3GKMA

Insights into the alkyl peroxide reduction activity of xanthomonas campestris bacterioferritin comigratory protein from the trapped intermediate/ligand complex structures
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
157
structure length
157
Chain Sequence
DAVLELPAATFDLPLSLSGGTQTTLRAHAGHWLVIYFYPKDSTPGSTTEGLDFNALLPEFDKAGAKILGVSRDSVKSHDNFSAKQGFAFPLVSDGDEALCRAFDVIKEKNMYGKQVLGIERSTFLLSPEGQVVQAWRKVKVAGHADAVLAALKAHAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Insights into the alkyl peroxide reduction pathway of Xanthomonas campestris bacterioferritin comigratory protein from the trapped intermediate-ligand complex structures
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bacterioferritin comigratory protein
molecule tags Oxidoreductase
source organism Xanthomonas campestris pv. campestris
total genus 51
structure length 157
sequence length 157
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2009-03-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3gkmA00
4POMA 3TJFA 1TDIA 2CT6A 1BX9A 5FHIA 3VWUA 1K3YA 2VM1A 2L57A 4GSSA 2H1BA 1S3AA 1TRUA 1YF1A 2H0GA 4ISDA 5B6MA 3TJGA 3CYNA 3QPMA 1QUWA 3FRCA 5G5FA 1QXHA 3O3TA 4J57E 4L5OA 4NPBA 3L9UA 3ZVJA 1BAYA 1MDJA 3L9SA 5HFGA 2EIQA 2VL3A 1SL2B 3DVXA 3H4KA 2L59A 1OC8A 2B5XA 3WD6A 1KBNA 1Y25A 2H70A 2OKAA 5DALB 2A2SA 1GUMA 1V9WA 1N8JA 2YWMA 2FGXA 3RBTA 3KMNA 4X1UA 3FK8A 1ST9A 2VD1A 1EWXA 2H73A 4Q5FA 2HRFA 3CSHA 1JLVA 3DWVA 2RM6A 4JZQA 3O76A 1SD8A 5CO3A 4MH3A 4IJIA 2H1GA 4KNDA 4JBBA 1PMTA 1F2EA 2GZZA 4KCAA 4EVMA 3O6TA 4L0UA 2PBJA 4IQAA 2FWEA 3L4NA 2YZUA 2FLSA 2ES7A 2MMAA 1UVZA 5GSTA 2OE0A 3HVVA 1ZOFA 1HYUA 3CSIA 2RM5A 4LA1A 2ZUPA 3RHCA 4DSRA 2R37A 4EO3A 5LNKe 2GT5A 4PQHA 3CMIA 4F0CA 2LRNA 