3FHKA

Crystal structure of apc1446, b.subtilis yphp disulfide isomerase
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
147
structure length
147
Chain Sequence
SNAMSMAYEEYMRQLVVPMRRELTGAGFEELTTAEEVENFMEKAEGTTLVVVNSVCGCAAGLARPAATQAVLQNDKTPDNTVTVFAGQDKEATAKMREYFTGAAPSSPSMALLKGKEVVHFIPRHEIEGHDMEEIMKNLTAAFDAHC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure and function of Bacillus subtilis YphP, a prokaryotic disulfide isomerase with a CXC catalytic motif .
pubmed doi rcsb
molecule keywords UPF0403 protein yphP
molecule tags Structural genomics, unknown function
source organism Bacillus subtilis
total genus 58
structure length 147
sequence length 147
chains with identical sequence D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-12-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF06491 Disulph_isomer Disulphide isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3fhkA02
2N5FA 1TTZA 3TKSC 3EC3A 3TB2A 3US3A 5GSSA 2GTUA 2I4AA 2B6MA 3IC4A 2CT6A 2DJKA 3HCZA 2HRFA 3P8WA 3ZLPA 3EMXA 3LYKA 2BJXA 5B8AA 2H6YA 4ECJA 2QKEA 5ECKB 4RQRA 5DVBA 3I69A 4V1Ag 2IMFA 4TOPA 3N5OA 1AC1A 3DVXA 1ZYQB 3GKMA 1EGOA 2GZZA 4ZBAA 1SJ6A 3IAM2 4ZB8A 5KN1A 2M72A 4FYBA 1GSQA 4WF5A 1K0CA 1FG4A 3HJPA 4IP6A 3PINA 4MLYA 1Z9HA 4IKHA 3KEBA 2FUG2 1W4VA 5HR1A 2IMEA 5ECHB 4AF2A 2H70A 5G31A 1QXHA 4OD7A 4MH2A 4EKZA 4XS4A 5AISA 3D4MA 4N0VA 3DWVA 3UARA 3PR8A 2H76A 1ACVA 1F2EA 1XOAA 3M8NA 1X5DA 5LNKe 1AQWA 5JWOB 2J23A 4TR1A 1SU9A 3VWVA 3ZITA 1SK1A 3QDNA 1ERTA 1KNGA 1M7TA 2LQOA 4KW6A 4JEDA 2C0GA 1VF2A 2IL3A 3C7MA 3GFKA 2DIZA 1U6TA 2HI7A 2VCWA 2YV9A 3RHCA 3WGXA 3L0HA 1V58A 2NVLA 2L59A 2JU5A 5IPGA 3TDGA 1EV9A 1SL0B 4Q5RA 3M1GA 2ZNMA 2FA4A 4F9ZA 2KHPA 3FK8A 3L4NA 