3EMP | Genus

Total Genus 46

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	46
sequence length	161
structure length	161
Chain Sequence	LINTKIKPFKNQAFKNGEFIEVTEKDTEGRWSVFFFYPADFTFVCPTELGDVADHYEELQKLGVDVYSVSTDTHFTHKAWHSSSETIAKIKYAMIGDPTGALTRNFDNMREDEGLADRATFVVDPQGIIQAIEVTAEGIGRDASDLLRKIKAAQYVAAHPG

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__292324570060646__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__292324570060646__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3EMP/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__292324570060646__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"292324570060646","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3EMP/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__292324570060646__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfeca2b2dedae2c535d87ef/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfeca2b2dedae2c535d87ef/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfeca2b2dedae2c535d87ef/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfeca2b2dedae2c535d87ef/pdb.gz): 2391 ms

reading 161 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

161 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:160});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Salmonella typhimurium
publication title	Cysteine pK(a) Values for the Bacterial Peroxiredoxin AhpC pubmed doi rcsb
molecule keywords	Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
total genus	46
structure length	161
sequence length	161
chains with identical sequence	B, C, D, E
ec nomenclature	ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date	2008-09-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00578	AhpC-TSA	AhpC/TSA family
A	PF10417	1-cysPrx_C	C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	3empA00

3H8QA 4ILFA 1MTCA 2Z9SA 3GYKA 5JCWA 4OCEA 3Q19A 2H19A 3GX0A 3EYTA 2VCZA 3D5JA 2MMAA 2LJRA 1G7EA 1EEMA 3WGDA 3LFLA 2L5OA 3DWVA 2CA8A 2R37A 4OO5A 3HHVA 3ZYWA 2YOIA 3FZ4A 3FZ5A 4HJMA 2FD3A 1SKSB 5D9VA 1Y25A 4JR4A 4Q5RA 4YAPA 2GTUA 3H1NA 4KW6A 2BJXA 2G0FA 2P5QA 4GSTA 3H93A 2VLUA 1OYJA 3UAPA 5G5FA 2F9SA 3OR5A 4Q5QA 5F05A 2GDRA 3ME7A 1F37A 5IPHA 3SBCA 1JZRA 1EOGA 3ZMLA 2PVQA 3IK7A 9GSSA 3RPNA 2MMOA 1QUWA 4LMWA 4TW5A 