1JLWA 2M72A 3GV1A 1FW1A 1S3DA 2AAWA 2P31A 4JEDA 4AF2A 1XW5A 2H8LA 5D73A 1MDIA 3D0ZA 1PSQA 5HR1A 1K3OA 2KHPA 3CXGA 4X0XA 4HQZA 4NWYA 4HZ2A 3QDNA 1XW9A 3IK9A 4ZL7A 1XFLA 3KD0A 1XCCA 2VUPA 4ZBAA 2JADA 1NM3A 2O87A 2WGRA 3WT1A 1W4VA 3CRTA 3WT2A 3TKSE 1T4ZA 2M46A 2VCQA 3TKSA 4NHZA 4BL7A 2AB6A 4I97A 1M7TA 1IYIA 2WJUA 4RI7A 2R3XA 4IS0A 2VIMA 3GH9A 1A0FA 1B9XC 1R5AA 4JRRA 5ECIB 5F07A 4ML1A 1X9MB 3HDCA 1W89A 2JZRA 1JZDA 4XHMA 1JHBA 1MD4A 1Z7PA 1E6BA 2PU9C 4XCSA 2DJ2A 1DE1A 1TRVA 5CREA 4K6XA 4DSSB 1WPIA 2LJKA 4NHWA 3GH6A 1TKDB 4ZL9A 1XVQA 3EINA 3TDGA 2GVPA 3GIXA 2HSYA 3L0HA 1EEMA 5KN2A 4HOJA 3UOMA 4EXJA 1PA3A 3CRUA 2H1DA 1TK0B 4GXZA 2HRNA 1K0AA 4N0VA 1A8YA 2MBSA 4YQVA 4YQMA 1X5DA 1FB0A 1GUKA 2R2JA 4MDCA 3APSA 4MF7A 4KA0A 5A4UA 4TXVA 3CTFA 3UVTA 2VM2A 1GULA 4FO5A 2LEGA 1EOHA 3TRPA 2JZSA 5F06A 1IYHA 3Q6OA 1GLPA 3QOUA 4MJEA 4BVXA 1GLQA 1QGVA 3I6AA 3J7Yb 1RW1A 2KUCA 2F51A 1B9YC 2R6KA 5ELGA 5ABRA 2V1MA 4IQ1A 4MCUA 9GSSA 5D96A 4GF0A 4WXTA 3DEXA 2VCWA 2YN1A 1GNEA 2DMMA 2YV9A 3EMPA 1VRSD 4EUYA 1O73A 3P2AA 4PNFA 4P3YB 1CQGA 3UBKA 2YOIA 4MMMA 4ZB8A 2AJQB 3GSSA 4TN8A 1FG4A 3VI5A 5JCUA 2O8VB 3M1GA 1XBSA 5IOWA 2VLUA 3KJYA 3HVSA 4EDZA 1GSYA 2CQ9A 3RPPA 3FKFA 5J9BA 4GTUA 3KM6A 1SJIA 4BA7A 2LJRA 2V32A 2REMA 3KH9A 1F3BA 1TI3A 11GSA 1LJRA 1TW9A 4NAXA 5CYYA 4EKZA 1VF4A 3TRQA 2DLXA 4GLTA 5J5NA 2H6ZA 3H79A 2GZYA 1WJKA 5ECPB 4POKA 1Z3EA 3FW2A 3EWLA 3EU4A 4GWRA 1TRSA 3F4RA 4ZBBA 2WB9A 1TTZA 1THOA 3F3RA 3P8WA 2FA4A 3FR3A 2MMNA 4MZCA 3RAZA 3GKXA 2GGTA 4YH2A 3LORA 4MPGA 1T3BA 4OFNA 3GL5A 1ZL9A 1A24A 4H86A 1FVKA 3LXZA 5GAPD 3I9V2 2IWTA 1YZXA 1GSQA 4AGSA 4MLYA 4JU5A 4V2LA 4LL4B 1B4QA 2EIRA 2H1AA 2H71A 4G10A 3Q74A 2N5AA 3M9JA 3UAPA 1O8WA 2L4QA 5ECLB 1N2AA 2V6KA 1TK5B 1OKTA 2XPEA 4HDEA 