3KZQA

The crystal structure of the protein with unknown function from vibrio parahaemolyticus rimd 2210633
Total Genus 70
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
70
sequence length
206
structure length
206
Chain Sequence
MNIKLYYVHDPMCSWCWGYKPTIEKLKQQLPGVIQFEYVVGGLAPDTNLPMPPEMQQKLEGIWKQIETQLGTKFNYDFWKLCTPVRSTYQSCRAVIAAGFQDSYEQMLEAIQHAYYLRAMPPHEEATHLQLAKEIGLNVQQFKNDMDGTLLEGVFQDQLSLAKSLGVNSYPSLVLQINDAYFPIEVDYLSTEPTLKLIRERIIENM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of the protein with unknown function from Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633
rcsb
molecule tags Structural genomics, unknown function
source organism Vibrio parahaemolyticus
molecule keywords Putative uncharacterized protein VP2116
total genus 70
structure length 206
sequence length 206
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-12-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13743 Thioredoxin_5 Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3kzqA00
1THXA 3PR8A 2YWIA 4EDZA 1GTIA 5DBQA 3O3TA 3LGCA 3FEUA 5DAKA 2KUCA 3IBHA 2YPMA 3HVSA 1HQOA 1GTAA 1VF3A 3FZ5A 1XVWA 1EEJA 2H75A 6GSXA 4MABA 4D73A 2L59A 3LSZA 1OC3A 3EVIA 3KH9A 2YWNA 3EC3A 5J5NA 4NWYA 3FRCA 1TU7A 3E9JB 4GWRA 3BCKA 4OO5A 2DMLA 2WS2A 3BOAA 2H73A 22GSA 5DQYA 2GQKA 3QR6A 4ID0A 4IQ1A 4AJ7A 4KGIA 3WYWA 4JRRA 4X0XA 4P3YB 5D8IA 3HDCA 3UMAA 4IP1A 2L4CA 3F6FA 3CSIA 4TR0A 2RUFA 2X8GA 3APQA 4KDUA 1EOGA 2VCTA 1QQ2A 4TXOB 3W8JA 3VK9A 4EL1A 5DCHA 4KSMA 1ZYEA 4ZILA 2H6YA 1G6YA 1AC1A 2GLRA 3DVXA 4EC0A 1ERTA 1RW1A 1SENA 3NIVA 3G7YA 16GSA 1JLWA 2FA4A 4K0NA 5CRGA 4K1FA 3GL3A 4L5LA 5C04A 5G5FA 2HYXA 4MJBA 2VL3A 1R5PA 3VLNA 4F0CA 1T7PB 3KGKA 1TRUA 2RM5A 1M7TA 1BJXA 3QDNA 1TKDB 3L4NA 