3DIEA

Domain swapping of staphylococcus aureus thioredoxin w28a mutant
Total Genus 22
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
22
sequence length
106
structure length
106
Chain Sequence
SHMAIVKVTDADFDSKVESGVQLVDFWATACGPCKMIAPVLEELAADYEGKADILKLDVDENPSTAAKYEVMSIPTLIVFKDGQPVDKVVGFQPKENLAEVLDKHL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Electron transport
source organism Staphylococcus aureus
publication title Coupling of domain swapping to kinetic stability in a thioredoxin mutant
pubmed doi rcsb
molecule keywords Thioredoxin
total genus 22
structure length 106
sequence length 106
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-06-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3dieA01
2H73A 1ERUA 5B6NA 2DJ1A 3IE3A 2HFDA 5AIXA 2YJ7A 1K0AA 3ZLPA 4MF6A 1YY7A 2PERA 4EVMA 1FB6A 3KD0A 3EU4A 5D9TA 5F8BA 3US3A 1MTCA 1M9AA 2GSTA 4OCFA 3JCML 2LKUA 2P5QA 4PNGA 4YAPA 3CMIA 1ML6A 1S3DA 2HI7A 3FR9A 3I9V2 5JCWA 3P90A 1IYIA 3VURA 1KNGA 4TR0A 1CQHA 1I9DA 1GUKA 4ML6A 3IDVA 1TI3A 4PUAA 5LCZA 5ECIB 6GSVA 1TI1A 4O7HA 3M9JA 4PQIA 4KE3A 4AJ6A 1A24A 3GKKA 3IV4A 4KX4A 3ZL5A 2N5FA 2HSYA 2C3QA 3TRPA 1WOUA 2L57A 1GULA 4EUYA 4GWRA 1MDJA 1SU9A 2QKEA 3ME8A 1QK8A 3RHBA 2OJLA 3DRNA 4NMUA 3VI5A 5J5NA 1R5PA 4ZL9A 1B9XC 1AW9A 2M46A 1USBA 3LXZA 4GSTA 1PKZA 4KDYA 1K0CA 4TXOA 2EIQA 3CTGA 2H1GA 1X5CA 4NPBA 1GSQA 2IMIA 4HDEA 4K6XA 3HJMA 4DSSA 5ID2B 3VK9A 4O92A 2WFCA 2X8CA 2F9SA 2OE1A 2VD0A 4CW9A 3FR6A 2V6OA 1EOGA 2LQOA 4MABA 4ZL8A 2PN8A 2IPAA 2RM6A 3GFKA 1J9BA 2JZTA 2YWIA 4LL1B 2HT9A 4I2TA 5CRDA 2RUFA 4XS6A 4Z7XA 1NW2A 2LQQA 3N5OA 4NV5A 5AISA 5F0GA 1M7TA 3LGCA 1DSBA 4CHSA 1O7UA 1UC7A 1VF1A 1H4OA 3VI7A 3ZMKA 3D0ZA 4CDOA 1BX9A 3G7YA 5IMVA 3FRCA 1YDKA 1SYRA 3J7Yk 2V2GA 3ERGA 1G0TA 1O73A 2FWGA 2FWHA 3RAZA 2K8VA 3VPQA 5HQPA 1EV9A 3BOAA 3ED3A 3M1GA 3HKRA 1JLVA 3W8JA 5F06A 4HQZA 2GGTA 2QC7A 2VL2C 3DMLA 1QFNA 4WF5A 3DEXA 3IAS2 1PD21 4O5RA 2TRXA 4OO5A 2P31A 4IN0A 5DAKA 10GSA 2B7JA 9GSSA 5DCHA 1A2MA 1Z7RA 1EEJA 5DDLA 1PN9A 1TJDA 4HZ4A 5ECQB 