The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
35
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sequence length |
114
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structure length |
114
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Chain Sequence |
PQASIDLTPQTFNEKVLQGKTHWVVDFYAPWCGPCQNFAPEFELLARMIKGKVRAGKVDCQAYPQTCQKAGIKAYPSVKLYQYERAKKSIWEEQINSRDAKTIAALIYGKLETL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Structural basis of an ERAD pathway mediated by the ER-resident protein disulfide reductase ERdj5.
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Oxidoreductase
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source organism |
Mus musculus
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molecule keywords |
DnaJ homolog subfamily C member 10
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total genus |
35
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structure length |
114
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sequence length |
114
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chains with identical sequence |
B
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ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2010-10-20 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF00085 | Thioredoxin | Thioredoxin |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Glutaredoxin | Glutaredoxin |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4GRF A; 2IMD A; 5CO3 A; 1QQ2 A; 1XWK A; 3KMO A; 2CZ2 A; 5ECH B; 3FYG A; 2MZC A; 3LQ7 A; 1ACV A; 1V57 A; 5KN2 A; 5IPG A; 4E8E A; 1YQ1 A; 2JSY A; 4MF7 A; 2TRC P; 2L5L A; 1TRU A; 4OFN A; 3A2V A; 1GUK A; 2NVL A; 1TDI A; 4ZBB A; 1T4Z A; 1GSF A; 1DBY A; 5EL8 A; 2QGV A; 3CRU A; 2R6K A; 1SKR B; 3ZLP A; 3FY7 A; 2LST A; 6GSY A; 1A0F A; 4GSS A; 2NTO A; 3UBL A; 1LU4 A; 1YY7 A; 4AJ7 A; 1OYJ A; 3TKP A; 1M7T A; 2LJK A; 2XPD A; 2H1B A; 4MZB A; 4I97 A; 2L6C A; 2YJ7 A; 4ML1 A; 1H4O A; 5DAL B; 1QUW A; 1S3C A; 3TRX A; 2V41 A; 3CTG A; 2A2S A; 1ERV A; 1Z7R A; 3DVW A; 3TKS C; 4J56 E; 1ZMA A; 3ZVJ A; 1FOV A; 4QL7 A; 1JLV A; 1OC9 A; 2YWN A; 5J5N A; 1G6W A; 2ON5 A; 2IFQ A; 4FH8 A; 1KEB A; 2YCD A; 4JZQ A; 3M9K A; 3Q18 A; 4NWY A; 4X0X A; 1U3A A; 3TUE A; 4MJC A; 1GTA A; 1TU8 A; 1QMV A; 5KN0 A; 3VK9 A; 1WE0 A; 4CDO A; 4KW6 A; 4WF5 A; 2VM1 A; 1MDK A; 3FHK A; 2LQO A; 3A3T A; 3PIN A; 5ECO B; 2C3N A; 5ENU A; 3IDV A; 2PBJ A; 2HI7 A; 4HUA A; 