3TB2 | Genus

Total Genus 64

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	64
sequence length	219
structure length	218
Chain Sequence	GYHLGATFPNFTAKASGIDGDFELYKYIENSWAILFSHPNDFTPVTTELAELGKMHEDFLKLNCKLIGFSCNSKESHDKWIEDIKYYGKLNKWEIPIVCDESRELANKLKIMDEQEKDITGLPLTCRCLFFISPEKKIKATVLYPATTGRNAHEILRVLKSLQLTYTTPVATPVNWNEGDKCCVIPTLQDDEISKHFKNEITKVEMPSKKKYLRFVNL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__047693087256951__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__047693087256951__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3TB2/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__047693087256951__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"047693087256951","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3TB2/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__047693087256951__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d03087c6ce9cf02e6076111/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d03087c6ce9cf02e6076111/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d03087c6ce9cf02e6076111/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d03087c6ce9cf02e6076111/pdb.gz): 64 ms

reading 218 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

218 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 22 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:217});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Structural genomics,unknown function
source organism	Plasmodium yoelii
publication title	Genome-scale protein expression and structural biology of Plasmodium falciparum and related Apicomplexan organisms. pubmed doi rcsb
molecule keywords	1-Cys peroxiredoxin
total genus	64
structure length	218
sequence length	219
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date	2011-08-04

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00578	AhpC-TSA	AhpC/TSA family
A	PF10417	1-cysPrx_C	C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.1020.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2	Antioxidant, Horf6; Chain A, domain2	3tb2A02
