3DMLA

Crystal structure of the periplasmic thioredoxin soxs from paracoccus pantotrophus (reduced form)
Total Genus 22
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
22
sequence length
95
structure length
95
Chain Sequence
ELRLLMFEQPGCLYCARWDAEIAPQYPLTDEGRAAPVQRLQMRDPLPPGLELARPVTFTPTFVLMAGDVESGRLEGYPGEDFFWPMLARLIGQAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the periplasmic thioredoxin SoxS from Paracoccus pantotrophus indicates a dual Trx/Grx functionality for activation of chemotrophic sulfur oxidation in vivo
rcsb
molecule keywords Putative uncharacterized protein
molecule tags Oxidoreductase
source organism Paracoccus denitrificans
total genus 22
structure length 95
sequence length 95
ec nomenclature ec 1.8.4.-:
pdb deposition date 2008-07-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3dmlA00
4D73A 2CVBA 2YPMA 1GSUA 1TW9A 4ILFA 3ZFBA 5CRDA 1EWXA 3A2VA 3QFBC 2IWTA 3EYTA 4QL9A 5G2ZA 4N10A 3Q74A 2OA7A 4IVFA 2GZYA 3RPNA 3MDKA 1XW6A 2HSYA 3F4RA 1PKWA 1A0RP 3HYPA 5IPGA 3Q6OA 4FYUA 10GSA 1TDIA 4PURA 3E9JB 4Q5NA 4AGSA 1A8YA 4YQUA 3U5RE 5CO3A 5HFIA 2N5AA 3TJGA 2C0DA 3LFLA 5ENUA 3DWVA 1F37A 2GT6A 5IMCA 4O7HA 2WDUA 5ECHB 2MZCA 2B1LA 2E2MA 2I3YA 1BG5A 3IBHA 3EC3A 4N0ZA 1J9BA 4KB3A 2MBSA 4GSNA 3Q18A 5D96A 1OC9B 3CSJA 5IIZA 4TW5A 5AIVA 2I81A 3QAGA 3FR6A 5CRHA 1M2BA 1VF4A 1SD8A 2CVDA 1A8LA 4HZ4A 2H01A 3UAPA 1IYIA 1ZGNA 3GSSA 3N5OA 1O7UA 2KLXA 2ZUPA 5ECRB 1CQHA 2VOCA 1T4ZA 2GSTA 1BEDA 4YQVA 1XZOA 2B7KA 4FO5A 1V58A 4F2IA 5D93A 1K0MA 3NIVA 4BWSA 2L6CA 2LS5A 6GSWA 2L4CA 2GQMA 2GSRA 1K0CA 4IKHA 5AGYA 4AJ6A 2HRFA 4LL1B 1WOUA 2LSTA 3V1WA 2YWOA 2HNLA 1Q4JA 1SKRB 1YF0A 3C8EA 1F3AA 1M7TA 3TUEA 2HRNA 3BBYA 4YAPA 4ZXGA 