3DEXA

Crystal structure of sav_2001 protein from streptomyces avermitilis, northeast structural genomics consortium target svr107.
Total Genus 23

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
23
sequence length
79
structure length
79
Chain Sequence
HTHRVQIEYCTQCRWLPRAAWLAQELLTTFETELTELALKPGTGGVFVVRVDDEVVWDRREQGFPEPTAVKRLVRDRVA

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S1 (13-20)TI2 (21-24)AH1 (25-40)EMPTYS4 (64-68)3H1 (69-71)O1 (74-76)AH2 (77-87)S2 (44-52)S3 (57-61)TIV1 (53-56)TI3 (40-43)TI1 (20-23)TIV2 (60-63)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Structural genomics, unknown function
source organism Streptomyces avermitilis
publication title Crystal structure of SAV_2001 protein from Streptomyces avermitilis, Northeast Structural Genomics Consortium Target SvR107.
rcsb
molecule keywords SAV_2001
total genus 23
structure length 79
sequence length 79
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF10262 Rdx Rdx family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3dexA00
1NM3A 1PRXA 1FW1A 4ZXGA 5KEJA 1TW9A 4EE0A 4ZBAA 4QL9A 3WD6A 1KNGA 2QSIA 1GTUA 1Z7RA 4GWRA 4JR6A 4HJMA 1Z6NA 3GKMA 2IFQA 2P5QA 2H8LA 4LMWA 2GQKA 2E0QA 5ECPB 5FWGA 2F9SA 1M2AA 4D73A 3M9KA 18GSA 1FVKA 3HXSA 4OO5A 1URMA 2NDOA 5JWRB 3LWAA 1RK4A 2LNTA 3ZRDA 5CREA 1MDIA 1Z7PA 4I2UA 5FT3A 4GQCA 2GSQA 3HYPA 1GUKA 3FEUA 2JSZA 4EC0A 2NBSA 13GSA 3ZMLA 1WJKA 2IWTA 3VWUA 3Q18A 5E59A 3FZ9A 2ZCTA 3KTLA 4NHWA 2PPTA 2VL9A 4BWSA 2GZYA 3UEMA 3RAZA 2WS2A 5D9VA 2FUG2 2DIYA 1YEPA 3MSZA 2K18A 1DE1A 4V2NA 3DVXA 1SJIA 2CVBA 4ID0A 5GZZB 3HA9A 3BOAA 3D4MA 3VWXA 5JCGA 3BCKA 4TR4A 4KAEA 4IJ3A 4X0XA 3ZFLA 4HZ2A 4MMMA 2YZUA 4YAPA 1SENA 1MD4A 5IO0A 2LS5A 1QXHA 3U5RE 3D21A 