3KZQA

The crystal structure of the protein with unknown function from vibrio parahaemolyticus rimd 2210633
Total Genus 70
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
70
sequence length
206
structure length
206
Chain Sequence
MNIKLYYVHDPMCSWCWGYKPTIEKLKQQLPGVIQFEYVVGGLAPDTNLPMPPEMQQKLEGIWKQIETQLGTKFNYDFWKLCTPVRSTYQSCRAVIAAGFQDSYEQMLEAIQHAYYLRAMPPHEEATHLQLAKEIGLNVQQFKNDMDGTLLEGVFQDQLSLAKSLGVNSYPSLVLQINDAYFPIEVDYLSTEPTLKLIRERIIENM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of the protein with unknown function from Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633
rcsb
molecule tags Structural genomics, unknown function
source organism Vibrio parahaemolyticus
molecule keywords Putative uncharacterized protein VP2116
total genus 70
structure length 206
sequence length 206
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-12-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13743 Thioredoxin_5 Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3kzqA00
3EMXA 4GSTA 4LL1B 4WKWA 4GRFA 3W6GA 2EIRA 4KX4A 1AQXA 3MAKA 1FAAA 4AJ6A 1G6YA 2BMXA 5IMFA 1YEPA 4N10A 1U3IA 1VGLA 1SJ6A 3DRNA 3HHVA 3KCMA 1V58A 5DDLA 3TGZA 3A3TA 2FCHA 1HQOA 1O73A 3DMLA 4GQCA 2K18A 6GSYA 2VLVA 1SK2A 4XHMA 3TKSA 2P0GA 1S3CA 5B7CA 5KN2A 2N5AA 1BEDA 4L5LA 2HZFA 2IIYA 4KA0A 2MBTA 2FWGA 2H70A 3APOA 5ECQB 1WIKA 1B4QA 1JFUA 2WJUA 3ZFLA 2L5OA 2YOIA 4WR5A 2EIOA 1F6MC 3Q18A 2CX4A 1QQ2A 5GAPD 1MEKA 2N5BA 1PKZA 4O32A 4K1FA 1A24A 2R3XA 2R5GA 4N11A 7GSSA 4EDZA 3D21A 1A0RP 3VPQA 3ZREA 1ST9A 1SKWB 2KP1A 2B5XA 2C0DA 1AC1A 3A5WA 1G6WA 1OKDA 2RUEA 1WMJA 1I9DA 4PQIA 2R6KA 4TXVA 1G7EA 5GZZB 5HR1A 2WZ9A 1Q4JA 2DC5A 3ZRDA 1A2LA 5A5KA 1M7TA 3KGKA 4D73B 4GQFA 4K7NA 3F0IA 1FHEA 1TU8A 