3KP8A

The thioredoxin-like domain of a vkor homolog from synechococcus sp.
Total Genus 29

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
29
sequence length
94
structure length
94
Chain Sequence
SPLAVGLAAHLRQIGGTMYGAYWCPHCQDQKELFGAAFDQVPYVECSPNGPGTPQAQECTEAGITSYPTWIINGRTYTGVRSLEALAVASGYPL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Oxidoreductase
source organism Synechococcus sp.
publication title Structure of a bacterial homologue of vitamin K epoxide reductase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords VKORC1/thioredoxin domain protein
total genus 29
structure length 94
sequence length 94
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-11-15
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3kp8A00
4WR5A 4BA7A 4ML1A 1FVJA 3GKMA 5J9CA 4F03A 1XVWA 4F9ZA 2HLSA 2PMTA 3P8WA 2C0EA 6GSTA 2C3NA 2CAIA 2YZHA 1XWCA 4KDXA 5CRHA 2MBTA 4I2UA 1K3OA 3GNJA 3SBCA 3VWVA 5J4UA 2OJLA 5F0GA 3ZYWA 1T3BA 2WDUA 2JACA 1GUMA 1EEJA 3F6FA 3EYTA 3I69A 3EC3A 1A0FA 1FVKA 1Q98A 2GQKA 2H0GA 3E9JB 1PA3A 5D9VA 3C73A 2AUVA 3IPZA 18GSA 1TKDB 1AQVA 1FHEA 5HFGA 2N5BA 3WGEA 1K0NA 1DBYA 2FWEA 3IBHA 1WJKA 4KNDA 5D8IA 1BYEA 2BMXA 3P7XA 16GSA 4RUVA 3ZFLA 4POBA 1M2AA 3EU4A 1THXA 1LJRA 2H71A 1GSUA 1KBNA 1E2YA 2MMOA 1R26A 2GS3A 3UARA 2IMEA 2WS2A 3VPQA 1ZMAA 1FAAA 5IPGA 2QKEA 3CMIA 2WZ9A 3GMFA 1PX7A 3BBYA 3IRAA 2H74A 2ES7A 2VLUA 2IN3A 2H66A 3G7JA 1GL8A 1M9AA 1XZOA 2R37A 2CZ3A 1XWAA 1LBKA 4EUYA 5IMAA 3F9UA 4EKZA 3ED3A 3LJRA 5ID2A 1U3AA 1U87A 2LRNA 1PL2A 3A5WA 2CX4A 4ZBAA 3I9V2 2REMA 4YQUA 3RAZA 2HRNA 4MZWA 4L0WA 4TR1A 4ID0A 2EIOA 4E8HA 3MSZA 1ERTA 5ECQB 1T7PB 5KN0A 3RPPA 3D5JA 3VI7A 2J23A 4ZL8A 2ON5A 4GLTA 2I3YA 2LQQA 3F6DA 1WWJA 