4BVYA 4JZQA 4IW9A 2IPAA 5CRWA 5EL8A 1JFUA 4PUFC 2HI7A 3GSSA 4XRAA 3J7Yb 1TXXA 3GA4A 3CYNA 1XBSA 2H6XA 5H5RA 1PKWA 2LJKA 4XCSA 4K0GA 1X5EA 2PU9C 2NDOA 2OBIA 3FK8A 2RM6A 4PX1A 4TR1A 3TB2A 5ECNB 3KCMA 1ERUA 3N5OA 3VWWA 3ZL5A 3JCML 2VOCA 5HR1A 4TR4A 5KN3A 4MH2A 1XWCA 1JHBA 1A2LA 1GTBA 2FCHA 4KW6A 3DWVA 4N0VA 4Q5NA 2ZCTA 2H70A 3UVTA 5F8BA 5IIZA 5ELGA 4K6XA 5IMAA 2XC2A 1XPVA 3FZ9A 3F63A 4ZL9A 2I81A 3I43A 2DIZA 4WBRD 2XPEA 1FG4A 1F3BA 1IYIA 3DVWA 1SJZA 3IXRA 4N11A 3TKQA 4I2TA 1K0OA 1Z6NA 5DCGA 2GDRA 5B8AA 4OFTA 2CV4A 1THOA 3QFAC 3ZFBA 1UVZA 2H76A 2HE3A 2VCWA 1XOAA 3IC4A 5GAPD 4HQSA 4DSSB 1S3AA 4IN0A 1SD9A 1U6TA 5FHIA 10GSA 4ML6A 3O6TA 5CYYA 1F2EA 2B1KA 2YWOA 2LV3A 1TDIA 1ACVA 5HFGA 2GZPA 5F06A 1XWKA 2R4VA 1EZKA 1QUWA 3GYKA 4IS0A 1SKWB 3VWUA 4OD7A 4GSNA 4N0ZA 4PXOA 4QL7A 3EINA 3E3EA 5IMFA 4MLYA 2R3XA 4KH7A 1WP0A 1FB0A 2K6VA 3LORA 5ECQB 1MD4A 3F9UA 1PL1A 2GSRA 4MF6A 4ACSA 1TK8B 2OADA 3W6GA 2X8CA 3APOA 4E8HA 1SJ6A 3HVVA 3H4KA 3J7Yk 5KN1A 1WJKA 1QXHA 3A3TA 3IRAA 4V2MA 1EGOA 2B3SA 4TR1B 5GSSA 4J56E 3TRQA 4EKZA 2H1GA 1FAAA 1O81A 4WETA 1I5GA 3LEFA 4MF7A 1VF2A 3ME7A 2C0EA 3KMNA 5C00A 1TW9A 5HR0A 20GSA 1EOHA 3W8SA 1CQGA 2PBJA 1NSWA 2VM2A 2KHPA 4BA7A 2X8HA 1J9BA 3HVXA 3TJJA 3M1GA 2OE0A 3QPMA 3KP8A 4G2EA 3TKSA 3ZVJA 3GMFA 4RI7A 3IAM2 2C0DA 5ELAA 3P2AA 5IMZA 4TN8A 1MTCA 4IGJA 5DJMA 2PERA 1FB6A 4F0BA 1GSEA 3APSA 2BJXA 1TK5B 2IMIA 5FT3A 5F05A 5IMCA 3GRXA 1USBA 2F51A 1M2AA 5D9XA 4WF5A 2IMDA 2MMOA 2VCZA 6GSYA 1G7OA 3BCIA 3CXGA 3GV1A 2AUVA 4AGSA 4MPFA 2I3YA 4DSRA 5KEJA 3C1RA 4NHWA 1TP9A 2LQOA 4F82A 1ERWA 4ZXGA 3HCZA 4ZB9A 1GP1A 1TRSA 5D9TA 4Q5RA 4FYCA 1MEKA 1K0MA 3P90A 1F37A 2VL2C 3CRTA 3QD9A 1GWCA 1LJRA 2IMKA 3VWVA 2JU5A 3DRNA 3EMXA 2PVQA 3UAPA 5CP1A 3ED3A 4TOPA 1ZZYA 