3M9KA 2YJHA 2KP2A 4WF5A 2ZUPA 1OE7A 5IIZA 2HNLA 1U6TA 1PRXA 4F0BA 3M0FA 4CW9A 1YJ6A 3QD9A 1EV4A 3GL3A 4HQSA 1USBA 2A4VA 1HNAA 3LJRA 5IMDA 2CZ2A 2CAQA 2A2SA 1K0MA 1UA5A 3VWVA 4AF2A 1OE8A 1H4OA 3DD3A 1ZYQB 4XTSA 3LORA 4EUYA 1IYHA 2H1AA 2V2GA 1H75A 4PQHA 4F03A 1A2MA 1SD9A 5EL8A 2OJLA 4WXTA 3KTLA 4MZWA 1E2YA 1VF4A 2OE1A 3UVTA 2VCZA 4IW9A 1M99A 2GSQA 1ZCPA 2HSHA 4XCSA 4NV5A 3GSSA 2ES7A 2VM2A 1GSEA 3TKSE 2DSAA 1NHOA 4HEA2 3GKNA 4GCIA 1U87A 3TCOA 3F8UA 3H4KA 4GTUA 5AGYA 5A4VA 4ML6A 1XWKA 3OR5A 3JCML 3L9VA 4K0GA 2VM1A 1GSQA 1N2AA 1F3BA 5IQYA 5FWGA 4ECIA 3TJFA 2H0IA 1HNCA 3CSJA 3CRTA 4BWSA 2GDRA 4HZ2A 1K0OA 5D9VA 4TN8A 4FO5A 1SL0B 4NMUA 4YAPA 4IJ3A 2J9HA 3FZ9A 2HI7A 3GA4A 4E8HA 4YQVA 5G1KA 3GKMA 2LUSA 2YZUA 3F3RA 4G2EA 4IVFA 1O85A 2VL9A 1ZL9A 3CSIA 5D9WA 3IDVA 1PX6A 1K3OA 4IKHA 4HOJA 1F2EA 1TK5B 4FIWA 3C1SA 2VCQA 2CX3A 1PGTA 4POKA 1X9SB 3EU4A 4ZBAA 2F8AA 3EINA 3CYNA 1VRSD 2C3NA 3CSHA 1O6JA 1XZOA 1X5DA 4KNDA 2IMDA 5C00A 4CHSA 2VCWA 3G7JA 2YPMA 2DMLA 4KCAA 2DJ3A 4G10A 3N9JA 2X64A 3UBKA 1UN2A 6GSTA 4LMVA 2LV3A 4EO3A 3UVHA 1EGRA 1B9YC 3C8EA 4RQRA 3GTUA 2AB6A 5DAKA 1M2AA 4KDXA 4OFMA 1N8JA 1CQHA 4XRDA 2NDOA 2IMKA 2I9HA 3MNGA 3QAWA 4IQ1A 5F07A 4KAEA 4ZB8A 4JR6A 4DEJA 3MWHA 3WGDA 2X99A 4YQUA 2KOKA 4HJ2A 4EXJA 3CMIA 1KEBA 5GSTA 1QGVA 3L78A 2LKUA 2QC7A 3E9JB 3F63A 5D8IA 1WOUA 4G9HA 2KUCA 4MMMA 2C3QA 4TW5A 2WFCA 2YCDA 3LSZA 5FT3A 2O7KA 4IBPA 2LTKA 3FR9A 1T00A 2F51A 1FO5A 4RQXA 2K6VA 4IQAA 3GIXA 3L9SA 4WF4A 2RIIA 2DLXA 3TKQA 1JZOA 2O87A 2WDUA 1K0BA 3LQ7A 2WRTA 1QXHA 5J9BA 2GSTA 1J08A 4MA9A 1AXDA 2PGTA 2DJ2A 4EF0A 5B6NA 3PINA 3VURA 2OBKA 1DE1A 3QFAC 2YJ7A 2IL3A 3TKSC 3RHCA 1Z5YE 4TR1B 2C8UA 1IYIA 1ERWA 2DJ0A 5IPGA 3WGXA 1FOVA 3TJJA 1GSUA 2QKEA 1SJIA 1TU7A 6GSUA 1R5PA 