3GNJA

The crystal structure of a thioredoxin-related protein from desulfitobacterium hafniense dcb
Total Genus 27
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
27
sequence length
111
structure length
111
Chain Sequence
SNAMSLEKLDTNTFEQLIYDEGKACLVMFSRKNCHVCQKVTPVLEELRLNYEESFGFYYVDVEEEKTLFQRFSLKGVPQILYFKDGEYKGKMAGDVEDDEVEQMIADVLED
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of a thioredoxin-related protein from Desulfitobacterium hafniense DCB
rcsb
molecule keywords Thioredoxin domain protein
molecule tags Structural genomics, unknown function
source organism Desulfitobacterium hafniense dcb-2
total genus 27
structure length 111
sequence length 111
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-03-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3gnjA00
4GRFA 6GSXA 4I6XA 1A2LA 3QCPA 1GNWA 4LMWA 3WT1A 5DCGA 2YWMA 2VLTA 1XVQA 1YJ6A 1GUMA 3GKMA 4DSQA 9GSSA 1JLVA 4K9ZA 3TOUA 4MJAA 5ECMB 2PVOC 1GSYA 2B7KA 2NDOA 4DSSA 2F51A 4CW9A 4FYBA 4KX4A 1G0TA 2P5QA 1X5DA 1E6BA 2YZUA 1DBYA 1YKAA 3ZRDA 3TRPA 4KA0A 1EEJA 4JR4A 4KDUA 3F4TA 2YANA 1B4PA 3C7MA 5G31A 2YOIA 4E8EA 1GWCA 4XRDA 1V57A 3IK9A 3TOTA 6GSTA 5D93A 3APOA 3TKSE 1B8XA 5ENUA 2D2ZA 5LCZA 6GSWA 1PL2A 1JZRA 4MF6A 4DSSB 1U88A 3DD3A 4GTUA 1MEKA 3D4MA 4EDZA 3FY7A 3IXRA 3ZTLA 2A2SA 3GL3A 3F9UA 4IELA 4PNGA 2ZNMA 4F03A 1JFUA 2CAQA 3A2VA 3FZAA 2YV9A 2VLUA 5A4UA 2R3XA 2RIIA 3KMOA 4H86A 4NHWA 4EC0A 3IBHA 4TN8A 1FHEA 3EU3A 1A8LA 3G7IA 5ECLB 3C1SA 1DSBA 1QXHA 1CQHA 1OYJA 5KN1A 1GTAA 1WE0A 3IPZA 1ERVA 3LSZA 4K7IA 2V1MA 5IPGA 2GQMA 4N11A 3EYTA 2JSYA 1AQVA 5D73A 3ZMLA 2YJHA 4ZBAA 3VWWA 1M2BA 3HCZA 2H6XA 2FY6A 4EKZA 1LBKA 4EXJA 2GT6A 2WZ9A 4JBBA 3QAGA 1X9MB 3NZNA 