3J7Yk

Structure of the large ribosomal subunit from human mitochondria
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
84
structure length
84
Chain Sequence
VKQVRVQFCPFEKNVESTRTFLQTVSSEKVRSTNLNCSVIADVRHDGSEPCVDVLFGDGHRLIMRGAHLTALEMLTAFASHIRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Ribosome
publication title Structure of the large ribosomal subunit from human mitochondria.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 16S rRNA
total genus 17
structure length 84
sequence length 84
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
k PF10780 MRP_L53 39S ribosomal protein L53/MRP-L53
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3j7yk00
1VF3A 2H71A 2I81A 3W8JA 3N5OA 5HFKA 20GSA 2LNTA 5D9WA 1Q4JA 4WXTA 4J2FA 5IIZA 1GTUA 1BEDA 4F2IA 1MD4A 4IQ1A 2GT6A 2MMOA 4MPFA 3LYPA 4N11A 4HUAA 4V1Ag 1ZL9A 2C3QA 3UAPA 1EOHA 5CP1A 3D21A 3IAS2 1B4QA 1GSDA 3L9SA 1QK8A 4FH8A 1AC1A 3GN3A 3M8NA 3QAWA 5IMZA 1AXDA 3GH6A 4YQUA 2GSTA 1Z7RA 5J4UA 1B9XC 2VOCA 4I8BA 3BBYA 4LL1B 4IHUA 3ZLPA 1GNWA 2P0GA 4CHSA 3W8SA 4I2TA 4AJ7A 1ZYEA 1M0UA 4WR5A 2VD1A 3A2VA 1M7TA 4K7NA 3SBCA 3KD0A 2HRNA 5GAND 1JHBA 2F8FA 2H70A 3TKSE 4MJAA 2TRXA 1B9YC 1ILOA 6GSUA 3FYGA 2B1KA 3KXOA 2M46A 3QFBC 2J9HA 5HR2A 4E8EA 4ACSA 6GSSA 2HT9A 3WGEA 4Q5NA 2B7JA 1I5GA 1GL8A 2HLSA 1DUGA 2P5QA 4EXJA 1MD3A 2IMDA 1AQVA 1K0OA 2VL2C 1XVQA 3GKXA 2L5OA 3W6GA 3GSSA 2LJRA 5G30A 4F82A 4WBRD 4ECBA 4TN8A 4JR4A 2J23A 2H1BA 1AQXA 2VCQA 2CX3A 3HZ4A 1YY7A 2PMTA 2AB6A 2MZCA 5C04A 1HYUA 1SJIA 1GULA 2PVOC 2E7PA 5IO2A 3OR5A 5ECMB 1O73A 4EVMA 1H4OA 3F4SA 3DWVA 1O6JA 4ZIJA 4H86A 2DMLA 2FA8A 2LTKA 1QGVA 3KMOA 5HR3A 2F51A 5DJLA 4I5QA 2E2MA 3LG6A 2VL2A 4QL9A 3A2XA 4LLRA 5COHA 4ZL9A 3V1WA 3TKQA 2FCHA 3MDKA 4K9ZA 2YWNA 2F9SA 4IW9A 2VLVA 5ECPB 3KEBA 1O7UA 1T4ZA 5J5NA 4BPYA 3APOA 4KUNA 1SK1A 2LRTA 3BCKA 3GH9A 3KP9A 2AV4A 5FT3A 3UBKA 3LXTA 4K0GA 1AIUA 1QMVA 4WR4A 1OC3A 4N0ZA 2H6ZA 1GSUA 5CO3A 1R4WA 4MPGA 4KNDA 2IN3A 4HU7A 2VM2A 1QQ2A 2LS5A 4IELA 4MZCA 5KN0A 1GTIA 5DAKA 4K8MA 2G0FA 