3GKMA

Insights into the alkyl peroxide reduction activity of xanthomonas campestris bacterioferritin comigratory protein from the trapped intermediate/ligand complex structures
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
157
structure length
157
Chain Sequence
DAVLELPAATFDLPLSLSGGTQTTLRAHAGHWLVIYFYPKDSTPGSTTEGLDFNALLPEFDKAGAKILGVSRDSVKSHDNFSAKQGFAFPLVSDGDEALCRAFDVIKEKNMYGKQVLGIERSTFLLSPEGQVVQAWRKVKVAGHADAVLAALKAHAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Insights into the alkyl peroxide reduction pathway of Xanthomonas campestris bacterioferritin comigratory protein from the trapped intermediate-ligand complex structures
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bacterioferritin comigratory protein
molecule tags Oxidoreductase
source organism Xanthomonas campestris pv. campestris
total genus 51
structure length 157
sequence length 157
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2009-03-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3gkmA00
1RK4A 3FR3A 3TGZA 2YJHA 2ZNMA 4KE3A 5FWGA 1TU7A 2DJJA 1Z6MA 5A5KA 1C72A 22GSA 3QOUA 3UVHA 3L0HA 2YWIA 2PGTA 4MK3A 3G9BA 1M2BA 2KLXA 4V1Ag 1DBYA 1B4QA 1ZYEA 2PU9C 1O8WA 1EV4A 4CHSA 4K2DA 3ED3A 2CZ3A 4O7HA 3GH6A 3IHQA 1N2AA 1BJXA 2H76A 3RPNA 2MMAA 3LQ7A 4L8EA 5IO0A 12GSA 5ECHB 4AF2A 1BG5A 3TDGA 2C3NA 1GLQA 3G7IA 4F2IA 1JZOA 3I9V2 3WD6A 4WR4A 2H0HA 2A2SA 11GSA 5JWOB 3SWLA 3HD5A 3FZ5A 4POLA 1F9MA 1HQOA 3WGDA 1SD8A 3BOAA 1SJZA 1J9BA 3IV4A 3APOA 1K0BA 3ZTLA 2H75A 4KDXA 1EP8A 3MNGA 1YQ1A 3IA1A 1TK0B 2CVKA 2GZZA 1TP9A 3GL3A 3UBLA 2WULA 4LMWA 4MF7A 4NAXA 4BWSA 3ZIJA 2DJKA 1A8LA 2L4QA 3V1WA 1FAAA 2GS3A 4KSMA 4YAVA 5D9XA 2QSIA 3HZ8A 3TOTA 3KD0A 4MLYA 1HYUA 3TJBA 4IP1A 4XS4A 5CAXA 