The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
54
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sequence length |
208
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structure length |
204
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Chain Sequence |
MKLAPYILELLTSVNGTADLLVPLLRELAKGRPVSRTTLAGILDWPAERVAAVLEQATSTEYDKDGNIIGYGLTLRETSYVFEIDRRLYAWCALDTLIFPALIGRTARVSSHCAATGAPVSLTVSPSEIQAVEPAGMAVSLVLPQEAADVRQSFCSHVHFFASVPTAEDWASKHQGLEGLAIVSVHEAFGLGQEFNRHLLQTMS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structures of the Organomercurial Lyase MerB in Its Free and Mercury-bound Forms: INSIGHTS INTO THE MECHANISM OF METHYLMERCURY DEGRADATION
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Alkylmercury lyase
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| molecule tags |
Lyase
|
| source organism |
Escherichia coli
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| total genus |
54
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| structure length |
204
|
| sequence length |
208
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
4.99.1.2: Alkylmercury lyase. |
| pdb deposition date | 2008-10-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF03243 | MerB | Alkylmercury lyase |
| A | PF12324 | HTH_15 | Helix-turn-helix domain of alkylmercury lyase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Thrombin, subunit H |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5C17 A; 5C0U A; 3F0O A; 3F2G A; 3F0P A; 3F2H A; 3F2F A; 3FN8 A; 5C0T A; 5DSF A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2J5U A; 2ZCK P; 2J4I A; 1O30 A; 4M9F A; 1ELF A; 1SLX B; 3KHV A; 1AFQ B; 2TIO A; 1L4Z A; 3M61 U; 3RDZ A; 2GCH G; 2ALP A; 7GCH G; 1DSU A; 1W7G H; 1BMA A; 4YTA A; 1IQG A; 2H1U A; 1ZSL A; 3A84 A; 4I8H A; 2J34 A; 4K8Y A; 5A0A E; 2YNB A; 2KCP A; 2OQ5 A; 4F4O C; 2BD5 A; 2AFQ B; 5C1X A; 2VH0 A; 1J14 A; 4IGD A; 3KQE A; 2L74 A; 1GJ9 