3D4TA

Crystal structure of the periplasmic thioredoxin soxs from paracoccus pantotrophus (oxidized form)
Total Genus 26
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
26
sequence length
96
structure length
96
Chain Sequence
AELRLLMFEQPGCLYCARWDAEIAPQYPLTDEGRAAPVQRLQMRDPLPPGLELARPVTFTPTFVLMAGDVESGRLEGYPGEDFFWPMLARLIGQAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the periplasmic thioredoxin SoxS from Paracoccus pantotrophus indicates a dual Trx/Grx functionality for activation of chemotrophic sulfur oxidation in vivo
rcsb
molecule keywords Putative uncharacterized protein
molecule tags Oxidoreductase
source organism Paracoccus denitrificans
total genus 26
structure length 96
sequence length 96
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-05-15
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3d4tA00
4JZQA 4BVXA 2R5GA 3C8EA 1ZZYA 3VWWA 5CO3A 2IMKA 1U6TA 2K8VA 1XWKA 2PVOC 4V2NA 1FAAA 4F2IA 1BYEA 5E4WA 3VPQA 1WJKA 3W8JA 5IPGA 2O85A 2LEGA 3F9UA 2BTOT 2P5QA 3DVWA 4MJBA 2QKEA 3KP9A 3FHKA 3QFBC 5ECMB 4BA7A 4HOJA 2VCXA 3D22A 3GKNA 2GVPA 2C0FA 3TRPA 5IOXA 2MMOA 4DVCA 1MEKA 1A0FA 4PXOA 4IN0A 2K18A 2F8FA 1LJRA 1FB0A 4KSMA 1M0UA 3BBYA 1ZCPA 2R3XA 4MPGA 1GULA 2LQOA 1R4WA 5CRDA 2P5RA 4K9ZA 1GTUA 3C1SA 3I6AA 1WMJA 3BCIA 2CT6A 5EVOA 1AXDA 2YJ7A 3I43A 1A2LA 1TK8B 1J0FA 2IJYA 2PBJA 2EC4A 4ML6A 1HNBA 14GSA 1PQNA 1XFLA 4OD7A 2IMFA 1XW5A 2E2MA 5DQYA 2EIOA 3KH7A 2DJ0A 4KX4A 2FA4A 2H74A 1ZGNA 2WB9A 1ON4A 4RI6A 3Q6OA 5DCHA 2CAIA 5ID2B 4KNDA 1SKSB 2HRNA 16GSA 4QL9A 2K8SA 5B8BA 1DE1A 2YCDA 3IK7A 4YQUA 3BD2A 2H0IA 2QC7A 1B4QA 4BPYA 3ZZXA 4HZ4A 3ZFLA 1ZYQB 1O81A 4GCIA 1R5AA 3F4TA 1VRSD 4K7NA 4Q5FA 4TR1B 2BMXA 3UVHA 4POLA 1O7UA 