3GKKA

Insights into the alkyl peroxide reduction activity of xanthomonas campestris bacterioferritin comigratory protein from the trapped intermediate/ligand complex structures
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
159
structure length
156
Chain Sequence
AMTDAVLELPAATFDLPLSLSGGTQTTLRAHAGHWLVIYFYPKDSTPGCTTEGLDFNALLPEFDKAGAKILGVSRDSVKNFCAKQGFAFPLVSDGDEALCRAFDVIKEKNMYGKQVLGIERSTFLLSPEGQVVQAWRKVKVAGHADAVLAALKAHA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Insights into the alkyl peroxide reduction pathway of Xanthomonas campestris bacterioferritin comigratory protein from the trapped intermediate-ligand complex structures
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bacterioferritin comigratory protein
molecule tags Oxidoreductase
source organism Xanthomonas campestris pv. campestris
total genus 44
structure length 156
sequence length 159
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2009-03-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3gkkA00
3CTGA 5AN1A 4CDOA 1BG5A 4POBA 2EIRA 6GSVA 1HD2A 1GP1A 2ON7A 2VLUA 1YY7A 3GKXA 3GRXA 2LQQA 3A2WA 1OYJA 1O73A 2H01A 4LMWA 2LNSA 1GSUA 2HRNA 4MA9A 5J4UA 3F0IA 1V98A 2YP6A 2AB6A 4PNFA 4X43A 5CAXA 5IPHA 4J56E 2C0FA 1HYUA 2FWEA 2AJQB 1YQ1A 3KTBA 2FLSA 5ELAA 4EDZA 2FNOA 3KJYA 5F07A 2C80A 1TK8B 4KB3A 5HR1A 1C72A 2DJ3A 3K8NA 4WR5A 1GL8A 3M0FA 2AUVA 2HFDA 3EU4A 5J41A 1THXA 2LS5A 4HJ2A 2H76A 1AIUA 1OC8A 4AJ6A 4WBRD 2H70A 3M1GA 2H72A 1SK1A 1FVKA 1WWJA 3SBCA 4PUAA 5CRHA 4ZL9A 5L71A 1I9DA 2L57A 1GNEA 1SD8A 1A2JA 1XIYA 5F8BA 16GSA 3QPMA 5AIXA 1TK0B 2CQ9A 2AAWA 4BPYA 4JEDA 2MBTA 3DGQA 2PBJA 5H5RA 3WYWA 3GX0A 5D9VA 1ZZYA 5ECQB 3IXRA 3Q18A 4I2UA 3GKNA 5FHIA 3M9JA 3PGTA 3FZAA 4DSSA 2P0GA 