2DMLA 4D73B 1H4OA 3F4SA 3VI7A 1EOHA 1WJKA 1J08A 4PUAA 3HY2A 5JCWA 2YN1A 4EUYA 11GSA 3LWAA 4MF7A 1N2AA 5ELGA 4HJMA 1WE0A 4X0XA 2DIYA 1QGVA 5G5FA 5C04A 1B48A 3LG6A 3QCPA 3WYWA 2O89A 2YNXA 2IPAA 1O8XA 2OJLA 4OCEA 2R3XA 1GUHA 3IHQA 2IMKA 1M2AA 1UC7A 1JLVA 3LXTA 7GSSA 3LQ7A 4KA0A 6GSTA 2EIRA 4MF6A 8GSSA 2XHFA 4MK3A 4EC0A 1K3LA 3A3TA 2NTOA 2H70A 4JR4A 1FVKA 1B8XA 2EIOA 3M9KA 4IGJA 3TGZA 4F0BA 1U88A 2MMZA 1UA5A 4K0GA 5D9XA 4EF0A 2X8CA 5DJMA 2GS3A 5J9BA 4GRFA 5COHA 3HVSA 4NHZA 4POBA 5CNWA 2WFCA 3VPTA 4DSQA 4FYBA 2B1KA 4AJ7A 2C3TA 5JCUA 3LYKA 1GSQA 4I2UA 1AXDA 4EDYA 2I1UA 1MDKA 5B7CA 2AB6A 1JZWA 4RQRA 1Y6EA 2H71A 1V98A 1F3BA 1MDJA 1JZDA 2CX4A 1XBSA 4G2EA 2O87A 1Y25A 3ZVJA 1TK5B 3VPQA 3HCZA 4PXOA 3D5JA 4G9HA 5KN3A 3BCKA 1ZZYA 1ZL9A 4K2DA 4TR3A 1G0TA 2LJRA 3KGKA 2RIIA 4ECJA 4MPFA 4XCSA 2FGXA 3QFAC 3EVIA 2WCIA 3CRTA 2GDRA 2YV9A 1E6BA 4POKA 2K9FA 3QOUA 3C1SA 2XBIA 3TKQA 2LRNA 2YV7A 4BVYA 5DCGA 3GH9A 3O3TA 2VL2C 1T1VA 5AISA 3J7Yb 3LJRA 1HQOA 3L78A 3EMXA 2EC4A 3JCML 3TKSA 1SK2A 2L57A 3PGTA 4HS1A 2M46A 1M9BA 2O85A 4KDUA 3GRXA 5D9VA 4WF5A 5DAKB 2H30A 1SU9A 2VL3A 1OKTA 4NHWA 5JCGA 4TRXA 3LXZA 3D0ZA 4GF0A 4TVEA 2I4AA 2YANA 3DGQA 4KNDA 2H1GA 2V2GA 3Q19A 1V2AA 1XVWA 4I5QA 5ID2A 3IXRA 1PQNA 3DKSA 2VUPA 1EV9A 1ILOA 1GUKA 3C1RA 1T4YA 4V1Ag 4QQ7A 2PN8A 4HI7A 4YH2A 3UEMA 4FYCA 1A24A 1TP9A 1XWAA 3TKPA 1YKAA 5F07A 2B6MA 3EMPA 3C7MA 3GKXA 1GSYA 1JFUA 3VK9A 1OC3A 3GL5A 14GSA 3NOFA 5HFKA 2LJKA 4LMWA 1YZXA 2J23A 1A23A 4MA9A 4DSSA 2H72A 5GAND 2L5LA 1GL8A 3H4KA 1EP8A 2IJYA 4HEA2 3DD3A 1TRSA 2V41A 1K0BA 2CA8A 5IMFA 2YP6A 3KMOA 2K8SA 4GTUA 4HZ2A 4OO4A 1PRXA 2M80A 2VCZA 1AQWA 2VLVA 2D2ZA 1FW1A 4WKWA 2YWMA 5E59A 5B8BA 2JADA 3IA1A 5DQSA 1GULA 3IR4A 4EXJA 2H75A 