3DKSA

Dsba substrate complex
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
188
structure length
188
Chain Sequence
AQYEDGKQYTTLEKPVAGAPQVLEFFSFFCPHCYQFEEVLHISDNVKKKLPEGVKMTKYHVNFMGGDLGKDLTQAWAVAMALGVEDKVTVPLFEGVQKTQTIRSASDIRDVFINAGIKGEEYDAAWNSFVVKSLVAQQEKAAADVQLRGVPAMFVNGKYQLNPQGMDTSNMDVFVQQYADTVKYLSEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The structure of the bacterial oxidoreductase enzyme DsbA in complex with a peptide reveals a basis for substrate specificity in the catalytic cycle of DsbA enzymes
pubmed doi rcsb
molecule keywords Thiol:disulfide interchange protein dsbA
molecule tags Oxidoreductase
source organism Shigella flexneri
total genus 64
structure length 188
sequence length 188
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 1.8.4.2: Protein-disulfide reductase (glutathione).
pdb deposition date 2008-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01323 DSBA DSBA-like thioredoxin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3dksA00
5J5NA 2OA7A 1OC8A 4OFTA 5CRHA 1PMTA 4P3YB 3H93A 4NHWA 4MF6A 3SBCA 2C3NA 1H4OA 4V1Ag 3UAPA 2YWIA 1SKRB 4JRRA 4PUAA 3ZIJA 3UBKA 1PA3A 2GQKA 4I2TA 3TGZA 1FHEA 2R5GA 1ON4A 3F9UA 1F9MA 5DAKB 2BJXA 4FYCA 4AJ7A 2C4JA 1Z7PA 3CTGA 3CSJA 3IA1A 4NV5A 3GA4A 4POMA 2IL3A 1A24A 4MJEA 2VCQA 4DSQA 2H0GA 2ES7A 1BAYA 1SK1A 20GSA 3DEXA 2QC7A 4L8EA 1PX7A 1K0AA 2L6CA 3MAKA 4O92A 4MCUA 2H6XA 3EURA 2V32A 6GSWA 2YWOA 1SJ6A 3I43A 2FWFA 3RBTA 3KD0A 4ML6A 4XCSA 1OYJA 2LRTA 2LQOA 5F0GA 1K0OA 1WJKA 1G0TA 5HQPA 1SYXA 1VF4A 1B9XC 1A23A 2FUG2 3P2AA 3QMXA 4POKA 3NZNA 2MMAA 2FCHA 5HFIA 2L5LA 1TDIA 4KCEA 2GZYA 2H70A 1YEPA 4K6XA 2CZ3A 4ZB8A 2VD0A 5KEJA 4EL1A 2RUEA 4XS1A 1U6TA 4XRDA 2J9HA 2CVKA 2JZSA 2M46A 