3KEBA

Thiol peroxidase from chromobacterium violaceum
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
EDFWVQYGDEMLPVIGDFPRKGDYLPSFMLVDDQKHDAALESFSHTPKLIVTLLSVDEDEHAGLLLLRETRRFLDSWPHLKLIVITVDSPSSLARARHEHGLPNIALLSTLRGRDFHKRYGVLITEYPLSGYTSPAIILADAANVVHYSERLANTRDFFDFDAIEKLLQEGEQQA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title X-ray crystal structure of thiol peroxidase from Chromobacterium violaceum
rcsb
molecule keywords Probable thiol peroxidase
molecule tags Oxidoreductase
source organism Chromobacterium violaceum
total genus 55
structure length 175
sequence length 175
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 1.11.1.-:
pdb deposition date 2009-10-25
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3kebA00
1SL2B 1ON4A 1GUHA 2IMIA 1HNCA 2HRFA 1O81A 4HJ2A 1UA5A 1DBYA 4FYUA 3UBKA 5EL8A 5CAXA 5GSSA 2F8FA 1Y25A 2R6KA 3RHCA 5J9BA 5IPGA 2XC2A 3E0UA 2RUFA 3VPTA 3KTBA 2HZEA 1PL2A 3I6AA 4KSMA 4N10A 2HNLA 2KP2A 3VFIA 1PQNA 4YQUA 2B1LA 5ELAA 1Z7RA 2YWMA 2JL4A 3ZL5A 4POKA 1WOUA 1GUMA 1XOBA 2GSRA 2NBSA 4GWRA 2VIMA 1AQVA 3APOA 3LWAA 5B6NA 3H1NA 4V2LA 2FWGA 3BJ5A 1EZKA 1FB0A 5JWRB 2IMEA 4G10A 3IK9A 2H0GA 4EDYA 3QD9A 3HD5A 1TRSA 3V1WA 2OKAA 1TRWA 3H8QA 1K3YA 3W6GA 3IV4A 5D73A 20GSA 5AISA 3FHKA 2X8CA 2HFDA 3TGZA 1B9XC 4V1Ag 3UAPA 1NHOA 2TIRA 3TOUA 5HFKA 2VAFA 5JCGA 2NDOA 5ID2A 18GSA 1GLQA 3WGXA 4PXOA 3MAKA 1U87A 5IO0A 2OBKA 2L4QA 1KEBA 1GP1A 2WZ9A 3F3QA 3F6DA 2HT9A 2LV3A 4KDUA 3GNJA 3GIXA 4PX1A 2YJHA 1OC3A 3WT2A 2ZCTA 3CTFA 3F6FA 3DWVA 2YOIA 3CXGA 1O7UA 3TB2A 3TJGA 2IMDA 2R3XA 4K9ZA 1ZOFA 2A2RA 3M0FA 4MDCA 3C71A 4QL7A 4JU5A 4F0CA 1EP7A 2I4AA 4I6XA 1TKDB 5D9XA 1W4VA 3ISOA 1USBA 4NPBA 4MP4A 1U3IA 