3GH9A 2L4QA 4V1Ap 2H66A 2RUEA 3FKFA 4RUVA 5GSTA 1Z6MA 2NTOA 4KB3A 3CRTA 5F06A 2GZPA 5F05A 3PH9A 2FUG2 2RM5A 3ZFLA 3H4KA 2DMMA 1EOHA 5ECPB 2LEGA 1TU7A 4WBJA 3N9JA 4IP6A 3TUEA 4NAXA 2JSZA 3KIJA 1UA5A 4IGJA 1QGVA 1SYXA 4TRXA 4JR6A 2LRCA 4PQIA 1NM3A 3LG6A 4XRAA 1HD2A 2DJ1A 3GHAA 2ZCTA 4O5RA 2YN1A 5IIZA 3TKRA 2RUFA 2DJ0A 2HZEA 5GSSA 4EUYA 3ERGA 3L0HA 4HS1A 2PPTA 4TXOB 2YP6A 4GWRA 4TR0A 1XCCA 2LQOA 3FR6A 5D9TA 2AB6A 4G19A 2KOKA 4KW6A 5B8BA 1M0UA 2K18A 2IMDA 2DJ3A 1GTBA 5D9VA 2RM6A 4FO5A 19GSA 1QQ2A 4GSTA 3UAPA 2ALBA 4ECJA 1T00A 4YQMA 5DBQA 2JZSA 3BCKA 4ZL9A 3ED3A 3A5WA 2HZEB 1B9XC 4O7HA 2VAFA 1XWCA 3KTLA 2IWTA 4F2IA 3Q74A 4DEJA 1ZZYA 5IOXA 5INYA 2ON5A 2DJ2A 3F4SA 5EL8A 2DJJA 3VWUA 3H79A 1QMVA 3LXZA 3HJOA 2H6ZA 3F6DA 1V98A 2GVPA 3N5OA 4AF2A 1PGTA 1GH2A 3KZQA 4KUNA 1DE1A 2AJQB 4WEYA 4IP1A 1F9MA 2HZFA 1ZGNA 2GGTA 1TK8B 4ML6A 3GA4A 4MPGA 3WGXA 5LD0A 2XPDA 4BA7A 4KDYA 2PERA 2X99A 5EVOA 1M9AA 1F37A 5DDLA 3KJYA 4KCAA 1AQXA 2OE1A 4MH2A 4V1Ag 1MDJA 3F0IA 5F07A 1TXXA 1V2AA 2GZZA 4AGSA 4F0BA 1AXDA 1JZOA 2QC7A 3EURA 2HYXA 4J2FA 3WD6A 3C8EA 1EP8A 2HT9A 5CYYA 2VLVA 2LRNA 4HEA2 1VF1A 1A0FA 3GRXA 3QPMA 4EL1A 4L5OA 3MAKA 3RPPA 1T1VA 1SJIA 1UN2A 4TW5A 4HDEA 2P31A 2FNOA 1A8YA 1WP0A 2JZRA 3ME7A 4NV5A 1ILOA 2B5EA 1YY7A 2FA8A 1M7TA 3ZVJD 5JWRB 4PX1A 5KN2A 3WGDA 4PNFA 4ECIA 4POMA 1E2YA 1OAZA 2KP1A 5DAKB 1PN9A 3DIEA 1NHOA 3FZ9A 4TR1A 3Q6OA 4FH8A 3LXTA 3DMLA 1IYIA 2L5LA 4AJ8A 1J08A 4ACSA 2YWNA 2DIYA 4XCSA 1TW9A 1RW1A 3HZ4A 4GF0A 1GSSA 2LSTA 2RLIA 3WYWA 1SJZA 3TKSA 1JHBA 4N0ZA 3O6TA 2O7KA 3ZITA 3QR6A 3L9UA 1GULA 1GUKA 2P5RA 1SKRB 1W4VA 4GSSA 4TR1B 2VOCA 3RHBA 2H73A 1WPIA 1O81A 4OCEA 1J9BA 4MCUA 2PN8A 3J7Yb 1O6JA 1GSQA 4I2TA 4X1UA 2WFCA 16GSA 4N10A 