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	3tb2A01

3R2QA 2OKAA 3F4SA 5IO2A 1TXXA 3F0IA 3MWHA 6GSUA 3HY2A 2PWJA 4IW9A 2H72A 3ME8A 1EV9A 2LSTA 2CZ3A 2AB6A 2MZCA 3CTFA 4WBRD 3EU4A 1QK8A 2C3TA 5CP1A 1EP8A 1WPIA 1SK0A 3RBTA 1A0FA 1N8JA 2M72A 3TDGA 1BEDA 3QFAC 2P5QA 1SD8A 1R5PA 1OE7A 2C0DA 5D73A 3NIVA 2VL2C 2O7KA 3KTLA 5D9XA 2PBJA 4MH3A 2WDUA 1B48A 2V6OA 2V6KA 1T3BA 4PUAA 2LRNA 3FRCA 2PUKC 1TRVA 1XBSA 4L5LA 2K9FA 2H01A 3DKSA 2YWIA 3QOUA 4OFNA 4F2IA 3KEBA 3GKXA 1SJZA 4RI6A 4ZXGA 4OO5A 4HZ4A 4IQ1A 4CHSA 5KN1A 2GLRA 3VURA 1AQWA 5HFGA 4BWSA 1WWJA 3H8QA 2CAIA 2I9HA 1T4YA 2I4AA 4X0XA 5ABRA 1GWCA 3UVTA 4GQFA 4KW6A 2IMIA 5EY6A 4ID0A 3C71A 1WP0A 3P7XA 2L4CA 3ZITA 2XHFA 5E59A 1VRSD 2DIZA 2KP1A 5G1KA 1FW1A 1NM3A 1OAZA 3M9KA 2PU9C 3IHQA 2X99A 2H30A 4F82A 2WB9A 3FYGA 2F3MA 3A2WA 1TK0B 2LTKA 4I6XA 3V1WA 3TKSC 3ZVJD 1DBYA 4HJ2A 3Q19A 3QAVA 3UBLA 4GSNA 4HJMA 4QQ7A 2TRXA 4TKYA 2REMA 2YJHA 3EMXA 5ELGA 1SKWB 2HZEA 1M2AA 3IDVA 4PNGA 2YWNA 3M9JA 1ZCPA 2N5FA 2VD0A 4NWYA 3ERGA 2MYGA 3PR8A 1EEMA 3KZQA 1YY7A 4MJEA 2X8HA 2L59A 3TRPA 3EE2A 5KEJA 4YQVA 3I6AA 3TCOA 4LL1B 4GCIA 4AF2A 3LYPA 3GUSA 3QDNA 2G2QA 1EGRA 2LRTA 2OADA 1GNWA 3A5WA 4KSOA 1X9MB 2LKUA 2RUFA 2KLXA 3GKNA 2QC7A 4EDYA 2JACA 5G1LA 4I97A 9GSSA 3HA9A 5GSTA 2H8LA 3UAPA 1K0DA 4K8MA 4GSSA 4EDZA 2G0FA 4O32A 1DSBA 1V9WA 2HLSA 3WD6A 2I81A 2WS2A 1TK5B 5ECHB 1TW9A 4CDOA 2K8SA 3TKQA 2JU5A 5D93A 5F8BA 3F3RA 3D4MA 4MF6A 2OJLA 5DALB 3RHBA 1ZMAA 4WKWA 1JZWA 1OKDA 1IYHA 1R5AA 4G2EA 1CQGA 3EC3A 3GMFA 1OC9B 4KCAA 4Q5NA 2J23A 5AIVA 1BX9A 4PX1A 2YN1A 1OYJA 2DMLA 1E2YA 2B7KA 3HKRA 1AQXA 3AY8A 1K0OA 2XC2A 2C3NA 5JWQB 3C7MA 1M9AA 3TJFA 1EOHA 2XPEA 2H73A 4AJ7A 4WBJA 2GSQA 3IPZA 3GX0A 4IELA 5HFIA 2C80A 3HZ8A 10GSA 2LUSA 4XS4B 2OBIA 3APOA 4CW9A 4ECBA 1QFNA 5HR1A 5HR2A 1BAYA 2E2GA 1W89A 4QL7A 1A24A 5H5SA 4POLA 1AXDA 3F6FA 2AJQB 3W6GA 1XOBA 5D8IA 1GSYA 2NTOA 3FR9A 2F51A 1XXUA 2ZCTA 1AIUA 1SJ6A 2X8GA 5JCGA 1BJXA 1XOAA 3PINA 4KUNA 4ZB9A 4ILFA 5DCGA 2FWHA 3GTUA 2CQ9A 3I43A 4EO3A 2QGVA 2CVDA 2DC5A 4V2LA 2V2GA 4K9ZA 1K0AA 4MLYA 3P90A 4HDEA 5CNWA 2HI7A 5DCHA 4IVFA 3HVVA 1RK4A 3DRNA 1X5CA 1I9DA 1Q98A 1ZL9A 3TKPA 2GSTA 2OE3A 1ZOFA 