4X1UA 1SJIA 3Q74A 1GL8A 3ZTLA 2HSHA 2R37A 5EPFA 1FW1A 1QMVA 3TKPA 4HDEA 2FWGA 2YN1A 4K1FA 3NIVA 1EWXA 5LD0A 2CVBA 1GSYA 2G2QA 1EOHA 2L57A 2B5EA 4WETA 3C71A 5E59A 1OC9A 2NBSA 1Z7PA 2GSQA 2C80A 6GSWA 1T7PB 3VWUA 4MJEA 1XWGA 5G1KA 1U3IA 5ECOB 4ZIJA 1AQXA 2DSAA 2PPTA 2CVDA 1J08A 4KB3A 4MCUA 1TRWA 2KP1A 3KM6A 2GQMA 3O3TA 3Q19A 5G30A 1X5EA 2LRCA 1G6YA 2L5LA 2HFDA 4K6XA 2QGVA 3ISOA 2XBIA 2VOCA 5KN1A 4L5OA 2VIMA 2WDUA 2DIZA 4J56E 3KGKA 3CTGA 2J23A 4GSTA 1GSEA 4EL1A 3D21A 1X9WB 1TKDB 4KDYA 3DYRA 1SYRA 4LMVA 2IMDA 4ISDA 2H30A 4FYCA 2C0GA 2RUFA 2A2RA 1T00A 1ZOFA 1ERWA 3A3TA 5GSTA 3H8QA 1A8YA 2K9FA 3PINA 3TOTA 2K6VA 1GUHA 2LNTA 4I5QA 1GSQA 1T1VA 1XOAA 3UMAA 3HA9A 4TRXA 4ZILA 5C00A 3TB2A 4PGTA 5G1LA 5IMAA 3WGXA 2GZYA 2LSTA 4LMWA 4EDZA 4V1Ag 1CQGA 3IDVA 5KN2A 4WEYA 2F8AA 4Q5RA 2HT9A 4EXJA 3L4NA 4KH7A 4G19A 3UBLA 3HDCA 1ERVA 2RUEA 3UAPA 4EC0A 3UARA 3GL5A 2GZZA 1WIKA 2IIYA 5DJMA 4GQFA 4XS1A 1THXA 2YZHA 2JACA 3M1GA 1VGLA 2RM5A 2I1UA 1K0CA 2H6YA 5IPHA 2G0FA 4X0XA 2YWMA 2LRNA 4KDXA 1F9MA 3F3QA 3GKMA 3GH9A 1PGTA 3KD0A 3VPTA 5J9BA 2H76A 1M99A 3ZYWA 5KEJA 2JL4A 1GSSA 4HUAA 4TXOA 3F4RA 2NDOA 2CV4A 2YP6A 3MWHA 1EOGA 2MMNA 2V32A 4KA0A 3TJKA 4N30A 4MA9A 4N11A 1Q98A 3KMOA 2H0HA 3S9FA 2VLVA 1SK2A 2X64A 2B5XA 3CYNA 3LXZA 2RLIA 4L0WA 3WD6A 4FYBA 2YWNA 1GTAA 1XXUA 1GLQA 2F51A 5ECIB 4MF5A 2A4VA 1K0MA 5DALA 4YAVA 4TXVA 1XWBA 3FW2A 2FWFA 1YJ6A 1NHYA 2WFCA 3FRCA 5J4UA 3IV4A 4H86A 1VF1A 3H1NA 1W4VA 3G7IA 5ABRA 1T4YA 3UL3A 2ES7A 1GH2A 1AW9A 4ZB6A 2N5FA 4OO4A 2PMTA 2OBKA 4MF6A 3ZFBA 1LBKA 4XS4A 4PURA 2L4QA 1ERUA 4G10A 3MSZA 3CSJA 4K7OA 3IPZA 5G2ZA 5FHIA 2YV7A 4TR3A 2KOKA 3SBCA 1OC8A 3ME8A 1PKWA 2IN3A 1SENA 5GAPD 2DJ3A 1UN2A 2OA7A 3EMXA 4MZCA 1VF2A 4IELA 5LNKe 