3HXSA

Crystal structure of bacteroides fragilis trxp
Total Genus 26
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
26
sequence length
117
structure length
117
Chain Sequence
GTIHLTRAEFLKKIADYENHSKEWKYLGDKPAIVDFYADWCGPCKMVAPILEELSKEYAGKIYIYKVNVDKEPELARDFGIQSIPTIWFVPMKGEPQVNMGALSKEQLKGYIDKVLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title In vivo oxidative protein folding can be facilitated by oxidation-reduction cycling
pubmed doi rcsb
molecule keywords Thioredoxin
molecule tags Electron transport
source organism Bacteroides fragilis
total genus 26
structure length 117
sequence length 117
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3hxsA01
1OC3A 1A2MA 1RQMA 3FKFA 3HZ8A 4J57E 3TJFA 1EZKA 3TDGA 2WRTA 5CREA 4BA7A 5J9CA 1G6YA 2GT6A 2GTUA 1MEKA 5IO0A 2OA7A 5G5FA 3KD0A 4EL1A 3F9UA 2GZPA 2WULA 5G31A 1VGLA 1S3AA 2H6XA 2GDRA 4MJBA 2B5YA 1V9WA 2PU9C 3NZNA 1ZOFA 3RPNA 5D8IA 4DSSA 2AV4A 3ZFBA 3ZRDA 3PINA 5C04A 3TKQA 5JCWA 1OE7A 2L59A 1A2JA 1WOUA 2HI7A 2LS5A 2YJHA 5DCGA 3MNGA 1DBYA 4NHZA 4MP4A 3FHKA 10GSA 1K3YA 5AN1A 1YF0A 4BPYA 4GRFA 3DVXA 4L0UA 1BQ7A 2I3YA 2O8VB 2VIMA 3VWXA 1FG4A 3GTUA 1GNEA 6GSTA 3HZ4A 3FR3A 2E2GA 2FWFA 2H70A 5JCUA 2EC4A 1U3IA 4POKA 4MF7A 1EGOA 2L4CA 2DMLA 4DSRA 3BBYA 2CX4A 4Z7XA 4ML6A 1O81A 1TOFA 2HXKA 3HD5A 4EF0A 2YP6A 3KH7A 2V32A 2HYXA 4WKWA 2YJ7A 1UC7A 3MWHA 2P5RA 4XCSA 3CYNA 2CVDA 5ECNB 2KUCA 1XW6A 2QC7A 2LJAA 1GL8A 2B7JA 3LFLA 5F0GA 5LD0A 1O8XA 3P2AA 4LL1B 4MCUA 3LJRA 1V40A 1YKAA 1JZWA 3EMXA 3M0FA 4MH2A 1K0NA 2LNSA 5EL8A 2RM6A 1SD9A 1OAZA 1HNAA 4RQRA 4IP6A 5B7CA 2B3SA 1YZXA 3U5RE 3G7YA 1K0MA 3ZLPA 3FYGA 2R6KA 4YQMA 1TW9A 3CSIA 2C0GA 4JE1A 2HRNA 1A0RP 4Q5NA 1ILOA 1XVQA 1TRVA 2REMA 4ZL9A 2D2ZA 3QDNA 3EU4A 3E0UA 3ERWA 2O89A 4KDXA 4V2LA 1EWXA 3IC4A 1KEBA 3RBTA 3KGKA 1F9MA 2VL2A 4OFTA 1XPVA 3F3QA 3GA4A 4HEA2 5D96A 4GQCA 3DEXA 4OFMA 5HQPA 4FO5A 1TK8B 5B6MA 3KM6A 4K1FA 2RM5A 4TRXA 3HYPA 4PX1A 4XRAA 2GZYA 3ME7A 3A2XA 3SWLA 2VO4A 4ZBDA 2YZUA 4MDCA 2C3NA 1KTEA 4JRRA 3NOFA 4GCIA 1GUKA 