3KCMA

The crystal structure of thioredoxin protein from geobacter metallireducens
Total Genus 36
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
36
sequence length
139
structure length
139
Chain Sequence
LEENPAPDFTLNTLNGEVVKLSDLKGQVVIVNFWATWCPPCREEIPSMMRLNAAMAGKPFRMLCVSIDEGGKVAVEEFFRKTGFTLPVLLDADKRVGKLYGTTGVPETFVIDRHGVILKKVVGAMEWDHPEVIAFLNNE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of thioredoxin protein from Geobacter metallireducens
rcsb
molecule keywords Thioredoxin family protein
molecule tags Oxidoreductase
source organism Geobacter metallireducens gs-15
total genus 36
structure length 139
sequence length 139
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-10-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3kcmA00
3L78A 4O7HA 2P5RA 1MDKA 2JL4A 3CYNA 1TW9A 3HJMA 1J0FA 3P8WA 4ECIA 3TJFA 1WRYA 2K8SA 2L4QA 2YWIA 1AIUA 2IPAA 2ON5A 2HNLA 4K7OA 4L0WA 1ERWA 1YEPA 3VWVA 4MZWA 4LL1B 4PQHA 8GSSA 3S9FA 4GCIA 1I5GA 2C3QA 2VCVA 2I81A 4ECBA 4G10A 2CZ2A 1ZL9A 2NBSA 2H74A 3KJYA 3QMXA 4MPFA 1O81A 3U6VA 1XCCA 2PN8A 2YOIA 4GSSA 4LLRA 2LQQA 4ZILA 3GKNA 2HRNA 3FHKA 3ZFLA 3LSZA 2FD3A 2TRXA 3QFAC 1A2JA 1EEJA 5F0GA 4ECCA 4WXTA 3E9JB 2AHEA 4O32A 1Z3EA 1HYUA 4GTUA 4IN0A 3LJRA 3F9UA 2LJRA 3V1WA 2IMFA 3F63A 3W6GA 1B8XA 3EE2A 2VIMA 5LD0A 2GVPA 12GSA 5G1KA 3C1RA 2PVOC 2H6ZA 4QL9A 3LYKA 4I8BA 3FEUA 4POKA 3MAKA 5D9WA 2REMA 3PH9A 5H5QA 3KXOA 3GSSA 1K0NA 1SKRB 5DDLA 3HKRA 1U3AA 3UOMA 3WT2A 5IMAA 4HU7A 3ZTLA 3CTFA 3EMXA 2XC2A 5IPGA 1SJZA 4LA1A 3ZZXA 5DVBA 4ECJA 2WDUA 4JU5A 4IELA 2GQKA 4KE3A 2H73A 4EC0A 1LBKA 1X5DA 1FB6A 2CZ3A 2B1LA 4F0BA 1SL1B 3BOAA 4Q5QA 2I1UA 4OCEA 3R2QA 5ECLB 4WR4A 3I6AA 2M80A 4EKZA 5A4VA 4IP6A 