3P7X | Genus

Total Genus 46

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	46
sequence length	166
structure length	166
Chain Sequence	GSMTEITFKGGPIHLKGQQINEGDFAPDFTVLDNDLNQVTLADYAGKKKLISVVPSIDTGVCDQQTRKFNSDASKEEGIVLTISADLPFAQKRWCASAGLDNVITLSDHRDLSFGENYGVVMEELRLLARAVFVLDADNKVVYKEIVSEGTDFPDFDAALAAYKNI

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__323942498579053__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__323942498579053__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3P7X/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__323942498579053__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"323942498579053","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3P7X/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__323942498579053__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cffd6cf3d85c5879f72aadd/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cffd6cf3d85c5879f72aadd/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cffd6cf3d85c5879f72aadd/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cffd6cf3d85c5879f72aadd/pdb.gz): 1188 ms

reading 166 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

166 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 20 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:165});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Staphylococcus aureus
publication title	Crystal structure of an atypical two-cysteine peroxiredoxin (SAOUHSC_01822) from Staphylococcus aureus NCTC8325 rcsb
molecule keywords	Probable thiol peroxidase
total genus	46
structure length	166
sequence length	166
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 1.11.1.-:
pdb deposition date	2010-10-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF08534	Redoxin	Redoxin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	3p7xA00