2LSTA 1ML6A 1LJRA 3Q74A 1E6BA 5AISA 5INYA 3HXSA 2WS2A 1UVZA 1FHEA 1W4VA 3R2QA 1MDIA 1LU4A 5DVBA 4KDUA 3PGTA 3ZIJA 6GSWA 2GLRA 2GSQA 1F3BA 1N2AA 2ES7A 1ACVA 2H19A 1WMJA 3GKKA 3N9JA 3GL3A 1ABAA 3O3TA 1GULA 5JWQB 2AYTA 4Q5QA 2N5BA 5GSTA 1EP8A 1VF2A 4PGTA 1GSSA 1K0CA 4ACSA 4L0WA 4WXTA 3ZVJA 3EE2A 4G10A 4EO3A 1TP9A 1XXUA 4HZ4A 4MJAA 1HD2A 5J3RA 3VWVA 4MABA 1TRWA 4TN8A 5HR0A 2JADA 3KH9A 5D9VA 4BL7A 3GRXA 2H30A 1SL1B 4XTSA 4IQAA 2EIOA 4HDEA 4N11A 4IBPA 1GP1A 4HU9A 3TRPA 4FYBA 5G5EA 2HSHA 1EV4A 4HQSA 3IK7A 4XS1A 3S9FA 4NV2A 4X0XA 4KSMA 3H8QA 2V2GA 4PUAA 2F3MA 3CXGA 4ZXGA 2LNTA 2MBTA 1IYHA 4WF4A 3TJBA 5D9WA 1PX7A 2AAWA 1TXXA 5D9XA 5CRWA 5IPHA 3GH9A 3J7Yb 2MMAA 13GSA 2MYGA 2K6VA 4Q5FA 1ERTA 5DAKB 4HI7A 1BJXA 1XVWA 2VCTA 3MSZA 2C3TA 2X8CA 4YQVA 2DLXA 2XHFA 3D4TA 1GSYA 1URMA 1ERWA 1HNBA 5B6NA 5EY6A 2I9HA 2H0HA 2OKAA 2GZZA 1PSQA 4OCFA 4NMUA 1Z3EA 1SJ6A 1ZYEA 2VCZA 2V6OA 5J41A 1JFUA 2CV4A 1WPIA 4OCEA 3Q19A 2FNOA 4K2DA 2PWJA 4PXOA 2VD1A 4ECIA 4NHWA 3D21A 1A23A 1TDIA 4TR3A 5CAXA 3G7JA 3DMLA 2VM2A 1BX9A 4YQUA 1Y6EA 3QCPA 3K8NA 4J2FA 1JZRA 3QFAC 2FA4A 5IOXA 2H75A 2VD0A 4MPGA 2YNXA 5AIVA 1K0AA 3M9JA 4BVXA 5IOWA 1PA3A 2WDUA 1NW2A 4I97A 12GSA 2ON7A 1THXA 3GYKA 2GQMA 4ECBA 1K0BA 4GSSA 2P5QA 2H6ZA 4GWRA 3AY8A 5DALB 5ECKB 3G9BA 2LRTA 2QKEA 3ME8A 1H75A 3RHBA 3EC3A 3FR9A 4K7OA 1A24A 2O7KA 5KEJA 4TR4A 1OC8A 4V1Ag 3HVVA 4DEJA 2H66A 4QL7A 1ERUA 4KSOA 1O6JA 4XS4A 4F0CA 3TKSA 1QFNA 4AJ6A 2DSAA 1XOAA 4G9HA 1GUMA 3DXBA 2LV3A 1R5PA 4JBBA 1TI3A 1GTBA 4ID0A 2IIYA 3W8JA 4IJ3A 17GSA 1XWBA 1JHBA 1EEMA 5AGYA 2LRNA 1U6TA 4ISDA 4IGJA 2G2QA 1RW1A 4GSNA 1T4YA 5A4UA 3H79A 4V2MA 2DJ0A 5CO3A 3APOA 4KAEA 2YWNA 2YZHA 2FA8A 5CRGA 5EPFA 3TRXA 5G30A 4ECCA 1V58A 1V2AA 2I4AA 1K3OA 5DAKA 9GSSA 4KH7A 2B1LA 2I81A 2X8HA 4IW9A 3LSZA 4WETA 4LL4B 2JSYA 5JWRB 3V1WA 2KHPA 2C80A 2M80A 4JZQA 1K3LA 1YF1A 4HU7A 3EWLA 5IMAA 1AAZA 1QQ2A 1QXHA 5DCHA 2JZSA 1DSBA 4MZCA 3E9JB 4YAPA 5CRHA 5ECHB 1ERVA 5IM9A 1M99A 3RPPA 3ZMKA 3NIVA 1THOA 4F82A 2GQLA 3D6IA 5ECLB 1T3BA 1EOGA 1B48A 3GH6A 1GSDA 