3DMLA

Crystal structure of the periplasmic thioredoxin soxs from paracoccus pantotrophus (reduced form)
Total Genus 22
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
22
sequence length
95
structure length
95
Chain Sequence
ELRLLMFEQPGCLYCARWDAEIAPQYPLTDEGRAAPVQRLQMRDPLPPGLELARPVTFTPTFVLMAGDVESGRLEGYPGEDFFWPMLARLIGQAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the periplasmic thioredoxin SoxS from Paracoccus pantotrophus indicates a dual Trx/Grx functionality for activation of chemotrophic sulfur oxidation in vivo
rcsb
molecule keywords Putative uncharacterized protein
molecule tags Oxidoreductase
source organism Paracoccus denitrificans
total genus 22
structure length 95
sequence length 95
ec nomenclature ec 1.8.4.-:
pdb deposition date 2008-07-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3dmlA00
2CT6A 3ZITA 1PGTA 2PVQA 4PUAA 3IOSA 4V1Ag 1B4QA 5ECPB 1TU8A 5DAKA 1M2DA 4PNFA 2C3QA 3DIEA 1PN9A 4O92A 1ILOA 1VF2A 1YKAA 3EYTA 4X43A 3O6TA 5IPGA 1HD2A 5JWOB 1TRSA 1Q98A 1XWKA 5AISA 3EMPA 3A2WA 4X0XA 5ECIB 3BOAA 3LORA 1R26A 1RK4A 4XS6A 2JADA 1N2AA 3IHQA 1FHEA 2QSIA 3IDVA 4HU7A 4JR4A 1O73A 1X5CA 3LGCA 5B6MA 4V2NA 3Q19A 1GTIA 6GSVA 5J41A 2P5QA 4K7OA 1B9YC 5HFIA 2N5FA 5J3RA 2WJUA 2MBSA 1ERUA 2E2GA 3GRXA 2HRFA 4F0CA 2YN1A 5IMDA 1TK8B 1E6BA 2B6MA 2RM5A 1AQWA 1XPVA 2AB6A 2C0EA 4EF0A 4ZL9A 5JWQB 2ZNMA 4LMVA 4MZWA 3F3RA 2ON5A 4JU5A 3QCPA 5DAKB 2LQQA 20GSA 4NXIA 4GSNA 2H0IA 2F8AA 2GDRA 1GLPA 2NPBA 4XS4A 4AF2A 3KZQA 1YKCA 1A8LA 3I9V2 4JEDA 4ZILA 3C1RA 2RIIA 2GZZA 2C0FA 1R4WA 4L5LA 1T4YA 2LSTA 4HQSA 4OWYA 3MAKA 4HU9A 2PVOC 4KCAA 4NWYA 3VWUA 3NOFA 3HJMA 1ABAA 3VLNA 3W8JA 1RQMA 2FUG2 2C3NA 2WCIA 1A2JA 2H6ZA 1PMTA 5DCGA 