3DYRA

Crystal structure of e. coli thioredoxin mutant i76t in its oxidized form
Total Genus 27
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
27
sequence length
111
structure length
111
Chain Sequence
GSDKIIHLTDDSFDTDVLKADGAILVDFWAEWCGPCKMIAPILDEIADEYQGKLTVAKLNIDQNPGTAPKYGIRGTPTLLLFKNGEVAATKVGALSKGQLKEFLDANLAAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Properties of the thioredoxin fold superfamily are modulated by a single amino acid residue.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Thioredoxin-1
molecule tags Electron transport
source organism Escherichia coli
total genus 27
structure length 111
sequence length 111
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-07-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3dyrA00
1FB0A 3VLNA 3TB2A 2YP6A 5ENUA 4JEDA 1GUHA 2CV4A 4BWSA 4K7IA 1K0NA 5J5NA 2LTKA 1HNCA 4ZL9A 4MH2A 2LKUA 5HR0A 4TRXA 1PKWA 1EGRA 2VL9A 2X8CA 2DIYA 4MLYA 1OYJA 1ZCPA 2C80A 3HDCA 4LLRA 9GSSA 1EOGA 4JE1A 5CREA 1FHEA 4E8EA 5G1KA 1BG5A 2DJ0A 1ERWA 1T4ZA 3BBYA 3GSTA 2MMAA 3G7YA 2IL3A 2XBIA 4HUAA 4BPYA 1A8YA 2OE1A 2VD1A 4BWQA 3OR5A 2F8FA 4GRFA 1K3YA 3DGQA 3QPMA 19GSA 1M99A 4ZBAA 3KIJA 5IMCA 4WR4A 1Z9HA 2B1KA 10GSA 1OC8A 2R6KA 1PL2A 1TI1A 4XS4A 2LUSA 2IFQB 5D8IA 2G0FA 5E59A 3IA1A 3TRQA 5C04A 4MJAA 4EE0A 4ECCA 1T7PB 3D4TA 5IMDA 4YAPA 2R37A 2X8GA 2JZSA 2EIQA 5ECMB 5FHIA 3LORA 1TRWA 4DSQA 4POLA 3HVVA 3GIXA 4MCUA 1V57A 4NMUA 1JHBA 1TK0B 2MZCA 1ABAA 1F3BA 4DSSB 2HSHA 4XCSA 4JU5A 1X5DA 1EP8A 4N30A 3UBKA 1GSFA 2M46A 3DRNA 4PUFC 3TJGA 4TXOB 4DVCA 3G9BA 1AC1A 1DE1A 2LSTA 3WT1A 1QUWA 1K0CA 2OE3A 1V58A 1GSDA 1FOVA 1SYRA 3IK7A 1BX9A 2CQ9A 2DC5A 2IMDA 2GSSA 4ZIJA 3FY7A 4LA1A 1MDJA 1PA3A 4IKHA 2BMXA 4L0UA 5AISA 3EC3A 4MP4A 1BYEA 4MZCA 2L4QA 4F0BA 3VWXA 1WRYA 4I2UA 3IXRA 2VM2A 2C8UA 3U6VA 2P5QA 2YN1A 2FGXA 1X9MB 2H1DA 1XCCA 4Q5NA 2VLTA 2VCVA 5H5QA 2HZEA 1EV9A 5KEJA 5KN1A 2E7PA 2PMTA 1JLVA 2YWOA 4KCEA 3IR4A 1ST9A 4NXIA 3W8SA 2ZNMA 1XWCA 5F8BA 2GQKA 1H4OA 4DEJA 3C8EA 4ZXGA 2V6KA 3QAGA 6GSTA 2R5GA 22GSA 