2B7KA 2C3TA 1O8XA 2YWIA 5DAKA 1TK5B 3F4SA 1XBSA 2CZ2A 1PN9A 19GSA 1B9XC 3DXBA 2DMLA 1O8WA 3FR6A 2WJUA 4JRRA 4NV5A 3KJYA 4PX1A 2GDRA 3HCZA 3IXRA 1F2EA 4KDUA 2B1LA 5IOWA 4WR5A 3SWLA 1GTBA 2FCHA 3ME7A 12GSA 1U88A 3GKXA 4OCEA 3TRQA 5JCGA 1AUCA 2QSIA 1HD2A 1PRXA 1X9MB 4NMUA 4FIWA 4LL1B 1V9WA 1NW2A 2HZEB 3M9KA 3ZMKA 2FLSA 4QQ7A 3NOFA 1M2BA 3EMPA 1EEMA 2DJKA 3PH9A 2X8GA 4EF0A 2E0QA 2HI7A 1BEDA 2R6KA 1O6JA 4K8MA 4N0ZA 2V6OA 4MMMA 1DSBA 1YF0A 3ZREA 2OJLA 3LQ7A 1GSDA 3M0FA 2H66A 4WBRD 2CVKA 5D9TA 3E3EA 4IW9A 4BWSA 1VF3A 3IC4A 1URMA 4WR4A 4TR4A 5J41A 2GSRA 1Z3EA 1GTIA 2R4VA 3HZ8A 3PR8A 5HR3A 3EE2A 1Z6MA 3D4MA 1A2JA 2LNSA 3Q18A 4AJ6A 4OFNA 3I69A 3D6IA 2CZ3A 1OE7A 5D73A 2NTOA 5AISA 1A0RP 1A24A 2MYGA 2DC5A 3HJPA 5J5NA 1UA5A 2JZRA 3RPPA 3F6FA 4LLRA 2MBSA 2LQQA 4OFTA 2GT6A 4G9HA 3D4TA 4RUVA 1S3DA 3LSZA 4F03A 4IJIA 1B48A 5HFIA 1AC1A 4L0UA 5IMFA 4J2FA 3D0ZA 2LV3A 3GNJA 1EP7A 5AIXA 4AGSA 3AY8A 3EU4A 4MH2A 3RHBA 1SJ6A 5J3RA 4XRAA 3LFLA 3QAWA 3GMFA 3L78A 4WKWA 3US3A 1K0OA 4WXTA 2PGTA 1GSUA 1NSWA 1FVJA 1W89A 3GSTA 1K0NA 2AYTA 4TVEA 1MDJA 4XIHA 5L71A 3NZNA 2VCWA 2VL9A 3L0HA 5HR0A 4NXIA 3F3RA 2P31A 3HVVA 1WRYA 4FYUA 1X0RA 3U5RE 1ST9A 3G7JA 2RM6A 1PD21 4POMA 4KCEA 2X99A 3N9JA 4GRFA 4KE3A 2F9SA 3QR6A 3IK9A 1Y25A 2FY6A 2VD0A 1SD9A 4V2LA 22GSA 2JADA 3HJMA 1ACVA 1XIYA 4JR6A 5AGYA 2F3MA 1YKCA 2L59A 2JSYA 2I4AA 1PL1A 2HYXA 1SL0B 3DWVA 3RPNA 4P3YB 3GN3A 2REMA 3O6TA 1JZDA 2TIRA 2B6MA 5ENUA 3EVIA 3J7Yb 2IFQA 3EURA 2Z9SA 2WULA 4DSQA 2DJJA 3DMLA 4ZL7A 1Z6NA 3IBHA 4LA1A 6GSYA 1YF1A 4ML1A 4TR0A 1SU9A 5ECSA 4AJ8A 5D93A 4WF4A 1EP8A 8GSSA 5ECNB 2XPDA 3W6GA 3KEBA 4ACSA 2JSZA 1NM3A 4JEDA 4ZL8A 2EIQA 1OC9B 1A23A 1GUKA 2VCQA 2IMEA 2HZFA 1G7OA 1BG5A 11GSA 2VUPA 1Q4JA 