3DMLA

Crystal structure of the periplasmic thioredoxin soxs from paracoccus pantotrophus (reduced form)
Total Genus 22
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
22
sequence length
95
structure length
95
Chain Sequence
ELRLLMFEQPGCLYCARWDAEIAPQYPLTDEGRAAPVQRLQMRDPLPPGLELARPVTFTPTFVLMAGDVESGRLEGYPGEDFFWPMLARLIGQAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the periplasmic thioredoxin SoxS from Paracoccus pantotrophus indicates a dual Trx/Grx functionality for activation of chemotrophic sulfur oxidation in vivo
rcsb
molecule keywords Putative uncharacterized protein
molecule tags Oxidoreductase
source organism Paracoccus denitrificans
total genus 22
structure length 95
sequence length 95
ec nomenclature ec 1.8.4.-:
pdb deposition date 2008-07-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3dmlA00
4KCEA 4WBRD 1OKDA 4ID0A 4JU5A 3VLNA 3E3EA 1JZWA 2B5YA 2LJKA 4POBA 1FAAA 1V2AA 4GQCA 4KUNA 4WR4A 2L4QA 4KNDA 3TCOA 3FYGA 4ZB6A 3LYKA 1QFNA 1XZOA 5DCGA 2LJAA 3QDNA 4GXZA 1NSWA 2LQQA 1XWGA 1EOHA 2B5XA 2R3XA 4KGIA 4ZIJA 1A0FA 2C0DA 2QSIA 1SJ6A 1OE7A 2V1MA 4BPYA 1ZGNA 10GSA 2HZEB 1QK8A 2YZHA 2VD1A 3Q18A 3G7IA 4OFMA 2I4AA 1N2AA 2B1KA 4IS0A 1SK0A 3ERGA 5ID2A 3V1WA 3M1GA 1JFUA 2FUG2 5DCHA 3ZMKA 2AHEA 3US3A 1ZZYA 1EWXA 3IOSA 4IJIA 3APQA 3E0UA 3ZIJA 5EL8A 1R7HA 1Z6NA 3KEBA 1SK1A 5ECMB 3ZZXA 1HYUA 1M2BA 3GX8A 3I43A 4QL9A 5ECOB 5HR3A 4RI7A 1GUKA 2YANA 1PX7A 3GV1A 4RUVA 1R26A 1BYEA 5HFIA 1PRXA 2LRTA 6GSVA 4DSRA 3VI5A 2FA4A 1S3CA 4F2IA 3TUEA 2M46A 4HZ4A 1EOGA 2KUCA 1MEKA 4WF4A 3Q74A 4GLTA 5ECKB 2ZNMA 4NHWA 2O8VB 2ES7A 1B9YC 3CRTA 2CZ3A 2GQMA 1WJKA 3CTGA 1UVZA 3DGQA 2XBQA 5CRHA 2CVBA 3F6FA 1KBNA 2C80A 1Z6MA 2ZUPA 1K3YA 