3GIXA

Crystal structure of human splicing factor dim2
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
141
structure length
141
Chain Sequence
SFLLPKLTSKKEVDQAIKSTAEKVLVLRFGRDEDPVCLQLDDILSKTSSDLSKMAAIYLVDVDQTAVYTQYFDISYIPSTVFFFNGQHMKVDYGSPDHTKFVGSFKTKQDFIDLIEVIYRGAMRGKLIVQSPIDPKNIPKY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of human splicing factor dim2
rcsb
molecule keywords Thioredoxin-like protein 4B
molecule tags Splicing
source organism Homo sapiens
total genus 44
structure length 141
sequence length 141
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-03-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02966 DIM1 Mitosis protein DIM1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3gixA00
5IOWA 1YJ6A 3VWWA 2IMIA 1X5EA 3KZQA 2C0DA 3F8UA 3IC4A 2F8AA 4GTUA 4GSSA 4HEA2 4TN8A 4X43A 2VUPA 3UIWA 3ZMLA 1M9BA 3UAPA 2REMA 3WGDA 3EC3A 5DAKA 1JZOA 1T4YA 3FRCA 4J2FA 4ECIA 3LXZA 1XIYA 2K9FA 1QQ2A 3QOUA 4F0CA 5INYA 4HDEA 4QL9A 1QUWA 3BCIA 3VI7A 4HJMA 1DSBA 5DQSA 2YJ7A 4KH7A 2YV9A 1YEXA 3FK8A 2YWNA 2YWOA 3AY8A 4MK3A 4NAXA 1MTCA 4NHWA 4WBRD 3CSJA 4PXOA 4I5QA 1FB6A 4LA1A 5HR1A 4XS6A 3IE3A 3N5OA 1A8YA 1XZOA 2AHEA 1X5DA 3HKRA 1XOBA 4MZWA 2KOKA 2VLVA 3LSZA 1TXXA 3GKKA 2PUKC 2NTOA 5F06A 4YQVA 5D93A 2K6VA 4G10A 1SKRB 4ML6A 7GSSA 4WR4A 1EEJA 3DMLA 2DMMA 1BQ7A 1YQ1A 1SL0B 5FWGA 1EOGA 3EU4A 4JU5A 4MCUA 2BMXA 2GSSA 3LYPA 4OFTA 3F0IA 3SWLA 4PNFA 2FUG2 3ME7A 3MDKA 3EWLA 3CSIA 3HA9A 2FWFA 5ECIB 4XIHA 3PR8A 4K7NA 4KDXA 1JLVA 1KBNA 1S3DA 2H0IA 1YY7A 1V58A 2QSIA 4WF5A 5JCWA 3LWAA 2IJYA 1ERWA 4LL1B 3CSHA 1VF1A 4I2TA 2BTOT 1H4OA 3HJPA 2RLIA 3TJFA 4LMVA 4OFNA 5HFKA 4XTSA 5CRWA 3MWHA 4KDYA 3APSA 5D9WA 2L57A 1YKCA 2H72A 3H4KA 2GQLA 1DUGA 4OCFA 1PD21 2GLRA 3DEXA 1FHEA 3W8SA 4JRRA 2GT5A 3GN3A 4MZBA 4OCEA 2DC5A 3KD0A 4Q5RA 4K7OA 3F6FA 4AJ8A 2R3XA 4MDCA 1EP8A 4F2IA 2X8GA 3ERFA 4EKZA 3FR9A 5A4VA 2L6CA 5H5SA 3F9UA 2YCDA 1TDIA 1XVQA 1GSDA 1BX9A 4MA9A 4MPGA 4F9ZA 2LRNA 3NIVA 2OBIA 2C80A 1GL8A 4EDZA 3KP8A 3HZ8A 1HYUA 5C00A 2VIMA 1PX6A 