3HZ4A

Crystal structure of thioredoxin from methanosarcina mazei
Total Genus 33
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
33
sequence length
120
structure length
120
Chain Sequence
NGSSIIEFEDMTWSQQVEDSKKPVVVMFYSPACPYCKAMEPYFEEYAKEYGSSAVFGRINIATNPWTAEKYGVQGTPTFKFFCHGRPVWEQVGQIYPSILKNAVRDMLQHGEECIRKSTP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Thioredoxin from Methanosarcina mazei
rcsb
molecule keywords Thioredoxin
molecule tags Oxidoreductase
source organism Methanosarcina mazei
total genus 33
structure length 120
sequence length 120
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-06-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3hz4A00
2H1AA 5JCWA 1X5CA 3F3RA 1M9BA 2DC5A 4XRDA 2LJKA 1PMTA 3VI5A 4JE1A 5DJMA 3BBYA 2A4VA 3C8EA 4MZCA 3IRAA 5J41A 1VF2A 1CQHA 2DJJA 2IWTA 2IMFA 2BJXA 3HD5A 1T4YA 4HEA2 1ERVA 4KDUA 5IMCA 5ECPB 4XS4B 1QXHA 2QSIA 5HR2A 5EL8A 4EO3A 5B7CA 1JLWA 1RW1A 1S3AA 2YWMA 1TRSA 4YAPA 5KN2A 1N8JA 2GVPA 2H6ZA 1WE0A 2H6XA 5KN1A 2GSSA 1YDKA 4RI7A 4I2TA 3HJMA 5CRDA 2JL4A 1NW2A 3TJKA 1EEMA 1ZYEA 3APOA 1V2AA 2QKEA 4OD7A 2H19A 4OO5A 1DUGA 2V41A 3D5JA 3DRNA 4O7HA 1G0TA 3QAGA 2PGTA 1BG5A 2H0GA 4Z7XA 2IMDA 2L57A 2V2GA 5CREA 4ZBBA 2YZHA 3MWHA 4ML6A 2NTOA 5DDLA 2G2QA 5F8BA 3M9KA 3CMIA 4KX4A 3GIXA 1A2LA 1ZYQB 2VCTA 1GLPA 4EXJA 1K0OA 1PN9A 3HCZA 2HRNA 4PNGA 2PWJA 3H4KA 2H1GA 1JZDA 2H76A 5B8AA 1PRXA 1E6BA 1XCCA 2IL3A 4LL4B 1WJKA 5ECOB 3WGEA 3PH9A 1SL2B 3M9JA 5D73A 4E8HA 1XW6A 2OE1A 4MPFA 5HFGA 1FB6A 5HR1A 4L5OA 3FR9A 4JEDA 4ECCA 3WT2A 1YKCA 3FZAA 4OWYA 1AQXA 1DE2A 3CRUA 2ALBA 2L4QA 3DMLA 20GSA 1PD21 2HZFA 1SK1A 4IW9A 4HQSA 2XC2A 3ZL5A 5ABRA 2JZRA 5IOWA 3CSHA 4NMUA 3MDKA 3IAS2 5B8BA 2C3QA 4QL9A 1EOGA 4ZIJA 1GL8A 1ILOA 3BOAA 2E2MA 1J0FA 1M9AA 3QR6A 3KEBA 3O6TA 1R26A 4N11A 4HJMA 4GCIA 1U3AA 3GH6A 4IQAA 1BX9A 4QQ7A 2XPEA 4ECIA 3UEMA 2VOCA 3DD3A 4V2MA 5D96A 14GSA 1SYXA 1SKWB 1A2MA 3NIVA 1O7UA 3N5OA 3WGXA 5G2ZA 2YJ7A 2LRCA 4MPGA 1EP8A 3ED3A 2OJLA 3HZ8A 2K6VA 1TK8B 3RHCA 4OO4A 1AW9A 2X64A 1HQOA 