1TU7A 2LJAA 2KOKA 2CZ2A 1EOGA 2LV3A 2DJ2A 2GT5A 2QGVA 4HOJA 3ISOA 5C04A 3DD3A 1XZOA 4ECIA 2FLSA 1YKAA 4ML1A 4WBRD 1ON4A 1PSQA 3VURA 5EVOA 1AUCA 1M0UA 1Z7RA 4LMWA 5GZZB 2VAFA 3O76A 3IXRA 2NPBA 3QAVA 1YEPA 3KP9A 5CRHA 4O92A 4XS4B 5FHIA 6GSWA 1A8LA 2H1BA 2J9HA 2AUVA 4GF0A 1SKRB 3HZ4A 4I2TA 4K7OA 2DSAA 2GSRA 4IQ1A 4V2LA 4RUVA 2FWHA 4TR1B 4IBPA 3WT2A 2PVQA 2DLXA 2PUKC 1N8JA 4HI7A 1S3DA 1WRYA 4HZ2A 1F6MC 3KXOA 3GSTA 2V1MA 2VL2A 1UN2A 3V1WA 1EWXA 3BCKA 1JHBA 4HJ2A 2H75A 2ON7A 4IW9A 3AY8A 2N5BA 3RPPA 1OE7A 4G2EA 2OADA 4QQ7A 1SKWB 3DMLA 5ECPB 1Y6EA 2CX3A 3DIEA 4BA7A 3P7XA 4WETA 1T00A 3DYRA 3GTUA 3ZRDA 4BL7A 3QFBC 3VPTA 4KX4A 1URMA 5D9XA 5G5EA 1RK4A 2OBIA 5D9WA 1GLPA 3F9UA 2FNOA 4XS1A 1GWCA 5IOXA 2I1UA 2C3TA 2YPMA 1TU8A 3A3TA 4NWYA 4ECBA 2HLSA 4HJMA 1A0RP 4MDCA 1GP1A 4X0XA 2TIRA 2VM1A 4D73A 3IA1A 5IQYA 3TKRA 5CYYA 1E2YA 1R7HA 5CREA 3F4SA 5B6MA 4HU9A 4MZWA 3U6VA 2VL9A 3GN3A 4RQXA 5KN2A 5DCHA 2MZCA 2YWNA 4PUFC 4BPYA 1R5PA 2JL4A 2REMA 3GA4A 5ECQB 4FYUA 2RIIA 1VRSD 3LG6A 2O7KA 3EVIA 1PRXA 1X5CA 2FY6A 1K0MA 3ZFLA 2HXKA 3GYKA 4PXOA 5ECLB 3DRNA 4IELA 5J5NA 3K8NA 1Y25A 2CVBA 3KGKA 2TRXA 3F4RA 5FWGA 2EIQA 2AJQB 4GRFA 5CRWA 4WF4A 3IK9A 2N5AA 4ACSA 4FH8A 4RI7A 3LXZA 2VCQA 1XW5A 2AYTA 3C1RA 3ERFA 1JZRA 5ID2B 1O7UA 5COHA 3VI5A 1O8WA 2C1YA 4GCIA 1B4PA 1SJIA 4N10A 4ISDA 3WYWA 4TN8A 4TXOB 1S3AA 4GSSA 1PL2A 3QR6A 17GSA 4OCFA 1Q98A 4XRAA 3TJBA 2B1KA 2KP1A 1OAZA 2DJJA 2CV4A 3A5WA 3FY7A 1NSWA 4O32A 3ZVJD 2GDRA 2YCDA 4D73B 3C8EA 3F8UA 3HVSA 3UBKA 3HKRA 2LRNA 5GAPD 1YZXA 1PQNA 3QAGA 2YWOA 1M9AA 1TKDB 3KMNA 4EXJA 4MF7A 3ZREA 1E6BA 4L8EA 3TOUA 2LRTA 1A8YA 3EE2A 4NV2A 2IWTA 3GNJA 5F05A 4KDUA 4E8HA 3UMAA 4ZL9A 3KD0A 2MMNA 3O6TA 1ABAA 3FZAA 1XFLA 1HYUA 3CMIA 4JR4A 5CRDA 