3EMPA 1XWGA 3HZ8A 4IJ3A 4HQSA 3BJ5A 20GSA 3DIEA 1U87A 4FH8A 3EURA 2YJHA 4FYUA 3WGDA 3GKMA 5J9BA 1NHYA 3IAM2 3QCPA 4PXOA 4ZXGA 3UVHA 2XBQA 1ZYQB 3GYKA 2K8SA 3IK7A 3D6IA 2JADA 3C73A 1RW1A 5CRHA 2WRTA 3KEBA 1S3AA 1Z6NA 2B5EA 1X0RA 1X5EA 5KN0A 3IC4A 1A8YA 1M2DA 1M99A 1TRVA 5ECHB 4MLYA 4FIWA 1XOBA 1Y25A 1TK0B 1C72A 1XFLA 5H5SA 4XS4B 3I69A 1HYUA 5F05A 2NVLA 1H75A 5D73A 2VOCA 1TKDB 5E4WA 14GSA 2HZFA 2YZHA 4JU5A 6GSTA 1GH2A 2GT5A 3GA4A 4NWYA 2CZ3A 2KP1A 2HRFA 2VCZA 4POLA 1T3BA 2V32A 2K18A 22GSA 4ZBDA 2O7KA 4X43A 4G10A 1Q4JA 5CO3A 3QFAC 2K6VA 2L6DA 4KNDA 2P0GA 4LL4B 3L9SA 3TKQA 2NBSA 3UVTA 2JACA 4PURA 5AGYA 4TRXA 5HFKA 4E8HA 1XW6A 2J9HA 1TU7A 3NZNA 1A2JA 5H5QA 3LSZA 3KIJA 6GSWA 5ECNB 5JWRB 3HVXA 2V1MA 2NPBA 2IMEA 2H72A 3I43A 2DMMA 4TKYA 1THXA 1BAYA 2FA8A 3M8NA 1XCCA 3K8NA 1WMJA 3TOTA 1HD2A 4K0GA 3TRQA 2RUEA 4DEJA 3C1SA 2PGTA 3F6DA 3F4TA 3D4TA 2L5LA 4ID0A 2VLTA 2R5GA 1DUGA 3GN3A 2E2GA 3V1WA 6GSYA 3FR3A 5IO2A 2OADA 1R5AA 2Z9SA 3EU3A 2MBTA 4XHMA 3APQA 1XZOA 1OKTA 2HZEA 1V2AA 2H76A 2MMOA 3HJOA 1I5GA 1GUMA 4J2FA 1O8WA 2GT6A 1PMTA 3LJRA 3FW2A 2FWEA 2R37A 3KTBA 5G1LA 3EE2A 2GS3A 4GRFA 3LXTA 1R7HA 5IMCA 5G5FA 2FA4A 5IOWA 2I9HA 3DYRA 4IQ1A 1U3AA 5DJMA 1DBYA 5FHIA 2F51A 3FYGA 4LMVA 2VIMA 3IA1A 4TR3A 4YQMA 3EINA 2VUPA 1T7PB 1FG4A 3FEUA 4KSMA 3CBUA 3D5JA 4MA9A 1OC9A 4TR1A 1AQWA 3M3MA 13GSA 1E6BA 3TKPA 2ALBA 3PH9A 6GSXA 5FWGA 3W8SA 1F37A 1ERVA 3LYKA 1JLWA 1TRWA 5G5EA 5EPFA 3FKFA 4KB3A 4IJIA 2EC4A 1XXUA 3E3EA 3U6VA 4AF2A 5B8BA 5EY6A 3SWLA 4RQXA 3VFIA 4ILFA 2CV4A 3QR6A 3UL3A 2C80A 4KDXA 1HNCA 4EC0A 3R2QA 1JFUA 1YJ6A 2LRNA 4D73A 4ZB6A 3C8EA 5KN3A 4EDZA 2C3NA 1PQNA 4WXTA 3PGTA 3KMOA 3IR4A 2VCVA 2M80A 2ZNMA 4MF7A 1J0FA 4FO5A 2PUKC 3N9JA 3W6GA 2TRCP 3A5WA 1ZZYA 5CP1A 4EE0A 4IHUA 2GQKA 3H93A 1R26A 3HZ4A 3GHAA 1N2AA 1F6MC 2MMAA 3WYWA 3VLNA 4HS1A 1V40A 3IPZA 4KA0A 4G2EA 1JZRA 5D8IA 2B1KA 1BEDA 1OE7A 1F2EA 4TW5A 5IMAA 4RUVA 1GUHA 2DJ3A 2VM2A 3P2AA 5A5KA 2HNLA 2X8HA 1KBNA 4ECJA 4TVEA 5J3RA 5D9XA 1U3IA 4TOPA 2PMTA 2C0EA 2IFQA 2JU5A 3TCOA 5DCGA 3F8UA 1SJIA 5ECMB 