2B6MA 1ZL9A 3HA9A 5B8AA 5HR0A 4HJ2A 2DJ0A 5J3RA 3LG6A 4MMMA 3GX8A 1JZWA 4ZB6A 3GSTA 3TJKA 4FH8A 2J9HA 3I6AA 1QUWA 2A2RA 4CDOA 5IQYA 4PURA 1S3AA 2HT9A 2GZPA 4HDEA 1MD4A 3W6GA 5A4VA 4OFTA 4KW6A 5F07A 3IAM2 3U6VA 1GH2A 5FHIA 4KSMA 4MP4A 5IMCA 1T00A 4I2TA 5KN3A 4PUAA 2OACA 5A4UA 3ZVJD 1NHOA 1M99A 3LWAA 3LXZA 3KZQA 4FIWA 1JLWA 1G6YA 4MH2A 3UIWA 3QR6A 4ULXA 1EP8A 4TR3A 1GRXA 3KP9A 3US3A 4D73B 3F3QA 2C3QA 1SK2A 2V6KA 3NOFA 2OE3A 4YAVA 3KTBA 1HNCA 5DBQA 2JZSA 2K18A 3G7YA 2K9FA 2XHFA 2IMFA 3FZAA 5JWOB 3IR4A 1RW1A 3GIXA 2DJ3A 1GUKA 1TU8A 1XVQA 4IP6A 3MAKA 3TOTA 3RBTA 2ON7A 1Q4JA 3HVVA 1NHYA 2WB9A 2CV4A 1O8XA 3TDGA 3TRQA 5DAKA 3ZL5A 5G5EA 2AJQB 3TKPA 3FR9A 3O6TA 2CX3A 3ZVJA 5A4WA 5F8BA 3EWLA 2C4JA 2C0GA 1PN9A 2H0HA 1B4QA 6GSYA 4OD7A 2H73A 1XBSA 2LJRA 4K1FA 5GAND 3GX0A 2AB6A 2O7KA 4K7IA 2VLTA 5IO2A 3HCZA 4Q5RA 4ECCA 3FY7A 3TJFA 1K0MA 2YPMA 2IIYA 1M2BA 3JCML 2CQ9A 3HVSA 2RIIA 3H4KA 1RK4A 2CAQA 3DEXA 3G7IA 2QGVA 5CYYA 2FWFA 4V2NA 2L59A 2H8LA 3LYKA 2ZUPA 5CO3A 3TJBA 1ON4A 1X5DA 3IK7A 4NWYA 2H1AA 4DSSB 2WCIA 2AV4A 4LMWA 3HJOA 2OKAA 3DMLA 2HZFA 2E0QA 3GKNA 1ZYEA 2L57A 1TI1A 1MDKA 1GNWA 2XBQA 4XHMA 2GSQA 3ZTLA 3M0FA 1K0BA 2HZEA 3D22A 5IOWA 4J57E 4KDUA 1CQHA 1Y6EA 4TOPA 4XS1A 20GSA 5IPHA 3TB2A 2DLXA 3BCKA 2H30A 4PQHA 5G31A 1R4WA 3L78A 3MDKA 4POMA 4HJMA 5ECRB 1A8YA 2VIMA 4G19A 1EWXA 3GFKA 4P3YB 4TRXA 2GSTA 2VL2C 1O7UA 3GL5A 2GZZA 2KHPA 1SU9A 2B7JA 3GKKA 2DIYA 5IM9A 2VL3A 1EV9A 1WE0A 1GUHA 4QQ7A 4OCFA 4MJCA 1G6WA 1K0CA 4YAPA 4IS0A 1X9WB 1GP1A 3UAPA 1GSEA 3TKQA 4EXJA 2H76A 1GNEA 17GSA 2YNXA 2B1KA 4TKYA 3WYWA 1ILOA 2VCXA 4TW5A 3F3RA 3KH9A 4XS6A 5ECNB 1SKWB 2FHEA 3WT1A 2X8CA 3ZLPA 5ECKB 3O3TA 1SD8A 2GDRA 1AW9A 4GSTA 1B48A 2OBIA 5DJMA 1SYRA 2XPEA 