3J7Yk

Structure of the large ribosomal subunit from human mitochondria
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
84
structure length
84
Chain Sequence
VKQVRVQFCPFEKNVESTRTFLQTVSSEKVRSTNLNCSVIADVRHDGSEPCVDVLFGDGHRLIMRGAHLTALEMLTAFASHIRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of the large ribosomal subunit from human mitochondria.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 16S rRNA
total genus 17
structure length 84
sequence length 84
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
k PF10780 MRP_L53 39S ribosomal protein L53/MRP-L53
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3j7yk00
2QKEA 3IR4A 4GSNA 3IE3A 3FZ5A 4N30A 2OJLA 5D9XA 4FIWA 4N0ZA 1T8EB 1YF1A 3I69A 2YZHA 2H6ZA 14GSA 1V57A 2JADA 3KP8A 2B7JA 4KDUA 3ME8A 1THXA 3ZZXA 5IMFA 3GUSA 2VL2A 1ERWA 2LSTA 4IKHA 4GCIA 2PVOC 2F9SA 1M9AA 2EC4A 2MMOA 1TOFA 4ULXA 2YP6A 3UMAA 1VF4A 4POKA 1GSUA 1XWCA 3TKSE 2M46A 4OO5A 2QSIA 2CZ2A 3TRXA 3MWHA 2LNTA 2H74A 2CZ3A 1K3OA 1B9YC 4FYUA 3QCPA 2GTUA 7GSSA 4TR3A 2DJ3A 3PR8A 1GSEA 2XPDA 1SYRA 2MMAA 5F0GA 4HU7A 1H4OA 2JACA 2GS3A 4JRRA 1NHYA 1XBSA 2C4JA 2YV7A 5ECKB 1G7OA 1K0CA 5F07A 4JEDA 3D5JA 1OKTA 2IMDA 1A2MA 4E8HA 4EDZA 1IYIA 4IGJA 5CREA 3F4SA 1V9WA 4K8MA 1TXXA 3ERWA 3VWWA 2GSQA 2H0HA 3TJJA 2A4VA 1A24A 3LWAA 3ZLPA 4CHSA 1GWCA 1YEXA 1V2AA 1ZMAA 1JZOA 1NM3A 4L8EA 2J23A 2FHEA 3GIXA 3KMNA 1TK0B 1TJDA 4F0CA 1GNEA 1K0MA 1YKAA 2HXKA 2JZSA 1K3LA 5KN1A 5IOWA 5ECRB 2IMFA 2DIYA 1YJ6A 2CVDA 5ECNB 18GSA 2H1DA 3G9BA 1FO5A 1PRXA 1EV4A 2WULA 4MF6A 5AGYA 4PURA 2FY6A 1GTUA 3PH9A 3L4NA 4GWRA 1Z7RA 1EZKA 4IBPA 4HJMA 2C3TA 1JLWA 5D8IA 5GSTA 4XCSA 1QK8A 2DBCA 4MH3A 2KOKA 5KN2A 3GYKA 2F8AA 3GA4A 