4MF7A 4OMVA 2V6KA 3DGQA 1NHOA 4KCEA 2XHFA 1H4OA 3LSZA 2IIYA 1E6BA 3H8QA 2AV4A 2RM6A 1FG4A 3VI7A 4TRXA 2FA4A 1O8XA 1WOUA 4IVFA 4TOPA 5JCUA 4X0XA 4ZIJA 3CRTA 5EVOA 3P90A 3HVSA 5D8IA 2B5EA 3I9V2 2FD3A 4G19A 1XXUA 3LFLA 1X0RA 3EMPA 1JZRA 4ISDA 5HR2A 4JR4A 2K9FA 3MDKA 3UEMA 4PURA 1J0FA 2N5BA 3QFAC 4IBPA 4NHWA 3TJKA 4ULXA 4PQ1A 4ZBDA 3FEUA 3MSZA 2KHPA 3F4SA 1FVKA 1QFNA 5L71A 1JFUA 3N5OA 5IMAA 2FUG2 3UBKA 4JR6A 4V1Ap 4OFTA 1PGTA 2YZUA 1ZL9A 4PXOA 4V2LA 2DJKA 1FW1A 2GDRA 3TCOA 11GSA 3CMIA 3HVXA 5ELAA 3DVWA 4BVXA 2VIMA 3LEFA 5IMVA 1K3OA 2VM1A 1SL1B 6GSSA 4KNDA 3VWXA 2V2GA 2L57A 3ZREA 4GXZA 1XOBA 1V57A 2JZTA 2GQMA 3UJ1A 12GSA 4JEDA 2ON7A 1TK0B 2V1MA 3F4TA 2LRCA 3GX8A 2MMAA 3WGDA 1ERWA 4L8EA 2E0QA 2JZSA 1RK4A 5B6NA 4OFNA 3LWAA 3TJBA 4MMMA 2RUFA 1AAZA 2AYTA 3U5RE 1XCCA 2CVKA 3TUEA 1GSEA 3LJRA 3VK9A 1WIKA 4Q5QA 1ILOA 2H73A 2IN3A 3HXSA 1F3BA 3G9BA 5KN0A 1FB0A 2C0FA 4BWSA 2LS5A 2YP6A 2CQ9A 4WR4A 2L6CA 1GLQA 4I6XA 1SKSB 3HVVA 5DAKA 1MDIA 2RUEA 2FCHA 2VD1A 3A2WA 3MWHA 5B6MA 4F2IA 2H0HA 2CVDA 5D96A 2X64A 2FWFA 4ZB8A 2I1UA 5HFKA 4IELA 3JCML 2GSRA 3FHKA 3ZYWA 1YJ6A 4HI7A 2MZCA 3M0FA 4OD7A 2H1DA 1YEPA 5B8BA 4MH2A 1EWXA 5B8AA 1QK8A 4KH7A 1B8XA 1X9MB 2WZ9A 2L4QA 1Z7PA 2HT9A 2B1KA 1SYXA 4GTUA 4MH3A 1ON4A 3QR6A 1C72A 3H93A 3IE3A 20GSA 4BL7A 3V1WA 2PWJA 1WMJA 3E0UA 1DSBA 4WEYA 1MD4A 5KN1A 1THXA 4HZ4A 1OC8A 5CRWA 2AJQB 1TK5B 1AXDA 1JHBA 3D4MA 4KCAA 3IPZA 3FY7A 1ACVA 3KMNA 2E7PA 4O32A 3TOTA 1K0BA 4YQVA 2HE3A 2RM5A 3GKXA 2OE0A 6GSWA 2WGRA 5CP1A 4J2FA 2GT5A 2WRTA 4NV2A 1SD9A 2LJRA 4EXJA 4OWYA 2XPEA 5B7CA 2R5GA 3IV4A 1XWCA 2RIIA 1SKRB 2WCIA 4L0WA 2WB9A 2RLIA 3BJ5A 4QL9A 4N0VA 5A4WA 4PGTA 1YF1A 2YCDA 4GWRA 2DJ0A 2DBCA 3GYKA 2IMEA 2NPBA 3L4NA 3R2QA 4DVCA 4POMA 3FR6A 1SYRA 4WF5A 2CAIA 5D9XA 2NBSA 4BVYA 5J41A 4LMWA 3DKSA 3D4TA 1M0UA 3P8WA 5A4UA 5J3RA 3VWWA 1T00A 3HDCA 1AQVA 2XBQA 2CAQA 4O92A 3HJOA 3C73A 1A2MA 2PU9C 5ECKB 1Z7RA 5ID2A 2H71A 9GSSA 1X9SB 1OC9A 2CZ3A 3AY8A 4L5LA 3EU3A 3HHVA 1AW9A 4MDCA 3UL3A 5ENUA 2R4VA 3WT1A 3TDGA 5G5EA 3Q74A 10GSA 2YV9A 1QXHA 1BYEA 5CO3A 3GA4A 5DALA 2KP2A 3LG6A 3KH9A 1NM3A 1OKDA 5ECNB 2C3TA 2KLXA 5C00A 4XIHA 2FLSA 2AUVA 2LNTA 4ECJA 4FYCA 2H72A 3QOUA 4NV5A 2JL4A 4BPYA 1SU9A 3FZ4A 2N5AA 1OC3A 2I4AA 4ZBBA 1GLPA 2DC5A 2Z9SA 2AAWA 1I5GA 4ECIA 5JCWA 