3IRAA

The crystal structure of one domain of the conserved protein from methanosarcina mazei go1
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
172
structure length
172
Chain Sequence
AEPNRLIKEKSPYLLQHAYNPVDWYPWGEEAFEKARKENKPVFLSIGYSTCHWCHMMAHESFEDEEVAGLMNEAFVSIKVDREERPDIDNIYMTVCQIILGRGGWPLNIIMTPGKKPFFAGTYIPKNTRFNQIGMLELVPRIKEIWEQQHEEVLDSAEKITSTIQEMIKESS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of one domain of the conserved protein from Methanosarcina mazei Go1
rcsb
molecule tags Structural genomics, unknown function
source organism Methanosarcina mazei
molecule keywords Conserved protein
total genus 50
structure length 172
sequence length 172
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-08-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03190 Thioredox_DsbH Protein of unknown function, DUF255
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3iraA00
3F0IA 1ZMAA 2IMFA 3M3MA 4G19A 3DEXA 2C0EA 2GQKA 2H75A 3GH6A 3HA9A 2B5XA 4GXZA 2A2SA 1QFNA 1XFLA 3VWWA 1XZOA 3GN3A 3A2VA 4WF5A 3HZ4A 4PUFC 2N5AA 2YWMA 5EY6A 3FR9A 4BL7A 3CBUA 1GTIA 2C0DA 5AIVA 1OKDA 4D73B 3UEMA 5EPFA 1M2BA 5G5FA 1K0AA 2CAQA 1ZYQB 5FHIA 3TDGA 3KEBA 1JHBA 4OCFA 3RAZA 1H75A 4YQUA 5CAXA 4HOJA 1BX9A 2LRCA 4N0ZA 4X43A 1PKWA 3TJGA 5J41A 1SJ6A 1VF4A 2C4JA 4IS0A 2AV4A 3UBKA 1CQHA 1FVJA 5IPHA 5JCWA 2JZSA 4MJBA 3L9UA 1MDKA 2XC2A 3F9UA 4N0VA 5JCUA 3CSJA 3LQ7A 3ZRDA 4HEA2 2GT5A 4FH8A 4V2NA 4WEYA 3UOMA 1O8WA 2NTOA 4PXOA 2HYXA 4JBBA 4IP1A 2H6YA 3HHVA 3GSTA 5JCGA 3J7Yk 2R3XA 1JFUA 2MBTA 2O8VB 4IKHA 3EC3A 2QC7A 2YWOA 3DKSA 2H72A 5IMZA 4HUAA 3F8UA 1KTEA 4JZQA 3TOUA 1FAAA 2VLTA 4OO4A 5ECOB 1E2YA 2PPTA 5HR0A 3VWUA 1X9MB 3LG6A 1R7HA 1T4YA 3GFKA 2AUVA 1YEXA 