3QAWA 4L8EA 1E2YA 4F0BA 1CQGA 5ECPB 3M8NA 4K8MA 3A5WA 4MF6A 3D5JA 4F03A 2FUG2 2G0FA 1FVJA 2AHEA 2NBSA 1V57A 3APSA 4IKHA 2YWOA 2MBSA 4AJ7A 1G6WA 1XFLA 1AQXA 3QFBC 2F8FA 3HJMA 3ISOA 1NHOA 1B8XA 2GSRA 2H0GA 3CRTA 1T8EB 2V41A 4BWQA 3GFKA 2HT9A 4N10A 2WGRA 5DALA 5C00A 1Q4JA 2GQKA 2IPAA 2MMZA 2B1KA 4TR1A 5IMZA 3HJOA 3M3MA 3ZFLA 1SKSB 1EEJA 3KCMA 4EDYA 3IAS2 1SENA 1FVKA 2QGVA 3H93A 4GTUA 3GURA 4EXJA 2WCIA 3VPTA 3UBKA 4I8BA 3IPZA 2VOCA 1CQHA 5ELAA 5ECSA 5H5RA 2GSTA 5A4WA 5CP1A 5DQSA 3F4RA 4LMVA 3Q18A 4K7IA 4L5LA 1TTZA 2PGTA 5GSSA 3BOAA 1JLVA 4MA9A 3KIJA 3UOMA 3VI7A 3TCOA 3DD3A 1XWKA 4JU5A 3UEMA 3TJGA 1H4OA 3UARA 2IMFA 4WBJA 11GSA 1TU7A 2DC5A 2H1AA 3VPQA 2DJ3A 5DJLA 2HZFA 4PQIA 1G7OA 3TUEA 2C1YA 2KOKA 5HR2A 2X99A 3JCML 1VF1A 1T1VA 3GSSA 3W6GA 2IMIA 2GSSA 2DJKA 4ZBAA 5ID2B 3RHCA 4AJ8A 2HZEB 2PERA 4IQ1A 1GSFA 2GT5A 3GKMA 2ZNMA 4NWYA 2JZTA 1XWAA 1K0DA 4OO5A 1X9MB 4PNFA 4WEYA 4ILFA 3TGZA 1PGTA 2DJ2A 3CMIA 3EURA 1GRXA 4GLTA 2DJ1A 4TXVA 2HFDA 2C0EA 4KX4A 1NHYA 3TJJA 4PQHA 3GKXA 4K6XA 1PMTA 1GTIA 5ECQB 5B8BA 1F37A 3ZTLA 2M72A 1MD3A 1XOBA 2B7KA 5F8BA 1TJDA 3RAZA 1BAYA 2DIYA 1OVNA 3D0ZA 3FZ9A 2HRFA 3WGDA 1O85A 3DGQA 4ULXA 3ZYWA 1G7EA 3H4KA 2ZCTA 5G2ZA 3GX0A 2N5FA 3L9VA 3GMFA 1AQWA 1FB0A 5G1LA 3L9UA 2TIRA 3CSJA 4K0NA 2WZ9A 2B6MA 1SYRA 1AC1A 2DMMA 3ZITA 5KN2A 1I5GA 4V1Ap 2OE0A 3ZZXA 2C0DA 2V1MA 3UMAA 1YEPA 3UAPA 1OKTA 4O7HA 3A2VA 2J9HA 1PL1A 3WD6A 4IVFA 1JZDA 2JACA 5B8AA 1GSEA 2H8LA 2K8SA 2VCXA 3CSHA 1W89A 2NDOA 4CDOA 2L6DA 4ZILA 4NXIA 4NPBA 3OR5A 4F2IA 4GXZA 3CRUA 3P8WA 2RUFA 1V98A 2E0QA 5ENUA 5DBQA 5J5NA 2LKUA 2OACA 2VCQA 2LJRA 3QOUA 2FD3A 2VCVA 3RDWA 2IFQB 4O5RA 1AQVA 3P7XA 1NSWA 4KW6A 1QK8A 1PL2A 1O73A 3F8UA 5J4UA 2HNLA 1XWGA 2HLSA 2MZCA 2LQOA 2CAIA 4YH2A 3BD2A 3KP9A 1WRYA 1XWCA 4ML1A 1SK2A 4FYCA 2JZRA 3ZMLA 3VLNA 3VWWA 3VK9A 5JCGA 5ID2A 3GNJA 2LUSA 3C71A 4OFNA 1TK5B 1Z6MA 2VM1A 3WGXA 1QGVA 3DKSA 4J56E 1BG5A 3I9V2 3TKRA 3FZ5A 4POMA 2BTOT 1XBSA 4GQFA 1G0TA 4H86A 5A4VA 1WP0A 4CHSA 16GSA 1Z7RA 4TXOB 3P90A 1C72A 4O32A 5IMFA 5IMCA 3UL3A 