2HNLA 4O92A 5CRWA 4MA9A 2C8UA 3ZMLA 3FR9A 5G1KA 1O85A 2B1LA 3LQ7A 2WCIA 2H19A 1Z6NA 2TIRA 1WWJA 4PGTA 2I9HA 5IMVA 3IDVA 4K9ZA 4J56E 4KSOA 2HT9A 3ZZXA 5G2ZA 2YJ7A 1ZZYA 3DXBA 4HQSA 2H76A 3GL3A 1X9WB 1YEPA 1ERVA 2X64A 1WE0A 3I69A 1GSEA 1GTIA 2IIYA 3BCKA 4QQ7A 1PX6A 3ZMKA 2K8SA 5E4WA 2J9HA 1BQ7A 3UIWA 3LWAA 3A5WA 1FB6A 3MWHA 2G0FA 3GUSA 3GN3A 1A23A 1A2LA 4AJ7A 4ZB6A 1OVNA 2I4AA 3F6FA 1TU8A 4IELA 2LNSA 4OCEA 4CDOA 3GX0A 2CX3A 2VL9A 4WF4A 1WRYA 5F0GA 3P7XA 2AYTA 3IOSA 3G7JA 3WGDA 1PD21 3DVWA 5EL8A 5G30A 2J23A 2LV3A 3VK9A 4FYBA 5KN1A 2IMFA 1Y6EA 3JCML 1G7OA 3HXSA 1YQ1A 1K0BA 1ERTA 1K0MA 3IK7A 1HD2A 1X5EA 4EE0A 2HFDA 1LU4A 4XIHA 1M2AA 1AC1A 2DIYA 2RLIA 4WF5A 8GSSA 5A5KA 4Q5NA 1NSWA 2AUVA 4ECBA 5JWQB 1M2BA 3TOUA 2YWNA 2HZFA 4BWSA 4PNGA 3TOTA 4K7NA 5IQYA 1J0FA 2CX4A 5IM9A 4DSSA 4KX4A 4D73B 1JZRA 4NMUA 4L0WA 5ID2B 2VOCA 4YQUA 3RPNA 2B1KA 2LTKA 2WDUA 1GP1A 4XTSA 1PL2A 3WYWA 1GSUA 1V2AA 16GSA 1M0UA 3QR6A 5C04A 2H74A 4AJ6A 1Z7RA 2VAFA 4L5LA 2WS2A 2ZNMA 1EGRA 4GCIA 1R7HA 4N30A 1TXXA 1G6YA 4RUVA 4HU9A 1U3IA 2PGTA 4FYUA 5CRGA 1AAZA 5EY6A 2DJ1A 2NBSA 1SYXA 5HR3A 3ZYWA 1ML6A 4ZBDA 4ZIJA 4OO4A 1HQOA 5DQSA 3F4SA 4NV2A 1PKWA 1YKCA 3ZIVA 1Q98A 3APQA 5IIZA 2YWIA 3DIEA 5B8AA 1MEKA 1QFNA 1GL8A 3MDKA 3H93A 3DMLA 4MJBA 3E9JB 17GSA 1XWKA 1BYEA 1EV9A 2YWOA 4TKYA 1KNGA 1XOBA 4DEJA 3N5OA 2FA8A 3ZFBA 1SKSB 4RQRA 3Q19A 3A2VA 5ENUA 5C00A 4EDYA 4N0ZA 1EV4A 2V2GA 4KDYA 3PH9A 2QC7A 2KP2A 4O32A 3ZIJA 1T1VA 2M80A 2DJ3A 4IW9A 2VCZA 2IMEA 4HJ2A 1V98A 1EEJA 2I1UA 2L5LA 4XS1A 3R2QA 4ECCA 3QFBC 4G9HA 4JR4A 3HY2A 4EC0A 2VLVA 4N10A 5H5RA 2L4CA 1SKWB 5KN0A 2H6XA 4IP1A 3LEFA 3KIJA 2LNTA 4XRAA 1M99A 3TB2A 3GMFA 1JFUA 3C1SA 3A2XA 2MBTA 2VCVA 4ECIA 4LMVA 3F6DA 1V40A 4TVEA 4OD7A 4BPYA 4KSMA 2IN3A 3ZFLA 