5G5EA 5J41A 4YAVA 1MDKA 4NHZA 5CNWA 1GSYA 1SK0A 4WEYA 1O8WA 2DSAA 1GUHA 2CVBA 4RI7A 4TVEA 1JZDA 2WULA 3CRUA 1CQGA 3KJYA 1TOFA 2DMLA 2KP1A 4MPFA 5D9XA 4OFMA 1GTAA 2HNLA 3GSTA 4I6XA 1ZCPA 2JACA 3QAWA 4X0XA 1XWKA 1YF0A 4MABA 1OC9A 1N8JA 1T00A 1A2JA 4KDUA 1LBKA 3I6AA 9GSSA 2I1UA 4PQHA 1ZOFA 4ZIJA 2JADA 2H74A 1GH2A 4OD7A 1WOUA 1ERVA 2H01A 2WJUA 1SJ6A 5GZZB 2H6ZA 4YAPA 4RI6A 4HOJA 1TRVA 1TKDB 2AYTA 3DIEA 4POKA 2R5GA 2ZCTA 2ALBA 4TR3A 1SKSB 3P8WA 2L5OA 2GSQA 1XOAA 3MNGA 2OBKA 3UMAA 5ECPB 4N0VA 4K7IA 1A8LA 1G6YA 3ISOA 5HFIA 5IPGA 4WR5A 1SJZA 2LQOA 4IVFA 1GUMA 2WB9A 1R26A 1EGRA 4MP4A 4BVXA 4XS4A 2EC4A 3F3RA 2CAIA 4WETA 11GSA 3RBTA 4WF4A 4AF2A 5HR0A 4PGTA 5EL8A 1O6JA 5B6NA 1N2AA 1KTEA 2O85A 1SJIA 2YZUA 1UN2A 1EV9A 4ZL7A 2YOIA 1F6MC 4TR4A 2PVQA 6GSVA 1T7PB 4ISDA 4KCEA 3GHAA 5J9BA 3IK7A 22GSA 2VCZA 2LRTA 5A4WA 5D73A 1TU8A 4Z7XA 3D4MA 5DAKB 2HYXA 1B9XC 5IMAA 5DALA 4CHSA 5ECLB 1M2AA 2FD3A 19GSA 2H1BA 3GKMA 1RQMA 1Y6EA 3VK9A 4ZB9A 2FCHA 3MSZA 3P7XA 2JU5A 5G5FA 4LLRA 2EIRA 1SK2A 5JWOB 1GULA 2B5EA 2GZYA 4KCAA 4RQRA 2BJXA 5EPFA 2RUEA 3L0HA 4V2NA 1JZWA 2I9HA 3TKRA 3LJRA 3TJBA 1ABAA 3FZ4A 3W6GA 3GH6A 1V98A 1GRXA 3FR6A 4IHUA 1EV4A 2V6OA 1PX7A 2Z9SA 2FY6A 2LNTA 3HCZA 5LNKe 2V41A 2L4QA 4O5RA 2P0GA 1J08A 3Q18A 2YNXA 2FHEA 3IA1A 3D0ZA 2O87A 4HS1A 3LXTA 2L4CA 2VOCA 2IWTA 1AIUA 4IJIA 4IS0A 1ERUA 1TK8B 3F63A 1XCCA 2VL2A 3M1GA 4EO3A 1V2AA 3ZTLA 5J5NA 3J7Yk 1TP9A 5E59A 3L78A 3QD9A 2H0HA 2H70A 2VL9A 1USBA 3UEMA 4EXJA 5J9CA 3NZNA 1HNAA 1XPVA 2GQMA 2LNSA 1K0MA 2IIYA 3ZMKA 2E2MA 3QAVA 4P3YB 3G7JA 2V1MA 3GUSA 3LQ7A 1ZYEA 1FO5A 4PQIA 2HRFA 4KNDA 2PERA 4ZB8A 2TIRA 1A0FA 1XWAA 4EF0A 4ZXGA 3CRTA 3TKSE 3HVSA 2I81A 2R2JA 1AW9A 3UARA 1ON4A 2P31A 3L9SA 3RDWA 4TXOA 2MMZA 1K0AA 1TRWA 1WJKA 2CZ2A 3GURA 4I8BA 3QMXA 5HR3A 1TI3A 3U5RE 1AQVA 1XFLA 2AV4A 3BBYA 4PX1A 2IFQA 1ST9A 1UA5A 1ZGNA 2EIOA 4HU7A 2MYGA 4BPYA 5COHA 2R37A 5JCGA 3HD5A 1K3OA 2NVLA 2NDOA 1DE1A 2N5BA 1M9AA 1AC1A 1V9WA 2L5LA 1A23A 1XW9A 16GSA 3DVWA 3IAS2 4IP1A 2YWIA 5IMDA 2VCQA 2YJHA 2B5YA 1O7UA 3GX8A 1HD2A 4GCIA 