4WEYA 4NHWA 1QMVA 3Q6OA 3JCML 4JR4A 2YOIA 3MSZA 4RI7A 2PN8A 4L0UA 1XW6A 4POBA 1O73A 2FGXA 1T1VA 4OWYA 1GLPA 1M99A 2C0FA 3U6VA 3CRTA 2ON5A 4N10A 1QQ2A 2CZ2A 2LNTA 2VCVA 2H66A 4BWQA 1WRYA 1LU4A 4QL9A 1K0NA 1GTUA 1B9XC 2R3XA 3GHAA 2C8UA 5E4WA 2N5BA 3DD3A 1H75A 5CRGA 2RM6A 1JLWA 2O87A 3BD2A 2GQMA 4FYBA 2RUEA 4DSRA 2JL4A 1YF0A 4AJ6A 4IP1A 1Z3EA 4L0WA 1HNCA 4ZL8A 1O7UA 1U87A 2FNOA 2VCZA 1F37A 4IBPA 2VM1A 2MMZA 2GZYA 4JBBA 1GSSA 2EC4A 2YNXA 3C1RA 4ML6A 2IMDA 1GSUA 2H70A 4D73A 1DUGA 2BMXA 1EGOA 2AUVA 2P5RA 2IJYA 4IN0A 5DALA 2HT9A 2NBSA 1OE8A 5JWOB 2CVBA 3GKMA 3A2VA 3DMLA 1OC9A 5DQYA 3PGTA 1X0RA 5DAKB 2FCHA 4N0VA 4V2NA 4HI7A 1F2EA 1SU9A 1ERWA 2H76A 1UC7A 2HSYA 4F9ZA 3TGZA 4K0GA 5JCUA 5B8AA 1FG4A 5LNKe 1PKWA 5JCWA 4J56E 1GLQA 4IJ3A 5LCZA 2GZPA 1XWKA 2VL3A 3GL5A 3IV4A 1TU8A 2FHEA 2GZZA 2HYXA 4OD7A 1TRSA 3KGKA 4OMVA 5ID2B 3GKKA 4I2TA 3L4NA 2F9SA 4KH7A 1C72A 3ZYWA 4KDYA 1FAAA 3G7YA 1TTZA 3E0UA 5IMFA 3RDWA 4XRDA 5D9TA 3CSJA 4HZ2A 3DXBA 3M8NA 1YEPA 3GH9A 2B7JA 2HE3A 1X9SB 4YAPA 3GN3A 4MMMA 5HR3A 1Z9HA 2CVKA 2GQKA 4WF4A 2GDRA 3BJ5A 3H79A 1JZOA 4ZB8A 3CMIA 4GWRA 3Q74A 2F8FA 1ZZYA 3VFIA 1NSWA 4MH2A 1PD21 2FA8A 2ON7A 4KDUA 4I2UA 3LJRA 2AYTA 2K18A 1H4OA 1PRXA 1IYIA 2IIYA 3UL3A 1ZYQB 3QAGA 3L9SA 5DJMA 3UBKA 2YWOA 4LMVA 2LJKA 4RQRA 2Z9SA 4ZBDA 5IM9A 3ZTLA 5ENUA 2I3YA 2VCQA 2VOCA 4PGTA 1SD9A 3GURA 1SK2A 4ZL9A 3F9UA 2C4JA 4PURA 3OR5A 3EINA 1GTIA 1B4PA 2PVQA 2HXKA 2XBIA 2B5YA 2MBTA 5CAXA 2HRNA 3MAKA 1PKZA 1OC3A 3ZVJA 4J57E 2P0GA 2H6YA 4ZB6A 3HZ4A 3VPTA 2R37A 4TR3A 3LXZA 1GSFA 3F63A 2CT6A 1ZGNA 1PA3A 3GSTA 2IMKA 1Z7RA 3N5OA 1X9WB 1U88A 1ERVA 1PL2A 5D9VA 4TXVA 5IMVA 1S3AA 1XWCA 4PNFA 2H1GA 1A2LA 2VUPA 3FR3A 5ECRB 2LNSA 2DIYA 1J08A 2B1KA 1YZXA 3I9V2 4V1Ap 4ZBAA 4Q5RA 2VL2A 3GL3A 1T4ZA 2ES7A 4NV2A 1G7EA 3TRXA 2YCDA 4K6XA 2B5EA 1UN2A 2OBKA 2HFDA 1GUHA 3D21A 1M7TA 3GFKA 4XCSA 2H1DA 1FB6A 3G7JA 1F9MA 3GH6A 3HCZA 5AIXA 3IC4A 3KMNA 5CRWA 1AUCA 1XZOA 2LRCA 4HS1A 3FZ9A 2X64A 4F0BA 6GSVA 3LG6A 4TVEA 1KBNA 5AGYA 1GTBA 2AV4A 4Z7XA 1CQHA 1B9YC 3HJMA 4EE0A 2JSYA 1BYEA 4X1UA 3EYTA 4MCUA 3BCKA 5GSSA 1SYXA 2H0IA 4E8HA 3QCPA 3BBYA 3KH9A 5B7CA 3CSHA 4TRXA 4I8BA 2HZFA 3M1GA 