3HD5A

Crystal structure of a thiol:disulfide interchange protein dsba from bordetella parapertussis
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
182
structure length
182
Chain Sequence
QGAQQYVNINPPMPSDTPGKIEVLEFFAYTCPHCAAIEPMVEDWAKTAPQDVVLKQVPIAFNAGMKPLQQLYYTLQALERPDLHPKVFTAIHTERKRLFDKKAMGEWAASQGVDRAKFDSVFDSFSVQTQVQRASQLAEAAHIDGTPAFAVGGRYMTSPVLAGNDYAGALKVVDQLIVQSRE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a thiol:disulfide interchange protein dsbA from Bordetella parapertussis
rcsb
molecule keywords Thiol:disulfide interchange protein dsbA
molecule tags Oxidoreductase
source organism Bordetella parapertussis
total genus 59
structure length 182
sequence length 182
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01323 DSBA DSBA-like thioredoxin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3hd5A01
2IFQB 3EURA 5CNWA 4K1FA 3K8NA 1G0TA 14GSA 1RK4A 3BJ5A 5IO0A 1ZCPA 3M9KA 2H6YA 5INYA 2MZCA 4OMVA 3G7IA 1K0BA 4AF2A 3ZRDA 3TB2A 2GQLA 3IXRA 1V9WA 3KZQA 4POBA 2QSIA 4WXTA 2HNLA 1PRXA 4XS6A 5FT3A 1Z6NA 5J4UA 5D9WA 2GSRA 2WGRA 1XOAA 1A0FA 3TCOA 4TKYA 1EGRA 2YV7A 1PKZA 3ZFBA 4MCUA 1JZWA 1YZXA 3GHAA 3GFKA 2X8HA 2O8VB 2VCZA 2GS3A 2ON7A 3LXTA 2PWJA 1O7UA 2PN8A 3ZVJA 2YZUA 1OC8A 3TJFA 5ECKB 4EKZA 4MDCA 5HFIA 3I9V2 1XWCA 3HZ8A 4KGIA 3LYPA 4ZXGA 2N5FA 2H76A 2M80A 1GNWA 4TR1A 3GTUA 2LRNA 1ZMAA 1HNCA 2I81A 2IMIA 3FRCA 5D93A 2GZZA 2O85A 3LXZA 4KSOA 1FHEA 2GSTA 1V57A 4PURA 3LWAA 1YQ1A 4K9ZA 3F63A 1DBYA 3GKMA 4K8MA 3IE3A 3FZ4A 1THXA 3EINA 5IQYA 2HZEB 2DLXA 4XS4A 2PVOC 4LMWA 4J57E 3EVIA 2KLXA 4OO5A 2E2MA 2OE0A 3NZNA 19GSA 4MJBA 2VL2A 4WKWA 3EWLA 5GZZB 1Z9HA 1OC3A 2H66A 2R3XA 2AV4A 5CREA 1GL8A 3ZREA 1VF1A 4PUFC 1K3LA 