4TXVA 1JLWA 3TKPA 3HJMA 3A2WA 5ECKB 4ML1A 1K0DA 3GH6A 1FAAA 4NWYA 1Q4JA 5AIXA 1PQNA 3BBYA 4JE1A 2H30A 5D9WA 5CAXA 1SU9A 2N5FA 4F9ZA 2HSHA 1QUWA 3HXSA 3TKSC 5GZZB 1TI1A 3KP9A 3LJRA 4OFMA 5ECSA 2QKEA 5JCGA 3GTUA 1ZOFA 1S3DA 3H1NA 3ZREA 3PGTA 1HNBA 2HFDA 5IO0A 4X0XA 1A23A 4OCFA 4K1FA 3ZLPA 5GAND 4XS4B 3S9FA 2LJRA 4K7NA 3D0ZA 3VK9A 4BVYA 1J0FA 1V9WA 1BAYA 2BTOT 3F8UA 3UIWA 4PURA 4L8EA 3TJFA 1XWKA 2AUVA 4MZWA 2M72A 4TKYA 3M8NA 5D96A 3UMAA 3L9SA 3MDKA 1K0AA 2H1GA 4KH7A 4PUFC 1M99A 3P2AA 2R6KA 2XPEA 3K8NA 4ZB6A 3FEUA 3ZVJA 6GSUA 2NVLA 3I43A 1PSQA 1H75A 2B7JA 3LYKA 2O85A 2C0EA 3M1GA 4WETA 3CTFA 4QL9A 2V32A 2DMLA 3U5RE 1MD3A 3SBCA 5J5NA 3IA1A 1Q98A 2X8CA 4V2LA 2WS2A 1YDKA 4GCIA 5CNWA 2DSAA 3EE2A 2YJ7A 3VLNA 1GTIA 2VCQA 3CBUA 2AV4A 1X0RA 4KDXA 4ZB8A 3TJBA 2GSRA 3KXOA 2N5AA 4EF0A 5FT3A 2H0IA 2I81A 1TK5B 4L0WA 3IC4A 3TJJA 4PXOA 3LORA 3TRQA 1ZL9A 5DJMA 1F2EA 1O7UA 3D21A 1AUCA 4BPYA 4POLA 5AN1A 2O8VB 1IYHA 1WOUA 2I3YA 3EC3A 1VF2A 4K0NA 4WXTA 1BG5A 5G1LA 5CRGA 2YV7A 3KGKA 4MMMA 5A4WA 2H1DA 3HZ8A 3ZMKA 2FA4A 4L5LA 2MBTA 2CVKA 2FWHA 1G7EA 2XBQA 3FR3A 3O3TA 2JU5A 4IJIA 3GN3A 2KLXA 5B6MA 1QK8A 4HJ2A 3BOAA 1O8WA 4WBRD 2QSIA 3EVIA 4OO5A 1YKCA 1B9YC 1F6MC 1Z6NA 5H5RA 1FG4A 3FW2A 1I5GA 2LTKA 2EIQA 3ZFBA 5D9XA 1SD9A 2MMNA 4MF7A 3GURA 2O87A 5DCHA 3GFKA 5JWOB 4KGIA 4POBA 2CX3A 1U87A 5EY6A 1JZWA 4FYUA 4MZCA 1ERWA 3OR5A 5G1KA 2VO4A 1XXUA 5ECQB 3CTGA 5JWQB 2V6KA 2E0QA 2CZ3A 1RK4A 2YNXA 3F63A 4GXZA 2CX4A 3M9JA 2PU9C 2L5OA 1GSDA 2AAWA 4YAVA 2CT6A 5HFGA 17GSA 1Z7PA 5IMVA 4MPFA 3QAWA 18GSA 1UC7A 3M3MA 5HFKA 1SK0A 1R5PA 5C00A 3LWAA 4QL7A 4ZL7A 5H5SA 4MF5A 1GUHA 2L6DA 4AJ6A 1YEPA 3O76A 4DVCA 2M46A 5IMAA 1K0NA 3E0UA 1HNCA 5HFIA 5ID2A 3HJPA 3DRNA 1RQMA 