3S9FA

The structure of tryparedoxin i from leishmania major
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
144
structure length
144
Chain Sequence
SGVAKHLGEALKLRKQADTADMDSLSGKTVFFYFSASWCPPCRGFTPQLVEFYEKHHDSKNFEIILASWDEEEDDFNAYYAKMPWLSIPFANRNIVEALTKKYSVESIPTLIGLNADTGDTVTTRARHALTQDPMGEQFPWRDE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structures of the tryparedoxin-tryparedoxin peroxidase couple unveil the structural determinants of Leishmania detoxification pathway.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Tryparedoxin
molecule tags Electron transport
source organism Leishmania major
total genus 48
structure length 144
sequence length 144
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13905 Thioredoxin_8 Thioredoxin-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3s9fA00
4IQAA 4WBRD 2EIOA 4EO3A 2B6MA 3HD5A 1GSYA 2HNLA 2LV3A 4HOJA 4ZILA 2TRCP 3UL3A 1NHOA 2I3YA 4JZQA 5HR2A 5DALA 6GSWA 2BJXA 1OVNA 1OC9B 4PGTA 3QDNA 2Z9SA 1GSDA 1O7UA 2C3TA 3TJKA 2PGTA 3ED3A 2B3SA 3A2XA 2DMMA 3TUEA 5B6NA 2IFQA 4O92A 1HNBA 1X5EA 4WETA 4NV2A 1O8XA 2IMDA 4RUVA 1OYJA 4DSSA 2H71A 1SL1B 1TI1A 1YKCA 3GYKA 4OWYA 1ERUA 2HT9A 1LU4A 1K0OA 3MSZA 1YEPA 3Q74A 5ECOB 3U6VA 1K0BA 1VF2A 1THXA 3QAWA 1DUGA 4XRDA 1WJKA 3KH7A 4XS4B 2AAWA 2VCXA 3KP9A 1Z6NA 5E4WA 2VCWA 1BQ7A 2PMTA 1QK8A 2CVDA 1XW5A 2MMAA 2H76A 2AHEA 4BWSA 1A23A 1TU7A 4HS1A 2NDOA 1AQXA 5H5QA 2OJLA 1Z7PA 3GKMA 4PUFC 3AY8A 3EYTA 3ZLPA 16GSA 4YQUA 1U87A 2GZYA 4NPBA 1UA5A 3GKXA 2GSTA 3GV1A 4ACSA 5COHA 4RI6A 3F3RA 1G7OA 5IMFA 4HU9A 3TOTA 1NHYA 5IMCA 2JZSA 2GLRA 2VLTA 2E2GA 1SK1A 4MH2A 2X99A 4KA0A 1GRXA 2F51A 3TKPA 5IMAA 3TKQA 3EINA 1XOAA 1BEDA 4LLRA 2VL2C 3IAS2 4GXZA 