2IJYA 2YN1A 6GSXA 2A2SA 4KCEA 4KH7A 1AXDA 3E0UA 2L6DA 4N11A 2X8HA 3PGTA 4TN8A 1VF4A 2M46A 3Q19A 3W8JA 1QK8A 13GSA 1HQOA 2FNOA 4EDYA 1R5AA 3LXTA 2VCWA 1PSQA 4GSSA 2AYTA 2H0IA 2I81A 4Z7XA 4MPFA 1GSYA 4MF6A 2PWJA 4IQAA 4HS1A 1YQ1A 2VM1A 4JR4A 2WFCA 5HFIA 1KNGA 2R2JA 4ECIA 1I9DA 1Z3EA 1OAZA 2LEGA 4WBJA 3DVXA 1V57A 2FLSA 4WEYA 1OKDA 3TGZA 3QPMA 1ZYQB 3ZIJA 11GSA 1TOFA 1PD21 1Z7RA 3HY2A 2HXKA 4GWRA 2FD3A 1ML6A 5AIVA 3QCPA 1SYXA 2C80A 1ABAA 3Q6OA 1J08A 2R5GA 2YZUA 3TKSA 2LS5A 1ERVA 4AJ8A 2GT5A 3L0HA 4ZBDA 4HOJA 1GULA 2O87A 1C72A 5IIZA 2H1BA 3QFBC 5AISA 2B5YA 5GAPD 3D4MA 3FHKA 4HI7A 4JRRA 4KB3A 4ECJA 5ECMB 2GSRA 3HZ8A 1YKCA 1WPIA 2YWNA 3G9BA 2PBJA 4ZBBA 3L9UA 5DDLA 4WBRD 1K3LA 5C00A 4ZL7A 1O8WA 3I43A 3GRXA 4K7NA 5CNWA 1XPVA 4ZXGA 4HZ2A 4KA0A 3BJ5A 4KAEA 3TRXA 1OYJA 3CYNA 3MWHA 3C8EA 5IOXA 1O6JA 3LSZA 2HE3A 4MCUA 2E2GA 5ID2B 1AQXA 3EU3A 2LKUA 4OO4A 5ECLB 2VUPA 2IFQA 5INYA 5F05A 1T4ZA 3EINA 2RUFA 1TRWA 1X5EA 3AY8A 5KN1A 3WD6A 4K7OA 1R5PA 3FR6A 4J2FA 1AC1A 1FG4A 3KCMA 3IHQA 4GXZA 5HFKA 1W89A 4L5LA 5LNKe 3TCOA 1B9YC 4PQIA 2LJKA 2LNSA 2LQOA 2VAFA 2CZ2A 2VD1A 3C1SA 3DRNA 3DWVA 2L4QA 3CXGA 1SL0B 4NMUA 5DQYA 3NIVA 1F3AA 1DE2A 1S3DA 2XPDA 2QSIA 3IXRA 1B8XA 4PGTA 3VWXA 5ELGA 1U3IA 1YY7A 2GGTA 2OBKA 3C1RA 1AIUA 1TW9A 1T1VA 4V2MA 1JZDA 4YQVA 4F82A 2DMLA 4V1Ag 4IQ1A 5IO0A 2MBSA 3ZIVA 5E4WA 1XWKA 3M9JA 3CSJA 3WGDA 5B6MA 4KX4A 3CSIA 3FZ5A 1V9WA 3R2QA 4TR0A 1QXHA 4ML6A 5AIXA 5B6NA 2VD0A 4JBBA 2WRTA 2FA8A 2K6VA 5F06A 4I5QA 3IA1A 3PH9A 3A3TA 5DALA 2KP2A 1TRVA 2XC2A 4E8EA 2L4CA 1CQGA 2VCTA 1A24A 4KSOA 1QFNA 4PUFC 4TXVA 4NHWA 4BL7A 3ZITA 3F4SA 3PINA 1Y25A 3GN3A 3UBKA 4FYCA 2AHEA 4I8BA 4AJ7A 2GVPA 5G1LA 2LRCA 3M8NA 1FO5A 1T4YA 2OADA 2YWMA 1PKWA 1WMJA 