2X8GA 3CTFA 4ZB6A 3RDWA 3LQ7A 4WBJA 4RQXA 4POMA 3UL3A 3ZZXA 2X8HA 3IBHA 3DIEA 1GP1A 4KCEA 2DJ3A 4GSSA 1XWGA 1EGOA 1M9BA 1WE0A 1YF0A 1SYXA 4PQ1A 3VI5A 2C0FA 1B8XA 3DRNA 3ZMKA 1T8EB 22GSA 2CZ3A 2JSYA 3D4TA 2VM1A 1XWKA 2O8VB 1USBA 4GTUA 1SKWB 4HDEA 4O5RA 5LCZA 4ECJA 3NZNA 4KCAA 3HJOA 1EWXA 4ULXA 1Y6EA 1WJKA 3QAVA 3ISOA 1EOGA 2GS3A 4PUFC 3QAGA 3C1SA 2KP2A 1V40A 5CNWA 4JR6A 1RW1A 4L0WA 5CREA 3RHCA 4G10A 2PGTA 3C1RA 2M72A 1TRWA 3FRCA 3H4KA 3LSZA 1XFLA 2PERA 2V2GA 5D8IA 1WOUA 1K3YA 5H5RA 3H8QA 1ZYQB 3UARA 5IPHA 3DGQA 3IHQA 1JZOA 1WPIA 1XW9A 1TU7A 3US3A 4IP6A 3QOUA 1SYRA 3TRPA 3HY2A 1YKCA 3FZ9A 2DC5A 4KDUA 3TJGA 2TRCP 2VUPA 3CYNA 4V2LA 4ML6A 2HYXA 4OCFA 1X9WB 4NMUA 5GZZB 3IA1A 2DJ2A 1SL1B 2E2GA 4MJEA 2L57A 2AYTA 5G1LA 2YJHA 3D22A 4IQAA 1TKDB 5DVBA 2B3SA 3GKMA 2L6CA 1GSFA 1PSQA 2VCTA 1XW5A 2NBSA 4EC0A 1THOA 5HFGA 3UVTA 4WETA 3K8NA 2BJXA 4L5OA 1BAYA 4KSOA 3TJJA 2H75A 1B4PA 4OO4A 3CSJA 1RQMA 4JBBA 2YN1A 1ST9A 2GSSA 2WRTA 4HOJA 3TCOA 2PPTA 5EY6A 4IJIA 4TR3A 3HHVA 1Z5YE 4LL4B 5CYYA 2FD3A 1U3IA 2YWMA 4IP1A 3TJKA 2CVKA 3ME7A 1EZKA 5FHIA 3WGXA 5IQYA 1HNCA 1GUHA 2CX4A 3DMLA 1JLWA 3E0UA 1JZRA 2GTUA 4GQFA 2H72A 1SU9A 2VIMA 1ERVA 1TRVA 1VF1A 2V1MA 1V9WA 5B6MA 4KA0A 1UN2A 3NIVA 1EGRA 2X8CA 1YEXA 4MMMA 2YWOA 1M9AA 1FB6A 2HFDA 1X5DA 1A0FA 1YQ1A 1UVZA 5F0GA 5KN2A 3RPPA 2YZUA 5H5QA 1DBYA 2KUCA 3EE2A 4Z7XA 4Q5FA 1J9BA 2LQQA 3GA4A 3IPZA 1FOVA 2B6MA 2RIIA 1PMTA 1J08A 3ED3A 5G31A 2KLXA 1R5AA 2DIYA 4ZB8A 1OE7A 3GRXA 4ISDA 4BVYA 5G1KA 5H5SA 2C80A 1G6WA 2LEGA 4NXIA 3KIJA 4ZB9A 3ZVJD 3LEFA 3EC3A 4KGIA 5ID2A 5JCUA 4PNGA 3TDGA 5ECIB 5GAPD 2G2QA 5D73A 1XZOA 2ON7A 3SWLA 1N8JA 5A5KA 3P8WA 3GX8A 1PQNA 2LJAA 6GSVA 3ZTLA 2YWIA 2I1UA 5G5EA 4BA7A 1Y25A 2DJ0A 3GL3A 2MBSA 2RM6A 1LBKA 4MP4A 3MSZA 2LNSA 1FHEA 1VGLA 3TGZA 4MH3A 3FZ5A 2FLSA 18GSA 2FWHA 3F4TA 3HJPA 4PXOA 3DYRA 4NPBA 3GX0A 6GSYA 2B5YA 3EMXA 1GLQA 4KB3A 1X9SB 1JFUA 2H6YA 1OC8A 2N5AA 4XS4B 3WYWA 11GSA 2GVPA 1TRSA 2V41A 5ECRB 3FZAA 1U6TA 4ML1A 5HR0A 2A4VA 2E0QA 5DCGA 12GSA 2HZEA 1X5CA 1PN9A 3VWVA 2HNLA 