2MMAA 3QAGA 3Q6OA 1SU9A 3RBTA 4HZ2A 5G30A 5CRHA 1XVWA 3KXOA 2ZUPA 3L9SA 1OC8A 3RDWA 5IPHA 3GX0A 1AIUA 3P7XA 1V57A 1GTUA 1AW9A 2H1GA 3CSJA 1PKWA 3U6VA 3WT1A 2H1DA 1HNAA 5D93A 3CSHA 4OCEA 2PVQA 4BA7A 4IBPA 2N5FA 3C1SA 1AUCA 5CYYA 2CAQA 4DSSA 1OVNA 3LYKA 1W89A 4PNFA 2H74A 1TDIA 5IM9A 1K0DA 5DJLA 4ZL8A 3HJMA 3US3A 1XW5A 1GH2A 1TI3A 3UBLA 1BJXA 3TRXA 3EYTA 2VO4A 4HDEA 5LCZA 1GLPA 1Q98A 1UVZA 1F9MA 5H5SA 3TJJA 2VLVA 3HDCA 2BJXA 5DVBA 2YPMA 3IC4A 3KIJA 3LYPA 4O7HA 5J3RA 4XIHA 1A2JA 1SJZA 1X9MB 1XVQA 1AXDA 2DC5A 1ILOA 1A2MA 4Q5FA 1YF1A 1VGLA 4YQMA 2MBSA 1YJ6A 1XW9A 1A0RP 3LEFA 17GSA 3DVXA 3FK8A 1WMJA 4LA1A 1IYHA 4EC0A 1ERWA 3IXRA 4JBBA 4KH7A 1C72A 3IDVA 4XHMA 1JLWA 3ZRDA 4F0BA 2OJLA 3DMLA 3P2AA 2LSTA 2LNTA 4NXIA 4F2IA 3CRUA 4FYCA 3WGEA 2ZNMA 3F4SA 4RI6A 1ML6A 3KTLA 4OO5A 1XFLA 2LRCA 2CX3A 4PGTA 1A0FA 2QC7A 1SKRB 2LRTA 2RIIA 1FOVA 2X8GA 1GSDA 5LD0A 3HJOA 1TI1A 3GX8A 2H19A 2ALBA 2YN1A 2KUCA 3HYPA 1A8YA 1R4WA 5B6MA 2K6VA 5E59A 3EWLA 2M46A 2X99A 4MPGA 4RI7A 1GSUA 1O85A 3QAWA 5B7CA 1PX6A 2MMOA 3MNGA 3ZZXA 1N8JA 3BBYA 3DIEA 2G2QA 3M8NA 4EUYA 1HQOA 2P0GA 2WRTA 4ZBDA 5H5QA 3N9JA 1NSWA 1QMVA 4KB3A 2IJYA 4EO3A 2QGVA 3HVSA 5ECLB 2OBIA 1THXA 2H73A 2VCWA 2G0FA 4HI7A 3L0HA 4QQ7A 3H79A 2VL2A 5GAND 1EGRA 3VWWA 2K8SA 4GTUA 1ZCPA 3LORA 1X5CA 2CVBA 1A8LA 2P5QA 5EY6A 1QK8A 3S9FA 1T8EB 4GSTA 4ZB9A 1A23A 1GUKA 4XS1A 2B1KA 2WGRA 1NW2A 3G7YA 4WXTA 2MMZA 4XS6A 3KGKA 2DJ1A 2DIZA 4N0ZA 1X9SB 2RUEA 4IJIA 1HYUA 5HFGA 1BAYA 1R5AA 1U6TA 2XBQA 5EPFA 2YV7A 4ECCA 4EKZA 2MBTA 3TKQA 2FY6A 2KP1A 2OA7A 8GSSA 2HYXA 4ISDA 1Z5YE 4GSNA 3QPMA 4XCSA 5INYA 2PGTA 2FCHA 4ZL7A 4MF5A 4EXJA 4K7OA 3RAZA 4TN8A 4WR4A 11GSA 1BEDA 2IFQA 4TKYA 1XWCA 5FWGA 3DEXA 4KCEA 