1K0DA 1XPVA 2H76A 3A2VA 1PRXA 1A2JA 1EV4A 4GXZA 1OE8A 1TU7A 1OC9A 3GTUA 4IP6A 3H4KA 4MK3A 3TRPA 8GSSA 4ECJA 4AJ6A 3W8SA 1GUKA 3F4SA 4TW5A 4L0WA 4HOJA 4HDEA 1M2BA 4KCAA 1BX9A 4NV2A 3FKFA 3W6GA 3BCKA 3DYRA 4BWSA 1DUGA 2XBQA 2M72A 2PVQA 3LG6A 4ULXA 4JR4A 3TOUA 2WZ9A 5CP1A 1QXHA 3LSZA 1K0NA 1TRSA 3M8NA 1FVJA 2X8GA 2GT5A 1GSUA 2HZFA 5EY6A 3W8JA 4QL7A 5ECRB 2LNSA 4I97A 3O3TA 1EOHA 3I6AA 2FNOA 2XC2A 1R5PA 2KP1A 5LCZA 1ZMAA 2B6MA 3EU4A 3TKRA 2PMTA 4GLTA 5D93A 3D22A 2OE0A 2VL9A 1AUCA 1M0UA 1W89A 3VWUA 2M80A 4IQ1A 1TK5B 4HQSA 4ECCA 1KTEA 4OO5A 2H66A 2YN1A 1TI3A 3QR6A 1MD3A 3MDKA 1VRSD 4NWYA 4YAPA 5DALB 4RQRA 4ILFA 2DJ1A 2GSTA 2PPTA 4OWYA 2A4VA 4HS1A 3ZRDA 4NMUA 2VLVA 4DSRA 3WGDA 4EF0A 5COHA 4HZ2A 3ZVJD 2MZCA 7GSSA 4BWQA 3FZ9A 1TP9A 2H0IA 3TJFA 5G30A 4PURA 3ERGA 4GSNA 3ZFBA 2B7JA 1B4QA 2A2SA 5ID2B 4ECIA 1TXXA 1GTUA 5ECLB 5A4WA 2LQQA 2H1GA 2CT6A 5CRGA 3IHQA 3GH6A 4L5OA 4K1FA 1ACVA 4PQ1A 3HA9A 2DJKA 3E9JB 2O7KA 1FG4A 3G7YA 3HXSA 2FA4A 4ZBAA 1M2AA 1TK0B 2LS5A 3IAM2 2LUSA 1O6JA 3F6DA 3RHCA 1UVZA 2NPBA 3EU3A 1F2EA 4MF5A 2H01A 3IBHA 4G2EA 3GHAA 1RQMA 3CBUA 4EKZA 2VAFA 2XBIA 4HU9A 3IV4A 4ACSA 3U6VA 1GLQA 3C8EA 3PH9A 3CMIA 4GCIA 4LL1B 2C0EA 3FZ5A 3GURA 3F6FA 4TR0A 1XWCA 5CO3A 3IRAA 1XZOA 3ZL5A 3DWVA 4MZCA 3EINA 2VM2A 3VWVA 2V2GA 4E8EA 1HNCA 2AB6A 1QK8A 2HNLA 1U88A 4K7NA 2V6OA 3G9BA 4ZILA 5DBQA 1ERVA 3DVWA 4HU7A 2LSTA 2I9HA 1T1VA 2GSRA 2YWMA 4ML1A 3KIJA 3WD6A 5E59A 3J7Yk 1EEJA 5ECIB 4F0CA 3EYTA 5H5RA 2YV9A 10GSA 4GSTA 5IMFA 1SL2B 4LLRA 2RUFA 5IMZA 3CSIA 3FRCA 1E6BA 1SJIA 5JCGA 4OMVA 4F0BA 4LA1A 1Z6NA 1ERUA 5JWOB 5CYYA 3CXGA 5CNWA 2IFQA 4V2MA 1MEKA 4MPGA 4CW9A 4OFNA 4I5QA 4DVCA 1Z6MA 3F3RA 5J41A 2D2ZA 3JCML 3HY2A 1R4WA 2EIOA 4TR3A 5DVBA 2FGXA 4KE3A 2IMFA 5IQYA 2OE1A 1NHOA 