4DSRA 1I5GA 2H71A 1JZWA 3UOMA 2IMKA 1J9BA 3VURA 1OE7A 5AIXA 10GSA 4MZBA 1HYUA 3TKQA 4FIWA 4G10A 2LRNA 3F4TA 3HVSA 2XPDA 4XS4B 2LJKA 3SBCA 3HJOA 5ELAA 1DSBA 3GSTA 1QXHA 2VCXA 1EV4A 2VD0A 1M2BA 1M9BA 5DJMA 4NHZA 2CQ9A 2FLSA 2I3YA 1PX6A 1K3LA 2LJRA 1G6YA 3BCIA 4KSMA 5CRGA 3TOTA 1OAZA 1GL8A 2I4AA 1E2YA 4KE3A 2YWOA 1TTZA 3W8SA 1R5PA 4OFNA 3RAZA 2O7KA 2X8GA 3VI7A 1LBKA 4TR1A 2QGVA 5JWRB 3NZNA 4MJAA 3HVXA 5JCUA 1MDKA 1M0UA 4ML1A 2R2JA 1QFNA 3FKFA 12GSA 1G0TA 2OA7A 3ZZXA 5FT3A 4EDYA 4MA9A 1FW1A 4KX4A 4DSSA 2MZCA 1BQ7A 1GLQA 4KDUA 2C80A 3UEMA 3PGTA 4RI7A 3U5RE 1K0CA 1Y25A 2HYXA 4MJCA 4QL7A 2PN8A 1X9WB 1NM3A 2VL2A 3QAWA 3MSZA 1VF3A 2WRTA 4MH2A 2FGXA 5EL8A 4KDXA 2XC2A 3F9UA 3MDKA 3KH9A 5LNKe 4D73B 3QAGA 3QMXA 2KP1A 6GSUA 2PMTA 3FEUA 4TR1B 1X9SB 1O7UA 3TKSE 4IGJA 3FY7A 1GTUA 4AJ8A 1Z9HA 5DQSA 3LFLA 4IS0A 4ZB8A 1PKZA 3GHAA 4DSSB 3E3EA 2GZPA 1ACVA 1HQOA 3VWXA 4TN8A 1A23A 3KM6A 3H1NA 2VUPA 3LG6A 2VL2C 2WGRA 4N0ZA 1I9DA 1W4VA 3ZTLA 1EGRA 4POMA 1WIKA 8GSSA 1VF4A 5ECNB 4ECBA 2I1UA 4MH3A 1R5AA 3FRCA 1YDKA 5D9XA 4NV5A 2G0FA 4GQCA 2GS3A 2GZYA 1JZOA 5D9VA 1U3AA 3C73A 5GSTA 2KUCA 1QMVA 1K0AA 1KEBA 1ML6A 2DJ1A 2H1DA 3IBHA 5DQYA 4TR4A 1CQHA 3A2VA 1WOUA 2GQKA 3G9BA 3IXRA 3VFIA 2OACA 3TJJA 3CRUA 5AIVA 4MDCA 4N30A 2VL9A 5HR1A 3O76A 3GV1A 3M8NA 2ES7A 3CSJA 1TU7A 3GX8A 4K2DA 2R37A 3KMNA 2AV4A 4POKA 5A5KA 4GLTA 2PERA 4GRFA 1EV9A 1WPIA 1ON4A 2A2RA 2HFDA 3G7IA 5D73A 5IMZA 4BPYA 3FHKA 1O6JA 4PQIA 2GQLA 2AYTA 2CX3A 3GKXA 3QOUA 1OE8A 2IFQA 1WE0A 3RBTA 1TJDA 4KDYA 5IO0A 2VO4A 1GTBA 1OC9B 1QK8A 2OE1A 5IMCA 4FYUA 2C0GA 2K18A 3K8NA 4ML6A 5B7CA 4JBBA 2MMNA 2P31A 2VD1A 3OR5A 2V1MA 3CTGA 2AUVA 1SD8A 1JLVA 3HXSA 1WP0A 2YWNA 3TDGA 2KP2A 2I9HA 3ZMLA 4ZBBA 2HZEA 4OFTA 