3EU4A

Crystal structure of bdbd from bacillus subtilis (oxidised)
Total Genus 70
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
70
sequence length
185
structure length
185
Chain Sequence
NDAVSGQPSIKGQPVLGKDDAPVTVVEFGDYKCPSCKVFNSDIFPKIQKDFIDKGDVKFSFVNVMFHGKGSRLAALASEEVWKEDPDSFWDFHEKLFEKQPDTEQEWVTPGLLGDLAKSTTKIKPETLKENLDKETFASQVEKDSDLNQKMNIQATPTIYVNDKVIKNFADYDEIKETIEKELKG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure and Biophysical Properties of Bacillus subtilis BdbD: AN OXIDIZING THIOL:DISULFIDE OXIDOREDUCTASE CONTAINING A NOVEL METAL SITE
pubmed doi rcsb
molecule keywords BdbD
molecule tags Oxidoreductase
source organism Bacillus subtilis
total genus 70
structure length 185
sequence length 185
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-10-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13462 Thioredoxin_4 Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3eu4A00
3A3TA 6GSUA 3DEXA 3BBYA 1X9SB 3IR4A 4KUNA 5D96A 3HXSA 1SD8A 1G7OA 1XVWA 2V41A 4WBJA 2EIQA 3WYWA 2X8GA 3EVIA 5G2ZA 4GQFA 2H6XA 4YAPA 3EWLA 3LQ7A 5F07A 2WZ9A 3QAGA 3TOTA 2PBJA 5DDLA 4G2EA 5B7CA 2LTKA 2JZRA 3GN3A 1OYJA 5D9TA 3SWLA 5AISA 4N30A 3I43A 1G6YA 5ECSA 2A2SA 2GQLA 2H74A 4HDEA 4L5OA 3UOMA 1HD2A 2L59A 1KNGA 3BOAA 1FOVA 3EURA 3HDCA 4O5RA 2VOCA 3F63A 3TJBA 1XW6A 4OFTA 3LG6A 4DSRA 1WIKA 3LFLA 2I3YA 1X5CA 2VLTA 4NHWA 1OKTA 5ECIB 1JZOA 4FH8A 2YV9A 3APSA 4F2IA 3P8WA 3FEUA 2O8VB 3UL3A 3ZMLA 1ZL9A 3RBTA 2CVKA 2DJJA 2H70A 2IMKA 4K0NA 2KP1A 2C1YA 1JHBA 5J9CA 3F4RA 4K0GA 2H1GA 4H86A 4F82A 1T8EB 4KCEA 3M9JA 2O7KA 4POKA 5ID2A 2K18A 4EDZA 1X9WB 3ZZXA 2PN8A 2R4VA 3LORA 4X0XA 3GSSA 3TJKA 3LEFA 2A2RA 2GSQA 4BWSA 1X0RA 1SU9A 1A2JA 2YWOA 3MNGA 4KSOA 1DUGA 