1THOA 4BWSA 2CT6A 4F03A 3Q6OA 3APOA 4PUAA 1FOVA 2G0FA 2IJYA 3IC4A 4ZB9A 2VLUA 1OYJA 1GSYA 5J41A 3F3RA 9GSSA 3CXGA 3TJGA 2F8FA 2JACA 4K6XA 1G7OA 4MJAA 4WETA 1A8YA 1A8LA 1SL2B 4HZ2A 1R26A 2YV9A 3PR8A 2NVLA 3EURA 5IMZA 3F6DA 3UAPA 3VI7A 1GSSA 4J2FA 4MDCA 4WBRD 1WWJA 1SJIA 3VLNA 3HHVA 1N2AA 4AF2A 1THXA 1X5EA 2IN3A 1Q4JA 4POMA 4K8MA 2FWHA 3QAGA 2ZNMA 2VM2A 1BYEA 2E2MA 1B48A 3D6IA 5A4WA 1YF0A 3US3A 2H6YA 3ZVJA 1Z7RA 1BEDA 2I3YA 2PGTA 2A4VA 2E2GA 4KH7A 1X9WB 4LL4B 3GX0A 3DYRA 3DVWA 3TGZA 2YZHA 2OE0A 3QOUA 1QXHA 3HVVA 2FWGA 3ME8A 4MH3A 3CSIA 4JR6A 2OA7A 1VF1A 2C3NA 2PWJA 1FVJA 1TOFA 3L9SA 3RBTA 3TB2A 1NW2A 2K8VA 4MABA 4TRXA 3WGDA 4I97A 1X9SB 5HR3A 2YV7A 4GWRA 1BJXA 5IQYA 3UL3A 5ECRB 1PX6A 1XW9A 3HXSA 3ZREA 5EPFA 3TRQA 1M0UA 1F2EA 4HJMA 1F37A 5INYA 3H4KA 1GL8A 2IMDA 3QPMA 5F06A 1Z5YE 2L6CA 1PSQA 5G2ZA 1M2DA 3KTBA 3VFIA 5F8BA 4V2LA 5IOWA 3G7IA 2KLXA 4MJEA 1A24A 3KM6A 3IOSA 4HQZA 4TR4A 3VK9A 5IMCA 3AY8A 2DJ1A 4X1UA 1G6YA 1EEMA 5J3RA 4H86A 3TKRA 3CTGA 4EL1A 3UBKA 2KP1A 2DC5A 5F07A 5D8IA 3VPTA 3DKSA 4TOPA 1Y6EA 5D73A 2H30A 4DSSA 16GSA 3Q18A 5G5EA 2C0FA 2I4AA 2LUSA 4XRDA 3ERGA 1WP0A 1AUCA 5IMDA 1HQOA 1NM3A 3IK7A 1SK2A 2HZEA 1TI3A 3G7JA 2YWOA 1TK5B 1SD9A 4XS4B 3D21A 2AAWA 1J9BA 2IIYA 3CRUA 5CRDA 3KEBA 4XHMA 3ISOA 2PVQA 3RAZA 5J4UA 4YH2A 3I9V2 2B5YA 5J9CA 1VF2A 3IBHA 1TRSA 3FR9A 2OBKA 4KCEA 3EYTA 1A2MA 1QGVA 3H1NA 3D5JA 2DJ3A 4I6XA 1MEKA 1K0AA 2LJAA 4JR4A 5ID2A 4D73B 1UA5A 4JE1A 1M7TA 2R37A 3FR3A 1NHYA 2JZRA 3GH6A 1BAYA 3LEFA 2CQ9A 4KW6A 1O85A 2H1AA 1GNWA 3QFBC 4WEYA 4MF7A 6GSTA 1SL0B 3F4RA 3GSTA 3JCML 1E2YA 5E59A 2LV3A 2XBIA 3EU3A 4KNDA 2V6OA 2H0HA 3FYGA 3ZFBA 2TIRA 3M3MA 4ZL9A 3WT1A 4IKHA 4N0VA 3UIWA 1ILOA 3CRTA 4V2NA 4QQ7A 