4EDYA 3EMPA 4RUVA 3ZYWA 4YQUA 3FRCA 3W6GA 4LL4B 1ZGNA 3M1GA 1U3AA 2L6CA 3ZITA 3FYGA 4OMVA 1V98A 5ECMB 3GA4A 4MH2A 1AW9A 1HQOA 1YZXA 4ZB6A 2VLVA 4EF0A 3UVHA 3IPZA 3QMXA 2HI7A 1EEJA 2HFDA 3V1WA 3TDGA 1PN9A 4MCUA 4IW9A 2DMLA 2J9HA 3QFBC 6GSSA 1ZYQB 4N0ZA 4WEYA 2WRTA 3KEBA 1SK1A 1XOBA 3TKQA 4F0BA 1ZOFA 4O32A 4KUNA 4MJBA 2CAQA 3UBKA 3IK9A 1BEDA 1OAZA 3EC3A 2FA8A 1TK8B 3GX0A 1NHYA 2KOKA 3GTUA 3FZ4A 1K3OA 3D6IA 1E2YA 3ERFA 5G5FA 1A23A 1TU8A 3ZTLA 5GAND 4F82A 4WXTA 3UARA 1EV4A 4X43A 5LD0A 5KN3A 4E8EA 2X64A 1SK0A 4OFTA 3L9UA 5FHIA 2GT5A 1I9DA 1WMJA 2AUVA 2YP6A 4FYUA 1WPIA 4N11A 3IOSA 1RW1A 1B9XC 1JZDA 1XIYA 2H66A 2FLSA 1T4ZA 1Z9HA 4MPGA 4MK3A 1XXUA 4ZB8A 4KGIA 4GQFA 3US3A 2XBQA 2AYTA 1OC9A 4MABA 2CZ3A 4GSSA 1Q98A 2ZNMA 5B6MA 2V2GA 2ES7A 3WYWA 2XPDA 2L4QA 4K1FA 2HLSA 2OE1A 4FYBA 11GSA 2YWNA 3H8QA 3AY8A 4IBPA 3GUSA 4XS4B 4F0CA 2EC4A 2QKEA 3IV4A 2YNXA 3GFKA 4K7IA 3UJ1A 2TIRA 4TVEA 2IMIA 5IMCA 3MDKA 3IK7A 1J9BA 2IMDA 2YCDA 5DBQA 2NPBA 1Z6MA 1RQMA 1UC7A 2MMZA 2VCQA 1N8JA 3WGEA 5J3RA 2HRNA 1SYRA 5IPHA 5ECHB 1U87A 4FIWA 4MF6A 1OC3A 3TRXA 2V6OA 3F8UA 4O7HA 5GSTA 2FWFA 2FCHA 5IOXA 3KD0A 3LFLA 1AUCA 3R2QA 2VIMA 3FK8A 3BCIA 3I69A 4H86A 2KHPA 1T1VA 1YKAA 3DD3A 1W4VA 3QFAC 2O89A 1T3BA 4ULXA 5G1LA 1ML6A 2K6VA 5C04A 1XWAA 1G6YA 3FR6A 6GSTA 1O73A 3QD9A 4EKZA 3MAKA 4PURA 3SWLA 3WGDA 4EXJA 4F03A 3ZFBA 2G0FA 3APSA 2OE3A 4POBA 1IYHA 3F9UA 5G30A 3DKSA 2B7KA 1X9MB 1A2JA 2DJ1A 1HNAA 3EWLA 4TR3A 3KTBA 3VWWA 5IMZA 4ZL9A 3Q19A 2IIYA 4ZIJA 5CAXA 3CSHA 4I6XA 2FY6A 2OJLA 3TJJA 1R4WA 1NW2A 1LU4A 3GV1A 4EVMA 2VCXA 2JU5A 1MTCA 2E7PA 3ZIVA 1T4YA 3HVVA 2VOCA 4RQRA 3CRUA 4FH8A 5J4UA 4MZCA 2C0EA 4NXIA 1BAYA 4KCAA 5ECNB 4V2LA 5KN2A 1OE8A 1ERUA 2MZCA 3HZ8A 1KEBA 4XS6A 3F4SA 3O3TA 1SK2A 2X8CA 4TR1B 2R2JA 