4MF6A 3GSSA 1K0CA 1DBYA 2NPBA 2HSYA 3ZVJA 4N11A 3D21A 3ZYWA 4JEDA 1T8EB 4KAEA 2YANA 2XBQA 3TOUA 3Q6OA 2GTUA 4V2LA 5ENUA 3ZRDA 3VFIA 1GTBA 2RIIA 2IMFA 3GFKA 2K18A 3ZVJD 4N0ZA 2B7KA 2GSRA 4JZQA 3IOSA 4BWSA 3LG6A 3RPPA 5JWQB 2WS2A 2HZEB 2V32A 3GNJA 5IIZA 3H1NA 3KMOA 4AJ7A 1PSQA 2LTKA 2DJ3A 1Z7RA 1GSQA 4V1Ap 5CYYA 1OC9B 3C71A 3KTBA 1KEBA 2PGTA 2CT6A 1SL2B 1GWCA 3SBCA 3E9JB 3EINA 1TRSA 3PGTA 1B4QA 5AIVA 3M8NA 4WBJA 3D22A 3C7MA 1FVJA 4PQ1A 1NHOA 1XXUA 4GLTA 4J56E 4EDYA 2PVOC 1TK5B 1AUCA 1VF2A 3FYGA 1WRYA 2F9SA 4GXZA 8GSSA 1T3BA 5A5KA 2R4VA 3TKPA 4GQCA 4IGJA 17GSA 2OKAA 2FNOA 3WT1A 4K8MA 2HSHA 1YEPA 4KUNA 4PNGA 1U87A 3JCML 4XS4B 1ZMAA 2V2GA 1X9WB 3RHCA 3ZITA 1W89A 1J9BA 2FLSA 4GQFA 1T4ZA 3RHBA 3DGQA 2DBCA 5GAND 3APQA 2G0FA 1W4VA 4IBPA 2HXKA 1LU4A 2LJRA 2JL4A 2IMKA 4GSNA 1O73A 2B6MA 3ZZXA 4ZILA 2TRXA 3ZFBA 5DJMA 2CV4A 2OE0A 2TRCP 3F6DA 2HRNA 2OJLA 3HY2A 2GZPA 5DALB 2VCVA 1U3AA 1F2EA 2LJAA 1SENA 3GTUA 3QR6A 3A3TA 2WDUA 4O7HA 3D5JA 5AIXA 4KB3A 1GUKA 1YF1A 3KEBA 1TW9A 5CREA 4BL7A 2LV3A 3F4SA 3G9BA 1G0TA 1SU9A 4POLA 1QXHA 3WYWA 2KP2A 3EYTA 1K3YA 3RAZA 4PUAA 4EVMA 2DJ2A 2N5AA 2AJQB 4NPBA 3KTLA 2M80A 5DBQA 5CP1A 1ACVA 3WGXA 4CDOA 5DVBA 4HU9A 2ES7A 2DIYA 4L8EA 3TRQA 3HHVA 4NV5A 1PKZA 1CQHA 1GLQA 4DSSB 2H8LA 2AB6A 5AGYA 2X64A 2HZEA 2DJ1A 3GIXA 4TW5A 4L0WA 3GKNA 4K0GA 5ECRB 3WGEA 4FYUA 3K8NA 1TU7A 1Z6NA 2CAQA 4G9HA 2PN8A 2RM5A 4CW9A 1DE2A 2H0GA 3P90A 3VWUA 1IYIA 4ILFA 3VPQA 2A2RA 2LRCA 1B4PA 3G7YA 1SYXA 2CVKA 3FHKA 2XHFA 3PH9A 3C1SA 5D96A 4L0UA 5IMVA 1EGOA 13GSA 4OO5A 1RW1A 4POMA 5EVOA 5ID2B 3ZREA 5KN3A 4IN0A 3FZAA 3VLNA 2V6KA 1R5PA 2RM6A 4MLYA 1AQXA 2X8CA 2L6DA 5KN0A 2F3MA 4TXOB 2KHPA 1R5AA 4BWQA 5ECQB 4KSOA 3QFBC 3D4TA 1JZRA 2XC2A 1GTIA 3IV4A 2IPAA 3GMFA 2H19A 2IFQB 3EURA 4MJCA 3L9UA 1ML6A 1EP7A 5F05A 5LCZA 3TCOA 3IR4A 3HXSA 2HE3A 1AAZA 5FT3A 1ZZYA 1XW6A 1THOA 1B8XA 4PURA 4IQ1A 5J4UA 4D73B 2CQ9A 3EMXA 3CBUA 5DCHA 1EZKA 2IL3A 4KA0A 5HFGA 4O32A 4XRDA 5F8BA 5IOXA 2FWHA 2OE3A 3DYRA 4PUFC 2JZSA 1NW2A 3BJ5A 3HDCA 3HJMA 2GS3A 2C3TA 4H86A 2HT9A 4X1UA 