2KUCA 3F8UA 1FO5A 2LRCA 2FA4A 1W89A 2MMNA 1SL1B 2BJXA 2H66A 2LJAA 3UARA 2C3NA 5GSSA 3UIWA 4TR0A 3ZZXA 1Z6MA 1EZKA 1ZYEA 5J41A 1K0OA 4POMA 3ZRDA 1TU7A 1PA3A 1EEJA 3I43A 1G7OA 4K7IA 3DVWA 4WBJA 4CW9A 2H6ZA 1TTZA 1XWGA 3M1GA 4ULXA 5ID2B 3L9VA 4JEDA 5HQPA 5IOWA 2H0IA 1V9WA 3FRCA 3ZFLA 2R4VA 3GKKA 4YQMA 3E3EA 2DJ2A 1S3AA 2E0QA 4J56E 1YEPA 2K8VA 3GNJA 3GKMA 3GURA 1JZRA 4ZL9A 3A5WA 2H6XA 5D8IA 1SL0B 5HFGA 2XPEA 4V2LA 1YY7A 2DBCA 3PH9A 4KH7A 2BMXA 4K9ZA 3GX0A 3GIXA 3FZAA 2AUVA 4WXTA 2F8FA 1PN9A 1THOA 2IFQB 3G7YA 3ME7A 3KXOA 3P7XA 4KSOA 4DSSB 4HU9A 2FHEA 4ML1A 1FOVA 3HKRA 2C1YA 1DE2A 1UN2A 3L4NA 4ECCA 3HDCA 2AJQB 2BTOT 2JSZA 4EE0A 2JL4A 1XOBA 2YJHA 4ZBAA 2DJ3A 3ERGA 2CX3A 3CRUA 3GHAA 4TKYA 3FK8A 1V40A 5GZZB 3HZ8A 1O73A 3UBLA 4O32A 4MPGA 3WGDA 2C80A 3BOAA 3HZ4A 1EP7A 1T7PB 4KE3A 3TOUA 4N11A 1X9MB 3TB2A 3F6DA 2GZZA 2V32A 3GSTA 3IRAA 4HOJA 1ERVA 1O6JA 4TXVA 3RHCA 4K7NA 3LYPA 3SWLA 1M0UA 2KOKA 2O7KA 2PVQA 2FUG2 3BCIA 4ZBBA 4LA1A 3M0FA 1AQVA 2FY6A 1PX7A 1B9YC 4GQFA 1DE1A 3AY8A 2IMDA 3FZ5A 4FH8A 4KW6A 2A2RA 5A4WA 5GSTA 3L9SA 1PL1A 2FCHA 4MZBA 1YKCA 3CTFA 4IHUA 4Z7XA 1GRXA 1Q98A 1R5AA 3UOMA 1Z3EA 2MMOA 2F3MA 4X43A 3I69A 3GUSA 4QL7A 2C0EA 2GGTA 3TRPA 3KJYA 2WULA 4IQAA 4GWRA 3DRNA 17GSA 4BPYA 1AC1A 4KAEA 1MEKA 2DJKA 4GSTA 4MJBA 2LV3A 3RAZA 1O85A 1SKSB 3P2AA 2Z9SA 5B6MA 5ECKB 5GAPD 4I2TA 2CZ2A 4EO3A 2K18A 2P0GA 5AIXA 1VF2A 5JWQB 3FYGA 6GSVA 3KZQA 1TKDB 4O92A 4ZILA 3DXBA 3MNGA 3TJBA 2L5OA 1VRSD 3QMXA 4PQ1A 2LTKA 3H8QA 5ABRA 2PVOC 1YJ6A 3A2WA 2JZRA 3ED3A 1QMVA 4L0UA 4PQHA 2FNOA 3GL3A 3L0HA 4IBPA 5CYYA 1B4PA 2H0GA 4WEYA 5A5KA 1TXXA 2DSAA 5DAKA 4JBBA 3W6GA 5IMDA 3DMLA 4BA7A 2CT6A 2LKUA 1GTUA 3APSA 2OBIA 2OE0A 2DJ1A 2AAWA 2VLTA 5B8AA 2HFDA 3WD6A 