3KMNA 4BWQA 5EPFA 4WBRD 4X1UA 1PX7A 2JZTA 4MF7A 4ECJA 3M9JA 1A0FA 4PX1A 1O8XA 3GH9A 1W89A 5G31A 1MD3A 3GX8A 3HJMA 3IHQA 3CBUA 2GLRA 1AC1A 4FYCA 2VL2A 1FAAA 1SU9A 1PKZA 3IA1A 2IJYA 4K0NA 3L0HA 4HEA2 3W8SA 3GMFA 5KN0A 3UIWA 5J41A 5ID2A 1TRUA 2VCWA 2CQ9A 3F3QA 3CMIA 4YH2A 20GSA 1BJXA 1VRSD 3BBYA 2DSAA 2K8VA 1V57A 1GTIA 1MDJA 2O85A 4G19A 5ECRB 5IM9A 2IMEA 2FA4A 2IFQB 3QCPA 3DEXA 4Q5NA 1ABAA 2JACA 1OKTA 1B4QA 2EIQA 2C0GA 2F3MA 4MP4A 3U6VA 4D73B 1IYIA 1K3YA 3CYNA 4HI7A 4N10A 2CX4A 3ISOA 3QDNA 3DYRA 4ISDA 1ERWA 6GSUA 3TUEA 2VUPA 1K0DA 3P7XA 5B6NA 2O87A 5F0GA 2FWGA 5GAPD 2R5GA 3A5WA 5COHA 5JCUA 2CV4A 2I3YA 2BMXA 2N5BA 7GSSA 1SJ6A 1WE0A 2EIOA 3HJPA 3Q6OA 3GNJA 1M2BA 5ELGA 2HRFA 3ME7A 4KSMA 1O8WA 2DIZA 2Z9SA 3TJFA 1G7OA 4NWYA 5B8AA 2H19A 4ZBDA 2LJRA 4FO5A 1S3DA 4KDXA 3NZNA 5HQPA 2LKUA 1KBNA 2MBSA 1AXDA 1GSYA 2C0FA 2I1UA 3EU4A 4K8MA 1FVJA 4BA7A 4AGSA 2GDRA 3M8NA 1XVWA 5J9CA 5DALA 3JCML 1TU7A 2LRNA 4KDYA 1EZKA 4HS1A 3TKSE 4PUAA 2F8AA 2QC7A 4K6XA 2YJ7A 3I9V2 2IPAA 3UAPA 1FHEA 1SYXA 1A2MA 2TRXA 1PX6A 4DVCA 1F3BA 1KTEA 2VM1A 1PKWA 1YJ6A 1WP0A 1EP8A 2YANA 1UA5A 1JLVA 1PD21 1U3IA 4OO4A 4EO3A 1EEMA 4POMA 5D8IA 3VPTA 2YN1A 1XVQA 3UL3A 3KMOA 1B48A 4JEDA 1PA3A 2YJHA 3L78A 2VLUA 4J57E 3VI7A 2VLTA 2B5YA 4OWYA 4TXOA 3VPQA 2YPMA 3TJGA 4JU5A 4IELA 3F0IA 1VF2A 4ECCA 3E3EA 1B4PA 5D93A 5D9XA 3J7Yb 3GTUB 1OE7A 2M72A 4NV5A 1X9SB 3QAGA 1GSEA 1M0UA 1G0TA 3P2AA 3GHAA 6GSYA 3KH7A 2LJAA 1TK0B 3RHBA 4MPFA 1EWXA 2FNOA 4MJCA 1X5DA 1V58A 2GQMA 3UOMA 2REMA 2H73A 3UBLA 1A2LA 2QGVA 5A4VA 4K9ZA 1GTAA 4EDZA 2GT6A 5JWQB 2FD3A 2CT6A 3ZZXA 2H6XA 1M2DA 1OC8A 4HJ2A 2K9FA 2AAWA 1YKCA 3GURA 2YWMA 4MA9A 2GSTA 5CRHA 3ZVJD 1OC9B 4J2FA 3C7MA 3K8NA 1BYEA 2H71A 2X8GA 3D0ZA 2E2GA 5CNWA 5HFIA 6GSVA 2LQOA 4N30A 1UVZA 