1E2YA 3BD2A 1F9MA 5G1KA 2MMNA 2H66A 4ECJA 2HI7A 5KN1A 1U88A 2CX4A 2B1LA 5D9TA 4ZB6A 1FG4A 4XCSA 5H5QA 4KGIA 2ON7A 4TR1A 1QFNA 1XWCA 1V40A 2C0FA 6GSSA 5ELGA 3TKSC 2VLUA 3ZFLA 4RQXA 4O92A 3F4TA 1Z9HA 4E8EA 5CAXA 1MEKA 5ECHB 3O3TA 2XPEA 4K1FA 2GT6A 1QK8A 5CRGA 4L5LA 3A2VA 2H6YA 4WXTA 2IMEA 1MD3A 1AXDA 10GSA 1XW5A 1K0BA 3ZL5A 3DWVA 1EEMA 1OKTA 1O81A 4DSSA 1VF4A 1YZXA 5B7CA 4HZ4A 1OKDA 1K0OA 3GKXA 1S3CA 1U6TA 2H1GA 1J0FA 1ZL9A 4ID0A 2VCTA 3DRNA 4L5OA 1XBSA 2HZFA 2C3QA 3UVTA 3E0UA 2X99A 3FR3A 2J23A 3OR5A 3GRXA 1M7TA 3D6IA 3ED3A 4OO4A 4EE0A 5ECNB 3TUEA 3TB2A 3VPTA 3CXGA 5G31A 4FIWA 2GVPA 5KEJA 5ID2A 4YH2A 3C73A 2L59A 3TJGA 3LFLA 3I9V2 3O76A 5JWRB 1M2DA 3EE2A 4MH3A 4KW6A 2JZTA 1E6BA 1NM3A 2VD1A 1OE7A 5D9VA 3IK9A 1HNBA 2LSTA 5ECMB 1BAYA 4XRAA 1JFUA 4TOPA 3GL3A 3M9KA 4K9ZA 3DVXA 2C1YA 2OA7A 2H30A 4JBBA 1M2BA 4Q5QA 2PBJA 3S9FA 5ECKB 2H71A 2GGTA 2F51A 4MH2A 2OADA 5DDLA 1F3AA 2GZZA 2WZ9A 3GTUB 4D73A 5F0GA 1VGLA 4ZBBA 6GSXA 3KH7A 1XWBA 1THXA 2JZRA 3QCPA 3BCKA 4ECCA 3LORA 2K8SA 2JSZA 5ECSA 4RUVA 5IMZA 5EY6A 1WE0A 2OE1A 2CX3A 3FEUA 4GWRA 2LS5A 3TRXA 1GSFA 1R7HA 3ERGA 1O85A 2NBSA 4MJAA 2YN1A 2QGVA 3M3MA 1OVNA 3P2AA 3DXBA 2VM1A 1Q4JA 1SD9A 4GF0A 1VF3A 3UJ1A 6GSWA 3HYPA 2B1KA 3KIJA 1G7EA 1NHYA 3TKQA 4POBA 3TGZA 3BOAA 4TR0A 3QPMA 5AN1A 1Z3EA 4TRXA 3W8JA 1MDJA 1Z6MA 1ERTA 1WIKA 1WP0A 4HQSA 4ACSA 4XHMA 3PINA 14GSA 4YQUA 1Q98A 3A5WA 2YPMA 4EL1A 3C8EA 4N10A 4MF7A 3HVXA 1BEDA 3H8QA 1PN9A 1FOVA 3FZ5A 4OWYA 3UBLA 2XPDA 4V1Ag 4ULXA 3FKFA 2FWEA 5G30A 1JHBA 2LEGA 2H1DA 3Q19A 4IW9A 1GSEA 3CTFA 3TDGA 3HJOA 1TK0B 4LL4B 2KLXA 5CRHA 5IMCA 3UL3A 3UVHA 3KMNA 2YWMA 3LYKA 3RPNA 4YQMA 3QAGA 3FW2A 4JR6A 2LQQA 3HZ4A 2VO4A 2P5QA 1Y25A 5DQYA 2MMOA 1SD8A 3ZIJA 3F3QA 3GYKA 2GQKA 2LJKA 1JLWA 2M72A 2VM2A 1FW1A 3FY7A 4TKYA 1A24A 2YP6A 4HJ2A 4N30A 1F3BA 1BYEA 1MDIA 1M0UA 4EUYA 4MZCA 3L9VA 3M0FA 3WD6A 4I2UA 2GDRA 4HI7A 1GNEA 1GSUA 4Q5NA 1UC7A 3TJJA 4ZL8A 1K0DA 5CO3A 5F07A 5ECOB 3E3EA 3QDNA 2ZNMA 4KX4A 2LKUA 3KM6A 1OYJA 1S3AA 4DVCA 1C72A 1B9YC 5B8AA 1A2LA 3GA4A 1HQOA 1QMVA 3ME8A 