4PQ1A 4IVFA 3ZIJA 1G0TA 4PQIA 2H1AA 2GQMA 3GTUB 1ST9A 3TOUA 2WJUA 2GS3A 2ON7A 2C3NA 3GL5A 2LQQA 5JCGA 1AQVA 1PGTA 2DBCA 4LL4B 4WEYA 2P5QA 1NHYA 1DE2A 4XIHA 2R6KA 4TR3A 1FVKA 5A4VA 5DQSA 1SJIA 4KAEA 5LCZA 5B7CA 4XTSA 4BL7A 2P31A 4JBBA 2YV7A 1TTZA 1U3IA 4WKWA 4H86A 3GX8A 4ZB8A 4TXOA 5JCUA 2E2GA 1V2AA 4OWYA 1R5AA 2BMXA 1K0AA 3WGXA 4BPYA 2C0GA 6GSSA 3IPZA 5ECHB 3CTGA 2IWTA 4GQFA 2AV4A 2DJ2A 1OE8A 1B9XC 2JZRA 5HR3A 1T4YA 2N5FA 3RHBA 5IO2A 3H79A 1YEPA 4K8MA 1OC9A 3Q6OA 2P0GA 1R4WA 4YAVA 1GLQA 3K8NA 5GAND 2KLXA 2ZNMA 4LLRA 3GKMA 1BX9A 3A5WA 5DJLA 3DEXA 3PINA 3ZYWA 3HZ8A 1AQWA 1YZXA 1A8YA 1C72A 3R2QA 4MJCA 2REMA 2WB9A 3RAZA 3HA9A 3D0ZA 1TK0B 4ECIA 5CREA 2LNTA 4MZWA 5B8BA 2P5RA 1VRSD 5DVBA 3GKNA 3ERGA 4LMWA 3M9KA 3TCOA 3RDWA 3Q18A 2O85A 2J9HA 5LNKe 1DE1A 2M80A 4ILFA 2WULA 2H74A 2VL9A 1A0RP 1SD8A 2K9FA 4NMUA 4DSQA 1YDKA 4OFNA 2NPBA 3L78A 1JZDA 1JZRA 1XW5A 4HS1A 2MMNA 4HU9A 1WWJA 3VPQA 4L5OA 3BD2A 2LKUA 4F03A 5AIXA 3VPTA 5AGYA 2DJ3A 3US3A 4RUVA 5LD0A 4MH3A 1N8JA 1T3BA 3FKFA 4RQRA 3MWHA 1SL2B 3FYGA 2WFCA 5G5EA 1YKAA 3IAS2 3O76A 3GHAA 2CZ3A 4PNGA 4ZB6A 3DYRA 1Z5YE 2VD1A 3VI7A 2A4VA 2PPTA 4I97A 2VCQA 1TRWA 5AN1A 5D73A 1GNWA 4KA0A 1N2AA 5E4WA 4POBA 3QAGA 4YQUA 4DSSA 5D93A 1O8WA 3LXZA 2H01A 1XFLA 2E0QA 1OC9B 5J9BA 3H1NA 5CO3A 2DJ0A 3FR6A 3VURA 4N30A 2LJAA 4L0WA 2I9HA 2K8VA 3MSZA 3C1SA 1EGRA 1S3CA 3LJRA 2CVDA 3F3QA 3P7XA 1KTEA 5AISA 2GT5A 3QCPA 2K8SA 2AHEA 4IP6A 2MZCA 1I9DA 1GNEA 3GKKA 1AQXA 3F4TA 2XHFA 2LRCA 4ML1A 3ME8A 1KEBA 2HT9A 1X9SB 2DC5A 1K0CA 5A4UA 1PL2A 2H0IA 1GSYA 3IV4A 3EWLA 2GVPA 3WD6A 4J57E 2NTOA 3IK9A 4HJMA 5HFIA 1B8XA 1ZOFA 1T00A 2YANA 4HQZA 1F9MA 1X5CA 3LQ7A 5IM9A 2VIMA 3TOTA 3GN3A 4GRFA 2OACA 1NW2A 4YQVA 3P8WA 2FNOA 3C71A 1WE0A 1GH2A 2HRNA 2M72A 4FYBA 