4OFM A; 2V32 A; 3VWW A; 4IGJ A; 3KXO A; 5A4U A; 1WWJ A; 1YEX A; 4K2D A; 1SJZ A; 4PQI A; 3LGC A; 1K3O A; 2D2Z A; 3H1N A; 3GYK A; 1TOF A; 5AIS A; 3UBK A; 3ZFL A; 1S3D A; 2C0F A; 2VL3 A; 2VCX A; 3HCZ A; 2OA7 A; 1XW9 A; 5B8B A; 4IKH A; 3O6T A; 4MF6 A; 1YZX A; 1XOB A; 1GSE A; 3QFA C; 4HJ2 A; 4KAE A; 1A2L A; 1PX6 A; 19GS A; 5ECI B; 2PU9 C; 3D21 A; 1WIK A; 2VLT A; 1QGV A; 3HJP A; 3GRX A; 4GXZ A; 1XWA A; 1A8Y A; 4N11 A; 4Q5N A; 2DSA A; 2AV4 A; 1NSW A; 3QAV A; 5IMF A; 1Q4J A; 2XBI A; 3IXR A; 4NAX A; 1M99 A; 2AYT A; 4CHS A; 2B1K A; 4TR1 B; 3IR4 A; 3Q6O A; 2LEG A; 4WR4 A; 2X64 A; 2GSR A; 4ID0 A; 1EV9 A; 1FG4 A; 2C1Y A; 4LLR A; 5D9V A; 2F51 A; 1EP8 A; 3HY2 A; 2VCQ A; 1U87 A; 3UAR A; 2VCT A; 3NOF A; 2PUK C; 3LEF A; 5CRD A; 2B6M A; 2OJL A; 4RQR A; 1M0U A; 2QKE A; 2IN3 A; 2XHF A; 3M8N A; 2H6Y A; 1EP7 A; 3EUR A; 3G9B A; 3KM6 A; 2E2G A; 3H93 A; 1EOG A; 2LRT A; 1K3L A; 3A2X A; 4K7O A; 1S3A A; 4GTU A; 5LCZ A; 6GSU A; 3FR9 A; 3H79 A; 4EDZ A; 1JZD A; 1C72 A; 2LTK A; 2VAF A; 1ZYQ B; 1K0A A; 2JZR A; 1NHY A; 2HT9 A; 1X9S B; 4RUV A; 1X9M B; 1U6T A; 3DYR A; 2HZE B; 2LRN A; 1FB6 A; 4XCS A; 2IIY A; 3UOM A; 1M2B A; 2HRN A; 2N5F A; 3GMF A; 1FVK A; 4RQX A; 2YZU A; 4BA7 A; 1OE7 A; 3KP8 A; 2L6D A; 4HZ4 A; 3QFB C; 3EMP A; 1IYH A; 3GKN A; 1J08 A; 3RHB A; 3G7Y A; 4KH7 A; 3APS A; 1EEJ A; 3S9F A; 1A8L A; 5DDL A; 2EIQ A; 2ON7 A; 5D73 A; 3BOA A; 5HR2 A; 1K0N A; 5D9X A; 2YV7 A; 5ECL B; 4K7I A; 2JZT A; 3CSH A; 4QL9 A; 2H19 A; 4V1A p; 3BD2 A; 4TXV A; 5J9B A; 3Q74 A; 2FGX A; 2LUS A; 2FWF A; 5GAP D; 2WB9 A; 5DJL A; 1BAY A; 5H5R A; 3EYT A; 3MSZ A; 2GGT A; 1GLP A; 3KCM A; 2DJJ A; 4F0C A; 5GZZ B; 1ABA A; 5JCG A; 3KP9 A; 4L8E A; 5ID2 B; 4ZXG A; 4ACS A; 1F6M C; 1XW5 A; 4I8B A; 1GRX A; 4X1U A; 5B8A A; 3VWX A; 4DSQ A; 4P3Y B; 3L0H A; 2CZ3 A; 4TOP A; 5ABR A; 1B4Q A; 4NMU A; 4TVE A; 3AY8 A; 5CYY A; 4ECJ A; 3RBT A; 3HDC A; 3EIN A; 4IBP A; 1ILO A; 1XWG A; 5IOX A; 2F9S A; 2WGR A; 4TRX A; 4V2L A; 3H4K A; 1BQ7 A; 3LXZ A; 2DC5 A; 3HHV A; 2ALB A; 3TOT A; 2CX3 A; 1FAA A; 3GUS A; 1PL2 A; 2H0H A; 3GHA A; 3GUR A; 3J7Y k; 1OKD A; 2HSY A; 2DJ3 A; 2PMT A; 5EPF A; 2XC2 A; 2XPE A; 3ZML A; 3EMX A; 1VF1 A; 4FYU A; 2M80 A; 2X8G A; 2P5Q A; 4KB3 A; 3A5W A; 3U6V A; 1G7O A; 3F8U A; 3TJJ A; 1Y6E A; 3LOR A; 2VL2 A; 1B8X A; 4WKW A; 1A24 A; 3IK9 A; 2HZE A; 22GS A; 2CT6 A; 1QFN A; 5ECM B; 4IJI A; 3P90 A; 3QMX A; 4GSN A; 3ZMK A; 1BG5 A; 1PX7 A; 4HI7 A; 4V1A g; 3I69 A; 1HNA A; 1OC8 A; 3UMA A; 3CSJ A; 5DVB A; 3L9S A; 