10GSA 1ZGNA 8GSSA 3HZ8A 4WXTA 4I2UA 1FO5A 3ZIVA 1Z7PA 3HJMA 1FVJA 4HU7A 1TJDA 2VL3A 3ZZXA 3EU4A 1QMVA 1S3CA 2MMZA 2LTKA 2YZUA 1TRSA 3RAZA 2ZCTA 2JACA 5L71A 2H1GA 1JFUA 1TW9A 3QMXA 3J7Yb 4PX1A 2R37A 3C71A 1GSSA 4ML6A 4EE0A 1OC9B 2P0GA 5J41A 4Q5NA 1TI3A 2ZUPA 20GSA 1ZCPA 4K8MA 4N11A 3LWAA 5IO2A 4JR6A 1OE8A 2C4JA 3Q19A 5J4UA 4I97A 4TKYA 3NIVA 3I43A 1K3LA 1XWCA 4K9ZA 4XIHA 1KTEA 3L9UA 4FO5A 4OMVA 2IMKA 2C0EA 1GTUA 1M99A 3FKFA 3HD5A 3IK7A 4DVCA 3NZNA 4MCUA 2VOCA 4NHWA 4MP4A 3CSIA 2EIRA 3FEUA 1GH2A 3W8JA 4HZ4A 1PL1A 2GLRA 1B9XC 2V6KA 3I6AA 3EWLA 4HEA2 2YOIA 2DMMA 2EIOA 3M9KA 5EL8A 4OCEA 1F3AA 2B7KA 1O6JA 2MYGA 3TGZA 3HDCA 2YP6A 3Q18A 3RBTA 1YDKA 1TI1A 1WE0A 3D5JA 3M0FA 1K0NA 3JCML 4JU5A 1NHYA 3GURA 4PQHA 2XBIA 1G7OA 1LU4A 3VK9A 1TRUA 1GUHA 3D21A 4I8BA 3MNGA 4DSRA 3EMPA 1GSUA 2H30A 1GULA 3TKSE 2HZEA 2CAQA 6GSYA 2LQQA 6GSUA 3TOTA 1H4OA 1PX6A 5DALB 4G9HA 2F3MA 1MDKA 3GMFA 4G10A 1DE1A 2IMIA 5DCGA 4K1FA 1RW1A 5LD0A 3EYTA 3IBHA 2CVDA 5ELAA 1W89A 4L5OA 1XWGA 1MDJA 5DQSA 2V6OA 2O89A 4NPBA 4XTSA 4GQCA 4XCSA 2MBSA 4POKA 1SYRA 3FZ5A 5EY6A 3GL5A 3MWHA 2LJRA 1XCCA 1EV4A 2F8FA 4KCEA 1XOBA 2JZRA 3U5RE 3TKPA 2GSQA 1I9DA 2I81A 3CRUA 1GTAA 1M2AA 3H93A 3E0UA 2YZHA 5H5QA 3E9JB 4Q5FA 3WGDA 3QFAC 2DJ3A 2O87A 3LORA 3RHBA 2IIYA 3J7Yk 3FR6A 2HZFA 1TRWA 5GSTA 1EP8A 4GWRA 3ERGA 3GH6A 2P31A 1FB0A 3CSJA 3EURA 2VCTA 1OKDA 2H1DA 2FGXA 1TXXA 1EOHA 3F0IA 4J56E 1YKCA 2H72A 3QAWA 2QC7A 2PN8A 2C3NA 2NDOA 2I9HA 2B5EA 4CW9A 2D2ZA 4OO5A 1HNAA 1TRVA 6GSSA 3FRCA 1GUKA 1X9SB 3TJJA 2HZEB 6GSXA 2P5RA 3DKSA 1QQ2A 3GX0A 4ZB9A 4TW5A 4WR4A 2RUEA 1XWBA 2OE1A 2XBQA 2YANA 5KN3A 1HQOA 2WZ9A 2L4QA 1PX7A 3G9BA 4MA9A 2FWGA 2LSTA 2ES7A 4ZB6A 1Z3EA 4F82A 3H1NA 4GTUA 4O7HA 3KH9A 3LGCA 4IHUA 5JWRB 