4BL7A 1TU8A 2B7KA 1HNBA 3D4MA 3RDWA 5A4WA 2WS2A 1ZYEA 3QFBC 5D9VA 4QL9A 3HA9A 4K7IA 4GF0A 3QAWA 2VL3A 1YKAA 3Q74A 2MMNA 3ME7A 2IIYA 2VM1A 2H0GA 1M0UA 3KGKA 2YWNA 2EIRA 4POKA 5ECKB 2REMA 2G0FA 4ECBA 1A0RP 1O81A 4Q5RA 5LNKe 1Q98A 1EEMA 1FHEA 1F3BA 1ZGNA 2FUG2 3HCZA 3A3TA 2WDUA 4IW9A 5G1KA 1VGLA 1O8XA 2YANA 3VWVA 4HI7A 4RQRA 2HE3A 1M2BA 3ERFA 1GTIA 5D93A 5ELAA 2LJAA 1ERTA 5J4UA 5CREA 4N10A 1LBKA 3LORA 1PL1A 1Z7PA 5GAPD 2F3MA 2XC2A 1OAZA 2AJQB 1YZXA 4V2LA 2MZCA 3MDKA 4DSRA 5G2ZA 4MJAA 3H8QA 19GSA 2DJKA 1FAAA 2H30A 3GX0A 4K7NA 5ECLB 4POMA 1SYXA 2VCWA 3MAKA 1NHOA 1A0FA 2HYXA 2AB6A 3O3TA 3WD6A 1SJZA 2K9FA 4L0WA 3CXGA 4KCAA 1SD8A 1MEKA 5IM9A 2H6ZA 5DALB 2EIOA 2WGRA 3F6FA 1OC3A 2GSRA 4YH2A 1AQVA 5IPGA 3G7IA 4NV2A 4L5OA 4MPFA 3UMAA 5AN1A 2YV7A 3ZTLA 3CTFA 4WR5A 4IKHA 6GSSA 4JRRA 3E9JB 2H6XA 3DGQA 4I97A 3FZ4A 2BTOT 4G19A 4ZILA 3FY7A 1JZWA 2LRCA 3MSZA 2C4JA 12GSA 3HHVA 3LG6A 3TJKA 3O76A 3KXOA 1QGVA 2CVBA 4XRDA 3G9BA 2O89A 4ZBBA 4F9ZA 4NAXA 1PSQA 4ISDA 4BA7A 3CRTA 1SK0A 4IELA 4ULXA 2YWOA 1GLQA 5ABRA 1GSFA 3NOFA 4BPYA 2AV4A 4K0NA 1BQ7A 4HJ2A 4GLTA 5CYYA 3KTLA 2O85A 1OE8A 2WCIA 4PUFC 1V98A 4V1Ap 1TW9A 2H66A 5EVOA 3D21A 3J7Yb 4YAVA 1O85A 4MP4A 1UVZA 1GNWA 1XWCA 1AIUA 4GSSA 2CQ9A 3DKSA 4IQAA 3CSHA 4GSNA 2KHPA 1PA3A 4WBJA 3A2WA 2E0QA 3DVWA 1TDIA 3F9UA 3ZVJA 4BWQA 3APOA 3GTUA 2VD1A 3BCKA 4Q5QA 4OD7A 4TR1B 5C00A 1K0OA 2FCHA 4V1Ag 1WPIA 2HSHA 2KUCA 1AUCA 3TKSE 5HR0A 1VF2A 4K7OA 1EOHA 4MZBA 4MK3A 1SENA 3BD2A 4GXZA 3F3RA 2CAQA 1TTZA 2LJKA 1ZOFA 4ECIA 11GSA 7GSSA 4TR4A 4N0VA 2JSYA 3IRAA 5ID2A 2KP2A 4OFNA 4N30A 2YNXA 2CA8A 4HZ2A 8GSSA 2A2SA 3FHKA 5HR1A 1B9YC 3GH9A 4WR4A 2YV9A 4DSQA 5C04A 3ZIJA 2FHEA 3RHCA 1FVKA 3GMFA 3BCIA 3NIVA 4IBPA 4J56E 4KSOA 4PQ1A 5JWQB 5JWOB 2VCXA 3ZMLA 1WIKA 4PX1A 1ACVA 1K3YA 3O6TA 1TP9A 3U5RE 2OKAA 2R4VA 3VPTA 4X1UA 2WB9A 4K8MA 1GTBA 1QMVA 4O32A 1ZCPA 2I3YA 1M9BA 5ECPB 3A2XA 3ZIVA 3SBCA 4PNFA 1S3CA 4J57E 3ISOA 4IP1A 3VWWA 2LEGA 3QDNA 3L78A 1A8LA 4F0CA 1RQMA 1EGRA 1XWAA 2CAIA 2DMLA 2IMDA 2XBIA 3FZ5A 5IMFA 4N11A 1XWBA 3QMXA 5COHA 