3DMLA

Crystal structure of the periplasmic thioredoxin soxs from paracoccus pantotrophus (reduced form)
Total Genus 22
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
22
sequence length
95
structure length
95
Chain Sequence
ELRLLMFEQPGCLYCARWDAEIAPQYPLTDEGRAAPVQRLQMRDPLPPGLELARPVTFTPTFVLMAGDVESGRLEGYPGEDFFWPMLARLIGQAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the periplasmic thioredoxin SoxS from Paracoccus pantotrophus indicates a dual Trx/Grx functionality for activation of chemotrophic sulfur oxidation in vivo
rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Paracoccus denitrificans
molecule keywords Putative uncharacterized protein
total genus 22
structure length 95
sequence length 95
ec nomenclature ec 1.8.4.-:
pdb deposition date 2008-07-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3dmlA00
1PSQA 4JEDA 4PQIA 4YQVA 2KHPA 5ECIB 1SKRB 4WXTA 4KDYA 1B48A 3VURA 4ZIJA 1U3AA 1ZL9A 2KP2A 1ST9A 2P5QA 1AXDA 2EIQA 1XWCA 2PPTA 3KM6A 3ME8A 3FZ4A 4MA9A 4G9HA 3I43A 5KN0A 2H76A 2DIYA 4RI7A 3EWLA 3M0FA 3UAPA 4MF7A 3GSTA 4L0WA 1M2DA 3APSA 4K1FA 2YV7A 2TRCP 2X99A 2OE0A 4ZL8A 5CREA 1ERUA 1NHYA 5FT3A 4EUYA 5HR1A 3BD2A 2ZCTA 2L6CA 2F8FA 4TXVA 3HZ8A 3QDNA 1O85A 5FHIA 4MDCA 4TVEA 5IO2A 6GSTA 1V2AA 1EGOA 1EEMA 1YDKA 4ULXA 3KTBA 3DXBA 2GZPA 3ZREA 3TKPA 4JE1A 2R4VA 3LEFA 2NPBA 1R26A 3J7Yk 3VFIA 3TB2A 3ME7A 4Z7XA 4KGIA 2VCZA 4K7IA 4PUFC 4K9ZA 3EVIA 4MH3A 1BAYA 6GSYA 2KLXA 3KP9A 4IKHA 4ID0A 1JZOA 2JSZA 4MH2A 2C3NA 4FO5A 2LRTA 4WF4A 3I6AA 3O76A 5CNWA 1SD9A 2QSIA 4MK3A 3TKQA 4ZBAA 4HDEA 2GSRA 5ELGA 5D8IA 1GRXA 2MMOA 2PBJA 1OKDA 1OC9B 6GSVA 1SJIA 3DRNA 1O7UA 3ERGA 3L9SA 2RM5A 3LGCA 1KNGA 4TR1B 1QMVA 3BBYA 4V2MA 1SD8A 3VPQA 