6GSXA 1A2JA 4MZWA 4GSNA 4FYCA 2HSHA 4K2DA 3GKNA 2L6DA 3FZ4A 4O7HA 5LD0A 1AQXA 2QGVA 3GURA 5F8BA 2DMLA 1ZYEA 6GSVA 1U3AA 2P0GA 4QL9A 1GTUA 3AY8A 4MJCA 2N5BA 3IPZA 4ID0A 5DVBA 2YCDA 1B8XA 1U87A 3QAVA 2CZ3A 2DC5A 5IO2A 3TKRA 5A4VA 3MNGA 2PERA 4ML6A 2FUG2 3DYRA 2JZTA 2GSQA 2B3SA 1VF3A 5ECSA 4YAPA 3F63A 1YKAA 3BCIA 4MH2A 2WRTA 2TRCP 1DUGA 1WIKA 3HD5A 3U6VA 3IC4A 3M0FA 2P5QA 4KCEA 4F03A 2F8AA 5ELAA 3W8JA 3C7MA 5IOXA 2O89A 5HR2A 2EIOA 5DJMA 2XC2A 3IRAA 4MJAA 2CA8A 3DGQA 3MAKA 4TRXA 3VPTA 4EL1A 5JCGA 1AUCA 4JE1A 1T4YA 3EURA 3ERGA 1DBYA 5ECKB 3G7IA 2HI7A 3RHBA 3LGCA 2X8HA 3UL3A 5KEJA 1SJZA 3C1RA 3VI7A 2C0DA 5ECHB 1NW2A 2FCHA 4LMWA 2HYXA 3KP8A 4RQXA 1QQ2A 3LSZA 4V1Ag 1B48A 1Q4JA 2H0HA 6GSWA 2GSTA 4HI7A 3BBYA 3SBCA 1OAZA 2G2QA 3DKSA 3PGTA 3ME8A 1T7PB 1K0CA 3HZ8A 4CHSA 2L5OA 3C71A 1EP7A 2PWJA 3ZVJD 2KP1A 3IXRA 3TRXA 5JWRB 5INYA 3KGKA 3NIVA 3IBHA 3KXOA 1UC7A 3D21A 5A4WA 1YJ6A 2AV4A 3GA4A 5AISA 4I5QA 1GSDA 1Z9HA 2FWHA 1B4PA 3G7YA 1A2MA 1R5PA 4BVYA 3ERFA 1OE7A 1WP0A 6GSSA 4IKHA 3EMXA 1USBA 2WFCA 4MZBA 2KLXA 3EVIA 3MSZA 1TP9A 5IMDA 2XPDA 1RK4A 5CNWA 2C3TA 2L6CA 2XHFA 1OC3A 1SK0A 3GX8A 4L8EA 5J9CA 13GSA 3HJPA 1XWAA 5CAXA 3EU3A 1XVWA 1F37A 4WBRD 2VCXA 3HYPA 3GTUB 3VPQA 2HE3A 5B8BA 2YV7A 4XS6A 5IMAA 3ERWA 3FZ5A 4GQFA 4PUFC 2XBIA 2I3YA 3GFKA 3F3QA 4HS1A 3ISOA 4D73A 6GSYA 2BTOT 3IHQA 5D8IA 5ID2A 4HUAA 4ZB9A 4NV5A 2P5RA 5G31A 2ON7A 1GSFA 2GT6A 3HA9A 2LQOA 2DSAA 3L78A 3TCOA 2B6MA 2K8VA 3WGXA 4DVCA 3IA1A 3UMAA 2Z9SA 1T00A 3ZITA 2MZCA 2CVBA 1M2DA 3KMOA 4IHUA 3EE2A 4F9ZA 1AXDA 2JU5A 2GSRA 1J9BA 2DBCA 1XW6A 1ZCPA 1H4OA 4CW9A 1J08A 1SYRA 1HNBA 2CAIA 2D2ZA 1GTBA 4TOPA 2VL2C 2IJYA 3H8QA 2GSSA 4ACSA 5DDLA 2F8FA 2PN8A 3C8EA 5IMFA 1XPVA 2CVDA 3TJJA 3E0UA 5DJLA 4I8BA 3BOAA 1EP8A 4WR5A 