3HYPA 2VD0A 1XBSA 2JL4A 2C4JA 4IQ1A 1SL0B 1S3AA 3HVVA 5G2ZA 1MD4A 1XWAA 4ZL8A 3ERWA 4WR5A 5B7CA 3GSSA 2FGXA 3UVTA 1MDKA 5F0GA 1T8EB 4K2DA 1BEDA 3TJKA 5IO2A 1LJRA 12GSA 3BJ5A 2MBSA 4IKHA 2HSYA 1OC3A 1KEBA 1FB0A 2REMA 2V41A 1TTZA 2R4VA 2VIMA 5CRWA 1SJ6A 1GL8A 3KEBA 2LV3A 5FWGA 4OMVA 1ERUA 5IMFA 5IOWA 5A5KA 1Z3EA 1EWXA 5DVBA 4E8HA 3IRAA 7GSSA 1KNGA 4PQ1A 1ST9A 4HJMA 1TRVA 1M9BA 1SKSB 4OFTA 2C8UA 1OE8A 1XOAA 4QQ7A 2A2RA 3Q19A 3CMIA 1XOBA 2V6OA 4WF4A 2C0DA 4IBPA 4TVEA 4IN0A 1R26A 1W89A 4GQFA 3ZYWA 1TRWA 3M9KA 2VM2A 1R5AA 3DWVA 2ES7A 4RQRA 2E2GA 1WJKA 1MTCA 3CYNA 4KE3A 1VRSD 3IAM2 3IR4A 1ACVA 2GSQA 4J56E 1EV4A 3FK8A 3QFAC 1BYEA 1EP7A 2C80A 2I1UA 1X5EA 2N5BA 4Q5QA 4OD7A 5AIVA 2XC2A 2JADA 1DUGA 4MP4A 2LQQA 2IMEA 2H0GA 2B1LA 2IIYA 2GQKA 2FWFA 3EMXA 5DJLA 2VCVA 2K8SA 3RAZA 2R2JA 3HKRA 2H6YA 3G7YA 2VL9A 3GIXA 5D8IA 2IMFA 4HU7A 1XW6A 1EEMA 3SWLA 3APQA 4IJ3A 1SENA 1PA3A 1SK1A 3LYPA 3G9BA 2WJUA 1EV9A 3D5JA 1X9WB 2JZTA 1PD21 2GDRA 3H8QA 2XHFA 4ECBA 2F3MA 4MJEA 1HNAA 2QGVA 5AISA 1U3AA 3RBTA 2NPBA 5EPFA 1GLQA 2CQ9A 1EGRA 4XHMA 1UVZA 1DE2A 5F8BA 1VF3A 2IL3A 1K3LA 2IFQA 1M2DA 2L59A 4ZIJA 3PINA 3E3EA 3KP8A 1GSFA 4LL1B 11GSA 3KH9A 4I8BA 1OC9A 4KCEA 3DEXA 2FCHA 2L6CA 1THXA 5DQSA 4ZB9A 4D73A 4K6XA 1TK0B 3VWVA 2H1BA 5G5EA 1BQ7A 3TB2A 1WIKA 1AIUA 4ZBBA 2IMIA 1O85A 2FD3A 4KNDA 2IFQB 1KTEA 1FW1A 5CO3A 13GSA 4OO4A 3UEMA 1U3IA 1TOFA 1WRYA 4Z7XA 3JCML 3P8WA 1KBNA 1OC9B 2TRCP 2LJAA 3NIVA 3TDGA 3EMPA 2DIZA 2GLRA 4ZILA 1TU8A 3DKSA 4F0CA 4RQXA 3HA9A 2XBIA 2K8VA 3HDCA 5B8AA 3GTUB 1B48A 2C0FA 2LJKA 4K0GA 2A4VA 2K6VA 2K9FA 3QMXA 4GSNA 1T3BA 1T4YA 1WMJA 3F6FA 4J57E 1AC1A 2KP2A 4Q5NA 4LA1A 2B1KA 3TJGA 4BVXA 1K0MA 2AHEA 1C72A 4JZQA 3GSTA 20GSA 2G2QA 2H71A 