5CRGA 2CX3A 2LJRA 3WGDA 3G7YA 1I9DA 4MF7A 3BCKA 2M72A 2V41A 1OC3A 4IKHA 4MZBA 4XRDA 2L6CA 4JR4A 1WPIA 1A2MA 3U6VA 1TI3A 3ZIVA 5DCGA 5ELAA 7GSSA 3UOMA 5D8IA 1XWCA 1E6BA 4GTUA 4KAEA 1TP9A 2MMAA 3HZ4A 3HKRA 3LORA 1DBYA 2TRCP 4TKYA 1V98A 3CMIA 4ZBDA 3GURA 1NHOA 4YH2A 1TU8A 1S3AA 1ZMAA 4Q5QA 1QFNA 2VL2C 5IO0A 3TJJA 3GIXA 2CQ9A 2LJKA 1IYHA 4KW6A 2B1KA 1ERTA 4ZB9A 3HXSA 3ZL5A 1VF4A 2ZNMA 4NHWA 3P7XA 1GRXA 2AUVA 4MK3A 3GH6A 2H75A 4F9ZA 4OFMA 3TJFA 1PL2A 1AAZA 3DGQA 2HE3A 4MPFA 1AQWA 2FHEA 3HHVA 2AAWA 4EKZA 3DD3A 1MDKA 2KHPA 3RAZA 1H4OA 1M2AA 2E7PA 2X8CA 2VM2A 1JZWA 4DSSA 3GSSA 3O76A 3IOSA 2O87A 3F0IA 3QAGA 2A2SA 4TXOB 3DKSA 2GLRA 2YPMA 1QUWA 4OWYA 1XCCA 4CW9A 5INYA 2H1GA 4PNFA 2DJ1A 1MD4A 4FH8A 3A2WA 4EDYA 1RK4A 1JLVA 1PKZA 1B8XA 2YWOA 4D73A 4XS6A 1R26A 1R7HA 2DIYA 4NAXA 3A5WA 3GX8A 2LTKA 2WCIA 5DALB 1XVWA 2OKAA 5D9XA 3WT2A 3ERGA 2C8UA 4KUNA 2ZUPA 2PWJA 4LL4B 4HI7A 4N0VA 4PNGA 2H1BA 3W8SA 4J57E 4O7HA 4TW5A 1WP0A 1BJXA 1PX6A 1M7TA 4IP6A 4NHZA 4NPBA 3FEUA 5JWQB 1G6WA 4IBPA 4JE1A 1A8LA 5F8BA 2B5YA 4XS4B 3QDNA 3GFKA 6GSVA 3N5OA 2N5AA 3F6DA 2P0GA 3V1WA 4K7IA 5KN0A 4YQVA 3GYKA 1KNGA 5G5FA 2GGTA 1DUGA 2WGRA 4MH3A 1WWJA 1K3YA 1T3BA 4F0CA 2PU9C 4RQRA 1SKRB 4ZBBA 1F37A 5C04A 2OE3A 2LJAA 2R2JA 4ECJA 2H01A 5DAKB 3VK9A 1N2AA 2DLXA 5DDLA 3C7MA 3LWAA 4ECIA 1YY7A 1FOVA 3TKSA 3H4KA 1E2YA 1TDIA 4PUAA 2O8VB 2H1DA 3ZLPA 3CBUA 2ZCTA 1TI1A 5ECKB 3VI5A 3ED3A 1GP1A 3TUEA 1UC7A 3CSHA 2GT5A 1FB6A 2FWHA 3CXGA 3IAM2 2HSYA 2FA8A 4ULXA 5IO2A 2H6XA 2XHFA 2IWTA 4GF0A 3APQA 4I97A 2V2GA 5ECPB 3EWLA 4HJ2A 1MTCA 2PERA 3IRAA 3ZMLA 2HXKA 5DBQA 1QK8A 4BWQA 4I2UA 4PQ1A 5LCZA 2C3QA 3LYPA 2OACA 2VL3A 6GSUA 1YQ1A 3RDWA 5IMVA 5HFKA 5COHA 4CHSA 1SJZA 5CNWA 4ZB8A 3TKQA 2L6DA 