The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
54
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sequence length |
188
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structure length |
188
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Chain Sequence |
AQYEDGKQYTTLEKPVAGAPQVLEFFSFFCPHAYQFEEVLHISDNVKKKLPEGVKMTKYHVNFMGGDLGKDLTQAWAVAMALGVEDKVTVPLFEGVQKTQTIRSASDIRDVFINAGIKGEEYDAAWNSFVVKSLVAQQEKAAADVQLRGVPAMFVNGKYQLNPQGMDTSNMDVFVQQYADTVKYLSEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Preparation and structure of the charge-transfer intermediate of the transmembrane redox catalyst DsbB.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Thiol/disulfide oxidoreductase DsbA
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| molecule tags |
Oxidoreductase
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| source organism |
Escherichia coli k12
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| total genus |
54
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| structure length |
188
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| sequence length |
188
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| chains with identical sequence |
E
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| ec nomenclature |
ec
1.8.4.-: |
| pdb deposition date | 2008-08-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF01323 | DSBA | DSBA-like thioredoxin domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Glutaredoxin | Glutaredoxin |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3KH9 A; 5A4V A; 4WF5 A; 4I2T A; 4CDO A; 1Z7P A; 2J23 A; 2VOC A; 1G6W A; 1BQ7 A; 5CRD A; 4YQV A; 2VLV A; 2A2R A; 1F2E A; 2IFQ B; 1M9B A; 1TW9 A; 5CP1 A; 2I81 A; 2IFQ A; 2KP2 A; 2HSH A; 1XXU A; 2YN1 A; 2ALB A; 3CTF A; 1YJ6 A; 4IP1 A; 3WGX A; 2AAW A; 1JZO A; 1XFL A; 5GAP D; 4WF4 A; 1U6T A; 1A2J A; 1ST9 A; 2PUK C; 4KH7 A; 4FO5 A; 1G7E A; 2G0F A; 3WGD A; 5COH A; 5DAK B; 2JSY A; 4POB A; 1K0C A; 3CSJ A; 4V2M A; 2AYT A; 3U6V A; 2C80 A; 2RUF A; 1QGV A; 3KH7 A; 4TR4 A; 5IOX A; 3P7X A; 3APQ A; 4IJ3 A; 4BL7 A; 1NSW A; 5IM9 A; 1OKD A; 1GUL A; 3RPN A; 4NMU A; 