5FHIA 1GRXA 5CNWA 1YF0A 3L9VA 2VL2C 3D21A 6GSTA 1M7TA 2C0GA 4IN0A 1ZZYA 4KAEA 1HYUA 4OO4A 3HD5A 2P31A 3GRXA 3PR8A 3ERFA 1EOHA 1ML6A 2KP1A 2PGTA 1U6TA 2VM2A 2B7KA 1TI3A 4EO3A 2YPMA 2P5QA 4J56E 3KIJA 2F51A 3UIWA 3GMFA 4PQHA 2JZRA 2C1YA 4ACSA 3P2AA 3G7YA 4IS0A 3QAGA 5DAKB 3NOFA 4MJBA 1J9BA 2OE1A 4POKA 1WWJA 3VFIA 1PKWA 1TRSA 4IJIA 1Y25A 2G0FA 4RI6A 1KBNA 2HYXA 3O76A 5ECQB 3FR9A 2K6VA 2IWTA 3CRUA 4JBBA 1THOA 2VCVA 2LTKA 3TJGA 1LJRA 4G10A 2BTOT 2GTUA 4GQFA 2YV7A 1GUHA 3LGCA 3CSJA 2H6XA 4TN8A 2VCTA 1F2EA 1GTBA 2H6ZA 4EVMA 4XS6A 5HFIA 3F6DA 4F9ZA 1VF2A 4Q5NA 3LYKA 2C8UA 3QDNA 1MDKA 1IYIA 5DDLA 1HD2A 1PRXA 3RBTA 2WDUA 3QFBC 1K0NA 1RW1A 4GF0A 1O6JA 4AJ7A 4O5RA 2FY6A 1U3AA 3BOAA 3TRPA 5ECHB 4KE3A 3GTUA 4DSRA 2DIZA 4QL7A 2C0EA 3IHQA 1T8EB 3RHBA 5J4UA 1ERVA 1M99A 2YWOA 4PUFC 1KEBA 3ME8A 3HZ4A 5GAND 2NTOA 3G7IA 3HKRA 5KEJA 3BCIA 2VAFA 2GLRA 3UVHA 4RI7A 4BWQA 4TXVA 1ABAA 3DIEA 4I2UA 4K1FA 4KA0A 3VPQA 1TU7A 2B6MA 3PINA 1USBA 5AIXA 4MPGA 5LD0A 1GNWA 2BMXA 5ELGA 1G0TA 5CRGA 5G30A 2JADA 3WYWA 2C3QA 1TXXA 3F3QA 2PBJA 4K2DA 4EKZA 5ID2B 4HQZA 2PMTA 2B5YA 2WS2A 1OC9B 4ID0A 5ECSA 1JLWA 1E2YA 1RQMA 5COHA 3D6IA 4MF5A 3QPMA 1B9YC 1QQ2A 3F6FA 1VRSD 1M2BA 1NHYA 3RDWA 2A2SA 2FWHA 2O7KA 1HQOA 1SK2A 5HR1A 2YWNA 2IFQA 1XW9A 5DALB 1GNEA 3I43A 1PD21 1K0AA 5JWQB 1GSFA 3D5JA 4Q5FA 3WGEA 1BAYA 5ECOB 2IMFA 3EURA 1TJDA 4HQSA 2YWMA 1KNGA 4IHUA 1PN9A 4IJ3A 4KSMA 2OBIA 4CDOA 3DVXA 2QGVA 1GUKA 1T4ZA 3O3TA 1HNCA 1V98A 6GSUA 2EIRA 2K8SA 2ALBA 1EEJA 3IXRA 3HJMA 1V58A 5ABRA 5J9BA 3LQ7A 2AB6A 3G7JA 1WE0A 2C4JA 1GWCA 3IK7A 3J7Yb 1UC7A 3TGZA 1XPVA 2YNXA 2MBTA 3EE2A 1PSQA 3F63A 2MMOA 2KUCA 2OA7A 4L0UA 3W8SA 1XWKA 5AISA 3N9JA 1XZOA 2QSIA 2VL9A 4XCSA 4Q5RA 4ML1A 4K0NA 4LL1B 4V2NA 5DQYA 4FIWA 5DVBA 3PH9A 2H1GA 1URMA 2LQOA 3FZAA 4KGIA 3H1NA 3GH9A 2YZHA 4ZB6A 5J5NA 3EWLA 1VGLA 5FWGA 4V2MA 4IQ1A 2V32A 5A4VA 3IK9A 5G1KA 4ZILA 4ZL9A 3FYGA 2EC4A 3ISOA 3FRCA 3MNGA 4IP6A 1EP7A 1SL2B 3LYPA 1SENA 3NIVA 3U6VA 4FO5A 1GP1A 2YWIA 1TU8A 3C1SA 2IPAA 1XFLA 2JACA 3F8UA 3CXGA 4TVEA 1CQGA 3VWUA 2R3XA 4AJ8A 4F0CA 2TRXA 2ES7A 4WKWA 1MEKA 3C1RA 4WETA 