1NHOA 1ZL9A 2KHPA 4MH2A 5B8BA 3FHKA 4EXJA 1EGRA 2CT6A 4N10A 2P31A 3TJBA 5C00A 2OKAA 4LMVA 4OWYA 2FA4A 3CRTA 2I4AA 3GRXA 5ELGA 2OE0A 2LKUA 4XRAA 2E2MA 2ZCTA 1X9WB 2CVBA 1IYHA 5ID2A 1PL1A 1OC9B 2PGTA 2WJUA 2B3SA 3TRQA 3CSIA 3MSZA 3D6IA 5J41A 4KNDA 4EO3A 3KD0A 2CQ9A 2CX3A 1SKSB 5ECHB 5IQYA 3Q6OA 4GTUA 5HR3A 2E2GA 5ECMB 4IJIA 1O7UA 2IN3A 4KDXA 4MDCA 1PGTA 3ED3A 3IK7A 4IQAA 1AW9A 2LUSA 3F3QA 3HA9A 5H5RA 2P5QA 2DIZA 2IPAA 4KE3A 2GGTA 1S3DA 3C71A 3QAVA 5CP1A 4ZILA 1FB0A 2HZEB 2WGRA 2YJHA 1A8LA 4O7HA 2R4VA 2WFCA 3IAS2 4TW5A 4KSOA 2H01A 2YWOA 3VPTA 2O87A 3CYNA 3I9V2 11GSA 1BJXA 1XOBA 1GSFA 2PMTA 2FWFA 1ZGNA 1QQ2A 4RUVA 1UA5A 2K9FA 5AIVA 3TOUA 1G6WA 3K8NA 1K0DA 1M99A 3MAKA 3LYPA 4WR4A 4ZB9A 3MDKA 4PNGA 1WOUA 2HZFA 1F37A 4OMVA 4XIHA 4JR4A 1WPIA 4LL4B 2VCWA 2AAWA 3QAWA 5DALA 2EIRA 3DIEA 4PQHA 1GUKA 2NBSA 3CBUA 5ECQB 2VM2A 3H79A 3Q74A 4G10A 4L0WA 4NV2A 2LTKA 4TR1A 1TRSA 4TKYA 3CSHA 3LXTA 3M8NA 3VI7A 1SL1B 2CAIA 1PKZA 2GQKA 3U6VA 1H75A 2LJKA 1WWJA 4MJBA 4I8BA 3TOTA 4KUNA 4XS6A 4AJ6A 6GSTA 1GTIA 4MMMA 3DRNA 1LJRA 1SKWB 2V1MA 4J2FA 3EMXA 3PGTA 3F3RA 4ECBA 4ZBDA 4NXIA 2GSSA 4RI6A 2H1BA 2L5OA 2HE3A 4DSSA 1X0RA 4OCFA 4MLYA 5ECLB 2HFDA 5C04A 3GKNA 3J7Yk 1YKCA 2L6CA 2FWGA 3EU3A 1ZYEA 3IV4A 3D4TA 3KTBA 3DWVA 1CQHA 5G31A 5GZZB 4L0UA 1SK1A 3O3TA 4OCEA 4K7NA 1OVNA 1MDIA 4LL1B 4WKWA 22GSA 3US3A 1FOVA 1K0AA 2YOIA 2DC5A 2M72A 1W89A 5A4VA 2VUPA 4ZB6A 5LNKe 4HDEA 2LQQA 3BCIA 2LRCA 2VLTA 5E59A 3DYRA 1M7TA 5A4UA 2VAFA 2IMIA 2JU5A 2OE1A 3F8UA 2H76A 5IMVA 3ZVJA 3QPMA 3NOFA 2YJ7A 2RUFA 5IIZA 1EEJA 3VPQA 2C3NA 3A2XA 1PD21 4BVXA 1TTZA 4OD7A 4OFMA 3LJRA 1HNCA 3OR5A 1UC7A 4GSSA 2L4CA 3EYTA 5EY6A 3IK9A 1AAZA 2OA7A 3GKXA 2E7PA 2JSYA 3TKSA 1SL0B 