4XRAA 1AXDA 2LS5A 3RBTA 4F82A 5B6NA 3FRCA 2K18A 4BVYA 4FO5A 1PGTA 1Z6NA 5ECNB 1YF1A 2VCVA 3TKQA 4ZBDA 2YJHA 1TW9A 1Y25A 3L9VA 2M46A 4RQXA 3IXRA 4GRFA 3UAPA 1HNAA 5HQPA 2DIYA 4ECBA 1DBYA 2GZYA 2P0GA 3UARA 2DIZA 4Q5FA 7GSSA 1B4QA 2C4JA 1XFLA 4HOJA 1SD8A 1SYRA 1F2EA 2YANA 1Z5YE 4Q5NA 3A5WA 2L5LA 3QAVA 16GSA 2AV4A 3D22A 3GRXA 4ZL7A 5DBQA 2CVKA 4GXZA 4CHSA 1WP0A 3FZ4A 2ZNMA 3F6FA 3FEUA 3TKSE 1EP7A 4GLTA 2JSYA 2RM6A 2C0DA 2RLIA 3CXGA 3ZVJA 3LXTA 5HFKA 2C0GA 5GAPD 3KMOA 4WBRD 3LJRA 1HD2A 8GSSA 2CAQA 2JACA 1J9BA 1QGVA 3W6GA 3HVSA 3QFAC 3EU3A 4ZXGA 1K3OA 5GSTA 2D2ZA 2ES7A 1O73A 4IELA 1R5AA 1TRWA 1T00A 1GULA 1SJZA 3LSZA 1V58A 2VCZA 4TXOA 3PGTA 2EIOA 3BCKA 2O85A 4EDYA 3DIEA 2H6YA 5F0GA 2VLUA 3CTGA 1Z7PA 3GX8A 1EGOA 3A2VA 3TKSC 1V57A 4KB3A 3ZZXA 4NHZA 2MYGA 2I1UA 3QFBC 1OC9A 1KBNA 2MMOA 2RIIA 1GRXA 2FHEA 2FWEA 4MABA 4K9ZA 4CW9A 3RAZA 2IFQA 4TR0A 2BMXA 5DAKB 4HZ4A 2GSRA 2RUFA 3ZRDA 4PNFA 4KCEA 18GSA 1WPIA 4ZBAA 5G30A 5ECRB 2E0QA 1GUKA 1Q4JA 4MF5A 5J5NA 1JFUA 3WT1A 2YP6A 2FWGA 3MAKA 1ZMAA 3UBLA 3US3A 5JCGA 3DVWA 4Q5RA 2ON7A 4IJ3A 3UL3A 4EL1A 2MZCA 3H79A 2JSZA 1EV4A 3KP9A 4G19A 4O5RA 4WR5A 1PX7A 4YQUA 1EEJA 3EVIA 3F3QA 2V6OA 2B7JA 3IV4A 1SU9A 2YN1A 5IPGA 4ACSA 5ELGA 1XW5A 4KNDA 1TU7A 1MDKA 1VGLA 1TRUA 3FKFA 3J7Yb 5AIXA 2OACA 2P5QA 3KH7A 4I6XA 2PUKC 1TK5B 2C80A 1M2AA 3RDWA 2LUSA 4AF2A 1HNCA 4NXIA 5ECIB 2RUEA 4FYUA 3O3TA 4KE3A 3GA4A 1Z6MA 2DLXA 1WWJA 3GSTA 3GTUB 2F3MA 2VCQA 3V1WA 1F9MA 2GT5A 2I3YA 1M0UA 2DJ3A 4POMA 1E2YA 2GZZA 1OE8A 3GN3A 2YV9A 5IOXA 1SL0B 1BYEA 4OMVA 4ECJA 1KTEA 1LJRA 2O87A 4G2EA 3U5RE 2PBJA 1HYUA 3U6VA 2FLSA 1IYHA 4IBPA 1X9MB 2HFDA 4WF4A 5HR3A 4PXOA 4DVCA 3H1NA 3GHAA 3IOSA 3CRTA 4JU5A 1SJ6A 2DBCA 1R5PA 2VL2A 1XWCA 5DALA 1JHBA 1YY7A 1EGRA 1PKWA 3FR3A 5LD0A 2C3NA 2TRCP 1GSUA 3VWWA 4QL7A 4GWRA 2CV4A 2H75A 3TRXA 6GSXA 3GKKA 4BWSA 4Q5QA 3C7MA 2WFCA 1HNBA 3F0IA 2TRXA 1XWKA 4TOPA 4H86A 1YKAA 5J3RA 2CZ2A 2DJKA 2PPTA 3E3EA 2YV7A 1X5DA 2ZUPA 3GURA 5G5FA 3IA1A 3R2QA 2VD1A 1NHYA 5ECHB 4TW5A 4P3YB 2CA8A 2CVBA 4HUAA 4E8EA 4L8EA 