3FK8A 2QGVA 2LRCA 1M7TA 2CVBA 2H8LA 1DE1A 2QC7A 1BAYA 2VCTA 4N0ZA 1S3CA 2WDUA 5ECLB 4NV5A 2GDRA 1EV9A 2WS2A 1TK5B 4I5QA 1UN2A 3F6DA 2F3MA 1R5AA 1GL8A 5J5NA 3LYKA 4ZL7A 2B6MA 2P5RA 1WJKA 4JRRA 4MK3A 4GTUA 2H19A 2CX3A 4FYUA 3ZITA 3BD2A 4BPYA 3ZIJA 2H01A 4HOJA 1AIUA 2KLXA 3FZ9A 2DSAA 4KDYA 2H1DA 2K8VA 3IOSA 3FR9A 5ABRA 1EOGA 2WULA 4WR5A 4GQCA 1ZMAA 1QQ2A 1E2YA 4TR3A 2DJ0A 4OO5A 5F05A 2YWNA 5E4WA 3ZVJA 2B3SA 4GXZA 4FO5A 4N11A 3FKFA 3W8JA 5DJMA 1GULA 3ZFBA 4MH3A 1ZYQB 4LA1A 4KNDA 1LU4A 4IS0A 3UAPA 1GSYA 3C71A 3E0UA 1O81A 3VI7A 3WD6A 4PX1A 1M9AA 3HKRA 3F8UA 2HXKA 3IC4A 3ME8A 2PVQA 3EMXA 6GSVA 4IHUA 3LGCA 3TRXA 4TW5A 2GZZA 4TVEA 5JWRB 4TXOA 22GSA 4K1FA 4XS4A 1ERWA 2VD0A 1U88A 4MJBA 2RIIA 2E2GA 2L6DA 1SJZA 1SK1A 1T00A 1PX7A 1XOAA 3VK9A 2X8CA 4EO3A 1ON4A 5DBQA 2B7KA 2WRTA 4JE1A 1O8WA 3L0HA 4MF6A 4CHSA 3PINA 2LRNA 2VM2A 3A2VA 4XRAA 2LUSA 3MWHA 1XBSA 1HYUA 1YEPA 2C0GA 3QAVA 5CRDA 5G1KA 1A8LA 2CT6A 3CMIA 1ERTA 2F9SA 3GX8A 2IPAA 4PQHA 5KN3A 4TR0A 2CVDA 2YCDA 4O7HA 4PGTA 4HU9A 5EVOA 2YANA 4MJCA 5ENUA 2NTOA 4IQ1A 3TKPA 3V1WA 5DVBA 1CQGA 1QFNA 4I6XA 1EWXA 1J9BA 5IO0A 3RDWA 4IELA 1GTAA 3IK7A 1XWAA 1CQHA 3DRNA 3VI5A 4JR4A 3MDKA 4EF0A 5IIZA 2OA7A 1YZXA 5HR0A 1MD3A 4HZ2A 3TB2A 4ML1A 4IP1A 2DMMA 3ZTLA 1SYRA 2NVLA 1WMJA 3H4KA 2YNXA 3GKXA 3KTBA 2L4QA 4HQSA 2VL9A 4KE3A 2KHPA 5L71A 3IRAA 1SKSB 3QDNA 5DCGA 2IWTA 1YF1A 4IJIA 1Y6EA 1YKCA 5IM9A 2M46A 3DWVA 2DLXA 2C0FA 1ILOA 1AW9A 3FYGA 3UJ1A 2DJ1A 1TU7A 1DSBA 1XWCA 1Q98A 3UIWA 2N5BA 3E9JB 3IA1A 4JZQA 4YH2A 3TKRA 9GSSA 3KTLA 1M99A 3E3EA 2I4AA 3J7Yb 2ON7A 4KDUA 3KGKA 3RHCA 5KN0A 1FVKA 3QD9A 2IMEA 5D9WA 1PX6A 3D6IA 3L9SA 3TJGA 2C0DA 4TXVA 1VF3A 2H0HA 2IJYA 3RAZA 1FW1A 5IMCA 2GTUA 1A2MA 4ZL8A 4ZBAA 3GRXA 4WETA 1Z9HA 