3D4MA

Glutaredoxin 2 oxidized structure
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
109
structure length
109
Chain Sequence
MVSQETVAHVKDLIGQKEVFVAAKTYCPYCKATLSTLFQELNVPKSKALVLELDEMSNGSEIQDALEEISGQKTVPNVYINGKHIGGNSDLETLKKNGKLAEILKPVFQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural aspects of the distinct biochemical properties of glutaredoxin 1 and glutaredoxin 2 from Saccharomyces cerevisiae.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutaredoxin-2, mitochondrial
molecule tags Oxidoreductase
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 37
structure length 109
sequence length 109
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-05-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00462 Glutaredoxin Glutaredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3d4mA00
3ZL5A 4WBJA 2C80A 2OJLA 4V1Ap 1XWAA 2B7KA 3IHQA 3DYRA 1ZZYA 2DBCA 1SKRB 4PQHA 2YWOA 2ON7A 1FO5A 2F8FA 1A2LA 2O89A 3PH9A 5KN2A 1FVJA 5J41A 1QQ2A 2P0GA 5DALA 5GSTA 3IAM2 4XCSA 1XWBA 2L5OA 1QMVA 2DMLA 5AISA 3P8WA 1M2BA 1GTAA 5IMDA 3M8NA 3GTUB 2YWMA 4BWSA 3IPZA 4PQIA 2LNTA 1DBYA 4MJBA 1F2EA 1ZMAA 2YZUA 3FR6A 1S3DA 4KNDA 4I8BA 3CMIA 5IMFA 4TVEA 1PKZA 4HDEA 2CAIA 2VL2A 2LV3A 4MH2A 3DD3A 2H0GA 3CBUA 2WGRA 4KA0A 1T1VA 4RQXA 2CAQA 2GQKA 4GRFA 2VCWA 2YANA 3FZ4A 2H73A 4P3YB 1GRXA 1YQ1A 4EO3A 4YAPA 1XWKA 2JZRA 4KH7A 2C4JA 17GSA 1WE0A 1RQMA 1SKWB 3FR9A 5IOWA 5CRWA 2VO4A 3OR5A 4MH3A 4IJ3A 3EMXA 6GSSA 2AHEA 3UAPA 1BYEA 4KSOA 2GSTA 2E0QA 1TU7A 5B8BA 2KOKA 4PNFA 3HXSA 3HD5A 3APSA 1J08A 2IL3A 2HSHA 5F05A 1YY7A 3IXRA 1T00A 4N0VA 3E3EA 5JWOB 2GZPA 3QFBC 1K0DA 5HR3A 4FYUA 4PGTA 4NXIA 2PGTA 4LMVA 2MZCA 1HNBA 2C0EA 3UL3A 3IC4A 5GSSA 2B1KA 4MF6A 1NW2A 3QPMA 3E9JB 4F03A 3QAVA 3HVVA 1G7EA 4IS0A 5IMAA 2FUG2 4WF5A 4MJEA 2VCVA 2K6VA 1ST9A 3GSTA 4YQVA 2LS5A 3P90A 2HFDA 3M0FA 1GTBA 2GQLA 1WWJA 5ECHB 4XTSA 3H1NA 3C8EA 1K3YA 2I81A 4X0XA 5ID2B 3IBHA 4TXOB 4K1FA 4ECCA 2LQQA 2PVQA 5GAPD 2I1UA 5FHIA 3IR4A 2WDUA 2LRCA 5ENUA 2HRFA 2HSYA 2O7KA 3QOUA 1SK1A 5DJMA 3VFIA 5ECLB 1VRSD 