4ZILA 2HSYA 1YF1A 1EGOA 5CRHA 4XRDA 2VAFA 5IIZA 3EMXA 5JWQB 4TR3A 4H86A 1UVZA 1U87A 5E4WA 2M80A 3VWUA 5DBQA 2DLXA 5CRGA 2KLXA 2B7KA 2EC4A 3IV4A 3ERWA 5CAXA 4EO3A 3H1NA 2B7JA 3ZVJD 5IMFA 3E3EA 2GLRA 2O89A 3VFIA 3KMOA 2V1MA 3HJMA 4MZWA 2IMKA 3ED3A 4G9HA 2WCIA 2I4AA 4YH2A 4I5QA 4OFTA 2YJHA 4OWYA 1XWGA 1B9XC 3GKNA 3VK9A 1WPIA 3GNJA 3HD5A 3ZL5A 1YF0A 4HEA2 1OKTA 4X43A 1WE0A 2FUG2 3PH9A 4NHZA 5DCHA 1DUGA 1U6TA 3IPZA 3FR3A 1T8EB 4ECIA 3GFKA 1A2MA 2OADA 2GS3A 2LRTA 1KEBA 1Z6MA 4OO4A 5AGYA 2JACA 3Q74A 2IMIA 3I69A 2NPBA 4MF6A 4MA9A 4TKYA 1TP9A 4TR1B 1PD21 2YWNA 5COHA 4XS6A 4EDZA 2KP2A 2E2GA 3TKQA 1M2AA 5GAND 2KUCA 4IP6A 1H75A 2K8SA 3CTFA 3ZIVA 2CZ3A 4FYBA 3FZ4A 5ECIB 5KN2A 1PX7A 4LMVA 4EC0A 2C0GA 3EYTA 1THXA 3IBHA 4K8MA 1XIYA 4AF2A 2B5YA 2N5BA 1GL8A 1ON4A 1BEDA 4ECJA 3IHQA 2YWIA 3ZRDA 5F0GA 3H8QA 4HU7A 3KH9A 2JZRA 5L71A 3HZ8A 2TRCP 1O81A 1WMJA 1YJ6A 3W6GA 3FK8A 3CRTA 4WXTA 1FB6A 4NWYA 3TKSA 3FZ5A 4BA7A 2WULA 1ILOA 1X0RA 4KDYA 4IHUA 3KP8A 4HOJA 2GQMA 4JR4A 4POKA 3US3A 4CHSA 3D6IA 2WGRA 1E2YA 2K8VA 2FNOA 3RPPA 3GURA 4V1Ap 2DJKA 5DJLA 4PX1A 4IN0A 3AY8A 2VL3A 1G6YA 4EXJA 4JR6A 2HLSA 3U5RE 1AW9A 2AV4A 1I5GA 1YEXA 1J9BA 2E0QA 2JU5A 1RW1A 2XHFA 4O7HA 3UVHA 2HRNA 4GCIA 2AAWA 4WKWA 1OVNA 5ECNB 1XWKA 1ZYQB 1EZKA 1OC9A 1K0BA 4ACSA 2HXKA 3HHVA 4GXZA 4O92A 4MH3A 2VO4A 5IPGA 4F0CA 3VURA 2VD0A 3HY2A 5JWOB 4TXVA 4I2TA 5JCGA 2H8LA 3KH7A 1GP1A 1W89A 1SJ6A 2LNSA 1SKRB 2H6YA 2OACA 4EDYA 3ZZXA 5B8AA 5CP1A 3R2QA 2C3TA 1GTUA 3KZQA 3LG6A 4F2IA 2MMZA 3F6DA 1ZZYA 1KNGA 3GL3A 2MMNA 3RHCA 3CTGA 4KUNA 2AHEA 2OKAA 2XPDA 3M3MA 1GSQA 1HNAA 2L6DA 3ZLPA 2VIMA 2QGVA 2GSTA 2O8VB 3P2AA 4JBBA 1MEKA 2RM5A 3CSHA 2FA8A 2H01A 3HYPA 1SK1A 1MDIA 1GWCA 1Z7PA 2YCDA 3GKKA 3RHBA 2QKEA 4F82A 4OCFA 2DMMA 3WGXA 3DVWA 4FH8A 3UOMA 2PERA 1UA5A 4BVXA 2AUVA 2HT9A 1JZWA 1OAZA 2EIRA 3GX0A 2JADA 3TKSC 1SKSB 3MDKA 2PU9C 3S9FA 1O8XA 2HE3A 5D73A 5D96A 3ISOA 5ABRA 6GSXA 2DJ3A 1R5AA 3DEXA 1Z7RA 2AYTA 5GSTA 2VCZA 4IQ1A 2HYXA 2VCQA 3L78A 1MD4A 3KD0A 2GT5A 4WBRD 4RI6A 1I9DA 4JRRA 4F03A 1V40A 3MNGA 2H0HA 5IPHA 