5IMAA 4JRRA 1GWCA 1K0AA 4WR4A 2VCQA 5B6NA 1O8WA 1W4VA 2LUSA 4KDXA 4IW9A 3CTGA 1GP1A 3ZYWA 3TKRA 2WGRA 4L0WA 4EL1A 3TRXA 3QR6A 2CZ3A 1RW1A 1XW5A 3ZLPA 5H5QA 4ID0A 3KP9A 1X5CA 4MJAA 2AYTA 1X9WB 4J57E 1K3YA 4KDYA 4OFNA 3CSIA 3TDGA 3M9JA 5DQYA 3PINA 1G6YA 2CVKA 3LEFA 5IQYA 1U87A 2IMIA 4WBRD 2ZCTA 4PUFC 2GLRA 1F2EA 2C4JA 1HNCA 3UMAA 4ZIJA 4WR5A 1JZOA 5HR3A 4IN0A 1J0FA 3H1NA 4JZQA 1EGRA 1TJDA 1MD3A 4I6XA 3MAKA 3F9UA 5EY6A 3VWXA 1UVZA 5H5SA 3ZVJD 5A4UA 1BX9A 1YDKA 22GSA 1ON4A 3RPPA 2WS2A 1TI1A 2C0FA 3VWWA 1FB0A 4OD7A 4HUAA 2LNSA 2C0GA 3A2XA 1FAAA 4L8EA 2OBKA 3L9UA 1QUWA 1U3IA 2A2SA 2GQLA 3GN3A 3W8SA 2H73A 4XTSA 1XFLA 2O8VB 2OE1A 1R7HA 1XOAA 3UBKA 4F03A 3VLNA 2VCWA 2R37A 1ML6A 3HJOA 2LQOA 1K0NA 3IAS2 3VWUA 2B5EA 2QC7A 1H75A 4OCFA 3HD5A 3F3RA 4EKZA 1QXHA 2F51A 2B5XA 1QQ2A 3GTUB 2ON7A 4WETA 2C8UA 2VCVA 2PUKC 4IQ1A 1QFNA 2HSHA 3TKSE 2YZHA 3IK7A 1Z6NA 2VM2A 1AIUA 1KBNA 4O5RA 1ZCPA 1X9SB 2G0FA 2DIZA 1TI3A 5CRWA 2R6KA 4KCAA 1CQGA 3IDVA 2VL2A 2H8LA 5J4UA 4XRAA 1X5DA 4H86A 2XPDA 1IYHA 3FR3A 4L5OA 3ISOA 2LRTA 3N9JA 1A2JA 4MH3A 2PWJA 1FHEA 1PMTA 4KX4A 4ZBDA 2B5YA 1VGLA 2DC5A 2VL9A 3WGXA 1FG4A 2QGVA 5DJLA 2ALBA 4CHSA 4PNGA 2IFQA 4DVCA 3R2QA 1GTIA 1SYXA 3GX8A 5IOXA 4Q5QA 1AQXA 4PQIA 1M99A 4K0NA 1GSSA 5IM9A 4ZL8A 4G10A 3EE2A 3DYRA 3ZITA 2CV4A 2CQ9A 1ZMAA 4GXZA 4MZWA 2FLSA 1SJ6A 1TRWA 1NW2A 2V1MA 1FVJA 2DJJA 2DMMA 2WJUA 1V57A 2WZ9A 3I9V2 2RLIA 1XXUA 4TXOB 1NSWA 5F0GA 3QAVA 2IMEA 4PX1A 1SL2B 1GSDA 3CXGA 4HQZA 4IJIA 2VAFA 3TOTA 1XVQA 2E2GA 2GSSA 2YZUA 3DEXA 3HXSA 5EPFA 3GFKA 2H74A 2E7PA 1A2LA 1MTCA 2GTUA 3G9BA 2PGTA 5A4VA 5IMVA 3ZL5A 1F6MC 3ME8A 1EOGA 4F82A 3CSHA 5J5NA 2XBQA 4TR1B 1T3BA 3F6FA 1OE8A 2KP1A 2X64A 3CBUA 1Z7RA 2JSYA 2R5GA 5ECQB 5G1LA 