1F9MA 5C00A 1XVWA 3L0HA 3RBTA 3KCMA 1NSWA 1F6MC 5AN1A 3I69A 5B7CA 1Z3EA 1ON4A 3APQA 3JCML 3UEMA 3KP8A 5CRDA 4EF0A 2B7KA 1KNGA 4GRFA 3DKSA 2WGRA 3ZFBA 3VI7A 2R3XA 4YQVA 4HQSA 2XPDA 2YPMA 3P7XA 5ELAA 1YKAA 4QL7A 4J57E 3IRAA 3KM6A 5JCWA 1OC9B 2CVBA 4GF0A 5ECOB 2VCXA 2H74A 1CQHA 1O85A 4EKZA 2R4VA 4KSMA 4MDCA 2EIQA 4ZL8A 2FUG2 3WT1A 3F3QA 2L4QA 2DBCA 4XS4A 4MLYA 3ERFA 2CQ9A 2V6KA 2FA4A 1C72A 3LXZA 16GSA 4GSNA 2H30A 3PGTA 4MH2A 5INYA 4IVFA 1OYJA 3EWLA 4ZXGA 1TDIA 3J7Yb 1SKRB 2H6XA 2OE0A 2VD0A 4BWSA 1G7EA 2VL9A 3TKRA 4YQMA 3M0FA 2K8SA 4EE0A 2N5FA 2HI7A 3ERWA 4LMWA 1PX7A 19GSA 3BCIA 3FEUA 3NOFA 4ZILA 1OC9A 2ZUPA 4TKYA 1W89A 1K0DA 3O76A 5IOXA 3UOMA 3UBLA 4I6XA 2RUFA 3QMXA 4KDYA 5ECNB 3ERGA 2NPBA 3D4MA 2VCVA 2F3MA 1GUKA 2QC7A 4EL1A 3L9UA 3KTBA 1SD8A 1XWBA 5KN3A 4HJ2A 5A4UA 2LQOA 4I97A 1NW2A 2L6DA 9GSSA 1EV4A 4OFMA 2ALBA 5ABRA 2H8LA 3ZRDA 5IO0A 3UJ1A 1M2AA 3PH9A 2NDOA 2IMFA 3HXSA 1FW1A 5J3RA 2X99A 2NTOA 2C3NA 5ECSA 3KH7A 2OKAA 1GUMA 1HQOA 4NHWA 2FWFA 4MCUA 1TU8A 3D6IA 2IIYA 4KDXA 2HSYA 5ECQB 5CAXA 4Q5RA 2C0EA 3D5JA 3GL5A 4RI7A 1JZWA 1SENA 3DVWA 1TP9A 5AGYA 3ZIJA 4O32A 3GIXA 3HJMA 3TRQA 2PUKC 1THXA 3C8EA 2IFQB 1HNBA 3ZVJA 2A2RA 4RQRA 4ECCA 3C7MA 3HCZA 2H0GA 4AJ6A 4L0UA 1K0BA 3R2QA 1SJ6A 3KZQA 3M3MA 2R37A 3GTUB 1A2LA 2WS2A 1XWCA 3CTGA 4F9ZA 1R5PA 1LJRA 2FGXA 4HQZA 3TRXA 5KEJA 4IGJA 4MK3A 3GKNA 3H1NA 1XOAA 2WB9A 1V57A 1PL1A 4IBPA 4POKA 3O6TA 4ILFA 5IMVA 2LKUA 1EEMA 3C73A 2R2JA 2R5GA 3VPTA 1M99A 3LWAA 4GXZA 5DBQA 4J56E 2P31A 1PRXA 1QUWA 2LJKA 2QKEA 3LGCA 4MF5A 1A8LA 4HI7A 4ID0A 3MWHA 1VF2A 2JACA 14GSA 2K6VA 1K0CA 4OMVA 3P90A 4DEJA 1X5EA 1OKDA 5G2ZA 1FO5A 4MJBA 2MMZA 4IS0A 2RUEA 1XW6A 2PN8A 3EU3A 4OCEA 4MF7A 1WMJA 2JSZA 1BQ7A 2RLIA 4HEA2 5JCGA 5G5FA 3I6AA 3HYPA 3GTUA 4K7OA 4Q5QA 4F0CA 5JWQB 4N30A 1TW9A 3A3TA 4MABA 2LSTA 3GFKA 2H76A 2YOIA 4GSTA 2GQKA 1TK0B 1A8YA 2YNXA 1GSQA 4PQHA 5IMFA 3TKSC 2VLTA 3G9BA 4G9HA 2L59A 1WRYA 3VLNA 3I9V2 4EDZA 3KH9A 5F8BA 4XRAA 1MDIA 4PQIA 4V2NA 1JZDA 2N5BA 2YCDA 3G7JA 3F8UA 2QGVA 6GSWA 1ERTA 5ENUA 2XBIA 