3MSZA 4XS4A 2DMLA 4TW5A 4MZCA 3A2XA 4HQZA 4BA7A 2YNXA 1A0FA 5DQSA 4ID0A 4TXOB 2L6CA 5F06A 1WRYA 4TR0A 4GLTA 1TRVA 3TCOA 1A8LA 1GSEA 2MMNA 2X8CA 1YEPA 4K9ZA 3OR5A 1BAYA 2CVDA 4XHMA 2WB9A 1TW9A 1OC3A 4OO5A 1NHYA 5J9CA 1HYUA 4OFTA 5DQYA 4OFMA 2H01A 5CREA 3ZZXA 1QUWA 4K7NA 4X0XA 2WS2A 2IIYA 4CHSA 3F3RA 4LMWA 1OC9A 2RIIA 4GWRA 4KX4A 5B6NA 2VL2C 1B48A 1Z3EA 1OC8A 1BG5A 1YJ6A 4MF6A 4ZIJA 1X5EA 2DJKA 1SKRB 1AAZA 4DEJA 3GX8A 3ISOA 4PQHA 3KH7A 4AF2A 5A4VA 1WPIA 4YQVA 5A5KA 1PA3A 3MWHA 4N10A 2PU9C 1FVKA 2HZFA 2B7JA 3IE3A 1VF3A 3KM6A 1DE2A 5IMAA 4FO5A 2HLSA 2DJ3A 4WR5A 14GSA 2GTUA 1GSYA 3IRAA 3GNJA 2LQOA 1W89A 3H79A 1J08A 3HDCA 3HJOA 5G31A 4GSSA 5CRDA 4NPBA 4ZL9A 7GSSA 5D9TA 3ZTLA 4L5LA 2ALBA 1FG4A 2OKAA 3WD6A 3APSA 5ECKB 2FHEA 3F6DA 2FCHA 5IMCA 1EP7A 5AN1A 4J57E 1A8YA 2VCXA 4KH7A 5B7CA 1O73A 1F2EA 4IQ1A 5DVBA 2VCTA 3PH9A 1AIUA 2B5YA 2FGXA 4ULXA 4I8BA 5B6MA 1Z7RA 3H8QA 1C72A 3TJFA 2O85A 1K0DA 2REMA 2CVBA 5HR3A 1K0NA 3GRXA 3EMXA 3A3TA 2X99A 5AISA 3TRQA 3HXSA 4NV2A 3LORA 2MZCA 3LYPA 2EIQA 2IJYA 5IMFA 2H19A 2K18A 4Q5QA 5B8BA 2YANA 2DC5A 3C1RA 5DDLA 5KN0A 1R26A 1U3IA 5DAKA 1V9WA 3Q18A 4F0CA 2ZNMA 2WDUA 2GQLA 4EUYA 5KN1A 1OKTA 2PMTA 2I1UA 1YZXA 3IBHA 1BQ7A 4XRAA 1M9BA 4L0UA 1BYEA 3BBYA 2TRXA 2C3TA 4ZBAA 3H1NA 1A24A 4KGIA 3VI7A 2D2ZA 3US3A 1ERTA 2FD3A 4F0BA 3HYPA 3UAPA 2YWIA 2ON5A 4OD7A 4WR4A 3VWXA 1ML6A 1X9SB 4DSSB 5F8BA 2FWEA 3ERFA 3RPPA 1GTUA 1VGLA 2BMXA 3KTLA 3MDKA 2H73A 3GTUB 3TGZA 3GKNA 2HRNA 4Q5RA 5DALA 1ERUA 5FT3A 4MPGA 1A23A 1MDIA 3GKMA 3IR4A 4POLA 2WULA 1T7PB 5CRWA 3VPTA 1GSSA 1B4QA 4ISDA 3BD2A 2HE3A 2LV3A 4PGTA 2CQ9A 5ID2A 4XTSA 4QL9A 2H74A 3HKRA 5CP1A 3NOFA 4TXVA 1Y6EA 1J0FA 2LKUA 2IFQB 3SWLA 4TRXA 3O6TA 2YPMA 3Q19A 1SD9A 5IMVA 2L59A 1NHOA 