3EINA 3ED3A 5IQYA 1ABAA 3CYNA 2WJUA 3HJMA 2CAQA 2RLIA 3VPQA 5A5KA 4MF5A 8GSSA 2I81A 4PGTA 4ZL9A 2YZUA 2K9FA 4MK3A 1M9AA 2VAFA 3P90A 1TK5B 3GKNA 3TOTA 19GSA 2H1DA 2ON5A 4KB3A 1OC8A 1OYJA 3MAKA 2O85A 2WB9A 1HNAA 5B6MA 3TKSC 2MMZA 3DKSA 3BBYA 5J3RA 1VGLA 2L6DA 3D5JA 2PN8A 3BCKA 4GSTA 3LQ7A 1A0RP 1YKAA 2H1BA 3HA9A 5F0GA 1O81A 1PL2A 1B9XC 5CRGA 2GZYA 1A2MA 1FOVA 1SL2B 1F37A 3QOUA 2AAWA 5ECPB 3VWUA 3UIWA 2FA8A 2LRCA 3EMXA 4POMA 2JSYA 2P0GA 3FRCA 1R4WA 2F9SA 2VCWA 5AIXA 4DEJA 3F6DA 3M8NA 3TKRA 1K3LA 4PUAA 2IMIA 4WETA 2VCZA 3FZ4A 2OE3A 5EPFA 3UVTA 2P5RA 2H71A 3DEXA 2VL9A 4KDUA 1GTAA 1FB0A 1TI1A 2OE0A 3IA1A 4G2EA 3CSJA 1TP9A 3H79A 5B6NA 3HVXA 2LJRA 13GSA 2VCVA 4NPBA 2H6ZA 3FW2A 3A5WA 2IMEA 1GSFA 5IO2A 5G1LA 3UBKA 2PU9C 1SL0B 2VCXA 1FO5A 3ZRDA 1MTCA 22GSA 1THOA 3O6TA 2OADA 1M0UA 1BEDA 1W4VA 5F07A 6GSTA 4GSNA 3WT1A 1ERUA 2WDUA 2LEGA 1DBYA 3A3TA 4ECIA 1VF4A 2P5QA 2JZTA 2MMNA 2EIQA 2FCHA 5GAPD 2IPAA 4ECCA 4HS1A 4OO4A 2PWJA 2YNXA 4MZWA 3SWLA 2EIOA 2DMLA 4AF2A 1Z7PA 1IYIA 4XS4A 1TU7A 2O7KA 3D4TA 3QAVA 1MD3A 3FK8A 2H6XA 4MPGA 1XOAA 1GRXA 1XVWA 2I1UA 4N10A 3GN3A 4D73B 4MF7A 1A8YA 7GSSA 20GSA 1AQXA 5ECSA 2PERA 5HR1A 2P31A 2FWEA 5F06A 4MH2A 1DE1A 1MD4A 3RBTA 3BOAA 2VLTA 3TKQA 18GSA 1G0TA 2CVKA 3HJOA 2JADA 1AIUA 4F0BA 4G10A 4YAVA 4YAPA 5H5RA 2LQOA 2FY6A 5IMDA 4I8BA 2OBKA 4RI6A 1GH2A 2A2SA 1SD9A 2X64A 1C72A 2IWTA 1F3AA 5IMFA 1AC1A 2K6VA 4PX1A 1SKWB 4YQUA 1SU9A 5IIZA 4GRFA 2H30A 1SK2A 4HOJA 2VO4A 5FWGA 5G31A 2JU5A 4ZL8A 5DALA 3KMOA 1YF1A 2CT6A 3RPPA 2EIRA 2H76A 4OMVA 1TRWA 4LL1B 2R6KA 3FZ5A 3EMPA 4PQHA 3FZAA 2E0QA 5D96A 5EVOA 4IHUA 4HZ2A 4KH7A 5DJLA 5GSTA 2AV4A 4YH2A 3VFIA 3UEMA 2B7KA 1PSQA 2IIYA 2YPMA 3FY7A 3NZNA 5IPGA 4Q5FA 1ERTA 3CSHA 2D2ZA 