3H93A 2REMA 3APSA 5E59A 1PKWA 5G30A 4ZILA 3IBHA 1YEXA 3FHKA 1KNGA 3L9SA 1WOUA 3ZLPA 2FHEA 3BBYA 3I43A 3EYTA 2B5EA 3ED3A 11GSA 1GTAA 2HFDA 5A4VA 2EIOA 2LRCA 3HXSA 4PQIA 5CRDA 3CXGA 3KMNA 5D96A 3TUEA 5IMCA 2DSAA 2C4JA 3LEFA 1TK0B 3GYKA 5ENUA 1Q98A 2VOCA 1DSBA 2NVLA 4KDXA 3KH7A 1PX7A 3QPMA 2FLSA 2Z9SA 3KP9A 3TJJA 1YEPA 4XRAA 4AJ8A 4OO4A 1PL2A 2CA8A 2VL2C 2IIYA 5AISA 3ZFLA 4TR3A 1SK2A 3GURA 1QMVA 3US3A 1XPVA 2K9FA 4LMVA 4AGSA 2C0FA 2R2JA 3Q18A 3D4MA 1OC9A 3ZTLA 5CP1A 4I8BA 1SL2B 1N2AA 2FA8A 3M1GA 1WIKA 1LU4A 2P5RA 6GSWA 2LJAA 2O87A 5H5SA 1FB6A 5DALB 1HD2A 4KE3A 3LFLA 1MDKA 2K6VA 2XBQA 5IOXA 4KA0A 6GSTA 2B5XA 2HYXA 2OADA 1M2DA 1QGVA 3GKNA 1ILOA 1F2EA 3DEXA 1NM3A 1QQ2A 3DD3A 3DRNA 4MLYA 2YANA 3RPPA 2WFCA 3MDKA 2HI7A 4AJ6A 1GSUA 4GF0A 2H8LA 1OYJA 1SU9A 1XFLA 4F82A 1V40A 2V2GA 4LL4B 1BEDA 2H0GA 3ZL5A 2WULA 4PX1A 5IOWA 2CVDA 1EV9A 2H1AA 3IOSA 5JWQB 1AC1A 3ME7A 4JBBA 4DSSB 4V1Ag 4OFTA 1XW9A 1WPIA 4N11A 2XBIA 2P0GA 1F37A 3SWLA 2FD3A 4POMA 10GSA 3DXBA 4IBPA 4TR4A 1XW6A 4ID0A 1EP7A 1KTEA 4ZIJA 3WGDA 1MD3A 3KJYA 4K6XA 2LS5A 1PSQA 4K0GA 3ZZXA 4WF4A 1V98A 5HR2A 1G6YA 5JCGA 2JZTA 4OD7A 1F3BA 2LJRA 2VD1A 2YN1A 1ACVA 3IPZA 2VLUA 4MZWA 2L5OA 3QAGA 2XPEA 3GKXA 2YP6A 3GTUB 4LA1A 3GSTA 3N9JA 4MABA 5IM9A 2AJQB 2ON5A 5KEJA 2GT5A 2C0DA 1SKSB 3TKPA 1S3AA 3W6GA 4EF0A 5HFGA 3E3EA 1H4OA 4ML6A 1YF1A 5JWRB 4XTSA 5F07A 1PA3A 4AJ7A 1B4PA 3ISOA 3CRUA 2GSSA 3UL3A 3EMPA 2HRNA 1M99A 4XS4B 1O73A 4ZBAA 4ZBBA 2IWTA 3VPQA 5DDLA 1FG4A 1Y6EA 2C0EA 3M3MA 1EEMA 1HQOA 4K7IA 2DMLA 1A2MA 4PGTA 4L5LA 3TRXA 4K2DA 1XCCA 3GV1A 2D2ZA 1TU8A 2L4QA 2C1YA 4E8EA 4QQ7A 1SK0A 3H1NA 1JZDA 3HA9A 2LNTA 1YKAA 4CHSA 4TR0A 2GDRA 4ECJA 2QGVA 2GQMA 2MMNA 2I4AA 3J7Yk 1O8XA 4JRRA 6GSYA 2MMZA 2OBIA 