3GTUB 1GTAA 4KA0A 1SYXA 5B6NA 1GNWA 1DBYA 4FYBA 4I5QA 4MJEA 1Z7PA 1R7HA 3U5RE 1XW5A 2CX3A 4NWYA 2CQ9A 2XPEA 4LL1B 5HFKA 2WDUA 4IJ3A 4DSRA 2I3YA 1WOUA 5J5NA 1FOVA 1HNBA 4OCEA 1ERTA 3FW2A 2P5RA 5JWOB 2PUKC 4ACSA 5JWQB 6GSSA 3IE3A 3C1RA 2XC2A 1AQXA 5JWRB 4CHSA 1TKDB 4WEYA 1M9AA 4QL7A 4GQFA 2XHFA 4N0VA 1GSQA 1XWGA 4BWQA 4N30A 4FH8A 4MZWA 2IJYA 2IPAA 5IMAA 2AUVA 2G2QA 5CRHA 3ZITA 2HRNA 1G6WA 2DC5A 1FW1A 1PL2A 2ON5A 2FUG2 3H93A 2JL4A 4MJBA 3CRTA 5JCGA 1HD2A 5CAXA 2XBQA 3UOMA 7GSSA 2XPDA 1GTBA 1FVKA 2H6ZA 3RHBA 3A2VA 2ZUPA 3KTLA 5HR3A 5C00A 3WYWA 5F05A 5HQPA 3G9BA 2RUFA 4G10A 1OAZA 1E2YA 1EP7A 1EEJA 1YEPA 1SJZA 5AN1A 1THOA 3LXZA 1YF1A 3JCML 3TKRA 5D9TA 3GL3A 4IN0A 4OD7A 1YKAA 1X5DA 5ID2B 1J9BA 3CSJA 4YH2A 3UJ1A 1K0AA 2F9SA 3GH6A 3O3TA 4EDYA 2YCDA 2VCQA 1V58A 4LA1A 3VWVA 1ZZYA 2MBTA 2M80A 1TOFA 1PGTA 4XS1A 2JSYA 1NHOA 4KUNA 3D6IA 4WBRD 3BCKA 4IHUA 4BPYA 1GWCA 2D2ZA 2KOKA 2YWOA 3Q6OA 3TGZA 4JR4A 2RM6A 1SL1B 2JZTA 3KXOA 4ZB8A 2PERA 1SKSB 3E9JB 1T4YA 1JZWA 5HR2A 2WULA 4EO3A 4JBBA 2V41A 2YJHA 1WPIA 2HI7A 3OR5A 5D96A 1XOBA 2DSAA 2V2GA 3GA4A 4ZXGA 4PXOA 4I97A 5G1KA 3A5WA 3EINA 2AAWA 2LJRA 1UC7A 5IOXA 1OC9A 5COHA 1USBA 2B7JA 2N5AA 2PGTA 2X8CA 4KX4A 4OFNA 3ISOA 2GZZA 4POLA 5DQSA 1GULA 3HXSA 1SL0B 3DWVA 1K0DA 1PX7A 4TR1A 2IMEA 1TRUA 3FZ9A 3GTUA 5IO0A 2CAQA 3Q19A 2HZFA 5E59A 3N9JA 5A5KA 3F3RA 5E4WA 1R4WA 2IMIA 1EV9A 4IP1A 4PX1A 2X64A 1WJKA 3L9UA 1ILOA 2K8SA 3G7YA 5J9CA 1R5PA 5G1LA 4KCAA 2JZSA 3M3MA 4DSQA 1VF4A 1AAZA 2L4CA 4PNGA 5G5EA 4KH7A 2G0FA 2M72A 3Q18A 4WETA 2CVKA 3KP8A 1TJDA 1FHEA 2LNTA 1F37A 1ML6A 4RUVA 1J08A 1OKTA 3VWXA 1WP0A 3CSHA 2HSYA 4L8EA 1LBKA 1G0TA 3UL3A 3APQA 2KP1A 2I9HA 4HZ2A 4BVYA 1Z6NA 2LRNA 2VL2A 4RQRA 4TXOB 3KJYA 4FIWA 