1GTAA 4I2UA 1V2AA 2VD1A 1TRVA 4IP1A 2CQ9A 5EY6A 4NPBA 2AHEA 2L6DA 3Q74A 5ECNB 1S3AA 5DALA 2GSSA 1JZDA 5J9CA 16GSA 3SWLA 3VI5A 3RAZA 4DSQA 2VCXA 2H30A 3GFKA 2B1LA 4XIHA 1TP9A 2H1GA 5D93A 1M2BA 4GF0A 3WGEA 3I6AA 4G19A 1ZMAA 5J41A 3QCPA 3D4TA 3GMFA 3IBHA 3GYKA 3TOUA 1EEMA 5CYYA 2C80A 3GKXA 2YWNA 5E4WA 4XS1A 3DIEA 4LL4B 4BA7A 4ECCA 2HFDA 3M9JA 2FA4A 19GSA 1I5GA 3GH6A 3EE2A 3UMAA 1GSFA 4QQ7A 2HRFA 4KSMA 3FY7A 1K0NA 4TVEA 4PXOA 2LRNA 4Q5QA 4X43A 4O5RA 2FWFA 3EWLA 4NV2A 1E6BA 2OKAA 3WT1A 2EC4A 2FD3A 3N5OA 5HFKA 2E2GA 2O85A 4JBBA 3KEBA 3HJMA 3KD0A 2DMMA 2H1DA 1O81A 4Q5RA 2K9FA 2GZPA 3I69A 2K8VA 2KHPA 1A23A 1ZGNA 4GLTA 5DCGA 1T4YA 1YKAA 4TR0A 3PR8A 1DE2A 1EZKA 1J9BA 1Z7PA 2X8HA 1LU4A 2OBIA 2IWTA 9GSSA 2C3TA 3HJOA 5DCHA 5DVBA 3IC4A 4L8EA 3H79A 2FLSA 3QR6A 2VIMA 4ZBBA 3WT2A 3TB2A 2M46A 3D6IA 4QL7A 4KE3A 5LNKe 3WYWA 1ACVA 3CBUA 1J0FA 3HVXA 3TRQA 2PBJA 1O8WA 3EMPA 5CRGA 5HQPA 4F0CA 3ERGA 3GUSA 4JZQA 5H5QA 1DSBA 1KBNA 2XPEA 1V98A 4PURA 5ECPB 2VLTA 1XW6A 2MMNA 4V2MA 4OFNA 3ERWA 3A2XA 2H6YA 4DSRA 1XPVA 4P3YB 2MMOA 3C73A 4PUAA 4NXIA 2VL2C 1XW9A 1AIUA 4WBRD 2KLXA 3ZITA 1EP8A 4MZCA 4I2TA 5G2ZA 4V2LA 3J7Yk 4HUAA 1SYRA 3RHBA 3QAGA 4FYUA 3HA9A 1BYEA 4X1UA 1RQMA 1GNEA 2GT5A 3TKRA 4MH2A 1TRUA 2H6ZA 5LD0A 4RUVA 3GNJA 3KP8A 4D73A 1U3AA 2GQKA 3FZAA 2XPDA 3KZQA 5AISA 1PD21 1WJKA 1S3DA 4MCUA 4BVYA 2PU9C 5AN1A 3F3QA 1X9MB 3UOMA 1ON4A 1B9XC 2I1UA 3HCZA 3HD5A 2RM6A 14GSA 2YP6A 4HU7A 5DBQA 3G7YA 3IAM2 3HJPA 5KEJA 1MDKA 1TKDB 4ZBDA 1R4WA 3ISOA 5FHIA 4PQ1A 2DIYA 4MJEA 3LYPA 2MZCA 1UC7A 4PNFA 5IO2A 3IPZA 1SYXA 3ZIVA 2A2RA 4KDYA 3BCKA 3EC3A 2YNXA 2LRCA 3P8WA 3FRCA 1EGOA 2R2JA 5ECLB 2FUG2 2B3SA 5ID2B 2B1KA 4YQMA 1V9WA 1BX9A 5J5NA 2E2MA 2EIQA 3IRAA 1FW1A 1GSSA 2LSTA 3MSZA 3ZIJA 3Q6OA 5D96A 