2VLVA 4Q5RA 4ZB8A 4X1UA 3RPNA 1XWBA 3F4RA 3IOSA 2GGTA 1DSBA 1K3OA 4YQVA 4OFNA 3TJGA 4MPGA 4K0GA 3CTGA 2I1UA 5J9CA 5ECSA 3GX0A 3ZITA 1DE1A 5F07A 2VLUA 3Q6OA 1FOVA 1A2JA 2V1MA 1SYRA 2XHFA 3QD9A 2LQQA 2DLXA 4O7HA 1XVWA 1JZWA 2V2GA 3L4NA 1SKRB 3H8QA 4BVYA 2H1AA 2L4CA 4XTSA 2ZCTA 2LUSA 2GTUA 7GSSA 3FRCA 2O85A 1B8XA 1U3AA 3VFIA 4GSNA 1WWJA 2WB9A 1S3DA 1YY7A 4TR3A 2FA8A 3A2VA 4P3YB 1SJIA 2IWTA 2C0GA 19GSA 1AXDA 2GQMA 4L5LA 4PNGA 3VI7A 5G1LA 3TJBA 2RLIA 3FR6A 3LXTA 4IGJA 2CX3A 3DYRA 5F8BA 1ERWA 3NZNA 4POBA 1VF1A 1R7HA 5ECQB 5GAND 3MNGA 2NVLA 2PBJA 5DCGA 1GSSA 1AAZA 1BAYA 3QAVA 3F3QA 1GL8A 4TXOA 2YP6A 2H75A 1FVKA 3KTBA 3IK7A 1TP9A 4AF2A 5JCGA 2OBKA 2QSIA 5DQYA 4TR1B 4AJ6A 3WYWA 1KEBA 3O3TA 3APQA 1GP1A 1M99A 3EMXA 4EKZA 1TI3A 1OC9A 3FYGA 2DC5A 3L78A 5DBQA 3HZ4A 4ID0A 2MBSA 4QL9A 3ZIVA 4MZWA 2E2MA 5EPFA 3HYPA 3G7YA 2HRNA 3N5OA 5GSTA 3E3EA 2HE3A 4MP4A 3GKKA 1ERVA 2IL3A 5D9VA 4PURA 2IMIA 2C1YA 4XS4A 1G6YA 5H5RA 3HJPA 5IPGA 4IVFA 1THOA 2OE0A 4HZ2A 4XIHA 3P7XA 4BWQA 3C73A 4GRFA 4ECBA 3KD0A 4NMUA 3ME7A 2PWJA 3TKSC 3D22A 1CQHA 2YANA 3WGEA 4AGSA 5B8AA 3KEBA 3C1SA 1ML6A 1U3IA 1FB6A 2VL2A 3EU4A 3H1NA 3VWUA 3VWVA 3TKSE 2X64A 5ECRB 4WKWA 3EU3A 1URMA 3W8SA 1K3YA 3HVVA 4F03A 3QPMA 1ON4A 4POLA 1CQGA 5DAKA 2VCVA 5J3RA 4QQ7A 4GF0A 2FUG2 2LRCA 2EIRA 4JBBA 5IOXA 2V41A 1G0TA 2V32A 2WZ9A 1SL2B 2PUKC 1R4WA 1QMVA 4J56E 3GTUB 1DE2A 4ZBAA 1UC7A 4TR0A 4LMWA 4FYUA 3TRPA 3M1GA 2HZFA 2C4JA 2EIQA 3ERGA 3HY2A 6GSUA 3LG6A 1G7EA 4CDOA 3LXZA 5A4WA 4IBPA 2YWNA 1XZOA 2J9HA 1TXXA 3C7MA 5DJMA 3MWHA 3IBHA 3ZIJA 1GLPA 2DJJA 5IIZA 1M2BA 5IMZA 1WRYA 2VUPA 1JZOA 5IMDA 2TIRA 2CVBA 3KJYA 4G9HA 2K9FA 1EV9A 3S9FA 3IPZA 5A5KA 1O6JA 1IYIA 1XW6A 4CHSA 2OBIA 2HYXA 4JU5A 2DJ1A 4KDUA 