3FHKA 1G0TA 2B5EA 3J7Yk 4ULXA 2OJLA 18GSA 4IGJA 14GSA 2OACA 2OE3A 1T8EB 4F2IA 5FT3A 4K7OA 1TRWA 1U88A 1SK2A 1RQMA 4WR4A 3LG6A 2WULA 1O81A 2NTOA 1JZOA 5CRHA 5D9VA 1Z5YE 4OO5A 5B6NA 2X99A 2VL2A 3UBLA 1XIYA 3IV4A 2TRXA 3NZNA 4IN0A 4MP4A 1ERUA 5ECRB 1NHOA 4MPFA 4TW5A 1AW9A 3W8SA 4E8HA 3L9VA 2NVLA 5CP1A 4V2MA 4RI6A 1MTCA 1THXA 4HEA2 2GZPA 2OE1A 2PVQA 2F3MA 5GAND 2GQLA 4TR0A 4LL1B 4POLA 3GKKA 2YNXA 3FYGA 2LQQA 1SKRB 4MABA 4KAEA 1I9DA 5J41A 22GSA 1X9SB 1A0RP 2GTUA 3F9UA 2MMZA 1TU7A 1K3LA 1ACVA 3LYPA 4ECJA 1G6WA 1KEBA 3D22A 3GYKA 5AIXA 1EGOA 4TR1A 4V2NA 4IJ3A 5L71A 1FOVA 3F4TA 4AJ8A 2IMKA 5EVOA 4V1Ap 2DJJA 4DSQA 4I6XA 3FZAA 2RUEA 3ZTLA 2JSYA 3TKPA 1M9BA 5HQPA 1O7UA 2QKEA 2VCTA 4EF0A 1S3CA 3H1NA 4ILFA 4K0NA 3HHVA 3D5JA 5DQYA 5FWGA 2FNOA 1KTEA 2IMIA 1GUHA 1UN2A 3LJRA 2K9FA 3P90A 3LXTA 5DCGA 1XWCA 1SU9A 2C80A 6GSTA 4WEYA 3UJ1A 2NPBA 2IFQA 2DJKA 5CRDA 2E7PA 2I81A 3QCPA 5LCZA 2LS5A 4IBPA 2CZ2A 2H72A 3TKSC 3HKRA 1TI1A 3UEMA 1QK8A 5B7CA 1EZKA 3KP9A 1R26A 5GZZB 3TJKA 1MDKA 1AQVA 2C0GA 1DE2A 2B7JA 2V41A 3ZLPA 2KOKA 3IE3A 1GTAA 3FR6A 5D9XA 2MYGA 4TR4A 4JR6A 4K1FA 2A2RA 3TGZA 1GH2A 1TJDA 1GRXA 2C4JA 3HCZA 3KEBA 5DAKA 5DCHA 3F8UA 1MD3A 3QMXA 3NOFA 3HZ4A 1SL1B 1QMVA 1C72A 1URMA 2GDRA 5J4UA 5ECNB 2LUSA 3BJ5A 5AIVA 4GRFA 3QAGA 2OADA 2FWGA 3CTGA 3WGEA 3C73A 5G1LA 4HU7A 4Q5QA 5D9WA 3M8NA 3TKQA 3VFIA 2XBQA 3D4TA 2ZCTA 1K0OA 1VF1A 1GWCA 4KH7A 1ON4A 1ZMAA 3GNJA 2RIIA 4XS4A 4OFMA 3BD2A 2O7KA 2OBKA 1UA5A 3GTUA 1LBKA 1HNCA 4IVFA 2V6OA 5HFIA 4MF6A 2MMOA 3M3MA 2NDOA 4KGIA 3I43A 2CAQA 2F9SA 5ECMB 2CVKA 4POBA 2OA7A 2VD0A 2LSTA 3CSJA 4MF5A 4TR1B 2PUKC 1EOGA 3ZRDA 1PGTA 4FH8A 1E2YA 1PX7A 3HJOA 4PUAA 1XZOA 4X43A 1K0DA 4J2FA 4F82A 3PINA 3PR8A 2DIZA 4TXOA 5H5QA 4PQIA 1DSBA 5AN1A 2K6VA 4KDXA 