5D9WA 4TR3A 1SL0B 4O92A 1HQOA 1AIUA 3DKSA 4TW5A 5ECQB 5LCZA 2C3NA 4ACSA 2VOCA 4OCEA 3NZNA 1AC1A 3O6TA 2YPMA 3KMNA 4QL7A 1ZYQB 2HRNA 1WOUA 2VM1A 2C8UA 3O76A 3MNGA 2WB9A 3QCPA 1IYHA 2H19A 3KTLA 2REMA 5J9CA 1TRWA 5G5EA 3GRXA 4K6XA 3TGZA 4FH8A 5G1LA 3RPPA 3TJFA 4N11A 1A0RP 1SU9A 3TKQA 2CA8A 1K0OA 2C0FA 2ZNMA 1AXDA 5CO3A 3ZMLA 5F0GA 3DVWA 1ZOFA 4N10A 2GSRA 2H1GA 3ZIJA 1FG4A 5CP1A 4HUAA 2N5AA 1R5AA 1XIYA 4KB3A 2P31A 3L9SA 4AJ6A 5E4WA 4IHUA 1GP1A 2HZFA 1SJZA 4ZIJA 3MDKA 2EC4A 3VWWA 4MABA 3UEMA 4V2LA 1Z7RA 2NBSA 4LLRA 4NHWA 2OE3A 6GSUA 3UBLA 2QC7A 1U6TA 5D9XA 1Y6EA 2QSIA 4IW9A 2H01A 3ZIVA 2PUKC 2RM6A 2C0DA 4I2TA 4O32A 1X9SB 1TTZA 3MSZA 2VCTA 2OE1A 1BJXA 5DQYA 3KH7A 4ECBA 5GZZB 1A8YA 2H1AA 1T8EB 1HD2A 3C73A 1XW9A 5DVBA 4WF4A 3J7Yb 1TOFA 2TRCP 3BOAA 3ED3A 4DSSA 4JU5A 5IPHA 1E6BA 1M2DA 5KN0A 1BQ7A 2LQOA 3ZREA 3M9JA 2LNSA 4O5RA 3TOUA 3G7IA 4XHMA 3A2WA 3SBCA 1A8LA 5A5KA 1VF2A 2IMEA 3ZVJD 5DCHA 3TKSC 1GTUA 2QGVA 3ISOA 3ZLPA 2R2JA 2LEGA 3DMLA 2WCIA 1O73A 3KXOA 2A2RA 5DAKB 1OE7A 5IO0A 3RHBA 1ML6A 2B6MA 1M99A 1S3AA 3LJRA 3A2XA 5EL8A 2HE3A 3PINA 4PX1A 4HQSA 3KGKA 3GFKA 2H8LA 5L71A 2JZTA 1Y25A 3VPQA 2WZ9A 1B8XA 1PSQA 1BAYA 2V41A 5INYA 4OFNA 3EE2A 3C1SA 4G10A 2VCQA 4OCFA 1CQHA 2YWIA 3RDWA 2IJYA 3VK9A 4J2FA 3EURA 5AIVA 3UARA 5AN1A 3KP9A 2A2SA 2H6ZA 3O3TA 2GTUA 4KDYA 4TR0A 3GL3A 2D2ZA 5B7CA 1X9MB 1XWCA 3CYNA 3UJ1A 3GKMA 3V1WA 4EXJA 1U87A 3LYPA 4D73A 4L0WA 1FW1A 3NOFA 1IYIA 2ON5A 1U3AA 2YWNA 3HYPA 3NIVA 1LU4A 4FO5A 3L9VA 5IMVA 1WP0A 2B3SA 2DJ1A 4I2UA 4IBPA 2B7JA 2NPBA 1X5EA 4CW9A 2AJQB 2VAFA 1FB6A 3D22A 2DJKA 5IM9A 6GSTA 3TJBA 13GSA 1C72A 3HCZA 1PL1A 10GSA 1GSSA 2GGTA 2HT9A 3IOSA 1B4PA 3D21A 4TR1B 2RLIA 3IV4A 3GL5A 4L0UA 1O85A 3LFLA 1G0TA 5ECPB 2E7PA 1JZRA 5IO2A 5F8BA 3UMAA 2I4AA 1PQNA 1MD4A 2CZ3A 1PL2A 4ID0A 1AUCA 1I5GA 2AUVA 2GSQA 4K9ZA 3KCMA 2WJUA 1FOVA 2WFCA 2B1LA 1GULA 2JU5A 1U88A 4EDYA 4LMWA 4HI7A 1FVKA 4HJMA 2H1DA 5CRHA 5ECRB 2O8VB 4IVFA 3QFAC 9GSSA 3HJMA 3KJYA 1I9DA 2F8AA 1VGLA 2AB6A 1XWGA 1QK8A 3VI7A 1K0CA 3GHAA 4WKWA 4WEYA 2FY6A 4LL4B 1FAAA 1TDIA 2L57A 