5HR3A 3I6AA 2KP2A 1R7HA 3UBLA 4G10A 2H01A 3GH9A 3PR8A 2EC4A 3TDGA 3A2XA 4KCAA 1K0DA 2L5LA 4NAXA 2LV3A 1ST9A 1GTIA 5AIXA 2VCXA 2HLSA 5ELGA 1GP1A 1OAZA 1XW5A 1JFUA 1X9WB 2OBKA 2NDOA 3N5OA 3FW2A 3ERWA 2J23A 4HQSA 2LQOA 2DJ0A 3EE2A 5CRWA 5F06A 4MPGA 1AQVA 1SKRB 4F2IA 4F0BA 1VF2A 2LNSA 4HEA2 5F0GA 4N0ZA 2IMDA 18GSA 1ZGNA 2DC5A 1HNAA 3GL5A 2CVBA 3ZMKA 3RDWA 3RBTA 4XS1A 2GSQA 1T3BA 2BTOT 4KDYA 3F4RA 1E2YA 5GSTA 4CDOA 3HVXA 1GTUA 2YOIA 2MYGA 4IW9A 1JLVA 3TGZA 4NWYA 3FR3A 2LEGA 5IPGA 2F8FA 1RW1A 4TXOA 5JWOB 2VAFA 1TW9A 4ZL9A 1FVJA 4MP4A 5ECPB 2YWNA 5DALA 4N30A 4EXJA 2IMKA 2K8VA 4ULXA 4GRFA 3CSIA 2JU5A 3H8QA 1JZRA 1TRSA 1PD21 1V2AA 2LSTA 4FYBA 3WYWA 3C8EA 3GH6A 2CAQA 1TI3A 5J9BA 2YZHA 2VL3A 3HDCA 3A2VA 4HS1A 5KN2A 5FWGA 2I9HA 4GSTA 2HSYA 1X9SB 2H71A 4BWQA 2LQQA 2A2SA 2LKUA 4DSSA 4GLTA 2OE3A 1B4QA 2C0GA 4WF5A 2DIYA 3UAPA 4EDZA 3HYPA 4F9ZA 4JE1A 1GLQA 2FWEA 2L57A 3ZIVA 4ACSA 4JZQA 3VI7A 4RI7A 1GSFA 3LYKA 3D0ZA 1BJXA 4MJAA 2PU9C 4I5QA 3PGTA 1DUGA 3TJKA 5COHA 2VD0A 1JLWA 4NV5A 4O32A 3QFBC 1J0FA 3HVVA 1XWBA 2PBJA 2H70A 1B9XC 4XHMA 3TJBA 1EOHA 5G5EA 2O89A 2VUPA 2A2RA 1KEBA 2TRXA 4IELA 4YH2A 1H75A 4HZ4A 1M7TA 2DMMA 3D22A 1T7PB 22GSA 1QK8A 4XRDA 4PUAA 4RQXA 3IAS2 3C1SA 2YNXA 3JCML 2FWFA 4D73A 2E0QA 1EWXA 4XIHA 1U3AA 1QXHA 2WDUA 2YWMA 5D9XA 2BMXA 5JCWA 1GSDA 1G6WA 3VWUA 5ELAA 3UARA 5GAND 1FW1A 1U88A 5G2ZA 2H72A 2JL4A 3G7YA 3C73A 5GAPD 5DQYA 4V2LA 1GULA 1O81A 5A5KA 1X5EA 3TOTA 2YJHA 4POLA 1BG5A 1A0RP 4IS0A 1GSEA 1UN2A 3KCMA 3P2AA 2FGXA 3FR9A 5CRHA 5ECOB 5J3RA 2V41A 4J2FA 4ZB8A 4K7OA 3IC4A 3P8WA 4HI7A 3UVHA 2N5AA 1AAZA 2KP1A 3ME8A 3IK7A 4G19A 4HDEA 5LCZA 2I1UA 2PUKC 2PMTA 4O5RA 3D6IA 4L0UA 6GSUA 3ZYWA 1WMJA 1XOBA 1WRYA 2R37A 2FWHA 1X5DA 2HT9A 