3IAM2 3KP9A 2IMEA 2VLUA 4P3YB 2M80A 2DLXA 2IFQB 5A5KA 3QD9A 3KM6A 1OC8A 1LJRA 2KUCA 3DIEA 3ISOA 4MPGA 3TJGA 4KE3A 4Q5QA 2L5LA 1GSQA 2E7PA 4IS0A 2OE1A 2JZTA 1SL1B 4J2FA 1QXHA 4BL7A 3VWUA 3TKSA 5LD0A 2HSHA 2GT5A 2R6KA 1V2AA 3VWVA 3APQA 1T8EB 1J9BA 2HRFA 3MNGA 4IGJA 1TDIA 3TB2A 1F3AA 3CBUA 4FH8A 3W8SA 2E2MA 3M3MA 2LS5A 1TRWA 2AAWA 1PX6A 2DJ1A 4ML1A 1HD2A 3VK9A 1LBKA 5FT3A 1Y25A 3ERWA 2V41A 1G6YA 1HYUA 2CX3A 1GUKA 2LJAA 3LFLA 1YKCA 1JLVA 5DVBA 5IO0A 3UEMA 1MDJA 1TJDA 2DJ3A 2H19A 3GNJA 2X8CA 2V1MA 1UA5A 5ELAA 5IPHA 3VI5A 2JZSA 4TXOB 4E8EA 1DE2A 3ME7A 2OACA 3ZMKA 2FY6A 3TKSE 2FUG2 4GTUA 2H0GA 1EEJA 2GVPA 3HDCA 2B3SA 2GTUA 2NVLA 4KA0A 3RPPA 4WF5A 3U5RE 2QKEA 2WRTA 2WJUA 3H4KA 3F8UA 4MABA 1NW2A 2J9HA 2H6ZA 4K7NA 4IP6A 2LV3A 1A0RP 5ECSA 1MD3A 4DSSB 1TRUA 1GULA 2A4VA 5C04A 1GRXA 1GH2A 1J0FA 4MZCA 5J3RA 1YJ6A 5IMDA 5EPFA 2FA4A 4YH2A 1YF1A 3IE3A 1TU7A 3IA1A 4X43A 18GSA 5FHIA 2VLTA 2B1LA 4LMWA 3K8NA 1EZKA 4KB3A 3EMPA 3DVWA 2DSAA 5H5RA 4TW5A 4OO4A 2O8VB 1Y6EA 2H74A 1K3LA 4GF0A 4MF7A 5G2ZA 4IHUA 2YV7A 2JZRA 5DQSA 1N2AA 4XRAA 1HNAA 1ML6A 2PERA 4MK3A 3W8JA 4YQMA 1M2BA 4POKA 2XBQA 3FR6A 3KIJA 2DJ2A 2DMMA 4OFMA 1WE0A 2B6MA 1K0CA 5IMAA 2LQOA 3KXOA 3VI7A 4N30A 2M46A 4TR0A 3ZMLA 3ED3A 2C0GA 3LWAA 2YZUA 3HJOA 4EC0A 2IFQA 2C0EA 1JHBA 2PPTA 3D6IA 4KCEA 1JFUA 5G5EA 1FHEA 1X5DA 3C8EA 5DBQA 1ABAA 4MJBA 4O92A 3CXGA 2BJXA 1AQVA 2FWFA 4L8EA 4ECJA 3QFBC 1GSEA 3FZ4A 5J5NA 2GT6A 1R4WA 2FWEA 2EIRA 5KN2A 4JU5A 6GSXA 5IPGA 3IBHA 1YKAA 5AISA 1DE1A 1AAZA 3LEFA 3WGXA 2R5GA 3ZLPA 5KN0A 3VWWA 1VF2A 4ACSA 1U3AA 5F0GA 1SENA 1A8YA 3FHKA 1PL1A 3ZIJA 3CRUA 4N0ZA 4EUYA 4MJCA 1TOFA 2YV9A 4DVCA 3M0FA 1K0BA 4KNDA 2H0HA 4GXZA 14GSA 2DJJA 4TR1B 4WR4A 5CO3A 2VIMA 1JZDA 5IMCA 2O89A 3GX8A 2A2RA 6GSTA 1Z5YE 4NPBA 4BVXA 1NHOA 3L0HA 4IKHA 4MDCA 5AN1A 3KH7A 1XWBA 2RM5A 4MPFA 4IQAA 3VLNA 3HXSA 3EVIA 4XS4A 1SK1A 2D2ZA 2K8VA 5G5FA 5ECQB 5IOXA 4XS1A 4EF0A 2WGRA 1KEBA 3ZRDA 1SL2B 1G7OA 4ULXA 5KN3A 4MP4A 4AGSA 16GSA 3DEXA 2GSRA 3F4TA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3TB2A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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