4IW9A 1AW9A 3BD2A 3UARA 1UA5A 2JZTA 3E3EA 4Q5FA 3TKSC 5JCWA 1T3BA 4PQHA 2QKEA 3LQ7A 2H1DA 5ABRA 4N30A 3US3A 3APSA 1A0FA 1B4PA 5LD0A 3PINA 1ZCPA 1URMA 4KSOA 1ZYEA 2CVBA 4MH3A 5IOWA 5IMCA 4TOPA 2F51A 4HEA2 3FR3A 3P8WA 3QD9A 3TUEA 4ZIJA 4X1UA 4ZL9A 4ISDA 3KTBA 1EEMA 2I3YA 4XIHA 1Z5YE 4ZL7A 5D73A 2N5BA 3KM6A 1O81A 4O5RA 1R7HA 1LBKA 2DJJA 2I4AA 1QUWA 4PUFC 5G1LA 2H73A 3GFKA 3O76A 1AC1A 4LMWA 1YDKA 1A0RP 5F06A 1KNGA 1S3CA 4N10A 3RHBA 4HQZA 3DD3A 3QOUA 2RIIA 5F8BA 2E7PA 2C80A 2HRFA 2GLRA 2C1YA 4FYUA 3H79A 5EPFA 3M3MA 3HDCA 1VF2A 1QQ2A 3NOFA 3LGCA 3ME7A 2WFCA 1A2MA 3HJPA 4G19A 3FZAA 1PQNA 3GSTA 5D8IA 4I2UA 5JCUA 1SD8A 2A2RA 3GTUB 2X99A 1OKTA 1K0MA 4JEDA 2TIRA 3IDVA 2DIYA 4OO4A 1C72A 2O87A 1ERWA 1GWCA 2B1LA 2KUCA 2X64A 3TJGA 5C04A 2N5FA 2FWGA 3VPQA 3SWLA 4KDUA 1T4ZA 2YZHA 4KDYA 5INYA 3TJKA 14GSA 5DCGA 5DJMA 1PGTA 5IMDA 5FHIA 2HE3A 1O85A 3EC3A 1NSWA 1OKDA 3KH9A 2HLSA 4DSSA 4J2FA 2DBCA 3F0IA 4I6XA 3ZVJA 11GSA 5AN1A 1JZOA 5GAND 3TRXA 1LJRA 2V6KA 2H30A 3KMNA 1Q98A 4GSSA 2TRXA 1J0FA 1AQXA 2J23A 4OFMA 1V98A 1K0CA 5ECMB 3L78A 3CRUA 18GSA 16GSA 3Q74A 4F2IA 3TKPA 5AISA 3A2XA 4KAEA 2H1AA 5AGYA 4HJ2A 4KH7A 5CREA 3HVXA 1X5CA 1XW6A 4YQMA 5B8AA 2FY6A 3DGQA 3TJJA 3VI5A 5HR3A 1ZZYA 2Z9SA 2JADA 3IC4A 2CA8A 1KEBA 2L5OA 5AIVA 1HD2A 4LMVA 1QGVA 3TKQA 5GAPD 3UOMA 1ZYQB 5CRDA 5DQYA 4XS4B 5IM9A 2H72A 3BBYA 2ZNMA 1RK4A 5J3RA 4JBBA 1BYEA 4AJ8A 4PNGA 4NHZA 4MJAA 5HFGA 3M9JA 5L71A 3QPMA 3TDGA 2IMEA 4KW6A 3UBLA 3DRNA 4MP4A 3QFBC 2K9FA 2R6KA 2WB9A 1TRVA 2FLSA 3H8QA 4WF4A 1FO5A 4ZB9A 3HJMA 3IE3A 4WBJA 3DVXA 1XWGA 3I9V2 1OC3A 3KZQA 2HZEA 5G2ZA 4F03A 2ZUPA 4K9ZA 5KN1A 5CAXA 4PXOA 4X43A 2GZZA 1YY7A 1WRYA 2NDOA 4K7OA 2KOKA 1GTIA 4PGTA 4WR4A 1PL1A 2L6DA 3ZLPA 5GSSA 1EGRA 5DAKA 3C1SA 3KP8A 