1WP0A 4KAEA 5ECKB 1RK4A 3U6VA 2YZHA 1V2AA 4GQCA 2AAWA 1BYEA 6GSTA 1EP8A 2OBIA 3EYTA 3F0IA 3QDNA 3VFIA 4QQ7A 2OE1A 4D73B 1R26A 3TB2A 2C0DA 4NWYA 3IC4A 4GCIA 1NHYA 4RUVA 3TJBA 1K3OA 5IMCA 3TKSA 2OE3A 5DALB 4NV5A 4G19A 1FB0A 5JWOB 2OACA 4AGSA 5IOWA 1W4VA 2O7KA 4N0VA 3MAKA 3H93A 2AHEA 1PA3A 2DIZA 1PD21 2CAQA 2IMIA 2NVLA 3FR3A 1K0NA 4TVEA 3C71A 1PKWA 2HZFA 4FIWA 2FNOA 1VRSD 1YEPA 2FWEA 5J9CA 1GWCA 4AJ8A 3AY8A 4DSSB 4XHMA 1UA5A 5EVOA 2B1LA 2H73A 2C1YA 5DQYA 4PX1A 4TR1B 3ZYWA 1F2EA 3I43A 2V32A 3GURA 2O87A 3GNJA 4LMVA 2FHEA 4MA9A 3VWWA 2H0HA 4KE3A 3VPQA 1BG5A 3F4RA 4TR4A 1EEJA 2JU5A 1SK0A 1X9MB 5IMAA 1GNEA 2WZ9A 1IYHA 4N10A 4IKHA 4TOPA 2R6KA 4KH7A 2X64A 2JADA 1J0FA 3ZL5A 2HSHA 2GSRA 1M2BA 2CZ2A 1FAAA 1HD2A 2DSAA 2ON5A 1SK2A 1KTEA 2VCZA 2C8UA 4HS1A 3GYKA 1ZCPA 4V1Ap 4TR0A 1VF4A 4JEDA 3ZREA 1MEKA 5IMDA 2XPEA 2GT5A 3KJYA 2C4JA 1ZZYA 4TW5A 4HJMA 1K0MA 2IPAA 3FZ4A 4AF2A 3UMAA 4E8HA 2GQMA 2MBTA 5LNKe 5ECHB 2JZTA 4NHZA 1U3AA 2DMMA 2DJ1A 2LUSA 3FR9A 5KN1A 3UVHA 4FYCA 2OBKA 2IL3A 1G0TA 2EC4A 1EP7A 4BVXA 4F0BA 2GZZA 1WIKA 3CRTA 2CT6A 3EU4A 5L71A 3HVXA 1F37A 2ZCTA 2WDUA 3CRUA 3IDVA 1DE2A 2V6OA 5DJMA 2EIRA 2CVDA 1E2YA 4PUAA 1ZOFA 2VL3A 2DJJA 3M9KA 2JZSA 3L4NA 3VK9A 2MMNA 1SD9A 4F03A 3GMFA 2PVQA 1YDKA 2JZRA 4EUYA 2XBQA 1S3CA 2MMAA 1PX6A 3MNGA 4ZBBA 4PURA 1S3AA 2REMA 2H1DA 5B6NA 10GSA 3F63A 1GSEA 3GUSA 1WWJA 4JU5A 4P3YB 5AIVA 1E6BA 3G7YA 5DQSA 5HQPA 4WKWA 3Q74A 1HNAA 3IXRA 4OFNA 4XIHA 3UIWA 1TTZA 2DJKA 2LRNA 3EVIA 4MF6A 3BOAA 2F8AA 2C3TA 3IK7A 1KBNA 1OAZA 1XXUA 1FVJA 5E4WA 1OKTA 2HE3A 2GLRA 2O89A 3QPMA 3FKFA 2XC2A 1LU4A 1T1VA 4WEYA 5E59A 5ELGA 1O81A 4HZ4A 1T00A 4MJCA 3HVSA 2P5RA 4X43A 5J9BA 3RHBA 4DSRA 2K8VA 3DD3A 4YAPA 1SKSB 3GSTA 2YP6A 4OFTA 2K9FA 4XRDA 2GDRA 1ERUA 5F05A 1QXHA 4CW9A 2VO4A 3G7IA 4XS1A 1A23A 2A2SA 4XS6A 5DAKB 2IWTA 3Q19A 4O92A 3VURA 2FWGA 3FHKA 5EL8A 1AQWA 2BMXA 3PINA 1BJXA 2GGTA 3HVVA 1TK5B 2GZPA 1GTAA 4YAVA 3ME8A 2I3YA 5D93A 1XCCA 3F6DA 2ZNMA 1AAZA 4LA1A 4DSQA 4EO3A 3APSA 4GWRA 1SL2B 4FYBA 3LFLA 1F3AA 3ZITA 1BX9A 2IMKA 