4Q5QA 4PQ1A 2JU5A 5D9WA 1T7PB 1CQHA 3E0UA 3LJRA 3HD5A 1XVQA 3K8NA 4FYUA 1HYUA 4ZB9A 4GSTA 1QK8A 2C3TA 4HUAA 5H5RA 4IQAA 1XWBA 6GSXA 2WFCA 2H01A 4KNDA 3KEBA 5DDLA 4MCUA 2OJLA 4PURA 4LMVA 1GSUA 2ALBA 3ZVJA 4O5RA 2GSSA 3L4NA 2H0HA 1GLPA 3L0HA 5GAPD 1FB0A 5ECMB 4IBPA 1NW2A 2BTOT 1GL8A 1YEXA 4KAEA 5ID2A 4MF6A 2J23A 5JCUA 4L5OA 5IMVA 5G5FA 3LFLA 3GX0A 1MDKA 3G7JA 4POKA 1GH2A 2HZEB 4QQ7A 1K3OA 1UA5A 1PMTA 2VM2A 3TKSA 4F0CA 2J9HA 2PWJA 4HI7A 4TRXA 3HVVA 1MDIA 2FD3A 4EE0A 3DYRA 5ABRA 2VL9A 1Y6EA 4MZBA 1A8YA 3ZL5A 4E8HA 3TJBA 2V32A 4Q5RA 4GWRA 3EU3A 5IMFA 3UBLA 3KZQA 1PD21 2AYTA 3WT2A 1Z7RA 3LYPA 5ECQB 2GSTA 1TRSA 1W4VA 3HHVA 4EKZA 5EPFA 1TP9A 1UVZA 1XBSA 2IIYA 4TR0A 3GSSA 1V98A 2GT5A 3C7MA 3FYGA 2VL3A 5J3RA 2AB6A 2LNSA 3TRXA 2P31A 5CRDA 2BMXA 4OFMA 5DJMA 5DCGA 4YAVA 1RQMA 3S9FA 1EWXA 2H74A 3HJPA 3HVXA 2VLUA 1DSBA 5LD0A 5ECOB 12GSA 5AISA 3C71A 2B5XA 1DE1A 2WRTA 4CDOA 1XXUA 2PVQA 3M9KA 1ZYQB 4JRRA 2L59A 3F4TA 1MD3A 4AJ6A 2I81A 2CV4A 1AQVA 2FWGA 2LTKA 2FY6A 2CVDA 4F9ZA 3F6FA 4TR3A 1T4ZA 1M99A 3DGQA 1EV4A 2O87A 3ZLPA 3CBUA 1KTEA 4IELA 2H0GA 1M2AA 1GSYA 2A2RA 1S3AA 4MABA 4ILFA 5GZZB 1A2MA 3VWUA 2H66A 4TXOA 2OE1A 2HXKA 3D4TA 4IQ1A 1EOHA 2VUPA 3RBTA 1X0RA 2DBCA 4GRFA 1GP1A 3VPTA 3L78A 3LG6A 4GLTA 5CRGA 2WGRA 8GSSA 3CSIA 4JU5A 2L5LA 2VLTA 1A23A 3IOSA 3PR8A 4G2EA 4K2DA 1SL2B 2RUEA 3MNGA 3KMNA 2H8LA 1ZMAA 3GN3A 4GQCA 1QXHA 3GKNA 1Q4JA 2M46A 1XFLA 4EC0A 3PGTA 1OC8A 5KN3A 5HFIA 2K18A 1TI1A 3HA9A 3PINA 3C8EA 22GSA 5KEJA 3F3QA 3U6VA 2HZEA 2P0GA 1SK0A 3QFBC 2XBIA 5IPGA 3DVXA 3TRPA 2FHEA 4O32A 3IPZA 5G2ZA 1OYJA 1XWKA 2IMKA 4CW9A 1BX9A 3GV1A 4WBJA 5D9VA 2K6VA 2FCHA 2PU9C 3QR6A 2HSHA 5HFGA 2VOCA 1PRXA 4TKYA 3GKXA 2C0EA 3VI7A 1O6JA 1U3IA 4MMMA 2B1LA 