1VF4A 2PU9C 3IE3A 1A0FA 3BOAA 4ULXA 5DJMA 2GT6A 1ZYEA 3W6GA 4EUYA 1M2DA 2HYXA 2H0IA 2AHEA 1ML6A 4EVMA 3ZL5A 3IDVA 5ID2A 4MJEA 3FYGA 1SD8A 3HVXA 5A4WA 13GSA 3P2AA 2PWJA 3OR5A 5IMDA 1B48A 1K0DA 2NTOA 4TXOA 4ID0A 2PBJA 2X64A 2WFCA 1J9BA 1F9MA 1TK5B 2H0HA 1Q4JA 1EEJA 3C1SA 3NOFA 1DSBA 5G2ZA 3E3EA 5HR2A 2V2GA 3KCMA 4X43A 4KSMA 3QOUA 1H75A 3LYPA 3IV4A 5D96A 1J0FA 1O85A 3CXGA 5CRGA 1WIKA 1NHOA 2GSSA 3G7JA 3UVHA 1QGVA 2WJUA 5G30A 4IJIA 1AW9A 1IYIA 1XVWA 1O8XA 1Z5YE 1JZOA 4I5QA 3LJRA 4HUAA 16GSA 3DEXA 3KM6A 4J57E 2LUSA 5B7CA 4FIWA 5INYA 5KN0A 3ZTLA 4PQIA 4MF6A 3UOMA 4ZL8A 2DIYA 4AJ8A 4E8EA 4YQUA 2YN1A 3A2XA 4BWQA 2CQ9A 3CTFA 2VLTA 3VPQA 4L0UA 4XHMA 3IOSA 2M80A 4ZIJA 1N2AA 2HE3A 1XVQA 1SENA 4GQFA 4KDXA 1TP9A 2AV4A 2L6CA 2LJKA 1BAYA 4H86A 2PVOC 1F3BA 1CQGA 2IJYA 3D4TA 5LCZA 5F0GA 5DQYA 2LS5A 3F4TA 3GX8A 1SL2B 4IJ3A 2LNSA 1OC9A 2I3YA 1YY7A 4LL4B 4KDYA 2OJLA 5ECRB 2JSZA 3RPNA 5B6NA 2OA7A 3TRXA 2L57A 1ERUA 2YWMA 4EC0A 19GSA 2F51A 3CRTA 2HRNA 5HR0A 3EINA 3F3QA 1YJ6A 4X1UA 2C8UA 4WR5A 1VGLA 1A2JA 1GUMA 1XBSA 2EC4A 3HYPA 3IRAA 1KEBA 3KP8A 4EL1A 2FWFA 4HQSA 9GSSA 3PGTA 5CO3A 1HD2A 3VWUA 1F37A 4BVXA 3IAS2 4GSTA 1U88A 2GS3A 1SD9A 2C80A 2IFQA 3LXTA 2OKAA 5ABRA 3QCPA 1JLVA 5ECNB 1XW9A 1THOA 1XPVA 4OFNA 4EO3A 4K7IA 2E2MA 4PGTA 5IMCA 1PKWA 1EEMA 3IPZA 3ZVJA 2DJ0A 5CP1A 2V32A 1T4ZA 2GQMA 4IN0A 3GUSA 1GSDA 14GSA 2JZSA 5G5FA 1LJRA 3RDWA 4ZILA 1GNEA 1G0TA 4IVFA 4O5RA 1UA5A 2GGTA 1BJXA 2ALBA 1AQXA 2OACA 1QFNA 1RQMA 4WEYA 5AIVA 5DALA 4MH3A 2OE3A 2BTOT 1A23A 2VM2A 2DMLA 6GSTA 2PMTA 3BD2A 2YWIA 1WOUA 3G7IA 1AQVA 4PURA 2WCIA 4NMUA 2X8HA 3GH9A 5F8BA 1OC8A 2L6DA 1R26A 2A2SA 2XC2A 2JSYA 4WBJA 2MMAA 3FZ9A 2RUFA 1A2LA 3L9VA 1SYXA 4MJAA 2WDUA 4V2NA 1GSFA 1O81A 1AAZA 4F2IA 