B; 1QNJ A; 1YPH E; 2VGC C; 3OEE D; 4NFE A; 3BTF E; 1BIT A; 2ZA5 A; 3VB6 A; 4Q80 A; 3LGI A; 2D1J A; 3FVF B; 4CRG A; 3C27 B; 1AVX A; 1AD8 H; 2VIQ A; 4Y79 A; 2ZDN A; 4JK6 A; 1A5G H; 1CO7 E; 4VGC B; 1S85 A; 1E79 D; 1TON A; 3HKI B; 4B2C A; 2VWN A; 5G4B A; 3DUX H; 4DG4 A; 3RMM H; 5AFY H; 4YOI A; 1O32 A; 4Q63 A; 1YM0 A; 5CDF E; 3B23 B; 1CHO F; 3MU4 A; 1F0S A; 4K1S A; 1XXF A; 5DP7 A; 1V2T T; 1P2I A; 1H9I E; 1CA0 C; 2I6S A; 4BAM B; 4ABI A; 1FLE E; 1XUH A; 1DVA H; 1C1M A; 3TH4 H; 3M3V A; 3JZ2 B; 5A09 A; 1GJ7 B; 4JCN A; 1C9P A; 1C1R A; 2FOC A; 1ZHR A; 4NFF A; 3GY4 A; 3RXC A; 2JJ1 D; 2W6I D; 4B2A A; 4NWL A; 2ANY A; 3ZVD A; 2TGD A; 5EST E; 1AI8 H; 4UD9 H; 2Q6G A; 3R3G B; 3DT0 H; 5CHA C; 2FOF A; 4HG6 A; 3SJO A; 2XWA A; 2KM0 A; 3QTV H; 1NRS H; 2Z94 A; 5LH8 A; 1UCY H; 1E1Q D; 2ZGJ A; 1GMC F; 2KR7 A; 5CMX H; 5PTP A; 1EB2 A; 3B8J A; 4TY7 A; 2FX4 A; 1AQ7 A; 3MU8 A; 1A4W H; 2BY7 X; 3SI3 H; 2SFA A; 1TAL A; 1B0E A; 1JIM A; 2ZFQ H; 2JJ2 D; 4WMF A; 1ESB A; 2V3M A; 1P2J A; 3KID U; 1BBR K; 2F91 A; 2SGD E; 5JBA S; 2AMD A; 3OE7 D; 4GAW A; 4XD7 D; 4BAK B; 2XND D; 1SB1 H; 4X1P U; 2C8Y B; 2UUJ B; 4D7G A; 4O3T A; 9EST A; 4MLF B; 4CRB A; 3TLO A; 4Y76 A; 1C2D A; 1K9O E; 1TNJ A; 4AFU A; 4OS1 A; 2O8U A; 3RM2 H; 1A5H A; 1QJ7 B; 1O2M A; 1O0D H; 2GJG A; 3RU4 T; 1HRT H; 1F92 A; 2GCT C; 3BSQ A; 5T6D A; 3ZZ7 A; 5GPI B; 1WXR A; 4XFQ A; 1ACB E; 3SU0 A; 1K0H A; 2D8W A; 1O2Z A; 1O2U A; 1IAU A; 2FDA A; 1SGN E; 2R0K A; 1HJ9 A; 2B8O H; 2CHA B; 3ZZA A; 1N8O B; 3K6Y A; 4E7R G; 2LNC A; 2OBO A; 5FBI A; 1ELE E; 2A2X H; 1PPB H; 6CHA B; 6GCH G; 1NY2 2; 3SUG A; 1E35 B; 1EZS C; 2G4U A; 2STB E; 3Q77 A; 1FXY A; 1OYQ A; 2JH0 D; 2Y6T A; 4F49 A; 5JPM H; 5DO4 H; 1OS8 A; 3EYD A; 1MTN C; 1WQV H; 1UTP A; 1GHB G; 2H9T H; 3BN9 A; 1CA8 B; 2R2W U; 4FUJ A; 2XCF A; 4NA9 H; 2XNI A; 3KN2 A; 2H9E H; 1DFP A; 3BF6 H; 4BAO B; 3RXU A; 5DP5 A; 3GDS A; 3HAT H; 3LPR A; 3RMN H; 4DT7 B; 4FUF A; 1VIT G; 3BEI B; 1PPF E; 1N1L A; 2ZHW H; 3HPT B; 5KEC A; 