1M9BA 4TR1B 1SENA 3C8EA 2YCDA 2GDRA 1MDJA 1TK0B 3M0FA 4TXOB 2L57A 4XRAA 1B9XC 1SK0A 5CRGA 1F9MA 5IIZA 3DMLA 1VF3A 2H8LA 1VGLA 2WCIA 2CVDA 2MBTA 1V9WA 2H01A 1AQXA 3GL5A 1SKWB 2H76A 1BG5A 3DWVA 2X99A 1DE2A 2X8HA 4JZQA 4BVXA 4NXIA 1M99A 2LRTA 3G7YA 1NSWA 4OO4A 10GSA 4I2TA 4F9ZA 2WULA 2GS3A 2C0DA 2X8GA 2RIIA 2DBCA 2N5FA 4OCFA 4ISDA 4IBPA 2GGTA 4PUFC 2QGVA 2R4VA 1EOGA 4ACSA 3D0ZA 1U6TA 1O8WA 1USBA 4NHZA 1BQ7A 3L9VA 3M8NA 4K7IA 2LJKA 1XWAA 3M9KA 3PGTA 2F51A 1PRXA 2YZUA 4BL7A 1MD3A 2GT6A 3TRPA 2ZCTA 4IQAA 2IMKA 2VL2C 2GZPA 2KHPA 4ZB6A 4QL7A 3M1GA 2JSZA 1EWXA 2B7JA 5B8BA 5D93A 4AJ6A 1JLVA 5LNKe 2H71A 5G31A 5B6MA 3J7Yk 1IYHA 1S3DA 2B1KA 2DSAA 4MZCA 1WPIA 2NDOA 2L5LA 4L5LA 4XIHA 2X64A 2KUCA 1YKAA 2V2GA 2HRFA 1AAZA 4WR5A 1AXDA 3DD3A 1CQHA 1MTCA 3N9JA 2XPDA 2YP6A 2FLSA 2A2SA 5ECOB 3GMFA 2VD0A 3IXRA 1FVKA 1HNCA 4P3YB 3O76A 2WFCA 3ZIJA 2O89A 2B5XA 2V41A 2GZZA 2PBJA 1NHOA 1TU7A 1KBNA 2F8AA 4XTSA 4PX1A 4ILFA 1GSFA 4GSTA 1W4VA 5HR0A 1SKSB 4IJIA 4MP4A 1GNEA 1ERUA 1B4PA 1T4YA 2VLVA 4NMUA 1MD4A 4MMMA 1XPVA 3TJJA 2MMAA 3LG6A 3IDVA 4ZL7A 2HLSA 1GUHA 4FIWA 1ZGNA 5DAKA 1TRUA 2FA8A 4ML1A 1O6JA 3BCIA 3L0HA 3LWAA 2EIQA 3CSJA 4RUVA 4XS1A 1QFNA 14GSA 3C7MA 2J23A 5KN3A 4PGTA 1GTAA 1EV9A 4K0NA 2O7KA 2DLXA 1TJDA 1GLPA 3ZRDA 4ZB8A 5J9BA 3EMPA 4V1Ag 2X8CA 1XWKA 3H93A 5ECKB 1IYIA 3MNGA 3VWWA 3VPQA 1B4QA 1V2AA 2C0EA 3L4NA 5HFIA 4NV2A 4HI7A 4GLTA 2C1YA 22GSA 2CAQA 3TKSC 4TW5A 4KDYA 2CX3A 2L5OA 3GH9A 2VOCA 1GSEA 4E8EA 3IRAA 3KH9A 1T00A 4POLA 1GSDA 4BPYA 1JHBA 4EO3A 2LRCA 2HE3A 2L4CA 4HOJA 3GUSA 4K0GA 4NPBA 3ZITA 1XFLA 4EXJA 3RPNA 4FO5A 3ED3A 1OC9A 1PL2A 2JZTA 1QMVA 3OR5A 1PGTA 3HZ8A 5GAPD 1SJ6A 2LQOA 3KGKA 2R2JA 3HJOA 1AC1A 4TR0A 20GSA 3LFLA 