3CSHA 5B8BA 3IR4A 2IJYA 1T7PB 4XTSA 3HZ8A 1CQGA 1OE8A 1S3DA 3QD9A 1TOFA 5J41A 2K18A 3BJ5A 1YJ6A 8GSSA 3WGDA 7GSSA 2KP1A 3CBUA 2LV3A 3TJFA 4OD7A 4FO5A 3HDCA 1M2DA 3DVXA 2OJLA 3RAZA 1KEBA 4NAXA 4ZBAA 1PKZA 4ZBDA 3A2WA 4TRXA 3E3EA 4OO5A 1V58A 1AUCA 1TXXA 4OWYA 1O8XA 2I4AA 2PWJA 2FY6A 3RPNA 1GRXA 3FK8A 4IJ3A 4L8EA 2HXKA 5AISA 3WD6A 5AIXA 5CRGA 3VWXA 2WULA 4G2EA 1ML6A 3CMIA 1GLPA 2O85A 2CA8A 3M1GA 2VAFA 5GSTA 4HZ2A 2JL4A 2M80A 3LORA 3PR8A 3L9VA 5D9XA 3J7Yk 1XWAA 2ES7A 2H66A 2YV9A 1TI3A 3LJRA 1H75A 2RM5A 1FG4A 1QFNA 3F3RA 5JWRB 3A5WA 4CDOA 3U5RE 1XIYA 1U87A 3Q6OA 1B48A 1DE1A 2IMEA 2QSIA 2KOKA 5EPFA 2IFQA 5LD0A 3BD2A 2LRCA 4K6XA 4V2MA 2VCWA 3GV1A 4WF5A 5D96A 4WF4A 4TXOB 1NHOA 3KGKA 3ZFLA 2BTOT 4HU9A 1MDKA 1T3BA 3TUEA 1GTBA 1U88A 5IPGA 3TOUA 1AW9A 4YH2A 3IAM2 2GSQA 3Q18A 1XBSA 2WCIA 3CSIA 2GQLA 2H01A 4FYUA 2C0GA 1XOBA 4O7HA 1SL0B 1TJDA 3KTLA 13GSA 1K0AA 2VLUA 2HRFA 2WJUA 1A2MA 3QR6A 1FVKA 1JLVA 1ABAA 1Z9HA 1GSSA 2AJQB 1N2AA 1Z6MA 2TIRA 3O3TA 4L5LA 2I9HA 3IOSA 4JE1A 3EINA 1Q98A 3VWUA 4EDYA 2L4CA 1UC7A 1ACVA 3QFAC 2Z9SA 2DLXA 4NV2A 2CV4A 3IE3A 3TKPA 1X0RA 4JRRA 5D9TA 3ZIVA 1OVNA 4MZWA 4TXOA 3F9UA 4TXVA 3DXBA 3P2AA 1O8WA 5HR1A 2AUVA 2CAIA 3IK9A 1TI1A 4PNFA 1K3LA 1EV9A 4POLA 3EMPA 1Z6NA 5ID2B 3WT2A 4I2UA 3LYKA 2XHFA 3L78A 2OADA 3DEXA 4ECIA 3QCPA 3GHAA 5GSSA 2YANA 2PU9C 4K2DA 2B5XA 1ZGNA 1XPVA 5FWGA 1ZMAA 3ZMLA 1NM3A 4X0XA 1SJZA 2KHPA 3H79A 5IM9A 3FY7A 2B5EA 4BL7A 3FR6A 2MYGA 1A0RP 4RI6A 1IYIA 1TK8B 3TOTA 4KW6A 1R7HA 3F6FA 4DVCA 5ECLB 2H1AA 4POBA 1TRUA 3S9FA 5CRHA 4D73A 2EIOA 3HD5A 4XCSA 1I9DA 1A24A 2H19A 1DSBA 3GKKA 2YJ7A 1PL2A 4IN0A 2YV7A 5DALA 1GH2A 5HFIA 2L5LA 5A4WA 3N9JA 5F06A 3M9JA 5CRWA 2GZYA 2HZEB 1GSYA 3CXGA 3EURA 2H0IA 1F3BA 2H1GA 3KMNA 1ERWA 1YF1A 5DDLA 5DCHA 1A2JA 1Z7PA 4KX4A 5D9VA 3IV4A 1V98A 5B8AA 1G7OA 4K1FA 3HA9A 2OA7A 5F07A 6GSXA 2WFCA 3HKRA 4K0NA 1T4YA 4ZL7A 1G6YA 4DSSA 4PGTA 4MZBA 1URMA 4BWQA 1YZXA 3FW2A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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