3IC4A 3KCMA 5ECSA 1A24A 4GTUA 4XIHA 3TKSE 2KOKA 2N5AA 1O8XA 3DYRA 3ZITA 4O5RA 2WJUA 1IYHA 2FGXA 5H5SA 5HR2A 4HS1A 4ZB9A 4I2UA 5CRWA 2CVDA 3VPQA 1ERTA 4EE0A 2GSQA 1AQWA 2VCXA 3DMLA 4XS1A 3VPTA 4MZBA 2VM2A 2H1AA 2L5OA 3PINA 1DUGA 3IPZA 1GNEA 4NXIA 3UVTA 1EZKA 4GLTA 3EE2A 3FEUA 3M1GA 4I8BA 1ERVA 1PD21 3EU3A 1ILOA 1K0CA 3IBHA 6GSWA 1XWCA 3A5WA 1U3AA 2ALBA 1AQXA 3S9FA 3N9JA 2WDUA 2PMTA 1PQNA 2JACA 2K9FA 3DEXA 3CSJA 3D6IA 3ZRDA 4MPFA 2F8AA 3M0FA 4K9ZA 2VL2C 1X5CA 5ECOB 7GSSA 5JWRB 5ABRA 4K1FA 1R5AA 1AIUA 3HKRA 3HZ4A 1JZRA 4IVFA 1TW9A 1KBNA 1OC8A 2WZ9A 2XHFA 2YJ7A 5F05A 2JU5A 3LFLA 2EIOA 3KZQA 1V40A 5DQYA 2NBSA 1F2EA 2DBCA 4OO4A 1GTIA 4H86A 2H19A 5ECKB 4HUAA 3RHBA 1GTAA 4QL7A 5DCHA 4PUFC 1Q98A 3QR6A 2YWMA 1HNAA 2YV7A 3DXBA 3GSTA 1XVQA 2C8UA 3F4SA 4FYBA 5B8AA 4BPYA 3DGQA 3E3EA 2H6YA 5CYYA 3TJKA 3KMNA 4EDYA 1PSQA 4EVMA 1F3AA 3DVWA 1X0RA 4EUYA 4J56E 4YH2A 4ECBA 2IWTA 1XWBA 5ID2A 4K6XA 1UA5A 3M9JA 1XOBA 5ECIB 1DE1A 4N30A 1FB0A 2H70A 1KTEA 5G2ZA 1W4VA 5G5EA 2X64A 1I9DA 4MZCA 4ULXA 1SK0A 4HJ2A 3GV1A 4V2LA 3UMAA 4ML1A 18GSA 3KMOA 1IYIA 4ISDA 5LCZA 4K7NA 3RAZA 2O7KA 5AN1A 4LL4B 2YOIA 2IMIA 4JE1A 2HRNA 4TXVA 3QAVA 2I81A 2HZEB 1M9BA 5IPHA 3FZAA 2H66A 2CT6A 3D22A 5JCGA 2MMZA 5AIVA 4GSNA 3G7JA 4GSTA 2YN1A 1WMJA 2O87A 1I5GA 1A0FA 3KGKA 2FWGA 2CZ2A 1A23A 5G30A 5J9BA 2AV4A 2P5RA 2Z9SA 3TRXA 1VF1A 1XW6A 3GN3A 4E8EA 3ME8A 1N8JA 3SBCA 2LEGA 1XVWA 4ZILA 2R37A 4LLRA 1YF1A 1JZDA 3ZIVA 1T3BA 4O32A 2PVQA 4KW6A 2TRCP 2GDRA 2HZEA 2CX3A 5DCGA 4Q5FA 4NHZA 1SD9A 2F51A 3F3RA 4KDUA 2E7PA 2OE1A 2YNXA 3P2AA 1TI1A 3TKQA 5IM9A 3LXZA 3IK9A 5J9CA 3CMIA 4XHMA 2GVPA 5C00A 3VURA 1FVJA 1XW5A 5DALA 4CW9A 1ERUA 4XCSA 5J5NA 3DRNA 3QFAC 2CVBA 1ZYQB 2E0QA 4JRRA 4WF4A 1ACVA 3A2VA 4WBRD 8GSSA 3WYWA 