1K0CA 1Q98A 3HA9A 2YWNA 4O92A 4F2IA 1OC8A 5DBQA 1U88A 3MSZA 2RM6A 1ZCPA 1EZKA 3ERFA 3A2XA 5IOXA 1T8EB 4I5QA 3FZ5A 1KTEA 1QK8A 1DBYA 5HFGA 5C04A 5CP1A 1XW5A 5ELAA 3UBLA 1V57A 3TKPA 4YAPA 3ZIVA 3WGEA 19GSA 5ECMB 4IHUA 1SK1A 4MJBA 4AJ8A 4BWQA 1R4WA 3EINA 4F0CA 1WJKA 4TVEA 1VRSD 4EDZA 4POBA 3EWLA 1G0TA 2VCQA 1PQNA 3KMOA 3NZNA 5KN2A 2BMXA 4GXZA 2H72A 4EUYA 1YDKA 1V40A 1GP1A 4DEJA 2O85A 3KMNA 1K3LA 1M9AA 4TR3A 4TN8A 1ZOFA 4PURA 5A4UA 2WB9A 4EDYA 4RQRA 2VD1A 3NIVA 5G1LA 1J08A 2HSHA 3RHBA 4L0UA 3IV4A 1RQMA 2JADA 3FW2A 2CA8A 4O5RA 4MH2A 1K0MA 3I43A 2MYGA 3A3TA 4V2MA 3TJBA 5JCUA 1XZOA 1EGOA 3GURA 2DJ2A 3GKKA 4NV5A 1O7UA 4PNFA 5D9VA 2NTOA 4NWYA 2KP2A 2FNOA 4OFNA 5DALA 3HCZA 4YAVA 2RUFA 4X0XA 4GSNA 2HXKA 5IM9A 3IA1A 1GLQA 5DJMA 1XWCA 1YEXA 3IHQA 2VLTA 5C00A 4DSSB 3DIEA 3TOUA 4WF5A 3O3TA 2IFQB 2M46A 1T4ZA 1OKTA 3A2WA 2BJXA 2HZEB 2AB6A 1KNGA 2O87A 1TTZA 1O8XA 2P31A 3EC3A 2N5AA 5JWRB 4ZL8A 5ECPB 5G30A 1GSQA 1JZOA 3BBYA 1VF4A 4XCSA 1S3AA 1YF1A 1ON4A 2DJ0A 4HJ2A 1TU8A 3ERWA 3FKFA 1T7PB 2LTKA 5H5SA 2MZCA 3J7Yb 2FY6A 2LKUA 4OFTA 1FAAA 2MBSA 1LU4A 6GSUA 4OWYA 4MF5A 2H75A 3FZ4A 3KD0A 4KGIA 5CNWA 2C80A 3UEMA 4IVFA 4YQVA 5ID2B 3F0IA 3KH7A 4N10A 4HU9A 5J5NA 5AIXA 5JWQB 4WF4A 1F3BA 3TRXA 5GSSA 1TKDB 4KCAA 4ZBBA 3W8SA 4L8EA 3KP9A 3DRNA 3KZQA 3IAM2 1Z6MA 2OE1A 3F4TA 1A0RP 2AUVA 2DIZA 1HNBA 1G7EA 2YJ7A 2FWFA 5IMVA 3D22A 5HQPA 2OACA 3DEXA 3ME7A 2R6KA 3Q74A 3GKMA 3GIXA 2C0GA 4OFMA 2H1DA 5KN0A 1GULA 1JFUA 3UVHA 2JU5A 1PKWA 1DE1A 1CQGA 2CX4A 4BA7A 3TJKA 3E0UA 5DJLA 3UMAA 2E0QA 3VWXA 1W89A 4HZ4A 3TDGA 2ES7A 2YWMA 1ACVA 3FK8A 5HR1A 1ZZYA 3KCMA 1OAZA 1B9YC 6GSXA 4J56E 2DIYA 4N11A 3KIJA 3GA4A 2OE3A 2YPMA 3GFKA 2FCHA 1X9MB 5JCWA 6GSVA 1F3AA 2XHFA 