4NAXA 4HJMA 5HR1A 5C00A 5D9TA 2H75A 3GA4A 3A2VA 3E3EA 3L9UA 1XW6A 1PD21 3ZIVA 2B5YA 2PMTA 3RPNA 2H6XA 3CYNA 1G6WA 1VF4A 3LGCA 3HZ4A 5HR2A 2BMXA 4JRRA 1FO5A 2C3NA 1FHEA 2MMNA 1QUWA 1GSSA 5JCWA 3EMXA 2KLXA 3TJBA 1SL1B 2IWTA 3ED3A 4J57E 1TRVA 1QFNA 1ERVA 4BPYA 2XPDA 4NHZA 1PKZA 1R5PA 2ES7A 2H1BA 1GRXA 4D73B 4KAEA 4WF4A 3EU4A 2I3YA 1Z6NA 4I2TA 2A4VA 1XOAA 2C1YA 4YQVA 1PMTA 2V6OA 4ECIA 1FVJA 4TOPA 1M2BA 3HXSA 4MH3A 4OFNA 1M2DA 1PX7A 3P90A 3BD2A 5F0GA 5IQYA 1EOGA 6GSVA 3IK7A 4ILFA 3J7Yb 3ERWA 4JE1A 1F3BA 2X64A 4I8BA 1PRXA 5CP1A 2HZEB 1H4OA 3ZIJA 5IMAA 2H1AA 3IA1A 4PUFC 4OMVA 2J9HA 4ML1A 1XWKA 5EVOA 2EIQA 2CAIA 5CO3A 5DJMA 1B8XA 2GTUA 2JSZA 1KBNA 3NZNA 4WEYA 5H5RA 3TOTA 4POLA 2WFCA 1ZYQB 2F8AA 3Q18A 2YNXA 1HNBA 1T1VA 2YZUA 4O5RA 4X0XA 3ZITA 1SK1A 4ECJA 2FWEA 4BL7A 4NWYA 1ERUA 2JADA 3GH9A 3N5OA 1S3CA 5GAPD 2VCVA 2IMKA 2VCTA 2E2MA 1SKWB 4IVFA 1YEPA 3MDKA 2B7JA 1RK4A 3IAS2 2LS5A 2NVLA 2L57A 4E8HA 1OKTA 2LJRA 3QCPA 1LU4A 1JZOA 4MLYA 4TXVA 4XRDA 4HQZA 1A2LA 2GZZA 4WF5A 1OC9A 4ZB6A 3EE2A 1VRSD 5A4WA 5ID2B 3IAM2 2FA4A 4KNDA 10GSA 2QKEA 3CMIA 2EC4A 3R2QA 2DSAA 5ECKB 5C04A 4BVXA 5G1KA 2VCZA 3TRQA 2VL2C 1VF3A 4ZXGA 3TKRA 4QL9A 2L6CA 1T4ZA 2TRXA 2GQKA 4F03A 3FEUA 1V9WA 1GTAA 5F06A 3TKSA 3H93A 5GZZB 3IPZA 3KP8A 1MDIA 3KP9A 3G7JA 3TKPA 5DDLA 2L59A 2YWOA 4WETA 3GKNA 4PNGA 2I1UA 3O6TA 3RHBA 4LL4B 3C1RA 4K0GA 4TR3A 2MYGA 1OKDA 4AGSA 1AAZA 2VM2A 4JR6A 3ZREA 5HR0A 2YJ7A 1B4PA 1GNWA 6GSWA 2I81A 2PERA 4EF0A 3KEBA 1SD9A 5G31A 5J9CA 4RQRA 2H6YA 2O8VB 2GVPA 3HVXA 4MJBA 3GRXA 1BYEA 1YF0A 3HHVA 3ZVJA 4PQHA 5DAKA 4F82A 4V2MA 3M1GA 2L5LA 3GKKA 4BWQA 4F9ZA 3QDNA 1XIYA 1XZOA 5IIZA 5IO2A 4DSSB 2PN8A 2D2ZA 4MJCA 3GKMA 2GT5A 2WDUA 4FO5A 2R37A 1OE8A 