4TR1B 2PWJA 3TUEA 3F4TA 3ERGA 2FWEA 4OD7A 3TOUA 4QL9A 4KSOA 2DJ0A 6GSXA 2VCZA 3LG6A 5IIZA 4K7IA 1WE0A 2EIRA 5HFIA 3GNJA 2L4CA 1M0UA 3C71A 3L9SA 4IHUA 3VI5A 1NHOA 4FIWA 3US3A 2R3XA 3VK9A 4MJCA 2KUCA 2B6MA 4TOPA 5E59A 3FHKA 4YQVA 4YAPA 2PPTA 4PGTA 1SJIA 1EV9A 1R26A 5IMAA 9GSSA 1ST9A 3ZFBA 1TJDA 3GUSA 5KN3A 3DVXA 1M2DA 2IMEA 3F4RA 5IQYA 3APQA 4OWYA 5CO3A 5KN2A 3KTLA 4MF6A 2TRXA 1GRXA 1Z7RA 3UJ1A 5IPGA 3A2WA 3GH9A 3ZYWA 3GX8A 4TXOB 2I4AA 4AGSA 1SYXA 2L6CA 1VF2A 3CTFA 1FW1A 4X43A 2F9SA 3GL5A 4TN8A 4PURA 2R4VA 5IO2A 1A0RP 2GSSA 3D0ZA 2I9HA 1CQHA 1J0FA 1QMVA 2BMXA 4ZBBA 3O6TA 1ERWA 5ECQB 3FW2A 4N10A 2RM5A 1FVKA 3H1NA 2GTUA 1WJKA 1A8YA 2GQLA 4TR3A 5ECLB 4PUAA 2JZTA 2V6KA 1NM3A 3TJJA 3TKSC 2DMMA 4KDYA 2MBSA 2HNLA 1EOHA 1TDIA 2DC5A 2VO4A 3KP9A 4TXOA 3MAKA 2FLSA 4K8MA 4JR4A 4TR0A 1H4OA 1GUHA 3Q18A 2CX4A 2WCIA 5HR0A 3F6FA 2M72A 1VF3A 4MJAA 2V6OA 4DEJA 3C8EA 4ZL8A 2P0GA 4Q5RA 5GZZB 2C4JA 3DD3A 1G6WA 3KM6A 4BL7A 3EWLA 1Y25A 4K0GA 1HNBA 1R5PA 4XS4B 1T4ZA 4NPBA 2LNTA 2V2GA 2LNSA 2YZUA 1K3LA 1V9WA 2OBIA 5EL8A 2O89A 3A3TA 3VWVA 2VCQA 4NMUA 1B8XA 2QC7A 3HYPA 1O73A 4PQIA 5EPFA 5H5QA 2B3SA 3CXGA 2V41A 3F3QA 2R5GA 2LJRA 3L78A 4MA9A 4LMVA 5D8IA 2JZRA 3LGCA 3CSHA 2VD1A 1XWAA 2R2JA 4NHWA 3HDCA 2DSAA 2FNOA 1OC9B 2XPDA 3NZNA 2LRTA 2VAFA 2OJLA 2LV3A 2TIRA 2NDOA 4J57E 2YWOA 1PX6A 5AGYA 1XFLA 4LA1A 4TR4A 3IAM2 4WETA 2L5LA 1QFNA 4G10A 2F8FA 1GSSA 2P5QA 2LJAA 1PGTA 4OCEA 1GSQA 1ABAA 4MH2A 2RUEA 3FKFA 2D2ZA 1WRYA 2EC4A 1Z9HA 3U5RE 2B5EA 4RI6A 1B48A 3LYKA 2VL2A 4EO3A 20GSA 5HFKA 1GSUA 5F07A 2A4VA 3PR8A 1U88A 4ID0A 1THXA 1OC9A 3UARA 3WT2A 2L57A 4NV5A 3ERWA 4I5QA 2PN8A 4V2MA 5D96A 2B7KA 1SKWB 5GAND 1A2LA 3GRXA 1MDKA 1PX7A 2C1YA 5JCUA 3QMXA 3WT1A 3EMPA 3L4NA 3VWXA 2X8GA 1Z6NA 1S3CA 3JCML 