The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
55
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sequence length |
167
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structure length |
167
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Chain Sequence |
SQTVHFQGNPVTVANSIPQAGSKAQTFTLVAKDLSDVTLGQFAGKRKVLNIFPSIDTGVCAASVRKFNQLATEIDNTVVLCISADLPFAQSRFCGAEGLNNVITLSTFRNAEFLQAYGVAIADGPLKGLAARAVVVIDENDNVIFSQLVDEITTEPDYEAALAVLKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural changes common to catalysis in the Tpx peroxiredoxin subfamily.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Oxidoreductase
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| source organism |
Escherichia coli k-12
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| molecule keywords |
Thiol peroxidase
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| total genus |
55
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| structure length |
167
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| sequence length |
167
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
1.11.1.15: Peroxiredoxin. |
| pdb deposition date | 2009-06-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF08534 | Redoxin | Redoxin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Glutaredoxin | Glutaredoxin |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4MH2 A; 1XPV A; 2R5G A; 1WIK A; 3NOF A; 1SYX A; 2F8F A; 1GP1 A; 1AXD A; 3W8S A; 4XIH A; 1PL2 A; 5F05 A; 4X43 A; 4GSS A; 1WP0 A; 2C0D A; 2RUE A; 1XW6 A; 3VFI A; 2N5A A; 2LST A; 4I6X A; 4RI7 A; 2YWM A; 3RHC A; 2ZUP A; 2DJ3 A; 5G1L A; 2CAQ A; 5ELA A; 2WRT A; 2OE0 A; 1K0C A; 5B8A A; 1LBK A; 3Q74 A; 3ZML A; 1QUW A; 1U87 A; 3K8N A; 4PQH A; 3VWW A; 4JZQ A; 2O8V B; 1A24 A; 2ES7 A; 4WBJ A; 2FY6 A; 3TUE A; 3GYK A; 1WJK A; 2GGT A; 1QK8 A; 4TR4 A; 4TR1 A; 5F07 A; 1Z6M A; 1Q98 A; 3IPZ A; 1G7E A; 3MWH A; 4PUR A; 3ZRD A; 4MF6 A; 2E2G A; 1DSB A; 5IOW A; 2VLT A; 4V2L A; 3H93 A; 3P2A A; 4RQR A; 2M80 A; 2HZE A; 4XS4 B; 2BJX A; 2IMD A; 1AAZ A; 2VLV A; 3GKX A; 3UAR A; 3EIN A; 3M8N A; 4MF5 A; 1FAA A; 3APQ A; 