2V32A 4K2DA 2KUCA 4N10A 3TRPA 1SL2B 3V1WA 4MLYA 1PQNA 1SK0A 4NV2A 1K0OA 4ZIJA 2PN8A 4RI6A 1M9BA 5HQPA 4MJBA 4KGIA 3F0IA 4MJEA 3UOMA 1EGRA 4K0GA 3FZ4A 4GSNA 2HNLA 1MEKA 2FUG2 3FRCA 4N30A 2B7KA 2H75A 1GWCA 5ELAA 4NXIA 3D4TA 3ZMKA 1EGOA 3ISOA 4GQFA 3W8SA 1NW2A 3N9JA 1BQ7A 3DVWA 1G0TA 1B4PA 1PMTA 1ZZYA 3FZ9A 3C7MA 4D73A 3GTUA 4OMVA 1E6BA 2KLXA 3ME7A 3EVIA 3GA4A 2F9SA 1SJZA 3DGQA 2DBCA 4BWSA 5LD0A 1B9XC 2DJJA 4ZILA 4XS4B 1SKSB 4FYBA 2IPAA 5G30A 5GSSA 3QAGA 1THOA 3VFIA 2C3TA 4WR4A 5HR1A 1MDIA 2EC4A 2MMAA 3D6IA 4JE1A 1XWBA 5CRDA 5DJLA 1A23A 1K3YA 4RQXA 4EL1A 1JZRA 3QDNA 2RM5A 4IJIA 5IMDA 5JWQB 4L8EA 2YJ7A 2YV7A 2H70A 1UC7A 5ECIB 3HDCA 4DEJA 2JZTA 3KMNA 4V2LA 1PX6A 4F0CA 1MTCA 3HKRA 4HU9A 4OWYA 2YJHA 3CRUA 2DSAA 5HR3A 4OFMA 2C1YA 4LMVA 3QAVA 2N5AA 5ECOB 2VLVA 4L5OA 1W4VA 3IDVA 3FR3A 2HRFA 3H93A 3DD3A 1QMVA 3HJPA 4MJAA 2K8SA 1MDJA 4MDCA 2KP1A 1TK5B 4LA1A 3N5OA 4HEA2 1PGTA 2OE0A 3F63A 5G5FA 4CHSA 2Z9SA 3HVXA 2JSYA 4IKHA 1OC9A 4O92A 4DSSA 1GLQA 1O85A 2FCHA 4BPYA 5G1KA 3VURA 1YDKA 4GTUA 1HYUA 3CSHA 1VF1A 3QOUA 1V2AA 2H72A 3KXOA 1J0FA 1HD2A 2LNTA 1A2MA 2VCZA 2M80A 7GSSA 3GUSA 2TIRA 3Q74A 9GSSA 1F2EA 3P90A 4IN0A 5ENUA 4K9ZA 2BTOT 3CRTA 4NHZA 4HQSA 4IW9A 1OE8A 1XCCA 3LQ7A 2FA4A 1EOHA 1Z5YE 4TXOB 1DE1A 4BWQA 3APSA 3DYRA 2XBIA 4L0UA 1PRXA 1TRSA 1SL1B 2HFDA 4MABA 3GH9A 2WGRA 5E59A 2E2MA 1TP9A 3NZNA 4YH2A 1TDIA 2V6OA 3UMAA 2LRTA 1TTZA 5ABRA 3J7Yb 1WIKA 5JCWA 3J7Yk 1BG5A 1TJDA 2H6XA 3UJ1A 3EURA 2CT6A 1F6MC 4ZB9A 2RLIA 4KDYA 3K8NA 4ZL9A 3M1GA 4EVMA 12GSA 3IAS2 3IOSA 1JZOA 2RUEA 2HYXA 5IMFA 3FKFA 4PNGA 4IBPA 4MF7A 1YF1A 3F4RA 2F3MA 4MPGA 5B8BA 4IHUA 4HU7A 2V41A 1F3BA 2P0GA 3D0ZA 3A2VA 3DIEA 3U5RE 3LFLA 1O81A 4IJ3A 4H86A 1AAZA 3GL3A 1O73A 3OR5A 