1HD2A 5IMVA 2MYGA 3I9V2 4XS4B 3ZVJD 2FY6A 4ZB9A 3EYTA 3MDKA 4IGJA 2G2QA 2WS2A 4H86A 3H93A 1ERTA 1Y6EA 2H01A 4KB3A 5L71A 5ECRB 5GSSA 3GKKA 3F4SA 3IK9A 2DJKA 3UL3A 8GSSA 1MD4A 2LJKA 2LS5A 4I97A 4ECBA 1T8EB 2IN3A 1BJXA 4OFTA 5ECMB 1V57A 3GX8A 1Z6MA 1NW2A 3M8NA 5CRHA 3LWAA 1XIYA 1XWBA 4NHZA 2YV7A 5CRDA 4DSSB 5IPHA 4MJBA 5H5SA 1ZZYA 1TW9A 1G7OA 22GSA 2H0HA 2H73A 4MPFA 2VO4A 1XOBA 4MH3A 2FGXA 4YH2A 3QDNA 3E3EA 1A0FA 1XOAA 2PVQA 4I5QA 2HYXA 1GL8A 1TRWA 2BTOT 1TDIA 2BJXA 4F2IA 2AJQB 5G5EA 4ZXGA 1SKRB 1TRSA 2VLUA 2V6OA 1AQVA 1GLQA 3DWVA 2O89A 2JZTA 3O3TA 1O7UA 2VCVA 4TXOB 3E0UA 4ID0A 5ELGA 3ZMLA 1TI1A 3DKSA 3WD6A 2HXKA 5JWRB 2C0FA 4FYBA 3ZLPA 4F82A 5IMCA 3FHKA 2YWIA 4KDUA 2YWMA 4KH7A 4MF5A 4L5OA 1GH2A 1Z6NA 5HR2A 2C0EA 1A8YA 2VAFA 3FW2A 4IP6A 1M0UA 1GNWA 3LXZA 11GSA 2H19A 1GTIA 3HVVA 5JCWA 2R4VA 3HYPA 1DBYA 1F3AA 4E8EA 3PGTA 2FWHA 2LQQA 2V41A 4IN0A 5IMAA 5IOWA 3UARA 2WGRA 3FYGA 2LNSA 3D0ZA 1AAZA 1OC9B 1EWXA 4ACSA 1GSYA 4N30A 2I4AA 3DVXA 3KJYA 3K8NA 2JSYA 3HKRA 1OVNA 3HZ8A 2CVDA 2K8SA 4NHWA 2C1YA 3RDWA 1THXA 4HZ4A 1SKSB 3IR4A 3L9UA 2IFQA 2IMFA 5ECSA 2OACA 1OC3A 3EURA 2IFQB 5D9XA 2DJJA 3O76A 1ERUA 3FZ5A 4POBA 3J7Yb 2PUKC 4ILFA 2H74A 4K7IA 1BAYA 1V40A 4TR1A 1URMA 2TRCP 4JE1A 3GRXA 4PX1A 2P31A 2L6CA 5E59A 5F06A 2R37A 1KTEA 3APSA 3IE3A 1GULA 3LEFA 1XW5A 1YZXA 1GTBA 4AJ7A 1AW9A 2XBQA 4N0ZA 1ZYEA 3IHQA 3CTGA 2OADA 2JZSA 1DUGA 4GSSA 1SENA 5CNWA 3U6VA 2GZYA 3GL5A 1OC8A 3D5JA 3H1NA 1XWAA 5HR3A 4EDYA 5ECOB 17GSA 1EV9A 1QFNA 3LG6A 1GUKA 2B6MA 2YV9A 1QUWA 1TXXA 4RI7A 5ELAA 3Q19A 5CREA 5JWQB 1SK1A 4EKZA 3KMNA 4OWYA 3O6TA 3IXRA 4ZL7A 5A4UA 3LYKA 4MJAA 2VL3A 2L4QA 3F4TA 4MP4A 3ZMKA 1R7HA 3EU3A 4V1Ag 3TRXA 5EPFA 1HYUA 1YF0A 1YKCA 4GSNA 1BG5A 4ML1A 1JLVA 5ENUA 1F9MA 4YAVA 