1XWC A; 1TXX A; 4IEL A; 3IAS 2; 1FOV A; 4GSN A; 2YWM A; 1EP7 A; 4E8H A; 2C0F A; 4PUF C; 3ZMK A; 1I9D A; 1YEX A; 6GSW A; 2GDR A; 2M80 A; 4KW6 A; 2FWG A; 3IR4 A; 3EC3 A; 3FZ9 A; 3W8S A; 3VWX A; 3R2Q A; 2PU9 C; 1OC3 A; 1SKW B; 4PQH A; 1A8Y A; 4HUA A; 1ACV A; 4O92 A; 1TK0 B; 2R3X A; 4GRF A; 3QMX A; 4PQ1 A; 2HZF A; 1XWA A; 5J9C A; 1K3Y A; 5DAL B; 4N30 A; 2RUE A; 2FLS A; 1RQM A; 1WMJ A; 3C73 A; 4HZ2 A; 5DAL A; 4PXO A; 2NBS A; 4IQA A; 4K2D A; 3TRP A; 5IMC A; 2B1K A; 1SL2 B; 1MD4 A; 4O7H A; 3FZ4 A; 4EVM A; 2ZCT A; 1V57 A; 1T4Z A; 2FNO A; 3TOT A; 1GH2 A; 1K3L A; 1G0T A; 2IMF A; 2V1M A; 3UL3 A; 1BG5 A; 3IBH A; 1PD2 1; 3HHV A; 4JR6 A; 2H75 A; 3BD2 A; 2C0E A; 1A23 A; 2DJ0 A; 3BCK A; 11GS A; 1YEP A; 2YV7 A; 3Q19 A; 1B4P A; 3ISO A; 2YWI A; 1T4Y A; 3ZZX A; 2R5G A; 1YF1 A; 4TR1 B; 2YJ7 A; 4ZB6 A; 5HR1 A; 1X0R A; 4EO3 A; 1K0B A; 4TR1 A; 3GHA A; 2O7K A; 3PIN A; 4YH2 A; 4ECJ A; 4D73 B; 1YDK A; 3KTL A; 4POM A; 3TGZ A; 4MPF A; 4O32 A; 1PSQ A; 4KSM A; 5ECQ B; 4ZB9 A; 1X5D A; 3IOS A; 4LMW A; 5G5F A; 1XVQ A; 5IQY A; 1XW6 A; 1TK5 B; 1QMV A; 1VF2 A; 1AXD A; 2GT6 A; 2DJK A; 3Q6O A; 3L4N A; 1PA3 A; 4XS1 A; 2P31 A; 2DMM A; 4BA7 A; 3F0I A; 4TN8 A; 4I5Q A; 5J41 A; 4O5R A; 3KJY A; 3O3T A; 1MEK A; 2OE1 A; 2PER A; 1ZZY A; 1RK4 A; 4EDZ A; 1XZO A; 3TJG A; 1AQX A; 1F3B A; 4V1A p; 3F4T A; 5CYY A; 3ERG A; 1A2M A; 2ZNM A; 2H0I A; 1J9B A; 3F8U A; 3KM6 A; 5D93 A; 1MTC A; 4Q5F A; 1SD9 A; 2H72 A; 2PN8 A; 3CXG A; 1A0R P; 3BJ5 A; 4LL1 B; 1GSS A; 2K6V A; 4MK3 A; 2VAF A; 3ZYW A; 2A2S A; 3HCZ A; 22GS A; 2GZZ A; 1N2A A; 4OFM A; 2VO4 A; 3UOM A; 2WUL A; 2YJH A; 1SYX A; 1JLW A; 1Z6M A; 2C3Q A; 3QFB C; 1OAZ A; 2LEG A; 1GLQ A; 4MF6 A; 1GSD A; 3G7J A; 2CVB A; 2VCV A; 4ZXG A; 3ZFB A; 4HEA 2; 1S3A A; 5JCG A; 2VD0 A; 2JAC A; 2WFC A; 1VF1 A; 1GNW A; 1S3D A; 18GS A; 2YWO A; 4V1A g; 1SK2 A; 3D6I A; 5HFI A; 4MJC A; 3CTG A; 1HQO A; 4AJ7 A; 3HYP A; 4HS1 A; 4GLT A; 5B8A A; 2YZU A; 5ECL B; 3QCP A; 2PGT A; 3EYT A; 1RW1 A; 3NZN A; 4KDY A; 5GSS A; 2YP6 A; 2O8V B; 2LRC A; 2EIO A; 2I3Y A; 1U3A A; 3TOU A; 1GSE A; 2QC7 A; 2VIM A; 4WKW A; 1EOG A; 2REM A; 2L6D A; 1YY7 A; 1MDJ A; 4TRX A; 1PX7 A; 2VL3 A; 2KHP A; 1ERW A; 6GSU A; 2VL9 A; 5KN0 A; 2GVP A; 