1HNCA 2V6OA 5KN2A 3HJMA 3F4SA 5KN3A 2IMEA 1AIUA 1R26A 1TK0B 3ZFLA 3D4TA 2OE1A 2P5QA 4K7NA 3BD2A 4GSSA 1ZYEA 2C80A 2H6ZA 3F6FA 2XBQA 4WF4A 5HR3A 2FWGA 2IN3A 2DJ2A 5DQSA 1YF0A 4KGIA 1FG4A 4BL7A 1GTAA 2FWEA 1YF1A 2O89A 5GAPD 3GMFA 2G2QA 22GSA 3VURA 3U5RE 1SD8A 1NM3A 4PNFA 4ECCA 4TR1A 5CO3A 4WXTA 3UBKA 3G7IA 4PQIA 5EY6A 4F0CA 5G30A 3BBYA 1PMTA 3GURA 2MMNA 2RIIA 1JLVA 3A2WA 2RM5A 4ZL9A 1ABAA 2VCZA 4I6XA 5ECKB 1GH2A 3I6AA 1GNEA 2VM1A 3KH9A 1XOBA 1NSWA 3TKSA 1R5PA 2JZTA 4EL1A 2OKAA 2B1LA 1OAZA 2ZUPA 4LA1A 3VK9A 13GSA 2C3NA 5IQYA 3ZMLA 4IW9A 4RI7A 5G5EA 1RK4A 2EC4A 1OKDA 5ABRA 1JHBA 3Q19A 5IOWA 3IAM2 2P0GA 3FZ9A 1HD2A 2KUCA 1EZKA 2K8SA 4E8HA 1MEKA 2AYTA 1Q4JA 4EUYA 1HYUA 4POKA 4TRXA 3TRQA 1QGVA 2CQ9A 1V2AA 4XRAA 3F63A 3LQ7A 2J23A 2CV4A 2JSZA 2YNXA 3GSSA 3L9SA 2FY6A 3CRTA 3V1WA 3LWAA 4MMMA 1A2MA 5CRWA 3RAZA 1AQVA 2X8GA 5JWOB 1XWKA 5CP1A 5F06A 3CSIA 4F0BA 1H75A 3P8WA 2B5YA 2HLSA 4G19A 1RQMA 1Z6MA 2H0GA 5CREA 5CRGA 3H4KA 1V58A 5HFIA 4IS0A 3GTUA 4WF5A 1GTBA 2NBSA 5ECMB 1GWCA 5ECHB 1YDKA 5DJLA 3TB2A 1ZCPA 5D73A 3W6GA 3GRXA 1MDIA 20GSA 3M9JA 3BCKA 2YOIA 4ECIA 4O32A 1B4PA 2FD3A 3HDCA 4WR4A 2KHPA 1DBYA 4V1Ap 2OACA 4N11A 3APOA 5FWGA 3D4MA 4POMA 4HJMA 3IE3A 5DAKB 1V98A 4KW6A 3KP8A 2A2SA 1QXHA 1HNAA 2DBCA 2AUVA 1IYHA 5D93A 4MF5A 1E2YA 4RQRA 3IK9A 3VPTA 1YKAA 2AB6A 1Z7RA 1USBA 4ZBBA 2FWFA 1GTUA 5JCWA 3R2QA 2OE3A 1O81A 4K2DA 2A2RA 1M0UA 1T8EB 2R5GA 2DSAA 4V2LA 1G6WA 1B48A 4L0UA 3VWXA 1FO5A 1M9AA 4ZL7A 4H86A 1PA3A 1YZXA 1WE0A 5J5NA 4I2UA 3UAPA 3LGCA 4EC0A 3W8JA 5JCUA 3FK8A 1XW9A 3WT1A 1YEXA 4V1Ag 3QCPA 3QFBC 2H72A 2YJ7A 1OE8A 3SBCA 1ILOA 1K0DA 1WP0A 2K8VA 4DSRA 4AJ8A 3PINA 5G2ZA 5EVOA 2GVPA 2G0FA 3JCML 3UOMA 3H93A 2H6YA 1S3AA 4I8BA 1ZGNA 