3A5WA 3RDWA 3ISOA 5AIVA 2VL9A 1B4PA 4GCIA 3TKPA 4EKZA 5D96A 6GSYA 5DCHA 2P5QA 1SJIA 1XW5A 2VCZA 5J9CA 5A5KA 1H4OA 2L59A 6GSWA 1ACVA 4ZIJA 1SKSB 4Q5RA 4NHWA 4WR4A 2RIIA 2R37A 1TDIA 4TXVA 1WJKA 3TDGA 1WP0A 3HJMA 1NW2A 2VM1A 1SKWB 2CA8A 5DQYA 5ELGA 3D21A 3VWVA 3I43A 1EV4A 5DVBA 1Y25A 5DCGA 3ME7A 4V2NA 2CX3A 1S3AA 1TU7A 2JACA 3A2XA 1R5AA 2C3QA 1KNGA 2HRFA 2X8HA 4KH7A 4HQZA 1OAZA 1N8JA 3I69A 1RK4A 4HJMA 5FT3A 1Z9HA 3KH9A 2V1MA 5HR3A 5KEJA 2RUEA 3FHKA 2RLIA 4F0BA 3VI7A 1M9AA 3U5RE 2CVBA 3F3QA 1F2EA 5IQYA 3F3RA 5ECSA 1T4YA 1X5DA 1PL2A 2IIYA 4ULXA 4FIWA 3L4NA 1U88A 2N5BA 1K3LA 3MWHA 3FZ5A 1OC9B 1SL0B 2V6OA 3F63A 3IRAA 1A8YA 5G2ZA 4FH8A 2OJLA 2B7KA 3I6AA 4MLYA 3TRQA 1LU4A 3EINA 4MZCA 3QFAC 4POMA 19GSA 2AYTA 3N9JA 3GH6A 1PSQA 3BD2A 5IMAA 4LLRA 4IQ1A 5EY6A 3KZQA 1UVZA 4ID0A 4Z7XA 3GTUB 1KTEA 4KX4A 2DJJA 4YQMA 5DBQA 3KIJA 1QQ2A 3IA1A 4BWQA 3UJ1A 2CAQA 1R26A 1TKDB 3ZIJA 2AV4A 1UC7A 3WT2A 1GTIA 3L0HA 2CX4A 2YWMA 1XBSA 4V1Ap 1XW6A 1J9BA 3KGKA 1EOGA 3F4SA 1XWKA 2E7PA 3W8SA 2CAIA 4TOPA 4LMVA 3HVXA 2NTOA 2QGVA 2GSQA 2XBQA 5CRDA 2YOIA 1TTZA 4QL7A 4KGIA 1JLVA 3C1RA 5ENUA 4ISDA 1F37A 1YEPA 4PNGA 3GL3A 5LNKe 3HZ8A 1TRVA 5DJLA 2LTKA 4XHMA 3IOSA 2OBKA 1O8WA 4HQSA 2WDUA 1WMJA 3ZRDA 4GTUA 1S3DA 1ML6A 3APSA 3KXOA 4GXZA 3TRPA 1M2DA 3GYKA 4L5OA 4PQHA 2HNLA 3CTFA 2XPDA 3IAM2 3DVXA 5IOXA 4TRXA 2LKUA 2GDRA 2R3XA 1PRXA 1XCCA 4NXIA 3D22A 1AUCA 3PR8A 4G9HA 4IP6A 3L9UA 1EP7A 4H86A 1A8LA 5G31A 4ZILA 1E2YA 2B5EA 4X0XA 1T00A 1PX7A 1XXUA 4RUVA 1AC1A 1OC9A 2H1BA 4MP4A 3WGDA 4HU9A 3DMLA 3FY7A 2KOKA 3UOMA 2WZ9A 1B48A 3LXZA 1BEDA 2H19A 3GURA 2PWJA 4EE0A 2VCWA 4HZ2A 1SU9A 4OFNA 4PX1A 2JL4A 3QDNA 4JRRA 3NZNA 2KHPA 3HJPA 2HT9A 3G7IA 5F06A 3GKKA 5CREA 4HUAA 4NAXA 1JLWA 1K3YA 4Q5QA 1QUWA 2K8VA 