2WJUA 2CAIA 2H1DA 1PSQA 4I5QA 4HU9A 1S3AA 5CRGA 1VF1A 14GSA 2VD1A 5ABRA 1AQWA 1K0NA 2OACA 1VF4A 3VK9A 2LQQA 3A2WA 4IVFA 1NSWA 3C71A 3HJOA 3TRPA 3WGXA 2L5LA 2CZ2A 2CA8A 3TB2A 1F2EA 2H1AA 5LNKe 1YDKA 1XPVA 3PR8A 5AN1A 1DBYA 1GNWA 1M9BA 1JLWA 5JCWA 3HY2A 1T7PB 4O92A 1QMVA 3MWHA 4TXVA 4POKA 3ZVJA 1DSBA 2HNLA 3E0UA 3QAVA 2C8UA 1HYUA 1QK8A 5B7CA 2RLIA 3TKSC 1FB0A 4IJIA 5ELAA 1SKWB 1XW9A 1R7HA 2CX3A 2YWIA 2H6YA 2HYXA 5F07A 2LJKA 1CQHA 4Q5RA 4Q5QA 3VURA 4ZL7A 3LJRA 4OFMA 12GSA 3A3TA 4MF5A 3S9FA 1C72A 3KP8A 4PNFA 5IMFA 5L71A 2G2QA 1ILOA 3VI5A 3KXOA 2H1GA 5D9TA 5AGYA 2A2SA 3WT1A 1A24A 3APOA 4WF5A 3L9SA 1K0CA 1MDKA 3E9JB 1XWKA 4OFNA 4Q5FA 4PXOA 1V9WA 2CVDA 2FWHA 1Z5YE 3QR6A 4KDUA 2L6DA 2VCZA 1THXA 1ZCPA 3DIEA 5J5NA 1U6TA 2WZ9A 3F4RA 5DAKA 3H4KA 1AIUA 2YZHA 1JFUA 2OE0A 3DXBA 2LRTA 3CXGA 4XCSA 3ERWA 4TOPA 4DSSA 1YF1A 2V1MA 2YWOA 4KSOA 5IMVA 3GRXA 1EOGA 2VL3A 1YEXA 3HDCA 3IBHA 2V32A 4IHUA 1TI1A 5IMDA 3EURA 3LYKA 1EOHA 1SD8A 5AIVA 2C3NA 4G10A 2C0DA 3F3RA 1TJDA 3BD2A 4XIHA 4XTSA 3IR4A 1TTZA 1YF0A 1GSDA 1SL2B 4L0UA 3Q74A 3C8EA 1PL2A 2JL4A 2N5AA 3N9JA 5HR1A 5ID2B 4MZBA 1R5AA 3MNGA 1B8XA 1NHOA 3TGZA 3ED3A 2PN8A 4HZ4A 2EIRA 4LLRA 1T00A 2H0HA 2PBJA 1XCCA 2B5EA 1TI3A 3EU3A 1SKRB 2PVQA 4XHMA 2PMTA 3TKPA 3RHCA 6GSXA 3IAM2 1K0MA 5H5QA 4K7NA 3ZMKA 4TN8A 4RI7A 4WBJA 1S3CA 4QL7A 2KUCA 4HOJA 4LMVA 4JE1A 3LQ7A 2R3XA 1YY7A 2H6ZA 2I4AA 4KH7A 3GYKA 3D22A 5IMAA 5HR2A 1G6WA 4L8EA 4ZBBA 3G7IA 5HR3A 2IN3A 3F63A 1M9AA 2I81A 2VCTA 3IC4A 4KNDA 3RBTA 1R26A 4PQ1A 4IS0A 1OVNA 2ON7A 3DVWA 3TRQA 2P31A 4AF2A 3ZLPA 2F8FA 5E4WA 5F8BA 16GSA 1TRVA 5ECQB 4WR4A 3HHVA 2PWJA 1K0OA 4IP6A 2K8SA 3FW2A 2NVLA 3EMXA 2A4VA 2B7JA 4GF0A 3HVSA 4XRDA 1F9MA 1ZZYA 2HZEA 4E8HA 2XHFA 5H5SA 2JZRA 1TRWA 2P5RA 5DVBA 3F4TA 