3W8SA 2R37A 3VWXA 2N5BA 1WPIA 3WGDA 4XS4A 3LXZA 4GSNA 1Q4JA 1HYUA 2VIMA 4TKYA 4HU7A 1SD8A 1M9BA 4KCAA 2C3QA 2F9SA 1A2MA 1TI1A 1SJIA 4DSSB 1E2YA 3KP8A 2HZEA 3A2VA 3EVIA 2V2GA 4J57E 4EUYA 3TKRA 3RPNA 1PX6A 4KUNA 2FWHA 2R5GA 4MF5A 3ERGA 3MAKA 2L6CA 2MMOA 3F3RA 2YN1A 2LJKA 3QAGA 2BMXA 2YV7A 2DSAA 1MTCA 2H74A 5ABRA 1HNCA 3RAZA 2LSTA 5IQYA 1LBKA 5HFKA 4POKA 1YJ6A 1EV4A 1TW9A 2O85A 4N0ZA 1KTEA 1YEXA 3CSIA 5IIZA 4FIWA 3H93A 20GSA 2AYTA 4JEDA 1TK5B 4PURA 1SJ6A 2IPAA 1T4YA 4AF2A 1TJDA 2LRNA 4EDZA 2ES7A 1QFNA 3AY8A 3QAWA 3RBTA 3EYTA 1OKTA 3GURA 1ZGNA 4Q5NA 5D9VA 2G0FA 4XRAA 3K8NA 3ZZXA 3VWUA 4GQFA 4JBBA 3CSJA 1Z5YE 2R3XA 3ZVJA 1OC9A 3KH9A 3QD9A 1THOA 2V32A 1M0UA 3TUEA 2XPEA 2FLSA 1Z6NA 1JLWA 2KP2A 6GSVA 2KP1A 2M80A 2VCXA 1ZCPA 2B5EA 1THXA 3IAS2 1OC8A 2VUPA 5KN1A 5F07A 2WS2A 3CSHA 2E2MA 1UN2A 1V2AA 5DBQA 3RHCA 1WJKA 1MDKA 1EGRA 2R6KA 1GLQA 2JSYA 1GWCA 3IK7A 1GL8A 2LUSA 5ECSA 1G7OA 5G5FA 4NMUA 5G1KA 1F37A 4OFTA 3E0UA 4ILFA 3KTBA 1A2JA 1URMA 2TRXA 3QDNA 2RM5A 5JWRB 4I5QA 4K7OA 4F2IA 1YF1A 3HA9A 1FHEA 3KMOA 4DEJA 2DLXA 1K0NA 4IKHA 3VURA 2FA8A 5ECOB 2WRTA 2VL3A 3LYKA 3DWVA 1PN9A 3ZRDA 5CNWA 1SD9A 4WR4A 5HR2A 4AGSA 1SL1B 3TJGA 3PGTA 3TJKA 4Q5FA 2MBTA 4BA7A 5IOXA 2XPDA 1ZL9A 2H76A 3GX0A 3ME8A 2XHFA 1EEMA 1GTIA 1B9YC 1H75A 5HR0A 3F63A 1NM3A 3ZMKA 3ZTLA 4ISDA 1Z9HA 3UIWA 4JR4A 2ZUPA 2LJAA 3IK9A 1QGVA 1TK8B 2H0HA 2CX4A 1BX9A 2KUCA 4XS4B 4MMMA 2FA4A 4OO5A 2VLTA 4TOPA 2IFQA 2B5YA 1ERUA 5JWQB 5IMZA 1HNAA 1YDKA 1M9AA 5H5RA 2IMFA 1T3BA 5DALB 3VI5A 3GV1A 1OYJA 5FWGA 1XBSA 4IJIA 3EINA 1M2AA 5CRDA 4NWYA 2CT6A 4MDCA 4GSTA 4FYCA 3WYWA 2RIIA 2FWFA 1GLPA 4BVYA 1K0BA 1ERWA 1GUKA 4POMA 4POLA 4K0GA 3EMPA 3LG6A 3Q6OA 1GSUA 4NPBA 1AW9A 1TK0B 2CQ9A 3ZFBA 3U5RE 5ELGA 4K0NA 1XCCA 4PXOA 4YQMA 3BCKA 2DIYA 2L59A 3DIEA 2X8GA 4KSMA 2B5XA 1Q98A 5ELAA 1KNGA 5D73A 3F3QA 2XBIA 3HDCA 3APQA 1PKWA 1FB0A 4AJ7A 1EV9A 4NV5A 4YH2A 2K8VA 1K3OA 1XPVA 2IWTA 2J9HA 3F4SA 4K7IA 1DSBA 4XIHA 5EPFA 3H79A 4O7HA 3ZFLA 3GTUA 4MJCA 2K8SA 2X99A 4TN8A 1NSWA 4HEA2 1QXHA 2H6YA 1B4QA 1WIKA 4KAEA 4BWQA 1JLVA 1OC9B 2H66A 