1CQG A; 3TJB A; 3WGD A; 2IFQ B; 3FKF A; 1M99 A; 1DE1 A; 2PBJ A; 4KCA A; 1ML6 A; 1T3B A; 4X0X A; 3LOR A; 4OCF A; 3MAK A; 1F3B A; 5J41 A; 4IKH A; 3ZTL A; 1ERV A; 5D9T A; 4I2T A; 2LRT A; 2RII A; 1UN2 A; 2H30 A; 1VF2 A; 2HNL A; 4XHM A; 5DQY A; 1C72 A; 4JED A; 5F0G A; 3MNG A; 3VPQ A; 4GTU A; 4PGT A; 2JSY A; 10GS A; 4IJ3 A; 1J0F A; 2P31 A; 4LLR A; 4KX4 A; 4NWY A; 3C1R A; 2C0E A; 2RM5 A; 3Q6O A; 5CYY A; 1O81 A; 2CT6 A; 3UVT A; 2YJ7 A; 5GAN D; 2YWO A; 2AAW A; 1SKW B; 4CDO A; 5F8B A; 3LQ7 A; 3HJM A; 3WT1 A; 1SD8 A; 5DJL A; 4ECI A; 1THX A; 1EEM A; 2WS2 A; 1SL1 B; 4TR0 A; 4ZL8 A; 2PWJ A; 1G6W A; 4YH2 A; 3RAZ A; 3F9U A; 3IK9 A; 2A2R A; 2CQ9 A; 3L0H A; 17GS A; 3C1S A; 1K0N A; 2LRN A; 2LS5 A; 1T00 A; 1SU9 A; 1SD9 A; 4IBP A; 1OAZ A; 3UL3 A; 3EU4 A; 1PN9 A; 2LKU A; 4AJ6 A; 1QXH A; 1SKR B; 4OWY A; 1XIY A; 3TKP A; 3CXG A; 2B5E A; 1T4Y A; 4POB A; 5KN1 A; 3N9J A; 2CX4 A; 4ZL9 A; 1G7O A; 4GXZ A; 2I81 A; 2PVO C; 2L57 A; 4OD7 A; 1PKZ A; 5H5S A; 1X5C A; 4OFM A; 4BPY A; 1YKA A; 3U6V A; 19GS A; 2VL2 C; 2IME A; 2H75 A; 2CZ2 A; 4EDY A; 1B9X C; 3VI7 A; 1A0R P; 3ZL5 A; 1ON4 A; 1GUK A; 2H6Y A; 2KUC A; 1X5E A; 1SYR A; 3KXO A; 5AN1 A; 3HKR A; 1GUM A; 1XOB A; 3TRX A; 5ELG A; 5GSS A; 3JCM L; 4HI7 A; 1AQX A; 3Q19 A; 3FZ4 A; 2CVK A; 5ID2 A; 3EYT A; 1WWJ A; 3CRT A; 5HFI A; 2GT5 A; 2NVL A; 2LV3 A; 3HJO A; 2IMK A; 3FW2 A; 4V2N A; 1OKD A; 3RBT A; 1XVQ A; 5A4U A; 1PX6 A; 2C8U A; 3WD6 A; 1SK1 A; 3BBY A; 4MZC A; 9GSS A; 1EOH A; 5ECQ B; 4TRX A; 3DRN A; 4IP6 A; 1J08 A; 3KZQ A; 3HVV A; 2GSQ A; 5CO3 A; 2JU5 A; 3FR3 A; 3TKS C; 2LTK A; 1TU7 A; 3PGT A; 5ECN B; 2V2G A; 4PNF A; 3LEF A; 1T7P B; 1ILO A; 1M7T A; 3EUR A; 3M9J A; 4OFN A; 3GL5 A; 2OKA A; 3OR5 A; 4OMV A; 2CX3 A; 5FWG A; 4TXO B; 3GL3 A; 2GTU A; 3QCP A; 2HRF A; 2GZZ A; 3WGX A; 2N5B A; 2X8G A; 1TRW A; 1V58 A; 2DML A; 4TVE A; 3GV1 A; 1LU4 A; 2MMA A; 5HR2 A; 4EE0 A; 4O32 A; 1BQ7 A; 3ZIT A; 3QD9 A; 1TRV A; 2PPT A; 1SL2 B; 1QQ2 A; 4K9Z A; 3US3 A; 4EKZ A; 2LRC A; 2B5X A; 5B7C A; 2DJ0 A; 4X1U A; 4D73 A; 4XRA A; 3DXB A; 1XOA A; 1HNA A; 1MTC A; 4GCI A; 2GZP A; 5DAK A; 1O7U A; 1A23 A; 5DDL A; 3CYN A; 3TKR A; 5D73 A; 3G7J A; 2VCZ A; 3HA9 A; 2FLS