1WE0A 1Z7PA 3GMFA 2LNTA 2VUPA 1XW5A 1V58A 2A2RA 1S3AA 5D9WA 2GSQA 4QQ7A 2H30A 2M80A 3CRTA 1YY7A 2OBIA 3ZIJA 13GSA 4KCAA 1V2AA 2X64A 3TOTA 1X0RA 5ABRA 2C8UA 3IPZA 4G9HA 1EV9A 3BOAA 4TN8A 1GTAA 1O6JA 1OVNA 4I97A 2L5LA 5G2ZA 1B8XA 2J23A 3N9JA 4L8EA 5EL8A 2FLSA 1F3BA 3M1GA 3AY8A 4JR4A 4MZWA 2EC4A 1ON4A 6GSXA 4KCEA 3UBLA 2LS5A 2OADA 1SENA 2RM6A 1PD21 2Z9SA 3FYGA 4J56E 1PSQA 2OBKA 3QFAC 2MYGA 5ELAA 4KW6A 2H1AA 5CRGA 4QL7A 2NPBA 5A4WA 4O7HA 1GLPA 2R6KA 2PUKC 2H70A 4ECCA 1O85A 4BVXA 4KSOA 2H71A 2JZTA 16GSA 3G7JA 3LWAA 4MF5A 1WMJA 1HQOA 5JWQB 4D73A 5ECRB 2C1YA 3BCIA 4IQAA 3HJPA 3MNGA 5GAND 1XWGA 2FNOA 2C0FA 4MCUA 2KP2A 3RBTA 1AUCA 3GV1A 1XXUA 4MLYA 4MJEA 2HZEB 6GSWA 3GA4A 2JACA 4I2UA 5HFKA 11GSA 4MJAA 1SL0B 4MA9A 9GSSA 3FK8A 4WBJA 3ZVJA 4MJCA 3D4MA 3TKQA 1USBA 3DWVA 3EMPA 1O81A 5H5SA 2C0GA 3UMAA 2V2GA 3DVXA 3PGTA 2GGTA 1G6WA 4MMMA 4OCEA 1DUGA 4EDZA 1SD8A 6GSUA 1NM3A 5GSSA 4MP4A 1WJKA 2ZUPA 4GTUA 2PBJA 2H0IA 4ACSA 2H76A 1SKSB 2B3SA 1X5DA 2K6VA 3D22A 3L9VA 1FB0A 1TP9A 1M0UA 1ERVA 4GQCA 3FY7A 3P2AA 8GSSA 5HQPA 3O3TA 1A2JA 1X9WB 3C71A 2XBQA 4ZBBA 4MPFA 1EOHA 1K0MA 5J3RA 2DJ1A 4GF0A 2H1BA 4TR4A 3UIWA 3R2QA 1DE1A 5ECQB 4AJ8A 3LEFA 3C8EA 3IHQA 1ZYEA 1M99A 4ZL7A 1YKAA 4HQSA 5HR2A 4ECJA 5LNKe 1TJDA 3UJ1A 3UVHA 2DJ2A 2H1GA 4TXOA 3D5JA 2CAIA 3ED3A 3GL3A 1AQVA 3H93A 3G7IA 2DMMA 2ES7A 4BVYA 5AGYA 3VI5A 1ACVA 3RHCA 2QSIA 1K0CA 1PQNA 3L4NA 2OE0A 3APQA 1PRXA 5ECSA 3QPMA 1B9XC 3EE2A 4MH2A 5DBQA 2V1MA 1HNAA 1A2LA 2FUG2 2HRFA 3EVIA 1A2MA 2OE3A 2YWNA 3MAKA 3PR8A 3W8SA 1MD3A 3D4TA 1O8XA 5ECMB 1R4WA 3F4RA 4KDUA 2XPDA 1V98A 5H5QA 3GHAA 3HJMA 1VF1A 3APOA 1F37A 2DJ0A 4G10A 2G2QA 3F4SA 1SU9A 2LSTA 5DCHA 4Q5FA 1N8JA 18GSA 2VAFA 2VIMA 3TKRA 3U6VA 1GRXA 3LXZA 4K6XA 4GCIA 