2GLRA 2JADA 1V98A 2C0GA 2XC2A 1EWXA 4NV2A 2L6DA 4PUAA 4PUFC 2GQMA 4ZBDA 3G7YA 1XZOA 4G19A 4ZL8A 5HR1A 4ZILA 1AQVA 5ECNB 12GSA 2N5FA 1XVWA 4K8MA 3UBKA 3WGXA 2CX3A 2JZSA 3GH9A 3IRAA 5HFIA 4K7NA 5DDLA 1SL2B 3QR6A 4GTUA 1SYXA 3F0IA 2MMZA 5KN3A 3HZ4A 1YZXA 1V40A 1YEPA 3FR3A 2QKEA 2MYGA 2GZZA 2PU9C 3GH6A 3HVXA 4V2MA 3EC3A 4ECIA 4HU9A 5HQPA 2YZHA 4EC0A 4IGJA 3F4RA 2GT6A 1Z7PA 4KGIA 4ZB8A 4RUVA 4EVMA 2V6KA 2PBJA 2PERA 4KCEA 2FNOA 3G9BA 3L4NA 3M3MA 3DRNA 4F0BA 3ZITA 1XXUA 3FZAA 1GSDA 2IMDA 1EGOA 4ML6A 4HJ2A 1B9XC 1MEKA 1AQXA 4MA9A 2VL2C 3N9JA 5F06A 2LKUA 3W6GA 5ID2A 3MWHA 1B48A 2OBIA 4TXOA 2VD1A 4X43A 1A24A 2FGXA 1SENA 3TB2A 4GQCA 2DJ3A 4MLYA 1F9MA 4X1UA 4KDUA 1QUWA 4IP6A 3TKSA 4BL7A 1XFLA 4G2EA 4F9ZA 2IIYA 2L5LA 1M7TA 2RUEA 3DXBA 2DJJA 1S3CA 4TXVA 3N5OA 2CVKA 2L4CA 1RK4A 5CYYA 2YCDA 1ACVA 3KIJA 5G31A 3TCOA 2YOIA 2OACA 1GUHA 1F3BA 4F0CA 2HXKA 3HHVA 4ECJA 4IQAA 5HFGA 5IPGA 3A3TA 1X5CA 4MJAA 2GZYA 4OWYA 3FKFA 4Q5QA 4E8HA 2NTOA 4KW6A 4E8EA 4ZL9A 2KHPA 4HS1A 2V6OA 2DIZA 3H8QA 2H0IA 2I3YA 3I43A 3D5JA 5C00A 4NHZA 3HVSA 1F3AA 2YJHA 4I6XA 1JFUA 1K3LA 2FHEA 2Z9SA 2DC5A 5E59A 2M46A 5B6NA 1Z6MA 4RQRA 2DJ2A 1PGTA 4L8EA 3TOTA 1GH2A 3GKXA 1YKAA 4I97A 1EOGA 1W4VA 1KBNA 5GAND 1VF4A 3FY7A 1UC7A 4OO4A 3FEUA 2CVBA 5KEJA 3GN3A 1O7UA 2DMMA 4YQUA 4PQ1A 1VF3A 4GXZA 5LD0A 1EZKA 1BG5A 2R4VA 3F4TA 16GSA 3GX8A 1LJRA 1O81A 2AV4A 2WULA 19GSA 2VLUA 1R4WA 1N8JA 3US3A 3LEFA 2X64A 3BCIA 1EP8A 2OA7A 1UA5A 3GYKA 2J23A 5H5QA 3TDGA 1YF0A 5G2ZA 3I9V2 1RW1A 1A0FA 5JCWA 4LA1A 1SK2A 4GF0A 4LL1B 3TKPA 4EKZA 2PN8A 3LXTA 1CQGA 2JL4A 1JZDA 4BVXA 4N30A 2IMIA 3VPTA 3HY2A 2GDRA 2H71A 1GSFA 3Q74A 5CAXA 1PRXA 3HJOA 2K18A 1ERVA 2H75A 2M72A 5JCGA 4ZL7A 1T7PB 1GSYA 3GKNA 1XOAA 3G7JA 5FT3A 2VLVA 2A4VA 3IE3A 3R2QA 2PMTA 1PD21 2MMNA 5DAKA 3Q18A 18GSA 2NDOA 1ABAA 3LWAA 3L78A 4D73B 2YP6A 2HYXA 3GSSA 4BPYA 3FRCA 3H4KA 1TRVA 4FYBA 2C3TA 3L0HA 3I69A 4IN0A 3S9FA 4YAVA 5LNKe 4MP4A 3P2AA 4MPGA 4MZWA 1TU8A 2MMAA 5A4VA 1X9WB 5J5NA 2LTKA 1X0RA 2EIRA 2FWEA 1Z3EA 3TRQA 4L5OA 2IMKA 1F6MC 1OKDA 4HZ2A 2XBQA 1AQWA 3FZ5A 2JSZA 