3G7Y | Genus

Total Genus 39

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	39
sequence length	153
structure length	153
Chain Sequence	DILQLKDDTGVITVTADNYPLLSRGVPGYFNILYITMRGTNSNGMSCQLCHDFEKTYHAVADVIRSQAPQSLNLFFTVDVNEVPQLVKDLKLQNVPHLVVYPPAESNKQSQFEWKTSPFYQYSLVPENAENTLQFGDFLAKILNISITVPQAF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__2041601569373186__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__2041601569373186__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3G7Y/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__2041601569373186__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"2041601569373186","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3G7Y/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__2041601569373186__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfef33b1d4146eecc7bf99a/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfef33b1d4146eecc7bf99a/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfef33b1d4146eecc7bf99a/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfef33b1d4146eecc7bf99a/pdb.gz): 251 ms

reading 153 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

153 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 19 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:152});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Saccharomyces cerevisiae
publication title	Oxidoreductase activity of oligosaccharyltransferase subunits Ost3p and Ost6p defines site-specific glycosylation efficiency. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycosyltransferas
total genus	39
structure length	153
sequence length	153
ec nomenclature	ec 2.4.1.119: Transferred entry: 2.4.99.18.
pdb deposition date	2009-02-11

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	3g7yA00

2VOCA 5C04A 2M80A 4YQVA 5JCGA 5DAKA 2D2ZA 3VI5A 4DSQA 3TJJA 1O6JA 2FA4A 4V1Ap 4KDXA 2WZ9A 3EYTA 2AJQB 1KNGA 2KOKA 2JU5A 3ZVJD 2KLXA 1HNBA 2V6OA 3GTUB 4IKHA 2F51A 3I43A 3VWUA 3H8QA 3HA9A 1YF1A 4Q5NA 1WOUA 1AUCA 4K6XA 1BJXA 2C80A 4O5RA 1GSDA 1J0FA 5D8IA 4NHZA 3U6VA 1V57A 2H73A 4WBRD 3GIXA 3WGDA 5ECOB 1B9YC 4IVFA 2AAWA 4KDUA 3SBCA 1XXUA 2VCWA 2B7KA 2AV4A 4KE3A 3C8EA 2H19A 3ME8A 3O76A 3QDNA 4KUNA 2HNLA 2I81A 3F0IA 3EU3A 4KB3A 5D9TA 3KIJA 4OFNA 1GTAA 4HU7A 1YF0A 2LQOA 4GRFA 1IYIA 1G6WA 1K3OA 3D21A 1JZWA 4F82A 2E7PA 1XWBA 2WULA 4JBBA 4GF0A 2B7JA 3UAPA 1GUHA 1M2DA 2LKUA 5J41A 5A4VA 3FW2A 2TIRA 4G10A 2QC7A 1USBA 3F6FA 4FYUA 1C72A 1X5EA 3FRCA 3HDCA 2K18A 2VUPA 2HZFA 5F8BA 4ZB9A 3UIWA 1GSFA 3QAGA 3GUSA 2GVPA 4TOPA 4EF0A 4ZBAA 1SL1B 2DIYA 5DQSA 1G7EA 2I3YA 20GSA 4OCEA 4TR3A 11GSA 1ERWA 2BMXA 3TRXA 5HQPA 2H71A 2VCVA 6GSXA 3CBUA 1BAYA 1NHOA 5CAXA 3HVVA 2XBIA 8GSSA 12GSA 4NPBA 3R2QA 2YJHA 2O89A 2REMA 4DSSB 2G0FA 1GUMA 1TOFA 1XWKA 1GSSA 1K0DA 3ERGA 3ZL5A 3HJPA 1MD3A 5HR1A 1Z3EA 2B5YA 3VWWA 2X8GA 5GSSA 1EZKA 4GSNA 2LNTA 1WWJA 3HZ8A 3GX8A 1K0BA 2L4QA 4ECJA 4FO5A 1U3IA 3TKSE 4IJIA 3ZYWA 2AYTA 1RQMA 1PA3A 2H1DA 4L0UA 3HVXA 5EPFA 1DE1A 1CQGA 4JRRA 1FG4A 2ZUPA 4XS4A 1QMVA 3TOTA 2GSQA 1SYRA 2B6MA 1O73A 4HDEA 3IA1A 3UARA 3ERWA 2R4VA 3WGEA 3FHKA 2M72A 2YPMA 3EMPA 2YV7A 2X8HA 5D73A 3GX0A 4EL1A 3QFBC 1N2AA 4LA1A 16GSA 4KH7A 4RQXA 3F3QA 5ECMB 5DALB 4GLTA 3VFIA 3IPZA 2EIQA 2JL4A 2OJLA 2K6VA 1BX9A 3CRTA 3GH9A 4V2MA 1PN9A 1OC3A 3BOAA 3IK7A 3O3TA 2H1GA 1YDKA 17GSA 1EP7A 2J23A 5A4UA 3F63A 4KAEA 2E2GA 2VLVA 2YN1A 2NBSA 2C3NA 3CTFA 1SJIA 3ZTLA 1XVWA 2EIOA 2JSZA 1XW5A 1ERVA 1M2BA 2H30A 2J9HA 1F3AA 5COHA 3KMOA 3EMXA 1TRWA 2FWEA 3BCIA 3LORA 4DEJA 4IP1A 4WBJA 3PH9A 5HFIA 4N0ZA 3EU4A 3VPTA 4LL1B 2FD3A 3GKKA 1THOA 3FR3A 3CSIA 2VLUA 5FHIA 5IM9A 1U6TA 2LV3A 3E9JB 3EE2A 1WIKA 2OA7A 3LWAA 3Q19A 2HZEB 1XOBA 1JZDA 3F4RA 4K2DA 5JWQB 2AB6A 3IC4A 1PD21 2H75A 4HOJA 1B8XA 2R2JA 1IYHA 4N10A 5AGYA 4WKWA 2NDOA 3TGZA 5G1LA 1T7PB 4EC0A 1R5PA 4Z7XA 4V1Ag 4MA9A 1FB6A 1PQNA 2H0IA 4XTSA 4LMWA 4K8MA 5IMVA 2GZZA 1PGTA 3FZ9A 2IMDA 5LD0A 2H74A 4IGJA 5IOXA 3HVSA 4F03A 1J9BA 5IMAA 3HJOA 2VL9A 4ZB8A 5GZZB 4F0BA 1QUWA 5IMDA 2VL2C 4EUYA 4RI6A 1G6YA 2WS2A 2R3XA 1NSWA 2GQMA 4HI7A 2F3MA 3FZAA 1VF2A 4KNDA 4MF5A 