2GLRA 2R6KA 5DJMA 3VLNA 2O8VB 2HXKA 2K8VA 1TRSA 4DSSA 1GTUA 2KP1A 1M9AA 3GURA 1OAZA 1Z5YE 1YEXA 4ILFA 5B7CA 1EWXA 5IMCA 4OMVA 3BBYA 2ZUPA 1ON4A 2I3YA 2B7JA 2K8SA 5GSTA 5KN0A 4KX4A 4IQ1A 3RDWA 3U6VA 5D9TA 4MJEA 4WKWA 2RIIA 1T00A 2VLVA 6GSUA 4HQSA 2MMNA 4AJ6A 4ZIJA 2MYGA 2LRNA 2VOCA 4KH7A 1FG4A 4WR5A 3FR6A 3LORA 1A2JA 2MZCA 1MDIA 5DJLA 4XTSA 3C1SA 1VGLA 1FOVA 2GQKA 3EVIA 3LSZA 5ID2B 3IOSA 4IJIA 1SK1A 5G5FA 4N0VA 3UOMA 3ERFA 4KCAA 1PKZA 1NW2A 1G7OA 1YKAA 2OE3A 3CYNA 2HZFA 1B9YC 1OE7A 1YF0A 1M7TA 3W8SA 4NV2A 3ZVJA 2VCWA 4V1Ap 4WEYA 1EP7A 3QFBC 1SL0B 4EKZA 3MWHA 4JBBA 1PL2A 1X9SB 4I6XA 2F3MA 3F0IA 5H5RA 4KGIA 3D21A 2H71A 1FB6A 2JZSA 4G2EA 4E8HA 4GF0A 3TJFA 4Q5QA 3M9KA 1QGVA 5ECMB 3LXTA 4FH8A 2DIYA 2FCHA 14GSA 1OE8A 4N11A 2O85A 2VLUA 2OKAA 2HE3A 3L9VA 4RQRA 2V1MA 5B6NA 2FUG2 3F8UA 3KXOA 3HA9A 5HQPA 4EF0A 2DLXA 3APSA 2MBTA 2BTOT 2BJXA 4FYUA 2AUVA 3M3MA 1F6MC 2DJ1A 2LUSA 2KHPA 1E6BA 1MTCA 2ON7A 1CQGA 2C0GA 3J7Yb 2CAIA 2JSYA 2RLIA 3W8JA 2QGVA 1G7EA 2LQOA 2IMFA 1EEMA 4IKHA 3IDVA 3LWAA 5KEJA 1SL2B 4MP4A 3K8NA 2DJ3A 4X0XA 4HOJA 4WF5A 5DALB 5J3RA 2YCDA 3GYKA 3VFIA 5CRHA 3I69A 5IMZA 5ECRB 3QAGA 4MZWA 3TRQA 4LL1B 3GKNA 1BEDA 4TW5A 2FY6A 3KEBA 3UAPA 1PA3A 3CRUA 16GSA 2CAQA 1XPVA 1ZGNA 1GTBA 1S3DA 1GUKA 3C73A 1B9XC 4K0NA 3Q74A 2RUFA 3EYTA 1XOAA 10GSA 3RPPA 5G1KA 4ECIA 2ES7A 4EL1A 5J4UA 3KH7A 4F03A 2LS5A 1QUWA 2FA4A 3L9UA 4GQCA 5E4WA 2DJ2A 1USBA 5DBQA 3ZVJD 2G2QA 2H1GA 1KNGA 1TOFA 4DSQA 2DMLA 3W6GA 3EMXA 3TJGA 4L5OA 1NSWA 1GSDA 3LYPA 3FR9A 2ZCTA 2L59A 2GT6A 2V32A 2IN3A 2H0IA 3C7MA 1PRXA 4KA0A 2J23A 3Q19A 3FK8A 3UIWA 3IRAA 5ELAA 1YJ6A 4HI7A 3IE3A 2VL3A 5CNWA 1JHBA 4IJ3A 4KB3A 2YPMA 4ZXGA 2CQ9A 2AAWA 4IQAA 3QD9A 1T7PB 3GSSA 3Q6OA 2AJQB 3NIVA 1K0DA 5A4UA 1A2MA 1G6YA 4XS6A 