4NHZA 1X9WB 3TOUA 1NSWA 3VLNA 1XW6A 3KIJA 1KEBA 3DEXA 3IBHA 3W6GA 1B8XA 4XS6A 2C4JA 2O7KA 4NV2A 2VCTA 1EZKA 3FR9A 4J56E 2OBIA 4HOJA 5A4VA 2YWMA 4NPBA 4NHWA 5IM9A 3E3EA 2REMA 2LV3A 4EF0A 3HY2A 2YOIA 2YNXA 5JCWA 3SWLA 2DLXA 4ISDA 1E6BA 4ZL7A 4I2UA 3QAVA 4POMA 1T00A 3DD3A 1H4OA 5DJLA 5B7CA 2DJJA 4KB3A 5IMDA 4E8EA 3UMAA 3FY7A 4IP6A 2HNLA 3GKKA 1GUHA 2O85A 4PUAA 4K0GA 3IR4A 3DVWA 3DMLA 4EXJA 5AIXA 5A4UA 5F06A 4EVMA 5IQYA 1O81A 4KW6A 2O89A 1XOAA 1SKWB 4V1Ap 1X9SB 3R2QA 5DBQA 3GRXA 3GMFA 3IK7A 3ZZXA 3V1WA 4YQMA 1XWAA 4JR6A 1F3BA 1ZCPA 2CX4A 2LJKA 2DMLA 4ZB6A 3CTFA 2LEGA 4X1UA 1T3BA 3UEMA 2EC4A 3ZMKA 3EMXA 3KMOA 3HVSA 2CT6A 2F3MA 2R6KA 3VI5A 1TK8B 3HKRA 1JZDA 3ZTLA 1GSFA 5D9XA 2EIOA 5F8BA 1V9WA 4MPFA 2GTUA 5ECRB 3WGDA 1SK1A 2HYXA 1Y25A 1XZOA 1G7EA 1F3AA 1XVWA 4OO4A 2B6MA 3F4SA 2EIRA 2WJUA 5DCHA 3RHCA 4OMVA 2LQQA 1Z3EA 2WB9A 2I4AA 2VIMA 2NBSA 4WF5A 3BCIA 5F0GA 3C73A 4ECJA 5B8BA 3A2XA 3TJGA 3UVHA 4NAXA 5C04A 5B8AA 4DVCA 1KBNA 1K0CA 5ECKB 4HQSA 2GT6A 3RDWA 4WR4A 1VRSD 1YJ6A 2LUSA 1WMJA 2FWFA 4IS0A 5B6MA 1EP8A 2ON7A 1RW1A 4ZL9A 5IPHA 3LSZA 1TK0B 3H4KA 4YAPA 1QGVA 1K0MA 3F8UA 4NV5A 5INYA 5LCZA 1PX6A 1PQNA 3ZIVA 4PNFA 3BJ5A 2CVBA 3EC3A 3F6DA 14GSA 3GX8A 2H73A 4OFTA 2VL2C 1SU9A 5IMZA 2PVOC 2CAIA 3TCOA 2A2SA 2N5FA 5DVBA 3A3TA 2CA8A 2GQLA 3HYPA 4O92A 2HT9A 2NTOA 2DIZA 1OE7A 3MSZA 5EL8A 1T8EB 2H72A 2YPMA 1GSSA 1FO5A 3KH7A 2C80A 3KCMA 3P90A 1T1VA 3F63A 1PA3A 4X0XA 4F2IA 2RLIA 3L9VA 4KSMA 5FWGA 2H1AA 3WT1A 2DMMA 1SENA 1JZRA 4L5LA 2NDOA 2LS5A 3GUSA 4Q5FA 3M8NA 2VD1A 4J2FA 2YV9A 4TOPA 6GSUA 4H86A 4HZ4A 1JLWA 1URMA 4L0UA 3J7Yb 4KCEA 1ACVA 4GF0A 3GL5A 2HFDA 1FAAA 4XIHA 5ECSA 1O73A 3QAWA 3W8SA 3TKSC 1K3LA 4DSSB 2QC7A 1XPVA 3CXGA 5ECNB 4HU9A 1XCCA 