4NMUA 4EVMA 1H4OA 1TRUA 1VGLA 2V2GA 2C1YA 2DBCA 1TDIA 4MZBA 5HR0A 3GKNA 2F9SA 4IS0A 4YAPA 5C04A 1PL1A 1YF1A 3ME8A 1V40A 2LNTA 5CRHA 1A2JA 3UVHA 4IW9A 3H93A 1XW5A 2LRTA 3QD9A 4JRRA 1TRSA 1GSUA 4I2UA 1VF4A 3IOSA 4O32A 2E2MA 2M80A 5JCWA 3P90A 1XPVA 2VD1A 3WGEA 1BX9A 1G6WA 2F8FA 3FYGA 1GRXA 1K3YA 4HQZA 5HQPA 2BJXA 2L57A 3CSIA 5KN0A 5IMZA 4KAEA 5HR3A 2FWGA 1T4ZA 3DGQA 2BMXA 2VCZA 4LLRA 4PQHA 3V1WA 1SKWB 4TR4A 2CZ2A 1EOGA 4N0VA 2OADA 1GSEA 3KTBA 3M0FA 4IVFA 2G0FA 4HZ2A 2ZUPA 4MK3A 3C1RA 1O8XA 3UBLA 2B5XA 2CV4A 1O73A 5IMCA 3TGZA 5J41A 4XS1A 2OBIA 5ECNB 1URMA 4G9HA 5LNKe 3GKXA 4HOJA 2KHPA 3MNGA 4Q5FA 3ZIJA 2GS3A 4HU9A 2VM1A 4DSRA 4XTSA 3IHQA 4F82A 1K0BA 3W8SA 1OC8A 3VPQA 2I4AA 4ILFA 1FB6A 3UJ1A 4ECCA 4ZXGA 1PX6A 3J7Yk 1SL1B 4PUAA 1Z5YE 5E59A 3D4TA 4I97A 2CVDA 1Z7RA 3ZZXA 2YWOA 6GSVA 4O92A 2X8HA 2FLSA 5A4VA 3I9V2 1Y25A 2DJKA 5ECIB 1ON4A 4P3YB 1SK2A 2CA8A 2HRNA 3NOFA 3ZIVA 3F4RA 3FRCA 2ON7A 1WWJA 4AJ7A 2CVBA 3VI5A 4X43A 1ZMAA 2WDUA 4NPBA 2VCXA 3TKQA 3G7JA 5B6NA 2DLXA 4TXOA 1XWGA 5ECRB 4MLYA 2MYGA 2WULA 1N8JA 3LQ7A 4IQAA 5CP1A 2JACA 1GNEA 14GSA 2OE0A 3HVSA 4CDOA 3U6VA 3QDNA 3KD0A 2P0GA 3KH7A 3FZ4A 3QFBC 4GLTA 1HYUA 1XW9A 1XIYA 5GAPD 2OACA 4TR3A 1A24A 5ECOB 5G5FA 5HR2A 2C3NA 2AYTA 3Q18A 4BWSA 3KM6A 3D6IA 4XIHA 2H19A 2PUKC 4RI7A 3IDVA 10GSA 2C3QA 4WR4A 5IM9A 4MA9A 1NHYA 3WT2A 2HLSA 1AAZA 3RPNA 2B5YA 3BCIA 3VURA 1TP9A 6GSYA 1TKDB 2PGTA 3VPTA 5ID2B 3C71A 4K7OA 4LL4B 2LKUA 3UOMA 1A2MA 3CXGA 1A0RP 2IJYA 4ISDA 4BL7A 3R2QA 3UL3A 2HRFA 3LGCA 2VCTA 1S3CA 5E4WA 2IMKA 3GV1A 3US3A 4CHSA 5AGYA 1CQGA 3GKKA 5IPHA 5ECHB 1R4WA 3A2XA 2NBSA 1JZDA 3KMNA 4LMVA 2TIRA 3FZ5A 2EC4A 2MMAA 3W8JA 1GP1A 4MJCA 2X64A 2H01A 3E9JB 4Q5RA 2OA7A 2VL3A 1G6YA 1MDIA 