2FHEA 1B9YC 5DALB 4J56E 1GLQA 5IO2A 3DMLA 3F6FA 1N2AA 5EVOA 1AQVA 1O6JA 4ML1A 2P0GA 2GZPA 2GSRA 2PU9C 2H01A 4GTUA 2KLXA 2M46A 1XWGA 4G9HA 1THOA 3M0FA 3GN3A 2PERA 4MDCA 17GSA 2DMMA 1TOFA 3HCZA 3DWVA 3M3MA 1O85A 1SL1B 2X8HA 3VFIA 4MH3A 3A2XA 2RM6A 2ON5A 1X5CA 5KN1A 1WIKA 3IXRA 5G5EA 3IE3A 1HNCA 2IMFA 4JZQA 2PUKC 2H74A 1TDIA 2LNSA 1PL1A 2DJ0A 4AJ8A 2R6KA 2YOIA 5D9WA 5DQYA 4CW9A 2E2MA 3I43A 2I9HA 4CHSA 2LEGA 3IRAA 4TXOB 5D96A 4DSRA 2C3QA 2MMAA 4BPYA 5GSSA 2CVKA 2AJQB 1XWBA 1SL0B 1M99A 2L57A 4TW5A 4TKYA 3TOUA 2LUSA 2FGXA 4BVYA 3F6DA 4IP1A 2PGTA 1V2AA 3ZIJA 3EE2A 4V1Ap 3ERGA 4WR5A 1XOAA 1EGOA 4ML6A 1ZL9A 5DQSA 2C4JA 2XBIA 4G2EA 3FHKA 4XS1A 5A5KA 3KM6A 5F05A 2WULA 1JZWA 5DCHA 2DJJA 2B3SA 1EP7A 4WKWA 1VF3A 3PGTA 2O8VB 2H1BA 4DSQA 4I2TA 4V2MA 1TKDB 2WFCA 4AJ7A 1H4OA 3I6AA 4YQVA 2LRCA 2GZZA 5F06A 1LBKA 4ACSA 2R4VA 10GSA 3QAWA 4BVXA 5EY6A 5CYYA 2NTOA 5ECLB 1JZOA 3GIXA 5ECKB 4CDOA 2WB9A 3C1RA 2LTKA 3KP9A 3FZ5A 5HR0A 2GQLA 1CQGA 3G9BA 4K7OA 2A2RA 4RI6A 5AISA 2B6MA 1FB6A 4GCIA 2H75A 1ST9A 3ME8A 5DJMA 4RQXA 3FY7A 3VWVA 3LYPA 1GTBA 1HNBA 4ZB9A 5H5RA 3RPNA 2J23A 3FKFA 4N0VA 4EUYA 2IMKA 5A4UA 3KZQA 4MJEA 5CP1A 5DCGA 3W8JA 1H75A 4NAXA 3G7JA 5G2ZA 3UMAA 1HD2A 1GRXA 3L9VA 4NMUA 4I97A 4HQSA 2DJ2A 1ZYEA 2X99A 3C73A 3VLNA 4PNGA 4HUAA 3H79A 4TRXA 1UN2A 3P8WA 1GWCA 2R37A 4L0WA 1FOVA 4ZL8A 1Z3EA 2F51A 4F9ZA 3KH9A 2AV4A 1GUHA 2L4CA 1K3LA 2VD0A 4PGTA 2YV9A 1FO5A 2HZFA 2DJKA 4IQ1A 4KW6A 4ZILA 2XC2A 1AAZA 2YV7A 3GSSA 2RUFA 1BX9A 3LORA 1XZOA 3D4TA 1QQ2A 4JRRA 4WETA 5ECIB 1MEKA 3QOUA 1LJRA 2FWEA 1I5GA 1A8LA 3CTFA 4ECBA 4NHZA 1XFLA 2VAFA 2PVOC 2JSYA 2C3TA 1EV9A 3EINA 4DEJA 3LEFA 3A2VA 2LSTA 1DUGA 3C1SA 2MBTA 2C80A 19GSA 2GSSA 1K0AA 2H70A 3SBCA 4GXZA 4HDEA 3GSTA 1PGTA 4POLA 3IDVA 3QPMA 1V40A 