1T8E B; 1VF4 A; 2HNL A; 1TRS A; 1AC1 A; 5H5R A; 3HZ8 A; 4EF0 A; 3FZ5 A; 3FR6 A; 4DVC A; 2AB6 A; 1PKZ A; 3IRA A; 2VM2 A; 4GST A; 4EE0 A; 1ZMA A; 1EZK A; 3KXO A; 4XTS A; 2HT9 A; 2MMO A; 4TOP A; 2LV3 A; 3APS A; 4JZQ A; 2OAD A; 2C1Y A; 3Q18 A; 3VWW A; 5G5E A; 3TKS E; 3LEF A; 2C0G A; 3OR5 A; 2R4V A; 3GMF A; 4OO5 A; 3UAP A; 4QL9 A; 3I9V 2; 5DQY A; 1XOA A; 2H73 A; 1E2Y A; 1M99 A; 1O7U A; 4G10 A; 4WR4 A; 2O85 A; 1EWX A; 3L9U A; 4ZIL A; 3LJR A; 1UC7 A; 1YKC A; 2OKA A; 2IN3 A; 2VCT A; 5ECS A; 1WPI A; 1AW9 A; 1QQ2 A; 1EEJ A; 4K7N A; 2F9S A; 1UA5 A; 3RPP A; 2AHE A; 3O76 A; 3UJ1 A; 4NV5 A; 3LSZ A; 1Z5Y E; 2NVL A; 1M2B A; 4J57 E; 4MH2 A; 10GS A; 3M0F A; 4MP4 A; 1ZCP A; 3TRX A; 3TRQ A; 1N8J A; 4MDC A; 2IME A; 2IMD A; 3LWA A; 2EC4 A; 1Z9H A; 1X5E A; 5J9B A; 4IKH A; 4IBP A; 1FG4 A; 1X9M B; 4L0U A; 4OWY A; 2QGV A; 2VD1 A; 2M46 A; 4X0X A; 1WP0 A; 2MMA A; 5D8I A; 4ZL7 A; 3DD3 A; 4WXT A; 4KA0 A; 14GS A; 1WE0 A; 1GNE A; 4MZB A; 5IPH A; 4IGJ A; 2K9F A; 2WCI A; 1F3A A; 4NAX A; 5H5S A; 2JZT A; 4HZ4 A; 5CRW A; 5JCU A; 1XWK A; 4X43 A; 5D9T A; 1XBS A; 3GA4 A; 1R26 A; 3G9B A; 3EUR A; 5ECK B; 5HR2 A; 4ACS A; 5AIX A; 3FRC A; 4XS4 A; 2MMZ A; 3F6D A; 1AAZ A; 1TKD B; 3MAK A; 5F06 A; 1CQG A; 4DSS B; 2WRT A; 4HJM A; 4F9Z A; 1K3O A; 3ZTL A; 3IHQ A; 2YAN A; 3C7M A; 4I97 A; 3GUR A; 4HJ2 A; 3WD6 A; 5F05 A; 3KIJ A; 1JZW A; 1HNA A; 5B8B A; 2MMN A; 3P90 A; 2H6X A; 2L4C A; 1TRW A; 1WWJ A; 1XWB A; 2FD3 A; 3RBT A; 1ON4 A; 5ABR A; 4MF7 A; 2YOI A; 3IA1 A; 3DVW A; 5JWO B; 1SD8 A; 3US3 A; 4LMV A; 4XCS A; 2F51 A; 1SL0 B; 1H4O A; 3KEB A; 3TJK A; 1ABA A; 2IJY A; 5DAK A; 5FWG A; 5E59 A; 4IJI A; 4FH8 A; 5CNW A; 4OD7 A; 2AJQ B; 3L78 A; 2MBS A; 2CX4 A; 1QFN A; 3NOF A; 5G2Z A; 1O6J A; 2H1B A; 4EC0 A; 3F63 A; 4EL1 A; 2I1U A; 4QL7 A; 4WBR D; 1H75 A; 3VUR A; 2H76 A; 3GX8 A; 4JBB A; 1ZYQ B; 4V2N A; 3I6A A; 2FWF A; 12GS A; 4OMV A; 2JSZ A; 2K18 A; 5JWQ B; 3GSS A; 1I5G A; 5EPF A; 2HI7 A; 3F9U A; 1KEB A; 4IP6 A; 5EL8 A; 2PPT A; 5GAN D; 4ZBB A; 2AV4 A; 3IXR A; 5A4U A; 3HXS A; 2R6K A; 3H4K A; 1R4W A; 5EY6 A; 2GSR A; 4EDY A; 4LLR A; 3SWL A; 4ZBD A; 1ZYE A; 1HNC A; 5KN2 A; 3QDN A; 2B7K A; 1YQ1 A; 3D21 A; 3JCM L; 2CV4 A; 4L5L A; 1A0F A; 5J4U A; 