3GTUA 2B5YA 1V57A 2DJ0A 4KDUA 1PQNA 4LA1A 1G6YA 5GSTA 1XVWA 3FYGA 4K7IA 1OKDA 4TR4A 5IPGA 1ZOFA 4TW5A 5C04A 1B4QA 1XOAA 4AF2A 2C3NA 3LWAA 1T4ZA 4DEJA 4XRDA 4L0WA 3O6TA 1J0FA 4GSNA 1FG4A 5IO2A 4ZBDA 5C00A 1EGRA 3HZ4A 1URMA 4ECJA 1VF2A 4KA0A 4IS0A 4O7HA 5JWRB 2LSTA 1GWCA 1AAZA 1SJ6A 3WT1A 3M3MA 3TJKA 1UN2A 1VF3A 4POLA 3L9VA 3TJJA 2GS3A 2FWFA 4XIHA 3D4TA 4YAVA 3EMPA 4WXTA 3F4RA 3GSTA 3O76A 4TVEA 5KN1A 1OVNA 2VCTA 4D73B 1QXHA 2CZ2A 2LNTA 4MK3A 2OE1A 2B3SA 2DC5A 1ZYEA 2VL3A 3UIWA 1W89A 2HZEB 3CSHA 2R2JA 4ZB6A 2OKAA 2GTUA 2R5GA 2CZ3A 2CV4A 2YANA 2VAFA 3VPQA 1NHYA 2ZNMA 2VL2A 2YWNA 4KCEA 1UA5A 3NIVA 2OBIA 4ACSA 2GQLA 1G6WA 3GV1A 1ZGNA 1GSEA 5CRGA 2E2MA 1X0RA 4MCUA 2V6KA 1PD21 2A2RA 3ED3A 1J08A 3I9V2 4MF6A 1TP9A 2VD0A 3TOUA 1ST9A 2C1YA 3LSZA 3E3EA 1ZL9A 2GSRA 3IV4A 2JSZA 4XS1A 4IELA 2DLXA 1TU8A 1RQMA 4K7OA 2M80A 4XS4B 3ZFBA 4G19A 3KP9A 3C8EA 1B9XC 2K6VA 2H0IA 2VO4A 4EXJA 2GLRA 2CVDA 3TJBA 5HFIA 1F6MC 4K1FA 5HFGA 2L5OA 3M9KA 5DQSA 3G7YA 2YNXA 2IMFA 5F0GA 2B5XA 1YJ6A 1O6JA 1GULA 1M9BA 4DSRA 1A2LA 1ILOA 1X9WB 3BCKA 5IMDA 1V40A 5DALB 5JCGA 3EYTA 1JZRA 1V58A 4ML1A 4J2FA 4OFMA 1K3OA 3H93A 1GUKA 3TKSA 4BL7A 2MMAA 2GT5A 3ZMLA 1O7UA 4EUYA 1ZCPA 3V1WA 4BVXA 2MYGA 4TXOB 4HI7A 3HXSA 1B9YC 3DVWA 1W4VA 4JR6A 5A4UA 12GSA 4D73A 6GSTA 2LJAA 2OE0A 4ZB8A 4I2TA 2HZEA 4HU7A 2VL2C 1TXXA 1GTBA 2WGRA 2HXKA 1AXDA 1MDIA 1PA3A 5IMCA 3UBLA 2VCXA 1VRSD 2JU5A 1GSFA 2GQKA 3KEBA 5CP1A 2B1KA 2VM2A 1BQ7A 1K0NA 3HKRA 2VCVA 4I8BA 4G10A 5ABRA 4ML6A 1GUHA 3CSJA 1AQXA 4GQFA 1PN9A 2FY6A 1FB0A 3L9SA 1MTCA 1YDKA 1A2MA 3GL5A 3E0UA 2QC7A 4PURA 4L5LA 4I5QA 5DJMA 4V2MA 4EF0A 4IKHA 4LL1B 6GSXA 5KN2A 3C71A 4KUNA 3HVVA 1V2AA 4XS4A 3RHCA 8GSSA 4X1UA 3ZITA 1YZXA 3ZIVA 4G2EA 1WRYA 1M2AA 2P31A 1A24A 5ECRB 1DBYA 