5KN2A 4ZILA 4LL1B 2AV4A 5HFIA 3FZ9A 3CBUA 1BX9A 4MK3A 1TJDA 1X5DA 1A24A 3ZMLA 5ECSA 2J23A 19GSA 4TXOA 3BCKA 4CHSA 1ZZYA 2NTOA 1V40A 14GSA 1WIKA 2XHFA 1Z3EA 1T4YA 1DE2A 5D96A 3WD6A 1R7HA 1JLVA 4OWYA 5ECHB 3F8UA 2PBJA 3PGTA 4MA9A 4Z7XA 2H72A 4IELA 2L5OA 1EEJA 4NHWA 5ECOB 5ECRB 2VLTA 1XPVA 4X1UA 1RW1A 2PU9C 1YDKA 4JZQA 2V1MA 3Q74A 4JEDA 4HEA2 4H86A 3F4TA 2NPBA 1K0OA 2HI7A 2L4CA 1OAZA 1WPIA 4AJ7A 4TR4A 5E4WA 3TRPA 3GTUA 4E8EA 2JZTA 5ENUA 3I69A 1V98A 4YAPA 3TCOA 1DSBA 4PURA 3QAVA 2OE1A 1B9YC 4AJ8A 3ERFA 4PQIA 3IOSA 1H75A 3GN3A 5KN0A 3VURA 2H0HA 1M9AA 3LSZA 3HZ8A 4KX4A 5G5EA 5J5NA 5COHA 5CREA 4K6XA 4NV5A 2FNOA 3MWHA 2AAWA 3UOMA 4LMWA 3A2XA 2C4JA 4ZBBA 2I9HA 2C0DA 2L6DA 2JZSA 3LJRA 1Z9HA 3GUSA 3L78A 2VM1A 2LEGA 2AHEA 1XWGA 4KUNA 2GSSA 1FB6A 5CRGA 4KA0A 6GSUA 4HZ4A 5IMZA 2LUSA 3F3RA 2OACA 3GL5A 1IYIA 4Q5NA 2GZPA 2RM6A 2GLRA 4MCUA 3VLNA 2GS3A 4ZL9A 1GNEA 1O8WA 1GSQA 4YH2A 1G0TA 1R26A 3I9V2 2LRNA 2FHEA 3UJ1A 1SL0B 2OADA 4L8EA 4XS4A 1K3LA 3FKFA 2JACA 5ECIB 3D0ZA 4PQ1A 2DLXA 4IP1A 1FAAA 3NOFA 2C0GA 3D22A 3M3MA 1I9DA 4GSSA 4MF7A 2YZHA 2EIRA 1N2AA 1WE0A 4KW6A 2E7PA 4L0WA 1G7OA 5AGYA 4I97A 3GKXA 2IFQB 4YAVA 2LJAA 2GDRA 1I5GA 6GSTA 2FD3A 1URMA 3FZ5A 1K0NA 2P31A 3ZTLA 3EINA 4NV2A 4O32A 3FR3A 4WBRD 6GSSA 5GSTA 7GSSA 4HQSA 5FT3A 1UN2A 1U88A 2XBIA 2V6KA 3APQA 5G5FA 2DBCA 1PN9A 2AUVA 2XPEA 3SBCA 3QOUA 2O85A 4IN0A 1JZRA 1LBKA 1ZYEA 3IE3A 3A3TA 3JCML 1TK8B 2JSYA 1F2EA 2YWIA 4Q5RA 5L71A 2FWFA 4MF6A 4FH8A 2C3QA 2K9FA 3TKSE 2O87A 2FUG2 3D6IA 3C7MA 1XWAA 4FIWA 2AJQB 5F07A 4IHUA 4N30A 1T7PB 1F3AA 1EGOA 3FW2A 3UIWA 2HE3A 1EP8A 4IQ1A 4MH2A 2IMFA 1TK5B 2C0EA 2LTKA 3P8WA 1AQXA 4J2FA 3HCZA 4JR4A 1K0MA 3HY2A 4OFMA 5G2ZA 2QSIA 2DJKA 5LNKe 1K0AA 