4BWQ A; 2E2M A; 2Z9S A; 5J3R A; 6GST A; 5CRE A; 2RLI A; 4HI7 A; 2OAC A; 4PX1 A; 3DYR A; 2FGX A; 3HJP A; 1X9W B; 4KCE A; 4KDU A; 4KB3 A; 3ZFL A; 2VL2 C; 4AJ8 A; 1TRV A; 1M2D A; 3DIE A; 4MJA A; 3GN3 A; 1NHO A; 2RM6 A; 4X1U A; 5G1L A; 4KUN A; 1Q4J A; 2GQM A; 16GS A; 4K7O A; 4XRA A; 2HFD A; 4HU7 A; 2PVO C; 2RM5 A; 3EMP A; 5CO3 A; 1GSY A; 3HJM A; 4PQI A; 2QSI A; 5J5N A; 1O73 A; 3FW2 A; 4IN0 A; 4RQR A; 4RI7 A; 4POK A; 2B5E A; 4IW9 A; 3D4M A; 3TKQ A; 2XHF A; 2VCX A; 2XBI A; 3EWL A; 3GKK A; 4PUA A; 1Y6E A; 5KN3 A; 3KCM A; 4MCU A; 2FUG 2; 5ECP B; 1K0O A; 4D73 A; 1ZGN A; 4EKZ A; 2D2Z A; 2NDO A; 4L8E A; 3GYK A; 2V6K A; 3TJF A; 3DGQ A; 3MSZ A; 4MZC A; 3I69 A; 4ILF A; 1Z7R A; 2FA4 A; 5A5K A; 2H19 A; 3UBK A; 2XC2 A; 1KBN A; 1T1V A; 2IL3 A; 1XVW A; 2C8U A; 2NPB A; 1DSB A; 3GKN A; 1GSU A; 1TRU A; 4GQC A; 2GQK A; 2H6Z A; 2IMK A; 3WT1 A; 3DXB A; 6GSX A; 3ERW A; 2H0H A; 4HOJ A; 3LXZ A; 5ELA A; 3BBY A; 5FT3 A; 2K8V A; 4TVE A; 4BVX A; 1OKT A; 3LYK A; 5H5Q A; 3H79 A; 3J7Y k; 3C71 A; 3O6T A; 4TXO B; 2ES7 A; 2P5Q A; 3HD5 A; 4TXO A; 3ZML A; 3S9F A; 1V58 A; 1ERU A; 2HLS A; 2VLT A; 1NW2 A; 4FYU A; 5CRH A; 4J56 E; 3N9J A; 1IYH A; 4NV2 A; 4N11 A; 1GWC A; 3QD9 A; 5IMD A; 4Z7X A; 2LJA A; 4KAE A; 1OE7 A; 3M8N A; 3A2W A; 2H66 A; 1O85 A; 4F0B A; 4KND A; 4K6X A; 5AIS A; 1J08 A; 4I6X A; 1DUG A; 5AIV A; 1PN9 A; 1SYR A; 3TJB A; 3H8Q A; 5GST A; 1V2A A; 1PGT A; 1FW1 A; 3KMN A; 1DE2 A; 3E9J B; 1B4Q A; 3TKS C; 1TU8 A; 2B7J A; 2MBT A; 4YQM A; 2V6O A; 3W8J A; 3GH9 A; 2KLX A; 3IK9 A; 5LCZ A; 2B1L A; 3KGK A; 1HNB A; 2HRN A; 1JLV A; 3TUE A; 2I4A A; 2F8A A; 2FY6 A; 4K8M A; 4FYC A; 4POL A; 4YQU A; 3ME7 A; 2MZC A; 2JZS A; 2IMI A; 2H70 A; 1HYU A; 3BCI A; 4QQ7 A; 1WRY A; 1J0F A; 3DML A; 6GSS A; 4TR3 A; 1GTA A; 4P3Y B; 2DJ3 A; 2XBQ A; 3E3E A; 5CAX A; 2IWT A; 1AUC A; 4V2L A; 3A3T A; 3UMA A; 1SEN A; 1NHY A; 2GSS A; 2HYX A; 5DVB A; 1MD3 A; 3GH6 A; 1K0A A; 4ECB A; 3F6F A; 2PVQ A; 1TI1 A; 3FK8 A; 1K0N A; 4KCA A; 2F3M A; 3GUS A; 3HDC A; 2DBC A; 1JFU A; 2H1D A; 4JU5 A; 5C04 A; 3KP9 A; 9GSS A; 2C3N A; 4OO4 A; 3UEM A; 4FIW A; 5KN1 A; 2TRX A; 2H71 A; 2LTK A; 3H1N A; 4YAP A; 1WOU A; 4JRR A; 2ON7 A; 4GQF A; 4KE3 A; 1EGR A; 1JZR A; 1EGO