4MJEA 1C72A 1K0CA 3GNJA 1DE2A 3QMXA 1EGOA 3VFIA 2KUCA 1AXDA 1TKDB 2YWOA 3QD9A 2XHFA 1PX6A 1ABAA 5DJLA 3DKSA 3FR6A 1GSSA 5ECLB 1TJDA 4HUAA 1FAAA 2CZ3A 4KX4A 1N8JA 4QL7A 4TN8A 4GWRA 7GSSA 1XWAA 4Q5RA 2HRFA 2ZNMA 1GLPA 3IHQA 3HHVA 2AAWA 1XWKA 1SL1B 1J08A 2JSYA 4TXOB 3F8UA 4HU9A 1ML6A 3L9UA 5AIVA 5EPFA 1O8WA 1URMA 4MJCA 3F3QA 2VM2A 3Q6OA 3VLNA 1F9MA 2CX3A 1M0UA 9GSSA 1TRVA 2I3YA 2PPTA 3H79A 3EMXA 3GKKA 1I5GA 3IAM2 2JADA 2V32A 4V1Ap 1F3AA 2RIIA 1PMTA 5CRGA 2OE1A 2X8CA 2X8GA 1W89A 3KIJA 5EVOA 2VO4A 2VIMA 4I97A 3CRTA 5DQSA 2B1KA 3LG6A 3UOMA 1BQ7A 2L4CA 1MTCA 2WS2A 3HJMA 2PERA 1J9BA 3G9BA 1TP9A 5DVBA 2M72A 4GQFA 1ERWA 2DJ3A 4ZBDA 2XC2A 2CV4A 4KNDA 3TOUA 2H30A 5IO2A 4IP6A 2DJKA 1A8LA 1PN9A 1BX9A 3S9FA 1XZOA 2H75A 4OCFA 4KUNA 2DIZA 4V2MA 3PINA 2OA7A 1PQNA 1YKCA 3F0IA 3IDVA 2TRCP 3KXOA 4G2EA 1JZOA 2FNOA 3GIXA 3IV4A 4L0WA 5H5QA 1SJZA 5DJMA 3DVXA 4MZCA 5HQPA 5CO3A 3FZAA 2ES7A 4X0XA 3HJOA 6GSVA 4D73B 4MF7A 2VLTA 3NIVA 3UMAA 2FUG2 4EC0A 16GSA 3TKSA 2CAIA 2LRTA 2GVPA 3RHCA 3A5WA 4DSQA 5D9TA 1ZYQB 3J7Yb 2RM6A 4ML1A 2KHPA 2ZUPA 3E0UA 4TRXA 5AN1A 2WB9A 3LSZA 3BCKA 1SJIA 5C04A 2LTKA 5LD0A 1VRSD 3IR4A 1EP8A 1ERUA 1Y25A 5J9CA 3O76A 4ZB6A 1U6TA 4OFNA 2ZCTA 1Z5YE 1K3YA 2WRTA 3BD2A 3KGKA 3TKSC 2MBSA 4IN0A 3ZVJD 2NPBA 4WBJA 2H6ZA 3QDNA 4BA7A 3BCIA 2DJ2A 1AW9A 4G9HA 4DSRA 4KAEA 3APOA 1OVNA 1VF4A 2NBSA 3HD5A 1NHOA 3KD0A 1XVWA 4GTUA 5ECSA 4L5OA 2VCVA 1GRXA 4OCEA 2BJXA 2M46A 2XPDA 2GQKA 5D8IA 4YQUA 3TKQA 4HQZA 5KN1A 2H1GA 2YJ7A 4FIWA 3FY7A 1SL0B 3NOFA 3UBKA 3Q19A 1JHBA 1GUHA 1QUWA 3GSSA 5EY6A 2AB6A 3BOAA 2V1MA 3DWVA 3LJRA 3IK9A 1SD9A 1USBA 5HR0A 1SJ6A 3QCPA 3MSZA 3FYGA 2F8AA 1U87A 1LJRA 4FYCA 2C3NA 4DEJA 5F05A 3HKRA 1B48A 1TDIA 1SYRA 3VK9A 1OE8A 1ERTA 