2LSTA 2GSQA 3HHVA 3UEMA 1PX6A 3RPPA 3EWLA 2RUFA 1MDKA 3WD6A 2KP1A 2H74A 2FNOA 2A4VA 4X0XA 1QUWA 3GL5A 3ISOA 4K6XA 2HSYA 5A4VA 3OR5A 4ECJA 1J08A 1BJXA 4K7OA 2LRNA 1XVQA 4OO5A 4IKHA 2X8HA 4HDEA 1TK5B 2H30A 3D6IA 4Z7XA 5KN1A 3VI5A 1T3BA 3K8NA 4DSQA 2TRXA 3Q18A 4WR5A 1PKWA 3TDGA 2LJKA 4OFMA 4NXIA 2H8LA 3LYPA 1R5AA 1V40A 1F2EA 4YH2A 1VGLA 2GSRA 3MDKA 1PN9A 3CXGA 4NHZA 1WOUA 1ZMAA 5G1KA 1JZRA 5LD0A 1FHEA 1A0RP 5HR0A 4DVCA 3I9V2 1UVZA 2CVKA 1SKSB 1SYXA 3G9BA 2KP2A 2QC7A 1Z3EA 2H0HA 4ZB6A 2DJKA 3EC3A 3DIEA 1PL2A 2C3QA 2GT5A 1SK2A 1MTCA 1B9YC 4K7IA 1XCCA 2HZEB 2C0DA 2B1KA 3ZL5A 5DVBA 5EL8A 3F6DA 5DDLA 2HFDA 3CTFA 4IP1A 2REMA 4TXVA 2XBIA 1ST9A 1GUKA 5D96A 3M3MA 2AJQB 3HVSA 1BG5A 3HXSA 5LCZA 1WPIA 3QMXA 2IMKA 1X9MB 4K9ZA 1QQ2A 2F8AA 1ZYQB 1TDIA 2L4QA 3P90A 1J9BA 2ZNMA 3HJOA 2C0FA 4KCEA 4BVXA 3UVTA 4JRRA 4IHUA 3DRNA 4F2IA 5G5FA 4GLTA 3QR6A 11GSA 3NOFA 2C0EA 1SJ6A 3HKRA 5E59A 4HJ2A 3LORA 4J57E 4L8EA 1GNWA 5IPHA 2VD1A 4TVEA 1K0MA 2WJUA 4NV5A 2IJYA 3FKFA 2LS5A 1EEMA 4OFTA 2H70A 1VRSD 2VOCA 4TKYA 4K1FA 3M8NA 3KMNA 2P31A 2YZHA 1X5CA 2VAFA 4KDXA 4KAEA 3TGZA 3VPQA 4KSOA 4HI7A 2F8FA 3UBLA 2JADA 3D21A 3GH6A 4L0WA 3EMPA 3CYNA 1ZL9A 3KXOA 3ZREA 3H79A 2MMZA 4YAPA 4MDCA 3FY7A 4ISDA 1PQNA 2O87A 3C71A 2YV9A 3GUSA 2YN1A 1M9BA 1TK8B 4JEDA 4EDZA 5ECPB 5CAXA 3US3A 1XPVA 1M7TA 1PGTA 4N0ZA 4FYBA 2H0IA 2MBTA 4ULXA 2CAQA 1A2LA 1KTEA 3DVWA 2L6CA 3WT2A 4K8MA 1PSQA 1TOFA 3KM6A 2H1GA 1M2DA 4MZCA 17GSA 4NAXA 2M46A 1I5GA 1H4OA 2XPEA 2GQKA 1EOHA 4G2EA 2R37A 1ACVA 2RM6A 1EGOA 4FH8A 3UIWA 1Q98A 3J7Yk 1X0RA 2WDUA 3O6TA 4V2MA 2R2JA 4MH3A 2DIYA 4IN0A 4IQ1A 9GSSA 2XC2A 2IIYA 3UMAA 5F0GA 6GSVA 4FO5A 3NIVA 2I81A 3L0HA 3DVXA 4Q5FA 3J7Yb 2K6VA 3PH9A 2DJ0A 3TJJA 5LNKe 1B4QA 