5HFKA 5DAKB 2C3QA 2PWJA 1O6JA 1U3IA 2YV9A 3L9UA 3CYNA 1F9MA 1GH2A 5A4VA 2F3MA 5EVOA 1LU4A 2YZHA 2LS5A 2WFCA 5CRDA 4KAEA 2CT6A 2JL4A 3H4KA 1PRXA 1SL0B 5ID2B 3GKMA 5B8BA 5G5FA 2C0FA 2RIIA 5HFGA 5IOXA 4HS1A 3TOUA 4GSSA 5IOWA 4V2MA 2FWEA 4ULXA 3FZAA 2B5XA 1BJXA 3M9JA 1AUCA 1PX6A 3E9JB 1IYHA 2VL2C 1JFUA 1PSQA 2FCHA 1PMTA 4K0NA 3M1GA 2NTOA 4TW5A 1GUMA 3Q18A 5DALB 2HFDA 4ILFA 3CMIA 2IFQA 4EF0A 2ZCTA 3A3TA 3IDVA 1S3DA 2LJKA 3NZNA 1Q4JA 2EIOA 1FG4A 1ERUA 4TVEA 1GTAA 18GSA 1R4WA 1GSUA 2OBIA 3EU3A 2X99A 4QQ7A 13GSA 3MAKA 4BL7A 5AIVA 5IMZA 1A8LA 4OFNA 2I81A 4HQZA 1A0RP 4IVFA 4DSSA 2FWHA 3PR8A 1HQOA 3C1RA 4GQFA 5CYYA 4OO5A 1B8XA 5ECSA 3D21A 3CRUA 2VCWA 2IN3A 2IIYA 4TXOA 1E6BA 1GUKA 5HR1A 3D4MA 1K0DA 4V1Ag 1M2BA 4KDXA 2WRTA 1AIUA 3A5WA 2GDRA 4KSMA 4WF4A 4MJBA 1UC7A 1VF4A 1EEMA 2V32A 1AAZA 5J41A 4ZB8A 2IWTA 2L5OA 4FO5A 3TKSE 1O7UA 3GUSA 2YNXA 4WETA 3O6TA 5F06A 3QD9A 2H30A 2PBJA 3RAZA 1B4PA 1DE2A 3APOA 1ZOFA 3SBCA 3LXTA 3VWWA 3TGZA 2F51A 1EP7A 1X9SB 2RUFA 4QL9A 3TJBA 2CVDA 1OE7A 2PPTA 3MWHA 3WT2A 2B5EA 2REMA 2PUKC 3MSZA 2HRFA 3ZVJA 3BJ5A 5A5KA 3NIVA 4GTUA 3DMLA 1X9WB 2CVBA 2ALBA 4O5RA 2NDOA 4GLTA 2IPAA 1TOFA 4IELA 3CSIA 1YY7A 4AJ7A 4K9ZA 1DBYA 2KHPA 5J3RA 4FIWA 2FY6A 1GLQA 5ELAA 4Q5RA 3TRXA 2I3YA 5IMVA 3LYKA 1LBKA 3DXBA 3L0HA 2FA4A 3O76A 2VUPA 1K0OA 2C3NA 2LRNA 3FEUA 3SWLA 2K6VA 3I6AA 1SK0A 5F05A 3P7XA 2DJ2A 2OBKA 4ML1A 2VM1A 3FW2A 5G1LA 3DKSA 2C0EA 3F0IA 4TR4A 3CXGA 3A2VA 14GSA 3LFLA 4HZ2A 1SK2A 2LJAA 1VGLA 2A2SA 2R2JA 2RUEA 4OMVA 3KCMA 4MPFA 1TKDB 1SD9A 3IRAA 4F9ZA 1NHOA 2CVKA 4GQCA 1YKAA 2GGTA 2H73A 4L0WA 2AB6A 2H71A 2L57A 4TR1A 4I97A 5A4WA 4KNDA 2X64A 1AQVA 3UARA 2H1BA 3HJOA 1JLWA 4KW6A 2FD3A 4NHWA 5EPFA 3F9UA 3GH9A 4IJIA 1XVWA 4QL7A 1TTZA 3ZMLA 1O73A 20GSA 2GQLA 3KTLA 2RLIA 1SD8A 4AGSA 4EVMA 2H0IA 3EE2A 3N9JA 1QQ2A 3V1WA 2LJRA 2GZPA 4KB3A 4HI7A 1K0AA 3UEMA 2F9SA 1HNBA 2A2RA 3ZTLA 3ZFBA 4KDUA 2A4VA 3GL5A 4PUAA 1B4QA 1SJZA 3FRCA 1GTIA 3KXOA 4IJ3A 1TW9A 5ECHB 1YZXA 2X8HA 3QR6A 3CSJA 4IBPA 1BAYA 5ECLB 1X5CA 3Q19A 2MYGA 4ZL7A 5G31A 3QMXA 4WEYA 3BCIA 