3FRCA 3FZ9A 3GKKA 5J9CA 2V41A 4YQVA 2H1AA 2FA8A 1Y6EA 1T7PB 4K0NA 4MCUA 4EUYA 4IELA 3ZTLA 5CAXA 5IMCA 2E0QA 3C7MA 3FR9A 3GX8A 4TXOB 4XTSA 3ME7A 1GSSA 4X43A 5G5FA 1Z9HA 3GSTA 4HI7A 4LA1A 1F3BA 2VCZA 2VO4A 3TB2A 3BJ5A 1R5AA 1ZZYA 3TGZA 1SD8A 13GSA 1EEMA 2YWMA 4XS1A 1EOHA 4WETA 5DBQA 1AQWA 2X8CA 3HYPA 3IA1A 1A0FA 2DMLA 2O89A 4WXTA 1OC9A 3D4MA 3UIWA 3F4TA 2RIIA 4GF0A 5CRHA 4YQUA 2NPBA 1TRUA 2C8UA 5KN0A 3M3MA 2K6VA 3CMIA 2DJKA 4YAVA 4TR1B 3H93A 4O92A 2TRCP 5JWRB 4GSTA 1ABAA 5J9BA 2H8LA 4AF2A 1G7EA 2GQLA 4MJEA 3ZITA 4KSMA 5H5QA 3FEUA 3KXOA 2GZYA 1Q4JA 3HVSA 4NHZA 1ZYQB 1TRWA 1XIYA 3C8EA 3EVIA 1V98A 2QGVA 3IRAA 20GSA 2HZEA 3APSA 4X1UA 1GTBA 3HXSA 2KUCA 1Z3EA 3IHQA 1RW1A 2H6XA 2EIOA 2YNXA 2Z9SA 1QMVA 1GULA 3D0ZA 4DSSB 1TP9A 4F2IA 3LYKA 5HFIA 4V1Ap 1EGOA 1FVKA 5B6MA 5DCHA 1K3YA 1MEKA 4BWQA 2FCHA 5ECOB 3DVXA 4FYCA 2GZZA 1ZOFA 2F51A 3HVXA 4I5QA 4WEYA 4WBRD 2R5GA 4RQRA 3D21A 4WR5A 1PKWA 3GNJA 5CNWA 4POLA 3UBKA 2IIYA 5GAPD 2V6OA 2X64A 5ABRA 1N8JA 3PINA 3ZFBA 3AY8A 3CTGA 1VGLA 2XC2A 4HUAA 3VFIA 2L4QA 4V2LA 2PUKC 2N5AA 4KA0A 1KTEA 3L78A 2AUVA 3KM6A 4F9ZA 3GFKA 3ERFA 2FWHA 1M2BA 1U88A 1Z6MA 1R26A 1ST9A 3ISOA 2LV3A 2C1YA 4TR0A 3QMXA 4K2DA 1GRXA 5COHA 2ON7A 3E9JB 4V2MA 1DE2A 3C1RA 3VWXA 1TRVA 3ZVJD 1A8YA 3RBTA 4Q5RA 2BJXA 5J3RA 1OE8A 4TXVA 3N5OA 4AGSA 1GUHA 2DLXA 3P2AA 1J0FA 1WE0A 2N5FA 4JU5A 1XZOA 3ZIJA 2BMXA 3CRUA 4AJ7A 2I81A 2X8HA 5F8BA 2H6YA 4P3YB 2WRTA 4CDOA 4ZXGA 3LSZA 2C0GA 5FHIA 3J7Yb 5ECPB 3P7XA 1XWGA 1I5GA 1JLVA 1EP7A 2OBIA 4DVCA 1JFUA 5J5NA 1GH2A 1GNWA 3TKSC 3UAPA 1WP0A 1XCCA 1I9DA 2B5YA 4KCAA 2CVKA 1T4ZA 1NSWA 2VD0A 1THOA 4MJAA 2VOCA 4I97A 3RAZA 4NV5A 1PX6A 1JZRA 1PMTA 2WS2A 1U3AA 1ERVA 4PUAA 2GT6A 2LS5A 2DSAA 