2VM1A 4TN8A 2H19A 3HVXA 3QMXA 3HYPA 3P90A 3IR4A 5ECHB 2B3SA 3G9BA 1THOA 4I2TA 4NV2A 4WBJA 1BAYA 4ECBA 1FHEA 5AN1A 3ZIJA 1Z9HA 4K2DA 3GTUA 2M80A 3LYKA 5H5RA 3UBKA 2FGXA 1TU7A 4XCSA 2GTUA 1Z7RA 3KMNA 5D9VA 1JHBA 5GAND 5JWRB 2VCZA 2D2ZA 1TRSA 4IQAA 4V2MA 3L9VA 2NPBA 2FWEA 2VLTA 1GSFA 2HLSA 4OMVA 2PUKC 1QGVA 4POKA 4X43A 4GSSA 2FD3A 4OCFA 5IM9A 5G31A 3TCOA 3TOUA 1JZRA 3KP8A 2NVLA 1KBNA 4MDCA 4RI7A 1HYUA 1KTEA 18GSA 1O73A 1K0BA 3VURA 2XBQA 1SKWB 4WF5A 2N5BA 2OE1A 4MP4A 5J9CA 1SL1B 4NWYA 2CA8A 5F0GA 3KTBA 1EV4A 1TRUA 4EUYA 3ZRDA 1CQHA 2DBCA 4PQIA 4EVMA 5F07A 1QXHA 5DQSA 4IJ3A 4AJ7A 4HU7A 5A4VA 3MDKA 2H71A 1XOBA 1V40A 2RIIA 3H79A 1XZOA 1WOUA 2WS2A 2MMZA 2I9HA 2I81A 1XW9A 4GQCA 3KCMA 3FY7A 1B4PA 4KGIA 2L4CA 1TOFA 1X9SB 3LXTA 3GX0A 4MJAA 1USBA 3GA4A 3CTFA 1JFUA 2H1AA 3GRXA 2CX4A 1ILOA 3FZ4A 5D96A 4E8HA 5ELGA 3KH9A 2KLXA 3RHCA 1AQVA 2XC2A 2VCVA 4HS1A 4HU9A 1BX9A 1SYXA 3FZ9A 2VD1A 1OKDA 1K3OA 4BVYA 1F3AA 1SL2B 3KZQA 4OO5A 2GQKA 3K8NA 5ID2A 3HY2A 2TRXA 3F63A 4DEJA 3UJ1A 4F82A 1OE8A 6GSXA 5FWGA 2VCTA 3ZVJA 5IIZA 4GLTA 5JCWA 1PMTA 2IFQB 1M9BA 3APOA 3TGZA 4PUFC 1TK0B 1WE0A 3VWXA 3VWVA 3GL3A 1Y6EA 3L9UA 4Q5NA 1EGRA 2AB6A 1C72A 1N8JA 2H73A 1M2DA 2LUSA 17GSA 2OADA 4ZXGA 3A2XA 1JZOA 1YEXA 4DSRA 1YKAA 4O5RA 4TR1A 4JU5A 2YNXA 1MDIA 3UIWA 2C1YA 4G2EA 3FR3A 3JCML 4ILFA 2J9HA 3DVXA 3QAVA 1OAZA 1IYIA 2LS5A 3HD5A 1FG4A 5B6NA 4HQZA 1X5DA 5FT3A 4RQXA 2V6KA 4IGJA 4K0NA 3RBTA 3CRUA 4IS0A 2HNLA 3ZITA 6GSSA 1ABAA 2H8LA 1JLWA 5EY6A 3WYWA 1V57A 1S3CA 2VO4A 4F0BA 3KIJA 1HNCA 1DE2A 2C3NA 2CAQA 4ZBAA 1K0DA 1ZL9A 5ECLB 4GSNA 3C1RA 2X8HA 3L9SA 5KN3A 3TKRA 4IP1A 4YAPA 1PA3A 3LG6A 5CRWA 1F6MC 3QD9A 1UVZA 1PSQA 2AV4A 2C4JA 5G5EA 3F8UA 5EL8A 2YANA 4FO5A 1HNAA 5IMZA 