4N0VA 4EE0A 2EC4A 1OKTA 2DIYA 3RHCA 3ZL5A 1FO5A 4QQ7A 5HFKA 3F3QA 1AXDA 1XW6A 1A8YA 2IFQB 5CO3A 1EEJA 2JZTA 1SYRA 5F0GA 1X5DA 2H6XA 4I5QA 2LRCA 1YZXA 3N9JA 1SK0A 2Z9SA 1TP9A 2KOKA 3CBUA 4K6XA 2L5LA 4K0GA 1B48A 1TK5B 1V57A 5IIZA 1A0RP 3C7MA 5ID2B 2JZRA 4X1UA 2OE0A 3CRTA 3EE2A 3BCKA 4MJEA 3EMXA 1T3BA 2VCWA 3EVIA 3D0ZA 3ZLPA 4MLYA 4F2IA 2HZEB 2B7JA 1ST9A 3D4TA 1T1VA 4F9ZA 2BTOT 2GSTA 2GSRA 2GT5A 1ZMAA 3QDNA 1TRUA 2J9HA 2E2MA 6GSSA 1XOAA 2L59A 2MMAA 3IAS2 3ERFA 3Q18A 4IN0A 2JZSA 3H4KA 2WULA 1YEXA 3PINA 2L4CA 2FA4A 2CVBA 1F37A 1Z7PA 2FWHA 4YQUA 2MBTA 1DE1A 1ERVA 3F6DA 4NMUA 1F6MC 5D9WA 3D6IA 2IMIA 1MD3A 3KH7A 4MK3A 5J4UA 5A4VA 2YCDA 1SU9A 1AC1A 2OBKA 2IMFA 5EY6A 4J2FA 1AAZA 1USBA 3SWLA 1ERTA 3F8UA 2RLIA 4ZL7A 1B9XC 1H4OA 2DJ3A 5H5RA 4L0UA 4FYBA 1U87A 3C8EA 1PL1A 1Z5YE 5HR3A 4LL1B 1TW9A 1MD4A 3Q6OA 2PGTA 5AN1A 4Q5FA 4HUAA 3PR8A 1JZRA 2L5OA 2YWMA 1X0RA 4HJ2A 2X99A 2PPTA 5CREA 11GSA 1IYIA 3KP8A 17GSA 4IVFA 2YOIA 3KEBA 1DE2A 1WMJA 3LYKA 5CYYA 3F0IA 2YV7A 5ECOB 3UVTA 1G7OA 4J57E 2H0HA 1Z6MA 3QFAC 2FWGA 2FA8A 2RUEA 4EXJA 1K0MA 2OBIA 1U88A 3APOA 3KP9A 1K3OA 1SL2B 1PSQA 1J08A 1S3CA 5KN2A 4TOPA 5C00A 4IELA 1GNEA 1G7EA 4XIHA 5IQYA 1Z3EA 4EUYA 3UVHA 4G19A 4OO5A 2CA8A 4POBA 3LXTA 3FR3A 3CTFA 1XBSA 3TRPA 1GRXA 2CAQA 3WT1A 2R4VA 2B7KA 2J23A 1UN2A 1SENA 7GSSA 1ERWA 2C1YA 2PWJA 2H74A 5F06A 5HQPA 3M1GA 1YEPA 1XWBA 2WS2A 1BX9A 2AHEA 4ECCA 2DJ0A 5GAPD 1EP7A 2CX4A 1OC3A 2DJKA 2IWTA 4PGTA 4J56E 2HI7A 3EINA 2VLTA 4IKHA 4KA0A 1GSDA 2OKAA 4F82A 3GIXA 1GSSA 1SD9A 1XW5A 1BYEA 1GWCA 2B5YA 1EZKA 3WYWA 4CDOA 2FNOA 2YZUA 4N10A 3GL3A 2P5RA 5COHA 1V58A 1VRSD 4ZB6A 3GUSA 1NSWA 1XWAA 5ECLB 2RUFA 4RQRA 4HQZA 3ED3A 3KD0A 1KTEA 3VI5A 3GKNA 1PRXA 2L6CA 2VIMA 3BJ5A 