1SENA 7GSSA 5IQYA 3KGKA 2GZZA 1A2JA 2N5AA 1SJIA 3TJFA 3UVTA 3TCOA 5F07A 1QGVA 11GSA 1Z3EA 3M0FA 3DYRA 1XBSA 2CAQA 3HZ4A 1DSBA 1XOAA 2H19A 3FYGA 4TR0A 3L9VA 4ZBBA 1ERTA 2VCTA 1NW2A 2O87A 4D73B 4EL1A 5DQYA 2CAIA 5ELGA 3FHKA 4MDCA 3UL3A 4N0ZA 4HU9A 3ZMKA 4LMWA 1U88A 1KTEA 3KJYA 3DIEA 1B9YC 1GLPA 1TJDA 4YQMA 5JCWA 3UIWA 5HR3A 4IGJA 2LQQA 1VF1A 1K0MA 4NAXA 5D93A 4RI7A 1XPVA 2P5RA 1NSWA 4K7OA 3TDGA 3ZREA 4MPGA 1QFNA 3H79A 1YEPA 3CBUA 3QAVA 1XWAA 3QOUA 4O32A 1GULA 5DQSA 4MZBA 2VCXA 5EL8A 5AIXA 3GTUB 4IS0A 1F6MC 1EWXA 4OD7A 5LNKe 5CNWA 4ECBA 5B6NA 5HR2A 5IO2A 4PGTA 3F4SA 1R5PA 3ME8A 3JCML 1PQNA 1T3BA 2RM6A 1FVJA 2LV3A 1T1VA 1NHYA 1M2DA 3FR9A 1UN2A 5HFIA 4MF5A 2I1UA 4CW9A 3P90A 1MD3A 2CZ2A 2OA7A 1THOA 3PGTA 4PQHA 2PVOC 1R26A 5D9XA 3H93A 2LEGA 1WIKA 5GZZB 4MMMA 4AJ6A 1SU9A 2YPMA 3FKFA 5EY6A 5KN0A 5J9CA 3TJKA 3QCPA 2I9HA 4J56E 3GHAA 5IM9A 17GSA 5FWGA 2CA8A 2OJLA 1GTBA 4AJ8A 2WJUA 1M0UA 2CX4A 4KX4A 3FZ9A 1MDKA 3C1SA 2H1AA 1GSSA 4NV5A 4I6XA 3HVXA 4MK3A 4HDEA 1Y6EA 6GSSA 3QFAC 1XW6A 2H6XA 4PQ1A 3K8NA 3LXZA 3ERGA 1YQ1A 5ECPB 4PQIA 4X1UA 1MTCA 5G2ZA 1YKCA 5A4UA 3P8WA 1A2LA 2FWGA 1JZDA 3L9SA 3LWAA 3EINA 1A24A 4XRAA 2ON7A 3APSA 1LJRA 4IQAA 3UBLA 1VRSD 2H72A 4XS4B 3RPNA 3IAM2 5DAKA 3J7Yk 5B6MA 3GX8A 1VF2A 4EKZA 1HYUA 1IYIA 3UJ1A 2H0GA 4PXOA 1XW9A 4LL1B 2YZUA 3HKRA 2JZTA 2V2GA 3EMPA 1TDIA 1XZOA 4IW9A 2QSIA 5ID2A 1B48A 1BQ7A 2YWMA 2FHEA 1A23A 5JWRB 1GSEA 1TRVA 2QC7A 3ERFA 1AQWA 1M7TA 4K2DA 1XVQA 2BTOT 3GRXA 2B1LA 3UMAA 1OC3A 1URMA 4TN8A 3ZFLA 5IO0A 1Z5YE 3GSSA 5C00A 4IP1A 2O7KA 1TXXA 2L59A 2NVLA 2C4JA 1G7EA 5H5SA 2TIRA 4G10A 8GSSA 2F8AA 1WWJA 2GSRA 3F3RA 3HXSA 5DALA 2BJXA 4E8HA 1WJKA 4N0VA 4XHMA 2V41A 2O85A 1XOBA 4KCAA 1JZOA 1PKZA 3ZIJA 3KTBA 3EWLA 3DWVA 5ECKB 4V2LA 2VOCA 1VF3A 2OE0A 4KA0A 2L6CA 4ZL8A 1NM3A 4HZ4A 3IC4A 5JCUA 4K7NA 2KOKA 4K6XA 2TRXA 3KP9A 4POBA 3TRPA 5ECOB 2FWFA 3BCKA 5DVBA 2C0DA 4OCEA 3L4NA 1FAAA 1K3OA 2HZEB 1RQMA 1XXUA 1WP0A 2DIZA 4TOPA 1V2AA 1PL1A 5ECQB 2WS2A 3LJRA 3ZITA 1Y25A 3LYPA 2H70A 1SYXA 2PGTA 4GSNA 1EEJA 3GH6A 4J2FA 2MBSA 2ZUPA 