4XRD A; 2MMN A; 5DBQ A; 1T00 A; 1GL8 A; 4EVM A; 3W8J A; 2YNX A; 3LJR A; 2GST A; 3VLN A; 1WOU A; 2ZNM A; 4X43 A; 1GTB A; 1XOA A; 9GSS A; 5D9T A; 1PGT A; 3F4S A; 5AIX A; 3D5J A; 2WS2 A; 3VWU A; 2FCH A; 4JE1 A; 4BVX A; 5CRG A; 4D73 B; 1TK8 B; 5D93 A; 1V40 A; 4MCU A; 2H30 A; 2R4V A; 3TGZ A; 5HFI A; 3DXB A; 3RPP A; 5IO0 A; 4POM A; 3PGT A; 4POB A; 4LMV A; 3KGK A; 3VUR A; 2IJY A; 4XIH A; 5ID2 A; 1ML6 A; 1B4P A; 4YQU A; 3RHC A; 2OKA A; 2JSZ A; 4YAV A; 2R3X A; 1WJK A; 4JU5 A; 1G7E A; 2CAI A; 1GWC A; 8GSS A; 4OO5 A; 2B5E A; 5COH A; 1F3A A; 1U88 A; 4IQ1 A; 4ECB A; 3KZQ A; 1GSS A; 1ON4 A; 5AN1 A; 3UL3 A; 1V9W A; 1IYI A; 3P2A A; 4F82 A; 4ML6 A; 4TXO B; 5CAX A; 2OBI A; 5G2Z A; 2NDO A; 2I1U A; 3J7Y b; 2H76 A; 3E3E A; 1JHB A; 1R26 A; 1SJ6 A; 3KTL A; 1BJX A; 3DIE A; 4MJE A; 3RDW A; 4PUF C; 4EF0 A; 1VGL A; 1FB0 A; 4GF0 A; 4YH2 A; 1A23 A; 1YKA A; 5HR3 A; 2GTU A; 1TRW A; 2C3T A; 3US3 A; 3KEB A; 4J2F A; 1EZK A; 3P7X A; 5DCG A; 1RW1 A; 1TTZ A; 6GSS A; 2FLS A; 4Q5R A; 2R5G A; 3TRP A; 1HQO A; 2IMI A; 4KDY A; 3NZN A; 3E0U A; 1THX A; 2DML A; 1GH2 A; 1PRX A; 2TRX A; 4O92 A; 2CA8 A; 5ECK B; 3I6A A; 2L57 A; 1ZZY A; 2GVP A; 2VUP A; 2FWH A; 3F0I A; 1TXX A; 1USB A; 4CW9 A; 3N9J A; 2PGT A; 3CRT A; 4ZBD A; 6GSV A; 5F05 A; 3ZIJ A; 4E8H A; 5G5E A; 1T4Y A; 2A2R A; 2PVO C; 5IMD A; 4IW9 A; 1Z3E A; 3C8E A; 3MAK A; 2H75 A; 1GSU A; 5D8I A; 1H75 A; 5GAN D; 1LJR A; 2FA8 A; 1O81 A; 2B7J A; 2K9F A; 4L0U A; 4AJ6 A; 1XWC A; 3ZRE A; 2RLI A; 4JR4 A; 1VF4 A; 2JL4 A; 3QCP A; 2V1M A; 3MDK A; 3HKR A; 4WBR D; 1DUG A; 3TB2 A; 4KX4 A; 2VD0 A; 4NV2 A; 4KDX A; 5IQY A; 4I6X A; 5G1L A; 1YJ6 A; 2EIO A; 2H1G A; 5F0G A; 2HFD A; 2GSS A; 4G10 A; 1JFU A; 4JRR A; 2PER A; 4MDC A; 1K0D A; 2K18 A; 3CXG A; 4MA9 A; 3C71 A; 4Q5F A; 1FO5 A; 3HJO A; 5L71 A; 4XHM A; 1DSB A; 1O85 A; 5DAK B; 3IV4 A; 3ME7 A; 5INY A; 2IMK A; 6GST A; 5CRH A; 2I3Y A; 4EC0 A; 5CNW A; 2GT5 A; 2VCW A; 2VD1 A; 4JED A; 4GLT A; 3NIV A; 2VCZ A; 3QAG A; 4I2T A; 1JZR A; 1YF1 A; 2RUE A; 2IPA A; 4MPF A; 4DSR A; 2C4J A; 1X0R A; 3UJ1 A; 3CYN A; 3G7J A; 5IPH A; 2PVQ A; 3DEX A; 3K8N A; 4TXO A; 1AIU A; 4HQS A; 2WDU A; 3TKS A; 1A0R P; 2OAD A; 3UIW A; 3GTU B; 2H0I A; 3TKS E; 2GZZ A; 3L4N A; 3ZIT A; 4MZW A; 2VO4 A; 2OE1 A; 4TR4 A; 2CVB A; 1NW2 A; 4IJ3 A; 3PH9 A; 2EC4 A; 1T7P B; 3LYP A; 2KHP A; 3O3T A; 1SD9 A; 3WGX A; 1OE8 A; 2LJA A; 1AQW A; 3CSI A; 1CQH A; 4G19 A; 1SKS B; 3E9J B; 4ZBA A; 3A2W A; 1MDI A; 1SJI A; 5DAL A; 4KUN A; 1XW6 A; 3VWV A; 3F9U A; 