4MCUA 4IS0A 1S3CA 3APQA 1JHBA 3K8NA 1B9XC 1I9DA 1PD21 2MMAA 12GSA 5FWGA 4MDCA 3D4MA 2MYGA 2N5FA 1SJZA 2H76A 2NDOA 3F4TA 4Q5RA 4ZB9A 4MJCA 3H79A 1TK8B 1WIKA 1YF1A 1G6WA 3NZNA 3P90A 20GSA 3DIEA 2RM5A 2V6KA 2HZFA 2HYXA 4NV5A 2GT5A 1GLPA 3BD2A 2YOIA 4P3YB 5HR1A 1MD4A 2P5RA 4XHMA 1PX6A 1ERWA 1OC8A 1USBA 1PKZA 3I6AA 5DALB 3FEUA 1S3DA 3IK9A 2F8AA 5ECIB 6GSXA 2TRCP 5HR2A 5J3RA 1BJXA 3O76A 2HE3A 2H1AA 5G30A 5ECLB 3IE3A 1XIYA 3J7Yk 3WT2A 3IC4A 4OWYA 4ZB6A 2FWEA 3D21A 5ECPB 3WT1A 4RUVA 4IELA 4HU7A 3FHKA 3MWHA 1OVNA 3VI5A 6GSSA 2REMA 1XW9A 2RM6A 5KN2A 2P5QA 2RUEA 3ZMKA 5LNKe 2PMTA 2A4VA 3UVHA 16GSA 1ST9A 4PNFA 1SK0A 18GSA 5FT3A 3D6IA 3QPMA 4LL4B 19GSA 2IMFA 2XC2A 3UJ1A 2OE3A 1XCCA 4BL7A 1M2DA 5D9TA 4OO5A 1ZOFA 3QD9A 3DVXA 5IPHA 2P31A 1GH2A 5C00A 2DJ0A 2VLUA 3KD0A 2PERA 4L5LA 4NAXA 4GLTA 3VFIA 2IL3A 3US3A 5G31A 4NPBA 1EGOA 1SJIA 1MDIA 3GMFA 1GTAA 5DVBA 2H1BA 4HQSA 1M9AA 2I9HA 4IP1A 4IJ3A 2KHPA 3LGCA 2C3QA 5AN1A 1HD2A 1ZYQB 5H5RA 3APOA 1XWCA 4XS4A 1I5GA 4PGTA 1GNEA 1VF3A 3M3MA 2G2QA 3S9FA 5ECMB 3HA9A 4KCEA 1TOFA 3IPZA 4ECBA 2V6OA 1TU8A 4GQCA 1LJRA 2RUFA 4XRDA 2K6VA 3E0UA 1RK4A 1F9MA 3KTLA 4TR4A 5FHIA 1RQMA 1R5PA 3H93A 4BVXA 1O81A 4LMVA 5LD0A 1E2YA 3ZIVA 4OFMA 4NWYA 2GVPA 3QDNA 3FZ4A 2TIRA 5HR0A 1G7EA 3ZMLA 3IV4A 1LBKA 4LLRA 3TJJA 4POLA 1SENA 2JZSA 2B7JA 1HNAA 3F63A 5CAXA 4Q5FA 4MJEA 1EEMA 2FA8A 3GA4A 3GTUA 5KN0A 3RDWA 5E4WA 2IIYA 2R2JA 1HYUA 2HI7A 1XPVA 5D9WA 3F3QA 2FWFA 1OYJA 3M8NA 4GCIA 1A2MA 3GYKA 1OE7A 4MH2A 4MLYA 3EWLA 2X8GA 1K3OA 4V1Ap 3ERFA 2ES7A 3SBCA 2CAQA 3G7IA 4ML6A 2OKAA 4YAVA 4KGIA 1SYRA 4AF2A 1DSBA 1N8JA 4XS1A 1YQ1A 4G19A 2FD3A 3ZTLA 1SD9A 3WGEA 4NXIA 1TK0B 1LU4A 2GQKA 4NMUA 3IOSA 2L4QA 2GSQA 3IAM2 1R4WA 1U3AA 4OFTA 1URMA 