A; 3ME8 A; 4PNF A; 1PKW A; 3GTU B; 1UVZ A; 4LA1 A; 1K0D A; 3GTU A; 2FWH A; 5AN1 A; 2B5X A; 1VGL A; 3ERF A; 3L9V A; 4L5O A; 4MPG A; 1C72 A; 2E0Q A; 1GL8 A; 2AUV A; 1B9X C; 3ZVJ D; 2O89 A; 4ECI A; 2VLU A; 2IIY A; 4GWR A; 3RAZ A; 4GF0 A; 2LKU A; 4IQ1 A; 2JU5 A; 1SKS B; 1XCC A; 2H01 A; 4ML6 A; 4K0G A; 3QPM A; 1TI3 A; 3CRU A; 5ECO B; 2DIZ A; 3K8N A; 2CX3 A; 4K9Z A; 2XPD A; 4HU9 A; 4ZBA A; 2N5B A; 3PGT A; 3E0U A; 3F4R A; 2C4J A; 1EOH A; 3CYN A; 2K8S A; 3W6G A; 1UN2 A; 4Q5R A; 5IIZ A; 3DKS A; 3VFI A; 5INY A; 3UIW A; 3LGC A; 5DDL A; 3VWV A; 1GTB A; 1ILO A; 3GRX A; 2HXK A; 5IMV A; 1R5A A; 1T3B A; 5HFG A; 1XW9 A; 4RI6 A; 3VI7 A; 2N5A A; 3UVH A; 1SL1 B; 1VRS D; 1TTZ A; 2FHE A; 1SK1 A; 2JAD A; 2I9H A; 3DWV A; 3LFL A; 5ECI B; 4PUR A; 2VCZ A; 2HZE B; 4OFT A; 1T7P B; 4AF2 A; 2GZP A; 1BJX A; 2NTO A; 3GKX A; 3GV1 A; 5C00 A; 3A2V A; 1W89 A; 2HSY A; 3FHK A; 3ZL5 A; 1FO5 A; 2YV9 A; 3DRN A; 3WT2 A; 17GS A; 2X99 A; 2EIQ A; 1AQV A; 3ZLP A; 3KTB A; 5IMF A; 2L59 A; 3CBU A; 1THX A; 3A5W A; 3IDV A; 2VL2 A; 2YZH A; 2C0D A; 4CW9 A; 2B6M A; 3F3R A; 4F82 A; 1LBK A; 5HR3 A; 3J7Y b; 13GS A; 8GSS A; 2L5O A; 3IE3 A; 1PQN A; 1SU9 A; 2OBI A; 3EIN A; 1MDK A; 2YWN A; 3HY2 A; 1TK8 B; 4KSO A; 4I8B A; 4XIH A; 3WYW A; 4DSS A; 3PH9 A; 1GUM A; 4EXJ A; 4G9H A; 1FVJ A; 1QUW A; 4E8E A; 4MJE A; 1BYE A; 2WDU A; 1MDI A; 1GTI A; 3MNG A; 5IMZ A; 2H0G A; 3MWH A; 3CSI A; 1OVN A; 1F9M A; 3HVV A; 2LS5 A; 1SJZ A; 5DJM A; 1TDI A; 3ZIT A; 2B3S A; 5DCH A; 4DSQ A; 4DSR A; 3QFA C; 4YAV A; 2LNS A; 1ZOF A; 2F8F A; 2FWE A; 2VM1 A; 2VCQ A; 3RDW A; 5ELG A; 4TW5 A; 2ZUP A; 4L0W A; 4F0C A; 2LJK A; 3D0Z A; 3Q74 A; 4XRD A; 4KGI A; 4MA9 A; 5FHI A; 3QAW A; 4ZL8 A; 3GX0 A; 2CT6 A; 1GUK A; 5JWR B; 3M9K A; 2J9H A; 1SK0 A; 2BJX A; 3IAM 2; 2L4Q A; 2C3T A; 3EVI A; 3IPZ A; 3IK7 A; 5HFK A; 2HRF A; 3QOU A; 3GIX A; 2V32 A; 3UAR A; 2FA8 A; 2KUC A; 2CAI A; 3KP8 A; 4ECC A; 3ZRD A; 1FB6 A; 4NWY A; 4G2E A; 5A4W A; 3V1W A; 3F4S A; 2CA8 A; 4FYB A; 4ZIJ A; 2H1A A; 4WBJ A; 1X5C A; 5L71 A; 4KX4 A; 3ZRE A; 4EUY A; 1THO A; 4ZB8 A; 2LQO A; 1TJD A; 3C1S A; 2GT5 A; 3D4T A; 2CVD A; 3M1G A; 3EU4 A; 5JCW A; 1GUH A; 2HE3 A; 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