1FHEA 2IPAA 1PKZA 1PQNA 1XXUA 3VWXA 3TUEA 5E59A 2PMTA 2EC4A 3US3A 2E2MA 2BMXA 1X0RA 2N5FA 1XWGA 2HLSA 2B7KA 2C3QA 2LJAA 1SL0B 3N9JA 1HNAA 5ECOB 5H5SA 2IFQB 4KE3A 2DJ0A 4GQCA 3KCMA 2FD3A 1ILOA 2C3NA 3ED3A 4OFTA 4OCFA 4F0BA 3EC3A 5KN3A 4PURA 1M9AA 3QAWA 4WBJA 3VWVA 1PL1A 2IL3A 20GSA 5HR0A 4WKWA 1XWBA 3G9BA 3ZREA 1OYJA 1F9MA 2JSZA 2YP6A 1FO5A 4K0GA 1O6JA 1Z6MA 3FEUA 1SK1A 3UVHA 2QSIA 5IPHA 3V1WA 1XOAA 2GQKA 1CQHA 4KDUA 5DAKB 2H75A 4BWQA 2E0QA 3UARA 5IMCA 2HZEA 5AGYA 3OR5A 3Q18A 3U5RE 3IR4A 2X8CA 2FY6A 1BG5A 1VF2A 5HFKA 2WZ9A 2YZHA 5ECQB 3GKMA 2H01A 3KZQA 1OE8A 5JWOB 2LRCA 2HXKA 4FIWA 4NXIA 2C0FA 2E2GA 4XS4B 4IP6A 1VGLA 5DBQA 1U6TA 1SJ6A 3FY7A 5JCWA 5J3RA 4ZILA 1AIUA 3F0IA 2FHEA 4WETA 5GSSA 3HJMA 1H75A 1ABAA 3GSTA 4OMVA 3QFAC 2B5YA 6GSUA 1ZGNA 1OC9A 3HVXA 4OWYA 4HJMA 4TR3A 10GSA 2LKUA 3DD3A 3D4MA 1TK8B 3SWLA 4KUNA 1AQWA 2GLRA 1K0NA 2R5GA 2GS3A 2PPTA 4TXOB 5COHA 2GQMA 3M9KA 2BJXA 2IMDA 19GSA 3LYKA 1ERWA 3QD9A 1F6MC 4QL7A 4O5RA 4N11A 5IO0A 3CBUA 3FZ9A 3ME7A 3KTBA 2ALBA 2K18A 3VURA 3D6IA 12GSA 4HZ4A 4E8EA 1R4WA 3RDWA 3DRNA 5IMZA 5G5EA 4YAVA 5DALA 1V57A 2YJHA 4PXOA 2VO4A 1YDKA 2VLTA 3KTLA 4Q5RA 7GSSA 2YANA 4ZXGA 1TOFA 1GNWA 1FAAA 2C1YA 2H66A 2JL4A 1GSSA 1V58A 4G19A 1F3AA 4KW6A 2CV4A 4I2TA 1SD9A 2C0EA 2H6YA 5F05A 2LRTA 3LFLA 3IAS2 2YPMA 3VWWA 1BEDA 3APOA 1O8XA 2O85A 1I5GA 4MK3A 2OBIA 3K8NA 2HZEB 1FVJA 3VLNA 3IAM2 1BJXA 1JZWA 1OKDA 2R4VA 5EPFA 1YY7A 1ZYQB 1PRXA 3GRXA 3EYTA 1WOUA 2X8GA 3E3EA 3ZL5A 2PVOC 3GHAA 3S9FA 4I2UA 4KB3A 1A8LA 2JACA 3KH7A 4K7IA 2FWFA 1X5CA 4ZL8A 2H30A 3W6GA 2RUFA 1YEXA 2A4VA 1PN9A 4Z7XA 5D93A 4K8MA 5D9TA 3A3TA 1WMJA 1SENA 4PX1A 2H0IA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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