3E0UA 2V6OA 1O85A 4I8BA 1ZYEA 1FW1A 1T4YA 2YANA 2ES7A 1USBA 2Z9SA 3M9KA 4KE3A 4XTSA 3F63A 2L4CA 3VPQA 3G7JA 2H75A 5HQPA 3QDNA 2J9HA 4X0XA 1PN9A 4N10A 1EV4A 4MABA 1S3AA 2DJ1A 4GSTA 5GAPD 3LSZA 1S3CA 5CO3A 3HJPA 2LQOA 3LQ7A 3D5JA 3EVIA 3IK9A 4EUYA 4PNGA 4BVYA 1N2AA 1R7HA 3GMFA 3F8UA 4WF5A 2H66A 4XIHA 3GV1A 1M9BA 3DVXA 3F4RA 1G0TA 4HJMA 3ZYWA 1FO5A 2E2MA 1O8WA 2WZ9A 4KGIA 4YQUA 2YJ7A 3VWVA 3IAS2 5IMAA 1ZMAA 5J9BA 4ZBDA 2B3SA 2R3XA 2NBSA 3GN3A 1WOUA 3IE3A 4ID0A 1TI3A 1ZL9A 6GSUA 2PVQA 3TJJA 4NV2A 4RQXA 5D9TA 3TKPA 4Q5FA 3TUEA 3F4TA 4OFMA 2DSAA 3KM6A 4J57E 2C1YA 1OE8A 2N5FA 5INYA 3WYWA 1KBNA 3HVSA 2GVPA 1GSYA 3C7MA 2H74A 1Z6NA 2VLVA 3QAWA 4RUVA 2J23A 4KSOA 1U3AA 12GSA 3A2WA 1QXHA 3RBTA 3QFBC 1EOHA 2K18A 4PNFA 3WGDA 16GSA 1TRUA 2JSYA 3G7IA 2YOIA 3BD2A 1JZRA 4P3YB 5D9WA 4K0GA 2LNTA 1X5EA 3EU4A 1PGTA 3EURA 2L5LA 1RK4A 2IMFA 4KH7A 4DSRA 1J0FA 2WB9A 1V9WA 1F37A 3I9V2 5DDLA 3BOAA 1XW5A 3KMNA 3TKRA 5B7CA 1N8JA 4LL4B 2G2QA 5D9VA 4L8EA 1QK8A 2GT6A 1ERVA 3C71A 3HA9A 4FYUA 3VI7A 2D2ZA 1F2EA 4NPBA 3VI5A 3D22A 4G2EA 4HJ2A 1CQGA 4ISDA 4ML6A 3A2XA 1J08A 2P31A 4K1FA 2XPEA 4POMA 2K9FA 2DMLA 1QMVA 5J4UA 2MMOA 1V98A 2LRCA 1C72A 3FR6A 2WDUA 1W4VA 6GSWA 1TRSA 2DBCA 3WGEA 4WBJA 4GF0A 1ZGNA 4GWRA 4L5OA 3C73A 5ECRB 5G30A 4ZB6A 1XWBA 3J7Yb 4Z7XA 1GRXA 6GSVA 3W8JA 2ON5A 2M72A 2KP1A 2CX3A 1OC9B 5DJMA 1GNWA 1GNEA 5KN3A 4XS1A 4MF7A 3N5OA 5AN1A 4V2NA 2HI7A 1F3AA 2HZFA 3D0ZA 1T00A 2MBTA 3I43A 2H6ZA 1AXDA 5H5RA 3GYKA 3LGCA 4MJCA 1G6WA 2GZYA 4MJEA 1Q98A 1ML6A 3GKXA 2PN8A 1OKDA 2IMEA 4N11A 3GA4A 5LCZA 1SL1B 1YDKA 3APQA 5DCGA 3ME7A 3O3TA 4Q5QA 3LEFA 5FT3A 1TU8A 3VPTA 2VL2A 2H1GA 4YAVA 1TK5B 4D73A 1TU7A 3HCZA 4L5LA 2H76A 2XC2A 3F6FA 1FVKA 2B6MA 3KEBA 3UAPA 3WD6A 2P0GA 1TK8B 2GSQA 3F3QA 3TOTA 5LD0A 1A0FA 4CDOA 3M8NA 4FYCA 3RDWA 2GTUA 2R4VA 4HQSA 1CQHA 4ZB9A 5GSSA 2IJYA 1K3LA 3IOSA 5G5EA 2JSZA 3DD3A 1G7OA 4JZQA 2AJQB 2YV7A 3NOFA 1SL2B 1M9AA 6GSYA 2HNLA 3PINA 1HD2A 3GTUA 5CRWA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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