3I29 A; 1YPM H; 1WU1 A; 3NZI A; 3SQE E; 1F5R A; 3UQV A; 2ZC9 H; 3A7Y A; 1SFI A; 3EQ0 H; 1O2G H; 1SQA A; 1TIO A; 2AHM E; 2ZFF H; 5ETX A; 1P2O A; 2AGI X; 2PTC E; 1KLJ H; 2R3Y A; 4INL A; 4IW4 E; 3MMG A; 3LON A; 3A7X A; 1NS3 A; 4D9Q A; 4ZXX H; 2DE9 A; 1FON A; 3RXJ A; 4FUH A; 1TPP A; 1W0K D; 3RLY H; 4CR9 A; 1O3M A; 4ABJ A; 2Z3C A; 4KGA A; 1HJA B; 1GMH G; 2FEQ H; 3R0F A; 4K5Z A; 3KQD A; 4B76 A; 2CJI A; 2W6J D; 1Z1I A; 5HGG A; 1C4V 2; 1L2E A; 1GI4 A; 1U6Q A; 1TNK A; 2ALV A; 3SNE A; 1S0R A; 3BG4 B; 3LGV A; 1SOT A; 1GGD B; 1UO6 A; 1SLW B; 1LCY A; 3U28 C; 1V2L T; 4X1N U; 3SBK A; 1UTN A; 4Y8Y A; 2GV7 A; 3P95 A; 1MQ6 A; 1GHY H; 1IQF A; 2STA E; 2W7U A; 3BTE E; 3LC5 A; 1KDQ A; 1WSS H; 1TFX A; 1W14 U; 2JET C; 1UTM A; 1TX7 A; 1PJP A; 2Y81 A; 1Y3U A; 1F2S E; 3EA7 A; 4I31 A; 2PUX B; 1SGD E; 1EX3 A; 2ZTY A; 5EIY A; 2LPR A; 2V0B A; 1MKW K; 1TMB H; 3NWU A; 1RGQ A; 2BD3 A; 1C5R A; 1QJ1 B; 2Y7X A; 5F8X A; 3TH3 H; 7GCH F; 1MD7 A; 4M7G A; 3ZYD A; 2M2A A; 5KED A; 1BBR E; 1VCP A; 3L3T A; 1DOJ A; 3TJV A; 3A85 A; 2B5T B; 1GCT C; 3BTH E; 1FAK H; 3SO3 A; 4KTU A; 1TGB A; 4FUD A; 3FAN A; 2Z9I A; 2GGV B; 1E34 B; 2H6M A; 1O2Y A; 2GZ9 A; 5C5O A; 3OFN D; 2THF B; 1AFE H; 1W10 U; 3TJU A; 2Y80 A; 2TPI Z; 3F2F A; 3URC A; 1ANC A; 4NZQ A; 2GZ7 A; 1J17 T; 5JYI A; 3GY6 A; 3GS9 A; 2AH4 X; 4ZRO A; 5DKM A; 1G32 B; 4MNX A; 1XKA C; 1THP B; 1QBO A; 2O8L A; 3H5C B; 1YPG H; 1HAH H; 1GI7 B; 1FX0 B; 1T7C A; 2ZEC A; 2WYJ A; 1V2P T; 2ZGB H; 1OSS A; 2HOB A; 2ZDV H; 3I77 A; 3IWM A; 1CT4 E; 3DSG A; 4D7F A; 4FOU C; 5SGA E; 2HRV A; 3PMH B; 4HI3 A; 1IHT H; 5CHA B; 2A7H A; 1OWH A; 1SGF A; 2HGT H; 4IBL H; 1G3E A; 1L1J A; 1QA0 A; 5HM9 A; 3SZE A; 2KX4 A; 2VBC A; 2KCO A; 7LPR A; 4TYD A; 2F4L A; 1EAU A; 3STI A; 2PFE A; 3GDU A; 2YMS C; 1AKS A; 2FZZ A; 3SU5 A; 2FS8 A; 4NWK A; 4I86 A; 3SQH E; 1B5G H; 3G01 A; 3LKW A; 5BRR E; 1AHT H; 1HJ8 A; 1WCZ A; 1MAX A; 2BX4 A; 2ZGX H; 2KFW A; 2WPJ S; 4NA7 A; 3SND A; 1D9I A; 1TNL A; 4AOQ A; 1AVG H; 