3IV4A 3IHQA 4Z7XA 1EEMA 3H1NA 12GSA 5ECQB 3GNJA 3I69A 1KEBA 4F0CA 3M0FA 2RUEA 4NAXA 4HEA2 4NHZA 1J0FA 18GSA 5FWGA 1PQNA 5H5QA 2DJ2A 4P3YB 2AJQB 3IAS2 2XBIA 4DSQA 3WT1A 2JACA 5IMFA 5GSTA 4G19A 2GZYA 3LXTA 3Q18A 2GVPA 2BMXA 4MH2A 3ERGA 1YF0A 2L4CA 4K2DA 2MMOA 1OAZA 1K0DA 2HNLA 4CDOA 2IMIA 1EV4A 1K0AA 5HR2A 3QOUA 1XZOA 2XBQA 1YEXA 2ZNMA 2R3XA 1I9DA 1O8XA 2M72A 2MMAA 2JADA 2H30A 3ZL5A 2YV7A 3ZVJD 5F06A 4TRXA 1NSWA 1XWGA 2GQMA 2R6KA 2PGTA 1T3BA 3EMPA 2CZ3A 5JCGA 5JWOB 4MZWA 4NWYA 3H79A 5GAND 4F03A 3UVTA 1TKDB 2CQ9A 1OE7A 5DCHA 4ZILA 5ID2B 3JCML 2FCHA 5IOWA 5J3RA 5J9BA 4KB3A 1TW9A 4E8EA 5COHA 2VIMA 3Q19A 2VL3A 5JWQB 3GL3A 4PUAA 1FVJA 3UBKA 1KBNA 4IJ3A 3SBCA 1BYEA 1GNEA 4MABA 3TRPA 1YJ6A 3UMAA 2FWGA 5G30A 2FGXA 2VL2C 5EY6A 5EL8A 4QQ7A 4Q5FA 3HYPA 1XPVA 3DYRA 2LKUA 2R37A 4PNGA 2IN3A 1AAZA 2ZUPA 3ZLPA 4NMUA 1U3AA 4NV2A 1G0TA 1NM3A 1VRSD 2AYTA 3TJJA 4K8MA 3C8EA 2LJKA 5B6MA 2IL3A 2N5FA 3KJYA 3ISOA 4KAEA 1SK2A 4Q5QA 2LQOA 3GSTA 4LL4B 3QR6A 4HUAA 1GSDA 2DJKA 3NZNA 1GSFA 2F51A 1Z3EA 2XPDA 4MA9A 2C0EA 1XW9A 2Z9SA 1SL2B 4D73B 1G6WA 3LWAA 2M80A 2K6VA 5GAPD 4ILFA 6GSSA 3VLNA 1EP8A 2WB9A 4IKHA 2FA8A 2GS3A 2H73A 2BTOT 5HR1A 3UEMA 2DBCA 5H5SA 2FNOA 4JU5A 2PUKC 1WOUA 5GSSA 1THXA 3AY8A 2ALBA 2R5GA 2O87A 1EGOA 5IOXA 16GSA 4HU7A 3GA4A 3KEBA 1JLVA 3DIEA 4XS4B 3D22A 1EOHA 2CX4A 5KEJA 1HNCA 2WJUA 2HLSA 3HA9A 2R2JA 1YKAA 1T7PB 3HZ8A 5AIVA 1ML6A 1EGRA 1A0RP 2C3TA 2HZEB 4MF5A 4JEDA 20GSA 2RUFA 4MJEA 2C3NA 5HR3A 1PKWA 4EDYA 4DEJA 4XRDA 4GRFA 1W4VA 1XOBA 3GYKA 4QL9A 4G10A 1X9MB 3G7IA 4TR1B 1YQ1A 2NBSA 3D0ZA 1BJXA 3R2QA 1R4WA 2GSRA 1GP1A 4WF4A 2NDOA 3KMNA 5KN2A 4PQ1A 2IFQA 14GSA 4LMVA 4ML6A 4OFNA 2NPBA 2HSYA 2LS5A 4L0UA 2YJHA 2BJXA 4KSMA 3GKKA 1GH2A 2J9HA 4FIWA 1TRVA 3P2AA 