1V40A 3QDNA 4FO5A 4N0VA 3QAWA 4D73B 2VCZA 5ELAA 2CQ9A 3F4RA 2VL2C 3ERWA 2DIZA 1FVKA 4IELA 2EC4A 2N5AA 1THOA 3IK9A 2IMKA 4KSMA 1OVNA 3ZTLA 3FW2A 5DCHA 3UL3A 3IR4A 4MMMA 4KDXA 2K6VA 2RM6A 5F07A 3FY7A 2F9SA 2REMA 2VOCA 2MBSA 4RUVA 1GSQA 1XOAA 1TJDA 2B5EA 2JSZA 3VK9A 2OBIA 3RPPA 5D9WA 1T4YA 3RDWA 1FOVA 5H5QA 2YPMA 2H71A 3S9FA 2R2JA 3Q19A 19GSA 1G7OA 3ZFLA 3FHKA 3D4TA 2EIRA 2DJ3A 1QMVA 2VD1A 2ALBA 3QCPA 3M9KA 3D0ZA 3VFIA 2AYTA 2HSHA 1YQ1A 2JZRA 4BPYA 1HQOA 1GNEA 1XW5A 1E2YA 2AAWA 1DE2A 2VIMA 3VWWA 1XFLA 4NAXA 2AV4A 5J4UA 1TU8A 2F8FA 4IHUA 3TKSE 1M7TA 2L4QA 4HJMA 2KHPA 3ZMKA 3KCMA 3FZ4A 1SENA 1R26A 4IQAA 4KA0A 3HVSA 3HKRA 4TRXA 4OCFA 3GMFA 4OCEA 1SK2A 2YCDA 1PKWA 2PWJA 1BQ7A 2PBJA 3TCOA 2VCVA 2H1BA 5IOXA 4WKWA 1TKDB 2VL2A 4MABA 1EZKA 2H74A 1T8EB 1A2LA 3ED3A 3ZMLA 2F3MA 2VCTA 2E2MA 4L0UA 1TRWA 2OE3A 4NPBA 1ST9A 2DJ0A 4BVYA 2YOIA 3GN3A 1FB0A 1MDJA 3BJ5A 1Q4JA 3IK7A 1TTZA 2K18A 3APOA 2CX3A 2EIQA 3G7IA 1PD21 2G0FA 5G31A 5HR1A 4O32A 1TRUA 3GL3A 5B7CA 3PGTA 4XRAA 2GQMA 1GSSA 2LEGA 1WPIA 2H8LA 2C0DA 2H19A 2MBTA 2NVLA 4PNFA 4KUNA 1O73A 1QFNA 3DKSA 4GRFA 5IMAA 2CV4A 4TXOB 5G1KA 3F63A 4KGIA 4YQVA 2MMZA 4TXVA 3ZYWA 4ZXGA 1SYRA 3ZITA 5DALA 1MDIA 1ERTA 2H75A 1O8WA 3ME8A 5G5FA 3U5RE 1V58A 1GTAA 1NM3A 2OBKA 5IO0A 2LJRA 2VM1A 1OE7A 4EC0A 5A5KA 1F6MC 2DMLA 1KBNA 2MMNA 3L4NA 4JZQA 5ID2A 3LORA 3LWAA 2K8SA 3L9SA 3WGXA 1GSEA 2YWNA 5B8BA 1M99A 3A2WA 2LNTA 2LRCA 3IXRA 3L0HA 4MLYA 4JU5A 5DDLA 5GSTA 2I81A 2F8AA 3OR5A 3CRTA 2FWEA 2CVDA 2HFDA 3CSHA 2HXKA 3EMPA 4Z7XA 1H75A 4DSSB 2AHEA 2YV7A 3GIXA 3GKNA 5IO2A 4MH2A 1GUHA 1I9DA 5ENUA 1U3AA 5ECHB 4G10A 2LRNA 1XWBA 1Z7RA 1X5DA 5IPHA 4JE1A 1I5GA 1RW1A 5C00A 3IAS2 3KP9A 1T7PB 3IOSA 3L9UA 3KH7A 4J56E 2GDRA 3IPZA 4KX4A 1XBSA 2V1MA 3NIVA 3FK8A 