5HFKA 2DJKA 5ECQB 2CVBA 3LYPA 3E3EA 1LJRA 2AJQB 1QQ2A 1T1VA 1JLWA 1SU9A 5L71A 2TRCP 3VURA 2PERA 1TDIA 2QC7A 2OADA 2GT5A 3GTUA 3ZVJD 1JZRA 4ZIJA 2VCWA 4KSOA 1M2AA 1T3BA 3CSHA 1ABAA 5EL8A 18GSA 3ZLPA 2WZ9A 1UVZA 2HI7A 2VL9A 2H0IA 1OKDA 4KAEA 4N30A 2WS2A 1GUKA 2GSSA 3MWHA 1WIKA 5GAND 2QKEA 4DVCA 3FZ9A 2P0GA 4TXVA 2LSTA 4GRFA 5GSTA 4DSQA 1EOHA 3CMIA 2FWEA 4KB3A 1JZWA 3H79A 2LS5A 3EVIA 1WMJA 2ZUPA 5B7CA 3DXBA 2LNTA 1Z6NA 2VL2A 3GRXA 4DSRA 1I9DA 1GWCA 1V58A 1WOUA 3GHAA 4BVYA 5AGYA 1SD8A 3A2VA 4CDOA 2O8VB 2LEGA 1OVNA 1GTIA 1AQWA 4FYBA 3FZAA 13GSA 3HJPA 1GSUA 3ZL5A 3EU4A 5EY6A 1V98A 2IMEA 2ALBA 4ID0A 5IO2A 5DAKB 3UVTA 2MMOA 4RI7A 3HD5A 1GTBA 1R5PA 2RLIA 4K2DA 2H6XA 2H1BA 3N5OA 2L59A 2P5QA 4OMVA 6GSSA 2H1GA 2YANA 4RI6A 2B7KA 2B6MA 2RM5A 3HVXA 5A5KA 4JBBA 1ERVA 1N8JA 3F4SA 1F6MC 2H19A 2E7PA 5CRWA 1MDIA 3DVXA 1RK4A 1U3IA 4AGSA 4G19A 2R3XA 3UJ1A 1GH2A 3BJ5A 5KEJA 1OC3A 4FH8A 1Z9HA 5AN1A 3CBUA 5EVOA 2GZYA 1C72A 1DUGA 1TP9A 5CYYA 3G9BA 3WYWA 2D2ZA 5FWGA 3F6FA 5DQYA 4IQ1A 3LXTA 5GZZB 17GSA 4EVMA 2V6KA 2R5GA 1PKZA 3D4MA 4MK3A 2EC4A 2JZSA 4N0ZA 4L5OA 2C8UA 4HS1A 3PINA 3D4TA 4HQSA 1OC9B 4K9ZA 5LCZA 2H70A 3ZMLA 4IP1A 3TKSA 2IMIA 1X5CA 3LQ7A 2XPEA 1GRXA 2FGXA 3GX8A 3C73A 3UARA 4LMVA 4KX4A 1XBSA 5AIVA 3VWUA 5B6NA 3GN3A 3TKQA 3LGCA 1WE0A 4Q5NA 4AJ7A 5ECNB 5CRHA 5CREA 1RW1A 1UC7A 2GTUA 2HYXA 4G9HA 1A2LA 1O73A 4OD7A 3KP8A 3RHCA 4LMWA 3ZMKA 1PA3A 1URMA 5IO0A 2MMNA 1EGRA 2EIOA 3HY2A 1PL1A 2K6VA 1K0OA 2OBIA 2C3TA 5H5RA 1XVWA 4HEA2 5FT3A 3P90A 1JZDA 4PQIA 3QCPA 1AQVA 1PD21 3DGQA 4JEDA 2FHEA 2NPBA 1FHEA 1XOBA 4EF0A 2CV4A 3QDNA 4MA9A 5IPHA 3HZ4A 3K8NA 2PPTA 5B8AA 2VUPA 2L6DA 1TI1A 3P7XA 5JCGA 4XS6A 2CAIA 1YKCA 1A0FA 3QD9A 2VAFA 5ECIB 1TRVA 