4TN8A 1TJDA 3C1RA 1K0DA 2GS3A 3UOMA 4BVXA 2H66A 1WRYA 3DWVA 3Q18A 4WR4A 2KUCA 2VLTA 1Z7RA 2J23A 5LCZA 1AAZA 3G9BA 3K8NA 1GWCA 2A2SA 5A4VA 1SK2A 1THXA 3C1SA 2LRTA 2HZEA 4K8MA 2LRNA 1DE1A 1I5GA 4NHWA 5ENUA 2N5FA 4OCFA 5G1KA 1X9WB 3TOTA 6GSYA 1USBA 5J9BA 3L0HA 3HKRA 4ID0A 3PINA 1PSQA 1A0RP 1XXUA 3C73A 1OAZA 2REMA 2LSTA 1TK0B 4OFMA 3TKRA 1M2BA 2WDUA 1A24A 3QCPA 2IIYA 3GFKA 2PMTA 2PU9C 5ID2A 2CX4A 5AISA 2FWFA 3KZQA 1MDJA 3H8QA 1OVNA 4EC0A 4IS0A 4V1Ap 4IN0A 1ZCPA 2E7PA 2NDOA 3BD2A 3M8NA 3GYKA 1GSDA 1UC7A 5J9CA 3HVXA 4I8BA 3NOFA 1JZWA 1XBSA 1JLVA 2WCIA 3ZREA 4GSNA 4PX1A 1JZRA 3WYWA 3FY7A 4V2NA 3IHQA 1V40A 4ML1A 3A3TA 3TRPA 2NVLA 5KEJA 3KJYA 4K6XA 5ECSA 2OKAA 2AUVA 3QDNA 2H01A 2IPAA 4HJ2A 3GSSA 4X1UA 5D9TA 2X8GA 4XS4A 4XCSA 2IN3A 4MMMA 3ZIJA 5JWOB 1NM3A 1VF1A 3TJJA 1XWAA 2KP2A 4CDOA 4GQFA 4I5QA 3TOUA 4YQVA 4I97A 1THOA 5JWQB 4ZB6A 2B1KA 5DCGA 5B6MA 3HVVA 4ZB9A 2HNLA 2L6DA 1YZXA 17GSA 2KLXA 2WULA 4ULXA 3HYPA 3BJ5A 1T8EB 3ME8A 1YEXA 3L4NA 4TVEA 3Q74A 4V1Ag 4ZILA 5DQSA 3LEFA 2AYTA 2R3XA 1TI1A 3OR5A 5KN0A 3P2AA 3GKMA 3TDGA 4WKWA 2PN8A 4N0VA 1O81A 3LGCA 2TIRA 2WGRA 4F2IA 3D6IA 2P5RA 5AGYA 5IMAA 4NV5A 2H1BA 1GSYA 4N30A 1K0MA 5CRHA 2LNTA 3QMXA 3GKNA 4DSSB 4JBBA 4MJBA 1OC3A 3VWXA 3H93A 2H74A 2XBQA 4TR1B 3D0ZA 1CQGA 1MD4A 3IK9A 4GF0A 1GH2A 2CVDA 4ILFA 1MTCA 3VWVA 1BJXA 4F0BA 2GQLA 1GUHA 1Q98A 3F4RA 3CBUA 2JU5A 1SL1B 1GSSA 2HXKA 2PERA 3IPZA 1ON4A 2K9FA 1OC9B 5D9VA 1B8XA 3IC4A 3KM6A 4PQIA 3L9UA 1O6JA 4KDXA 1MD3A 4PUAA 3ZFLA 3FYGA 1T1VA 3KTLA 4LMVA 4EUYA 1WIKA 3MSZA 1G6WA 3F8UA 2YWNA 5ELAA 4YAVA 1AC1A 1OKTA 2M72A 4AJ8A 2YWIA 4MK3A 2EC4A 3M1GA 4K2DA 1MEKA 4LMWA 2L6CA 2V1MA 3QPMA 5ECQB 1U3IA 2YCDA 2R5GA 1DSBA 5G31A 4BWQA 13GSA 5DJLA 2FA8A 4GTUA 5G1LA 3EC3A 2XBIA 1OE7A 4OFTA 3KD0A 1M2DA 3BCIA 4MZBA 2I9HA 3LG6A 1ACVA 3NZNA 5A4WA 1N2AA 4MH3A 3ERGA 2YWOA 4K7IA 2LV3A 1LBKA 3MNGA 3ZIVA 2FY6A 2PVQA 1UN2A 1GTUA 1F3AA 1FVJA 2EIQA 1OC8A 3KIJA 1MDIA 2FNOA 1M99A 3LFLA 3APSA 4ZL8A 2HSHA 3I43A 3ZLPA 1OKDA 2YNXA 3IDVA 4JR4A 5D8IA 2YPMA 5EVOA 2O8VB 3ERWA 