4NIX A; 4AGK A; 2QYI A; 3RC5 A; 5E0G A; 1O3E A; 3L33 A; 3M5L A; 1WOF A; 2QXH A; 1A46 H; 3RXV A; 3FZD A; 2PKS C; 1A0J A; 2OIN A; 3F9H A; 1O31 A; 1O3A A; 1MUE B; 5HYO A; 3ZV8 A; 2WUB A; 4OGY A; 1UVP A; 2Z6B D; 1EZQ A; 1O5G H; 4Y8Z A; 1NT1 A; 3FP7 E; 2TBS A; 3GIS B; 3HKJ B; 3I78 A; 1NBM E; 2RG3 A; 1MQ5 A; 4KEL A; 2WPH S; 1YCP M; 1GJ4 H; 1O2L A; 4Y71 A; 1H9L B; 2V3O H; 4CRA A; 4X2W A; 4CR5 A; 1GI8 B; 1DY8 A; 2VID A; 4QT8 C; 1UTQ A; 5EPN A; 3S9C A; 2ZU1 A; 4U01 A; 1D4P B; 1LHF H; 1SLU B; 2B0F A; 4TY6 A; 4MNW A; 4ZMA H; 3F68 H; 3LGW A; 8GCH G; 1AVW A; 1SGC A; 1SPJ A; 2Y82 A; 4X0W U; 1BTY A; 5HXF A; 2C3S A; 2QC2 A; 1G3C A; 2FO9 A; 1NFX A; 1FUJ A; 3A7Z A; 1SHY A; 1YCP K; 1CHO G; 1OKX A; 1EPT C; 1HAY B; 3F0O A; 1VKY A; 3P8G A; 1SBW A; 2VIN A; 1P06 A; 2XWB I; 2HLD D; 3QDZ B; 1ELV A; 1LVY A; 2PLX A; 1TGC A; 4LZ4 B; 1AY6 H; 4UON A; 4DT4 A; 4B2B A; 1ETS H; 1Y3V A; 5AHG H; 4ACB A; 3PMB B; 4CBO A; 2J94 A; 4WH8 A; 2FTM A; 6GCH F; 5I25 A; 1L1N A; 3RXM A; 2QE7 D; 3AAS A; 3ZVF A; 1FIZ A; 2HNT C; 2XBX A; 3EST A; 3LU9 B; 1V3X A; 2KAI A; 2A7J A; 4ZKN U; 1LDT T; 3MNB A; 1XM1 A; 5IK2 D; 2XBY A; 1NRR H; 3VXF H; 2FXR A; 6LPR A; 1HBT H; 1MKX K; 4JZE H; 1V2Q T; 3Q3X A; 3UNS A; 1RTK A; 2J38 A; 1GMC G; 2RCE A; 1A3B H; 1P2Q A; 3OSY A; 1SGI B; 3P6Z B; 3PV5 A; 1YYY 1; 3VGC C; 2JH6 D; 1GHW H; 2ANK H; 4J2Y B; 1ABJ H; 1QQ4 A; 4BTU B; 1YLC A; 4GCH F; 4Y0Z E; 1ELD E; 1BTW A; 4YO9 A; 3BG8 A; 3S0N A; 1SGQ E; 4MPV A; 1BTZ A; 2XTT B; 5T1V A; 3E6P H; 1OHH D; 1A2C H; 2RA0 A; 3KYF A; 4H4F A; 3PO1 C; 2ZFP H; 2TGP Z; 1Y5B T; 4I8K A; 1PQ8 A; 1O3G A; 3P8O A; 5JBT A; 1GI3 A; 1CGH A; 2JET B; 2BY6 X; 1BT7 A; 4HZH A; 2BZ6 H; 4O3U A; 3PLK A; 4A7I B; 3N7O A; 3SN8 A; 3TIU A; 2QY0 B; 1A0H B; 1S6L A; 3PRD A; 2Z9J A; 1GMH F; 1P3C A; 1YPK H; 3U8R H; 2BD9 A; 4E05 H; 4I8G A; 5FAH A; 3PMJ A; 4JYT A; 4LK4 A; 4BXS A; 1EXF A; 1GG6 C; 3D49 H; 1KLI H; 1SGR E; 3PLP A; 3CS0 A; 2BDY A; 1ELT A; 1PQ5 A; 1ZJK A; 3V7T A; 1LVB A; 1K1L A; 3ZIA