4G10A 2H0HA 2OJLA 3FHKA 3C73A 4YQVA 5COHA 2MMOA 1ABAA 5J9CA 1X9SB 1F3AA 5H5QA 1TJDA 1LU4A 3CSJA 2H76A 1TI3A 5KN3A 1ZCPA 3L78A 2GZYA 4NV2A 2WRTA 5IMDA 3VWXA 5CRDA 3GX0A 4I5QA 1SYRA 2X8GA 2H75A 2LNSA 2YPMA 1XVWA 3PR8A 4V2MA 2YWIA 2TRXA 4EDYA 1G7OA 2L4CA 2R5GA 3DXBA 4FIWA 1M2AA 5CREA 5G30A 2R37A 8GSSA 5IQYA 3VFIA 3IAS2 3GYKA 4EE0A 3GMFA 1PMTA 4TOPA 1FOVA 2GQLA 3BD2A 4NXIA 3CSHA 1T7PB 2PWJA 5DAKA 1OVNA 2F8AA 2I9HA 5KEJA 1PRXA 1N2AA 1BJXA 1YEXA 1X5CA 5HR1A 1OKDA 1F3BA 4ID0A 2MZCA 1YQ1A 5J9BA 1NW2A 1B4QA 2C0GA 3L4NA 3P7XA 2YZHA 4YQUA 3UBKA 4YH2A 2HXKA 1OE7A 4L0UA 3HY2A 2KUCA 4NHZA 2HNLA 2VCWA 3GX8A 1I9DA 1R7HA 2WCIA 5FHIA 3QAVA 1U6TA 3D22A 3W6GA 1ERTA 3DVXA 1ZYEA 3APSA 4OWYA 4POKA 4JEDA 4RI6A 2H8LA 1XZOA 3CRUA 4MJBA 1XFLA 1FVKA 3F3RA 2YCDA 3HVXA 5JCUA 1GLPA 4ULXA 1AQWA 3ZL5A 2PBJA 2GTUA 2FHEA 4WF5A 4KSMA 1XWBA 2DC5A 1HQOA 3I69A 3GNJA 4MH3A 3MSZA 2OKAA 1QFNA 2WGRA 3LEFA 1Z9HA 1K0CA 4ZBDA 4KSOA 2OE3A 2EIRA 2WB9A 2PMTA 2VL2A 3ISOA 3VI7A 4HQSA 4FYCA 3IK7A 3EU4A 2LUSA 3ERFA 2GSSA 2H70A 1USBA 3UARA 5DALA 1PX7A 4K8MA 3F3QA 1YZXA 2GSTA 1YF0A 3IE3A 2HI7A 2MMZA 3TRXA 3I6AA 4HUAA 4JU5A 4OFNA 22GSA 1NSWA 4BWQA 1PKZA 1SL2B 4EO3A 2H72A 3RHCA 1FO5A 1ZYQB 3DYRA 1V58A 5J4UA 3GL5A 6GSSA 1K3OA 4XS4A 5DQYA 1PKWA 1OKTA 2GT5A 2IPAA 3IV4A 2E7PA 4G2EA 3GUSA 1THOA 5L71A 1FVJA 2HE3A 3LFLA 4XS6A 5DALB 5ELAA 4D73B 1SD8A 1GTUA 4MDCA 2VL2C 3A3TA 2O89A 3DVWA 4HI7A 3MWHA 5ELGA 4GQCA 4IHUA 2J9HA 3QOUA 2J23A 4PGTA 2H74A 3HD5A 4MABA 2H1AA 2FWEA 3RDWA 2PVQA 4HZ4A 2EIOA 3AY8A 3KCMA 3EINA 4WKWA 5ABRA 2CAIA 1EZKA 1ML6A 2C3TA 1Y6EA 1EGOA 5J3RA 2IN3A 4N30A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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