3CSHA 4G9HA 2L6CA 2B5EA 2H1BA 3DXBA 2EC4A 2TRXA 3MAKA 1A24A 4HOJA 1FO5A 1X9WB 3PH9A 2AAWA 2ES7A 3NZNA 1ZGNA 4IJ3A 2NBSA 4I5QA 2VD0A 3ZFLA 3TJGA 3HZ4A 1OAZA 4V1Ap 1SL1B 2AYTA 1ML6A 4AJ8A 2B7JA 2QSIA 1SKSB 2RLIA 4OCEA 2EIQA 3TRXA 3L0HA 2CZ2A 2MMAA 5ENUA 3TRPA 3UJ1A 4MZCA 1FOVA 1BEDA 4YH2A 3ERWA 3H8QA 2JADA 4O92A 2VO4A 1DSBA 4NAXA 4BWSA 3DIEA 4K9ZA 2FY6A 3RHCA 5KN2A 1HNCA 5ABRA 1XOBA 3D5JA 1QFNA 1Z7RA 4AF2A 2XBIA 3Q74A 3CRUA 1GSDA 1T4ZA 2LEGA 1SK0A 1PQNA 2L5LA 4MJEA 3FZ4A 4ZBBA 1EP8A 3GTUA 5ECKB 4Z7XA 1A0FA 2X99A 2CAQA 2HXKA 1WIKA 4L8EA 4MDCA 3UARA 4DVCA 1OVNA 3CBUA 3IDVA 3IK7A 2OE1A 3GSTA 3EMPA 2L57A 2Z9SA 1YEXA 4I2UA 3TKRA 3QMXA 1GLPA 3UEMA 2G0FA 1FHEA 4OFMA 1XCCA 5CRDA 2FA8A 3BBYA 1GL8A 4O5RA 3M3MA 3C8EA 4WBJA 3U5RE 5KN0A 3ZIVA 3UL3A 4ZIJA 2X64A 2FWGA 4PGTA 2VM1A 1PX6A 4HZ2A 2GSSA 1YJ6A 1TOFA 1KBNA 2G2QA 4EO3A 3FZAA 3VI5A 5ID2A 3KH7A 2LS5A 3LYKA 2YCDA 1B4PA 2PWJA 4ZL7A 1ZL9A 3I6AA 2CX3A 5JWQB 2PMTA 2IFQA 19GSA 6GSWA 2O8VB 1QK8A 3IHQA 3L9VA 4EE0A 4IQAA 3IA1A 1M99A 1H4OA 18GSA 2TRCP 4YAPA 5B6NA 4KCEA 5INYA 1U87A 2HFDA 2QGVA 2F8AA 2GZZA 1YY7A 3DD3A 4XRDA 3A2VA 5J41A 1XW9A 4OO4A 1XWAA 1TJDA 1O85A 2C1YA 1AW9A 4GF0A 4X1UA 2DLXA 4HZ4A 5IPHA 3QFBC 4TVEA 4LA1A 2QKEA 2YJ7A 1MDIA 2JSYA 2V6OA 3CTFA 1PRXA 2VL2A 3LFLA 2H8LA 2C0FA 2H0GA 3M0FA 3EU3A 3EU4A 2JSZA 2ZUPA 5EPFA 6GSVA 1OC8A 2FWFA 1AXDA 2H71A 3SBCA 1BG5A 2YOIA 2OBKA 5CAXA 1FVJA 4MMMA 1MDJA 3FHKA 3NOFA 4O32A 1GTUA 4HDEA 4HEA2 2PN8A 2FWEA 3KM6A 5JWRB 4PNFA 4MP4A 3DGQA 3TGZA 1OKTA 1SK2A 1J0FA 1S3DA 1AIUA 4JR6A 4ZBDA 1SKRB 4PUAA 2HSYA 1OYJA 3RPNA 2VLTA 4TKYA 4WF4A 1E2YA 2PGTA 3WGDA 4LMVA 1M2DA 1Q4JA 1DBYA 1B9YC 3LG6A 4TW5A 3IR4A 4FIWA 1SK1A 2GSTA 2H72A 1A8LA 1Z9HA 2CA8A 1HD2A 2H1DA 5H5SA 6GSTA 5ID2B 4CDOA 