4Q5QA 5EVOA 5DVBA 2PWJA 3GMFA 2C0DA 2HI7A 6GSXA 4XS4B 3UVTA 2GLRA 3HKRA 1YDKA 1OAZA 3SBCA 3CTFA 5D96A 4J56E 2IWTA 4LLRA 1K0NA 1SU9A 1FG4A 3M9KA 3F63A 2DJ0A 3FZAA 3VWVA 4L5LA 2LRNA 1V58A 2R3XA 1BAYA 1RQMA 1J9BA 1B4QA 3HJPA 4FO5A 4D73A 4ZL7A 1T1VA 3DMLA 2B6MA 16GSA 1ZCPA 1O8XA 3IOSA 4GXZA 1KEBA 1TW9A 2XBQA 3WGEA 4TXOA 1Z7PA 1TK5B 2XBIA 4OFTA 4IW9A 5JCUA 4CW9A 3EE2A 3CSJA 3QFBC 1V40A 3TCOA 2WB9A 4ZL9A 2ES7A 2HRNA 3UVHA 1AC1A 4MZWA 3WT2A 3TKRA 1WRYA 12GSA 2I3YA 1FB6A 1YQ1A 1SL2B 1K0BA 3UBLA 3WGXA 5B8AA 6GSSA 1SENA 3KEBA 1URMA 5IM9A 2F8FA 2H71A 4EC0A 1OKDA 2K8VA 2HLSA 3VURA 4DSQA 3TJGA 1ML6A 1GUMA 2BTOT 4TVEA 3P8WA 3TDGA 1O81A 1KBNA 3VLNA 2HYXA 3IPZA 5IPHA 3H4KA 5HR1A 1SJIA 1F6MC 1MDKA 4HZ2A 1TU7A 1XOAA 17GSA 1HD2A 5IMDA 3A2VA 4ECCA 2HRFA 2YANA 1T4YA 4FH8A 4ECJA 5F05A 2PERA 2M80A 2B5EA 2H73A 2JZTA 2DJ1A 1Y25A 3F9UA 3QD9A 3FR6A 1JZDA 2HT9A 5A5KA 3O76A 3KGKA 8GSSA 1SKRB 3GKMA 3A5WA 5D9TA 2H0GA 4NHWA 3JCML 4KDYA 2AHEA 4LMWA 5E4WA 1SYXA 5AN1A 1N2AA 2VLVA 2PU9C 2IJYA 1XWBA 3HJMA 1ON4A 1VF2A 3C1SA 2O85A 4O32A 2VIMA 1HYUA 1QFNA 1RK4A 4KCEA 3GSSA 3SWLA 5KEJA 5JCWA 2IL3A 3RDWA 1FW1A 2MZCA 4N0VA 4NPBA 4MZBA 2YWIA 5HR2A 4PQIA 2H70A 4RQXA 3FKFA 4EDYA 3EWLA 1TKDB 2L5LA 1TDIA 1GSDA 3IAM2 4BVYA 1HNBA 2DJJA 5CRWA 2C0EA 1O8WA 4HQSA 2KLXA 4K7OA 1Z6NA 1GTAA 1X5CA 2OACA 3LFLA 4MK3A 3VI5A 2AYTA 4I2UA 2YPMA 4ZL8A 4EVMA 1SK2A 3V1WA 2IFQB 2IMEA 3W6GA 4YAPA 5IOXA 4TR4A 3ZMLA 1BG5A 1XW5A 2RM6A 4QL7A 3KP9A 4PQ1A 4D73B 3GX0A 4J57E 5G5EA 3FY7A 2HSYA 3L9VA 4HQZA 3TRPA 1FHEA 1F2EA 1EOGA 2GVPA 3TJKA 4OFNA 3VK9A 5HFGA 2P0GA 2K8SA 3NIVA 1TI3A 4BPYA 4I2TA 3LORA 3TUEA 1QUWA 5IO2A 2JL4A 2YCDA 3KH9A 2V2GA 2WDUA 3RPNA 1O6JA 5L71A 1U3IA 2QC7A 3L0HA 