3QR6A 2AB6A 2YN1A 3GX0A 3DRNA 2DIZA 4IBPA 2C3QA 2V6KA 2VOCA 4ZB8A 3F6FA 17GSA 4JE1A 2LEGA 4IN0A 2B6MA 5D9XA 4PQIA 3DGQA 4RUVA 1GUMA 2PVOC 4O32A 3CXGA 1HNCA 1GUHA 3W8JA 4TVEA 4ZB9A 1XWCA 2VLUA 1M7TA 3FR3A 1S3DA 1KNGA 2H66A 3VWVA 1TRUA 2H6ZA 1O7UA 2DBCA 1OE8A 4DSQA 2JU5A 5D9VA 3ME7A 2OJLA 2EIRA 3P7XA 2VM1A 2F8AA 2BJXA 3TRXA 5KEJA 2I3YA 4PX1A 4I2TA 1TRSA 1PX6A 4K1FA 1FB6A 3FRCA 4IELA 4E8EA 2K9FA 1YF0A 2JZRA 2LJRA 3GURA 6GSVA 3QOUA 3WGEA 2B1KA 3EINA 3HY2A 3VLNA 4F2IA 1TTZA 5G1LA 3FW2A 2DIYA 5CRHA 2FA8A 4TR3A 3Q6OA 2O89A 1TDIA 2X8GA 1G7OA 1URMA 3VFIA 2K8VA 3TJJA 5D73A 2TIRA 2LJKA 4IJ3A 1T3BA 4L5OA 4MABA 2VCVA 2E0QA 1XVWA 4LL1B 3CRUA 4O5RA 2VD0A 3UARA 1GL8A 2C3NA 1EEMA 3ZFBA 5HFIA 2BTOT 1XOAA 4GSNA 4X1UA 1Z5YE 1M2DA 2DLXA 2JL4A 2IMIA 5LCZA 3P90A 3QAGA 1PGTA 1YF1A 2A4VA 2RUEA 3ME8A 3KP9A 1DBYA 2NDOA 2R2JA 1GSDA 4WBRD 1TK5B 2AHEA 2LRNA 2L5OA 4JRRA 4CDOA 3ZITA 5IPGA 4DSSA 3BJ5A 3FZ4A 3CSIA 4ECBA 2P5QA 2YV9A 2IPAA 1T00A 4HDEA 2CZ2A 3P8WA 3GTUA 5IO0A 3TRPA 2AYTA 1F3AA 5IM9A 4EDYA 1UA5A 4POMA 3VPQA 1QGVA 1DSBA 1G7EA 1VF2A 3E0UA 2L4CA 3EWLA 4HS1A 5GAPD 2PN8A 3WT1A 2L6DA 2N5FA 1H4OA 5A4UA 2WGRA 1JLWA 2GSRA 2YZUA 4HJ2A 4IHUA 2CVKA 2V32A 3M9JA 3TUEA 1T1VA 1OE7A 4KE3A 3W6GA 5LD0A 6GSTA 3IV4A 2HI7A 1GUKA 1TK8B 5F0GA 4V1Ap 2XHFA 2B5EA 2CX3A 1XBSA 5IQYA 2V6OA 1W4VA 4HI7A 3F4TA 2R5GA 4XIHA 2MMAA 3HVVA 2H0GA 4EXJA 1VRSD 4ILFA 2RLIA 1GTBA 2ZCTA 4BWQA 5ECPB 2H0HA 3IDVA 3EU4A 3FEUA 5C00A 3TJBA 2XPEA 4ML6A 5DCGA 1QXHA 5E4WA 1GSFA 3ERGA 1SL1B 4YQMA 2X8HA 5KN3A 5COHA 1R5PA 1A0RP 1K0OA 3V1WA 4YAVA 2NBSA 2CA8A 2R4VA 4NXIA 1U6TA 3ZMLA 5C04A 2FY6A 1IYHA 1UN2A 2LQQA 3DD3A 1JZWA 4PQ1A 3CTFA 5CO3A 2GS3A 4POKA 3DYRA 4ZB6A 2HSHA 2RUFA 4CW9A 3TB2A 3E9JB 4K7OA 1GLQA 4RI7A 