1LBKA 5J41A 3CBUA 3EU3A 3HY2A 3HVSA 2B7JA 2FWGA 4MH2A 1SENA 2F51A 2H0IA 3GN3A 3CTFA 2FY6A 1GUMA 3CSJA 3MAKA 8GSSA 4BL7A 2J9HA 1OKTA 3MNGA 3TRQA 4YAVA 1PGTA 2H1DA 3L78A 3F4TA 1AUCA 3U5RE 2L6CA 1Z7PA 4O92A 5DAKA 4RUVA 1AQXA 4DVCA 3W8JA 2MMAA 1FB0A 4MPFA 4IQ1A 5ECQB 2H6XA 4N10A 1FVKA 4PNGA 2VM1A 1IYIA 4LLRA 1Z6MA 2TIRA 4KB3A 3QAVA 3D5JA 5IIZA 3V1WA 5G1LA 1BYEA 1B8XA 5HFKA 3VWXA 3FK8A 1WP0A 1HYUA 2JSZA 3Q74A 5KN0A 4ZB9A 5L71A 1K0AA 2C8UA 2IMFA 2CQ9A 1G7OA 5HR1A 2F9SA 3GX0A 4F03A 2LUSA 1OKDA 1HNBA 3O3TA 3PH9A 1R26A 2C80A 3FEUA 1FOVA 2VCQA 4BWSA 3M0FA 2JZRA 3GMFA 3C7MA 4IVFA 1AIUA 1TXXA 1F6MC 4K7NA 3O6TA 1UC7A 5D73A 5ID2A 1WWJA 2N5BA 3HCZA 1S3CA 5CAXA 4WR4A 3H4KA 2HZFA 3M9JA 1Z7RA 1T00A 3DIEA 3ERGA 4I2TA 3FKFA 1SKWB 3GRXA 4L8EA 5G1KA 1TRWA 3KH9A 2H74A 2P31A 4POKA 3L4NA 1TK5B 4IQAA 2CT6A 3UEMA 4V2NA 3TKSE 4Q5QA 2MMOA 1GUKA 13GSA 1V58A 12GSA 3VWVA 1W4VA 3M8NA 4JU5A 1UVZA 1X9MB 4MZBA 2L59A 1TTZA 3QFAC 1K3OA 2CX4A 2YV9A 1DE1A 4HJMA 4GXZA 3TRPA 6GSXA 5B7CA 1EEJA 4GSSA 2DBCA 1O6JA 1A23A 1T4YA 2EIRA 2FA4A 1WJKA 2GZYA 4OWYA 4MMMA 5GSSA 3IA1A 2NTOA 1ZL9A 4NMUA 1XVQA 4ECCA 3VWWA 2P5QA 3HZ4A 1ZOFA 3ZMLA 4YAPA 4NXIA 4TW5A 3W8SA 1QFNA 3TKRA 1YJ6A 3C1RA 3ZIJA 4JEDA 5AGYA 2AYTA 2YCDA 2B1LA 1OE7A 4KDUA 5ABRA 4MF5A 2IMEA 4PQHA 20GSA 1A24A 4FH8A 4YQVA 4WBRD 2RUEA 3I69A 1GTBA 6GSSA 3VI5A 4PXOA 4EL1A 3A2WA 3QAWA 4TVEA 2B3SA 3UIWA 2G0FA 4BPYA 4H86A 3SBCA 1XWGA 4GCIA 4IJIA 2VLVA 4IP1A 5E4WA 4JR4A 2IPAA 4IKHA 5J5NA 3KEBA 1Z3EA 4LL1B 4EDYA 1TI1A 1K0OA 2B5YA 4BVYA 3CYNA 3ERFA 2QC7A 4HOJA 1S3DA 3GL3A 2VCTA 5B6MA 4OFMA 4KW6A 4TOPA 4X43A 2C3QA 3LQ7A 5DAKB 3DGQA 1E6BA 4ECIA 2DJ1A 2QKEA 4Z7XA 3A3TA 1SD8A 5DBQA 1EZKA 3GX8A 17GSA 2GGTA 4ISDA 4MA9A 4RI6A 1K0NA 