1BJXA 3QCPA 3P2AA 4MJCA 1K0AA 3HD5A 5ECIB 3UVHA 1T1VA 2PERA 1JZWA 3MSZA 4EDYA 3HY2A 3LORA 4NMUA 13GSA 2IMEA 3UL3A 1K0OA 2HSYA 2DJ2A 3TRXA 3QAVA 3F8UA 3TKSC 4IHUA 5DALA 2KUCA 4ILFA 3IAS2 1MEKA 1TRSA 1HNCA 3ZYWA 2C4JA 4IJIA 4RQRA 1WIKA 3N5OA 2YV9A 2R6KA 1TI1A 2XPEA 2IWTA 4KSMA 3LYPA 4TXOA 2MZCA 1HQOA 4IN0A 3TJFA 4KDXA 3M8NA 1JZDA 5AGYA 3FK8A 5ECNB 2LUSA 4YQVA 3ZTLA 5G5EA 4PXOA 3QOUA 1CQHA 4TKYA 5F05A 1SYXA 2WB9A 2WULA 2C8UA 3R2QA 5CO3A 5E4WA 5E59A 3HDCA 3G9BA 1THOA 3BBYA 1OE8A 3KH7A 3GHAA 1GSYA 3KCMA 1MDJA 1EZKA 3GNJA 6GSSA 4FO5A 17GSA 1GTAA 2H0GA 3IE3A 1SK0A 3FZ4A 2ES7A 4EC0A 3G7JA 2P5RA 3IR4A 3J7Yb 1QFNA 3GN3A 4CW9A 3D4MA 5IM9A 2X8GA 2L4QA 4OWYA 2L6DA 3DYRA 3OR5A 2BMXA 5EVOA 2YV7A 2O89A 2LV3A 4L8EA 2GSSA 2GZZA 3VFIA 2FUG2 5H5SA 1EEJA 3WGXA 2H6YA 3FW2A 4KNDA 2B6MA 3FRCA 5B6NA 1TI3A 1X9SB 2JSYA 4F2IA 3WGEA 4MPGA 2REMA 3Q6OA 2HZFA 2N5FA 4IGJA 2C0GA 5D93A 2FWHA 2TRCP 3O3TA 2C3TA 5D9XA 2VOCA 1FHEA 3EU3A 2B7JA 4K6XA 1XWBA 3LQ7A 4HOJA 1SKRB 3DWVA 3BOAA 1QGVA 2H73A 2EIOA 4ZL7A 4QQ7A 1WPIA 2TRXA 4MH3A 1Y6EA 2GZPA 2NVLA 2VUPA 5B7CA 4V2LA 3TB2A 2HLSA 5A4VA 2PPTA 2GGTA 2JZRA 2MMNA 1XWGA 2XBIA 1GUMA 4GWRA 2PUKC 3IBHA 2PGTA 1YEXA 1O8XA 4N0VA 2G0FA 1GSSA 4Q5FA 3QAGA 2BTOT 2NDOA 2XC2A 3NOFA 2IJYA 4E8HA 4IBPA 2WFCA 1Q98A 1KEBA 4BA7A 4ZBAA 1YKAA 1YF1A 3P7XA 5ECKB 4PUFC 2O7KA 2OE3A 4MPFA 3ZVJA 5HR0A 5HFKA 4K7NA 3US3A 1M7TA 1V9WA 3GA4A 1LBKA 1N2AA 4PGTA 5DDLA 3ERWA 2O8VB 5JCWA 2F3MA 3DXBA 2H66A 4FYBA 1MD4A 1WOUA 3QFBC 1PKWA 1AQWA 4GQCA 2VLTA 1AW9A 1R5PA 1WE0A 2HE3A 2FHEA 2A4VA 5EPFA 10GSA 1DSBA 3RAZA 3W6GA 1ERUA 5GSSA 1JZOA 3IDVA 1OE7A 2PU9C 5IO0A 3KMNA 4EL1A 3C1SA 5ID2B 3L78A 1F9MA 2JZTA 2DJKA 4N10A 4PQIA 3JCML 5IMFA 1F3AA 5B8BA 2WJUA 3GUSA 9GSSA 2FWGA 3EE2A 1QK8A 2X64A 