5ECSA 4X1UA 4K6XA 4JR6A 2L6DA 1K0DA 4K8MA 4JU5A 9GSSA 4OMVA 3TJFA 2QSIA 4TXOA 6GSYA 4EVMA 1FB6A 3HJMA 4DSRA 1WRYA 1GTBA 1GSFA 4K1FA 1AUCA 4GSSA 1TRUA 1Z9HA 1DUGA 4XS6A 4RI6A 1PL2A 3W8JA 4FIWA 4XS4B 2HZEA 2VIMA 2VD0A 3UL3A 1C72A 3FY7A 3GV1A 2AHEA 4HDEA 1EV4A 2AV4A 4MP4A 3CYNA 2IN3A 2HXKA 3FZ9A 3PR8A 3FR9A 3TRQA 3U6VA 4MZCA 2H1DA 2YJ7A 3F0IA 3TKSC 4TR1A 3VURA 5D73A 3KCMA 1OKDA 3HJPA 5L71A 6GSUA 3UVTA 2VD1A 3O6TA 3FW2A 4RI7A 3KP8A 4IP6A 5IO0A 4MMMA 1XWBA 2GZPA 5ECOB 1NHYA 4ISDA 2DLXA 3C71A 1ERTA 4ACSA 3ZIJA 3FKFA 1WMJA 2LQQA 3KH7A 2J9HA 2ON5A 4AJ8A 2F9SA 1JLWA 2HT9A 2M72A 1BQ7A 4KSMA 4J2FA 1ABAA 3ERWA 1Z5YE 5IO2A 4TOPA 1DBYA 2OADA 3EU4A 1PSQA 2WB9A 4MF5A 1X0RA 3MSZA 4WF4A 4I97A 1GSEA 4CDOA 1WPIA 3TJKA 2OACA 4I8BA 5DALA 1HNBA 2N5BA 5F05A 2NPBA 3KM6A 2NVLA 1AAZA 1A0FA 2LEGA 3QAWA 1GLQA 1X5EA 3VWVA 4TN8A 2L59A 2EIQA 2YCDA 5DBQA 2VO4A 4V2NA 4E8HA 1BAYA 3HVXA 3EURA 5LCZA 4HJ2A 4ZB8A 2YWNA 3RBTA 4V2MA 5KEJA 1VF1A 3KIJA 13GSA 1XWKA 5DCHA 5JWOB 1QK8A 3GKNA 1SK1A 5ELAA 2B3SA 4DEJA 5IMZA 5EL8A 3TCOA 3KH9A 3GH6A 3CMIA 2H0HA 3KEBA 5CREA 5F06A 2HZEB 3C73A 5JWRB 5G1KA 1NHOA 4EDZA 2LNTA 2PU9C 2H19A 5CRGA 2VCXA 3D22A 4N0VA 2TRXA 3EINA 3ZREA 3KTBA 5EVOA 2X8HA 5CP1A 4F0CA 3HHVA 1U6TA 2PBJA 3LSZA 1KNGA 5G5EA 2NBSA 1R26A 1AW9A 1WP0A 1BYEA 4RQXA 2YWIA 1THXA 4NV2A 4ECIA 1NM3A 1OC9A 3KMNA 1T00A 2ZNMA 4BWQA 3LORA 2H6YA 2VCTA 2VM1A 4KUNA 3HVVA 2WRTA 3P8WA 4F9ZA 5ECNB 3OR5A 1WWJA 1YEXA 1ACVA 2FWGA 4E8EA 2QKEA 4ZL7A 3G7JA 1GUMA 1GNWA 1KEBA 3RHBA 2X99A 2PPTA 4K7OA 4JE1A 2FWHA 2HLSA 5DDLA 3D4TA 2CAIA 4MABA 2MBTA 1SKWB 1TRVA 2JU5A 1OAZA 3BJ5A 1T8EB 5KN1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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