4K0GA 3TJBA 4YQMA 2H30A 3P8WA 6GSWA 4YH2A 2HE3A 1U6TA 2L59A 4L0UA 1T4ZA 1ABAA 4POBA 4DEJA 1PKZA 3HDCA 1BQ7A 2XPDA 3LORA 2FA4A 5J4UA 2HSYA 4MF6A 3DGQA 3RPPA 5GSSA 4MA9A 6GSSA 3HHVA 2C0FA 2VAFA 3DVXA 5GAND 1TRVA 2FGXA 3APQA 4JR6A 2LKUA 1SK0A 2VM2A 1O8XA 1GTAA 3W8SA 3F4SA 3VPQA 4LA1A 1TKDB 2VLVA 1TI3A 5DALB 1BEDA 2WZ9A 3VI7A 2B5YA 2GQMA 4EDZA 2IMIA 3ZFBA 2VM1A 2DSAA 3I9V2 2YOIA 1SD9A 2JZTA 1B9YC 4K7OA 1RK4A 3IE3A 1A2JA 2K8VA 3EMXA 2WB9A 1EV9A 2VL3A 4MJCA 3G7JA 1F37A 1QUWA 1W4VA 2IMEA 3FW2A 3EMPA 4DSQA 5FT3A 4HI7A 3LYPA 4TKYA 1V98A 4LL1B 4AJ7A 4BPYA 3Q6OA 3GL5A 3TKPA 2H0IA 4HU9A 5E59A 4BL7A 2NBSA 3UVTA 2LNSA 3PR8A 4IKHA 1URMA 3E0UA 1EOHA 1GNEA 3D21A 3M0FA 5IMZA 5CP1A 5CRGA 2O89A 4AJ6A 2FUG2 3FHKA 1ERWA 3GUSA 4KH7A 2AAWA 2B7KA 1S3DA 3HZ4A 1T7PB 2C8UA 2B5XA 5GZZB 4POKA 4DSRA 3DXBA 5DAKA 1NHOA 2FWHA 4V2LA 3UIWA 3RHBA 1LU4A 2O7KA 1PX6A 3HA9A 1PL2A 2OE0A 5ID2B 3EE2A 3EU4A 2IJYA 3I69A 2R2JA 1A8LA 2V6KA 1XOBA 3UBKA 3F63A 3C71A 2VO4A 2VCXA 2H71A 4IP1A 3RPNA 1B4PA 3ZITA 4KAEA 2DMMA 4MH2A 1G6YA 2CX3A 4O92A 5AIVA 1B48A 2OBIA 1X9SB 5KN3A 2F8FA 1GSQA 4TR3A 3F4TA 1SKRB 1FG4A 1XOAA 4JZQA 3S9FA 3LXZA 2HLSA 3IAM2 5IIZA 1XW9A 4GSTA 1F6MC 4IJIA 2A2RA 4MF7A 1K0NA 2VD0A 1OYJA 4GQCA 4ZB8A 5HR0A 2LQQA 4WXTA 3GX0A 1GSEA 4KA0A 2HI7A 1GSFA 1GTBA 1FAAA 3GTUA 2DMLA 3SWLA 1VF4A 4J56E 3KCMA 2LEGA 2LJAA 2X8CA 4D73A 1ZL9A 3I6AA 2H8LA 2JZSA 3ERFA 3AY8A 4PGTA 4G10A 4XTSA 2GDRA 2MMZA 6GSTA 1UVZA 1FO5A 3VWUA 2LJRA 2H72A 3LWAA 1XVWA 2H70A 3ZVJD 4OFNA 2MBTA 2IMKA 2H1DA 4NWYA 2ON5A 5CYYA 2B5EA 4KGIA 4KSOA 1R4WA 2WJUA 4K7NA 2OADA 4RUVA 5G5EA 2C1YA 3D4TA 3DYRA 4K0NA 1WMJA 1TP9A 3DKSA 1C72A 4J2FA 1G7EA 2VCWA 2VL9A 2KP1A 1QK8A 5F05A 3QAWA 3GMFA 10GSA 4TR4A 2X8HA 4KSMA 2AJQB 5IM9A 1GTIA 2DJ0A 1VRSD 4XHMA 2MMNA 1XIYA 1XWGA 3HJPA 4MJEA 4IGJA 5EY6A 4AGSA 1ZGNA 4XS6A 1W89A 1G7OA 3UMAA 2J9HA 3N9JA 2FCHA 5C04A 2H73A 4J57E 2CAIA 3A2XA 1VF3A 2AB6A 2ZCTA 1YQ1A 3TKSA 2HRFA 1PA3A 3WD6A 5FWGA 3KGKA 5AN1A 2F9SA 5CNWA 4MDCA 3QD9A 5FHIA 3L78A 3F9UA 3TB2A 5F06A 3VFIA 1FVKA 2VL2C 