2CV4A 1SKSB 1MD3A 2JACA 2GSSA 3HJPA 3BBYA 3F8UA 4G9HA 4GSSA 4GWRA 4JZQA 3ZYWA 2G2QA 4ZXGA 4L5LA 3WD6A 2TIRA 1ZYEA 1V9WA 2PWJA 3KEBA 3LGCA 4MZBA 1R7HA 4ZB9A 2AAWA 3CTFA 5EVOA 1NHYA 1GSQA 3C1RA 4ULXA 1XOBA 3IA1A 2K9FA 4IELA 5D96A 5DCGA 5CRGA 5IMCA 2CVDA 2OE0A 1T4ZA 1XVQA 4TR1A 1G6WA 11GSA 3DEXA 1GUMA 2YJ7A 2LJRA 1UVZA 1ERTA 1OVNA 5ECIB 2X8CA 4WR5A 5D9TA 3DGQA 4QQ7A 2VM2A 3GA4A 1USBA 4OFMA 5J9BA 3TKSE 3WT1A 8GSSA 2HZEB 3F9UA 3TRXA 2EIOA 3GNJA 1MDIA 3F6FA 3D4TA 5J4UA 1GNWA 4MCUA 3P7XA 2MBSA 4WBRD 4H86A 1BEDA 1MDJA 5C04A 2CZ2A 3FW2A 3BJ5A 3D4MA 5B6MA 3M1GA 1GSEA 4IP1A 3FK8A 3UVHA 1O8XA 6GSXA 2LRTA 2BJXA 4CDOA 3VWVA 3UVTA 2H72A 4V1Ag 2PVOC 4JR6A 4PNGA 3EU4A 1A23A 1SK0A 2NVLA 3LSZA 5A4WA 1DE2A 2VD0A 4OMVA 5JCUA 3U6VA 4ZB6A 4XS1A 2PPTA 1EP7A 4F82A 2H6XA 4IQ1A 3FYGA 4HZ4A 4ML1A 4XRDA 3GIXA 2H1BA 2I9HA 4EE0A 4JRRA 1JZOA 1ILOA 2E2GA 5ECMB 3GKKA 3PR8A 6GSYA 2EIQA 2HNLA 4MPFA 1TRSA 3KZQA 3CTGA 4POBA 5DJLA 3VLNA 2OBKA 4JE1A 3ERWA 5AIXA 5A4UA 3EU3A 3I6AA 1KEBA 1W89A 6GSWA 1EOHA 2VL9A 5B8AA 4GCIA 4KE3A 4EL1A 4KDXA 1O6JA 3M9KA 22GSA 1OC3A 2GS3A 1V58A 3HZ8A 14GSA 1DUGA 1DE1A 2H70A 1SYRA 3BD2A 2L4QA 4ZBBA 5COHA 2C1YA 3KD0A 4V2NA 2H30A 2P5RA 1R26A 3GUSA 2FWGA 1OE8A 3APOA 3FZ9A 4TR4A 3QMXA 5D8IA 1TRUA 1GNEA 1K0MA 4MK3A 3ME7A 1NHOA 3CRUA 7GSSA 4NAXA 3Q19A 4XS6A 1PA3A 1WRYA 2GVPA 5G30A 2FCHA 1AAZA 3F6DA 1PMTA 1TP9A 1OAZA 2OADA 1EEJA 2DJ0A 3EWLA 2GT5A 4GLTA 1N2AA 2V1MA 1JZWA 1JHBA 1X5DA 4Q5RA 4Z7XA 2KLXA 2IN3A 4K2DA 2YNXA 1XW5A 4DSRA 5DQSA 1TKDB 1V57A 4DSQA 3IDVA 3GMFA 4TRXA 4MF7A 4WETA 3CXGA 2F3MA 3ERFA 4KX4A 2BTOT 1TXXA 1VF1A 2RUFA 2F51A 3WT2A 3KM6A 1H4OA 1U3IA 1K0AA 3J7Yk 3HKRA 1O8WA 2X8HA 1WMJA 4RI6A 2IFQB 1PX7A 1YKCA 3TRPA 5J3RA 4MZCA 2VCZA 1ON4A 2HLSA 5D93A 4J56E 3FHKA 3D6IA 4WXTA 4RI7A 5AGYA 2YV9A 3LORA 1XW6A 2HI7A 2OKAA 3DVXA 4ZBAA 4QL9A 3A5WA 2ALBA 2ZCTA 4DVCA 3JCML 3UOMA 3C71A 1J0FA 5CREA 3CRTA 1TI3A 3TJJA 2P5QA 4OD7A 4HQZA 3SWLA 1R5PA 5EY6A 4AJ8A 4CHSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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