1TI1A 3MNGA 2K8VA 3KTLA 5CRDA 3R2QA 4XCSA 4HJMA 2FWEA 1EEMA 1ZYQB 2IL3A 2IPAA 4I6XA 2DBCA 2PBJA 5HR0A 4E8EA 4ECJA 4PX1A 4DSQA 4F0BA 2H1GA 1WRYA 5GZZB 2HRNA 22GSA 4BVXA 1V9WA 2LNSA 1XCCA 2GSSA 2JACA 1FB6A 2YPMA 4KCEA 2R3XA 1H75A 3AY8A 3KXOA 3LWAA 2V2GA 4H86A 5LD0A 1V40A 4Q5QA 3EURA 4E8HA 3LEFA 4CHSA 3P8WA 2O8VB 4XS1A 4BL7A 3HKRA 3KGKA 4HOJA 4Z7XA 2KLXA 4AJ6A 1TI3A 4OFMA 5D8IA 4K7NA 1THXA 1S3DA 2OADA 1HNCA 4F03A 4V2LA 4GSTA 4EC0A 3UIWA 2VCVA 4MF7A 1SKSB 13GSA 3TJGA 2B5EA 1FG4A 4BWQA 1XVWA 3IC4A 5G5FA 1K0NA 2YJHA 4K9ZA 3FZ4A 3TGZA 4TXVA 1AIUA 5ELGA 2EIRA 3FK8A 5AGYA 3ZMKA 1TKDB 4BVYA 1G6WA 2V32A 3ME7A 4MPGA 1MTCA 1T4ZA 4EKZA 2L4QA 5FHIA 4KW6A 3PH9A 5IMFA 4K7IA 3GTUA 1TRWA 5IM9A 4LLRA 3TRXA 3ZIVA 1RW1A 3F4RA 3IK7A 4TW5A 1ZCPA 4JZQA 3TKRA 4KH7A 2F9SA 3IR4A 5DCHA 2L57A 1C72A 3G7YA 3ME8A 4CW9A 1GNWA 1XFLA 5G2ZA 3QR6A 1TRVA 1R7HA 3RHBA 1BJXA 4KAEA 1EP8A 5D9TA 5CNWA 1PKWA 4ZL8A 2N5BA 2JL4A 5B8AA 2K9FA 1LU4A 4MF5A 5G1KA 3WGEA 4EL1A 3IRAA 4G9HA 2LUSA 2LEGA 1W89A 2VCQA 1ZYEA 1GSQA 4PURA 5J9CA 1S3AA 2ALBA 1O85A 4HEA2 3ZVJD 5DJLA 3KJYA 3US3A 5DALA 1XVQA 2P0GA 3GFKA 1J0FA 5ENUA 3S9FA 1FAAA 3L9VA 4WBJA 2K6VA 2I81A 4DEJA 3GTUB 1GULA 1PA3A 2IMDA 3D4MA 2H73A 3RDWA 3J7Yk 2M72A 2HSYA 1HNBA 2A4VA 3GSSA 3DEXA 1U6TA 5HR2A 3TRQA 2E0QA 3TJFA 4TR0A 2YZHA 4L8EA 4I97A 3MWHA 1AQXA 5D93A 3FR6A 2YP6A 4ZBDA 2TIRA 1A24A 2EIQA 3L4NA 2GSQA 4WETA 1SL0B 3EU3A 1GSFA 2LNTA 2GLRA 4YAPA 2V6KA 1FB0A 2DIZA 3TKPA 4MPFA 1WWJA 4JRRA 5F07A 2VM2A 3UBKA 2HNLA 2H1BA 3DMLA 5DALB 2F8FA 2GT6A 2RM6A 1NHYA 1Y6EA 5KEJA 3P90A 2BJXA 3LQ7A 2LRTA 3IE3A 1UA5A 5DDLA 3F4SA 4G2EA 5ECSA 3C71A 2VCZA 2LTKA 4V2MA 4V1Ap 1XIYA 3GL5A 5C04A 3UL3A 2G2QA 16GSA 1XWGA 1PL2A 2H75A 4IP1A 4KNDA 4HZ2A 