2WB9A 4OFMA 3UJ1A 4TVEA 5EPFA 4ZBDA 22GSA 4K2DA 5AIXA 2IFQB 6GSVA 3UBLA 3HA9A 2VD0A 4BVYA 3EU3A 3ERWA 1SK0A 1M2BA 4L0WA 3M9JA 4K0NA 1T3BA 3GRXA 3KMOA 1BEDA 2HSYA 1UVZA 3VWWA 5H5SA 4GLTA 1GLQA 4L5LA 2DBCA 4Z7XA 3GL3A 1MTCA 3ZMKA 3IR4A 3F3RA 1JZWA 2YNXA 5JCWA 2FCHA 2LNTA 4TR0A 4YH2A 3A2VA 5H5RA 1C72A 5J3RA 1OC3A 4LLRA 2B5XA 5IMFA 1PMTA 5A4VA 1BYEA 5G1KA 1GRXA 4LL1B 2H01A 2PGTA 4ECCA 2R2JA 2VO4A 3ZFBA 3KTBA 1LBKA 1EP7A 2G2QA 5HFIA 1JZDA 4NAXA 1MEKA 1V98A 2QSIA 2L5OA 1X0RA 4OO4A 3TRQA 1T1VA 3R2QA 2FD3A 2JZTA 1ILOA 2E2GA 5IMAA 1R4WA 2R4VA 1V2AA 4V1Ap 1XWAA 5ECSA 5ELGA 4JZQA 3HHVA 2C0FA 2M46A 3TRPA 3VLNA 5CAXA 4KH7A 2IPAA 4KUNA 4MZBA 3PH9A 4ZL7A 3TJKA 3H79A 4TR3A 4AJ7A 1GTBA 5E59A 1R5AA 3GSSA 4CHSA 2GSTA 5JCGA 4HQZA 3MDKA 4AGSA 3D22A 3APOA 4PUAA 3DGQA 7GSSA 3APSA 2YJ7A 1WWJA 1NM3A 1YF1A 4N0ZA 4QL7A 4YQVA 1XIYA 2ON5A 5IIZA 4MPFA 3FR3A 3LEFA 4GXZA 3UL3A 3DXBA 4AJ6A 1XW6A 2H6XA 3TUEA 1GNWA 2L5LA 5KEJA 4BWSA 5E4WA 4HS1A 4HDEA 3G7YA 2AB6A 3GKXA 1FOVA 4XS6A 2WRTA 2XPEA 2B1LA 4WKWA 2AAWA 4TRXA 2VIMA 5DBQA 3WT1A 2FWEA 2H8LA 2HSHA 2A4VA 2MBTA 2WGRA 11GSA 3TCOA 2WS2A 5ENUA 1U3IA 2F8AA 3Q6OA 3A2WA 5G1LA 1UC7A 3CYNA 2B7JA 3HY2A 5D73A 1J08A 2JADA 1PGTA 4KE3A 1NW2A 2O8VB 3GV1A 4YQMA 4KCAA 2VCXA 4P3YB 1SKSB 2G0FA 4IGJA 1G6WA 3GHAA 3KIJA 4IS0A 5CNWA 1MD4A 2X8GA 2C3QA 3LFLA 1FVKA 2XPDA 4TR4A 4MZCA 2KP2A 2F9SA 1PD21 4KAEA 5F06A 1IYHA 3I9V2 2CA8A 5J9BA 3CSHA 2GQLA 4KSOA 2RM5A 1XWKA 2FHEA 5IMZA 4JRRA 2IMDA 1BG5A 4PQ1A 1G6YA 5HR3A 2H73A 3VWXA 4LA1A 5FT3A 4NXIA 3F63A 3UAPA 1EGRA 5HFGA 2CVKA 3H4KA 4MK3A 4DSQA 2FA8A 4MABA 2VLVA 3C73A 4ILFA 2E7PA 2X8CA 2V41A 4ZBBA 2WULA 5D93A 4QL9A 1K0BA 2B5YA 5ECOB 2K18A 1MDIA 1CQHA 3VFIA 4N30A 5DAKA 4RI6A 3KJYA 5D9TA 2P5QA 1A24A 