3ZREA 2A2RA 4TOPA 3D22A 2TIRA 3L9UA 3ZFLA 4NMUA 1EWXA 4Z7XA 1OYJA 2N5BA 4ZB8A 4PNFA 3GL3A 3IBHA 3UL3A 4ZBAA 3KZQA 5LD0A 4JR6A 2ON5A 4XS4A 3Q18A 4POMA 3HHVA 4HOJA 3W8JA 5CO3A 5LCZA 2G0FA 1GP1A 4MF7A 4HJ2A 4GRFA 5DQSA 6GSUA 4WF4A 1M2DA 1B4PA 1X5EA 2B1KA 4DSRA 1T00A 1TU8A 4PUFC 5H5SA 2C0FA 1CQGA 3FR3A 3LXZA 1YZXA 1PQNA 1AUCA 5B7CA 3KCMA 4Q5NA 3LG6A 4TN8A 1R5PA 5F06A 4GQCA 2FD3A 3I6AA 1XW9A 5ENUA 1MD3A 1XW6A 4N11A 1BEDA 3RPPA 2OBKA 3GN3A 5JWOB 1A2JA 1F3AA 1R4WA 1K0OA 4ZIJA 1JZWA 2OADA 3H1NA 2J9HA 3UEMA 1VRSD 2B1LA 2H66A 4JZQA 2LRTA 4IQ1A 3KTLA 1F9MA 1VF1A 1PL2A 2H1GA 1U87A 2NTOA 1LBKA 1MD4A 5IPGA 2FLSA 3F0IA 5D73A 1G0TA 4V2NA 3ZL5A 5EL8A 4MF5A 2FUG2 2H75A 2ZNMA 3APQA 2C80A 4ISDA 1FVJA 2VCXA 4BWSA 2B5XA 3QOUA 2GT5A 1XXUA 2WZ9A 4Q5FA 2VCTA 2X99A 5JWQB 3EINA 2AJQB 1PA3A 1B9XC 1SJ6A 1KNGA 3BD2A 1SD9A 1GSQA 1PN9A 3A2WA 3E0UA 5J4UA 5G2ZA 1M9BA 2F3MA 2O7KA 2MMZA 2H30A 1M2AA 4ECIA 1DE1A 3GV1A 3LGCA 4AJ8A 2VL2C 3LEFA 4IN0A 3GTUA 1XWKA 1E2YA 3Q19A 2GZPA 3HZ8A 1BYEA 2X8GA 5CRGA 3TKQA 5HFKA 3KMOA 1TK8B 5FT3A 4HS1A 3HCZA 4KB3A 1OC8A 1A0RP 3RHCA 1VF3A 1J08A 3F6FA 1PX7A 3GH9A 4OO4A 2GSRA 4GLTA 3BOAA 4RI7A 3ZYWA 3WYWA 3IDVA 1AQXA 1AXDA 4NWYA 2YV9A 5B6NA 4IP1A 3WT1A 5DJMA 2CV4A 1UN2A 2RM5A 4TRXA 1G6YA 4K1FA 3GHAA 1GLPA 1U6TA 4YQMA 2KP1A 4G2EA 5EPFA 3G7IA 4G19A 1AQVA 1FAAA 5DQYA 3EU4A 2DJ2A 2MBSA 3EMPA 2P5RA 4IHUA 2FGXA 4POBA 5DAKB 2H0IA 3WD6A 1QXHA 3IXRA 3A3TA 3FW2A 4K9ZA 1DUGA 4MJCA 5CRDA 1B48A 3IC4A 2VL9A 4K0GA 2L6DA 2TRXA 4E8EA 2IFQA 4F82A 3TKPA 1O73A 1GLQA 1QGVA 5DJLA 1A23A 1OE7A 2GSTA 2L57A 2NDOA 2RLIA 3DKSA 3EC3A 4ML6A 2R37A 2GDRA 2OE3A 3HY2A 1MTCA 3UJ1A 2DMMA 4EKZA 4G9HA 5HR0A 3RHBA 5GSSA 2IMKA 3FYGA 3HJOA 4XRDA 3HD5A 