3GSSA 2F8FA 4ECCA 1DUGA 4XCSA 2IN3A 1SENA 2CT6A 1FOVA 1XWAA 3EWLA 5AISA 3CSIA 2JZSA 2NPBA 4F82A 3VWXA 2H0HA 2GVPA 2LRTA 2WCIA 1PMTA 4AGSA 3S9FA 5G30A 5GAPD 2X8CA 4ZL8A 1TK5B 2LRCA 2RM5A 5G1LA 4IVFA 3SWLA 4MABA 5JWQB 2H1AA 4OD7A 3APOA 1E6BA 4OMVA 3IC4A 2GSTA 3DRNA 2K8SA 3LGCA 2G2QA 3CXGA 3UARA 1K0CA 2M46A 4MMMA 1K0DA 3H8QA 5G5FA 3HVSA 1M2BA 3TGZA 5B6MA 1EWXA 3E9JB 5GZZB 5JCUA 5B8AA 1FW1A 3TJGA 3H4KA 3KP8A 1SK2A 1VF1A 4IQAA 3EURA 4KSOA 4OO5A 2F51A 1LJRA 5JWOB 2MMZA 5IOWA 2GQMA 1JFUA 3U6VA 2MBSA 5A4WA 5CRWA 3CRUA 1GH2A 3FR3A 4F0CA 3Q19A 2FGXA 4KDYA 4N0ZA 2H30A 2O87A 4ZBBA 3Q74A 1OC3A 1SL2B 1GSDA 4LL4B 2XHFA 2HSHA 6GSUA 4KAEA 4PQ1A 1EGOA 1Z6MA 3HA9A 1NM3A 4CHSA 1G7EA 4XRAA 5EL8A 3A3TA 3DD3A 3P90A 5G1KA 5ID2A 3MAKA 5ECOB 1X5CA 1O81A 4ECIA 3HCZA 4QL9A 4F9ZA 2RUFA 1TRWA 2I81A 3VWUA 5IIZA 11GSA 2LJRA 3C73A 3GX8A 3PINA 4POKA 4WKWA 1A0RP 3ZL5A 1M0UA 2LQOA 3VLNA 1Z5YE 2VD1A 2YZUA 5D73A 2GZYA 3UAPA 4NPBA 1R7HA 4MF5A 3MDKA 5ECMB 1K0BA 5FWGA 1BAYA 4ZXGA 1X5EA 5DAKB 3EVIA 2IL3A 3KMOA 2PVQA 1NHOA 2L6CA 2IFQB 2D2ZA 2I9HA 2YN1A 2C0DA 3UMAA 2VIMA 3C7MA 4AJ8A 1XWCA 3J7Yk 1FB6A 3P8WA 5KN0A 1U87A 1U3IA 3PH9A 2WS2A 4RQXA 3HJOA 3UEMA 1SL1B 3LEFA 3GKMA 2YPMA 3APQA 3ZREA 4TR0A 2AHEA 1SD9A 1IYIA 1XZOA 1HNBA 4WBJA 1X9MB 1Z7PA 5ECHB 2OACA 5ECLB 2L4CA 4V1Ag 3QR6A 1DE2A 1F3BA 4N11A 3MNGA 2ZCTA 4ECBA 2FD3A 4MF7A 3FKFA 1GLQA 2CVKA 4TR3A 1EV9A 2DSAA 4JR4A 3D0ZA 4EO3A 1AQVA 3GH9A 4MH2A 3ERGA 4N30A 2O85A 1TOFA 3ZVJD 3KM6A 3F6FA 4K8MA 5KN3A 2JADA 5IMVA 5ECPB 4I6XA 4O32A 2KLXA 1XPVA 4IP1A 3TUEA 4NV5A 1M99A 2H1GA 3FR9A 2KP1A 3RHBA 1T7PB 1FAAA 1QMVA 1R4WA 1U6TA 2BJXA 3CRTA 4HEA2 1U3AA 1T3BA 2V32A 4IJ3A 3UBKA 2R4VA 3VWWA 2OA7A 5J9BA 1XVQA 2YWIA 3RPPA 4WF5A 4K2DA 1GNWA 2HI7A 1ON4A 3LXTA 4HDEA 