3CTFA 2H1DA 2R4VA 4N0VA 1EV4A 4WF4A 2O89A 4WF5A 4F2IA 3LGCA 3APQA 5J41A 3ZREA 3FK8A 4MF5A 4HQZA 1K0DA 5ECPB 5J5NA 1ERWA 3BOAA 3IE3A 4WKWA 2QC7A 3GV1A 1Z7PA 3H79A 5JWRB 4TR4A 4IELA 2JADA 5JCGA 4RI7A 5CREA 2GSSA 1EP7A 2PPTA 5CRWA 1QQ2A 3ERGA 2O8VB 1V40A 1DUGA 4QL9A 5CAXA 3L4NA 2H01A 5COHA 4JU5A 1ERUA 3KTLA 2PGTA 4ISDA 2A4VA 2MMZA 2PVOC 3VK9A 1N2AA 2JL4A 5D96A 2GQLA 2CVKA 5DQSA 4KE3A 5IMVA 1JFUA 1ZOFA 1VRSD 2VCVA 3UL3A 4ZB8A 3ZRDA 1A0RP 4NPBA 2H6ZA 5L71A 3UVTA 1FB6A 2F8AA 4ILFA 2OA7A 4NAXA 1GSSA 2BJXA 4KCAA 1GTAA 2IFQB 1NM3A 1OKTA 1AUCA 4AF2A 3HHVA 3TKSC 1X9MB 1U6TA 4X0XA 4G10A 2D2ZA 3IK9A 5D9XA 2VL9A 5CRGA 2WJUA 2B5EA 5D73A 5GSTA 3E3EA 4EE0A 2JU5A 4GF0A 2YOIA 4TR1B 4POLA 1GSDA 2LSTA 1X0RA 2X8GA 2CVBA 3BCIA 1GTIA 2PERA 5FWGA 4LL1B 5G2ZA 5J9BA 3KMOA 2RM6A 1EOGA 4POKA 3CBUA 1V58A 19GSA 4Q5QA 4TVEA 1GTBA 4OFNA 4WETA 2I4AA 1XOAA 2YCDA 3M9KA 1UN2A 1J9BA 2B1LA 5D93A 3ZZXA 4XIHA 2YWOA 14GSA 4PXOA 1OVNA 3RHCA 2LJAA 1VF2A 4IVFA 6GSSA 5ECSA 1X5CA 4EC0A 4EDZA 4JEDA 4ECBA 3EMPA 3TJGA 4FO5A 5D9TA 3TOUA 3O76A 2PUKC 2V1MA 1EEMA 5DALB 3RDWA 1YEPA 2H6YA 1QGVA 1PKZA 1KEBA 3C71A 2IL3A 2GLRA 3FW2A 1R7HA 4O5RA 2GT6A 5IMZA 1TXXA 2EIRA 1H75A 2P5QA 1T8EB 3ERFA 3WT2A 1XW9A 2NTOA 2NDOA 2H19A 5H5RA 1S3CA 3VWUA 4DSQA 2L5LA 1XW6A 1BX9A 2GZYA 4IP1A 1XIYA 2X64A 3LEFA 4HZ4A 4BVXA 3ME8A 1RQMA 1BJXA 2OE1A 4LL4B 5H5QA 4G2EA 4RQRA 1OC8A 3LORA 1ZCPA 2F8FA 1BEDA 3GURA 1GLPA 2MYGA 2AAWA 1TU7A 4CW9A 3GTUB 2IMIA 2HSHA 2TRCP 5DAKB 5H5SA 2DC5A 3GHAA 4GRFA 4I6XA 2LV3A 4AJ6A 1GSFA 1SK1A 1FB0A 3F8UA 2ALBA 3IC4A 3VI5A 2FWGA 2NBSA 1Z6NA 1H4OA 4FYUA 4Q5FA 3TKSE 4BVYA 3KP8A 4O7HA 1BAYA 4MH3A 2G0FA 1HNAA 1YJ6A 2PU9C 3H8QA 3HXSA 2DIZA 2B5XA 1YZXA 1TI3A 2JSZA 2R6KA 2MMNA 4PX1A 