5G1KA 3GX0A 2IFQB 4ECCA 5AIVA 3WT1A 4XS6A 5F07A 3SWLA 2C8UA 1Y25A 1X0RA 3TJFA 2CVKA 3HHVA 1SYRA 1M9AA 3AY8A 4JU5A 1SL0B 3FW2A 4LL1B 1PKZA 2HLSA 2HZEB 2V1MA 2IJYA 5GZZB 1ZMAA 4POLA 2FWHA 2B6MA 2RIIA 1PX7A 2GSQA 4XS1A 2GTUA 1M9BA 1UN2A 1CQHA 3PGTA 4Q5QA 2IN3A 17GSA 4L0UA 2A2RA 3S9FA 2V6KA 4POMA 3G7IA 3VFIA 3ZTLA 1X5DA 2IMFA 4HU7A 4MK3A 2QC7A 1M2BA 5ECPB 4PURA 2IIYA 2YZUA 4ZL8A 1V9WA 2FUG2 3GH6A 1GSSA 2OKAA 1VF1A 1TRVA 5IOWA 4KDYA 3F3RA 1O6JA 5G2ZA 1YF1A 5A4WA 1PSQA 1GUKA 1EWXA 3KXOA 4AJ6A 1IYHA 2H0HA 2CAIA 1F6MC 4NPBA 1ILOA 1OKDA 3HXSA 1U3AA 2V41A 4EVMA 3A2WA 3C73A 2JACA 2YN1A 2R37A 1K3OA 4Q5FA 11GSA 1A23A 2TIRA 2HRFA 1O7UA 3KZQA 1UC7A 2BTOT 2KOKA 3F4SA 3TJBA 4HUAA 1SYXA 3D6IA 5A5KA 4ECJA 1PD21 5ECIB 5G31A 1B4QA 2XPDA 3LWAA 1T1VA 2I4AA 5H5QA 2I1UA 4IELA 2EIRA 3ZLPA 2XBQA 1W89A 1SU9A 2NVLA 4EUYA 1YQ1A 4K7OA 5D9VA 4N10A 1K0BA 2WGRA 5G1LA 1QMVA 2FGXA 1F3AA 13GSA 5DALA 3UVHA 3EYTA 4MCUA 1XXUA 4NXIA 3G7JA 3GIXA 3D4TA 3KP9A 4G19A 3DKSA 2N5AA 3E0UA 4GQCA 3ISOA 4X43A 3HJPA 5D96A 2VLVA 1LBKA 3QAVA 2DMMA 4KUNA 2GGTA 2KP1A 1WMJA 1MDKA 2YZHA 1EV9A 4YQMA 4WXTA 2L4QA 3RBTA 3LXTA 3GUSA 2O89A 3HYPA 1G7EA 5IPGA 4BVXA 1XZOA 3WT2A 4FH8A 3FR3A 4QL9A 1EV4A 2WRTA 4V2LA 1Z3EA 1B48A 1GUMA 2ON5A 1BAYA 2F8FA 5FWGA 5DAKB 5IMVA 4KB3A 5JCWA 4DEJA 4HI7A 4GCIA 1A2MA 1XWGA 1E6BA 3KTLA 2FLSA 1GRXA 3KD0A 4D73B 2WDUA 4KDXA 2R2JA 2OE3A 3H93A 4KCAA 4O7HA 2DJJA 2AJQB 4J2FA 1JZWA 4K7IA 4GSTA 2H66A 1G6WA 3QAWA 2V32A 4RQXA 4V2NA 1RQMA 2CQ9A 3GKXA 1O8XA 4K7NA 1GSQA 3TKSE 3FR9A 2L6DA 12GSA 4OMVA 4ISDA 2JZTA 3MNGA 5IQYA 2LTKA 4KNDA 2M46A 5ECRB 5ECLB 1K3LA 1UA5A 3KJYA 5EY6A 1PMTA 4KSOA 3EE2A 1TI1A 2FHEA 1K0NA 1Y6EA 3F8UA 2B5YA 2LNSA 7GSSA 2GQLA 6GSUA 2VLUA 3D21A 2F3MA 4JE1A 1YKCA 4QQ7A 4GXZA 1BYEA 