3GKKA 3DXBA 4HZ4A 2R4VA 4MF7A 2IMIA 3LFLA 2CZ2A 3G7JA 4CDOA 4K8MA 4XTSA 3C71A 4WR5A 2GGTA 2GQLA 2TRCP 2WGRA 2P31A 1GRXA 4RQXA 2K8VA 1ZGNA 3LEFA 3BOAA 2ON7A 1K3YA 3HD5A 4PX1A 2IPAA 3HHVA 2PN8A 1YF0A 1AQVA 5ECOB 3HZ4A 1FW1A 5ECSA 2MMOA 4RI6A 3EWLA 3HCZA 1YJ6A 2B3SA 1XCCA 1O8XA 4IN0A 2BMXA 4GQCA 1OC9B 3CTFA 4TR4A 4JR6A 2LTKA 2VLUA 1SL0B 1BG5A 1OAZA 2QSIA 3TKSA 1GTBA 4EE0A 3A5WA 4IJ3A 2CAQA 3EE2A 4K0GA 2OADA 1F37A 1G6WA 5DJLA 1PKZA 3HZ8A 2V41A 2HZEB 1F3AA 3D6IA 3TJBA 3Q18A 1THXA 2P5QA 2FA8A 1WWJA 4MJCA 2HSYA 22GSA 6GSUA 1EOGA 4KNDA 3WGEA 3HVVA 1K0BA 4G9HA 2PGTA 2ZCTA 3ISOA 4EUYA 3FR6A 4YH2A 4GQFA 4GWRA 1EP7A 4IVFA 3R2QA 4ID0A 1SJZA 1EP8A 3P90A 3GH9A 1XVWA 4ZBBA 2O85A 2LJKA 3K8NA 5J9BA 5D9VA 5E4WA 1V9WA 4X0XA 1GUMA 3DMLA 1WP0A 3F4TA 3KMOA 4BVXA 3AY8A 1TW9A 2G2QA 1HNBA 3FEUA 4K0NA 2WRTA 4TR1A 1BEDA 3V1WA 3N9JA 1S3DA 17GSA 2WDUA 5EVOA 4E8HA 1AXDA 1VGLA 3GL5A 4EO3A 4V2LA 5J9CA 1XOBA 2L4CA 1WMJA 1X5EA 2B5YA 3KTLA 3DIEA 3APQA 3EVIA 2GTUA 1XWKA 5LNKe 1NHYA 1T00A 3Q6OA 3WT2A 1B9YC 5D9XA 2OKAA 2C3QA 3LYKA 2H6YA 1YEXA 4IBPA 1GSYA 4EVMA 1GULA 4FYBA 4LL4B 4MZWA 1J9BA 4TN8A 5IPGA 5A4UA 4OD7A 3VURA 5IIZA 5F05A 4MZBA 1TK8B 4HI7A 2QGVA 1N2AA 1PN9A 1EGOA 2C0FA 2CAIA 4TVEA 3EMXA 1GL8A 4F9ZA 2L57A 3H1NA 3UEMA 2IWTA 3UIWA 1XWAA 2JACA 4Q5RA 4ZL8A 4POLA 1XW9A 2C3TA 2IMDA 5EL8A 2NBSA 6GSYA 5FWGA 4WF5A 1AIUA 4IJIA 4HUAA 5D9TA 4NXIA 2C8UA 5B6NA 4IS0A 4Q5QA 1GP1A 4AGSA 2DMMA 1DE1A 2P5RA 3GUSA 1O7UA 3F3QA 2NTOA 3HYPA 2O89A 3PR8A 5ECNB 2XPDA 1U3IA 1DSBA 2PVOC 1TI1A 4KB3A 2GT6A 2GSQA 1PX6A 4MA9A 2YZUA 1YZXA 1X9MB 4K7IA 1EWXA 4ECBA 1XXUA 3GX8A 2YANA 3F8UA 4ZB6A 3WYWA 4N11A 4QL9A 5KN2A 1ML6A 1AQWA 3LXZA 4FH8A 4WXTA 1W4VA 1X0RA 1VF1A 1V57A 4Q5NA 1Z3EA 3LXTA 1TOFA 1SK0A 1XVQA 3D5JA 2IFQB 