3DD3A 4WBRD 4POBA 1VF3A 2PVQA 2J23A 3BCKA 4MK3A 3IC4A 3ZLPA 2X8CA 3KMOA 2PVOC 4HU9A 1PQNA 2I81A 2F3MA 3APQA 1IYHA 2LNSA 1OE7A 1GSUA 3QD9A 6GSYA 3QMXA 2VCZA 3ZL5A 2ZCTA 4ZBAA 4AGSA 1K0OA 1JLVA 3FW2A 1ZYQB 5F8BA 5JCGA 3TKQA 1TRWA 3IAM2 3GTUB 1R5AA 1Z9HA 1LU4A 4KSOA 3SWLA 1FO5A 2K18A 3A5WA 3HJPA 1NSWA 2H1BA 3DYRA 4HUAA 4JU5A 4PNFA 1DE2A 3GSTA 3IRAA 4ILFA 5IMFA 4CHSA 3W6GA 3O6TA 4KDXA 3EVIA 3GN3A 3CTFA 3C8EA 1F37A 3WGXA 3VWVA 2XBIA 1I9DA 4EL1A 1K3LA 2DJ2A 1V9WA 4G2EA 4EDZA 3CTGA 4ZL8A 4POLA 2GZPA 4ZXGA 5DQSA 2DMMA 4YQUA 2HRNA 2VO4A 2C80A 3E3EA 5IMCA 3TKRA 1XOAA 4Z7XA 1PX6A 2VLUA 4GSNA 1S3DA 1GTUA 2C3NA 3M9JA 1A0FA 2OACA 3KTLA 5EL8A 7GSSA 2WFCA 1R26A 2PERA 2IL3A 3CYNA 4OO5A 1BG5A 1BEDA 3UOMA 2IFQB 1NW2A 4XHMA 2VL2A 3IR4A 1TRVA 1B4PA 5EY6A 2E2MA 4EE0A 1F3AA 2H30A 5JWRB 2VLVA 2H66A 3GX0A 3UMAA 1OVNA 3A2VA 4O7HA 3DXBA 5A5KA 3KGKA 2ON5A 4HJMA 5KN2A 1TDIA 2B7JA 1S3CA 3ZMLA 1QMVA 2HSHA 2LRTA 1T4YA 4FYBA 1M2DA 1XW5A 1OKTA 4F82A 1J08A 4K8MA 3BBYA 5C04A 2REMA 4MA9A 1Z3EA 4X1UA 1N2AA 2X8GA 5J9CA 4KB3A 5AN1A 3RPNA 1JZWA 1DUGA 2LQQA 2EIOA 2MMZA 3ZIJA 5IMZA 1XW6A 1XWAA 4GSSA 1UN2A 3PGTA 1A8LA 1O8WA 4N11A 1K0DA 5IO0A 1FB6A 2VL3A 3KP8A 1TP9A 6GSVA 2MYGA 4D73A 3QCPA 3WD6A 5ECRB 1X5DA 1V40A 1U88A 1F9MA 3S9FA 3A2XA 4HJ2A 4K9ZA 2GQLA 3HA9A 1O73A 1BQ7A 5F0GA 1W89A 2IJYA 2F8FA 2YN1A 4MJAA 2HXKA 2VOCA 5KN3A 4DSSA 2VCQA 2DJ1A 2FGXA 3TRQA 3SBCA 1ZGNA 3L9UA 3A3TA 1GSYA 5F07A 3TKSA 1SJIA 3BD2A 4F03A 1T1VA 4KDUA 2FWGA 3IAS2 4HDEA 4ZL7A 1OE8A 1Q4JA 1SJ6A 2HI7A 2JSZA 3UVTA 4ML6A 4MZBA 3ZFLA 1V2AA 2QC7A 5GSTA 4TR4A 2PUKC 4XS4A 1FAAA 1K0MA 3ZRDA 2DJ3A 4MABA 4JRRA 3Q18A 4ECBA 3KJYA 3KEBA 2B3SA 2I3YA 2LV3A 2DIYA 2R37A 4K0GA 1WPIA 3RPPA 2CX4A 3TKSC 4MF6A 2OJLA 3IDVA 4AF2A 1GTAA 2AHEA 1H75A 4NWYA 1UVZA 1JZOA 2CV4A 1OYJA 3H79A 2FWEA 22GSA 3GKMA 1DBYA 5ECLB 1AQWA 5IO2A 5D9VA 4PX1A 1EZKA 5DCHA 4HS1A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2ZNM A;  4IW9 A;  1FHE A;  4K7N A;  4PQI A;  3IBH A;  1PL2 A;  1ZOF A;  3IA1 A;  1SKW B;  2KOK A;  2L6D A;  1WP0 A;  4IP1 A;  4KDY A;  4GST A;  3KP9 A;  1W4V A;  1AQX