5IMFA 2OKAA 2WCIA 5DCHA 2YPMA 1MDIA 4I6XA 2O7KA 2GT6A 2IJYA 2K18A 2H0HA 1X5CA 4BVXA 3L9VA 1ZYEA 3MWHA 2YWIA 3AY8A 4NHWA 4TXVA 4N0VA 3F6DA 4X1UA 2HXKA 5ECHB 3LORA 1BAYA 3KMOA 3UVTA 2KOKA 1NSWA 5B8BA 1R5PA 2X99A 4FYUA 2OACA 3EU4A 2CVKA 3EC3A 3LGCA 4NV2A 3FZ9A 1I9DA 1M9BA 1XIYA 2FCHA 4HU7A 2IFQA 5ID2B 1CQHA 5ECIB 2K8SA 2R4VA 3WT1A 1SYXA 4MF6A 1M2AA 5KN3A 2WJUA 4GQCA 4EVMA 5ECMB 4I2UA 4MK3A 1ON4A 4NPBA 1TRUA 2HE3A 2DJJA 5JCUA 4KH7A 1Q4JA 1K0MA 3OR5A 4GSNA 4HZ2A 4CW9A 4WEYA 2B7KA 2CZ2A 5FHIA 1VF3A 5DCGA 4WETA 2F3MA 3WD6A 3R2QA 3WGEA 4IGJA 2B6MA 3DMLA 1UA5A 1THOA 4K0NA 4TR1B 4IHUA 2A4VA 3P90A 3QR6A 3VURA 3KTLA 3L0HA 1MD4A 2E7PA 2R5GA 3WT2A 5F8BA 5CYYA 1U3IA 3P7XA 5IMAA 1MEKA 5G31A 3VPTA 4ZL8A 3IRAA 2AUVA 1M9AA 2C3TA 1GSQA 2MBTA 3GA4A 1A2LA 2R6KA 4EO3A 1YF0A 1IYHA 2IN3A 2AHEA 2RLIA 3ZITA 3QOUA 3E9JB 3HJPA 3C71A 2PVQA 2L6DA 1RQMA 5IMDA 3F3RA 2HZEA 5EL8A 4E8HA 2OJLA 1NHYA 2VL9A 5IPHA 3WGXA 2GTUA 4YQMA 5A4WA 5IMVA 2X64A 3F6FA 3KP8A 3DVWA 1KBNA 1TK8B 3CTGA 1G7EA 1WE0A 2GZPA 5IMZA 2LJKA 1GH2A 3F4SA 1GWCA 3F9UA 3GUSA 4KSMA 4HJ2A 1GSYA 3U6VA 5D9VA 4XCSA 2WZ9A 4NHZA 1ZZYA 2H19A 2EIQA 1CQGA 4RQRA 4QL9A 3RAZA 5C00A 4FO5A 1XBSA 1YY7A 3APQA 2RM5A 1XXUA 5A4UA 3G7JA 3DYRA 1R4WA 1A8YA 4EE0A 4MH3A 1VGLA 1OC9B 1AQWA 5G5FA 2IL3A 4ECBA 1FO5A 5B6NA 3D4TA 4WR5A 3FZ5A 3KTBA 2HSHA 1X0RA 2ALBA 1EOGA 3RPNA 2V6KA 2H1BA 4JR6A 5B8AA 4P3YB 1T1VA 5ECNB 1TU7A 4F0CA 1NW2A 2PGTA 2VCWA 2G2QA 2JZSA 3UJ1A 4ILFA 2RUFA 5H5RA 1EV4A 4O7HA 1MDJA 1PL1A 3RHBA 4J56E 1A2JA 1T4ZA 2E2GA 4IJ3A 5ECRB 2JACA 2H73A 1TOFA 1M2BA 3TJGA 4PQ1A 1GNEA 1ERVA 1B9YC 4Q5NA 2V6OA 3KM6A 1O85A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
...loading similar chains, please wait...
How to cite