1R7HA 3UBKA 4EXJA 1WP0A 4JZQA 3TKSA 1U87A 1XBSA 4HU7A 2N5FA 2OA7A 2XPEA 4KAEA 1JZWA 3HJOA 1AW9A 1AXDA 2KP2A 2JADA 2GZPA 3IR4A 2LRCA 3TCOA 2PUKC 1JLVA 1F3BA 3EINA 4PX1A 2PVOC 3M8NA 1THOA 4HZ2A 4OFNA 5CREA 4BA7A 3AY8A 2LKUA 4POMA 1WOUA 2NVLA 2YP6A 4ECJA 1TU8A 3E0UA 1K0MA 3J7Yk 3TRPA 3H4KA 1K0NA 3ZZXA 2VM1A 3PH9A 5DQSA 3F9UA 1LU4A 3ZFLA 3VWWA 2FA8A 3LJRA 4BVYA 5J41A 4HJMA 1SJ6A 5GAPD 2YANA 3IK7A 1RQMA 2C0EA 1TRUA 1BAYA 5EVOA 1HNCA 4WXTA 5CRDA 5ECPB 2K6VA 3QDNA 1GL8A 3P7XA 2H74A 1SK2A 5INYA 4D73A 3UL3A 3FZ4A 2OE0A 5KN1A 3GA4A 1SKRB 4ZBAA 3CBUA 1XZOA 3HVSA 4G9HA 1RW1A 2H8LA 1E2YA 2X8CA 1WIKA 1MD4A 4NWYA 2C80A 3EU4A 3EURA 4TRXA 4J2FA 2FD3A 2RM6A 2WRTA 1O7UA 3D4MA 2H6XA 2GQMA 2WB9A 2QKEA 1BX9A 1AC1A 3GFKA 4IELA 4N0ZA 1U6TA 4OCFA 3GKMA 5ENUA 4KUNA 2OADA 3F63A 3ME7A 5COHA 3BCIA 4RI7A 4ZB6A 2IMKA 1MDJA 1TRWA 3GX0A 4HQZA 1X5EA 4ACSA 5DDLA 2FWHA 2E2MA 3ISOA 1AUCA 5ELGA 2LSTA 1Z7PA 3O76A 3H93A 3ZL5A 5GSSA 2H1DA 2C0DA 3A2XA 1SL1B 3ZLPA 4XRAA 4PQHA 5FT3A 4DSSB 1OC3A 4EDZA 4BWQA 3OR5A 3I6AA 3RHCA 4ZL9A 5DVBA 4DSRA 2LTKA 4PQ1A 6GSVA 1XCCA 4JR6A 5L71A 1MEKA 4OFMA 4IW9A 4XRDA 2X8HA 3HVXA 4GXZA 3GTUB 3H79A 2IFQB 3CRTA 3ZMLA 1HD2A 5D93A 5B8BA 1BQ7A 2XBQA 1GWCA 3ZMKA 5F06A 4EC0A 4POBA 3MSZA 2IPAA 2LQQA 2AHEA 4ECCA 1TKDB 2GSTA 4IP6A 2VD0A 2IJYA 5C04A 19GSA 1UC7A 2P31A 4MABA 4HZ4A 3GKXA 4MH3A 4MCUA 2GSRA 3PGTA 4V2NA 1FO5A 4POKA 3GKKA 1G0TA 2NPBA 4FYCA 3DKSA 1GP1A 3KP8A 2MMOA 3GTUA 2YV9A 1SYRA 3P8WA 2IFQA 2H1BA 1O6JA 2H01A 2H0GA 1WWJA 1ZL9A 3H8QA 2B1KA 4I2TA 1ZZYA 2AYTA 4TVEA 4GWRA 1OKDA 2HFDA 2JSZA 2B1LA 4PNFA 3TKRA 3C1RA 2GGTA 4GRFA 4K7OA 1EOGA 5CP1A 4JU5A 1K0AA 1T8EB 3QPMA 4MF5A 4IN0A 3GIXA 17GSA 2IL3A 1Y6EA 5FHIA 3NOFA 2YZHA 4IGJA 1YDKA 2VCTA 1R4WA 1JLWA 3BJ5A 2GT5A 3BD2A 