1O85A 4WKWA 1GSUA 2WULA 3FKFA 2PBJA 1H75A 4J2FA 4ZL7A 4BA7A 4J56E 2JL4A 5C04A 1S3DA 2GQKA 3PGTA 1OVNA 4OD7A 5J9CA 1USBA 5G1KA 1WE0A 5B8BA 1T7PB 5D93A 1MDIA 3FEUA 4AJ8A 3H93A 2CX4A 5ENUA 4N11A 4WF5A 4JEDA 3EURA 2FWFA 3LYPA 4TRXA 1J08A 3KTBA 3D21A 1UC7A 1GTBA 3VWXA 1YDKA 3E9JB 4J57E 4NV5A 1JLWA 2FGXA 2CQ9A 2HNLA 4HEA2 1FHEA 1B48A 4EL1A 3KM6A 4QQ7A 5IMZA 1BG5A 5J9BA 5D73A 1YEPA 4MCUA 5IO0A 1ST9A 2XPEA 2F3MA 1V9WA 4V1Ap 1QQ2A 1V40A 3GKKA 2BJXA 4L8EA 3TJJA 3GKMA 5JWQB 3LORA 2VOCA 1K0DA 3DMLA 2OE1A 4O7HA 3F63A 4MLYA 3I9V2 4BWSA 1T8EB 3EU3A 1GSEA 4P3YB 2PPTA 3ZITA 1O8XA 2HI7A 4FYUA 2WFCA 2X8CA 4EC0A 5HQPA 3HDCA 3AY8A 1XPVA 3JCML 4DVCA 5J5NA 1X0RA 4DSSB 3M3MA 3QFBC 4NMUA 5DJMA 1U87A 5KN3A 3ME7A 1G7EA 2DJJA 1T4ZA 4FYBA 1GSQA 4MP4A 4XS6A 1G6WA 2E2GA 3IAM2 1JZOA 2VCQA 2YWNA 3TJFA 5CAXA 1FW1A 2R5GA 2H75A 1Q4JA 2LUSA 3FR9A 4MJAA 5DALB 4IKHA 3CMIA 3WGDA 3F9UA 1TU8A 1DE2A 4MA9A 3ERFA 4OCFA 2PMTA 1J0FA 4IELA 2JACA 3WYWA 3QAGA 2C0EA 4HDEA 2MYGA 2GSQA 4MJEA 3RHBA 3KMNA 5J41A 5LD0A 2YV7A 3F8UA 2A4VA 2BTOT 2BMXA 5H5QA 3W8SA 3TRQA 3EC3A 2V2GA 4TOPA 3P8WA 1HNBA 1Z3EA 3FR6A 4L0WA 3GURA 1LJRA 3DRNA 2EC4A 3GIXA 2H70A 4V1Ag 2IMKA 2WS2A 2HSYA 1ZOFA 2ON7A 4I2TA 1B8XA 2I3YA 3L0HA 1J9BA 3QFAC 4IQ1A 3IV4A 2LKUA 2REMA 3HXSA 1A24A 3DVWA 2IMFA 1GSDA 3D4MA 1BAYA 4V2MA 3IK7A 4AGSA 2L57A 2IMDA 3FHKA 1I9DA 2YOIA 1EP7A 2PUKC 5AN1A 4HU7A 2TRCP 4BVXA 2FWGA 3HY2A 3KJYA 1M2AA 3QCPA 1OKTA 2G2QA 3FR3A 3HJPA 1LU4A 4D73A 4IGJA 4GSSA 2R2JA 3ZTLA 1HD2A 4Q5RA 5HR2A 2LTKA 2VL2A 1F2EA 3ZREA 4FIWA 2CV4A 5GAND 2VM1A 1BJXA 1CQGA 1SKSB 1A8LA 3ZMLA 1GTIA 4TN8A 2J23A 3GFKA 1K0NA 1XW6A 5IOXA 3W6GA 4ZBAA 3DXBA 5CRWA 1UA5A 4NAXA 3LFLA 4LMVA 3A2WA 3K8NA 2FD3A 1EEJA 3TKSE 4JBBA 3IXRA 