1MD4A 4XS6A 2H30A 4XS1A 3C73A 4EL1A 4HJ2A 2FGXA 2B3SA 5CAXA 1BJXA 3PH9A 5CYYA 3IRAA 2GSSA 3IDVA 2YZHA 5CRWA 3VWVA 4TXOA 5C00A 3GA4A 3CSIA 1I9DA 2PUKC 3KM6A 3L4NA 1YZXA 3EE2A 1F3AA 2DIYA 2REMA 4GQCA 1Z6MA 2FWFA 2GT5A 5ID2B 7GSSA 4FO5A 1G6WA 1GSSA 1AQXA 1YEPA 3ZIVA 3RHCA 4Q5NA 3SWLA 3CRUA 1WOUA 5G30A 3HYPA 1ST9A 4KDUA 3EWLA 3TCOA 3C1RA 2HFDA 1ON4A 5A4WA 4MF6A 1X5CA 3GFKA 5ECPB 14GSA 1BEDA 3F9UA 4GLTA 2XBIA 3WGXA 4EF0A 2A4VA 3W8JA 3HKRA 3KTBA 1ZOFA 4K0GA 4HU7A 1HNBA 4GQFA 2PU9C 3RPPA 3HA9A 1NM3A 4MP4A 1WJKA 2WZ9A 4GSNA 1THOA 1FOVA 2VLTA 18GSA 3TKRA 5G2ZA 3FK8A 4JE1A 5CRHA 4TR4A 2QSIA 1U6TA 1XWBA 4ZBDA 4V2LA 1XBSA 1GH2A 3ERWA 1O85A 3G7YA 5DVBA 3LWAA 2OBIA 2VCTA 3QAVA 5EPFA 1HYUA 1VF3A 4EKZA 4HOJA 1SJZA 3GL5A 4K6XA 3WD6A 1TU7A 4H86A 3JCML 1DBYA 4XCSA 1YQ1A 3GHAA 1U87A 3GH6A 2V2GA 3F6FA 2K6VA 4MCUA 4AJ8A 2PBJA 1K0CA 2GLRA 3U5RE 2H1DA 2KUCA 1XWKA 2B6MA 4WF5A 2F8AA 4IN0A 4ZL9A 1GNEA 4J2FA 2CAQA 4TR1B 4JR6A 2B1LA 3ZLPA 1EGRA 1ZZYA 5B6NA 1A0FA 5DAKB 1QGVA 3M1GA 1PN9A 3P90A 1UVZA 5L71A 4AF2A 3WGEA 2H0IA 5F8BA 2DIZA 3HJOA 4PUAA 3GTUA 3GMFA 2VM1A 4KSOA 2CVDA 1SD9A 3FR6A 5IO2A 1VF1A 1G0TA 2DJ0A 2P31A 1B8XA 5HR1A 2ON5A 2HE3A 4LL1B 1A2LA 3ERGA 4ECCA 5LNKe 1R7HA 3G9BA 3KP8A 1GSQA 3TRXA 5KN2A 1HQOA 2I4AA 4FH8A 4XS4B 2A2SA 3ME8A 3IAS2 5ECIB 4WR4A 5IMVA 1MD3A 3I6AA 5F07A 5CRDA 3UBLA 1EV9A 1ZMAA 4AGSA 1O8WA 4D73A 2F8FA 3LYPA 4E8HA 2L6DA 1BQ7A 1Q98A 2AAWA 2B5EA 1B9XC 3TJJA 2H73A 3A3TA 2JU5A 3VK9A 4HQSA 4HI7A 2HYXA 4WBJA 5D93A 4EVMA 4KAEA 2H8LA 1RQMA 2K8VA 5AGYA 2C3TA 3KEBA 1PA3A 1AXDA 2FNOA 5IMDA 1YKCA 2OA7A 3IC4A 3MNGA 2KLXA 1GUKA 3CBUA 2ZUPA 3LJRA 2A2RA 1F6MC 3BBYA 4I97A 1TRSA 4HUAA 1GSEA 2H6ZA 2D2ZA 4ZILA 4NHZA 4I2TA 4LA1A 4MJBA 3LORA 1X5EA 12GSA 5HR0A 6GSSA 3MSZA 1XVWA 3IXRA 5COHA 4CDOA 1K0DA 5ECKB 2LSTA 1AW9A 1FW1A 3MWHA 4WEYA 2XBQA 1VF2A 3IK9A 2I3YA 3HVVA 4EE0A 4K7IA 1RW1A 1PMTA 4DSRA 4FYCA 4YQUA 2YJHA 4IBPA 2TRCP 2VCQA 4HDEA 2X8HA 4OMVA 5EL8A 1GSYA 6GSXA 5JCGA 3TKQA 1JLWA 1GUMA 2B1KA 3KZQA 4PUFC 3EMXA 1IYHA 2GQMA 4IJ3A 1C72A 1MEKA 2E0QA 4ZBAA 2FA8A 3VURA 2F51A 4OWYA 2I81A 4TXOB 1B4QA 1XPVA 3ZVJA 1YF0A 1H75A 1T00A 3FHKA 3HY2A 4KH7A 2CT6A 1M0UA 4LLRA 4AJ6A 2C80A 4TXVA 5EVOA 2KHPA 3BCKA 1SYXA 3J7Yk 1O6JA 2VL2A 3VPQA 5CP1A 5KN1A 16GSA 4V2NA 2VAFA 4ML1A 2H1GA 2BTOT 5A4VA 1M2DA 1GL8A 1M99A 1KEBA 4ID0A 1TJDA 1AIUA 2DBCA 2KP2A 