2DJJA 2H01A 3FK8A 3FW2A 3DIEA 1KNGA 3IR4A 4EC0A 1GLPA 3Q6OA 3VWUA 4FH8A 2WFCA 5IQYA 5HR3A 1F6MC 2R37A 1B9XC 2FCHA 4HOJA 4DSSB 2Z9SA 1SJIA 2CVKA 3IRAA 1DE1A 1TU8A 4IS0A 1TRSA 1S3DA 3ZREA 1Z6NA 2H6YA 2VCWA 2R3XA 6GSSA 3LORA 2YWIA 4OWYA 3LXTA 3GL5A 4DVCA 3U6VA 5DDLA 3GV1A 4L5OA 3QPMA 1B9YC 1USBA 4OD7A 3UIWA 1WE0A 1FW1A 2YV9A 3KZQA 2K8VA 2MMOA 2MMNA 4N0ZA 1WJKA 2CAQA 2LQQA 1R26A 1O8WA 2L5LA 4KCEA 8GSSA 4ZB8A 3GTUB 4MK3A 5ECIB 5G1KA 1NM3A 4EE0A 2YN1A 3TKPA 1LBKA 3ERGA 3C1RA 4ZL8A 2LTKA 3MDKA 4NAXA 4V2NA 5IIZA 2H72A 4EVMA 3IOSA 1A8LA 1SL0B 2CVBA 1OC9B 1GWCA 4KUNA 3TOTA 4GSTA 1PKZA 2GS3A 3GX8A 1SU9A 3A2WA 4XS6A 4OMVA 2VL3A 2IFQA 5ECMB 5AIXA 2RLIA 4EUYA 6GSYA 3FY7A 3FR6A 4LA1A 3IHQA 3CTGA 1XCCA 4K7NA 3N5OA 1X9SB 1AUCA 4ECJA 2XPEA 4OO4A 4MZBA 2YCDA 2KP2A 1TK0B 1GNWA 2VAFA 1HYUA 3QR6A 5GZZB 1ZCPA 4FIWA 3L78A 3F63A 1ZGNA 2XC2A 3HKRA 3GN3A 4MJEA 2NVLA 4EDZA 2V6KA 4MH3A 1PKWA 1JLWA 1B4PA 2DBCA 2E7PA 1X0RA 1X5CA 4KA0A 19GSA 3KTLA 1Y25A 2KLXA 1TKDB 4TKYA 1B4QA 4RQXA 2GVPA 3UVTA 3HVSA 5D93A 4YAVA 3LQ7A 4ZB9A 1GSQA 2PPTA 2TRXA 3LYPA 4KCAA 4K9ZA 3VURA 4TXOA 4CW9A 2R5GA 2H1BA 4MZWA 4QQ7A 2PVQA 1X9WB 5KN3A 6GSXA 3TB2A 1M2DA 2YOIA 4BWSA 1O7UA 3C7MA 3FRCA 3US3A 18GSA 2H71A 2OBIA 2VL2C 5E59A 2M46A 1YJ6A 4JEDA 3GSTA 3MAKA 1U87A 3IK9A 5D9TA 5FHIA 2C4JA 1Z5YE 1ZL9A 3F3RA 4ZB6A 4IJIA 3GKNA 1F3AA 2CX3A 2XBIA 2PVOC 1PN9A 3C1SA 5IMDA 2RUEA 1M9AA 4RI6A 2F9SA 1U88A 3EMPA 3EVIA 3WYWA 4MJCA 3C8EA 5LNKe 1I9DA 4PNGA 4HS1A 4IHUA 2BJXA 4GF0A 2VL9A 3HCZA 3M1GA 1A8YA 3WT2A 5DJMA 2TRCP 2FLSA 1SJZA 3DWVA 1YKCA 4XHMA 4TR0A 2QSIA 1X5EA 3KMOA 4I2UA 1OC9A 2JL4A 4TOPA 2CZ3A 3CTFA 2A2SA 2DIZA 2CZ2A 3F4TA 4HZ2A 4I6XA 1EV9A 2X8GA 3ERFA 2JSZA 4D73B 1PD21 4HUAA 5IPGA 1SD8A 3F6FA 2HE3A 2IMDA 3KXOA 1ZZYA 2L4QA 22GSA 4HJMA 3KTBA 2BMXA 2EIRA 4MLYA 3VI5A 2C8UA 2L6CA 2AUVA 2K9FA 5F06A 3O76A 4KE3A 1R4WA 5E4WA 1MDJA 3DYRA 1X5DA 1GH2A 5CNWA 4AGSA 2NPBA 5HFKA 2A2RA 3E3EA 2IMKA 3LXZA 2J23A 2OE3A 3HJPA 4O92A 3QMXA 4PUFC 4QL9A 4N30A 1ZYQB 1WWJA 3KP8A 4ZIJA 1QMVA 2CT6A 1GTUA 5KN0A 