2FHEA 1Z7RA 4KX4A 4J56E 3TKQA 3CRTA 3G7YA 3I9V2 1PRXA 3VWUA 2YZUA 1QK8A 5J41A 1ST9A 1GSUA 2RM6A 2EIRA 1C72A 4HI7A 1N8JA 4HQZA 2C4JA 1B4PA 4XS1A 5LCZA 1VGLA 4K7IA 2MMNA 3OR5A 2JSZA 2B5YA 2C80A 1R5PA 1K3OA 2KUCA 1K0NA 1LJRA 2L6CA 2GLRA 5HFIA 1SYXA 1GTUA 4XIHA 1EZKA 3EE2A 4TOPA 3QFBC 4XHMA 4RQXA 1V98A 2V6KA 4WF5A 3FRCA 4LMWA 3H8QA 5G1LA 3LXZA 5CNWA 1GTBA 4GSNA 1H4OA 2VCZA 3O3TA 4K9ZA 2DJ3A 1URMA 5FHIA 3WT2A 1TI1A 2A4VA 5CRHA 1SD9A 3LSZA 4PUFC 1R7HA 3FW2A 2DMLA 4I2UA 3TKSA 2B5EA 2DIZA 2AHEA 1W89A 4PXOA 3DKSA 3APOA 2C8UA 3ED3A 3NOFA 3KH7A 1SL0B 1SKRB 3KH9A 4IW9A 1PD21 4ZB9A 4OWYA 4AF2A 4OCFA 2FD3A 1K0MA 5D9XA 1XXUA 4OFMA 4RI6A 4DSSB 4K6XA 2O89A 3F4TA 5AN1A 2YWIA 1WWJA 2K9FA 5J4UA 4NXIA 3ZIVA 3HJPA 3ZFLA 2F8FA 2PERA 2B1KA 1V9WA 4OMVA 4IQAA 5CP1A 1B8XA 2V1MA 3GX0A 3HZ4A 2OJLA 3GIXA 1V40A 1XWKA 2HE3A 1GNWA 5D73A 1A0FA 1UA5A 4YQMA 2VCQA 2X99A 3H93A 3D21A 1T1VA 1ERVA 3QFAC 2VCVA 2OACA 1M2BA 2LNTA 3A2WA 1VF1A 3O6TA 2KOKA 3CXGA 1KTEA 4IBPA 1GSSA 1WPIA 3WGXA 3P90A 3UARA 3EC3A 5G5FA 4L5LA 5ECNB 2G0FA 3D4TA 3GH9A 3IBHA 1PA3A 2H0IA 5CO3A 2B1LA 4IP6A 1T4ZA 3ZRDA 5G5EA 5DALB 1K0CA 5IPHA 3QAWA 2KP2A 5B6NA 1PN9A 1EEJA 4I2TA 5IO2A 3U5RE 4J2FA 1V58A 1SJIA 2HFDA 2GSTA 2N5AA 5IMAA 4PNFA 1R26A 1M2AA 2AAWA 3F9UA 3GMFA 3ZREA 1MDKA 1TRWA 2LNSA 2VLUA 2GT5A 5A4UA 3GHAA 3K8NA 5DAKA 4MDCA 2V6OA 3HVVA 1A8YA 3KZQA 3KMOA 4MF7A 3L9UA 5B8BA 4FYCA 1QXHA 1M2DA 5DJLA 3CSHA 3MAKA 1JZWA 4ZIJA 3TOUA 3HJOA 1THOA 3CBUA 13GSA 4WEYA 4BA7A 2YZHA 3ZYWA 3VURA 4MPFA 4EXJA 1FG4A 1F3AA 4GSTA 1O6JA 3PH9A 2I9HA 11GSA 3CSIA 1TU8A 1OVNA 4F0BA 2HI7A 4TR4A 1U6TA 3G9BA 1PKZA 1YDKA 2WFCA 2ES7A 1S3DA 1ZCPA 2C3QA 3CTGA 1XW5A 4RUVA 3KP9A 4X1UA 2TRCP 4Q5RA 8GSSA 4POBA 2H1AA 4KH7A 2VLVA 4FYBA 3Q74A 