A; 3GHA A; 2L59 A; 3KEB A; 4ML1 A; 5ECK B; 2X8C A; 1XW5 A; 4HUA A; 1GSE A; 1ZYE A; 1OC9 B; 4DSR A; 3E0U A; 2FCH A; 3IE3 A; 1BG5 A; 1THO A; 1PMT A; 1K0A A; 3LXZ A; 1A2J A; 4PQI A; 2L5O A; 1NW2 A; 4IJI A; 1O73 A; 4EDZ A; 1LJR A; 2EIR A; 4NXI A; 3VWU A; 3FZ5 A; 1XWG A; 3ME8 A; 2V1M A; 3QAW A; 2DIY A; 1EOG A; 2ZCT A; 1G0T A; 3FR6 A; 1K0D A; 4JR4 A; 3IRA A; 5A4W A; 1XWC A; 3KIJ A; 2TRC P; 1VF3 A; 5LD0 A; 2I3Y A; 1VF1 A; 3ZMK A; 4GQC A; 3KH7 A; 4GF0 A; 5D9W A; 4IP1 A; 1YZX A; 1F2E A; 1VRS D; 2GDR A; 4GQF A; 3QAV A; 3QAG A; 4ZXG A; 3IOS A; 4POL A; 3LXT A; 5ECH B; 1O8W A; 2H8L A; 2CV4 A; 4MZB A; 1BAY A; 2HI7 A; 3HYP A; 1V40 A; 2FWH A; 3M0F A; 1SJZ A; 4F2I A; 4MJC A; 2VL9 A; 4ILF A; 1TU8 A; 2H6Z A; 2K18 A; 4L5O A; 5ECL B; 1M9B A; 5IIZ A; 2HE3 A; 2DLX A; 3GUS A; 3P90 A; 4BWQ A; 2PVQ A; 3BD2 A; 2ALB A; 1Y6E A; 3D22 A; 4WR5 A; 1G6Y A; 3L9V A; 4EL1 A; 5A5K A; 3WT2 A; 1Q4J A; 1MD4 A; 2XC2 A; 1XWB A; 2I9H A; 2CAI A; 1TW9 A; 2H76 A; 2B1K A; 3GKM A; 5IMA A; 3O76 A; 1V98 A; 3P8W A; 2EIQ A; 2YJH A; 2NTO A; 4PUF C; 4ZB6 A; 2H0I A; 3ERF A; 4K2D A; 1XVW A; 3M3M A; 2K8S A; 2GQM A; 2LNS A; 5IOX A; 2TRX A; 4I5Q A; 4YQV A; 3BCI A; 4K7I A; 1Z6N A; 2VO4 A; 5DQS A; 2IJY A; 4MJE A; 4FYU A; 1TJD A; 14GS A; 2PGT A; 1DE2 A; 2L6D A; 2VL3 A; 4Z7X A; 1HQO A; 2R6K A; 2WZ9 A; 4NPB A; 1PQN A; 3TJK A; 2MZC A; 3GN3 A; 4ACS A; 6GST A; 3EMX A; 5IMF A; 2H6X A; 3IR4 A; 1ZYQ B; 4OO5 A; 2DIZ A; 5KEJ A; 3QOU A; 4KB3 A; 4WET A; 3I6A A; 2AB6 A; 2YNX A; 2CVB A; 3GUR A; 5IPG A; 1Y25 A; 2JZR A; 1NHO A; 1PL1 A; 1YEX A; 4HQS A; 5IMD A; 2WJU A; 5GST A; 1OC8 A; 1OE7 A; 3VLN A; 3F3Q A; 2YZU A; 3UMA A; 1DBY A; 4WF5 A; 3KCM A; 4BL7 A; 4KDU A; 3NZN A; 2C1Y A; 2JZS A; 5AGY A; 1YEP A; 1XW9 A; 4PNG A; 4L0W A; 3BOA A; 4HDE A; 3QMX A; 1BYE A; 2M46 A; 2FA4 A; 22GS A; 1YDK A; 4QL9 A; 2YN1 A; 2F8A A; 5C00 A; 5EPF A; 3EWL A; 20GS A; 2VLU A; 1X0R A; 3DVX A; 3CRU A; 3PH9 A; 3WYW A; 1ZGN A; 2XPE A; 2OAD A; 2GQK A; 4F03 A; 5CNW A; 1GTU A; 4E8H A; 3FY7 A; 4MDC A; 1S3A A; 3H1N A; 5IMC A; 3FZA A; 3ZFB A; 2KHP A; 1GNW A; 2V6O A; 2VL2 A; 4XS6 A; 1BED A; 3F6D A; 3TB2 A; 3F4S A; 1E6B A; 2OE3 A; 3ZZX A; 4CW9 A; 3A2V A; 