1HNCA 2K18A 4WR5A 4JRRA 3LSZA 4N0ZA 4JZQA 1YQ1A 3WGEA 4CHSA 1M9BA 4F9ZA 1WPIA 4IP6A 2KP1A 2G0FA 5GSSA 4HU9A 3TGZA 1GULA 2OJLA 2MZCA 4H86A 4GQFA 4PQIA 4OFNA 1YJ6A 3IAS2 4XCSA 2LRNA 4F0CA 1YF0A 3DIEA 2YCDA 1SJZA 1WOUA 1G6YA 1XFLA 1FG4A 5F8BA 1XW9A 2NBSA 2DJKA 4TKYA 3ZVJA 3A2XA 1A23A 2WRTA 3IRAA 4PNFA 2B3SA 4K7IA 3F3RA 4MMMA 4XIHA 3MNGA 1WP0A 3C7MA 4ML6A 5CYYA 2WGRA 4BVYA 3R2QA 4WEYA 4HQZA 3UBLA 1IYHA 1TXXA 4ISDA 4L0UA 1T3BA 1Y25A 2YWMA 2LNSA 3MWHA 4DSQA 3LWAA 2H8LA 1BQ7A 3G9BA 2LSTA 1PL1A 2PVQA 1XWAA 4K2DA 5JCGA 4MJCA 1K0MA 2L4CA 2WZ9A 4V2NA 5EY6A 2H01A 4KDXA 1GNWA 2H73A 3C8EA 4ULXA 2C1YA 3F0IA 4ML1A 3UJ1A 3KP8A 1A2JA 4BL7A 1YKCA 5D9WA 4GCIA 4Q5QA 2LNTA 4LMWA 14GSA 3TRXA 1PKZA 1TK8B 1YZXA 1T1VA 2V41A 3VURA 4POLA 4MF6A 3VWWA 1AUCA 3J7Yk 1ZMAA 3Q19A 4L5OA 6GSWA 1E2YA 17GSA 1GTUA 3GA4A 5G5EA 1QUWA 2C4JA 4JE1A 4KE3A 2HXKA 5ECLB 2ALBA 5KN1A 3APSA 3KZQA 5LCZA 1EGOA 2VD0A 1TDIA 4DSSA 4PUFC 3D22A 3KH7A 3CRUA 3GH6A 2FNOA 3DVXA 2PVOC 2YJHA 2JSZA 4XRDA 4KSOA 3U5RE 2XBIA 4KDYA 2KLXA 2CZ2A 3HYPA 2TIRA 2F8FA 3C71A 2DJ0A 1RK4A 3LEFA 4EUYA 3CTFA 5AISA 1V57A 4MJBA 3H4KA 1KNGA 1PMTA 1Z9HA 4HJMA 4YQVA 2KHPA 2RUFA 4BWQA 2F51A 4IJ3A 4IQAA 5CO3A 2IJYA 3EVIA 2QKEA 2CVDA 5LNKe 3DYRA 1OC9A 2VIMA 3D0ZA 4MZCA 4I2UA 1AAZA 3QD9A 1S3AA 4EDYA 5ECHB 3GX0A 5COHA 5JWRB 3GSSA 1O6JA 3NOFA 5AGYA 2DJ3A 4O92A 2C0GA 1T00A 2HSHA 4K8MA 2GTUA 4GWRA 1O73A 3CBUA 4LLRA 4X0XA 4TW5A 2C3NA 3F4TA 3KXOA 4K7NA 1GP1A 2GDRA 2AJQB 3KP9A 3P7XA 1K0BA 1EV9A 3GL3A 4L5LA 3G7YA 1ZCPA 4MABA 5HFKA 1M2DA 2J9HA 2HT9A 3BCIA 4NHZA 4EO3A 4PXOA 1GSYA 1Q98A 4OO5A 2VL3A 5G5FA 2KP2A 1VF2A 2A2RA 3IE3A 3M9KA 1E6BA 1X9WB 1NW2A 2XPDA 2H1AA 4XHMA 1AQWA 2OACA 4O32A 3GYKA 3CSIA 1U3IA 4Z7XA 2IFQA 1U88A 3SBCA 