1TDIA 4JBBA 3US3A 2RLIA 17GSA 2H6ZA 2XHFA 1GUKA 2VCXA 2V2GA 4OCEA 1M9BA 3QCPA 2IMDA 2MZCA 5HFKA 5D9VA 3IAM2 10GSA 2O85A 3DGQA 3UBLA 1U3IA 4XCSA 5D8IA 3N9JA 5HFGA 2LRTA 3TKSE 4YAVA 5CRGA 4EL1A 5LNKe 1A2LA 2P0GA 2FWHA 2TIRA 1DBYA 5ECPB 1F37A 4E8HA 1MD4A 2PPTA 3VWXA 5JCWA 1M0UA 2YWMA 2OBIA 4O92A 2CZ2A 2MYGA 2VL2A 3FR3A 3VFIA 2P5QA 2CAQA 3KP8A 2GSSA 4MLYA 3C1SA 1GTIA 4ULXA 1J08A 3QMXA 4OD7A 5HQPA 1XVQA 3MSZA 4AGSA 4G9HA 4I8BA 3I6AA 1RK4A 1VF4A 5C00A 4ECIA 2HYXA 1SKWB 1Z5YE 3IXRA 4O32A 2QKEA 2G2QA 3GV1A 1ACVA 3LJRA 3ERFA 5C04A 3FZAA 1B4QA 3GL5A 1K0OA 1GRXA 1NHYA 2XC2A 3GTUA 1TTZA 2H71A 4OO4A 4AJ7A 1IYIA 2IFQB 1Q4JA 1JZDA 3L9VA 2V32A 1PSQA 2YOIA 1UVZA 1A24A 2VAFA 1OKDA 1AQVA 2EC4A 4HJMA 1X5DA 3HHVA 3HVSA 2MBTA 4ECCA 3ERWA 4KA0A 2K8SA 2E7PA 2VO4A 4KDXA 1JLWA 2LEGA 5AIXA 4ECBA 1GWCA 2L57A 2FWEA 1Z6MA 1ZOFA 3DD3A 2MMZA 4KCAA 5CAXA 3L4NA 3QPMA 1PMTA 1AQXA 1GSQA 2WGRA 2OE0A 3C73A 1B9XC 3KCMA 4N10A 3HCZA 4V2LA 1GUMA 3M9KA 2FY6A 1N2AA 4HJ2A 1OC9A 5CREA 3FY7A 4TXOB 3TRQA 3RPNA 2JSYA 3KD0A 3L78A 1OE8A 4WBRD 3M3MA 4EE0A 1BEDA 4N0VA 3IPZA 4ZB6A 3HVXA 5ELAA 2GZPA 2JZSA 3VWWA 4F9ZA 1RQMA 2CA8A 1AXDA 3EU4A 5ECOB 1GLQA 4POLA 1XWBA 1HNAA 4PURA 4XS6A 1Z7PA 2E0QA 2H76A 1S3AA 3GFKA 4BL7A 5INYA 3Q6OA 2HZFA 1TI3A 1WRYA 4MCUA 4L0WA 4ZBDA 1GUHA 2FWFA 2YN1A 5H5RA 1T4YA 1AC1A 1YY7A 1LBKA 1BX9A 3PR8A 2PVOC 3DMLA 2OKAA 3UVHA 4DVCA 1DE2A 2AV4A 2LV3A 5AGYA 1F9MA 2H75A 3A5WA 3GKNA 3F3RA 5E59A 2PWJA 4EC0A 1UC7A 1JFUA 2L5LA 4IVFA 4RQRA 3TDGA 1WP0A 4V2MA 1MTCA 1NW2A 4LLRA 2EIOA 1FO5A 5LD0A 4D73A 4ZB8A 2AUVA 1MDIA 4LL1B 3D5JA 4YQUA 5DQSA 1K0BA 3F0IA 3A2XA 5IQYA 5A5KA 2H1BA 1QUWA 5KN1A 3TUEA 1B48A 1HQOA 4JR6A 4RI7A 4V2NA 3F4SA 4EVMA 2ZCTA 1AQWA 5IMZA 3BJ5A 1TOFA 2X64A 1V57A 