2YWIA 5A5KA 5FT3A 2YANA 4N0ZA 4K0NA 2HSYA 2LUSA 22GSA 1ZGNA 1XFLA 3Q18A 2GTUA 3F4TA 4K6XA 2O85A 1GTUA 4DSRA 2B3SA 4IGJA 1USBA 1HNBA 3UBLA 1SJIA 2R3XA 1TK8B 4XRAA 2IMKA 3TKRA 4G9HA 2V2GA 1X9SB 1A2JA 4PQ1A 4JR6A 3LYPA 2X99A 3VPTA 1TK0B 1SD9A 5DCHA 4K8MA 2L5OA 3WGXA 1LU4A 2GQMA 1N8JA 4XS4A 2IMDA 4MZBA 3L9VA 3EE2A 3RPNA 2HZEB 1VGLA 1MD3A 4HUAA 6GSWA 1SJ6A 1M0UA 2P31A 3GH6A 4OO5A 3KD0A 4MA9A 2LTKA 1A2LA 2TRXA 1OC9B 1Z6MA 3FEUA 2NVLA 3ZFBA 5GZZB 2VL2A 1WP0A 1SENA 3HD5A 2IWTA 5KEJA 3HYPA 4X43A 5KN2A 4NV5A 3UEMA 1NSWA 2VCQA 3KH7A 3GYKA 8GSSA 1ACVA 1PL1A 1XXUA 3P2AA 4DVCA 2NPBA 2M72A 2C8UA 1Z9HA 3TUEA 1OE7A 2E7PA 4J56E 4XCSA 2CA8A 4PNFA 3S9FA 4Q5NA 2DJ1A 1IYIA 1ST9A 1XOBA 5ECHB 4QL7A 2FY6A 2YP6A 4MZCA 4OCEA 3KGKA 2HI7A 3UVHA 3IV4A 3SWLA 1URMA 2YV9A 3D21A 5JCUA 1WOUA 6GSVA 4MK3A 3KM6A 4JZQA 1AQWA 1UA5A 4XRDA 2VO4A 4V1Ap 1EZKA 5EL8A 3A2XA 4XTSA 4X1UA 5DVBA 5C04A 5HR2A 3H1NA 2G2QA 2C0FA 3PR8A 3DXBA 3HZ4A 1VF3A 2KOKA 5LCZA 3MNGA 1YF0A 3FYGA 1G7EA 1KTEA 5EVOA 4GQCA 3EMXA 2DMMA 2C0DA 1WRYA 4KUNA 3L9SA 10GSA 2VOCA 3CTGA 6GSUA 2DJ2A 2I9HA 1U88A 5AGYA 4EF0A 5B7CA 4AGSA 1A8LA 2WULA 5D9WA 3M3MA 2FGXA 1IYHA 1GSQA 3TJJA 2CVDA 1K0AA 2L6CA 4TXOA 1F9MA 2VM2A 1UVZA 3BD2A 4YQMA 1FOVA 2EIQA 1SKRB 1V98A 5EY6A 1YKAA 2ZCTA 3QFAC 1XWGA 2PVQA 4WXTA 4EO3A 5CP1A 1M7TA 2K8VA 2H1GA 1XW5A 4ACSA 2DJKA 3ZMLA 2MZCA 3GSSA 2JZRA 3KIJA 1DSBA 1YEXA 3RHBA 3KEBA 3QMXA 3KJYA 3QD9A 2I1UA 3QAWA 3ERWA 3HJMA 2FWHA 2ZNMA 4GCIA 3VLNA 2F51A 1F37A 3A2WA 3VWWA 3GKXA 1FW1A 4LLRA 4I97A 2P5RA 1OC3A 5AN1A 1I5GA 1M2DA 3APOA 1JHBA 4O32A 1G7OA 1TRUA 2N5FA 3DKSA 4F0BA 1JLVA 5DCGA 5EPFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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