1OE7A 2CT6A 1SJIA 1M7TA 2X8HA 3UMAA 3PINA 1TU8A 4ID0A 1O8XA 3E9JB 2B7KA 1EOHA 3VWUA 4HUAA 2H76A 2VLUA 4LLRA 1WJKA 2IIYA 2C8UA 4EE0A 2C0FA 1EV4A 2MZCA 4GRFA 2M80A 2ON7A 2H71A 1J08A 3DKSA 1AC1A 3DYRA 3WGDA 3A2WA 4HS1A 1QGVA 4V1Ap 2LKUA 3KJYA 2H6ZA 3QFBC 1G6YA 1V2AA 3KM6A 2VUPA 1MD4A 5DCHA 1GTBA 2YWNA 2CVKA 2AYTA 4NMUA 3GL3A 3IHQA 2FLSA 5IMFA 5DALA 1OC9B 3VWVA 4N11A 5A4VA 1ZGNA 3HJPA 3APSA 2JZRA 4OD7A 3GMFA 4TRXA 1FG4A 5D9WA 5IMDA 5FHIA 3W8SA 1WWJA 1YQ1A 3L4NA 1CQGA 1JHBA 5ABRA 4OFTA 4XRAA 1THOA 1QQ2A 5KEJA 1F6MC 2B3SA 2GGTA 4I5QA 3G7IA 1YKCA 3HKRA 3EMPA 2V32A 2HLSA 1S3DA 1YZXA 2DJ0A 2IPAA 3A5WA 2H70A 2N5BA 2V2GA 4LMVA 4OCFA 4TR1A 2GQMA 2VD0A 3LXZA 3KH7A 3VI7A 3ZFBA 1E6BA 1LJRA 4HU7A 2FGXA 3UL3A 1J9BA 4TW5A 1NM3A 1GSFA 13GSA 4K2DA 2RM5A 3GHAA 4GXZA 4K1FA 1ZMAA 1XXUA 3LXTA 1TK0B 3ZFLA 5D9VA 4O92A 5HR3A 2JU5A 5DAKB 3OR5A 3EU3A 1JFUA 2DJ3A 4OO4A 3VPQA 3QR6A 5KN1A 3KMNA 4MZBA 5IMCA 1TRUA 5AIXA 3PR8A 2LJKA 1T00A 2VCQA 4FYBA 1EWXA 1GSEA 4HU9A 3SWLA 2VCXA 5F8BA 5AIVA 5ECMB 1SD8A 4XTSA 2VL3A 4HOJA 3DD3A 2HXKA 2YP6A 2TRCP 1Z6MA 3I43A 4TXOB 1GSYA 3QFAC 5A5KA 4TR0A 4IGJA 3VI5A 1PL1A 1XBSA 2H0IA 3BOAA 1TOFA 4X43A 3RPPA 2CV4A 3TJFA 1V58A 2LNSA 1XWBA 4BWSA 3ZMKA 3H4KA 1YKAA 3D4TA 1X5EA 1K0CA 3BCIA 4ECBA 1TP9A 2REMA 2IN3A 1YY7A 2WB9A 1MD3A 4N0VA 1E2YA 2LQOA 1ERTA 3C73A 3GV1A 2DIYA 5CRWA 3GTUB 4GF0A 3DRNA 4POMA 1YEXA 3DXBA 1Y6EA 3FY7A 1ACVA 2AB6A 1DUGA 1T3BA 4GCIA 3IRAA 2CA8A 4ACSA 3G9BA 3LG6A 3PH9A 1U3AA 3WYWA 2HZFA 4K7IA 1O73A 4KSOA 1EV9A 2H66A 2M72A 5JWQB 22GSA 5HQPA 2BTOT 1ABAA 5AN1A 4PUAA 3F0IA 2EIOA 3FZAA 1MDKA 2CQ9A 2ON5A 4BVYA 3KCMA 4EL1A 5KN3A 4RUVA 1B4QA 3GFKA 3GSTA 4GQCA 4MPFA 2IL3A 4K8MA 2WCIA 4IP6A 1XCCA 1SYXA 1AQWA 