2OE0A 2ALBA 1V58A 1TJDA 2YZUA 5F05A 3M9JA 5CREA 3MAKA 1PX7A 3IA1A 1V2AA 1TRVA 4EE0A 1FO5A 5CRHA 1EEJA 5D9WA 2ON5A 3FKFA 3A2VA 1AIUA 1K3LA 6GSTA 1U87A 5A4UA 5A4WA 3FK8A 5F06A 2OBIA 2IPAA 1EZKA 1F3BA 4N10A 4E8EA 2IMIA 2E2GA 3FZ5A 1EV9A 5GZZB 2H72A 3MNGA 3ZVJD 4DSSB 2AJQB 1G7EA 5AIVA 2WRTA 9GSSA 4ECCA 2PVQA 4K0GA 2AHEA 5B8AA 1XPVA 1ZYEA 1OVNA 3DRNA 4BL7A 5H5QA 3TKSE 4D73B 1OKTA 1YDKA 3LEFA 4YQMA 4Z7XA 1SK0A 5GSSA 3HJOA 2MZCA 4MABA 3TKSC 3GKKA 2GS3A 1X5CA 3QCPA 3M8NA 4HEA2 2VL2A 3UVTA 3QPMA 5HR2A 10GSA 4PQHA 5A5KA 5IMCA 5CAXA 2M46A 1XW6A 5B7CA 1EGOA 1TTZA 3CRTA 2VAFA 2KUCA 4IVFA 5B6MA 3P2AA 3APSA 3OR5A 1R5PA 3E9JB 3ERFA 5IMDA 3H93A 1KEBA 4MZWA 2GSTA 1RQMA 2XPEA 3GV1A 2GSSA 2H0GA 2B7JA 5JWOB 1GWCA 2H6ZA 3LJRA 3TJGA 3EYTA 3FR9A 3E0UA 1T4ZA 1MD3A 2H70A 5IQYA 3BOAA 4GXZA 3FYGA 1QQ2A 2DMMA 3EINA 5ECRB 3QOUA 2O7KA 2PN8A 3BJ5A 2GQLA 2EIRA 2ON7A 1H75A 5DJLA 20GSA 4ID0A 4EO3A 4L5LA 3DEXA 3TRXA 2MBTA 1SK1A 3J7Yk 1I5GA 1J9BA 2FNOA 3DIEA 5HFGA 4IHUA 4I6XA 5HR1A 2YOIA 2JZSA 1FVKA 4HZ2A 1GLPA 4KSOA 4IQ1A 1M9AA 3WGEA 3KTLA 3HVSA 4TOPA 1SD8A 1TXXA 2C0EA 1XWAA 1B9YC 2KP2A 1TW9A 5CYYA 4CDOA 3FZAA 5DVBA 3M3MA 2VLUA 3WT1A 2YV9A 3EU3A 2HZEA 4POBA 4I8BA 3VLNA 1RW1A 4QL7A 4HJMA 1BQ7A 4XTSA 3LGCA 4HQSA 2HRFA 1HQOA 3EC3A 3QFAC 4MLYA 2DJ2A 2JZTA 3PGTA 3ERWA 2C0DA 3CSIA 3VI7A 5HQPA 1GNWA 3D5JA 3IAS2 1GNEA 2V1MA 5JCUA 1K0AA 3GHAA 2BJXA 1OYJA 4MJCA 2LKUA 2LRTA 3GTUB 1G0TA 4O32A 3VFIA 2L5OA 13GSA 4O92A 2I3YA 1T8EB 2GZPA 5ECQB 2IL3A 1LU4A 5CP1A 2WZ9A 1U3AA 2YJHA 1O85A 2FUG2 2O89A 1YEPA 3TDGA 3TJBA 4L8EA 3UEMA 1YZXA 4ZL9A 3IE3A 3KXOA 1ML6A 4KCAA 1Z5YE 1XVQA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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