4WKWA 1XCCA 3TKPA 3C7MA 1FAAA 1M2AA 4YQMA 1WRYA 1K0AA 1MDKA 1SU9A 3N9JA 2GVPA 5ECOB 1WWJA 4IJIA 3J7Yb 4ZL8A 3LYKA 3QR6A 5J3RA 4MZCA 1PKZA 4KA0A 1PQNA 2NTOA 5KN3A 1K0NA 2FUG2 5E4WA 1DUGA 5INYA 4IQAA 1BG5A 5HFKA 1I5GA 3TOUA 1SYRA 2DJ1A 1GP1A 4GF0A 2FCHA 3ZIJA 1TDIA 1X0RA 3FW2A 5ECRB 1TRUA 1YY7A 5CNWA 1PX6A 4PGTA 3UVHA 4KUNA 5D9TA 3EC3A 5ABRA 3NZNA 1HD2A 2R6KA 1ERTA 3FR3A 2XPDA 1JHBA 2HLSA 1XW9A 1FB6A 1XW6A 1K3LA 2LNTA 4BVYA 1N8JA 1R26A 2P0GA 1K0OA 1HNCA 4TR0A 3CTGA 3E0UA 2YV9A 5ECSA 2AYTA 1GSUA 1T7PB 1ILOA 3WYWA 2FLSA 3C8EA 4OD7A 5J4UA 2CX4A 5DQSA 4XTSA 1AC1A 3TGZA 1V9WA 3EU4A 3K8NA 2OKAA 1XFLA 2G2QA 4WF4A 4OFNA 3GSSA 3TOTA 4ZIJA 2O8VB 2K9FA 5ECLB 3F6DA 3KP9A 5D96A 4I6XA 2EC4A 1V57A 4HZ4A 3GKMA 1GTUA 1YEXA 5HR2A 2ZNMA 3H79A 2O7KA 4TKYA 4XIHA 3UJ1A 4POKA 5B8AA 3L9UA 4PQIA 2LS5A 4FYBA 3EINA 4DEJA 2YNXA 5EY6A 2H71A 1ZL9A 2B5YA 2QC7A 2AB6A 1XWGA 2R2JA 2IMFA 1TK5B 2CZ3A 4GTUA 5GSSA 2X8GA 2JADA 5KN0A 4HU9A 2KOKA 4FYUA 4G2EA 3DRNA 5LD0A 3KTLA 1VF4A 2VIMA 2I1UA 4X1UA 5H5QA 4ZB9A 3TKSC 2CVKA 1Q4JA 4K7OA 4KSMA 4KX4A 5B6MA 1PKWA 3L9SA 4O32A 5G1LA 2EIRA 1QFNA 1F2EA 3G7JA 1X9MB 1X9SB 1URMA 1Z9HA 2EIQA 3TB2A 1XWCA 3QDNA 3GNJA 3ZL5A 4KDYA 2YANA 2YWIA 1YDKA 5DJLA 4NV5A 1WMJA 4GWRA 4HZ2A 2CZ2A 5D8IA 1A2MA 1K3YA 3UARA 3GL3A 2O89A 1TW9A 2N5FA 4MDCA 3ZVJD 2C4JA 4IP1A 4EO3A 5DCGA 2H66A 1XOAA 3GKNA 3F4RA 3WT2A 19GSA 2RUEA 3EURA 5DBQA 4K2DA 1TOFA 3VWWA 4K9ZA 1EP8A 1A24A 3C71A 2M80A 5ECNB 2GT6A 2IFQA 1QMVA 2N5BA 4N0VA 8GSSA 1GNWA 2JACA 4JU5A 1SD8A 2H6YA 2V32A 4HQZA 5DALB 3ZREA 3PR8A 4AJ7A 4HS1A 2AV4A 2P5RA 2LQQA 3GUSA 3VLNA 1M7TA 1M9BA 3EVIA 3ZFLA 1YJ6A 1TI3A 1PGTA 3F3RA 3M8NA 5HFGA 4L8EA 5GAND 1W89A 3QOUA 1SKRB 2ZCTA 1LJRA 4RQXA 1TP9A 2JL4A 2VCVA 2MZCA 3QAGA 1TU8A 4EC0A 3GX8A 3KCMA 1A8LA 2RIIA 3IE3A 4BL7A 2VLVA 3Q74A 2B7KA 3DXBA 4MPFA 1FG4A 3UMAA 2LRCA 3M3MA 3CRTA 4MLYA 5B7CA 2JZSA 5G1KA 2PVOC 3A2XA 2X64A 3APSA 2WFCA 2R4VA 1USBA 4IS0A 4F0CA 2E7PA 2GZYA 3FYGA 5D73A 4MH2A 2OACA 4O5RA 4TR3A 4BVXA 1YKAA 3QFAC 5JCUA 4RI7A 2DJJA 3HZ8A 3I9V2 2I9HA 5HQPA 2C0GA 4MH3A 3VFIA 1SJ6A 3CSHA 3KXOA 3D22A 3CSJA 1Z5YE 2QGVA 2RM5A 3A5WA 2IIYA 5IOWA 4OCFA 2ES7A 2LRTA 3UOMA 3TRQA 4WETA 4X0XA 4L5OA 4CHSA 1ERWA 2PMTA 1M9AA 3VWUA 1ZGNA 1FVKA 10GSA 1U88A 3L9VA 3D21A 5IQYA 3ERFA 3RBTA 4MF5A 4J57E 4TOPA 2H74A 4IVFA 3IV4A 4JRRA 2LEGA 4BWQA 2L59A 4DSSA 