1XCCA 2B7JA 1CQHA 1GLQA 3TOUA 4QL7A 3QR6A 3H1NA 2R4VA 3OR5A 4IP1A 4JR4A 3C1RA 1Z7RA 4IVFA 5CRDA 4TXVA 4K9ZA 3ZLPA 3KD0A 1XVQA 4MPFA 4WBJA 1U6TA 2C3QA 1GUMA 3D6IA 3I69A 1O7UA 3KTLA 5FT3A 3GUSA 2N5BA 1MDJA 3P2AA 1TK0B 4MZBA 2X8HA 1XXUA 5ELAA 2NDOA 2YN1A 3ZYWA 3TDGA 5FHIA 1TOFA 2WCIA 3IDVA 5H5SA 3TJKA 2GQLA 1BX9A 2MBTA 1KTEA 2GZPA 5G2ZA 4KSMA 4EDZA 1AW9A 3WGXA 1ILOA 2N5FA 4IN0A 4NWYA 4F82A 2GVPA 1QMVA 2L5OA 1GUHA 2LS5A 3IR4A 5A4UA 5HR0A 4EF0A 1GSSA 2I9HA 2GLRA 5IMAA 3EYTA 1X9MB 3UVHA 4OFTA 1ZYEA 1NHOA 2AYTA 3L4NA 4KX4A 5A4VA 1EGRA 1KEBA 4WXTA 3UOMA 1PGTA 3HHVA 2NPBA 4PURA 4JR6A 5L71A 3GRXA 4XRAA 1RW1A 3ZFLA 1WRYA 2VUPA 2XHFA 4EVMA 5GZZB 1OC9B 5CNWA 3VWVA 1WWJA 3F4RA 3UL3A 1XWBA 1SYXA 3HKRA 3FZ9A 3GNJA 5IPHA 2H0HA 1PD21 1Y6EA 2YP6A 2HE3A 3H8QA 1VF1A 1F6MC 3BD2A 1SKRB 1XBSA 5ECNB 2JZRA 4TVEA 3KGKA 3IBHA 2DIYA 2C8UA 4FYCA 3TRPA 2X8GA 4TR0A 1URMA 1V98A 4I97A 2L6CA 2H0GA 3IPZA 5DAKB 4KA0A 2YWIA 2AB6A 3WT2A 4TR3A 1NM3A 3LXZA 3APOA 4V2LA 2OBIA 3MDKA 4ZILA 2L59A 2V32A 2MMAA 3C1SA 2RUEA 2YV9A 5ECQB 1TTZA 5DQYA 3GH9A 3HZ4A 5D8IA 1SL1B 5E4WA 2DJ2A 3TKSA 1FB6A 1XW5A 2IFQB 5INYA 3TKPA 1ON4A 3CXGA 5J4UA 5ECRB 2K8SA 2H1GA 3EE2A 2CA8A 4RQRA 2NVLA 5CP1A 1Z5YE 3ZIVA 4G9HA 1VRSD 3UARA 4K6XA 2DLXA 5DVBA 4TXOB 2JZSA 5DBQA 5D9XA 5JCWA 3LXTA 2GZZA 1U3AA 1XIYA 1X5CA 4O5RA 3L9SA 6GSSA 1OE8A 1ML6A 6GSUA 2H66A 2B1LA 4K1FA 2R37A 4IBPA 4PQ1A 4EXJA 3BJ5A 1PA3A 4NV2A 1EZKA 3VPTA 1SYRA 4E8EA 4ILFA 2GGTA 3G7JA 1WMJA 1UN2A 5KEJA 4YQMA 3EWLA 4FO5A 2M80A 3TJGA 4HI7A 2V6KA 3L78A 2MBSA 2HZFA 4I6XA 2CX3A 2PGTA 2H19A 2M72A 1PKWA 2VL2C 3QMXA 3TB2A 5ECIB 4I5QA 3U6VA 2OKAA 3HVSA 5DDLA 5CREA 1G7OA 2N5AA 1ZL9A 3RHCA 1O8WA 4OCEA 1THXA 5B8AA 3VI7A 1OAZA 5ABRA 4X43A 1X5DA 