2IFQB 4MZCA 2H75A 1GNEA 3KH7A 5IPHA 1F3AA 1XWKA 4EXJA 2VL2A 5GSTA 4RI7A 1QUWA 2V41A 1T1VA 1AXDA 1ABAA 1YKCA 4WEYA 1AAZA 2WULA 4YQUA 1K0BA 2GVPA 5CNWA 4F82A 3TDGA 1LU4A 4NHWA 1XW9A 4ZIJA 1BYEA 1O6JA 2YN1A 2HRNA 3GSSA 2CVKA 1AQXA 3FZAA 3VWUA 3DVXA 1EZKA 4H86A 2X8GA 1AC1A 2DLXA 4I8BA 4OFMA 5G30A 2IMKA 4HEA2 1GTUA 1SK2A 4XS4A 2H0IA 2VCTA 3UARA 3TJJA 3L9UA 2IMFA 2C8UA 18GSA 2OBKA 5KN1A 1TK8B 5CRWA 2B5XA 4TXOB 5ELGA 4DVCA 4F2IA 3Q18A 1MD3A 2IWTA 1PL2A 3Q6OA 5DBQA 1UA5A 4HU9A 4DSSB 5B7CA 2LUSA 4ZB9A 3QOUA 2XPDA 2IL3A 2YZUA 4WKWA 2YCDA 1G7EA 3GL5A 4WF4A 4EKZA 2A4VA 4V2MA 2KLXA 4ZL7A 1VF3A 2PBJA 1EP8A 2O8VB 2JL4A 4XRAA 1SKRB 3F4SA 1EP7A 1K3OA 2ZCTA 4KH7A 2FNOA 2YWMA 3UJ1A 3TJFA 4KCEA 5H5RA 1ZL9A 2J23A 1T4ZA 4HUAA 2PWJA 2H6YA 2RM5A 3HXSA 1A23A 2NDOA 3IHQA 2LJRA 4YQVA 3HVSA 3ZVJD 4GTUA 2ES7A 5GZZB 3GV1A 3BBYA 5J9CA 5GAND 2N5BA 2F8AA 1K0DA 5HFIA 3EC3A 4G9HA 4GQFA 3GIXA 3P8WA 5HR2A 3UAPA 2OA7A 5IQYA 4EDYA 2CX4A 1B4QA 3TGZA 4MF5A 5DAKB 4JR4A 1FO5A 4K9ZA 1OKDA 4XCSA 5ENUA 3DD3A 3HJPA 3GKNA 2GQMA 1GP1A 3UEMA 2JSZA 5DVBA 2CX3A 5E59A 3GH6A 1TK5B 3RPPA 4EO3A 2PVOC 1V9WA 4XS1A 5JCGA 2FD3A 2DJJA 2BMXA 1VRSD 5D96A 3L0HA 3QD9A 2NTOA 4Q5FA 3TKSC 4MZWA 1TXXA 1JZOA 1GLPA 3GNJA 3TUEA 4F03A 5ECOB 3F63A 2LV3A 1EWXA 5F07A 1G7OA 2VCQA 3GURA 3F3QA 4PGTA 3HDCA 2AAWA 4ZBAA 2C3TA 1DE1A 5ECRB 3TB2A 1PGTA 4ECCA 1WP0A 4OCEA 2L6CA 2FGXA 1GSUA 3AY8A 2KOKA 5HR3A 3I6AA 3A2VA 2VL9A 4LMWA 1HQOA 3GTUB 3ZFBA 2X64A 3IBHA 3KMNA 3LEFA 5IO0A 4N0ZA 4GCIA 2HXKA 1FVJA 4MJBA 1PX6A 1Z6MA 1EV4A 1B48A 1XOAA 1QXHA 3E0UA 1FOVA 2H1AA 3HVVA 2OE0A 2L4QA 3TOUA 2OBIA 2CZ2A 2DSAA 3VWXA 2DBCA 3UOMA 2PPTA 4NHZA 1YF0A 2G2QA 2VLUA 1T00A 4AGSA 2LTKA 2JZRA 5IOXA 1V57A 1Z9HA 4BVYA 3H79A 2GSQA 3C1RA 3KZQA 1ZMAA 1F9MA 1HNAA 2A2RA 4ACSA 5A4VA 1URMA 2I81A 3HYPA 3OR5A 2R3XA 5LD0A 4TXVA 1PRXA 1U6TA 2TIRA 4NXIA 2ON7A 2VAFA 4RI6A 4AJ7A 2B6MA 1YEPA 3TKRA 3GKXA 1E2YA 1NSWA 1ON4A 4ZB8A 4K2DA 6GSUA 3ZRDA 3TJBA 2C0FA 2GQLA 1IYHA 1WJKA 3KH9A 2B5YA 5DJLA 1K3LA 1SL2B 1OVNA 3KCMA 1B8XA 1K0NA 3UBLA 2ZUPA 1EGOA 