1YY7A 2B5XA 3R2QA 3KJYA 4YQMA 3D4TA 1QK8A 1AQVA 5B6MA 1GULA 3QCPA 4RQXA 2LJKA 3N5OA 4TKYA 2K18A 1LJRA 2CA8A 1GSFA 2NTOA 2DIZA 4ZBDA 4F0CA 1M2AA 5G1LA 2X99A 2M46A 4QQ7A 2C3QA 4Z7XA 3HVVA 4ML6A 3EC3A 1GH2A 1V57A 1QXHA 4OFTA 4DVCA 3F6DA 2HLSA 1V2AA 13GSA 1FHEA 2H72A 1V58A 3VI7A 3CTGA 2HRFA 4HDEA 4IBPA 1K3YA 1Q4JA 4MDCA 4KCEA 3FY7A 3P90A 1OVNA 1KEBA 2PBJA 2ON5A 5F8BA 2EIQA 1DSBA 1X9WB 1XWKA 4O92A 1YKCA 1M99A 1TI3A 1EGOA 1DE2A 2REMA 1EEJA 3FZ9A 4BVXA 5A4VA 1XXUA 4X1UA 3HY2A 2A2RA 4OO5A 3UEMA 3HJMA 3KIJA 3D5JA 5D9WA 2FHEA 1H75A 5EY6A 5IMVA 4ZB8A 1S3AA 2VUPA 4JEDA 2J9HA 1ML6A 2H6ZA 5LNKe 3TKPA 5AIXA 2C0FA 1V98A 1X9MB 3WGEA 2YWNA 1F37A 3GMFA 1PL1A 1SENA 4PNGA 4GSSA 1MD3A 2WFCA 2IIYA 1WPIA 3FRCA 5LD0A 5IMFA 2E2GA 1O85A 3BCKA 1OYJA 5F0GA 2WGRA 4G19A 4F0BA 1UN2A 2CV4A 2AB6A 4AJ7A 2VL9A 4WBJA 2L6DA 4RUVA 2VCVA 5IOWA 1XWGA 4AJ8A 3KH9A 4GQFA 2HT9A 1ZMAA 4IS0A 4L0WA 5G31A 1TTZA 6GSTA 2B5YA 2IMDA 1YZXA 5AISA 1YEPA 4HEA2 2GZYA 2HI7A 5IMDA 5CRGA 5D9VA 1GSYA 1TK8B 1U3IA 1Z3EA 4ZL7A 4YQUA 5D73A 1NHYA 2VIMA 2I1UA 1K0OA 1VRSD 4F9ZA 1XIYA 3G7YA 2HSYA 3QAWA 1ZCPA 3IXRA 1J08A 1JFUA 2FWFA 1OKTA 1BYEA 5DAKB 1W89A 3LEFA 2JL4A 3FYGA 3KTBA 2PERA 5HFGA 1K3OA 1URMA 1PMTA 5ECNB 2N5BA 4L5LA 4MJBA 3E9JB 2XC2A 5A4WA 2OBKA 6GSSA 6GSYA 5HR3A 3HXSA 3I43A 4MPGA 1SU9A 5JCWA 1B4PA 1LBKA 1EGRA 3RBTA 4CDOA 2C3TA 2HSHA 3IAS2 3DWVA 3MDKA 1GSEA 3DIEA 2WS2A 3TB2A 4PXOA 1TK5B 1X5DA 4FO5A 1GNWA 4P3YB 1ZOFA 2H73A 4HU9A 4KNDA 3HCZA 4GCIA 1XW9A 4L0UA 5JWQB 4TR1A 2H30A 1PN9A 1TXXA 5DAKA 1GUMA 4MMMA 5HR1A 1TRVA 3ZREA 3HHVA 1VF4A 2VLTA 4D73B 1GLPA 1PKWA 3WGXA 1SKSB 2M80A 3CSIA 1O81A 2HYXA 1AAZA 3O3TA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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