5H5QA 3RPPA 3CSJA 2PUKC 2FLSA 3L9VA 4QL7A 6GSSA 3BD2A 5IO2A 4MZBA 3NOFA 4PQIA 2C0GA 4LLRA 2PPTA 2H6ZA 3KEBA 5B7CA 5LNKe 2MZCA 4IELA 3RHCA 5ECNB 3H93A 1FB0A 5ECSA 1SKSB 1EOHA 2LTKA 3QOUA 4PUAA 1ON4A 1XZOA 2GQKA 4YAPA 2H1AA 3FR9A 1GSQA 1WMJA 2GDRA 1SU9A 2O8VB 3HCZA 3ZMLA 1TU7A 2GSSA 1NHYA 5IMFA 2DLXA 4MPGA 3QR6A 4AF2A 1GTUA 5F0GA 2MMOA 3FY7A 3QFAC 6GSUA 3FK8A 4EKZA 1SKRB 1T00A 3IDVA 4XRAA 2EC4A 3A2WA 3ZVJA 1F37A 3L78A 5J4UA 1K0OA 1T4ZA 1M2AA 1MDJA 4PX1A 5H5SA 1QQ2A 3VURA 2GTUA 1TP9A 4ML6A 1T3BA 4BWQA 3A2VA 3SWLA 3TKPA 3VK9A 4NHWA 4BL7A 2P5QA 4MJEA 5KN2A 3DEXA 2XHFA 2V41A 4OO5A 1TDIA 4ZIJA 1DSBA 3TKSA 5DJMA 3DGQA 3TJGA 1J08A 1VGLA 1JZOA 2JZRA 2MMNA 1R26A 1OE7A 3EINA 2K9FA 3LYKA 3TRQA 2F8FA 2C8UA 4ILFA 1K3YA 2VO4A 3GMFA 3KCMA 3M3MA 2FNOA 3C1RA 3JCML 4DSRA 2H6YA 2FGXA 22GSA 2PU9C 1Z9HA 2WGRA 1GNWA 2GSTA 4D73B 2V2GA 1ACVA 1VRSD 5G31A 2CT6A 4F0CA 1YY7A 4J57E 2VIMA 2NVLA 2N5FA 2XC2A 6GSWA 2L59A 1E6BA 3BJ5A 4GSSA 3EVIA 1WJKA 2QGVA 2WDUA 3DYRA 1V2AA 3G7YA 2DMMA 4IW9A 1A2MA 3HD5A 1YEXA 1F2EA 3S9FA 1Q98A 3ERFA 4BA7A 4YH2A 4HQSA 3D22A 2X99A 2FWFA 4I97A 3WT1A 2OKAA 1B4PA 4HU9A 1GH2A 2B1LA 2YOIA 4JE1A 4XS6A 4DVCA 3KJYA 1Z7PA 4HZ2A 4K0GA 2IL3A 2MYGA 2ZNMA 2G2QA 3LG6A 5IPHA 1XWAA 1PX7A 4WXTA 2WRTA 5AN1A 5G2ZA 1K0AA 1OC9A 4XCSA 3UVTA 4LL4B 2YZUA 1K0MA 2IJYA 5DAKB 3TOUA 2X8CA 1QXHA 1TJDA 3ZRDA 4GCIA 3LGCA 1BQ7A 3VWXA 1TTZA 2P31A 3GV1A 2LUSA 1MDKA 4NV5A 4L0WA 1XW6A 2L5LA 3CYNA 3H1NA 3KTLA 4AJ6A 2F8AA 1Q4JA 1QGVA 2WFCA 3GN3A 5J5NA 4HJMA 4N11A 5J3RA 3UOMA 1WE0A 5IMCA 1AC1A 3UMAA 1TK0B 1ERTA 1ZYEA 3VPQA 4IP6A 4QL9A 3GYKA 5G5FA 4FH8A 4OFTA 2O7KA 2H01A 2CZ2A 2RIIA 2K8SA 4GSTA 3LXZA 1F3BA 18GSA 4GQFA 1O85A 3RAZA 4TR1A 4KA0A 1G7OA 4J56E 3ME7A 1FAAA 2KUCA 1SK0A 4OMVA 1A23A 3L9SA 3M8NA 3HYPA 2OE1A 2PWJA 4L5OA 5AISA 4WR4A 2MBSA 1JHBA 3MDKA 1XOAA 4PQHA 3KMNA 1YKCA 1SENA 1KTEA 3DXBA 2FWGA 2LS5A 1ST9A 4V2NA 2LEGA 5E4WA 3TDGA 3MNGA 1ZOFA 3I6AA 4POLA 4X1UA 5A4WA 5CRGA 3WYWA 4OFMA 3RPNA 5D93A 1HNAA 3UEMA 5D96A 5KN1A 2NTOA 5CREA 4BVXA 1G0TA 2X64A 1GTBA 1Z5YE 1ZCPA 1CQHA 2H66A 5CYYA 