3ZITA 5ECMB 5L71A 5DALB 1U88A 14GSA 4OCFA 3ZVJD 1O73A 5IO0A 2OA7A 5DDLA 2CT6A 3A2XA 1ZYQB 2YV9A 1GSUA 2LJRA 2O7KA 4KX4A 5JWOB 4CW9A 3V1WA 5EVOA 2IMEA 4NV2A 2H19A 4IHUA 5J4UA 1TU8A 1YF0A 4JEDA 1XVQA 4FYUA 1JZOA 4V1Ag 2DJ1A 4EXJA 5ECOB 2H30A 2C3TA 5F0GA 4ZBAA 3ERFA 3U6VA 1XW6A 3ZREA 1BQ7A 2C4JA 2MBSA 3DMLA 2JL4A 3KIJA 4WR5A 1H75A 4MZBA 1JLVA 2OJLA 1HYUA 2DIYA 5HQPA 2HZFA 1XIYA 4PQHA 2YJHA 4MPGA 3EURA 1K3YA 1AUCA 4I8BA 2WCIA 1QGVA 2MMZA 3G9BA 3TKSC 2O87A 2FD3A 2RUEA 3KEBA 4EF0A 1GULA 4KE3A 4MA9A 2H6ZA 3VWXA 3GFKA 3F4RA 2LUSA 1GUHA 5CNWA 5E59A 1KNGA 2WZ9A 2B5XA 2YP6A 1Z6MA 4JR4A 1A2JA 1Q98A 3QOUA 4F2IA 1XWBA 4NHZA 2IL3A 1K0DA 1VF4A 3L9SA 4I6XA 3HJMA 4XS4A 3TJKA 1OE7A 2D2ZA 4BWQA 5J3RA 3UIWA 1W4VA 2L5OA 2JZSA 2HZEA 3I69A 1V58A 3D4MA 3N9JA 3F0IA 5G30A 5HFKA 2CVBA 2F9SA 3RPPA 3UOMA 1NM3A 2V2GA 2R5GA 5HR2A 1VGLA 2YNXA 1J08A 1FW1A 3HD5A 5B6MA 3HKRA 1ON4A 3GNJA 4MF5A 5COHA 1Z7PA 2E7PA 1WRYA 5IOXA 2DSAA 3KTBA 4EDYA 2C3QA 5GSTA 1NHOA 4RI6A 3ZMKA 2VUPA 2MBTA 4POKA 2LRTA 2HNLA 2VAFA 1V40A 3HY2A 4XHMA 2VCXA 3GH9A 4IJIA 3M9JA 3GURA 2MYGA 3MDKA 1WPIA 3UBKA 1HNAA 2EIOA 2B1LA 1X9MB 2B7KA 3I9V2 3BJ5A 4CHSA 2ALBA 4IKHA 2HSHA 1ABAA 3WGEA 3CMIA 4HJ2A 2LRNA 3CSJA 2A2SA 3L9UA 2AB6A 5J9CA 3C7MA 2J23A 4ULXA 1URMA 2VCVA 1EP7A 2C80A 3TUEA 1DUGA 3KMOA 8GSSA 3UBLA 1V57A 1PA3A 3OR5A 1LU4A 3F6DA 4IBPA 3LYPA 4E8EA 1AAZA 5CRHA 1RK4A 2GT6A 5ECSA 2E2MA 3Q19A 1GSFA 4FO5A 5IMDA 2DJKA 1R26A 3FY7A 3TKPA 4XS4B 3IOSA 1WOUA 1ZCPA 1R7HA 1HNBA 2YWMA 4TRXA 4TXVA 4ECBA 4F9ZA 9GSSA 3D22A 3ZZXA 4G10A 1EEMA 3HJOA 2PVOC 2GZYA 3M8NA 4NV5A 4GLTA 3ZRDA 3IE3A 4GSSA 5D9WA 4WR4A 1T8EB 3TDGA 3ZMLA 1TI3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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