4YAVA 1O8WA 5AN1A 5AGYA 3UARA 4I97A 1A8LA 4TR4A 4MF7A 3SWLA 2R4VA 5AISA 1QFNA 2FCHA 2YWMA 4TN8A 1NW2A 2YCDA 3A5WA 3FW2A 1SU9A 4X43A 1OKTA 3ZTLA 4BPYA 5INYA 1TW9A 1TRSA 2MMOA 4ZXGA 3D0ZA 3GX8A 3LSZA 4HEA2 4KNDA 3RHCA 3ERFA 2GZPA 2HZEA 2KOKA 1T4ZA 1W89A 2MZCA 3QAGA 4NHWA 5KN0A 3FZAA 8GSSA 4XS1A 5L71A 4GWRA 5B6MA 3RHBA 4HZ4A 3MAKA 1T4YA 1XWGA 2OA7A 4WBJA 5CNWA 1GLQA 5IO2A 2WRTA 2VO4A 4MZBA 3DWVA 2LTKA 3BJ5A 5FT3A 3ZFBA 2QKEA 1F9MA 3ZRDA 2I4AA 2CZ3A 2PU9C 4XCSA 2N5AA 4RQXA 2K18A 2YV7A 1K0AA 2L59A 3M0FA 4J2FA 5ECNB 4GQCA 1O73A 2LQOA 1MDJA 1XFLA 3BOAA 2CA8A 3P2AA 1V9WA 2H66A 4PX1A 3RBTA 1PL1A 5F05A 2GQLA 1I9DA 3TRXA 1YQ1A 3VLNA 5H5SA 4N10A 4MJEA 4KSMA 4IJ3A 3TJFA 2LEGA 2CT6A 2B7KA 3QOUA 4FYCA 1AW9A 2V6KA 1SL0B 2R6KA 5B8BA 2PPTA 4JR6A 2FWHA 4G10A 3GHAA 1GUHA 4E8EA 2MYGA 3LEFA 1M2AA 1GUMA 3HZ8A 4KE3A 2CAIA 4XS6A 1RW1A 3ME8A 4OCFA 1XWAA 1WIKA 4BA7A 1PD21 2IMFA 3FZ4A 14GSA 1W4VA 4EF0A 1EGRA 4OMVA 2HI7A 5D9WA 2CX4A 5IMVA 2JSYA 3ZYWA 1OC3A 1SK0A 4IP6A 1SKWB 5GSSA 2LKUA 1EP7A 4MA9A 1AC1A 1ZZYA 1B9XC 5C04A 2VL9A 4ZB9A 3QFAC 1C72A 1Y6EA 2F3MA 1SENA 1OC8A 2FHEA 5AIVA 1XXUA 1GTIA 4LL1B 3WGDA 4F9ZA 5JWQB 1HQOA 5AIXA 4EDYA 3HCZA 3KGKA 1K3LA 2HSHA 1GULA 5HFKA 4HU7A 1JFUA 4GTUA 3GIXA 1ZOFA 1UN2A 3E0UA 4EVMA 1TU8A 1GSEA 3N9JA 3LJRA 2WCIA 2O7KA 4PUAA 4GQFA 4MJAA 4I2TA 2E7PA 3DKSA 2GS3A 2B5XA 2DJ3A 1YJ6A 1MD4A 1TRUA 2LJAA 4PXOA 3IRAA 3CSHA 2WGRA 2BTOT 3KZQA 3GKNA 1X9SB 2VIMA 4LMVA 2OADA 1U6TA 1X9WB 4KCAA 2XPDA 4XHMA 4O5RA 2JU5A 2H73A 2VM2A 4ZBDA 1F3AA 3F9UA 2VCTA 5D9XA 3APSA 3GSTA 2WS2A 2R3XA 3IXRA 3GA4A 3CRUA 4IELA 5ELAA 4OD7A 5ECLB 1A8YA 2H1DA 3CSJA 1Y25A 3C1RA 3C8EA 4D73B 3LYKA 4HQZA 5HR1A 3DEXA 3E9JB 1BYEA 3M9KA 2H1BA 3ZZXA 3FZ5A 3A3TA 2B7JA 