4HDEA 3NIVA 5INYA 4MF6A 3TJGA 4ZL9A 6GSXA 2GT6A 2I81A 1GUMA 3ZYWA 2MMZA 2H71A 2GSRA 2FA8A 4MDCA 3RPPA 4KCEA 2PN8A 1M9BA 1GUHA 2GZZA 4OO5A 2JSZA 4OCEA 1SD8A 1FB6A 3DYRA 3GX0A 5G31A 3P2AA 1VF2A 6GSSA 1XVWA 2VCTA 3TDGA 1BQ7A 2AUVA 2CVBA 3KMOA 5A4WA 1RK4A 1B48A 1MTCA 2VOCA 2MMAA 5J3RA 1XBSA 1X5EA 4HU9A 1ML6A 2LJAA 2P5RA 1EOHA 1LJRA 4LMWA 3HZ4A 2YN1A 4NWYA 5AIXA 2YZHA 2X8GA 3FEUA 5DQSA 2HRNA 2DJ1A 5DJLA 3DVWA 1Y25A 1YY7A 4V1Ap 5D9TA 3L0HA 4O7HA 1GTUA 3VWUA 2H6XA 1PL1A 1ABAA 1B8XA 1W4VA 4KGIA 2GS3A 1XVQA 2GGTA 2CAIA 2PWJA 2E7PA 4J56E 4ZL8A 3IA1A 4K0NA 4ZIJA 4LA1A 4K7OA 3DXBA 2H8LA 4RI6A 4HI7A 3ZVJA 4IELA 4WR4A 1XFLA 3TRPA 2V6KA 3A2VA 2HE3A 2JADA 3ZFBA 4I6XA 1SK0A 1X9WB 5COHA 2FNOA 3KIJA 3BD2A 2LRTA 3AY8A 2H66A 2GTUA 2M80A 3F6FA 4JR4A 3F9UA 3IK7A 1W89A 1PSQA 2RM5A 1TK8B 3CTFA 3QPMA 1OKTA 1K3LA 3APQA 5DQYA 4GXZA 3LXTA 1G0TA 1YDKA 1OYJA 1EOGA 3C71A 1T1VA 2RUFA 6GSVA 5IO0A 1LBKA 1TJDA 3U5RE 4IS0A 3UJ1A 4TKYA 5CP1A 3UBLA 2LJRA 3BJ5A 4K6XA 3F6DA 4HJMA 1WPIA 1WP0A 5JCGA 3CRUA 2I3YA 3GV1A 5G5FA 4LLRA 4EL1A 5B8BA 1FVKA 3IAS2 5JWOB 4ZB6A 3TJKA 4QL9A 2TRXA 2HT9A 4JU5A 3C1RA 2P5QA 3A2WA 2PMTA 5ID2A 1WRYA 2ZNMA 4BVXA 1XWCA 3QAVA 2F9SA 2L59A 2JACA 3GH9A 4MK3A 2X8CA 4N0VA 2CT6A 3QFBC 4WETA 2WB9A 3D4MA 4ULXA 1PL2A 5ABRA 4XS4A 2XBIA 4TR3A 4BL7A 4J57E 4OD7A 2XHFA 2GLRA 2L5LA 1B4PA 5GAND 2CV4A 4TR4A 2IMEA 4PUFC 3UIWA 5F05A 3ERFA 4FYCA 3TUEA 1O8XA 3GN3A 2JL4A 2HLSA 4MF7A 4L0WA 4BPYA 4FH8A 5CO3A 5LCZA 4MABA 4O92A 4HS1A 1NHYA 1MDIA 1PKWA 1R5AA 3P7XA 3FKFA 3QOUA 1JZWA 3W8JA 3UEMA 3HY2A 4DSSA 2PVOC 1WWJA 1R26A 3S9FA 1PMTA 3VLNA 3P90A 3ME7A 2F3MA 1SL1B 2YANA 3GHAA 1MDJA 5KN3A 4OO4A 1GWCA 1FG4A 2F8FA 5D73A 4K9ZA 2LEGA 5B6MA 1PQNA 2OE0A 4Q5NA 1K0AA 2AAWA 2D2ZA 3GSTA 4EVMA 2TIRA 2O8VB 