4MMMA 1XW9A 5ECOB 1M2AA 4TW5A 2XPDA 1PX6A 3LGCA 1BYEA 1Q98A 1HNCA 2IWTA 4N0VA 4I2TA 3LEFA 2HSYA 2OE1A 2PBJA 5LCZA 3CBUA 2IN3A 4WBRD 2JU5A 3FZ4A 1FAAA 1PQNA 3IXRA 1AW9A 2AJQB 1BEDA 2L57A 2ON5A 4JR6A 4HJ2A 2I1UA 1R7HA 1YDKA 3IBHA 1T7PB 1OYJA 3IA1A 4AF2A 1FO5A 3HVXA 5FWGA 1SKWB 1U3AA 5CYYA 1PRXA 2H76A 2N5AA 6GSUA 2H73A 2PMTA 5KN1A 5ELGA 4RI7A 1MTCA 2FWEA 4EKZA 2B5EA 2F8AA 4IELA 1RK4A 3IAM2 2OBKA 5F05A 1Z7PA 3GIXA 2IL3A 1MDKA 4WR5A 1GSUA 4FYUA 1TRUA 1FB6A 3DRNA 3EINA 5IMVA 3G7IA 3EU3A 3J7Yk 1XIYA 2AB6A 5H5QA 2P31A 1VF4A 5ABRA 1JZOA 3F4SA 4DSQA 3W8SA 1VF3A 3WT1A 2R2JA 2K18A 4POLA 3ED3A 2H1GA 3O6TA 2L5OA 4I5QA 3APQA 4E8HA 5H5SA 2YWMA 3UJ1A 4ZL7A 1SK1A 2FWGA 2P0GA 2IMEA 5FT3A 4NV5A 4K0GA 2IJYA 4D73A 2VUPA 3I6AA 4XS4B 4WR4A 20GSA 4KNDA 3EYTA 14GSA 1T00A 1IYIA 1YQ1A 4KGIA 2YPMA 1UN2A 3LYKA 2O85A 1OE8A 2CQ9A 1AIUA 2OADA 4X43A 1K0OA 2YANA 3A3TA 1ST9A 5GAND 1TI1A 1SL2B 1DE2A 2VLVA 2VLUA 3GUSA 3TKSC 5A5KA 4E8EA 1OKDA 2RIIA 1ON4A 2HZEA 3L4NA 4POBA 5GAPD 2FGXA 3F6DA 2ALBA 1XW5A 2E2MA 5EVOA 2PUKC 2C0FA 5D73A 3LWAA 3PR8A 4PURA 3FZAA 5J9BA 4ZBBA 5DQYA 5HR1A 2LRCA 4Q5RA 2EIQA 3KEBA 1S3CA 1M2BA 3L0HA 1SK0A 3UBLA 4RUVA 2R4VA 1SYXA 1T4ZA 1XZOA 1GUHA 3DVWA 3IE3A 4KDYA 3IDVA 2FHEA 2GGTA 4HQZA 4BVYA 2KP1A 3VFIA 2B5XA 4WF5A 1M9BA 4JR4A 2OJLA 5F07A 3FEUA 1GLQA 1EOHA 2FWHA 1YEXA 1J0FA 3TJKA 1SKRB 3C73A 5HFGA 1M7TA 1MD4A 4LMWA 2ZUPA 4MF5A 2A4VA 1QUWA 1M0UA 2PN8A 2CA8A 4F9ZA 1Z9HA 5COHA 3HHVA 3IV4A 4G2EA 3L9SA 2WJUA 4TVEA 6GSVA 3D4MA 1FOVA 5HFIA 2YV7A 1EP7A 1J9BA 3HDCA 1EGRA 1A2LA 1YY7A 3BJ5A 1HQOA 4G19A 3LG6A 4LLRA 1A0FA 4XRDA 3GHAA 5JWOB 7GSSA 4KB3A 4TR1B 5CRDA 2X64A 2WB9A 3BCKA 3PH9A 3QD9A 4X1UA 4IP1A 4P3YB 3ZIVA 3QAGA 2XBQA 1J08A 3WGEA 5ECRB 1KBNA 2H0IA 1DUGA 3ZVJD 1GTAA 5IO2A 3KJYA 2LEGA 2NTOA 1WIKA 3HY2A 1ZMAA 3BCIA 3I69A 2H74A 1N8JA 5L71A 4IN0A 2C3QA 2LJKA 3F0IA 3UVHA 2VLTA 3TRQA 3TOUA 3M9KA 3KMNA 3H1NA 1F2EA 2F51A 3I43A 3TKSE 4XIHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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