3VPT A; 5JWR B; 1KNG A; 3FZ9 A; 2B1L A; 2LS5 A; 1XVW A; 1BED A; 3G7I A; 3GL5 A; 4IP1 A; 2KP1 A; 1W4V A; 2A4V A; 1OVN A; 1I9D A; 4F0B A; 4HU7 A; 4KSO A; 4EL1 A; 2CV4 A; 4V2N A; 2AJQ B; 2CQ9 A; 1K3Y A; 1M9B A; 3F63 A; 4HOJ A; 1O8W A; 5DQY A; 2CVK A; 3TDG A; 1HYU A; 4KND A; 1EOH A; 4L5L A; 2P5R A; 1SL1 B; 1TW9 A; 3BJ5 A; 2CVD A; 1AXD A; 1W89 A; 2X8C A; 4ZIL A; 1KBN A; 5F07 A; 2DMM A; 3GH9 A; 1T1V A; 5IMV A; 2E7P A; 4MP4 A; 4ZL7 A; 3UVH A; 4YQM A; 4TR3 A; 4FO5 A; 4Z7X A; 2I81 A; 1PQN A; 3D0Z A; 4PUA A; 1GSD A; 3D4M A; 2B5Y A; 1ERT A; 5J3R A; 1BX9 A; 3IHQ A; 5DCH A; 4N30 A; 1M9A A; 2MMO A; 3F3Q A; 3C1R A; 3KIJ A; 5A4W A; 4MAB A; 2REM A; 1EWX A; 2L5O A; 1GUH A; 3WYW A; 1WPI A; 17GS A; 1AQV A; 1F2E A; 2TIR A; 1XWB A; 2KLX A; 2C0D A; 4BWS A; 2VL9 A; 3GKM A; 3BBY A; 4K0N A; 1PA3 A; 4IN0 A; 2FWG A; 4EUY A; 3FK8 A; 2LNT A; 4KGI A; 2JAC A; 20GS A; 4K7N A; 4EO3 A; 2VOC A; 1WRY A; 1M2D A; 3TJF A; 3GTU A; 4EE0 A; 2JZS A; 2WFC A; 2FD3 A; 5KEJ A; 3ZFB A; 2YJH A; 1FVJ A; 3VFI A; 4FYC A; 4TR1 A; 5D9W A; 2H1A A; 3DGQ A; 1Q98 A; 4TKY A; 4BL7 A; 1F3B A; 4O32 A; 1I5G A; 3VPQ A; 2HNL A; 5LD0 A; 2WUL A; 1PL1 A; 3SBC A; 2HXK A; 4HQZ A; 4GQF A; 2IWT A; 2K6V A; 2RM6 A; 2YAN A; 4OCE A; 4EKZ A; 1ZCP A; 3SWL A; 4KA0 A; 4OWY A; 5J9C A; 2R37 A; 3GV1 A; 2V2G A; 2N5B A; 2GZP A; 4XS4 B; 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2BTO T; 10GS A; 5EY6 A; 3TKR A; 3IC4 A; 5C00 A; 1QXH A; 1DE1 A; 3HYP A; 3LWA A; 1O8X A; 5G31 A; 3LSZ A; 1PSQ A; 1R4W A; 5JCU A; 2MMZ A; 3BCI A; 5H5S A; 1YF0 A; 3CTF A; 5IM9 A; 2GQL A; 4N0V A; 5EVO A; 1AQX A; 3TCO A; 2O89 A; 3ZL5 A; 3WGE A; 5KN1 A; 2L59 A; 5F8B A; 4QQ7 A; 3D4T A; 2VLV A; 2C0G A; 4YAP A; 5IIZ A; 1PN9 A; 2OBK A; 2DJ0 A; 4MPG A; 3LG6 A; 1EGR A; 2C80 A; 3FR6 A; 3QR6 A; 2KUC A; 4ZIJ A; 2NBS A; 5B7C A; 2I9H A; 2LJR A; 3TJG A; 2R2J A; 4ILF A; 1R7H A; 1PKW A; 2H01 A; 2FWE A; 5G5F A; 2AB6 A; 2OE3 A; 2WJU A; 2PWJ A; 1GUL A; 5DQS A; 2Z9S A; 3FKF A; 5CRW A; 1FHE A; 2H1D A; 4NPB A; 4HJM A; 3IRA A; 3GSS A; 4F2I A; 5KN3 A; 3ME8 A; 4PQ1 A; 4DSS A; 1WP0 A; 1TKD B; 3C73 A; 1TK0 B; 3Q19 A; 2AHE A; 1HNC A; 2C0E A; 2HLS A; 4NHZ A; 5DJM A; 1AW9 A; 2IME A; 3HZ4 A; 3GN3 A; 2JAD A; 3RAZ A; 4GST A; 1SEN A; 3TRQ A; 3TJK A; 1V58 A; 1E6B A; 4D73 A; 1Z9H A; 4NHW A; 4YQV A; 1GNW A; 1J0F A; 4F03 A; 1B9Y C; 1R5A A; 2DIY A; 4ECI A; 4MH2 A; 2NPB A; 2N5A A; 3IOS A; 1X5E A; 1G6Y A; 2EIR A; 2FNO A; 1LBK A; 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