1F6MC 3CYNA 4IN0A 5ECRB 1K3LA 1TXXA 5ECMB 3WGDA 5IMDA 1FAAA 1U87A 1FHEA 1V2AA 3FR6A 2WCIA 2FLSA 2H0GA 3EU3A 5GZZB 6GSYA 5ELGA 2RM5A 2VM1A 5F0GA 2HZEA 4HS1A 1OC8A 2IIYA 2PU9C 1F3BA 2B7JA 2IMFA 4WXTA 3EYTA 4GCIA 3O76A 4NPBA 4TKYA 1PL1A 1TRUA 3FZ5A 5CYYA 4BVXA 1XFLA 2VUPA 2E2MA 4MZBA 4TR1A 4CW9A 4K7OA 3KM6A 2TRXA 4WKWA 1TK0B 1X5EA 2H6YA 3F3QA 4PQIA 5IPGA 6GSXA 5A4VA 3C7MA 4GF0A 4HZ4A 3RPPA 3GH6A 3TKSC 2I81A 2YP6A 3FZ4A 3D4MA 2I1UA 1XCCA 2JL4A 3W8SA 1O7UA 3CSJA 2GGTA 4XTSA 5G31A 3VWVA 2MBSA 2CV4A 3HD5A 5EPFA 3IDVA 4X43A 5DAKB 2FA4A 3HY2A 1O85A 2CAIA 1FB0A 2D2ZA 1SJ6A 2OADA 4J57E 1G7EA 1OC3A 2GT6A 1QMVA 3G7JA 2OE1A 1AUCA 4GWRA 3J7Yk 1QGVA 3LYPA 1JZRA 1E6BA 2LJRA 1TK8B 5ECKB 4YQVA 3BCIA 4ECJA 1SL1B 4MP4A 3U6VA 3IK9A 4BWQA 2YPMA 4GLTA 2LQQA 4ZXGA 1TRSA 1O73A 4EUYA 4MJAA 3F6FA 3DXBA 1TJDA 3PGTA 2ON5A 1ZZYA 1I5GA 4ZL9A 1EP7A 4V1Ap 1TP9A 5CRWA 2JU5A 1RW1A 3IE3A 5D93A 3GUSA 2DC5A 2LSTA 1SENA 2HRNA 1USBA 3ME7A 4AJ8A 3M8NA 1F2EA 1FB6A 3CTFA 2F8AA 3RHBA 5DQYA 3DVXA 4GSSA 5JCUA 2OBKA 4MZCA 4ID0A 3TCOA 3W6GA 2XPEA 5FT3A 2AB6A 5F8BA 4I97A 1ZGNA 3BCKA 1H75A 2X8HA 5B8AA 4ISDA 3HJMA 2J23A 3VPQA 1MEKA 3S9FA 3KXOA 4WR4A 2DIYA 4KW6A 2VD1A 4DSSA 1NHOA 1HNBA 3WGEA 4TN8A 2FUG2 1GSEA 3M1GA 6GSWA 7GSSA 2H72A 4MPGA 3VPTA 3ZMKA 1WE0A 2QSIA 2HSHA 5IMVA 2H66A 3TGZA 1PL2A 1ERUA 3CRUA 1IYHA 1GLPA 2OE3A 6GSTA 2JZTA 2HRFA 3GURA 4IGJA 4EKZA 1PGTA 3N5OA 2YJ7A 3GTUB 1A23A 19GSA 5ECHB 2L5OA 3NIVA 1SK0A 4V1Ag 2REMA 2PMTA 5A4WA 4Q5NA 4POMA 3KIJA 3C1RA 4ZBBA 4QL7A 1XIYA 1Y25A 3EINA 4ACSA 3P7XA 3FHKA 2HT9A 1ABAA 2LJAA 2B5XA 1K3YA 2VCWA 2P31A 1VF2A 2GQKA 1ZYEA 3TJFA 4KGIA 5DALA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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