A;  1KTE A;  2EIQ A;  1ZCP A;  2CZ2 A;  2PPT A;  3VI5 A;  2JSY A;  3EU4 A;  1X9W B;  1FOH A;  3KM6 A;  1Z6N A;  4O5Q A;  2L4C A;  1YEX A;  5DJM A;  2O8V B;  4JE1 A;  2A4V A;  5F06 A;  2XC2 A;  1YDK A;  4TKY A;  2NVL A;  2XPD A;  5IPG A;  3ED3 A;  2HSY A;  4NPB A;  4F0B A;  3CSI A;  2X99 A;  2D2Z A;  1G7O A;  2GS3 A;  5AIV A;  3D22 A;  2F9S A;  1G6W A;  2HZF A;  3TKP A;  4AJ6 A;  4PNG A;  4RQR A;  5D93 A;  18GS A;  1SK1 A;  3KH7 A;  1X5C A;  2V41 A;  2G2Q A;  5INY A;  1PKZ A;  1YKA A;  2VLT A;  3EMX A;  1G7E A;  3GHA A;  1K0C A;  3KD0 A;  5IIZ A;  2CA8 A;  4MZW A;  2GZY A;  4XTS A;  4HEA 2;  14GS A;  4FYU A;  4GRF A;  4NHZ A;  3TOU A;  4TR1 B;  4E8H A;  2GGT A;  3I69 A;  4I2T A;  17GS A;  1AIU A;  2LRN A;  5D9T A;  4DEJ A;  1A2J A;  4WXT A;  1M2A A;  1PX7 A;  3TJF A;  2HZE B;  2N5F A;  1QGV A;  3FMW A;  4LA1 A;  1CQH A;  1GUL A;  5HR0 A;  1T7P B;  1R4W A;  2GST A;  3E9J B;  3TJJ A;  4KW6 A;  3IHG A;  2P5R A;  4WR5 A;  1TOF A;  5AGY A;  4Z2U A;  2PN8 A;  4K7O A;  1A24 A;  5IM9 A;  5FT3 A;  3NZN A;  2E2G A;  3ZZX A;  1TK8 B;  4MJC A;  2TIR A;  1O81 A;  1GSQ A;  3FKF A;  3ZMK A;  4N0Z A;  1PA3 A;  1TKD B;  1A8Y A;  8GSS A;  4NXI A;  3J7Y k;  3L0H A;  4NMU A;  1R5P A;  2GQK A;  2VCX A;  1A23 A;  2K8V A;  2VUP A;  3CBU A;  1EOG A;  1B4Q A;  5HR3 A;  2H6Y A;  3RAZ A;  3HCZ A;  1N8J A;  2OKA A;  3GL5 A;  1PMT A;  4DSQ A;  2YJH A;  3F4R A;  4OCE A;  2J9H A;  1HNA A;  3IOS A;  3QAV A;  5D9W A;  1JZD A;  2M46 A;  3DML A;  4HZ2 A;  3HYP A;  3H4K A;  3LXT A;  1UA5 A;  3HY2 A;  1DE1 A;  3FR3 A;  3KCM A;  2R6K A;  1FOV A;  1EGR A;  2VD0 A;  5KOX A;  4LLR A;  2P0G A;  2L5L A;  2GT6 A;  5ECI B;  2YOI A;  1QUW A;  4FH8 A;  2LEG A;  3QAW A;  3GUS A;  3PPU A;  3Q6O A;  2ZUP A;  5E59 A;  4E8E A;  2B1L A;  1R7H A;  2DML A;  2L5O A;  3ME7 A;  2M72 A;  1ERT A;  1GUM A;  1S3A A;  3DEX A;  4YAP A;  2HSM A;  2H01 A;  3GSS A;  3Q19 A;  4I97 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3P7XA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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