1BJXA 4ZBDA 3GKMA 4ECJA 5CRGA 3GL3A 4HDEA 4QL7A 2A2RA 4XCSA 3F8UA 1WIKA 4I2TA 3HZ8A 1SYXA 3ZITA 2KP1A 2DJ1A 2VOCA 1KNGA 2NTOA 3HD5A 1AC1A 2BMXA 4ZXGA 5DQYA 1Z7RA 3D5JA 3KMNA 1SJIA 1TK5B 1ON4A 3FYGA 3EU4A 1SJ6A 4HUAA 3DIEA 1EGOA 4NHWA 4NMUA 2YP6A 2ON7A 1T4ZA 1GSDA 2LNTA 3KD0A 3P8WA 4MCUA 2C3TA 4IHUA 2VLTA 1SL0B 2LSTA 14GSA 1U87A 3TRPA 4L5OA 4JBBA 2D2ZA 4BWQA 1ST9A 1J08A 4TW5A 3GV1A 1HYUA 4CW9A 3US3A 1QFNA 2AAWA 4LLRA 3UARA 2GSTA 2ZNMA 1S3AA 2H6XA 4F0CA 3SWLA 5ID2A 4HQSA 4K0NA 2OE1A 3D6IA 2VL2A 4G2EA 1XWBA 3D4TA 1DSBA 3H79A 3GH6A 5IMFA 1PGTA 4ECIA 4NHZA 1SENA 2X8GA 1BQ7A 3CSJA 1GTUA 3RHCA 5ENUA 6GSUA 4ZB8A 2P0GA 4J56E 2X99A 2H1DA 1ZCPA 5HFKA 2PBJA 3DMLA 1F2EA 1A0RP 2WZ9A 3J7Yb 1GTBA 2VCXA 4MZWA 4KE3A 4NPBA 2MMAA 5IPHA 3FK8A 2C8UA 1KEBA 3IHQA 3ZVJD 3GIXA 4JU5A 1HNCA 3DVWA 1GULA 2DC5A 4ZILA 5GAND 4G9HA 4TR4A 5CREA 1AIUA 2R6KA 4K0GA 4ZL9A 3E3EA 2RUFA 1WWJA 2E2MA 2HRFA 18GSA 3I43A 1AQXA 3C1RA 3H1NA 2WGRA 4JRRA 3CTFA 1PSQA 4PQHA 2P5QA 5D9VA 5DQSA 1TRUA 3QFBC 3H4KA 1XOBA 4XTSA 2AJQB 1MD4A 3FEUA 1Q98A 3Q19A 1WJKA 3ZIJA 5ECIB 4MJCA 2V6KA 1E2YA 5ECRB 3TRQA 2OBKA 4ML1A 6GSYA 5H5RA 2FWFA 2O85A 2XBIA 5D93A 2C0GA 5ECHB 2HLSA 1XXUA 4OFTA 1R7HA 5CRDA 2C0EA 2HZEA 2VCWA 1AAZA 2GSQA 3HHVA 4KSMA 2CX3A 3VFIA 4E8EA 4GRFA 5KN3A 3MSZA 2GZPA 5JCUA 1LBKA 3LGCA 1X9MB 1V98A 2FCHA 2PN8A 2K9FA 2DBCA 1GUMA 3KH9A 5DJLA 1M99A 4V1Ap 4WF4A 1JLWA 2CVKA 4DSQA 1G6YA 1FAAA 4NXIA 5B7CA 2K18A 1U3AA 5G31A 4RI7A 2CAQA 3ZYWA 5EPFA 3L9VA 1DBYA 3IOSA 1QQ2A 2H19A 1YQ1A 2YWMA 2V6OA 5GZZB 3C71A 1WRYA 3C8EA 4ZL8A 2H66A 3C73A 4HEA2 3I69A 4O92A 4EUYA 5IIZA 4RQRA 1G7EA 2OACA 5G1LA 3DD3A 3VI5A 1M7TA 4G19A 1ERVA 1SK1A 3RAZA 4RI6A 2IMKA 3CRTA 2RUEA 3F3QA 2YZUA 5H5QA 1ILOA 2OBIA 3ZTLA 2HFDA 2O7KA 5GSSA 1XWGA 1VRSD 2IMFA 4J2FA 3DGQA 4WETA 4Z7XA 5DBQA 5DALB 2E0QA 5D73A 4L0UA 3DYRA 3HY2A 4I97A 2CVBA 2DIZA 2R37A 3ZLPA 1JZDA 4LL1B 2WS2A 3GX0A 4MK3A 1GSEA 2IFQB 1MD3A 3GFKA 2FY6A 3C7MA 2FWHA 4L5LA 2DJ2A 3KGKA 2YWIA 5JCWA 3ED3A 5D9WA 2MMOA 4IVFA 3EVIA 3ZMLA 2H74A 1GWCA 1V40A 4ZBAA 3M3MA 4EF0A 3UVHA 4K6XA 1O8XA 3LXZA 3VPQA 2Z9SA 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