1PRX A; 1EGO A; 2WGR A; 3LG6 A; 1FHE A; 3A5W A; 2NDO A; 4NAX A; 3TDG A; 1TDI A; 2LNT A; 1WOU A; 3NIV A; 1K0M A; 1B4Q A; 2DJ2 A; 4N10 A; 1NHY A; 2P0G A; 2AJQ B; 4NHZ A; 4K0G A; 3DWV A; 4HJ2 A; 1I5G A; 4F82 A; 3TRQ A; 4TOP A; 2ON5 A; 1FVJ A; 4G9H A; 2PMT A; 5GZZ B; 4QQ7 A; 5HR3 A; 3GRX A; 1O85 A; 3GNJ A; 5KN0 A; 4ULX A; 3IV4 A; 3KGK A; 3J7Y k; 11GS A; 3HVX A; 2C0F A; 3TCO A; 4LA1 A; 4RI6 A; 3TKS A; 2PUK C; 3ZFL A; 3ED3 A; 3UEM A; 2VCQ A; 4J57 E; 2H1G A; 1PA3 A; 4MK3 A; 6GSW A; 1PX7 A; 4IS0 A; 5ECM B; 3QPM A; 5AIX A; 4ZBA A; 1Z5Y E; 3CSJ A; 3KH9 A; 4ZIJ A; 2H19 A; 5JCU A; 3FR9 A; 2E2M A; 3KD0 A; 2AHE A; 2H70 A; 4XS4 A; 3V1W A; 1NSW A; 2H73 A; 1ERU A; 2VCX A; 3G9B A; 3VK9 A; 3DML A; 3UBL A; 5DCG A; 3GST A; 3KMO A; 1USB A; 3TJF A; 2IFQ A; 4HU7 A; 5J3R A; 4HZ2 A; 1T4Z A; 1AUC A; 4WXT A; 2BMX A; 4HOJ A; 4IN0 A; 4HS1 A; 5DJM A; 4OO4 A; 2DMM A; 1KEB A; 2B1L A; 4WBR D; 4HQZ A; 5IQY A; 3IBH A; 1R26 A; 4MA9 A; 1OKT A; 5ECI B; 1QMV A; 4MCU A; 5DVB A; 3ZIJ A; 4JRR A; 5CRD A; 4I8B A; 3AY8 A; 2C3Q A; 3C7M A; 2WDU A; 5KN2 A; 3GKK A; 4LMV A; 6GSV A; 2QSI A; 3IHQ A; 6GSS A; 3UIW A; 1U6T A; 1X5D A; 2G2Q A; 2K8V A; 1OVN A; 1AW9 A; 4HJM A; 1GNE A; 1X9S B; 2VM1 A; 1GSU A; 3DYR A; 2YWI A; 1FVK A; 5D9X A; 4QL7 A; 2VOC A; 3D6I A; 1O8X A; 2O89 A; 2C0G A; 2EC4 A; 1TP9 A; 3GMF A; 2X99 A; 2E7P A; 4AGS A; 5D8I A; 2MMZ A; 4YAV A; 2AV4 A; 3KP8 A; 5ECP B; 2VCV A; 1MDK A; 2HXK A; 1F3A A; 3VPT A; 2H74 A; 2H01 A; 2YAN A; 5JWR B; 4KUN A; 1M0U A; 2VUP A; 4CHS A; 1K0B A; 2F51 A; 1F6M C; 1GUH A; 2KP2 A; 4ZBB A; 1KNG A; 5J4U A; 2N5F A; 1Z7R A; 4ZIL A; 4POK A; 4YQM A; 4EXJ A; 2AYT A; 1JFU A; 1S3D A; 5CP1 A; 5IO2 A; 2H1D A; 5EY6 A; 1M2D A; 2B5Y A; 3WGE A; 4ZL7 A; 1UA5 A; 4KSM A; 2BTO T; 4ECB A; 4BWS A; 3UJ1 A; 4V2M A; 3QDN A; 4HU9 A; 2MYG A; 3RPP A; 2FA8 A; 3LYK A; 4F0B A; 3TKS E; 2LJA A; 2XBQ A; 1T8E B; 4NV5 A; 1TK8 B; 3GIX A; 4V1A p; 1WPI A; 2VCW A; 2FD3 A; 4GST A; 3TJG A; 3C73 A; 2IL3 A; 3HVS A; 1JLW A; 2H0H A; 1TTZ A; 1TOF A; 4MAB A; 4MPF A; 4RQX A; 2O7K A; 4XTS A; 5HR1 A; 3BJ5 A; 3RPN A; 1F9M A; 2H71 A; 1K3L A; 2G0F A; 2Z9S A; 5GAP D; 3I43 A; 3FRC A; 3EC3 A; 1X9M B; 1GRX A; 