1XOBA 2H74A 4E8EA 2MMOA 1PKZA 1PGTA 3TOTA 5D9WA 1XW9A 1SJZA 2A2SA 2L5LA 2YJHA 1G0TA 1RW1A 3TCOA 3GIXA 4DSQA 2YJ7A 5LD0A 2C0EA 2H1DA 5DAKA 2F9SA 1ZYQB 2DMLA 2OADA 3CMIA 5COHA 2ZUPA 1BX9A 2IFQA 4RI7A 5D9TA 2PMTA 4HZ4A 1Z6NA 1SYRA 2YZHA 3HYPA 4GF0A 4KW6A 4L0UA 3UVTA 3BJ5A 1B8XA 4JBBA 1USBA 4P3YB 1Z7RA 1EP8A 1EOHA 3H79A 2IMIA 3IK7A 1A0FA 2J23A 5D8IA 2PVOC 1JHBA 2IMDA 2YWOA 2H6XA 1NSWA 1PL1A 5H5QA 1K0MA 3BCIA 4MZBA 4XS6A 2B1LA 4KE3A 2FA4A 2Z9SA 3VI5A 2TIRA 1XFLA 1VGLA 2FCHA 4DVCA 1MDKA 1TW9A 1GRXA 18GSA 3KTLA 2H8LA 1Q4JA 5CNWA 1S3CA 4YH2A 4GRFA 3H1NA 1KBNA 5LCZA 1A23A 22GSA 3LFLA 2I3YA 3GMFA 4I97A 3ZZXA 1PX6A 3ERFA 3RBTA 2VCQA 3TKSE 3FEUA 3LYKA 4MZWA 2J9HA 1HNAA 14GSA 1GTUA 3F9UA 2I1UA 2ON5A 3VK9A 4TR1B 3CYNA 3VPTA 2FA8A 5INYA 4GLTA 1FVJA 2H71A 4OCEA 1G7OA 1TRUA 1ABAA 2HYXA 2IPAA 1YF0A 2K9FA 2DBCA 2V2GA 1VF4A 4OO4A 4OCFA 5J3RA 4O5RA 3IK9A 3IHQA 4Q5NA 3RPNA 3F4TA 4WEYA 3FR6A 3DKSA 4AJ7A 1DE1A 3FZ9A 7GSSA 2ALBA 4KCAA 3DEXA 3D5JA 4F03A 4RI6A 2LJKA 4NWYA 2E2GA 3LJRA 1MD3A 3D6IA 4WETA 4O92A 4FYCA 3AY8A 2X99A 3DIEA 4FYUA 1Z3EA 1CQGA 1YKCA 2DIYA 2EIQA 4MDCA 3ZFLA 3QMXA 3GFKA 5J5NA 4J57E 1O85A 2GT6A 4EVMA 1FO5A 4NHZA 2LEGA 4XTSA 4BVYA 4BWSA 3HHVA 4MJEA 4ZB9A 4GSTA 2N5AA 3TKQA 4TN8A 4JZQA 3A2VA 4WF4A 2YCDA 1EEMA 1H75A 2K18A 5CYYA 1T8EB 1IYHA 5HQPA 1ZMAA 4IW9A 1GSQA 3QD9A 2QSIA 2V41A 4K9ZA 1ERTA 2QKEA 3LG6A 2WRTA 3VURA 2PN8A 5GAND 4YQUA 1ERVA 3IPZA 3CBUA 2VLVA 4MJBA 1GLPA 4JE1A 20GSA 4GSSA 2IMKA 3F6DA 3W8JA 3QAWA 2F8AA 5HR2A 3TKRA 2LRNA 1TJDA 2RM6A 3EC3A 3ZMKA 3ZLPA 3EMXA 2H75A 2DJ1A 2I4AA 3ME8A 4MJAA 1ERWA 2EC4A 4DSSB 1I5GA 2DIZA 4YAPA 3KD0A 2E0QA 2KP2A 2M72A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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