D; 1RFN A; 1FY8 E; 1NRO H; 2BY8 X; 3E16 B; 3VFE A; 2VU8 E; 3RUO A; 1BZX E; 5EQQ A; 5EOD A; 3TGJ E; 3GY8 A; 3OU0 A; 5F8Z A; 1V2N T; 3T62 A; 1EQ9 A; 4GUX A; 2OC7 A; 4ABE A; 1Z8R A; 1GDU A; 4GHT A; 3ZZD A; 3UNQ A; 1O3O A; 1SOZ A; 1V2U T; 5E0J A; 1KDQ B; 4Y10 E; 4DJZ B; 1S82 A; 3DFJ A; 1FPH H; 2IJO B; 1K1I A; 2FS9 A; 3UR6 A; 1VJ9 U; 1SQO A; 1G36 A; 2BM2 A; 3RXF A; 4GVU A; 4Y11 E; 1TPS A; 4CRD A; 4WWY A; 3FOA A; 9LPR A; 3HK3 B; 1C2E A; 2SGQ E; 1C2K A; 3W94 A; 1O3N A; 1CU1 A; 1O38 A; 4MNV A; 1HLT H; 1W0J D; 1KXC A; 1HUT H; 3QZQ A; 4HTC H; 4NGA H; 3FP6 E; 2PP6 A; 2H5D A; 1C5Q A; 3BTW E; 3KNX A; 1UHB A; 2RA3 A; 5DSF A; 1G37 A; 1IQH A; 3D65 E; 3U1J B; 2PKS B; 3LJO A; 5EQR A; 2QIQ A; 1S6H A; 5L30 H; 5CE1 A; 2A7C A; 4CHA C; 3AVZ A; 5EOK A; 1IQL A; 1FPC H; 2VVV A; 1A3E H; 1AZ8 A; 3A81 A; 1YLD A; 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1MU8 B; 1VZQ H; 4YES B; 1O2R A; 1QUR H; 1O2S A; 5C0U A; 3H09 A; 3P8F A; 4RSP A; 1QRX A; 1FI8 A; 3M5O A; 2G5N A; 1EAX A; 3PO1 B; 5C0T A; 3UOP A; 1LMW B; 3PM3 A; 3D23 A; 1J9C H; 1K1O A; 2P3U B; 2G55 A; 4ISN A; 2F9P A; 1XXD A; 4U32 A; 4NIV A; 2NWN A; 2WPM S; 1RD3 B; 1UK3 A; 5EXM A; 1TRY A; 4X6P A; 1TBR H; 1O3K A; 3SYJ A; 1B7X B; 2H5C A; 2TRM A; 5AVD A; 4JMY A; 2KAI B; 3UAI C; 1BHX B; 4HGC A; 1RIW B; 2GX4 A; 1XVM A; 3HGP A; 2PKA A; 1O3H A; 2PWX A; 3IIT A; 1CGJ E; 4ZH8 A; 2ZG0 H; 1AIX H; 5EU8 A; 2FOM B; 2HPQ H; 1TNH A; 3QO6 A; 2XC4 A; 1XUK A; 4F48 B; 3AW1 A; 1WDI A; 4YT6 H; 5EW2 H; 1O2W A; 4Z1M D; 4JYV H; 3KYG A; 3MU1 A; 1K2I 1; 4MG3 A; 1QTF A; 1UJ1 A; 4Q2K A; 4RKJ B; 2BQ7 B; 1L0Z A; 4RT1 A; 1BB0 B; 4AZ2 B; 1Y5A T; 2NU3 E; 1P0S H; 1S81 A; 1JWT A; 2C8Z B; 2XC0 A; 1MKW H; 4YLQ H; 1IQK A; 5DG6 A; 1AB9 C; 3UQO A; 1BJV A; 2FOD A; 3K2U A; 1GJ6 A; 3M36 A; 2ZEB A; 2FYR A; 1JIR A; 1XVO A; 1FAX A; 1O5B B; 1DE7 H; 4THN H; 1TX6 A; 2QF3 A; 3SU4 A; 4UFE H; 1HGT H; 3LIW A; 3RLW H; 1S6F A; 3GCO A; 1O2I A; 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