4DVCA 3FW2A 5H5QA 1QGVA 1XW9A 4WR5A 3IAM2 3CMIA 3C1SA 3UJ1A 1GSEA 2HLSA 3FYGA 9GSSA 2XBQA 5JCGA 1ZL9A 4MZCA 4KB3A 2ZCTA 4NHWA 2H70A 2FY6A 5GSSA 2AAWA 4KGIA 3EC3A 3GN3A 4IHUA 3A3TA 1ZZYA 1JLWA 1VF1A 3LJRA 2VLUA 3L9SA 5G1LA 1A0FA 2BMXA 2KHPA 2GVPA 4I2UA 5JCWA 5CP1A 4RQXA 4JE1A 2H30A 2A2SA 1TOFA 3DYRA 3QAVA 4OD7A 4Q5RA 2C0DA 3WGXA 2MMZA 4EDZA 1Z6NA 4WBRD 2ZUPA 5ECMB 1XZOA 1SYXA 2DC5A 6GSWA 6GSTA 4LMWA 3QPMA 2LKUA 2DJJA 4TRXA 3NIVA 1B4PA 6GSXA 4EVMA 3M9JA 1K0DA 2DMLA 2HE3A 4TXOA 3M9KA 4XTSA 4PQHA 5DVBA 1A2MA 3RPNA 19GSA 5EPFA 5G30A 1SKRB 1AQVA 3APSA 4YQMA 5KN0A 2DLXA 1TK0B 3IV4A 2XBIA 3JCML 4PUFC 2VM1A 3O3TA 4ID0A 3G7JA 1CQGA 3F63A 4QL9A 2OE3A 4XRAA 1T00A 1YF0A 4GWRA 1O8XA 2DMMA 4L5OA 2YV9A 5J5NA 3KCMA 3HA9A 3UMAA 1GUMA 3L9UA 3HD5A 4WF4A 3GH9A 2HSHA 3TOUA 2H66A 5B6NA 1URMA 3GA4A 1NHOA 4MJBA 4RUVA 1SJIA 1THOA 3WGDA 1XXUA 4GQFA 2XPEA 5E59A 1EGOA 4OMVA 2LQOA 1QUWA 1GP1A 4YQVA 1SL1B 1Q4JA 3DKSA 5INYA 4WEYA 3LSZA 4TXOB 2ON7A 2LJAA 4KSOA 5CRWA 6GSYA 2CVDA 1GH2A 1M2AA 3HDCA 3VPTA 2VLVA 2DSAA 4I2TA 4K1FA 4ACSA 4ZBAA 2VCTA 4XRDA 5A4UA 2FHEA 4POLA 3FZAA 4KUNA 3ZREA 1M7TA 3KTBA 1AW9A 1TXXA 4IQAA 2H19A 1N8JA 1GSYA 5G31A 4AGSA 4P3YB 2REMA 1U3IA 3GNJA 2H72A 5KN1A 3HHVA 1A2LA 3D22A 4ULXA 5D96A 2LV3A 3TJKA 1BG5A 3LXZA 5GAND 2GTUA 3J7Yb 2AJQB 4L0WA 2PUKC 3E0UA 2YJ7A 1BAYA 2C4JA 3DVWA 5ECHB 1VGLA 3GMFA 4MMMA 1YY7A 3LYPA 2LS5A 3W6GA 3KMOA 4NV2A 5J9BA 3KIJA 2O89A 5ECQB 1K0BA 1X5EA 4PNGA 2QKEA 4LA1A 2R6KA 3FR9A 1TDIA 3I43A 2HT9A 3TUEA 3TCOA 4D73A 2NTOA 4K0NA 1V2AA 2DJ2A 2FCHA 4ISDA 5IMVA 3ZRDA 4IBPA 2F3MA 2NBSA 3TJBA 2XHFA 5H5SA 3EU4A 1GSUA 3HZ4A 2NDOA 4GF0A 3A2XA 1IYHA 4IQ1A 1SK1A 3DXBA 2E7PA 2IIYA 2CV4A 4TVEA 5E4WA 3HJPA 1JFUA 3VWVA 2L6DA 3V1WA 