2WJUA 3L4NA 2PVQA 4OFTA 2R6KA 3UBKA 1X5DA 4I5QA 2QSIA 1X9WB 4POBA 2ON5A 4LLRA 3KM6A 2X99A 3ZYWA 3M9KA 1SKSB 3H4KA 3CRUA 3IK9A 1QQ2A 1THOA 2D2ZA 2H74A 2VLVA 1XPVA 1OYJA 3QAVA 2FY6A 1PKWA 2B3SA 2GZPA 1KEBA 2HZEB 2DJ2A 3ZZXA 3RPNA 2GSSA 3CYNA 1RK4A 2MBSA 2DIYA 3LYPA 2GZZA 4MMMA 2E2MA 3FZ9A 5AIVA 1BJXA 4K1FA 2P5RA 2QGVA 1GTAA 2LNSA 3PINA 5GSSA 4KW6A 4Q5NA 1K0MA 2XHFA 3UIWA 1G6YA 4KGIA 2RIIA 3C7MA 2F8FA 2IN3A 1JZDA 3M0FA 1OC9B 4F0BA 5EL8A 2AHEA 4HU7A 3FK8A 2MYGA 1A2LA 3LFLA 3F4RA 2JZSA 2B1LA 3TKSA 1N8JA 3LWAA 3ZFLA 3KP9A 3ZITA 4AJ8A 2DIZA 1FW1A 3KP8A 5B8AA 3WGXA 3ERWA 1TOFA 2WZ9A 3IXRA 1ILOA 2OE3A 1ST9A 1PX7A 5HFGA 3QPMA 3APSA 3TJGA 1GWCA 2L4CA 1FB0A 3MNGA 1BG5A 2H1BA 1DE2A 1SD9A 1V58A 2L5OA 1W89A 3CSIA 4FYCA 4WBRD 4MPGA 4D73B 4L5LA 2MMZA 5KN2A 2L59A 1YEXA 2YOIA 4MH3A 1NM3A 2C0DA 3KJYA 2I1UA 1LJRA 2R2JA 4MJCA 1XIYA 5DALA 3TRXA 5ECSA 1B4PA 4MJEA 1YF1A 3D22A 4MH2A 4JBBA 3DXBA 3H1NA 3MWHA 4QL7A 2H70A 1M2AA 5FT3A 1TRUA 1XVWA 2XPEA 1OC8A 3HY2A 1GL8A 4TN8A 3DWVA 2IJYA 1X9SB 1VF4A 4JEDA 2V6KA 2FWFA 1Z3EA 2GZYA 1XBSA 3EVIA 5IMDA 2N5AA 2LNTA 2E7PA 2H1DA 4IVFA 5D9WA 3QAGA 1UN2A 1WE0A 1GSDA 3GX8A 4P3YB 3LQ7A 1YQ1A 4PQHA 1JHBA 1Z5YE 2AYTA 4EL1A 4I2UA 4KDUA 3EMXA 3IOSA 4WETA 4IGJA 4MCUA 2C1YA 2DC5A 4IS0A 1SKWB 1XW5A 2GDRA 1XVQA 4JR6A 4JZQA 3WT2A 1SJ6A 2H0HA 4LA1A 4GQCA 4X0XA 3P7XA 4E8EA 1MDIA 4L8EA 3GL3A 5JCUA 4OO4A 2O87A 4FYBA 1X9MB 4OMVA 5CAXA 4L0UA 2BJXA 2I4AA 5A4UA 1G6WA 2OACA 3GUSA 3GRXA 1GSEA 1U88A 4V2NA 5G31A 4EF0A 4ML1A 4BVXA 4BWSA 2H01A 4QQ7A 3WT1A 2AUVA 2DJ0A 5CRGA 5DQYA 2HLSA 2M72A 4KUNA 3GSTA 2C0GA 4XTSA 1CQGA 3C71A 4JE1A 1T4YA 5KEJA 5L71A 2PU9C 3HD5A 4OWYA 1SL1B 5DQSA 3F0IA 3S9FA 5J41A 3CSJA 3G7JA 2CT6A 3WGEA 1MDKA 2GLRA 2VO4A 1R4WA 1Y6EA 2CVDA 2FLSA 1W4VA 1GSYA 1GSSA 3L9VA 2LSTA 1WWJA 2LRTA 1WRYA 2H19A 2YPMA 2LS5A 2H8LA 2GTUA 4XIHA 4HJMA 4KAEA 3Q19A 2H71A 4HOJA 1KTEA 5B6MA 16GSA 1TRSA 3EYTA 17GSA 2YP6A 1SK1A 1GRXA 3RBTA 1SL0B 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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