1SKWB 3EU3A 1UVZA 2WFCA 12GSA 1YDKA 4ECBA 1A2MA 1FB0A 3F4RA 4TR1B 2QC7A 3UBKA 5IQYA 5B8BA 3NOFA 2IN3A 5IMFA 5GSSA 3G7IA 6GSUA 5C04A 1EWXA 3HVVA 4IP6A 3APOA 2H1AA 2C4JA 20GSA 4ML1A 3CTGA 5G1LA 18GSA 3EVIA 2O8VB 3H79A 4ZL9A 4HZ2A 2FGXA 2GSTA 4V2MA 1RK4A 2DJKA 4JR4A 3R2QA 4NWYA 3C1RA 3Q74A 1I9DA 1YKAA 3N9JA 1XVWA 2PWJA 4FYCA 1XWGA 2E0QA 4QL7A 4BA7A 1U3IA 1G7OA 1PRXA 2A2SA 1PA3A 2B3SA 2YZHA 2IMDA 2I3YA 2DLXA 3IBHA 1GSSA 3TRPA 1OC3A 3IXRA 3ERWA 5GAPD 5IO0A 2PU9C 2R6KA 4NMUA 3ZLPA 4XS1A 2CZ3A 2DJ0A 5IM9A 3KP9A 4GRFA 5CRDA 3IHQA 4IJ3A 2P5RA 3LEFA 1VRSD 3UOMA 5KN2A 4MJEA 4K2DA 3CYNA 4FO5A 4NXIA 1KNGA 4DSRA 3J7Yb 1BJXA 4BVYA 2F8FA 4FYBA 5E4WA 1TRUA 2MZCA 1R4WA 4FH8A 2VCWA 5FHIA 2VCXA 3VWXA 1SYRA 5G2ZA 2FA4A 2MMAA 2MBSA 2WCIA 3IAM2 4GSTA 5ELAA 2B5XA 3KGKA 3I69A 5HQPA 2LUSA 3GV1A 3QFAC 4QQ7A 1WPIA 3KCMA 4J57E 4F0BA 2JSYA 5IO2A 3CMIA 1V57A 5D8IA 3FZ9A 2VL3A 2VL2C 4MJBA 2YV7A 2ZUPA 3MAKA 4Q5FA 3H93A 4IKHA 2H76A 4WKWA 3KXOA 3TJKA 3KH9A 5H5RA 1PMTA 1Z7PA 3IDVA 4IQAA 5AISA 2QKEA 1OAZA 2H75A 2RUFA 3ZIVA 5ABRA 5GSTA 2FWGA 1EOHA 2N5FA 3IPZA 2PMTA 1K0NA 2E2GA 1X9SB 5IPHA 4AJ6A 2OACA 4K0NA 1OC8A 4OMVA 1I5GA 1PL2A 4MF5A 2AAWA 2C8UA 2I4AA 2EIQA 3WT2A 2M46A 1GNWA 2HFDA 4EC0A 1AQWA 2E7PA 3LGCA 1Z5YE 5DJLA 3GL5A 1OE8A 3IRAA 5B6MA 1WWJA 1X0RA 2C0EA 1FVKA 2HLSA 2ON5A 2J9HA 4G19A 2C0GA 4DSQA 3U6VA 1ILOA 3I43A 3M9JA 1URMA 1TTZA 4IELA 3TOTA 1MD4A 1SL1B 2WRTA 2MBTA 3DKSA 4K6XA 4LMWA 1F37A 2VAFA 4E8HA 3VURA 3VI5A 1K3LA 5DCGA 2O89A 1M99A 1ZYQB 2AUVA 1IYHA 4MMMA 3A2WA 1LJRA 1HNCA 2H73A 4G2EA 4ZBAA 4NV2A 2H6XA 3US3A 2KUCA 1PGTA 1QGVA 2XBIA 3DD3A 1GTUA 4AGSA 1PL1A 4HUAA 2A4VA 4DEJA 1TI1A 2DJJA 1X5CA 4I97A 1X9MB 4ZBDA 4F03A 3O6TA 4KSMA 2PPTA 2O7KA 4HQZA 4KE3A 3GX0A 2VLTA 4TXVA 2WGRA 2VD0A 2CA8A 1T1VA 4JE1A 6GSTA 1FAAA 2FA8A 3V1WA 5J3RA 2B7JA 1G6WA 1NSWA 3EMPA 5LD0A 1BG5A 1GP1A 3TKSA 3VWVA 1SK1A 1TJDA 2C3NA 2DIZA 2K8VA 1PKWA 3A2XA 1H75A 4F82A 5A4UA 5JCUA 2X8HA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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