2X99A 3GKXA 3GL3A 2PVOC 3UJ1A 4MP4A 4KDYA 3LYKA 3A2WA 1R7HA 3ZMKA 1YJ6A 3QOUA 4F03A 3GNJA 3P90A 2AHEA 3EWLA 5IO0A 5D93A 2LQOA 3G7IA 2B1LA 1EWXA 5A5KA 1YEPA 4EE0A 1A8YA 4N10A 1K0BA 2C0EA 4NAXA 5JCUA 1KEBA 2GGTA 2CZ3A 2VIMA 5L71A 1FW1A 3KMNA 3VLNA 2DJ2A 3EYTA 1ML6A 3EINA 2B3SA 4TXOB 5JWRB 5DCHA 4ISDA 2GZPA 2E2GA 2P31A 5CO3A 2GSQA 5C00A 2NPBA 1QFNA 3DEXA 4PQHA 1NSWA 1FHEA 5DQYA 5LNKe 1ZZYA 1EZKA 4TXVA 1FB0A 5IO2A 3ZMLA 2EIRA 2WS2A 1O85A 4BA7A 4G9HA 2IFQB 1F3BA 2CQ9A 5E4WA 4RQRA 1TDIA 4XIHA 4PQ1A 1Y6EA 3JCML 3L9SA 1B9XC 3HXSA 5IMVA 1GLQA 1ZOFA 5ECMB 1H75A 4IVFA 5ECLB 4POLA 2VUPA 4NPBA 3ISOA 1PQNA 2RM5A 2JADA 19GSA 2HYXA 2N5BA 4F0CA 4O32A 1GUMA 4IQ1A 5IPHA 4KW6A 1TU8A 1XVQA 2QGVA 3VPTA 4MCUA 1ERTA 2KOKA 3TGZA 2QC7A 4MJAA 4EF0A 3GV1A 4DSSA 5H5SA 4GSSA 3J7Yk 4LLRA 9GSSA 4KUNA 1M7TA 1GP1A 3Q19A 2F8AA 4FH8A 4WF5A 3TUEA 4TR1A 2GTUA 5D9XA 2R6KA 3TCOA 1U87A 5H5RA 2L4CA 3CSJA 5IMFA 4X0XA 3F6DA 1FOVA 4HQZA 1IYIA 1S3CA 1ST9A 1PL1A 4FYCA 2N5AA 4HDEA 4HZ2A 4WBJA 3TJFA 4PURA 5DVBA 3VURA 2B6MA 1X0RA 4EKZA 2WRTA 3KXOA 1J08A 4JRRA 1Z9HA 4OCEA 1K3LA 3LQ7A 2G0FA 3GH9A 2K8SA 3O76A 2LTKA 1QQ2A 2MMAA 5CAXA 3UVHA 1RQMA 4MZWA 6GSVA 4FIWA 2OA7A 2L5OA 2C3TA 2YZUA 3ZYWA 1U88A 1Z3EA 4TRXA 3CSIA 4RI6A 3FZ5A 5D9WA 3FR6A 2GLRA 1TXXA 5IMDA 4XS1A 1TOFA 3M3MA 4HU7A 5HFIA 3SBCA 3TRQA 1SKSB 2CT6A 11GSA 4L5LA 4NV2A 5INYA 3CTFA 4HS1A 1AUCA 1AQVA 4N0ZA 1SENA 1XZOA 4IHUA 1QMVA 1GNWA 5A4UA 2R4VA 1V9WA 4WEYA 5H5QA 4WETA 1K0CA 3HY2A 3G7YA 2BTOT 3IBHA 1TTZA 2M80A 5ECKB 3D4MA 5COHA 1KNGA 2KHPA 4IP6A 1BAYA 4K1FA 5CRWA 1SJIA 1AIUA 3CYNA 2DJ1A 3KP8A 1XPVA 1K0AA 4MLYA 2F51A 2H0HA 1I9DA 3ME7A 5F07A 2V32A 3KH9A 2FD3A 12GSA 2HZEB 4PUFC 1H4OA 4ZL9A 1A23A 22GSA 3E9JB 1JZOA 4L0WA 4F9ZA 3HJOA 2XHFA 1A0FA 2R37A 4I2UA 3IK7A 4D73B 1T3BA 1K3YA 2OBKA 3IR4A 1UA5A 4KCAA 2I4AA 3TJGA 2GT6A 3FK8A 2MBSA 3EURA 4FYBA 4X43A 2I81A 1AQWA 3P7XA 1WOUA 2OE3A 3KTBA 5EPFA 4EVMA 3VK9A 1ERUA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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