3LQ7A 1G7OA 1BYEA 1SENA 3DVXA 1UC7A 1PSQA 1BAYA 5A5KA 5JWQB 3F4SA 1Z3EA 2IJYA 1GULA 3D4TA 3DGQA 1ML6A 4MZWA 4J56E 2FA4A 1EWXA 2DJ3A 1V40A 4ULXA 3P7XA 2V6OA 1EP7A 4KE3A 2LUSA 2LQOA 1DE1A 1X5DA 3D6IA 3VWXA 20GSA 4V1Ap 4ZXGA 4F0BA 3GN3A 1OKDA 13GSA 1TRVA 1SJIA 3F0IA 2MYGA 5H5RA 1PL2A 5IMZA 3MAKA 4OO4A 1S3AA 2PWJA 3HCZA 2CVBA 1ERUA 4TN8A 4ACSA 4N11A 4I8BA 2H6XA 4G19A 4ZBBA 4EXJA 4K7NA 2OE1A 1TXXA 2JZRA 2VL3A 1J0FA 2GSTA 4QL7A 1R5PA 2DC5A 3HVSA 4Q5FA 2LJKA 1QK8A 1F9MA 3IOSA 1O81A 2GZPA 3O6TA 4NWYA 4IHUA 1VGLA 1U3AA 3P2AA 1X9WB 2N5AA 5B8BA 2LNSA 3TKSE 3S9FA 5DJMA 3D0ZA 5IMFA 2AHEA 5ECMB 1A2JA 4WXTA 2HZEA 5GSTA 1K3OA 4GRFA 4XHMA 1EZKA 1GSDA 5DAKA 3TJFA 1Z7RA 6GSYA 2O87A 3R2QA 2VCWA 1Y6EA 2YCDA 1N2AA 3UVTA 1GRXA 2NDOA 5IO0A 4KDXA 2L57A 2WULA 2ALBA 2NBSA 3FY7A 2YPMA 2H1AA 2WS2A 3DYRA 1WE0A 1OE7A 2FHEA 1J9BA 4ML6A 2GS3A 2F3MA 2CQ9A 3KH7A 1V2AA 5HFIA 2CX3A 3CTFA 3ZZXA 3IA1A 2H0HA 3APQA 2VL9A 3KMOA 2B7JA 5ELGA 3A2WA 4KCAA 3LG6A 2PPTA 3ZMKA 17GSA 3TJKA 5ECQB 2WGRA 2TRXA 4GCIA 1OE8A 4MMMA 3AY8A 2HRFA 3DMLA 1GWCA 1AQVA 2GGTA 5LCZA 4LL4B 3FZ9A 3UL3A 4MPGA 1PL1A 4N0ZA 1THXA 4LMVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2FWG A;  1ZYE A;  1NW2 A;  3HJP A;  1TI1 A;  1T4Z A;  2H75 A;  3D4M A;  1TKD B;  5AIS A;  3DKS A;  1PFO A;  4IGJ A;  5J9C A;  4TR1 A;  2FWE A;  2VM2 A;  1ZYQ B;  4IW9 A;  3M9J A;  4IEL A;  1GLP A;  1GLQ A;  2YV7 A;  3HZ4 A;  3E3E A;  3KH9 A;  1K0M A;  1OAZ A;  3HVX A;  2IL3 A;  4BWS A;  2CAI A;  3EPT A;  2C3N A;  2VO4 A;  3M0F A;  4ZL7 A;  1ERV A;  1SK0 A;  5FT3 A;  1XVQ A;  2RLI A;  2PN8 A;  4P3Y B;  2VD0 A;  4EDZ A;  2IMD A;  1SK2 A;  2LV3 A;  3KIJ A;  5CRG A;  3DEX A;  2C8U A;  2MMN A;  1EV4 A;  1GSF A;  3LGC A;  1BX9 A;  4NPB A;  2B5X A;  2FY6 A;  1O8X A;  1Z7P A;  4Z2R A;  1S3C A;  2GZZ A;  5F06 A;  3F8U A;  3ZFB A;  1OC3 A;  2XC2 A;  1GTI A;  4XS4 A;  5H5S A;  4BPY A;  3HXS A;  2JSZ A;  5IOX A;  3TUE A;  1JZW A;  3HDC A;  4XRD A;  3TDG A;  3N5O A;  3VI5 A;  1FHE A;  1KTE A;  4POM A;  1OKT A;  3LXZ A;  4MF7 A;  2H72 A;  2FWH A;  3W6G A;  2OAD A;  4KB3 A;  22GS A;  1QXH A;  4GSS A;  5F0G A;  2A4H A;  2NVL A;  6GSU A;  4XRA A;  6GSW A;  2VD1 A;  5AN1 A;  1PD2 1;  3GST A;  1AUC A;  4MNN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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