2OADA 1QUWA 1LU4A 1A0FA 1G7OA 2MYGA 1IYIA 1BG5A 4LMWA 1GTIA 5DALB 5F07A 4KE3A 3H79A 1VF3A 3D21A 2FWHA 1V57A 2FA8A 5DAKB 2GLRA 4PQHA 2FNOA 4DEJA 2O8VB 4BVXA 1HNAA 4I6XA 2IWTA 1YF0A 3RPPA 3IHQA 1Q98A 4V2LA 2X8GA 4ML6A 2K9FA 4WKWA 5IMCA 3GYKA 3UIWA 3M1GA 2YJ7A 4NMUA 2JACA 1X5EA 2FLSA 1A2JA 3LXTA 4AGSA 2JZRA 5H5QA 2R2JA 2C8UA 3H8QA 2VCVA 3TJFA 4MJAA 1EOGA 1WE0A 5CP1A 1K0OA 4GCIA 4WR5A 1NM3A 1SK2A 2MBSA 2VD0A 3QFAC 2F8AA 2H1GA 2WZ9A 1S3DA 1C72A 1J0FA 3FK8A 5ENUA 2E7PA 4RQXA 4K0NA 4XHMA 1RK4A 11GSA 1BQ7A 2RIIA 2DJ3A 1Z6MA 1GSDA 3EYTA 3HZ4A 3LQ7A 1DE2A 3I9V2 4AJ8A 5G31A 1X9MB 3UBKA 4GSNA 4IVFA 1AIUA 2V6KA 2ES7A 3ZFBA 2L6DA 2IMDA 1V40A 4OCFA 1CQGA 5EVOA 4ECIA 2DJKA 1M7TA 4PGTA 3F4RA 4ML1A 4BA7A 4XTSA 2HRFA 3HJOA 1ZGNA 2OE3A 1XIYA 3TJJA 2GZYA 1A24A 1VGLA 3IAM2 3MWHA 1A8LA 4NXIA 2VO4A 2DJ2A 13GSA 2LJAA 3TKSE 3IDVA 1TRWA 2GGTA 3GKMA 1BJXA 4OWYA 1K0NA 5LNKe 3DIEA 1WIKA 1ON4A 4IJIA 4ECCA 5ELAA 2KUCA 3RPNA 2GS3A 4JZQA 3ZIJA 3LYKA 3HCZA 2H30A 3CYNA 3LWAA 3IXRA 3FRCA 1S3CA 16GSA 5J41A 1MD4A 3IAS2 3FKFA 2L5OA 1N8JA 4XRAA 2H1DA 3ZMLA 3GIXA 1B9YC 4DSSA 1K0BA 5ECHB 3P2AA 5EY6A 5L71A 3AY8A 4EL1A 2AHEA 5H5SA 3WGEA 1QQ2A 1TU7A 5DALA 3US3A 2CZ3A 4K7OA 3EU4A 3SBCA 2ZNMA 5DAKA 1F6MC 5IIZA 1QFNA 2PMTA 3UARA 2L4QA 3LORA 3RAZA 1YY7A 3FEUA 1BYEA 2LSTA 1MTCA 3ZVJD 1GSEA 3QCPA 2LQOA 3N5OA 1OVNA 4GTUA 2LKUA 2WS2A 1M0UA 1K3YA 3GH9A 2E2MA 4D73B 4I2TA 3KGKA 4OO5A 3QAGA 3FZ5A 1FVJA 3I69A 2DJ1A 4J57E 5HR0A 3QMXA 1ERWA 3D4MA 1M9BA 4N11A 5DQYA 2LRCA 2X8HA 4QL9A 2OKAA 1Z9HA 1TRVA 2V1MA 4N10A 3ERFA 2IMFA 2N5BA 17GSA 1I9DA 1BEDA 3DKSA 4ZBBA 5KN1A 20GSA 4MLYA 1ZYEA 2I1UA 3KD0A 5D93A 1ZOFA 3H1NA 2MMNA 1ERVA 2DJ0A 9GSSA 1AC1A 1U88A 4HU7A 1OE8A 4MZCA 2VM1A 3ZRDA 1W89A 