1YQ1A 1A2MA 2GQKA 2GZPA 1FB6A 1FW1A 3D6IA 3APQA 2L4CA 3CTGA 3BBYA 2OE0A 1AIUA 3SWLA 3GKNA 1BQ7A 3IHQA 2NBSA 1KBNA 3UIWA 5IOWA 5C00A 4MJCA 1T8EB 3W8SA 3P90A 4K0GA 3HVVA 2R6KA 2H0GA 3ZYWA 1AXDA 1V57A 1OVNA 4KNDA 1SJZA 1B4QA 2H6ZA 2R3XA 4OWYA 3CBUA 3F6FA 2LEGA 2O85A 4MF5A 4MMMA 3M3MA 5IO0A 1ERWA 1WMJA 1WPIA 1FAAA 1BX9A 3MSZA 2VUPA 5DDLA 5IM9A 1V9WA 4IP1A 2GZYA 4EDYA 4PNGA 4NV5A 1B8XA 1U3AA 1ZZYA 3LQ7A 2K8SA 4K6XA 1T7PB 1USBA 2C0DA 2GVPA 5HFKA 4PNFA 12GSA 4F0CA 3ZMLA 1EZKA 1ZMAA 3DVWA 3Q74A 1X5EA 2B3SA 3GTUB 3ME8A 1PKZA 1WP0A 4DSSA 1YEXA 1WJKA 1K0OA 1XXUA 3HXSA 5A5KA 1V40A 4V2MA 2CAIA 5DAKB 1GSEA 3ZIJA 1ERVA 4TXVA 1TDIA 2K9FA 3TKSA 5IMVA 1Z6MA 2VCZA 1X9WB 2VL2C 5JCUA 1M9BA 1GTIA 2VCVA 2H71A 4FYCA 2YJHA 4NHZA 2IN3A 2CX4A 1G7EA 1ZL9A 1B9YC 1O73A 1VF1A 2H1AA 3KH7A 3F6DA 3BJ5A 1DUGA 2HFDA 2H19A 3TJGA 1K3YA 4OFTA 2OBKA 2MMOA 4F0BA 2H66A 2A2RA 2Z9SA 4POMA 1FHEA 5AGYA 5DJLA 1ZOFA 2KLXA 1MD3A 5AN1A 1VF3A 3SBCA 3BCIA 4YAPA 2BMXA 4LMVA 3LSZA 5B8BA 2DJ1A 4YAVA 3GIXA 4G19A 1JLWA 2X99A 1K0AA 1HNBA 1GSYA 2LRCA 5GAND 2YV7A 1TK8B 3WGEA 3O3TA 4K7NA 1Z6NA 3VI7A 4GSNA 3QPMA 1X9MB 2RLIA 3TJFA 3FR9A 3D0ZA 4F03A 4EF0A 3FW2A 5ECIB 3QD9A 4MJBA 2K8VA 4ZXGA 1THXA 1T4YA 4JE1A 5JWQB 1YF0A 3L9SA 1SL1B 1OKTA 3GKKA 1QUWA 4KB3A 3H8QA 4DSSB 4EDZA 18GSA 2H74A 3KTLA 3UEMA 4I6XA 2PERA 3HJOA 2TRCP 2DC5A 3N9JA 5F07A 3WD6A 4MPGA 4KA0A 1SK2A 2XHFA 3FZ4A 5ECMB 2E0QA 1I5GA 1QK8A 3KZQA 1U87A 3ED3A 1TOFA 3S9FA 4Q5QA 2RM6A 2KUCA 1DBYA 3TKQA 2LKUA 4CDOA 5IPHA 1PA3A 4XRDA 4POLA 2VLUA 1TK0B 1K3OA 3UVTA 5J9CA 4DEJA 4J2FA 3MAKA 2K6VA 4JBBA 2VD1A 5HQPA 3L78A 1HNCA 5A4UA 3ME7A 1DE2A 5D8IA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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