1M0UA 1Z7PA 1QXHA 4ZIJA 2DMMA 1FVKA 2WJUA 2HRNA 2KOKA 9GSSA 3M9JA 3UVHA 2GQLA 3GH6A 2C3TA 1TU7A 1J0FA 1O6JA 5ECQB 2P5RA 4XS4B 4ZBAA 5DCGA 1KNGA 4WBJA 2GSQA 2DMLA 1MDJA 1NHYA 1KTEA 3TUEA 2FA8A 3MSZA 2GT6A 1UC7A 4ZB8A 3EC3A 3FZ4A 4IS0A 5DQYA 5IMVA 4GLTA 2FWHA 1BQ7A 3L9VA 4IKHA 3UEMA 3TKSC 2PUKC 1MTCA 1SENA 4DEJA 1FW1A 4EDZA 4G2EA 3FYGA 2RLIA 1TW9A 2VD1A 2F9SA 4I2UA 4MZWA 3KMOA 2R5GA 3HVVA 5ECPB 2CVDA 1GULA 1WP0A 5D8IA 1F37A 3IBHA 3O76A 4L0UA 4P3YB 1GWCA 1M2AA 3QMXA 2H8LA 2GZYA 16GSA 1VF1A 4ULXA 2CX4A 4GQFA 4K0NA 4IQAA 5DQSA 3HA9A 4MABA 3K8NA 3F9UA 6GSXA 3FR6A 1BG5A 1EEMA 4CDOA 2YCDA 1VF2A 1Q4JA 2PWJA 1TXXA 5G1LA 2B6MA 4MJAA 1SK2A 2E2GA 2O89A 1PSQA 1CQHA 4K7NA 2VL9A 2O7KA 4J56E 5A4UA 1ZL9A 1ST9A 5J4UA 4DSRA 2KHPA 2V41A 1MEKA 3ME8A 3NIVA 5DBQA 3FR9A 4TVEA 3KZQA 2H01A 3D4MA 3J7Yk 1TTZA 4DSQA 1X9WB 5IOXA 5IOWA 4G9HA 4L5OA 3LQ7A 3EVIA 2A2SA 3AY8A 6GSYA 4POBA 3FRCA 2LQQA 2F51A 4KDXA 2VOCA 5B8BA 3UARA 1PA3A 2Z9SA 3UVTA 3Q19A 5F05A 1K0BA 2H30A 2F3MA 4KE3A 3ZYWA 3F63A 2YV9A 1GTIA 1RQMA 3C8EA 1G7EA 2GSTA 3GURA 3DGQA 2N5AA 4KDYA 1SKSB 1M9BA 2HSHA 2DJ2A 3DVWA 3D21A 12GSA 2CZ2A 4G19A 2C80A 2B5EA 4RQXA 3CSIA 2OE3A 5CNWA 4MJEA 5B8AA 2CZ3A 1PGTA 3F4RA 3W8JA 3ZVJD 1JZDA 1K3OA 2R2JA 3M9KA 2YANA 5ECNB 2E0QA 3ZLPA 3TDGA 3D5JA 4AF2A 5JWOB 1HD2A 3GYKA 1SK0A 5DALB 1SJ6A 2K8VA 2PPTA 5JCUA 4CW9A 3O3TA 4MZCA 4DVCA 4EVMA 3CTGA 2WS2A 4ML6A 1SYRA 3VWXA 4WR5A 3EURA 3CRTA 4KGIA 4L5LA 4IW9A 4KCAA 4AJ6A 1GL8A 1S3AA 2WULA 5CRDA 4MMMA 1X0RA 5ELGA 2B5XA 1OYJA 3IR4A 3TJKA 4V2NA 3VK9A 3U5RE 3KH9A 3GSSA 2OE0A 2R4VA 4IJ3A 5J41A 2PVOC 1M99A 3ME7A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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