2ZCTA 2NPBA 2IMIA 5CAXA 3ED3A 2B5YA 5EVOA 2V1MA 3FK8A 3H8QA 1T4ZA 1CQGA 4KW6A 4ZILA 4TXOA 3TJBA 5C04A 1JLWA 1ILOA 2B7JA 2C0GA 2FHEA 2VL2A 1QMVA 2LNTA 2V32A 2GQMA 3R2QA 2NVLA 6GSWA 1KNGA 1T7PB 1Q98A 2HZEA 5HFGA 1NSWA 1Z3EA 3US3A 3D22A 3KH7A 1AUCA 2HZEB 1TTZA 5G1LA 1U88A 2AYTA 4ECJA 1GSDA 4I8BA 3FZ4A 2PERA 3C7MA 3BCIA 2C4JA 1PX7A 4Q5FA 12GSA 13GSA 1SJZA 2NTOA 2J23A 4XS6A 1VF1A 1F37A 1QK8A 2L4CA 4ISDA 3QMXA 2H1BA 1WE0A 4PNGA 1OC9A 5ECKB 3I43A 3ZZXA 1AQWA 2ON5A 4NAXA 3SBCA 2FWEA 1M9AA 2H75A 2NBSA 1MD3A 3KP9A 1K0CA 1ERVA 1Z7RA 3KTBA 4PGTA 2DIZA 4BWQA 4AJ8A 3VPTA 1VF3A 5JCUA 5J4UA 1A2JA 3GTUB 5DAKB 1JZRA 4KUNA 4K2DA 4V2NA 3TOTA 2GQLA 3LFLA 3FR6A 3G9BA 3PH9A 1GLPA 2B5EA 3CXGA 2IJYA 1C72A 5F8BA 2M72A 3EVIA 1TOFA 4MPGA 2G0FA 3G7IA 3HXSA 4EE0A 5G30A 4L0UA 5AIVA 4POMA 1YEXA 4CDOA 1XCCA 2DBCA 3VWWA 4K8MA 3ZTLA 20GSA 2IPAA 5ECHB 2H72A 3BOAA 2YWOA 3NOFA 2QGVA 1OAZA 3VI7A 4Z7XA 2LQOA 4WEYA 2CVKA 1X0RA 4DVCA 4JRRA 4IHUA 2JU5A 3LGCA 4GWRA 3GURA 5H5RA 2L57A 1JHBA 1TK0B 3IOSA 4MLYA 2MBSA 5F0GA 1XWGA 2CZ3A 4JEDA 2WULA 5IM9A 3KM6A 5IMZA 2XC2A 1M2DA 4TRXA 2VUPA 3L4NA 1K3YA 3TKPA 3V1WA 2OE3A 1Z9HA 4HQZA 3RBTA 1A8LA 2GVPA 2PPTA 5KN1A 2N5FA 1XXUA 3VK9A 1UVZA 4X0XA 3IV4A 1PN9A 2WCIA 4WBJA 5DALB 3NZNA 2AV4A 1FVJA 3M1GA 5CRWA 4F9ZA 1HNBA 2ALBA 1ZOFA 4OCFA 2H76A 1GP1A 2RLIA 4J2FA 4KSOA 1TI3A 5ECIB 3HDCA 4MZBA 3W8SA 4EC0A 3VFIA 5KN0A 1THOA 3ME8A 3FR3A 1SL2B 3KXOA 1FB0A 2B7KA 18GSA 1X5CA 5HR0A 1YQ1A 2CA8A 1EEJA 1GRXA 1YF1A 4POLA 1SU9A 3M3MA 1RW1A 1PA3A 2H0GA 3RPNA 2REMA 3VWXA 3ZL5A 4MJCA 1EP7A 2ON7A 2OA7A 3BBYA 3UAPA 4IJIA 2VD0A 3KH9A 1NM3A 4AGSA 5IOXA 5DJMA 2E0QA 4OMVA 2JZRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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