5ECKB 4AF2A 2VL3A 5KN3A 1HNAA 4MJBA 4XS4A 5ECQB 3MSZA 2JU5A 4GTUA 3GKXA 4FIWA 1GLPA 3QAGA 2B5XA 5DQSA 1AAZA 1JZDA 3I69A 1JLWA 1ZOFA 5JWRB 5ECPB 1X9WB 2XPEA 1J08A 3UVHA 3KXOA 3M1GA 3D4MA 2CX4A 3GKMA 3GSSA 4J57E 3KEBA 2PU9C 5AIXA 1GSDA 1PL2A 1B48A 4EXJA 1CQHA 2DJ2A 4N0ZA 2LJAA 3M0FA 4V2NA 5HR2A 4POBA 4GF0A 2L59A 5CRWA 1MD4A 5H5SA 3ERFA 5B6MA 2B1KA 2R3XA 5ELGA 1MTCA 3D21A 3O6TA 1K3LA 1YKAA 1XIYA 3VWXA 3L9VA 2WJUA 1Y6EA 4IGJA 5IMVA 4I8BA 2GS3A 1WIKA 4EDZA 1M2DA 4H86A 2X8CA 2DSAA 6GSVA 2H0HA 2PERA 2JSYA 4V1Ap 2VLTA 5A4VA 2JL4A 2IIYA 2FWHA 2E0QA 3RPNA 2PUKC 2YJHA 6GSSA 1K3OA 4YAVA 2E2GA 3UMAA 3GYKA 2DLXA 4D73A 1JHBA 1UN2A 2XHFA 4WEYA 2FHEA 2WULA 1UC7A 2KP2A 2OACA 2HYXA 2OJLA 2IN3A 1HYUA 4BA7A 4L5LA 5D96A 1YKCA 2R37A 4IP1A 1SU9A 1V2AA 2HRNA 2O8VB 6GSXA 1DBYA 3C73A 4F82A 3RAZA 3MWHA 1FB6A 1SKSB 12GSA 3GX0A 9GSSA 1ZL9A 3VI7A 4WBRD 1Z9HA 2YNXA 3LJRA 2I1UA 4K2DA 2MYGA 5G5EA 3KGKA 13GSA 2WCIA 2IJYA 3GNJA 2ON5A 3VLNA 3FYGA 4BL7A 3CYNA 1M9BA 4TKYA 2HI7A 5GZZB 1A8LA 3GV1A 3GRXA 1M9AA 1EV9A 1S3AA 3FR9A 4DEJA 2HT9A 3C1RA 4XHMA 2VCWA 1GH2A 3A3TA 2YJ7A 2X8HA 2C0GA 6GSTA 3ZREA 1SKWB 1JZWA 2RM5A 3QAVA 3TOTA 1A8YA 2GSSA 1N8JA 4O7HA 3UJ1A 1G6YA 2WS2A 1SD9A 4MDCA 2DC5A 2GVPA 5HFKA 3ZIVA 5JWQB 1R5AA 2GZPA 1B8XA 3LYPA 1MDKA 2AJQB 2VCXA 3QFAC 2BTOT 2LV3A 4CHSA 2YP6A 3BCIA 3ZZXA 4QQ7A 1GSFA 1WOUA 1JZRA 4RI7A 1JFUA 3TRQA 1GNWA 1PSQA 1SL1B 1ABAA 4TR1B 3VPTA 1BJXA 1YF1A 3UVTA 1NW2A 3P7XA 1LU4A 2KLXA 3J7Yb 2B7KA 5FT3A 1X9SB 2RLIA 1USBA 5KN0A 2H6ZA 1FAAA 1JLVA 1VF3A 1G7EA 1CQGA 2AUVA 3N5OA 3WT1A 3HJOA 1ILOA 4IKHA 1IYIA 4WETA 3C7MA 4PQIA 1IYHA 4TXOA 2VUPA 3TB2A 2LKUA 1U87A 3MNGA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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