4ECIA 1T8EB 3P90A 1PMTA 3TJBA 2ALBA 4PQHA 4JBBA 1QFNA 2HE3A 1F6MC 3NIVA 2BJXA 5DAKB 5INYA 2H72A 3GKXA 5DJLA 2V6KA 2LV3A 5IIZA 3CSJA 3TCOA 2MMOA 3IAS2 2OADA 2C1YA 2O7KA 1AQXA 4DSSB 4LL1B 3GL5A 2DJ3A 1O7UA 2L59A 2B1LA 2H76A 2B5XA 5EL8A 5LCZA 2B1KA 1ACVA 4XRAA 5A4WA 1F37A 1ERVA 4GRFA 5IOWA 1TRSA 5ECSA 4BL7A 1GL8A 1GULA 3FR9A 3FZAA 1FG4A 1G7EA 3GH6A 3LXZA 1WRYA 1GSQA 3N5OA 1GNEA 1JHBA 3TKSA 1XW5A 1K0BA 1SD9A 3CSIA 3DGQA 1WOUA 4KA0A 1DE2A 3WT2A 3GL3A 9GSSA 2WDUA 3BJ5A 3NOFA 2JZSA 6GSWA 4IKHA 1TK5B 2VCVA 4K2DA 1GH2A 5ECOB 3H93A 3TKRA 2OBIA 1A8YA 3D5JA 4PUFC 4NV2A 4V1Ag 4EL1A 4XS4A 2IL3A 2H30A 2AHEA 3APQA 4TR0A 2GTUA 1R5PA 2DC5A 2ZUPA 3L4NA 1GSUA 3CTGA 2V41A 1PQNA 2L5OA 3KIJA 3HZ4A 4YQMA 1F3AA 1XBSA 3HVXA 1GP1A 4HU7A 4IQAA 4OD7A 5B8BA 5C00A 3ZREA 4NPBA 3GKKA 5HFGA 1E6BA 2DLXA 2GGTA 4IN0A 1X9WB 4WF4A 22GSA 4HQZA 5CRWA 4GLTA 2HXKA 4L5LA 1ERTA 2HSHA 4IGJA 3KCMA 3LXTA 5DDLA 2JADA 2RM5A 1SJZA 2WGRA 2H0GA 3EYTA 2AB6A 2VM2A 2GVPA 4ILFA 4GSNA 3PINA 2XPEA 4Z7XA 2M80A 2VL2C 3HD5A 1GSSA 1GLPA 1VGLA 5ENUA 1USBA 2OA7A 1ON4A 1JZRA 2VO4A 3ZL5A 2RIIA 4L5OA 1U88A 3RDWA 3CRTA 3DRNA 3GKNA 2BTOT 1GSFA 4LA1A 1XWCA 1SKSB 1X0RA 2RUEA 3HKRA 2HZEB 4I8BA 1Y6EA 3TOTA 4MLYA 2N5FA 3J7Yk 5G1KA 3EVIA 1TP9A 3O76A 1A0RP 2KP1A 1O81A 3OR5A 1X5EA 2H0IA 1Y25A 2TRCP 3LSZA 5IQYA 4O5RA 3TJKA 4PQIA 4MJAA 2DBCA 2GS3A 3UVTA 2D2ZA 1J08A 8GSSA 4F2IA 4OCFA 2HSYA 3FR3A 5AIXA 4P3YB 3G7YA 1TXXA 5JWOB 4KCEA 1J0FA 3RPPA 4MZWA 3O6TA 4GSTA 4OCEA 3KJYA 3KGKA 1ZMAA 1EGRA 1OYJA 2HT9A 1QUWA 4TR1A 1XW6A 1Q4JA 4QQ7A 2OBKA 1YQ1A 4KX4A 5CO3A 3LG6A 4AJ6A 1QGVA 1BG5A 3H1NA 4KE3A 2KP2A 2MMNA 2OKAA 1OKDA 5J9BA 4K0GA 5CRDA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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