1EOGA 2AV4A 1EV4A 2JZRA 3KTLA 2L57A 2LNTA 1LBKA 1TRVA 4EXJA 2IPAA 3IR4A 1F37A 3GNJA 3I43A 4K0NA 3RDWA 4N30A 2JL4A 2P5RA 2ES7A 3GFKA 2GT6A 4KB3A 1TRWA 3DMLA 1K0CA 1XBSA 5ECIB 4TOPA 1PRXA 1XWCA 1K0NA 2M72A 1PKZA 2HXKA 2I9HA 2N5BA 4F82A 3FR3A 4ZL8A 5ID2B 1TKDB 1LJRA 3GL3A 2VCQA 4ML6A 2BMXA 10GSA 4MCUA 1BX9A 1JLWA 4JE1A 4V2NA 1F3BA 5JWRB 3VWWA 2YWIA 3TKRA 2FLSA 2PVOC 4KX4A 3HA9A 4I5QA 5ENUA 6GSTA 1GSUA 4YQMA 4GSTA 4FIWA 5CRHA 5DALB 3IA1A 1MD3A 5DCHA 2H01A 4OCEA 5KEJA 1SJZA 1FW1A 2E0QA 1Z9HA 1VF4A 4HQSA 5FHIA 1T00A 6GSSA 1EEJA 3UVHA 2FA4A 2M80A 1JZDA 4OO4A 2IFQB 1E6BA 4MF6A 3KIJA 2NPBA 18GSA 2B5EA 4HUAA 2PN8A 3GN3A 4DSSB 2ALBA 4JR4A 2WULA 2YJHA 1X5DA 1FB0A 4ZIJA 2YZUA 1TJDA 2L5LA 4IJIA 4MLYA 2H6XA 2N5FA 1WMJA 1XIYA 3LFLA 4EE0A 3DD3A 1N8JA 2PVQA 1A0FA 4DEJA 5J41A 3IHQA 1T1VA 2JACA 3F8UA 3TCOA 1SD9A 3WGXA 1GSFA 3FR9A 1F6MC 3IC4A 2QGVA 2LNSA 4KDYA 5D8IA 3UJ1A 2VD0A 5CYYA 1TTZA 3DGQA 3EVIA 1AQWA 3F4TA 1Z5YE 2X8CA 1A24A 4GCIA 12GSA 3PGTA 3FHKA 2RUEA 2YWOA 3BCIA 1GSQA 4AJ7A 3CBUA 2GZZA 4PQHA 2ON5A 3KMOA 3ERWA 1ERTA 4PQ1A 5J9BA 5G31A 3EURA 2HRFA 4MPFA 5HFGA 1S3CA 2FGXA 2L6DA 5ELGA 1KNGA 6GSYA 4CW9A 2L5OA 2H19A 2NTOA 1AUCA 1V57A 5A4UA 2CZ2A 4Q5QA 3I69A 2ON7A 2LRTA 3ZVJD 1EP8A 2F9SA 4MK3A 4D73A 3ZVJA 4Q5NA 5GZZB 3IV4A 4MJCA 4ML1A 2PERA 4LL4B 3G7JA 1VF3A 4WEYA 5D9TA 3KCMA 5HQPA 2YPMA 3GH9A 2O8VB 2KLXA 3CMIA 3O76A 2VL3A 4L5OA 2GSSA 3ZMKA 2D2ZA 5IM9A 4NWYA 2C8UA 5CRDA 4TW5A 1J0FA 1KBNA 1FAAA 3IDVA 3DXBA 3FEUA 6GSXA 3L9VA 4KH7A 4QL7A 2DMLA 3TOUA 1PX7A 3HVXA 3PR8A 1EWXA 4N0VA 1OE7A 1U88A 1T7PB 2LJRA 2WFCA 4KUNA 3L9UA 2DIZA 2GDRA 3D5JA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
...loading similar chains, please wait...
How to cite