5D96A 1MTCA 3JCML 1GNWA 3EURA 2XBIA 2JADA 1AXDA 2DJJA 5JWRB 5J4UA 4PUAA 3DVWA 4HJMA 2MMZA 5ID2B 2FWFA 2YJHA 2G0FA 5EVOA 2IWTA 1GSUA 4MH3A 2HZEA 5DJLA 3KGKA 1MDJA 2M72A 3IXRA 3G9BA 3C1SA 2ON7A 2F8FA 3UVTA 4EKZA 1XIYA 2MMOA 3C7MA 2WZ9A 1Q98A 1SK0A 3ZREA 4ZBDA 2GZPA 3ZL5A 3M0FA 2I4AA 4HZ2A 3KMOA 4EO3A 1EWXA 2YJ7A 3K8NA 3HVXA 3KTBA 5D93A 1SYRA 19GSA 1GP1A 1QQ2A 5CNWA 4K2DA 4MDCA 2L4QA 1XVQA 3TJKA 2J9HA 2GZZA 1TU8A 2PERA 3RHBA 3HD5A 2CZ3A 1WOUA 1MEKA 2H1DA 1QK8A 3FKFA 1Z6MA 3KJYA 2JSYA 2FWHA 3LFLA 4KA0A 5FWGA 2LJAA 3WGDA 5DJMA 5ELGA 4F82A 1X5CA 2N5BA 1EZKA 4LLRA 5HFGA 4ECIA 1TU7A 4KNDA 1TK0B 3UL3A 4WETA 3IAS2 3GKXA 4N11A 3IA1A 4EL1A 4OFNA 3PINA 5IOXA 3Q74A 2WRTA 4NHZA 4AGSA 1XCCA 1MD4A 2YOIA 3GH9A 4YAPA 1AQXA 4MZBA 1THXA 3VK9A 2RM5A 1RW1A 4IP6A 4PNGA 1T4ZA 4TR1B 3S9FA 1K0BA 3ZVJD 1LBKA 1YKCA 1M9AA 4NHWA 4I6XA 4POBA 3QFBC 1UC7A 3KXOA 3A2WA 3I6AA 2VM2A 12GSA 5AIXA 1V40A 1BEDA 5IIZA 3LJRA 1Q4JA 2AAWA 2YP6A 3L9SA 1G6YA 1JZDA 1HNBA 1SJZA 3QAVA 2VCZA 1XWKA 1SKWB 2NVLA 2PVQA 3HVSA 3RDWA 4XS1A 4GQFA 2GSTA 3WYWA 3L0HA 3IK9A 4PNFA 5HR1A 1JZOA 4WKWA 3GKKA 1GWCA 2LUSA 1T8EB 1ST9A 1FW1A 2FA4A 1Z9HA 2HNLA 2IMEA 1F6MC 5IMDA 2WFCA 2IL3A 1K3LA 1ILOA 4OMVA 2JSZA 1GH2A 1XWAA 5G1KA 2L57A 2P5RA 1HD2A 1YQ1A 3KIJA 2B1LA 4FIWA 4AJ7A 2IMKA 4OWYA 1Y25A 1JZRA 1UVZA 4WXTA 3TKSA 4F03A 2F51A 1TI3A 3LSZA 4JEDA 1F9MA 1EV4A 2E2MA 3QD9A 3ZIVA 3CTGA 5INYA 4J2FA 2VCQA 1E6BA 2KHPA 4P3YB 2F9SA 2LTKA 1AQWA 3NZNA 4EVMA 2LRTA 5ENUA 3FZAA 2VL9A 1AW9A 5J5NA 2CT6A 2B7KA 3GYKA 2HFDA 1AC1A 1WP0A 4XS4B 4EC0A 2HXKA 1NSWA 2PGTA 3DIEA 3ZLPA 4NWYA 1XW9A 1TOFA 4E8HA 4GSTA 1KEBA 1U87A 4TKYA 1WIKA 1EEJA 3I43A 3SBCA 4KDYA 3RPNA 1SK2A 2TRCP 1FOVA 4EE0A 4IGJA 2GZYA 3D6IA 1K3OA 3A5WA 4DVCA 