3FZ9A 1ZOFA 3P7XA 1AUCA 3TKSA 5IOWA 4EO3A 4ZB9A 1PQNA 2F51A 2JSYA 1DUGA 3I69A 2V41A 1K3YA 4IP6A 2WDUA 3EWLA 4NPBA 1XOBA 5KN3A 2M46A 1NW2A 4JR6A 1K0OA 2K8SA 2GQMA 3DVXA 4MCUA 2VOCA 2IN3A 3GH6A 3GKMA 4O5RA 1XWCA 3UAPA 2QC7A 3VWWA 2JSZA 1X9MB 1UC7A 3HCZA 1BEDA 3TKSC 5L71A 2X8HA 5ECRB 1M99A 1OVNA 3H79A 1F9MA 3M3MA 3GYKA 1UVZA 2X8CA 3I6AA 4K8MA 2N5AA 2H76A 5EVOA 1MEKA 1YJ6A 1GUKA 1T8EB 2HZFA 2MMOA 1MDJA 3ZIJA 3ERWA 3L78A 2CZ3A 4WF5A 2B3SA 5F05A 4ZXGA 3ERGA 3ISOA 2C8UA 2O87A 3DGQA 1KNGA 3TB2A 4PQ1A 1HNAA 5LCZA 3UARA 4NAXA 2GGTA 1OC9A 3P2AA 1O8WA 3ZYWA 4WKWA 4MF6A 3U6VA 3ZFBA 1V98A 2YNXA 3N5OA 4IJIA 1MDIA 3H8QA 4FH8A 3IA1A 1YQ1A 2H0GA 3CYNA 1OYJA 4OCFA 4O7HA 2CAIA 4OO4A 3HZ8A 3HYPA 3APQA 4XHMA 2H1AA 1FVKA 1T7PB 5F8BA 1JHBA 4RI6A 1Z7RA 4ECIA 4MABA 2O85A 5B8BA 3F6FA 2WFCA 2R5GA 3DRNA 4YAVA 2TRXA 3D21A 5IPHA 3ZFLA 3BD2A 3E9JB 2B5XA 2EIOA 3CSHA 4AJ7A 2YWIA 5IO2A 1EOGA 1O81A 3CSIA 2B1KA 18GSA 2OJLA 3IPZA 5A4WA 3IK9A 4I8BA 2VAFA 4HDEA 3Q74A 4GTUA 4FO5A 1OC8A 3UBLA 3QFBC 3QD9A 3RPPA 2JU5A 5IOXA 3DD3A 5ECKB 1SK2A 1GUHA 2IJYA 4O32A 4ZIJA 1EOHA 4FYCA 4OCEA 4Q5NA 1F3BA 1PD21 5ID2A 2H8LA 4WXTA 5G5EA 1FOVA 4BWSA 2NVLA 3GKKA 1WJKA 5CAXA 3VPQA 4ILFA 3L0HA 2V6OA 1F2EA 1KBNA 2MYGA 4GXZA 5ABRA 1QQ2A 2CZ2A 2IMEA 2M80A 1B8XA 1JZDA 1SJZA 4TR3A 4YH2A 5DBQA 2D2ZA 4MP4A 4TKYA 4GCIA 3A5WA 14GSA 4BA7A 3H93A 5IMAA 2B1LA 5HFGA 2X64A 1SKWB 3HY2A 1OKDA 3BBYA 1M9AA 1EWXA 2H01A 4LL4B 1SJ6A 1ZGNA 1YF1A 2FWFA 3GURA 4GSSA 3D5JA 3M0FA 1LJRA 1PX7A 5FWGA 3VK9A 2YANA 3CXGA 4HZ4A 4HS1A 2VL3A 3HVVA 2HXKA 2TRCP 1DBYA 2FD3A 4IJ3A 1FVJA 5CRHA 4HI7A 2WB9A 3FZ5A 3ZVJA 3WT2A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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