3P8WA 4ECBA 2QGVA 1O8WA 2VCWA 3HJMA 4KSOA 2BJXA 2QKEA 5CRWA 1TTZA 1R5AA 2H75A 2YN1A 3NZNA 1IYHA 3O6TA 4F0BA 2VLVA 5D73A 1AQWA 5KN2A 1F9MA 2HE3A 2H6YA 5ECLB 2HLSA 4Q5NA 3IRAA 2H0IA 5IOWA 2H71A 3FZAA 3KH9A 2IL3A 2V6OA 3FHKA 3Q74A 3NOFA 5G30A 1SJ6A 2JADA 4HQZA 1X5CA 1OC3A 3GHAA 3D0ZA 1B4PA 2F51A 4HJMA 1TI3A 4V2NA 2AV4A 1N2AA 1TDIA 2MZCA 18GSA 1JFUA 4HJ2A 2C0DA 1Z5YE 4GSSA 1VF2A 3TUEA 1M2BA 3VK9A 4AJ7A 2B1KA 1B9XC 5CO3A 3M9JA 2IFQB 2MMZA 4ZBDA 3GNJA 2OBKA 3CMIA 2FA4A 2AJQB 3TRQA 2R3XA 1HNCA 1XW9A 3EMPA 1GLQA 4LL4B 1PN9A 1MDJA 3ZFLA 4O7HA 1DUGA 4XS4B 4F03A 3D5JA 3ZYWA 1TW9A 3MAKA 1FG4A 1WWJA 2OACA 3QPMA 2MMAA 4MPGA 4MJCA 4K6XA 3ERWA 1H75A 4EDZA 2L57A 1MEKA 3IV4A 5GAND 1YZXA 2VAFA 2YANA 2TRXA 2B5YA 1U6TA 4AF2A 1AW9A 3VWWA 1SYRA 2GQMA 2R37A 4TN8A 2TIRA 4K8MA 4TW5A 5J9BA 5A4WA 2NVLA 2PN8A 4MF5A 19GSA 4D73A 2GQKA 2B5EA 1PL1A 3APOA 4IGJA 3PH9A 5GSTA 2R5GA 1A2LA 3A2WA 5GSSA 2YWNA 2OA7A 3CTGA 3EE2A 5CYYA 3IA1A 4RI6A 2IN3A 3GURA 1U87A 4ZILA 2H19A 2B3SA 1PKZA 3C1SA 3WD6A 3WGXA 3FR3A 1F2EA 3CRUA 2VCXA 3HDCA 2Z9SA 3D22A 3W8JA 4V1Ag 4N0ZA 4P3YB 1GUMA 1HQOA 1GNEA 4HEA2 4I8BA 2YWIA 4F82A 4LLRA 1A0RP 4POBA 4GXZA 3TJKA 2FGXA 4K7NA 4FYCA 1TU8A 3EURA 3ED3A 4X43A 1I5GA 2B7KA 2GDRA 1YKCA 1PKWA 1JLVA 2A4VA 10GSA 4HS1A 4XCSA 2H70A 4XRDA 3FR6A 4KDUA 1G6YA 2YZUA 4BWSA 4YQUA 3QOUA 4G19A 1ABAA 1YQ1A 2C3QA 2GSQA 5J4UA 3BOAA 2CZ2A 6GSWA 2E0QA 1GTUA 1AUCA 2E2GA 2YP6A 2C0GA 3IC4A 5AIVA 3GFKA 4IW9A 3NIVA 2IFQA 3TOTA 1FB6A 3MDKA 3UVTA 1O8XA 2H6XA 3QD9A 2C1YA 1GUKA 1B4QA 3G7IA 3P7XA 4MP4A 5AGYA 4BL7A 3F0IA 1THXA 3IK9A 1VF1A 1WRYA 2H1BA 1EGRA 2WCIA 4XS4A 4KDXA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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