1GUKA 3G7IA 3APOA 2L57A 2GLRA 1M0UA 2O87A 4ZL7A 4WF4A 1R7HA 1TKDB 4KGIA 1M9AA 1X5DA 4RI7A 4K7NA 4PGTA 5FT3A 5GAPD 2H76A 2MMZA 1PKWA 1AW9A 3US3A 3ZFLA 3TRPA 3EURA 3ZREA 2VCQA 2YCDA 2O85A 1ILOA 2PGTA 1PMTA 5J9CA 4TVEA 5LCZA 2DJJA 1I9DA 3F8UA 4NV2A 4X0XA 2TRCP 3EC3A 2HRFA 1NM3A 1AIUA 2FY6A 7GSSA 4FIWA 1EV9A 4XS4B 1HD2A 4BPYA 4KSMA 3TUEA 2BTOT 3VLNA 2XPEA 5ECLB 1SYXA 3F4TA 3J7Yb 2OADA 5IPGA 2H0GA 3OR5A 1QFNA 5CP1A 3P8WA 4CHSA 2VD0A 3PR8A 1S3CA 3APQA 14GSA 1K3LA 3P90A 1XW9A 2WB9A 1XWGA 5IOWA 1U3AA 3N5OA 1A2JA 4Q5QA 2HRNA 4IBPA 4KCEA 5B8BA 2VAFA 1TW9A 3DVWA 3W6GA 2CVKA 2WJUA 1AQXA 4AGSA 1HYUA 1BEDA 2DJ2A 2GSRA 2V32A 3K8NA 3GH6A 3LYPA 4MJBA 3QD9A 3IOSA 5D9XA 5F05A 3TKQA 1OE8A 2HLSA 4YQMA 2FWHA 5INYA 2BJXA 1X0RA 1DE2A 2P0GA 4MH3A 2OACA 1E2YA 5JWRB 4JEDA 3VWVA 5EY6A 1OKTA 5EL8A 2R6KA 4BVYA 3WT2A 2VCTA 3FR6A 1S3AA 1ZGNA 1THXA 2B5XA 3GKXA 3RBTA 4CW9A 3EWLA 2B1KA 3N9JA 3Q6OA 3DWVA 3CMIA 1XWCA 1KEBA 1KBNA 3G9BA 1B9XC 2DJKA 2VD1A 2YZHA 4IN0A 3PINA 2AUVA 3IBHA 2N5BA 3UL3A 2F9SA 1Z6NA 3HY2A 4ZB6A 3TB2A 2IPAA 3IV4A 4MP4A 4Q5RA 1AAZA 4O7HA 2GZPA 4NXIA 2HFDA 4TXOA 1GL8A 3F3RA 2VM1A 1EOGA 3IR4A 5B6MA 2GQLA 3D4MA 4I6XA 2QSIA 1QK8A 4F2IA 2H6XA 4XIHA 3KM6A 4YAVA 1A8YA 4YQUA 2OE0A 4G19A 4POMA 1T4YA 2GZYA 4E8EA 3C1SA 5CRDA 2E2MA 1XFLA 4POBA 2K8VA 1FVJA 4IHUA 1TI1A 2VCZA 3CTGA 4O92A 5ELGA 3CXGA 4ML1A 4PNGA 4TR4A 4ZBDA 4O32A 5ELAA 2YP6A 2RM5A 2ON7A 5C00A 1YQ1A 1GULA 2YWNA 1GWCA 3BBYA 2GS3A 2PERA 2IMEA 5HFGA 4EE0A 5L71A 3IAS2 2YANA 4JU5A 4ZL8A 1SK2A 3FYGA 4BWSA 3FEUA 1I5GA 3ZMKA 1X9MB 1MDIA 5ID2B 3I69A 4MZCA 2LQQA 4HEA2 3P7XA 2CZ3A 2A2SA 5CO3A 3HHVA 3KH7A 1H4OA 1TRVA 1FW1A 1EEMA 2ALBA 3PGTA 4MABA 2DBCA 3M9JA 2L6DA 3FZ4A 5CRWA 4IS0A 3GA4A 5DBQA 10GSA 5ECIB 3E0UA 1W89A 1TRSA 2DJ1A 1XVQA 5GAND 1RK4A 2ZCTA 1N8JA 1JLVA 2DJ3A 3A3TA 2QKEA 1TK8B 2A2RA 5ECRB 3GTUA 3TJFA 5B8AA 1EGRA 4HJ2A 3GHAA 3GL5A 4OCFA 5DQYA 1A8LA 5ABRA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3G7YA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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