2B5EA 3Q6OA 1XOBA 2YJ7A 2TRXA 3EU4A 4ZB9A 1EV4A 3DWVA 1YEXA 2DC5A 3HCZA 5IM9A 5ID2B 4KAEA 3F4SA 1R5AA 3N9JA 2AUVA 2GT6A 5HFGA 1YY7A 2DIZA 3RAZA 3UMAA 4X1UA 1PN9A 3KH9A 1SJIA 3UAPA 1DSBA 3J7Yb 1K0CA 2GT5A 2VLUA 1HQOA 2VCTA 3PH9A 1TRUA 4G19A 4NXIA 1OC3A 5D9VA 3GKXA 5KN2A 1M7TA 1ERVA 1F9MA 4EE0A 3NIVA 4AJ7A 2Z9SA 6GSXA 4AJ6A 3W8JA 1RQMA 4RQXA 1X9SB 1NHYA 1JZDA 3ZL5A 1XWKA 2C3TA 3M9JA 1TRVA 2ZCTA 4K0GA 5ELGA 1PX6A 1AQVA 2H6YA 1K0OA 4LL4B 3ZVJD 1TKDB 11GSA 1QXHA 2H0IA 3GTUA 1GL8A 5B7CA 1K3OA 5JWOB 1GNEA 3O76A 2C0FA 1T4YA 1SD8A 3KCMA 2IN3A 3N5OA 3IHQA 2VLVA 2L5LA 3MSZA 4IW9A 3GSTA 4ECJA 3S9FA 3I6AA 4TR1A 2H74A 4ZBDA 1PQNA 4HQSA 1GWCA 2FHEA 1M99A 2DJ1A 1GLPA 4XS1A 16GSA 2HRNA 2F8AA 4K0NA 1R5PA 1FVJA 1JHBA 4XTSA 1H4OA 2B6MA 2VM2A 1N8JA 3GL5A 6GSYA 3ERWA 3TJBA 1LBKA 3HZ8A 2DBCA 1AXDA 3HVVA 2HZEA 5E59A 2LV3A 1QGVA 4KCAA 2HRFA 3IC4A 1ERWA 2H72A 3ME8A 3HD5A 4MH3A 12GSA 5A4WA 4Q5NA 2HFDA 2FLSA 3QAWA 2RIIA 1X5EA 2GSTA 2QC7A 5JCUA 1MDKA 4N0VA 3RPNA 3LJRA 2HYXA 1JLVA 1XWCA 1V58A 5IOWA 1WIKA 4N30A 2CAIA 3ISOA 3GHAA 4FH8A 5DQSA 4F03A 2DMMA 2E2MA 5DAKA 3A2VA 3PINA 4HUAA 5D9TA 1B4QA 2O89A 1I5GA 5AIVA 1K0AA 2KOKA 2GS3A 2MMOA 4CDOA 3QPMA 1TJDA 1TW9A 3GMFA 4ZB8A 5IMVA 3C73A 4CW9A 2O87A 3O3TA 1B4PA 2RM6A 1F3BA 4ZXGA 4K7OA 5C00A 3KIJA 3L9UA 5KN0A 2DSAA 3ZFBA 3F3QA 1EEMA 1FVKA 2FWHA 4ZBBA 2E7PA 2HLSA 5IMCA 2GSRA 1TI3A 2OA7A 2QGVA 3M0FA 3RDWA 4EKZA 2RM5A 2X99A 5G30A 1ZYQB 1TRSA 4TXOA 3GTUB 4HJ2A 4KW6A 4E8HA 4TR4A 1VF3A 2YWOA 1W89A 4LA1A 9GSSA 2XC2A 1SENA 4GTUA 4MDCA 4XS4B 1DUGA 4POKA 1EP8A 3LG6A 4PNGA 4ECBA 3PR8A 1JZRA 3DD3A 2IL3A 4OWYA 3IK9A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
...loading similar chains, please wait...
How to cite