5DQSA 3FRCA 5D9TA 2XBQA 4GF0A 2C4JA 2V32A 1XWGA 2A2RA 2K18A 1K0BA 2PUKC 2FUG2 3U5RE 3P2AA 5ECHB 3RPPA 5IMFA 3RDWA 1S3CA 2VCZA 2H0GA 2VL3A 2Z9SA 3A5WA 1U87A 5E4WA 1FB0A 1Z7PA 3M9JA 2B3SA 4Z7XA 1QUWA 3NOFA 5DALB 4KDUA 3ZYWA 2PMTA 2YJHA 3LORA 1H4OA 3IAS2 4IS0A 1PX7A 1XXUA 2VCXA 4MCUA 2IWTA 5ABRA 4FYCA 2GSTA 3FY7A 3IR4A 1HNAA 3APQA 1K3OA 2M72A 4GQFA 4F82A 1M2BA 3O6TA 1R5AA 2VM1A 2QSIA 4KUNA 3GNJA 4X43A 1UN2A 4K1FA 5ENUA 1ERTA 2JSYA 4E8HA 5CAXA 1K3YA 2YN1A 2K9FA 3QAWA 4OO5A 2GSRA 3GKXA 2WRTA 3C1SA 1G6WA 1ZYEA 4ULXA 4MF6A 4FYUA 5JWOB 2MMZA 3APSA 3HDCA 4YQMA 4HUAA 3VI5A 3IPZA 2DMMA 2F9SA 1ML6A 2HZFA 4MJCA 2ON7A 4KDXA 4IJ3A 4ZBAA 6GSWA 1AW9A 1XIYA 2HT9A 4HDEA 3L9UA 7GSSA 1X0RA 3KTLA 1GUMA 1ZMAA 2IL3A 5D9XA 5CO3A 2OKAA 4TKYA 4MZBA 2EIRA 2IFQA 3Q19A 2DJJA 5KN1A 4PXOA 2WGRA 1FG4A 4ML6A 2J9HA 4RQXA 1FW1A 2PU9C 3IE3A 2GLRA 2G2QA 4Q5FA 1FO5A 1PMTA 4PQ1A 2GQMA 4G2EA 2RUEA 2GSQA 5ECSA 3SWLA 1GTUA 4V1Ap 3I69A 3F8UA 4IGJA 5D96A 3HVSA 2HFDA 1KEBA 2KOKA 4XS4A 2BTOT 1YY7A 1A23A 3LXZA 2FA4A 1SYRA 1OE8A 3SBCA 4KSMA 3F3QA 2AV4A 4J57E 5DCHA 3QR6A 3GYKA 4MLYA 3TKSE 3IK9A 3HYPA 5HR2A 11GSA 1R7HA 2HSYA 3MDKA 4WKWA 4KA0A 1EP7A 5FHIA 4D73A 4PNGA 2GQLA 1XVQA 1E6BA 4NAXA 1EP8A 3C71A 4MPGA 2WJUA 2N5BA 5COHA 1YJ6A 5DCGA 1TXXA 2VO4A 5F05A 1XOAA 2LRNA 3WD6A 2F3MA 1ST9A 1PN9A 1EV4A 3GL3A 5ELGA 1H75A 1XWBA 3GTUB 1OE7A 4CHSA 3FR6A 1TK8B 1ZYQB 4GQCA 2V1MA 5AISA 2DMLA 1Y25A 4IW9A 3H8QA 2YNXA 2B5EA 3WGXA 1DSBA 4TR1A 1TRWA 3QAVA 3TCOA 3TOTA 2AYTA 4CW9A 2I9HA 4JRRA 4TXOA 2OJLA 1SYXA 2LNSA 4EE0A 2CVKA 4NHWA 4I2UA 1YQ1A 1HD2A 3GV1A 1BX9A 1XW6A 3W8JA 3BCKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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