2QGVA 10GSA 4H86A 3FZ5A 4KUNA 3WGXA 1TXXA 1ZCPA 5IOWA 1QMVA 3ERWA 3BCKA 1B4PA 2EIOA 3FZ9A 1EP8A 1OC9B 4EF0A 4BWSA 2I81A 1M2AA 1NW2A 2VO4A 2C80A 1ZOFA 5GZZB 1OYJA 3D0ZA 2M46A 4FYUA 3WT2A 4GRFA 2K8SA 4K0NA 5ECLB 2KOKA 4IVFA 1S3CA 4HZ4A 1XPVA 1EOGA 2OACA 4K0GA 4NMUA 4ZILA 4G2EA 2CV4A 2DSAA 2O87A 1SK1A 1XW6A 2H8LA 1LJRA 3M8NA 1GSQA 1I5GA 3CMIA 4IJIA 1YDKA 1TKDB 2VL3A 4HU7A 2E7PA 2WCIA 3DXBA 4K7IA 4WF4A 3TKPA 1ERWA 1TRWA 1XWBA 3TKSE 1RK4A 3GL5A 4KDXA 2GLRA 2IN3A 4KB3A 4MF7A 6GSSA 3LYKA 4MK3A 3QMXA 4XCSA 3GIXA 2R37A 2GQMA 3IAM2 1TI1A 4V2LA 1U3AA 5F07A 2CX4A 4LL4B 5G30A 4NAXA 4ZXGA 1V57A 1JLVA 1FO5A 2FWGA 3KP8A 3H4KA 3ZMKA 3IK7A 1GULA 1THOA 1ZL9A 3G7YA 2IFQA 3KMNA 3N5OA 4I5QA 3I9V2 3QCPA 4FYCA 2GDRA 3ZYWA 4KSMA 3M9KA 1Z6NA 3DMLA 3U5RE 1RQMA 1K3YA 3CYNA 22GSA 1SL2B 4Q5NA 1OAZA 5L71A 5DAKB 1SYXA 3C73A 5J9BA 5KN2A 1ZGNA 3E3EA 5ECNB 4XS6A 2OE1A 3NIVA 4O92A 2F3MA 4LA1A 4HU9A 5B8AA 3I69A 3VURA 4KAEA 1WWJA 5E59A 1U88A 3CSHA 3KH9A 4BPYA 3J7Yb 2P0GA 1G0TA 2WJUA 4JR6A 3F3QA 2IMDA 1PL2A 3QAWA 2KUCA 2YCDA 2MBSA 2LNSA 4AJ6A 3TKSC 2V41A 1PMTA 2VD1A 3L78A 1BJXA 3FR6A 2VCWA 1PL1A 1CQGA 2H6XA 4YH2A 3EU3A 1FHEA 3IC4A 5ECHB 5D8IA 5DALB 3HCZA 2QKEA 4IW9A 4RI6A 2KP1A 4RQRA 1EGOA 5F05A 4ZL8A 4DSRA 4N30A 3ZFLA 3FHKA 1GNEA 1I9DA 4ML1A 20GSA 2GVPA 4FYBA 3LXTA 2I9HA 3EYTA 4PURA 4V1Ag 1J9BA 3GUSA 1PKZA 3KZQA 3LGCA 2OA7A 1SJIA 3QDNA 4TOPA 5CYYA 1R5AA 3GSSA 5H5RA 5G5EA 4K8MA 1EGRA 1XOBA 3KD0A 5GSTA 4Z7XA 2GSSA 3IOSA 3F63A 2VL2A 3O76A 4V2MA 5JWOB 2YV7A 3HZ8A 6GSYA 1ZZYA 4NV5A 2GT6A 3KCMA 2VLVA 2HT9A 1KBNA 1N2AA 3D21A 5ECIB 4JU5A 4F9ZA 2P31A 2AJQB 2PWJA 2E2GA 4RQXA 2HSYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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