3C8E A; 2R3X A; 1ERW A; 2JAD A; 1PGT A; 2LEG A; 4TXO A; 2K9F A; 5CRH A; 1SL0 B; 2DJK A; 3GX0 A; 1VF4 A; 1GUL A; 3CBU A; 2VIM A; 5A4V A; 2DSA A; 4Q5F A; 2FGX A; 1TKD B; 5G5F A; 3CMI A; 2TIR A; 2HYX A; 4TN8 A; 4K7N A; 1FG4 A; 1WRY A; 4P3Y B; 3D5J A; 3D4M A; 3LJR A; 3F0I A; 3S9F A; 5H5R A; 3KTB A; 2OJL A; 2C80 A; 4TR1 B; 1UC7 A; 3UBK A; 1ERT A; 5INY A; 3F4T A; 3VWX A; 4Q5R A; 4PXO A; 2V32 A; 4HEA 2; 1DUG A; 4JE1 A; 1OC9 A; 2HZE B; 3CSI A; 2I1U A; 1M2B A; 1B8X A; 4N0Z A; 1R5A A; 3ZVJ D; 3FEU A; 3IK7 A; 4G2E A; 3HXS A; 2A4V A; 1FB0 A; 4WKW A; 2KOK A; 1OYJ A; 5CRE A; 5J9B A; 2VM2 A; 3LSZ A; 2JAC A; 1KTE A; 1GSQ A; 4RUV A; 2A2S A; 5E59 A; 3IAS 2; 1JZR A; 2IMF A; 5L71 A; 3PR8 A; 2GST A; 5ECS A; 5E4W A; 1MEK A; 4MPG A; 1GSS A; 4TXV A; 3U5R E; 1ZZY A; 4MH3 A; 1GL8 A; 3TJJ A; 4KAE A; 3GTU B; 5FHI A; 5CRW A; 3HJP A; 1R7H A; 5IO0 A; 4WR4 A; 1GWC A; 2GSS A; 2FHE A; 1ZOF A; 2CA8 A; 1V9W A; 2H66 A; 3A2X A; 3GH9 A; 5G30 A; 1K3O A; 3TRP A; 1FO5 A; 1S3C A; 4KA0 A; 5JCW A; 1AQW A; 2ON7 A; 1SK0 A; 2CZ3 A; 3F4R A; 4DEJ A; 1K0O A; 3ZIV A; 5AIV A; 2HZF A; 4KCE A; 2X8H A; 4FIW A; 12GS A; 4JU5 A; 1EZK A; 3IDV A; 2OBI A; 1FW1 A; 1PSQ A; 1A0F A; 5COH A; 2NBS A; 4LL4 B; 1GTA A; 4ZB8 A; 1RW1 A; 4N30 A; 4LL1 B; 2XHF A; 3E9J B; 4J56 E; 4EC0 A; 4OCE A; 5G31 A; 4IQA A; 5DCH A; 3D4T A; 3HY2 A; 2HSH A; 3LWA A; 3LYP A; 4F9Z A; 3HZ8 A; 2IMI A; 4PUA A; 3F3R A; 2FWE A; 3DD3 A; 2V41 A; 3GKN A; 2RM6 A; 1JZW A; 1MD3 A; 3VI5 A; 2YOI A; 3HD5 A; 1XFL A; 4H86 A; 2PER A; 3FZ9 A; 4TW5 A; 3ZYW A; 1GSD A; 3APS A; 2LJR A; 5ECR B; 3W8J A; 1B48 A; 2FUG 2; 3HDC A; 8GSS A; 5ECO B; 4DVC A; 2L4Q A; 4GLT A; 5HR0 A; 5EVO A; 2R4V A; 2K6V A; 4I2U A; 2C3N A; 4N11 A; 1URM A; 3ZLP A; 2LJK A; 2ZNM A; 4MJB A; 3GH6 A; 4ML6 A; 2VCT A; 4Q5N A; 4L0U A; 1U3I A; 4FYC A; 2E0Q A; 2IN3 A; 5ID2 B; 1M2A A; 2LQQ A; 1U88 A; 1N8J A; 1F37 A; 2DJJ A; 3F63 A; 1HYU A; 4I97 A; 2GQL A; 2YZH A; 2P5R A; 2VD1 A; 4BA7 A; 4EF0 A; 5D9V A; 1QGV A; 3BCK A; 1R5P A; 2B6M A; 4KDY A; 3GTU A; 3EU3 A; 2R37 A; 2FWF A; 3APO A; 4XS1 A; 16GS A; 2GS3 A; 2L6C A; 2IIY A; 1EGR A; 2P5Q A; 5G5E A; 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