3QAGA 3M0FA 3M1GA 10GSA 4PX1A 2H19A 1ERTA 2K18A 2XPEA 4BL7A 4X0XA 5JCGA 4KX4A 1BX9A 4K7IA 3U5RE 1XVQA 2I1UA 2V6KA 2PBJA 2CAQA 2PPTA 4HZ4A 5CYYA 4H86A 5ELAA 4PXOA 2LNSA 1SK0A 1O85A 4JBBA 5G30A 2C3QA 2LQOA 2LEGA 1OC3A 3LQ7A 4DEJA 3VWUA 6GSYA 5DDLA 4MPGA 4IS0A 5AISA 3WGDA 2VM1A 1M0UA 4L5OA 3M9JA 2RUEA 2GQMA 2PVQA 5D9WA 1HQOA 1GL8A 2CA8A 2HNLA 4KW6A 1Z5YE 5FWGA 2YZUA 2R6KA 1DSBA 2VD1A 3HDCA 3GL5A 1BQ7A 4HU9A 2JZRA 2ALBA 3ZMKA 3KH7A 3GTUB 6GSWA 2D2ZA 4IP6A 2AV4A 3P90A 2I9HA 3NZNA 1S3CA 3APOA 1LU4A 19GSA 3DD3A 4O5RA 3QDNA 3DGQA 4ID0A 3F6DA 5ECSA 4NAXA 2LJRA 3L9SA 1A2LA 3EURA 1GSYA 2PN8A 2R2JA 1ERUA 3HZ4A 2V32A 4I6XA 4KAEA 3MNGA 3N9JA 1PSQA 1C72A 3G7YA 4K6XA 5ECIB 1JHBA 5IMZA 3DVWA 4PGTA 4ZBBA 3C73A 2KP2A 4IVFA 1YEPA 5ID2B 2VCVA 2HSHA 2JSZA 4ACSA 4EF0A 5IO0A 2YN1A 3ZRDA 2MYGA 5HQPA 3FK8A 4F0BA 2H72A 1X5DA 1B8XA 1HNAA 1DBYA 1UVZA 2MMNA 4IJ3A 6GSVA 3GH6A 3I43A 4KH7A 3GURA 4MZCA 2VCQA 5D93A 4QQ7A 2NVLA 5KN3A 4BA7A 2FNOA 3CXGA 4MP4A 9GSSA 1T3BA 1YF0A 1X9SB 4EE0A 4MA9A 2XHFA 3O6TA 3G7JA 2AB6A 3KJYA 4JE1A 2ZUPA 3S9FA 2VL3A 2L59A 3UARA 1NW2A 5G1KA 4ML1A 3E3EA 1XPVA 4V1Ag 4F03A 1E6BA 2O8VB 1YY7A 3H8QA 2MBTA 3HVVA 1W4VA 1WMJA 3QR6A 4MABA 1EP8A 1TI1A 4WF5A 3W8SA 3QFAC 1ILOA 5AIXA 3FZ4A 1XVWA 5A4WA 2FWEA 1WJKA 4FYBA 1XFLA 4QL9A 4KGIA 5GAND 5IMAA 1EV9A 5DCGA 3ZIVA 3TJFA 1X9MB 5D9VA 2EIQA 1AIUA 1SJZA 4ILFA 4WBJA 3ERGA 1S3AA 2A2SA 1XWAA 1Q98A 2VLUA 3BCKA 3KIJA 5DAKA 5DALB 3F4RA 1USBA 2YWNA 3R2QA 5INYA 1R7HA 3UOMA 2REMA 2WCIA 5G1LA 2G2QA 4XHMA 2LJAA 1WIKA 1MDJA 3BBYA 3DXBA 4GQFA 4YH2A 1ACVA 4EL1A 3DEXA 4HEA2 2B7KA 4MPFA 2CX4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
...loading similar chains, please wait...
How to cite